####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS022_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS022_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 83 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 83 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 83 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 71 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 8 103 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 10 103 122 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 42 110 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 80 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 83 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 83 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 83 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 83 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 83 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 83 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 98 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 69 87 124 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 81 123 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 60 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 61 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 61 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 83 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 83 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 82 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 75 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 81 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 83 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 83 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 83 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 83 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 83 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 83 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 83 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 83 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 83 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 83 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 83 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 83 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 83 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 83 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 83 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 83 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 83 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 78 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 74 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 9 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 9 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 17 88 121 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 13 44 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 7 10 26 122 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 76 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 83 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 83 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 83 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 83 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 83 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 83 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 83 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 78 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 72 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 66 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 33 108 124 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 3 7 16 115 127 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 20 82 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 83 111 126 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 61.48 82.22 93.33 97.04 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.46 0.64 0.72 0.74 0.79 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 GDT RMS_ALL_AT 0.94 0.94 0.95 0.94 0.94 0.94 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.427 0 0.032 0.032 0.469 100.000 100.000 - LGA K 166 K 166 0.411 0 0.012 0.176 1.368 100.000 90.101 1.368 LGA W 167 W 167 0.334 0 0.199 0.198 0.434 100.000 100.000 0.425 LGA I 168 I 168 0.650 0 0.023 0.173 1.352 81.818 77.727 1.172 LGA S 169 S 169 1.291 0 0.559 0.597 2.747 60.000 54.848 2.303 LGA G 170 G 170 1.598 0 0.070 0.070 1.857 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 1.100 0 0.030 1.383 5.644 69.545 48.636 2.867 LGA A 172 A 172 0.564 0 0.014 0.029 0.797 86.364 89.091 - LGA P 173 P 173 0.332 0 0.014 0.106 0.397 100.000 100.000 0.364 LGA Y 174 Y 174 0.512 0 0.006 0.227 1.403 86.364 79.242 1.403 LGA G 175 G 175 0.221 0 0.064 0.064 0.344 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.224 0 0.000 0.168 0.419 100.000 100.000 0.156 LGA Q 177 Q 177 0.405 0 0.060 0.268 0.946 100.000 95.960 0.580 LGA L 178 L 178 0.286 0 0.128 0.203 1.754 90.909 82.500 1.754 LGA N 179 N 179 1.386 0 0.171 0.649 4.869 62.273 37.500 4.869 LGA K 180 K 180 3.971 0 0.288 0.964 13.411 20.455 9.091 13.411 LGA K 181 K 181 1.788 0 0.449 0.959 10.360 65.909 30.707 10.360 LGA T 182 T 182 1.052 0 0.021 1.114 3.652 69.545 60.260 3.652 LGA S 183 S 183 0.708 0 0.109 0.097 1.099 86.364 82.121 0.968 LGA K 184 K 184 0.818 0 0.070 0.854 2.788 81.818 72.121 2.788 LGA L 185 L 185 0.461 0 0.066 0.075 0.735 90.909 93.182 0.577 LGA D 186 D 186 0.289 0 0.039 0.136 0.844 100.000 95.455 0.379 LGA P 187 P 187 0.580 0 0.035 0.367 1.206 82.273 82.078 0.534 LGA V 188 V 188 0.699 0 0.000 0.016 0.758 81.818 81.818 0.758 LGA E 189 E 189 0.616 0 0.034 0.204 0.698 81.818 85.859 0.572 LGA D 190 D 190 0.546 0 0.032 0.048 0.911 90.909 86.364 0.911 LGA E 191 E 191 0.336 0 0.009 0.007 0.696 100.000 91.919 0.696 LGA A 192 A 192 0.285 0 0.029 0.028 0.376 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.227 0 0.046 0.089 0.489 100.000 100.000 0.432 LGA V 194 V 194 0.192 0 0.000 0.046 0.320 100.000 100.000 0.320 LGA V 195 V 195 0.163 0 0.000 0.000 0.221 100.000 100.000 0.207 LGA Q 196 Q 196 0.170 0 0.022 0.243 1.150 100.000 92.121 0.974 LGA L 197 L 197 0.226 0 0.014 0.045 0.294 100.000 100.000 0.293 LGA I 198 I 198 0.241 0 0.039 0.069 0.398 100.000 100.000 0.328 LGA F 199 F 199 0.285 0 0.000 0.035 0.335 100.000 100.000 0.254 LGA N 200 N 200 0.348 0 0.028 0.802 2.494 100.000 87.727 2.494 LGA I 201 I 201 0.247 0 0.016 0.031 0.311 100.000 100.000 0.215 LGA F 202 F 202 0.250 0 0.016 0.018 0.398 100.000 100.000 0.344 LGA L 203 L 203 0.303 0 0.028 0.056 0.450 100.000 100.000 0.397 LGA N 204 N 204 0.281 0 0.000 0.106 0.994 100.000 93.182 0.682 LGA G 205 G 205 0.332 0 0.039 0.039 0.356 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.331 0 0.006 0.239 1.138 95.455 93.409 0.494 LGA N 207 N 207 0.606 0 0.013 0.205 1.207 86.364 82.045 0.598 LGA G 208 G 208 0.860 0 0.103 0.103 1.549 70.000 70.000 - LGA K 209 K 209 1.098 0 0.054 0.562 1.475 73.636 76.566 0.729 LGA D 210 D 210 1.116 0 0.100 0.466 1.140 69.545 75.909 0.980 LGA Y 211 Y 211 1.677 0 0.111 0.590 2.040 54.545 53.485 1.701 LGA S 212 S 212 2.237 0 0.642 0.775 5.886 38.636 27.576 5.886 LGA Y 213 Y 213 3.047 0 0.164 1.102 14.581 36.364 12.273 14.581 LGA A 215 A 215 0.741 0 0.187 0.204 1.749 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.280 0 0.000 0.138 0.473 100.000 100.000 0.467 LGA A 217 A 217 0.193 0 0.038 0.052 0.274 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.353 0 0.000 0.091 0.991 100.000 93.939 0.991 LGA H 219 H 219 0.217 0 0.000 0.082 0.694 100.000 94.545 0.694 LGA L 220 L 220 0.221 0 0.000 0.078 0.347 100.000 100.000 0.347 LGA T 221 T 221 0.223 0 0.000 0.017 0.381 100.000 100.000 0.187 LGA N 222 N 222 0.496 0 0.046 0.065 0.735 90.909 95.455 0.468 LGA L 223 L 223 0.618 0 0.044 0.072 0.921 81.818 81.818 0.679 LGA Q 224 Q 224 0.524 0 0.048 0.164 0.957 90.909 87.879 0.804 LGA I 225 I 225 0.474 0 0.052 0.101 0.497 100.000 100.000 0.200 LGA P 226 P 226 0.435 0 0.034 0.060 0.705 90.909 87.013 0.705 LGA T 227 T 227 0.367 0 0.035 0.076 0.508 100.000 97.403 0.508 LGA P 228 P 228 0.632 0 0.074 0.081 0.678 81.818 84.416 0.504 LGA S 229 S 229 0.764 0 0.144 0.162 0.853 81.818 84.848 0.471 LGA G 230 G 230 0.781 0 0.096 0.096 1.208 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.259 0 0.023 0.686 3.300 100.000 74.747 3.300 LGA K 232 K 232 0.391 0 0.087 0.262 0.753 95.455 95.960 0.554 LGA R 233 R 233 0.348 0 0.046 1.100 6.034 100.000 53.223 3.927 LGA W 234 W 234 0.469 0 0.045 0.138 0.618 95.455 92.208 0.530 LGA N 235 N 235 0.629 0 0.017 0.471 1.968 86.364 78.182 1.968 LGA Q 236 Q 236 0.545 0 0.000 0.841 3.129 95.455 70.707 3.129 LGA Y 237 Y 237 0.416 0 0.048 1.518 8.931 95.455 46.818 8.931 LGA T 238 T 238 0.277 0 0.000 0.040 0.321 100.000 100.000 0.321 LGA I 239 I 239 0.219 0 0.033 0.096 0.300 100.000 100.000 0.300 LGA K 240 K 240 0.402 0 0.028 0.189 2.522 100.000 73.737 2.522 LGA A 241 A 241 0.215 0 0.083 0.088 0.333 100.000 100.000 - LGA I 242 I 242 0.223 0 0.039 0.064 0.298 100.000 100.000 0.226 LGA L 243 L 243 0.297 0 0.032 0.058 0.626 95.455 97.727 0.274 LGA Q 244 Q 244 0.262 0 0.047 0.218 1.060 100.000 92.121 0.933 LGA N 245 N 245 0.233 0 0.025 0.089 0.510 100.000 97.727 0.510 LGA E 246 E 246 0.310 0 0.029 0.468 1.555 100.000 90.505 0.850 LGA V 247 V 247 0.324 0 0.000 0.040 0.404 100.000 100.000 0.404 LGA Y 248 Y 248 0.378 0 0.026 0.117 1.194 100.000 88.030 1.194 LGA I 249 I 249 0.277 0 0.000 0.025 0.304 100.000 100.000 0.266 LGA G 250 G 250 0.286 0 0.043 0.043 0.300 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.229 0 0.031 0.044 0.366 100.000 100.000 0.316 LGA V 252 V 252 0.369 0 0.035 0.100 0.657 100.000 97.403 0.657 LGA K 253 K 253 0.449 0 0.057 0.105 0.718 100.000 89.899 0.673 LGA Y 254 Y 254 0.556 0 0.028 0.236 2.354 90.909 70.606 2.354 LGA K 255 K 255 0.813 0 0.000 0.161 1.022 77.727 78.182 1.018 LGA V 256 V 256 1.022 0 0.061 0.070 1.062 69.545 74.805 0.950 LGA R 257 R 257 1.131 0 0.098 1.058 5.252 61.818 47.107 3.183 LGA E 258 E 258 1.277 0 0.051 0.277 2.327 65.455 57.576 2.327 LGA K 259 K 259 1.527 0 0.046 0.227 1.674 61.818 65.859 0.957 LGA T 260 T 260 1.417 0 0.000 0.132 1.662 58.182 59.221 1.353 LGA K 261 K 261 1.665 0 0.026 0.379 2.389 50.909 49.495 2.389 LGA D 262 D 262 1.755 0 0.027 0.125 1.799 50.909 50.909 1.552 LGA G 263 G 263 1.821 0 0.000 0.000 1.822 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.482 0 0.092 0.417 1.787 58.182 60.606 1.204 LGA R 265 R 265 1.391 0 0.070 0.943 4.632 65.455 48.595 4.632 LGA T 266 T 266 1.370 0 0.039 0.066 1.434 65.455 65.455 1.376 LGA I 267 I 267 1.076 0 0.033 0.066 1.389 65.455 67.500 1.241 LGA R 268 R 268 0.841 0 0.023 0.963 3.099 81.818 74.545 3.099 LGA P 269 P 269 0.703 0 0.000 0.022 0.915 81.818 81.818 0.915 LGA E 270 E 270 0.464 0 0.000 0.224 1.251 95.455 88.081 0.955 LGA K 271 K 271 0.234 0 0.053 0.726 3.920 100.000 69.293 3.920 LGA E 272 E 272 0.417 0 0.045 0.123 1.642 100.000 82.828 1.642 LGA Q 273 Q 273 0.383 0 0.035 0.100 0.596 100.000 93.939 0.596 LGA I 274 I 274 0.263 0 0.035 0.102 0.769 100.000 97.727 0.769 LGA V 275 V 275 0.248 0 0.000 0.027 0.445 100.000 100.000 0.445 LGA V 276 V 276 0.250 0 0.063 0.070 0.496 100.000 100.000 0.315 LGA Q 277 Q 277 0.122 0 0.045 0.602 3.046 100.000 78.586 3.046 LGA D 278 D 278 0.142 0 0.037 0.211 0.723 100.000 97.727 0.723 LGA A 279 A 279 0.117 0 0.000 0.016 0.182 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.106 0 0.030 0.217 0.663 100.000 96.364 0.574 LGA A 281 A 281 0.291 0 0.023 0.017 0.367 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.259 0 0.041 0.053 0.367 100.000 100.000 0.367 LGA I 283 I 283 0.377 0 0.044 0.050 0.632 95.455 95.455 0.478 LGA I 284 I 284 0.284 0 0.000 0.065 0.306 100.000 100.000 0.229 LGA D 285 D 285 0.326 0 0.016 0.106 0.617 100.000 97.727 0.617 LGA K 286 K 286 0.268 0 0.000 0.250 1.345 100.000 92.121 1.345 LGA E 287 E 287 0.442 0 0.018 0.294 2.179 100.000 81.414 1.383 LGA Q 288 Q 288 0.513 0 0.023 0.557 1.727 95.455 77.374 1.565 LGA F 289 F 289 0.241 0 0.025 0.112 0.536 100.000 98.347 0.485 LGA Q 290 Q 290 0.194 0 0.028 1.175 3.957 100.000 70.303 3.957 LGA Q 291 Q 291 0.334 0 0.034 0.107 0.689 100.000 93.939 0.535 LGA S 292 S 292 0.426 0 0.057 0.678 1.975 100.000 91.818 1.975 LGA Q 293 Q 293 0.377 0 0.000 0.245 0.630 95.455 95.960 0.490 LGA V 294 V 294 0.303 0 0.035 0.039 0.611 95.455 97.403 0.235 LGA K 295 K 295 0.731 0 0.052 0.201 1.060 77.727 80.000 0.777 LGA I 296 I 296 0.866 0 0.021 0.078 1.204 77.727 82.045 0.354 LGA A 297 A 297 0.997 0 0.116 0.133 1.644 70.000 72.364 - LGA N 298 N 298 1.463 0 0.000 0.302 2.880 53.182 55.682 1.264 LGA K 299 K 299 4.280 0 0.349 0.657 14.213 24.545 10.909 14.213 LGA V 300 V 300 2.117 0 0.054 0.066 4.223 38.636 27.013 3.611 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.933 0.891 1.846 87.424 82.128 69.519 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.93 94.815 97.654 13.069 LGA_LOCAL RMSD: 0.933 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.933 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.933 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.280039 * X + 0.657333 * Y + -0.699636 * Z + 154.839035 Y_new = -0.939623 * X + 0.038362 * Y + -0.340054 * Z + 148.633453 Z_new = -0.196689 * X + 0.752623 * Y + 0.628389 * Z + 143.827606 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.281145 0.197980 0.875116 [DEG: -73.4042 11.3434 50.1404 ] ZXZ: -1.118376 0.891316 -0.255622 [DEG: -64.0782 51.0687 -14.6460 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS022_3-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS022_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.93 97.654 0.93 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS022_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 3 PARENT NA ATOM 1345 N GLY 165 153.936 184.951 153.295 1.00 84.80 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.382 185.690 154.437 1.00 84.97 C ATOM 1347 C GLY 165 151.860 185.588 154.581 1.00 86.46 C ATOM 1348 O GLY 165 151.261 186.371 155.319 1.00 83.88 O ATOM 1349 N LYS 166 151.218 184.641 153.893 1.00 86.69 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.779 184.395 154.020 1.00 86.32 C ATOM 1351 C LYS 166 149.484 183.598 155.299 1.00 87.09 C ATOM 1352 O LYS 166 150.248 182.713 155.685 1.00 85.16 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.220 183.697 152.761 1.00 84.71 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.355 184.534 151.468 1.00 81.47 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.702 183.860 150.246 1.00 78.42 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.803 184.747 148.990 1.00 73.10 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.086 184.211 147.795 1.00 66.54 N ATOM 1358 N TRP 167 148.360 183.890 155.939 1.00 86.91 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.905 183.162 157.127 1.00 87.12 C ATOM 1360 C TRP 167 147.127 181.909 156.725 1.00 86.46 C ATOM 1361 O TRP 167 146.048 181.999 156.139 1.00 83.75 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.075 184.088 158.006 1.00 86.48 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.728 183.483 159.328 1.00 86.52 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.589 182.818 159.624 1.00 83.16 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.557 183.440 160.534 1.00 84.83 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.648 182.371 160.937 1.00 82.89 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.836 182.725 161.524 1.00 84.06 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.834 183.935 160.862 1.00 83.62 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.376 182.498 162.810 1.00 83.46 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.362 183.712 162.143 1.00 81.69 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.640 182.995 163.101 1.00 81.23 C ATOM 1372 N ILE 168 147.665 180.746 157.059 1.00 84.93 N ATOM 1373 CA ILE 168 147.142 179.432 156.652 1.00 83.07 C ATOM 1374 C ILE 168 146.472 178.670 157.809 1.00 81.74 C ATOM 1375 O ILE 168 145.708 177.728 157.594 1.00 75.85 O ATOM 1376 CB ILE 168 148.292 178.607 156.018 1.00 79.84 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 149.077 179.381 154.929 1.00 75.76 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.788 177.282 155.430 1.00 73.12 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 148.219 179.870 153.755 1.00 69.50 C ATOM 1380 N SER 169 146.755 179.075 159.041 1.00 81.01 N ATOM 1381 CA SER 169 146.213 178.442 160.246 1.00 79.59 C ATOM 1382 C SER 169 144.733 178.791 160.485 1.00 78.36 C ATOM 1383 O SER 169 144.100 179.447 159.664 1.00 72.75 O ATOM 1384 CB SER 169 147.103 178.785 161.439 1.00 76.16 C ATOM 1385 OG SER 169 148.334 178.119 161.327 1.00 71.24 O ATOM 1386 N GLY 170 144.181 178.307 161.598 1.00 75.97 N ATOM 1387 CA GLY 170 142.771 178.488 161.938 1.00 75.22 C ATOM 1388 C GLY 170 142.407 179.921 162.328 1.00 77.56 C ATOM 1389 O GLY 170 142.509 180.840 161.522 1.00 74.43 O ATOM 1390 N LEU 171 141.977 180.107 163.581 1.00 79.49 N ATOM 1391 CA LEU 171 141.628 181.433 164.093 1.00 78.95 C ATOM 1392 C LEU 171 142.814 182.389 163.974 1.00 80.02 C ATOM 1393 O LEU 171 143.933 182.048 164.370 1.00 78.26 O ATOM 1394 CB LEU 171 141.171 181.329 165.557 1.00 75.98 C ATOM 1395 CG LEU 171 139.784 180.689 165.735 1.00 71.97 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 139.563 180.307 167.195 1.00 66.89 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 138.663 181.647 165.317 1.00 65.31 C ATOM 1398 N ALA 172 142.541 183.581 163.463 1.00 83.43 N ATOM 1399 CA ALA 172 143.514 184.659 163.474 1.00 83.91 C ATOM 1400 C ALA 172 143.913 185.009 164.924 1.00 84.87 C ATOM 1401 O ALA 172 143.091 184.853 165.834 1.00 83.15 O ATOM 1402 CB ALA 172 142.922 185.864 162.735 1.00 82.06 C ATOM 1403 N PRO 173 145.144 185.462 165.160 1.00 86.56 N ATOM 1404 CA PRO 173 145.546 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