####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS022_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS022_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 87 116 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 87 116 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 87 116 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 64 116 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 13 106 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 5 87 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 54 116 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 87 116 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 87 116 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 87 116 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 87 116 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 87 116 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 87 116 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 87 116 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 104 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 4 60 103 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 109 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 40 116 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 59 116 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 59 116 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 87 116 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 87 116 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 87 116 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 76 116 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 76 116 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 87 116 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 87 116 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 87 116 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 87 116 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 87 116 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 87 116 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 87 116 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 87 116 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 87 116 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 87 116 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 87 116 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 87 116 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 87 116 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 87 116 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 87 116 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 87 116 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 87 116 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 58 116 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 12 64 107 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 39 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 87 116 125 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 64.44 85.93 92.59 96.30 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.44 0.55 0.66 0.77 0.81 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 GDT RMS_ALL_AT 0.89 0.90 0.90 0.89 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.380 0 0.033 0.033 0.470 100.000 100.000 - LGA K 166 K 166 0.405 0 0.035 0.116 0.783 95.455 93.939 0.783 LGA W 167 W 167 0.267 0 0.212 0.227 0.573 95.455 98.701 0.354 LGA I 168 I 168 0.756 0 0.023 0.771 1.829 81.818 71.818 1.244 LGA S 169 S 169 1.232 0 0.497 0.493 2.252 70.000 61.515 2.252 LGA G 170 G 170 1.678 0 0.093 0.093 1.731 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 0.926 0 0.064 1.395 5.676 77.727 52.727 2.955 LGA A 172 A 172 0.497 0 0.013 0.025 0.691 95.455 96.364 - LGA P 173 P 173 0.230 0 0.015 0.093 0.294 100.000 100.000 0.247 LGA Y 174 Y 174 0.433 0 0.000 0.221 1.370 100.000 86.667 1.370 LGA G 175 G 175 0.283 0 0.070 0.070 0.350 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.297 0 0.000 0.167 0.498 100.000 100.000 0.205 LGA Q 177 Q 177 0.527 0 0.061 0.250 0.992 90.909 85.859 0.573 LGA L 178 L 178 0.337 0 0.134 0.205 1.712 90.909 82.500 1.712 LGA N 179 N 179 1.359 0 0.179 0.636 4.854 62.273 37.500 4.854 LGA K 180 K 180 4.068 0 0.283 0.968 13.577 19.091 8.485 13.577 LGA K 181 K 181 1.681 0 0.444 1.180 11.937 65.909 30.505 11.937 LGA T 182 T 182 0.942 0 0.008 1.108 3.500 77.727 64.935 3.500 LGA S 183 S 183 0.698 0 0.116 0.103 1.073 86.364 82.121 0.976 LGA K 184 K 184 0.799 0 0.068 0.879 2.931 81.818 72.121 2.931 LGA L 185 L 185 0.393 0 0.069 0.079 0.696 95.455 97.727 0.473 LGA D 186 D 186 0.271 0 0.028 0.122 0.766 100.000 97.727 0.375 LGA P 187 P 187 0.559 0 0.024 0.365 1.248 82.273 84.675 0.624 LGA V 188 V 188 0.791 0 0.000 0.015 0.891 81.818 81.818 0.891 LGA E 189 E 189 0.731 0 0.034 0.207 0.793 81.818 81.818 0.695 LGA D 190 D 190 0.622 0 0.022 0.043 0.949 86.364 84.091 0.949 LGA E 191 E 191 0.439 0 0.000 0.000 0.769 95.455 87.879 0.769 LGA A 192 A 192 0.326 0 0.020 0.018 0.414 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.310 0 0.046 0.087 0.567 100.000 95.960 0.470 LGA V 194 V 194 0.256 0 0.012 0.045 0.389 100.000 100.000 0.389 LGA V 195 V 195 0.159 0 0.000 0.000 0.255 100.000 100.000 0.160 LGA Q 196 Q 196 0.172 0 0.028 0.250 1.201 100.000 90.303 1.104 LGA L 197 L 197 0.254 0 0.019 0.043 0.335 100.000 100.000 0.329 LGA I 198 I 198 0.204 0 0.040 0.070 0.388 100.000 100.000 0.326 LGA F 199 F 199 0.222 0 0.011 0.044 0.292 100.000 100.000 0.156 LGA N 200 N 200 0.287 0 0.033 0.742 2.085 100.000 87.727 2.085 LGA I 201 I 201 0.183 0 0.013 0.041 0.265 100.000 100.000 0.105 LGA F 202 F 202 0.193 0 0.000 0.029 0.313 100.000 100.000 0.269 LGA L 203 L 203 0.350 0 0.014 0.067 0.683 100.000 95.455 0.612 LGA N 204 N 204 0.282 0 0.000 0.095 0.996 100.000 93.182 0.800 LGA G 205 G 205 0.236 0 0.038 0.038 0.276 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.248 0 0.036 0.289 1.217 95.455 91.136 0.558 LGA N 207 N 207 0.640 0 0.000 0.179 1.346 86.364 82.045 0.830 LGA G 208 G 208 0.825 0 0.085 0.085 1.488 73.636 73.636 - LGA K 209 K 209 1.151 0 0.050 0.553 1.364 69.545 74.747 0.427 LGA D 210 D 210 1.161 0 0.079 0.692 1.661 69.545 67.727 1.661 LGA Y 211 Y 211 1.626 0 0.123 0.609 1.989 58.182 55.758 1.580 LGA S 212 S 212 2.210 0 0.639 0.781 5.871 41.818 29.697 5.871 LGA Y 213 Y 213 3.020 0 0.165 1.082 14.565 39.545 13.333 14.565 LGA A 215 A 215 0.869 0 0.197 0.214 1.896 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.314 0 0.000 0.148 0.542 100.000 95.455 0.542 LGA A 217 A 217 0.187 0 0.049 0.061 0.270 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.396 0 0.025 0.108 1.117 100.000 91.212 1.117 LGA H 219 H 219 0.244 0 0.000 0.102 0.698 100.000 94.545 0.698 LGA L 220 L 220 0.231 0 0.000 0.085 0.385 100.000 100.000 0.385 LGA T 221 T 221 0.213 0 0.000 0.023 0.351 100.000 100.000 0.138 LGA N 222 N 222 0.388 0 0.041 0.063 0.597 95.455 97.727 0.418 LGA L 223 L 223 0.547 0 0.043 0.064 0.768 86.364 84.091 0.620 LGA Q 224 Q 224 0.541 0 0.043 0.178 0.957 90.909 87.879 0.817 LGA I 225 I 225 0.485 0 0.046 0.102 0.533 95.455 95.455 0.187 LGA P 226 P 226 0.509 0 0.033 0.062 0.764 81.818 81.818 0.764 LGA T 227 T 227 0.493 0 0.035 0.077 0.634 90.909 92.208 0.634 LGA P 228 P 228 0.672 0 0.081 0.088 0.685 81.818 81.818 0.572 LGA S 229 S 229 0.771 0 0.150 0.157 0.883 81.818 84.848 0.459 LGA G 230 G 230 0.858 0 0.052 0.052 1.099 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.343 0 0.029 0.448 1.120 95.455 90.101 0.803 LGA K 232 K 232 0.313 0 0.085 0.258 1.026 95.455 92.121 1.026 LGA R 233 R 233 0.265 0 0.020 1.122 5.825 100.000 55.537 3.397 LGA W 234 W 234 0.272 0 0.040 0.129 0.555 100.000 96.104 0.537 LGA N 235 N 235 0.529 0 0.001 0.588 2.279 86.364 76.591 2.279 LGA Q 236 Q 236 0.616 0 0.000 0.855 3.315 86.364 64.040 3.315 LGA Y 237 Y 237 0.694 0 0.052 0.125 1.226 81.818 75.000 1.226 LGA T 238 T 238 0.366 0 0.000 0.034 0.416 100.000 100.000 0.354 LGA I 239 I 239 0.326 0 0.031 0.107 0.354 100.000 100.000 0.337 LGA K 240 K 240 0.632 0 0.023 0.200 2.974 90.909 68.485 2.974 LGA A 241 A 241 0.431 0 0.078 0.084 0.526 90.909 92.727 - LGA I 242 I 242 0.012 0 0.041 0.065 0.204 100.000 100.000 0.115 LGA L 243 L 243 0.220 0 0.038 0.057 0.523 95.455 97.727 0.290 LGA Q 244 Q 244 0.174 0 0.034 0.227 0.812 100.000 95.960 0.652 LGA N 245 N 245 0.182 0 0.014 0.090 0.500 100.000 97.727 0.500 LGA E 246 E 246 0.201 0 0.028 0.488 1.473 100.000 94.141 0.914 LGA V 247 V 247 0.212 0 0.000 0.043 0.363 100.000 100.000 0.310 LGA Y 248 Y 248 0.300 0 0.036 0.119 1.119 100.000 91.061 1.119 LGA I 249 I 249 0.198 0 0.023 0.029 0.302 100.000 100.000 0.251 LGA G 250 G 250 0.177 0 0.059 0.059 0.309 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.184 0 0.033 0.040 0.354 100.000 100.000 0.256 LGA V 252 V 252 0.289 0 0.050 0.109 0.582 100.000 97.403 0.582 LGA K 253 K 253 0.475 0 0.054 0.147 0.900 100.000 89.899 0.790 LGA Y 254 Y 254 0.545 0 0.029 0.245 2.390 95.455 70.909 2.390 LGA K 255 K 255 0.648 0 0.000 0.173 1.337 81.818 80.000 1.337 LGA V 256 V 256 0.823 0 0.061 0.067 0.882 81.818 81.818 0.776 LGA R 257 R 257 0.967 0 0.099 1.063 5.179 73.636 55.207 2.798 LGA E 258 E 258 1.041 0 0.043 0.253 1.790 69.545 65.657 1.790 LGA K 259 K 259 1.433 0 0.055 0.197 1.712 65.455 60.606 1.475 LGA T 260 T 260 1.411 0 0.010 0.135 1.692 58.182 59.221 1.411 LGA K 261 K 261 1.956 0 0.033 0.173 2.342 44.545 43.838 2.071 LGA D 262 D 262 1.997 0 0.024 0.145 1.997 50.909 50.909 1.712 LGA G 263 G 263 1.868 0 0.000 0.000 1.868 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.323 0 0.101 0.413 1.510 65.455 63.838 1.067 LGA R 265 R 265 1.218 0 0.107 0.802 2.721 65.455 60.826 2.721 LGA T 266 T 266 1.093 0 0.046 0.070 1.191 73.636 70.130 1.031 LGA I 267 I 267 0.764 0 0.029 0.070 0.974 81.818 81.818 0.970 LGA R 268 R 268 0.421 0 0.028 0.958 2.644 95.455 83.967 2.644 LGA P 269 P 269 0.181 0 0.000 0.025 0.344 100.000 100.000 0.344 LGA E 270 E 270 0.359 0 0.000 0.233 1.069 100.000 86.263 1.069 LGA K 271 K 271 0.480 0 0.055 0.730 4.858 100.000 61.212 4.858 LGA E 272 E 272 0.293 0 0.047 0.106 1.146 100.000 90.101 1.146 LGA Q 273 Q 273 0.127 0 0.037 0.097 0.497 100.000 100.000 0.497 LGA I 274 I 274 0.117 0 0.033 0.101 0.695 100.000 97.727 0.695 LGA V 275 V 275 0.288 0 0.013 0.043 0.543 95.455 97.403 0.492 LGA V 276 V 276 0.238 0 0.053 0.057 0.475 100.000 100.000 0.300 LGA Q 277 Q 277 0.130 0 0.041 0.576 2.655 100.000 79.596 2.655 LGA D 278 D 278 0.058 0 0.030 0.226 0.805 100.000 97.727 0.805 LGA A 279 A 279 0.064 0 0.000 0.023 0.147 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.140 0 0.027 0.226 0.623 100.000 96.364 0.512 LGA A 281 A 281 0.305 0 0.028 0.028 0.403 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.213 0 0.042 0.056 0.335 100.000 100.000 0.335 LGA I 283 I 283 0.353 0 0.047 0.067 0.629 95.455 95.455 0.450 LGA I 284 I 284 0.240 0 0.000 0.076 0.240 100.000 100.000 0.166 LGA D 285 D 285 0.383 0 0.024 0.571 1.598 100.000 85.000 1.017 LGA K 286 K 286 0.397 0 0.000 0.245 1.206 100.000 90.101 1.206 LGA E 287 E 287 0.492 0 0.021 0.288 2.090 100.000 79.798 1.523 LGA Q 288 Q 288 0.392 0 0.013 0.550 1.692 100.000 81.010 1.495 LGA F 289 F 289 0.151 0 0.027 0.104 0.441 100.000 100.000 0.383 LGA Q 290 Q 290 0.269 0 0.030 1.146 3.615 100.000 71.313 3.615 LGA Q 291 Q 291 0.148 0 0.035 0.130 0.538 100.000 97.980 0.456 LGA S 292 S 292 0.053 0 0.049 0.056 0.204 100.000 100.000 0.112 LGA Q 293 Q 293 0.208 0 0.000 0.218 0.695 100.000 95.960 0.695 LGA V 294 V 294 0.250 0 0.034 0.045 0.466 100.000 100.000 0.396 LGA K 295 K 295 0.212 0 0.080 0.207 0.711 95.455 95.960 0.335 LGA I 296 I 296 0.427 0 0.031 0.074 0.737 90.909 93.182 0.352 LGA A 297 A 297 0.674 0 0.148 0.166 1.284 77.727 78.545 - LGA N 298 N 298 0.754 0 0.089 0.252 2.512 65.000 56.364 1.824 LGA K 299 K 299 3.261 0 0.264 0.691 12.291 39.545 17.778 12.291 LGA V 300 V 300 2.267 0 0.081 0.084 3.727 32.727 24.416 3.676 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.880 0.838 1.751 88.508 83.123 70.940 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.88 95.556 97.934 13.781 LGA_LOCAL RMSD: 0.880 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.880 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.880 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.162849 * X + -0.044036 * Y + 0.985668 * Z + 159.613693 Y_new = -0.937510 * X + 0.318254 * Y + -0.140674 * Z + 155.789642 Z_new = -0.307498 * X + -0.946982 * Y + -0.093112 * Z + 141.715820 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.742784 0.312562 -1.668806 [DEG: -99.8542 17.9085 -95.6155 ] ZXZ: 1.429034 1.664043 -2.827620 [DEG: 81.8776 95.3426 -162.0107 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS022_2-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS022_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.88 97.934 0.88 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS022_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 2 PARENT NA ATOM 1345 N GLY 165 154.004 184.932 153.333 1.00 85.80 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.418 185.665 154.465 1.00 85.89 C ATOM 1347 C GLY 165 151.893 185.558 154.576 1.00 87.37 C ATOM 1348 O GLY 165 151.277 186.327 155.312 1.00 84.81 O ATOM 1349 N LYS 166 151.265 184.613 153.866 1.00 86.86 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.824 184.363 153.954 1.00 86.72 C ATOM 1351 C LYS 166 149.502 183.578 155.230 1.00 87.47 C ATOM 1352 O LYS 166 150.222 182.653 155.611 1.00 85.26 O ATOM 1353 CB LYS 166 149.309 183.651 152.687 1.00 85.10 C ATOM 1354 CG LYS 166 149.452 184.513 151.412 1.00 82.07 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.940 183.816 150.140 1.00 78.98 C ATOM 1356 CE LYS 166 149.091 184.754 148.927 1.00 73.77 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.691 184.151 147.624 1.00 67.09 N ATOM 1358 N TRP 167 148.391 183.919 155.878 1.00 88.13 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.899 183.200 157.059 1.00 88.64 C ATOM 1360 C TRP 167 147.075 181.986 156.635 1.00 88.17 C ATOM 1361 O TRP 167 146.032 182.123 156.003 1.00 85.36 O ATOM 1362 CB TRP 167 147.098 184.143 157.945 1.00 87.94 C ATOM 1363 CG TRP 167 146.737 183.542 159.264 1.00 88.19 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.594 182.880 159.550 1.00 84.74 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.551 183.499 160.481 1.00 86.55 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 145.638 182.437 160.868 1.00 84.60 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 146.821 182.792 161.466 1.00 85.88 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 148.825 183.990 160.822 1.00 85.32 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 147.342 182.568 162.760 1.00 85.00 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 149.341 183.773 162.109 1.00 83.02 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 148.605 183.063 163.065 1.00 82.64 C ATOM 1372 N ILE 168 147.542 180.803 156.998 1.00 85.40 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.974 179.524 156.554 1.00 83.67 C ATOM 1374 C ILE 168 146.409 178.708 157.725 1.00 82.62 C ATOM 1375 O ILE 168 145.611 177.790 157.535 1.00 76.40 O ATOM 1376 CB ILE 168 148.043 178.722 155.776 1.00 80.36 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.721 179.592 154.688 1.00 75.87 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.442 177.471 155.117 1.00 73.07 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.972 178.936 154.113 1.00 69.42 C ATOM 1380 N SER 169 146.806 179.046 158.942 1.00 83.04 N ATOM 1381 CA SER 169 146.350 178.370 160.153 1.00 81.45 C ATOM 1382 C SER 169 145.026 178.943 160.654 1.00 80.47 C ATOM 1383 O SER 169 144.698 180.082 160.367 1.00 74.23 O ATOM 1384 CB SER 169 147.422 178.457 161.227 1.00 78.04 C ATOM 1385 OG SER 169 148.598 177.817 160.785 1.00 73.22 O ATOM 1386 N GLY 170 144.288 178.137 161.395 1.00 78.57 N ATOM 1387 CA GLY 170 143.005 178.348 162.063 1.00 77.74 C ATOM 1388 C GLY 170 142.462 179.768 162.260 1.00 80.18 C ATOM 1389 O GLY 170 142.324 180.545 161.329 1.00 76.73 O ATOM 1390 N LEU 171 142.110 180.079 163.520 1.00 81.49 N ATOM 1391 CA LEU 171 141.634 181.409 163.898 1.00 80.77 C ATOM 1392 C LEU 171 142.779 182.421 163.796 1.00 81.70 C ATOM 1393 O LEU 171 143.910 182.118 164.182 1.00 79.26 O ATOM 1394 CB LEU 171 141.062 181.367 165.323 1.00 77.69 C ATOM 1395 CG LEU 171 139.730 180.602 165.435 1.00 73.50 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 139.452 180.225 166.882 1.00 67.78 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 138.547 181.435 164.924 1.00 66.80 C ATOM 1398 N ALA 172 142.454 183.617 163.318 1.00 84.54 N ATOM 1399 CA ALA 172 143.381 184.735 163.365 1.00 84.91 C ATOM 1400 C ALA 172 143.761 185.057 164.828 1.00 86.09 C ATOM 1401 O ALA 172 142.933 184.862 165.727 1.00 83.84 O ATOM 1402 CB ALA 172 142.743 185.936 162.660 1.00 82.78 C ATOM 1403 N PRO 173 144.977 185.533 165.087 1.00 87.06 N ATOM 1404 CA PRO 173 145.367 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1.00 86.32 O ATOM 1422 N GLY 175 143.458 190.753 167.882 1.00 88.08 N ATOM 1423 CA GLY 175 143.925 192.002 167.279 1.00 88.10 C ATOM 1424 C GLY 175 144.004 191.983 165.754 1.00 89.65 C ATOM 1425 O GLY 175 144.163 193.034 165.144 1.00 86.73 O ATOM 1426 N TYR 176 143.872 190.812 165.133 1.00 89.86 N ATOM 1427 CA TYR 176 143.887 190.658 163.685 1.00 90.30 C ATOM 1428 C TYR 176 142.654 189.916 163.169 1.00 90.34 C ATOM 1429 O TYR 176 142.095 189.042 163.827 1.00 88.51 O ATOM 1430 CB TYR 176 145.157 189.934 163.244 1.00 90.27 C ATOM 1431 CG TYR 176 146.432 190.722 163.425 1.00 91.08 C ATOM 1432 CD1 TYR 176 146.806 191.693 162.481 1.00 85.36 C ATOM 1433 CD2 TYR 176 147.274 190.477 164.526 1.00 85.78 C ATOM 1434 CE1 TYR 176 148.002 192.407 162.621 1.00 84.26 C ATOM 1435 CE2 TYR 176 148.474 191.188 164.678 1.00 84.53 C ATOM 1436 CZ TYR 176 148.836 192.153 163.721 1.00 89.06 C ATOM 1437 OH TYR 176 150.012 192.843 163.858 1.00 87.90 O ATOM 1438 N GLN 177 142.272 190.228 161.933 1.00 89.02 N ATOM 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