####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS019_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS019_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 84 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 84 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 83 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 73 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 16 103 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 3 20 120 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 73 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 83 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 84 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 84 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 84 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 84 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 84 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 84 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 20 90 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 4 56 71 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 105 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 22 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 73 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 73 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 84 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 84 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 84 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 84 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 84 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 84 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 84 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 84 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 84 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 84 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 84 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 84 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 84 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 84 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 84 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 84 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 84 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 84 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 84 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 84 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 73 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 55 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 27 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 5 106 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 45 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 84 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 62.22 85.93 92.59 96.30 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.47 0.58 0.68 0.73 0.81 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 GDT RMS_ALL_AT 0.93 0.90 0.89 0.89 0.89 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.462 0 0.031 0.031 0.468 100.000 100.000 - LGA K 166 K 166 0.354 0 0.046 0.075 0.554 95.455 93.939 0.527 LGA W 167 W 167 0.309 0 0.227 0.253 0.549 95.455 98.701 0.432 LGA I 168 I 168 0.783 0 0.045 0.734 1.520 81.818 73.864 1.520 LGA S 169 S 169 1.451 0 0.359 0.499 2.200 78.182 66.970 1.548 LGA G 170 G 170 1.987 0 0.075 0.075 1.987 50.909 50.909 - LGA L 171 L 171 0.780 0 0.097 1.375 5.459 77.727 54.773 2.913 LGA A 172 A 172 0.481 0 0.019 0.039 0.610 95.455 96.364 - LGA P 173 P 173 0.178 0 0.000 0.241 0.670 100.000 97.403 0.670 LGA Y 174 Y 174 0.301 0 0.000 0.211 1.337 100.000 86.667 1.337 LGA G 175 G 175 0.281 0 0.052 0.052 0.298 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.307 0 0.045 0.161 0.547 100.000 96.970 0.228 LGA Q 177 Q 177 0.523 0 0.056 0.182 0.916 90.909 85.859 0.506 LGA L 178 L 178 0.345 0 0.149 0.216 1.810 86.818 80.455 1.810 LGA N 179 N 179 1.329 0 0.171 0.698 5.072 59.091 35.682 5.072 LGA K 180 K 180 4.122 0 0.261 0.946 13.446 13.182 5.859 13.446 LGA K 181 K 181 1.595 0 0.432 0.964 10.220 65.909 31.919 10.220 LGA T 182 T 182 0.935 0 0.030 1.110 3.472 77.727 68.571 3.472 LGA S 183 S 183 0.828 0 0.135 0.120 1.283 86.364 79.394 1.257 LGA K 184 K 184 0.851 0 0.071 0.936 3.294 77.727 67.475 3.294 LGA L 185 L 185 0.363 0 0.078 0.091 0.591 95.455 97.727 0.334 LGA D 186 D 186 0.124 0 0.030 0.227 1.141 100.000 93.409 0.348 LGA P 187 P 187 0.398 0 0.012 0.363 1.050 86.818 87.273 0.646 LGA V 188 V 188 0.643 0 0.010 0.021 0.693 81.818 81.818 0.693 LGA E 189 E 189 0.682 0 0.031 0.171 0.808 81.818 81.818 0.563 LGA D 190 D 190 0.700 0 0.045 0.074 1.424 86.364 77.955 1.424 LGA E 191 E 191 0.421 0 0.000 0.071 0.582 95.455 91.919 0.469 LGA A 192 A 192 0.282 0 0.032 0.030 0.321 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.306 0 0.044 0.191 0.497 100.000 100.000 0.497 LGA V 194 V 194 0.234 0 0.024 0.042 0.406 100.000 100.000 0.406 LGA V 195 V 195 0.118 0 0.000 0.000 0.196 100.000 100.000 0.131 LGA Q 196 Q 196 0.134 0 0.027 0.227 1.159 100.000 92.121 0.903 LGA L 197 L 197 0.217 0 0.026 0.054 0.357 100.000 100.000 0.354 LGA I 198 I 198 0.097 0 0.050 0.078 0.286 100.000 100.000 0.286 LGA F 199 F 199 0.156 0 0.019 0.044 0.266 100.000 100.000 0.137 LGA N 200 N 200 0.224 0 0.000 0.645 1.871 100.000 89.318 1.871 LGA I 201 I 201 0.112 0 0.042 0.053 0.276 100.000 100.000 0.173 LGA F 202 F 202 0.133 0 0.044 0.047 0.343 100.000 100.000 0.293 LGA L 203 L 203 0.318 0 0.033 0.065 0.698 100.000 95.455 0.644 LGA N 204 N 204 0.272 0 0.013 0.087 1.223 100.000 88.864 0.951 LGA G 205 G 205 0.192 0 0.054 0.054 0.239 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.294 0 0.000 0.216 0.948 95.455 95.455 0.487 LGA N 207 N 207 0.676 0 0.000 0.233 1.677 81.818 75.909 0.811 LGA G 208 G 208 0.845 0 0.086 0.086 1.169 77.727 77.727 - LGA K 209 K 209 1.033 0 0.054 0.589 1.574 77.727 72.929 1.270 LGA D 210 D 210 0.891 0 0.060 0.866 3.079 81.818 66.136 3.079 LGA Y 211 Y 211 1.535 0 0.130 0.652 1.943 61.818 56.970 1.547 LGA S 212 S 212 2.128 0 0.646 0.782 5.880 41.818 29.697 5.880 LGA Y 213 Y 213 3.090 0 0.191 1.105 14.495 36.364 12.273 14.495 LGA A 215 A 215 1.067 0 0.193 0.211 2.104 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.409 0 0.000 0.176 0.601 100.000 95.455 0.601 LGA A 217 A 217 0.231 0 0.052 0.061 0.325 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.521 0 0.020 0.065 1.095 95.455 88.182 1.095 LGA H 219 H 219 0.347 0 0.011 0.103 0.687 100.000 92.727 0.687 LGA L 220 L 220 0.310 0 0.000 0.081 0.373 100.000 100.000 0.373 LGA T 221 T 221 0.302 0 0.018 0.033 0.453 100.000 100.000 0.190 LGA N 222 N 222 0.418 0 0.044 0.026 0.545 95.455 95.455 0.544 LGA L 223 L 223 0.563 0 0.049 0.088 0.758 86.364 84.091 0.626 LGA Q 224 Q 224 0.616 0 0.081 0.230 1.069 81.818 80.000 0.752 LGA I 225 I 225 0.553 0 0.047 0.077 0.565 86.364 88.636 0.257 LGA P 226 P 226 0.590 0 0.034 0.057 0.836 81.818 81.818 0.836 LGA T 227 T 227 0.496 0 0.043 0.072 0.588 90.909 92.208 0.500 LGA P 228 P 228 0.683 0 0.186 0.207 0.733 86.364 84.416 0.655 LGA S 229 S 229 0.915 0 0.170 0.158 1.137 73.636 79.394 0.486 LGA G 230 G 230 1.059 0 0.047 0.047 1.186 69.545 69.545 - LGA K 231 K 231 0.405 0 0.053 0.455 0.964 95.455 91.919 0.788 LGA K 232 K 232 0.375 0 0.120 0.286 1.363 90.909 88.081 1.363 LGA R 233 R 233 0.187 0 0.045 1.107 5.429 100.000 56.694 3.112 LGA W 234 W 234 0.240 0 0.027 0.137 0.649 100.000 93.506 0.625 LGA N 235 N 235 0.400 0 0.009 0.582 2.153 100.000 85.455 2.153 LGA Q 236 Q 236 0.555 0 0.000 0.838 3.238 86.364 64.040 3.238 LGA Y 237 Y 237 0.643 0 0.070 0.176 1.006 81.818 80.455 0.936 LGA T 238 T 238 0.349 0 0.000 0.053 0.410 100.000 100.000 0.352 LGA I 239 I 239 0.295 0 0.015 0.083 0.333 100.000 100.000 0.303 LGA K 240 K 240 0.608 0 0.023 0.228 2.648 86.364 67.677 2.648 LGA A 241 A 241 0.492 0 0.114 0.123 0.822 90.909 89.091 - LGA I 242 I 242 0.063 0 0.047 0.064 0.265 100.000 100.000 0.131 LGA L 243 L 243 0.188 0 0.033 0.053 0.451 100.000 100.000 0.245 LGA Q 244 Q 244 0.207 0 0.079 0.338 1.223 95.455 90.101 0.747 LGA N 245 N 245 0.147 0 0.026 0.121 0.507 100.000 97.727 0.507 LGA E 246 E 246 0.126 0 0.031 0.318 0.901 100.000 95.960 0.699 LGA V 247 V 247 0.165 0 0.015 0.043 0.189 100.000 100.000 0.156 LGA Y 248 Y 248 0.262 0 0.034 0.095 1.058 100.000 91.061 1.058 LGA I 249 I 249 0.136 0 0.000 0.021 0.239 100.000 100.000 0.184 LGA G 250 G 250 0.180 0 0.084 0.084 0.432 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.146 0 0.041 0.056 0.257 100.000 100.000 0.047 LGA V 252 V 252 0.200 0 0.069 0.121 0.506 100.000 97.403 0.506 LGA K 253 K 253 0.605 0 0.087 0.224 0.695 86.364 85.859 0.541 LGA Y 254 Y 254 0.712 0 0.052 0.267 2.305 81.818 65.000 2.305 LGA K 255 K 255 0.705 0 0.141 0.299 2.291 77.727 71.515 2.291 LGA V 256 V 256 0.566 0 0.082 0.105 0.674 86.364 84.416 0.606 LGA R 257 R 257 0.841 0 0.099 1.046 5.208 77.727 54.215 3.348 LGA E 258 E 258 0.977 0 0.088 0.266 1.584 73.636 67.475 1.584 LGA K 259 K 259 1.512 0 0.053 0.093 2.937 61.818 50.303 2.937 LGA T 260 T 260 1.370 0 0.017 0.078 1.848 58.182 61.299 1.266 LGA K 261 K 261 2.299 0 0.046 0.377 4.738 41.364 28.687 4.738 LGA D 262 D 262 1.810 0 0.026 0.292 2.011 50.909 49.318 1.579 LGA G 263 G 263 1.948 0 0.032 0.032 2.052 47.727 47.727 - LGA K 264 K 264 1.264 0 0.122 0.301 1.814 65.455 65.657 0.870 LGA R 265 R 265 1.180 0 0.081 0.932 4.378 65.455 55.041 4.378 LGA T 266 T 266 0.969 0 0.042 0.152 1.103 77.727 79.481 0.963 LGA I 267 I 267 0.525 0 0.045 0.075 0.725 86.364 86.364 0.725 LGA R 268 R 268 0.201 0 0.015 0.964 2.464 100.000 83.471 1.930 LGA P 269 P 269 0.282 0 0.010 0.027 0.389 100.000 100.000 0.305 LGA E 270 E 270 0.559 0 0.040 0.298 1.430 86.364 78.384 1.115 LGA K 271 K 271 0.883 0 0.080 0.762 5.747 81.818 48.687 5.747 LGA E 272 E 272 0.636 0 0.059 0.199 1.094 90.909 84.040 0.782 LGA Q 273 Q 273 0.252 0 0.058 0.137 0.522 100.000 97.980 0.522 LGA I 274 I 274 0.308 0 0.029 0.112 0.869 100.000 97.727 0.869 LGA V 275 V 275 0.358 0 0.000 0.022 0.571 95.455 97.403 0.471 LGA V 276 V 276 0.246 0 0.056 0.054 0.379 100.000 100.000 0.276 LGA Q 277 Q 277 0.273 0 0.047 0.568 2.529 100.000 79.596 2.183 LGA D 278 D 278 0.211 0 0.028 0.236 0.753 100.000 95.455 0.753 LGA A 279 A 279 0.174 0 0.026 0.026 0.222 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.227 0 0.032 0.195 0.481 100.000 100.000 0.377 LGA A 281 A 281 0.290 0 0.029 0.027 0.393 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.140 0 0.052 0.057 0.208 100.000 100.000 0.206 LGA I 283 I 283 0.332 0 0.033 0.044 0.474 100.000 100.000 0.362 LGA I 284 I 284 0.242 0 0.026 0.092 0.242 100.000 100.000 0.184 LGA D 285 D 285 0.644 0 0.094 0.936 3.306 86.364 70.000 1.181 LGA K 286 K 286 0.545 0 0.007 0.221 1.145 81.818 80.000 1.145 LGA E 287 E 287 0.646 0 0.027 0.345 2.378 81.818 70.101 1.620 LGA Q 288 Q 288 0.377 0 0.024 0.496 1.496 100.000 82.626 1.361 LGA F 289 F 289 0.215 0 0.052 0.115 0.387 100.000 100.000 0.311 LGA Q 290 Q 290 0.465 0 0.028 1.192 3.460 100.000 67.475 3.460 LGA Q 291 Q 291 0.351 0 0.035 0.142 0.693 100.000 93.939 0.507 LGA S 292 S 292 0.201 0 0.046 0.068 0.415 100.000 100.000 0.091 LGA Q 293 Q 293 0.422 0 0.000 0.189 0.727 90.909 91.919 0.727 LGA V 294 V 294 0.601 0 0.043 0.054 0.817 86.364 84.416 0.760 LGA K 295 K 295 0.327 0 0.080 0.180 0.934 90.909 95.960 0.495 LGA I 296 I 296 0.645 0 0.024 0.062 1.055 82.273 86.591 0.472 LGA A 297 A 297 1.161 0 0.106 0.123 1.695 65.909 65.818 - LGA N 298 N 298 0.858 0 0.058 0.346 2.116 63.182 64.545 1.742 LGA K 299 K 299 2.777 0 0.322 0.694 14.043 48.636 21.616 14.043 LGA V 300 V 300 1.761 0 0.168 0.204 4.547 65.909 41.299 4.547 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.882 0.825 1.779 87.478 81.944 69.687 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.88 95.556 97.885 13.750 LGA_LOCAL RMSD: 0.882 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.882 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.882 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.555673 * X + -0.001283 * Y + 0.831400 * Z + 162.381882 Y_new = -0.758251 * X + 0.410934 * Y + -0.506150 * Z + 155.684692 Z_new = -0.341001 * X + -0.911664 * Y + -0.229318 * Z + 144.017197 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.203221 0.347982 -1.817222 [DEG: -126.2353 19.9379 -104.1191 ] ZXZ: 1.023937 1.802173 -2.783661 [DEG: 58.6673 103.2569 -159.4921 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS019_5-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS019_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.88 97.885 0.88 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS019_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 5 PARENT 4bqqA 4bedB 4kisA 7by5A 2r0qC ATOM 2717 N GLY 165 154.005 185.143 153.387 1.00 87.48 ATOM 2719 CA GLY 165 153.411 185.850 154.525 1.00 87.48 ATOM 2722 C GLY 165 151.888 185.696 154.632 1.00 87.48 ATOM 2723 O GLY 165 151.233 186.515 155.273 1.00 87.48 ATOM 2724 N LYS 166 151.291 184.686 153.983 1.00 88.52 ATOM 2726 CA LYS 166 149.848 184.417 154.078 1.00 88.52 ATOM 2728 C LYS 166 149.530 183.603 155.331 1.00 88.52 ATOM 2729 CB LYS 166 149.317 183.737 152.807 1.00 88.52 ATOM 2732 O LYS 166 150.244 182.661 155.681 1.00 88.52 ATOM 2733 CG LYS 166 149.412 184.665 151.588 1.00 88.52 ATOM 2736 CD LYS 166 149.066 183.934 150.287 1.00 88.52 ATOM 2739 CE LYS 166 149.040 184.958 149.148 1.00 88.52 ATOM 2742 NZ LYS 166 149.061 184.303 147.821 1.00 88.52 ATOM 2746 N TRP 167 148.415 183.920 155.977 1.00 90.62 ATOM 2748 CA TRP 167 147.919 183.209 157.146 1.00 90.62 ATOM 2750 C TRP 167 147.053 182.011 156.740 1.00 90.62 ATOM 2751 CB TRP 167 147.176 184.176 158.057 1.00 90.62 ATOM 2754 O TRP 167 146.055 182.139 156.036 1.00 90.62 ATOM 2755 CG TRP 167 146.819 183.574 159.375 1.00 90.62 ATOM 2756 CD1 TRP 167 145.681 182.907 159.677 1.00 90.62 ATOM 2758 CD2 TRP 167 147.643 183.530 160.578 1.00 90.62 ATOM 2759 CE2 TRP 167 146.932 182.815 161.585 1.00 90.62 ATOM 2760 CE3 TRP 167 148.926 184.013 160.911 1.00 90.62 ATOM 2762 NE1 TRP 167 145.744 182.465 160.983 1.00 90.62 ATOM 2764 CH2 TRP 167 148.739 183.096 163.169 1.00 90.62 ATOM 2766 CZ2 TRP 167 147.466 182.585 162.860 1.00 90.62 ATOM 2768 CZ3 TRP 167 149.465 183.807 162.195 1.00 90.62 ATOM 2770 N ILE 168 147.463 180.815 157.171 1.00 85.47 ATOM 2772 CA ILE 168 146.965 179.530 156.634 1.00 85.47 ATOM 2774 C ILE 168 146.405 178.612 157.729 1.00 85.47 ATOM 2775 CB ILE 168 148.136 178.855 155.891 1.00 85.47 ATOM 2777 O ILE 168 145.714 177.629 157.451 1.00 85.47 ATOM 2778 CG1 ILE 168 148.580 179.724 154.700 1.00 85.47 ATOM 2781 CG2 ILE 168 147.832 177.442 155.365 1.00 85.47 ATOM 2785 CD1 ILE 168 150.030 179.455 154.368 1.00 85.47 ATOM 2789 N SER 169 146.733 178.894 158.989 1.00 82.96 ATOM 2791 CA SER 169 146.414 178.038 160.132 1.00 82.96 ATOM 2793 C SER 169 145.310 178.630 160.997 1.00 82.96 ATOM 2794 CB SER 169 147.649 177.737 161.006 1.00 82.96 ATOM 2797 O SER 169 145.477 179.704 161.551 1.00 82.96 ATOM 2798 OG SER 169 148.789 178.508 160.688 1.00 82.96 ATOM 2800 N GLY 170 144.255 177.847 161.232 1.00 79.12 ATOM 2802 CA GLY 170 143.312 178.066 162.331 1.00 79.12 ATOM 2805 C GLY 170 142.619 179.433 162.337 1.00 79.12 ATOM 2806 O GLY 170 142.354 180.018 161.291 1.00 79.12 ATOM 2807 N LEU 171 142.296 179.897 163.543 1.00 82.98 ATOM 2809 CA LEU 171 141.771 181.237 163.787 1.00 82.98 ATOM 2811 C LEU 171 142.896 182.271 163.655 1.00 82.98 ATOM 2812 CB LEU 171 141.130 181.284 165.188 1.00 82.98 ATOM 2815 O LEU 171 144.052 181.970 163.961 1.00 82.98 ATOM 2816 CG LEU 171 139.866 180.414 165.332 1.00 82.98 ATOM 2818 CD1 LEU 171 139.495 180.250 166.805 1.00 82.98 ATOM 2822 CD2 LEU 171 138.669 181.021 164.598 1.00 82.98 ATOM 2826 N ALA 172 142.543 183.482 163.227 1.00 86.51 ATOM 2828 CA ALA 172 143.436 184.628 163.330 1.00 86.51 ATOM 2830 C ALA 172 143.770 184.902 164.817 1.00 86.51 ATOM 2831 CB ALA 172 142.776 185.833 162.647 1.00 86.51 ATOM 2835 O ALA 172 142.953 184.596 165.695 1.00 86.51 ATOM 2836 N PRO 173 144.971 185.416 165.126 1.00 88.81 ATOM 2837 CA PRO 173 145.291 185.876 166.471 1.00 88.81 ATOM 2839 C PRO 173 144.428 187.089 166.836 1.00 88.81 ATOM 2840 CB PRO 173 146.780 186.216 166.442 1.00 88.81 ATOM 2843 O PRO 173 144.023 187.852 165.966 1.00 88.81 ATOM 2844 CG PRO 173 147.002 186.623 164.987 1.00 88.81 ATOM 2847 CD PRO 173 146.032 185.760 164.195 1.00 88.81 ATOM 2850 N TYR 174 144.171 187.268 168.132 1.00 90.40 ATOM 2852 CA TYR 174 143.456 188.438 168.646 1.00 90.40 ATOM 2854 C TYR 174 144.131 189.735 168.193 1.00 90.40 ATOM 2855 CB TYR 174 143.448 188.355 170.171 1.00 90.40 ATOM 2858 O TYR 174 145.354 189.767 168.125 1.00 90.40 ATOM 2859 CG TYR 174 142.590 189.406 170.834 1.00 90.40 ATOM 2860 CD1 TYR 174 143.177 190.379 171.664 1.00 90.40 ATOM 2862 CD2 TYR 174 141.198 189.410 170.618 1.00 90.40 ATOM 2864 CE1 TYR 174 142.369 191.349 172.284 1.00 90.40 ATOM 2866 CE2 TYR 174 140.387 190.365 171.254 1.00 90.40 ATOM 2868 OH TYR 174 140.195 192.280 172.680 1.00 90.40 ATOM 2870 CZ TYR 174 140.972 191.342 172.083 1.00 90.40 ATOM 2871 N GLY 175 143.377 190.779 167.868 1.00 89.14 ATOM 2873 CA GLY 175 143.928 191.988 167.249 1.00 89.14 ATOM 2876 C GLY 175 143.929 191.951 165.721 1.00 89.14 ATOM 2877 O GLY 175 144.098 192.998 165.102 1.00 89.14 ATOM 2878 N TYR 176 143.712 190.789 165.098 1.00 91.62 ATOM 2880 CA TYR 176 143.752 190.616 163.647 1.00 91.62 ATOM 2882 C TYR 176 142.557 189.821 163.110 1.00 91.62 ATOM 2883 CB TYR 176 145.049 189.910 163.240 1.00 91.62 ATOM 2886 O TYR 176 142.080 188.862 163.716 1.00 91.62 ATOM 2887 CG TYR 176 146.324 190.711 163.425 1.00 91.62 ATOM 2888 CD1 TYR 176 146.687 191.664 162.455 1.00 91.62 ATOM 2890 CD2 TYR 176 147.165 190.485 164.532 1.00 91.62 ATOM 2892 CE1 TYR 176 147.886 192.385 162.581 1.00 91.62 ATOM 2894 CE2 TYR 176 148.394 191.166 164.632 1.00 91.62 ATOM 2896 OH TYR 176 149.928 192.798 163.774 1.00 91.62 ATOM 2898 CZ TYR 176 148.754 192.126 163.662 1.00 91.62 ATOM 2899 N GLN 177 142.149 190.148 161.887 1.00 90.28 ATOM 2901 CA GLN 177 141.191 189.384 161.091 1.00 90.28 ATOM 2903 C GLN 177 141.843 188.863 159.805 1.00 90.28 ATOM 2904 CB GLN 177 139.928 190.213 160.816 1.00 90.28 ATOM 2907 O GLN 177 142.776 189.458 159.272 1.00 90.28 ATOM 2908 CG GLN 177 140.197 191.512 160.036 1.00 90.28 ATOM 2911 CD GLN 177 138.933 192.325 159.783 1.00 90.28 ATOM 2912 NE2 GLN 177 139.069 193.595 159.474 1.00 90.28 ATOM 2915 OE1 GLN 177 137.814 191.837 159.832 1.00 90.28 ATOM 2916 N LEU 178 141.343 187.740 159.283 1.00 88.98 ATOM 2918 CA LEU 178 141.834 187.172 158.028 1.00 88.98 ATOM 2920 C LEU 178 141.151 187.836 156.826 1.00 88.98 ATOM 2921 CB LEU 178 141.629 185.648 158.034 1.00 88.98 ATOM 2924 O LEU 178 139.961 187.619 156.579 1.00 88.98 ATOM 2925 CG LEU 178 142.202 184.950 156.783 1.00 88.98 ATOM 2927 CD1 LEU 178 143.725 185.023 156.750 1.00 88.98 ATOM 2931 CD2 LEU 178 141.809 183.473 156.792 1.00 88.98 ATOM 2935 N ASN 179 141.921 188.560 156.020 1.00 86.61 ATOM 2937 CA ASN 179 141.454 189.094 154.751 1.00 86.61 ATOM 2939 C ASN 179 141.258 187.958 153.738 1.00 86.61 ATOM 2940 CB ASN 179 142.466 190.128 154.266 1.00 86.61 ATOM 2943 O ASN 179 142.211 187.323 153.285 1.00 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