####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS019_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS019_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.87 0.87 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.87 0.87 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.87 0.87 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 45 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 16 104 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 4 91 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 68 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 12 114 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 56 74 110 121 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 107 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 76 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 38 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 38 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 76 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 65 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 27 116 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 13 115 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 25 106 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 36 72 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 11 13 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 57 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 62 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 86 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 11 80 125 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 45 71 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 87 118 126 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 64.44 87.41 93.33 97.04 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.46 0.56 0.66 0.69 0.79 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 GDT RMS_ALL_AT 0.91 0.88 0.88 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 0.87 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.550 0 0.033 0.033 0.566 86.364 86.364 - LGA K 166 K 166 0.468 0 0.032 0.068 0.802 95.455 89.899 0.766 LGA W 167 W 167 0.301 0 0.241 0.259 0.608 95.455 98.701 0.440 LGA I 168 I 168 1.012 0 0.047 0.745 1.590 73.636 67.727 1.140 LGA S 169 S 169 1.340 0 0.253 0.245 2.649 78.182 65.152 2.649 LGA G 170 G 170 1.685 0 0.059 0.059 1.685 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 0.818 0 0.073 1.378 5.630 77.727 52.727 2.967 LGA A 172 A 172 0.457 0 0.019 0.038 0.608 95.455 96.364 - LGA P 173 P 173 0.169 0 0.002 0.236 0.626 100.000 97.403 0.626 LGA Y 174 Y 174 0.369 0 0.016 0.211 1.365 100.000 85.303 1.365 LGA G 175 G 175 0.333 0 0.044 0.044 0.376 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.340 0 0.040 0.155 0.528 100.000 98.485 0.259 LGA Q 177 Q 177 0.546 0 0.057 0.198 0.941 90.909 85.859 0.526 LGA L 178 L 178 0.388 0 0.150 0.194 1.690 90.909 80.455 1.690 LGA N 179 N 179 1.189 0 0.175 0.685 4.863 62.273 37.500 4.863 LGA K 180 K 180 4.096 0 0.261 0.950 13.635 19.091 8.485 13.635 LGA K 181 K 181 1.535 0 0.431 0.957 10.038 70.000 33.737 10.038 LGA T 182 T 182 0.752 0 0.028 1.114 3.448 77.727 68.052 3.448 LGA S 183 S 183 0.859 0 0.125 0.112 1.278 82.273 76.667 1.242 LGA K 184 K 184 0.862 0 0.072 0.938 3.231 77.727 67.475 3.231 LGA L 185 L 185 0.342 0 0.079 0.093 0.584 95.455 97.727 0.312 LGA D 186 D 186 0.142 0 0.021 0.215 1.036 100.000 95.682 0.212 LGA P 187 P 187 0.442 0 0.021 0.371 1.146 86.818 87.273 0.696 LGA V 188 V 188 0.684 0 0.000 0.015 0.749 81.818 81.818 0.749 LGA E 189 E 189 0.676 0 0.030 0.176 0.708 81.818 81.818 0.574 LGA D 190 D 190 0.608 0 0.037 0.074 1.226 90.909 80.227 1.226 LGA E 191 E 191 0.369 0 0.000 0.078 0.562 100.000 93.939 0.428 LGA A 192 A 192 0.282 0 0.034 0.031 0.328 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.281 0 0.046 0.167 0.394 100.000 100.000 0.390 LGA V 194 V 194 0.198 0 0.000 0.033 0.350 100.000 100.000 0.350 LGA V 195 V 195 0.106 0 0.000 0.000 0.207 100.000 100.000 0.147 LGA Q 196 Q 196 0.162 0 0.012 0.231 1.128 100.000 92.121 0.939 LGA L 197 L 197 0.216 0 0.006 0.041 0.324 100.000 100.000 0.321 LGA I 198 I 198 0.129 0 0.053 0.076 0.248 100.000 100.000 0.248 LGA F 199 F 199 0.204 0 0.023 0.048 0.286 100.000 100.000 0.078 LGA N 200 N 200 0.311 0 0.024 0.865 2.949 100.000 80.455 2.949 LGA I 201 I 201 0.174 0 0.039 0.045 0.363 100.000 100.000 0.076 LGA F 202 F 202 0.151 0 0.019 0.054 0.331 100.000 100.000 0.305 LGA L 203 L 203 0.334 0 0.026 0.071 0.694 100.000 95.455 0.642 LGA N 204 N 204 0.254 0 0.000 0.093 1.099 100.000 88.864 0.843 LGA G 205 G 205 0.368 0 0.047 0.047 0.400 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.472 0 0.000 0.070 0.704 90.909 95.455 0.242 LGA N 207 N 207 0.852 0 0.059 0.248 1.827 81.818 71.818 1.106 LGA G 208 G 208 0.957 0 0.091 0.091 1.515 70.000 70.000 - LGA K 209 K 209 1.138 0 0.046 0.219 1.769 65.455 65.657 1.769 LGA D 210 D 210 1.171 0 0.087 0.715 1.618 69.545 67.727 1.618 LGA Y 211 Y 211 1.709 0 0.131 0.629 1.994 54.545 53.333 1.600 LGA S 212 S 212 2.198 0 0.643 0.781 5.916 41.818 29.697 5.916 LGA Y 213 Y 213 3.033 0 0.180 1.100 14.450 39.545 13.333 14.450 LGA A 215 A 215 0.992 0 0.210 0.227 2.025 90.909 80.364 - LGA I 216 I 216 0.376 0 0.029 0.175 0.553 100.000 95.455 0.553 LGA A 217 A 217 0.199 0 0.066 0.077 0.321 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.450 0 0.006 0.143 1.324 100.000 91.212 1.324 LGA H 219 H 219 0.262 0 0.019 0.083 0.631 100.000 94.545 0.631 LGA L 220 L 220 0.245 0 0.013 0.068 0.313 100.000 100.000 0.313 LGA T 221 T 221 0.211 0 0.031 0.055 0.374 100.000 100.000 0.099 LGA N 222 N 222 0.324 0 0.037 0.028 0.529 95.455 97.727 0.432 LGA L 223 L 223 0.516 0 0.048 0.079 0.706 90.909 86.364 0.606 LGA Q 224 Q 224 0.537 0 0.078 0.248 1.127 86.364 80.202 1.006 LGA I 225 I 225 0.460 0 0.046 0.067 0.476 100.000 100.000 0.254 LGA P 226 P 226 0.442 0 0.027 0.058 0.674 90.909 87.013 0.671 LGA T 227 T 227 0.408 0 0.045 0.144 0.705 100.000 97.403 0.705 LGA P 228 P 228 0.552 0 0.159 0.176 0.599 90.909 89.610 0.528 LGA S 229 S 229 0.719 0 0.194 0.175 1.000 77.727 82.121 0.362 LGA G 230 G 230 0.880 0 0.000 0.000 0.902 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.367 0 0.083 0.386 1.340 95.455 88.283 0.921 LGA K 232 K 232 0.417 0 0.166 0.287 1.065 86.818 86.263 1.018 LGA R 233 R 233 0.362 0 0.046 1.041 4.211 100.000 52.893 3.240 LGA W 234 W 234 0.278 0 0.027 0.141 0.536 100.000 96.104 0.519 LGA N 235 N 235 0.427 0 0.000 0.596 2.190 100.000 85.455 2.190 LGA Q 236 Q 236 0.514 0 0.000 0.985 3.883 95.455 70.303 3.883 LGA Y 237 Y 237 0.499 0 0.068 0.153 0.779 90.909 87.879 0.564 LGA T 238 T 238 0.340 0 0.000 0.044 0.402 100.000 100.000 0.344 LGA I 239 I 239 0.285 0 0.040 0.092 0.318 100.000 100.000 0.308 LGA K 240 K 240 0.586 0 0.030 0.253 3.138 95.455 70.707 3.138 LGA A 241 A 241 0.426 0 0.094 0.101 0.653 95.455 96.364 - LGA I 242 I 242 0.033 0 0.040 0.059 0.238 100.000 100.000 0.119 LGA L 243 L 243 0.148 0 0.046 0.061 0.457 100.000 100.000 0.176 LGA Q 244 Q 244 0.112 0 0.069 0.354 1.433 100.000 92.121 0.822 LGA N 245 N 245 0.110 0 0.017 0.102 0.433 100.000 100.000 0.433 LGA E 246 E 246 0.134 0 0.025 0.361 1.128 100.000 94.141 0.849 LGA V 247 V 247 0.152 0 0.013 0.039 0.175 100.000 100.000 0.162 LGA Y 248 Y 248 0.262 0 0.034 0.095 1.067 100.000 89.545 1.067 LGA I 249 I 249 0.201 0 0.012 0.027 0.261 100.000 100.000 0.199 LGA G 250 G 250 0.269 0 0.073 0.073 0.269 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.043 0 0.041 0.049 0.117 100.000 100.000 0.116 LGA V 252 V 252 0.177 0 0.053 0.112 0.574 100.000 97.403 0.574 LGA K 253 K 253 0.468 0 0.081 0.201 0.570 100.000 93.939 0.428 LGA Y 254 Y 254 0.681 0 0.041 0.222 2.418 90.909 68.030 2.418 LGA K 255 K 255 0.745 0 0.060 0.338 1.998 81.818 78.384 1.998 LGA V 256 V 256 0.652 0 0.082 0.095 0.741 81.818 81.818 0.640 LGA R 257 R 257 0.782 0 0.086 1.045 5.007 77.727 55.868 3.063 LGA E 258 E 258 0.864 0 0.098 0.329 1.664 77.727 69.495 1.664 LGA K 259 K 259 1.207 0 0.046 0.136 1.976 65.455 58.990 1.976 LGA T 260 T 260 1.170 0 0.024 0.118 1.586 61.818 63.377 1.115 LGA K 261 K 261 1.989 0 0.039 0.153 2.952 44.545 38.586 2.952 LGA D 262 D 262 1.882 0 0.028 0.308 2.035 50.909 47.727 2.035 LGA G 263 G 263 1.633 0 0.059 0.059 1.633 54.545 54.545 - LGA K 264 K 264 0.875 0 0.130 0.503 2.082 77.727 69.899 2.082 LGA R 265 R 265 0.893 0 0.130 0.895 4.283 77.727 58.017 4.283 LGA T 266 T 266 0.782 0 0.054 0.130 0.880 81.818 81.818 0.805 LGA I 267 I 267 0.458 0 0.030 0.065 0.606 90.909 93.182 0.606 LGA R 268 R 268 0.218 0 0.000 0.941 2.232 100.000 81.983 2.232 LGA P 269 P 269 0.237 0 0.000 0.021 0.325 100.000 100.000 0.319 LGA E 270 E 270 0.490 0 0.015 0.258 1.078 90.909 84.040 0.991 LGA K 271 K 271 0.779 0 0.071 0.739 5.303 81.818 51.515 5.303 LGA E 272 E 272 0.529 0 0.060 0.185 1.192 90.909 84.040 0.885 LGA Q 273 Q 273 0.275 0 0.044 0.109 0.548 100.000 97.980 0.548 LGA I 274 I 274 0.282 0 0.030 0.117 0.867 100.000 97.727 0.867 LGA V 275 V 275 0.183 0 0.018 0.046 0.458 100.000 100.000 0.305 LGA V 276 V 276 0.160 0 0.053 0.056 0.398 100.000 100.000 0.269 LGA Q 277 Q 277 0.139 0 0.046 0.574 2.732 100.000 79.596 2.732 LGA D 278 D 278 0.173 0 0.034 0.185 0.521 100.000 97.727 0.521 LGA A 279 A 279 0.181 0 0.010 0.017 0.227 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.236 0 0.021 0.172 0.509 100.000 98.182 0.441 LGA A 281 A 281 0.314 0 0.028 0.025 0.404 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.223 0 0.044 0.048 0.283 100.000 100.000 0.254 LGA I 283 I 283 0.403 0 0.029 0.042 0.543 95.455 95.455 0.393 LGA I 284 I 284 0.312 0 0.019 0.084 0.312 100.000 100.000 0.259 LGA D 285 D 285 0.645 0 0.084 0.948 3.370 86.364 70.000 1.138 LGA K 286 K 286 0.526 0 0.032 0.243 1.295 81.818 80.000 1.295 LGA E 287 E 287 0.598 0 0.022 0.323 2.243 90.909 74.141 1.580 LGA Q 288 Q 288 0.364 0 0.025 0.495 1.396 100.000 82.626 1.367 LGA F 289 F 289 0.186 0 0.043 0.113 0.375 100.000 100.000 0.342 LGA Q 290 Q 290 0.420 0 0.021 1.230 3.491 100.000 70.505 3.491 LGA Q 291 Q 291 0.279 0 0.033 0.176 0.574 100.000 95.960 0.574 LGA S 292 S 292 0.120 0 0.046 0.061 0.322 100.000 100.000 0.042 LGA Q 293 Q 293 0.389 0 0.000 0.169 0.672 90.909 93.939 0.596 LGA V 294 V 294 0.596 0 0.037 0.057 0.767 86.364 84.416 0.725 LGA K 295 K 295 0.304 0 0.130 0.243 1.177 86.818 94.141 0.293 LGA I 296 I 296 0.569 0 0.017 0.068 0.986 86.364 88.636 0.420 LGA A 297 A 297 1.040 0 0.117 0.135 1.687 65.909 65.818 - LGA N 298 N 298 0.548 0 0.037 0.277 1.409 73.636 77.955 1.078 LGA K 299 K 299 1.947 0 0.360 0.380 12.649 70.455 32.525 12.649 LGA V 300 V 300 3.475 0 0.069 0.067 6.648 19.545 11.169 6.648 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.866 0.816 1.743 88.593 82.755 69.717 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.87 96.111 98.109 13.974 LGA_LOCAL RMSD: 0.866 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.866 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.866 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.973096 * X + -0.101057 * Y + -0.207054 * Z + 153.235596 Y_new = 0.091713 * X + -0.654509 * Y + 0.750471 * Z + 151.127319 Z_new = -0.211359 * X + -0.749270 * Y + -0.627632 * Z + 145.004440 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.093971 0.212965 -2.268082 [DEG: 5.3841 12.2020 -129.9515 ] ZXZ: -2.872391 2.249305 -2.866650 [DEG: -164.5759 128.8757 -164.2470 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS019_4-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS019_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.87 98.109 0.87 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS019_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 4 PARENT 4bqqA 4bedB 4kisA 7by5A 2r0qC ATOM 2717 N GLY 165 153.847 185.081 153.264 1.00 89.17 ATOM 2719 CA GLY 165 153.287 185.784 154.420 1.00 89.17 ATOM 2722 C GLY 165 151.763 185.661 154.549 1.00 89.17 ATOM 2723 O GLY 165 151.140 186.483 155.217 1.00 89.17 ATOM 2724 N LYS 166 151.135 184.675 153.891 1.00 89.60 ATOM 2726 CA LYS 166 149.690 184.421 154.014 1.00 89.60 ATOM 2728 C LYS 166 149.392 183.611 155.275 1.00 89.60 ATOM 2729 CB LYS 166 149.131 183.739 152.755 1.00 89.60 ATOM 2732 O LYS 166 150.126 182.687 155.631 1.00 89.60 ATOM 2733 CG LYS 166 149.210 184.655 151.525 1.00 89.60 ATOM 2736 CD LYS 166 148.832 183.916 150.237 1.00 89.60 ATOM 2739 CE LYS 166 148.756 184.929 149.090 1.00 89.60 ATOM 2742 NZ LYS 166 148.735 184.258 147.769 1.00 89.60 ATOM 2746 N TRP 167 148.279 183.922 155.931 1.00 91.12 ATOM 2748 CA TRP 167 147.802 183.210 157.109 1.00 91.12 ATOM 2750 C TRP 167 146.919 182.021 156.721 1.00 91.12 ATOM 2751 CB TRP 167 147.083 184.175 158.043 1.00 91.12 ATOM 2754 O TRP 167 145.940 182.151 155.990 1.00 91.12 ATOM 2755 CG TRP 167 146.708 183.558 159.353 1.00 91.12 ATOM 2756 CD1 TRP 167 145.557 182.907 159.643 1.00 91.12 ATOM 2758 CD2 TRP 167 147.523 183.494 160.560 1.00 91.12 ATOM 2759 CE2 TRP 167 146.797 182.779 161.556 1.00 91.12 ATOM 2760 CE3 TRP 167 148.809 183.965 160.905 1.00 91.12 ATOM 2762 NE1 TRP 167 145.608 182.443 160.946 1.00 91.12 ATOM 2764 CH2 TRP 167 148.593 183.040 163.157 1.00 91.12 ATOM 2766 CZ2 TRP 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PRO 173 146.822 186.219 166.377 1.00 90.21 ATOM 2843 O PRO 173 144.175 187.986 165.954 1.00 90.21 ATOM 2844 CG PRO 173 147.057 186.597 164.916 1.00 90.21 ATOM 2847 CD PRO 173 146.020 185.803 164.135 1.00 90.21 ATOM 2850 N TYR 174 144.217 187.317 168.100 1.00 92.21 ATOM 2852 CA TYR 174 143.515 188.487 168.636 1.00 92.21 ATOM 2854 C TYR 174 144.209 189.787 168.222 1.00 92.21 ATOM 2855 CB TYR 174 143.505 188.373 170.157 1.00 92.21 ATOM 2858 O TYR 174 145.433 189.831 168.234 1.00 92.21 ATOM 2859 CG TYR 174 142.652 189.418 170.836 1.00 92.21 ATOM 2860 CD1 TYR 174 143.247 190.395 171.656 1.00 92.21 ATOM 2862 CD2 TYR 174 141.257 189.417 170.637 1.00 92.21 ATOM 2864 CE1 TYR 174 142.442 191.362 172.286 1.00 92.21 ATOM 2866 CE2 TYR 174 140.451 190.371 171.279 1.00 92.21 ATOM 2868 OH TYR 174 140.270 192.283 172.710 1.00 92.21 ATOM 2870 CZ TYR 174 141.043 191.350 172.102 1.00 92.21 ATOM 2871 N GLY 175 143.468 190.827 167.859 1.00 91.00 ATOM 2873 CA GLY 175 144.030 192.036 167.248 1.00 91.00 ATOM 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ATOM 2907 O GLN 177 142.794 189.490 159.309 1.00 92.15 ATOM 2908 CG GLN 177 140.219 191.548 160.054 1.00 92.15 ATOM 2911 CD GLN 177 138.956 192.364 159.805 1.00 92.15 ATOM 2912 NE2 GLN 177 139.092 193.617 159.439 1.00 92.15 ATOM 2915 OE1 GLN 177 137.834 191.893 159.911 1.00 92.15 ATOM 2916 N LEU 178 141.361 187.768 159.347 1.00 90.35 ATOM 2918 CA LEU 178 141.826 187.199 158.084 1.00 90.35 ATOM 2920 C LEU 178 141.116 187.868 156.902 1.00 90.35 ATOM 2921 CB LEU 178 141.615 185.675 158.092 1.00 90.35 ATOM 2924 O LEU 178 139.922 187.647 156.677 1.00 90.35 ATOM 2925 CG LEU 178 142.129 184.978 156.816 1.00 90.35 ATOM 2927 CD1 LEU 178 143.642 185.113 156.682 1.00 90.35 ATOM 2931 CD2 LEU 178 141.794 183.488 156.877 1.00 90.35 ATOM 2935 N ASN 179 141.862 188.612 156.092 1.00 88.41 ATOM 2937 CA ASN 179 141.361 189.155 154.841 1.00 88.41 ATOM 2939 C ASN 179 141.175 188.029 153.818 1.00 88.41 ATOM 2940 CB ASN 179 142.330 190.231 154.364 1.00 88.41 ATOM 2943 O ASN 179 142.137 187.433 153.333 1.00 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