####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS019_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS019_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 85 119 127 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 84 119 127 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 84 119 127 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 79 119 127 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 76 127 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 3 34 124 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 69 119 127 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 84 119 127 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 85 119 127 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 85 119 127 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 85 119 127 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 85 119 127 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 85 119 127 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 85 119 127 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 13 86 127 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 11 22 57 74 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 11 110 125 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 29 119 127 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 47 119 127 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 47 119 127 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 85 119 127 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 85 119 127 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 85 119 127 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 80 119 127 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 80 119 127 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 80 119 127 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 85 119 127 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 85 119 127 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 85 119 127 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 85 119 127 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 85 119 127 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 85 119 127 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 85 119 127 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 85 119 127 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 85 119 127 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 85 119 127 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 85 119 127 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 85 119 127 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 85 119 127 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 85 119 127 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 84 119 127 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 59 119 127 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 74 119 127 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 72 124 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 124 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 85 119 127 131 132 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 62.96 88.15 94.07 97.04 97.78 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.48 0.61 0.69 0.72 0.76 0.81 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 GDT RMS_ALL_AT 0.94 0.91 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.502 0 0.034 0.034 0.533 90.909 90.909 - LGA K 166 K 166 0.414 0 0.035 0.065 0.595 95.455 91.919 0.519 LGA W 167 W 167 0.281 0 0.232 0.263 0.626 95.455 98.701 0.339 LGA I 168 I 168 0.872 0 0.046 0.750 1.550 77.727 67.955 1.531 LGA S 169 S 169 1.569 0 0.321 0.641 2.392 74.545 64.545 1.746 LGA G 170 G 170 1.875 0 0.094 0.094 1.875 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 0.780 0 0.090 1.376 5.584 77.727 52.727 2.999 LGA A 172 A 172 0.437 0 0.020 0.040 0.574 95.455 96.364 - LGA P 173 P 173 0.193 0 0.000 0.239 0.735 100.000 97.403 0.735 LGA Y 174 Y 174 0.363 0 0.000 0.218 1.446 100.000 85.303 1.446 LGA G 175 G 175 0.406 0 0.060 0.060 0.410 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.436 0 0.043 0.161 0.621 100.000 96.970 0.333 LGA Q 177 Q 177 0.623 0 0.058 0.198 1.092 90.909 84.040 0.584 LGA L 178 L 178 0.388 0 0.147 0.212 1.729 86.818 80.455 1.729 LGA N 179 N 179 1.326 0 0.174 0.700 5.116 59.091 35.682 5.116 LGA K 180 K 180 4.137 0 0.268 0.951 13.550 13.182 5.859 13.550 LGA K 181 K 181 1.593 0 0.428 0.962 10.219 61.818 30.101 10.219 LGA T 182 T 182 0.859 0 0.027 1.112 3.353 77.727 68.052 3.353 LGA S 183 S 183 0.860 0 0.138 0.123 1.304 81.818 76.364 1.270 LGA K 184 K 184 0.865 0 0.071 0.934 3.130 77.727 69.293 3.130 LGA L 185 L 185 0.271 0 0.084 0.097 0.513 95.455 97.727 0.237 LGA D 186 D 186 0.230 0 0.026 0.204 1.082 100.000 93.409 0.378 LGA P 187 P 187 0.452 0 0.015 0.367 1.134 86.818 87.273 0.782 LGA V 188 V 188 0.731 0 0.000 0.021 0.801 81.818 81.818 0.801 LGA E 189 E 189 0.784 0 0.022 0.178 0.947 81.818 81.818 0.647 LGA D 190 D 190 0.830 0 0.053 0.084 1.680 81.818 71.818 1.680 LGA E 191 E 191 0.518 0 0.000 0.087 0.700 90.909 85.859 0.549 LGA A 192 A 192 0.339 0 0.029 0.028 0.379 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.356 0 0.049 0.215 0.570 100.000 97.980 0.570 LGA V 194 V 194 0.277 0 0.026 0.043 0.452 100.000 100.000 0.433 LGA V 195 V 195 0.132 0 0.000 0.000 0.277 100.000 100.000 0.167 LGA Q 196 Q 196 0.153 0 0.026 0.227 1.198 100.000 90.303 1.008 LGA L 197 L 197 0.240 0 0.000 0.052 0.373 100.000 100.000 0.372 LGA I 198 I 198 0.084 0 0.049 0.077 0.279 100.000 100.000 0.267 LGA F 199 F 199 0.155 0 0.009 0.042 0.285 100.000 100.000 0.109 LGA N 200 N 200 0.264 0 0.000 0.641 1.936 100.000 89.318 1.936 LGA I 201 I 201 0.141 0 0.035 0.049 0.297 100.000 100.000 0.173 LGA F 202 F 202 0.150 0 0.033 0.045 0.406 100.000 100.000 0.402 LGA L 203 L 203 0.387 0 0.033 0.066 0.773 100.000 93.182 0.696 LGA N 204 N 204 0.343 0 0.000 0.087 1.265 100.000 86.818 1.056 LGA G 205 G 205 0.116 0 0.054 0.054 0.210 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.272 0 0.005 0.206 0.935 100.000 95.455 0.546 LGA N 207 N 207 0.590 0 0.057 0.259 1.779 90.909 80.455 0.835 LGA G 208 G 208 0.752 0 0.097 0.097 1.161 77.727 77.727 - LGA K 209 K 209 0.990 0 0.032 0.583 1.365 81.818 82.222 0.412 LGA D 210 D 210 0.919 0 0.074 0.811 2.471 81.818 70.455 2.471 LGA Y 211 Y 211 1.451 0 0.126 0.648 1.961 65.455 58.182 1.505 LGA S 212 S 212 2.122 0 0.647 0.774 5.842 41.818 29.697 5.842 LGA Y 213 Y 213 3.044 0 0.186 1.109 14.480 36.364 12.273 14.480 LGA A 215 A 215 0.912 0 0.187 0.203 1.976 86.364 79.273 - LGA I 216 I 216 0.343 0 0.001 0.171 0.613 100.000 95.455 0.608 LGA A 217 A 217 0.161 0 0.056 0.064 0.280 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.453 0 0.000 0.071 1.047 100.000 91.212 1.047 LGA H 219 H 219 0.285 0 0.016 0.087 0.646 100.000 92.727 0.646 LGA L 220 L 220 0.272 0 0.000 0.064 0.302 100.000 100.000 0.302 LGA T 221 T 221 0.256 0 0.025 0.039 0.457 100.000 100.000 0.103 LGA N 222 N 222 0.409 0 0.043 0.029 0.554 95.455 95.455 0.541 LGA L 223 L 223 0.548 0 0.050 0.085 0.753 86.364 84.091 0.573 LGA Q 224 Q 224 0.615 0 0.087 0.230 1.162 81.818 80.000 0.723 LGA I 225 I 225 0.552 0 0.051 0.077 0.562 86.364 90.909 0.254 LGA P 226 P 226 0.588 0 0.036 0.059 0.848 81.818 81.818 0.848 LGA T 227 T 227 0.541 0 0.044 0.146 0.848 81.818 84.416 0.848 LGA P 228 P 228 0.731 0 0.190 0.204 0.780 86.364 84.416 0.705 LGA S 229 S 229 0.973 0 0.189 0.169 1.128 73.636 76.364 0.571 LGA G 230 G 230 1.081 0 0.000 0.000 1.115 73.636 73.636 - LGA K 231 K 231 0.464 0 0.085 0.412 1.319 95.455 84.242 0.617 LGA K 232 K 232 0.438 0 0.147 0.268 1.514 90.909 80.606 1.514 LGA R 233 R 233 0.359 0 0.004 0.969 4.602 100.000 50.083 4.169 LGA W 234 W 234 0.272 0 0.023 0.139 0.670 100.000 92.208 0.652 LGA N 235 N 235 0.464 0 0.021 0.655 2.066 95.455 81.136 2.066 LGA Q 236 Q 236 0.565 0 0.000 0.965 3.884 86.364 63.232 3.884 LGA Y 237 Y 237 0.587 0 0.067 0.163 0.851 81.818 84.848 0.673 LGA T 238 T 238 0.366 0 0.010 0.052 0.416 100.000 100.000 0.378 LGA I 239 I 239 0.327 0 0.036 0.092 0.351 100.000 100.000 0.324 LGA K 240 K 240 0.646 0 0.025 0.241 3.045 86.364 65.455 3.045 LGA A 241 A 241 0.531 0 0.093 0.101 0.749 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.095 0 0.038 0.059 0.194 100.000 100.000 0.144 LGA L 243 L 243 0.163 0 0.043 0.064 0.443 100.000 100.000 0.256 LGA Q 244 Q 244 0.195 0 0.066 0.330 1.307 95.455 90.101 0.668 LGA N 245 N 245 0.152 0 0.013 0.104 0.408 100.000 100.000 0.408 LGA E 246 E 246 0.030 0 0.029 0.328 0.942 100.000 95.960 0.772 LGA V 247 V 247 0.127 0 0.014 0.035 0.169 100.000 100.000 0.169 LGA Y 248 Y 248 0.196 0 0.035 0.094 1.028 100.000 91.061 1.028 LGA I 249 I 249 0.106 0 0.032 0.046 0.174 100.000 100.000 0.174 LGA G 250 G 250 0.241 0 0.055 0.055 0.351 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.186 0 0.039 0.055 0.218 100.000 100.000 0.173 LGA V 252 V 252 0.197 0 0.057 0.117 0.520 100.000 97.403 0.520 LGA K 253 K 253 0.555 0 0.082 0.224 0.672 90.909 89.899 0.457 LGA Y 254 Y 254 0.680 0 0.043 0.254 2.264 86.364 66.515 2.264 LGA K 255 K 255 0.629 0 0.076 0.304 2.266 86.364 75.354 2.266 LGA V 256 V 256 0.503 0 0.082 0.094 0.607 86.364 84.416 0.542 LGA R 257 R 257 0.689 0 0.090 1.034 5.190 77.727 54.215 3.470 LGA E 258 E 258 0.713 0 0.088 0.246 1.259 81.818 76.364 1.194 LGA K 259 K 259 1.221 0 0.050 0.235 2.851 65.455 53.333 2.851 LGA T 260 T 260 1.308 0 0.029 0.126 1.729 58.182 61.299 1.173 LGA K 261 K 261 2.403 0 0.065 0.389 5.265 41.364 27.677 5.265 LGA D 262 D 262 1.823 0 0.026 0.492 2.338 58.182 51.364 2.036 LGA G 263 G 263 1.596 0 0.066 0.066 1.658 58.182 58.182 - LGA K 264 K 264 0.748 0 0.092 0.402 2.076 81.818 69.899 2.076 LGA R 265 R 265 0.815 0 0.103 0.946 4.436 77.727 59.339 4.436 LGA T 266 T 266 0.643 0 0.052 0.151 0.763 90.909 87.013 0.621 LGA I 267 I 267 0.311 0 0.034 0.064 0.504 100.000 97.727 0.504 LGA R 268 R 268 0.250 0 0.016 0.964 2.427 100.000 86.612 1.952 LGA P 269 P 269 0.461 0 0.000 0.021 0.544 90.909 92.208 0.467 LGA E 270 E 270 0.693 0 0.017 0.256 1.176 81.818 80.000 0.948 LGA K 271 K 271 1.004 0 0.068 0.728 5.551 77.727 45.859 5.551 LGA E 272 E 272 0.712 0 0.053 0.193 1.082 90.909 84.040 0.875 LGA Q 273 Q 273 0.323 0 0.043 0.105 0.537 100.000 97.980 0.537 LGA I 274 I 274 0.300 0 0.025 0.111 0.796 100.000 97.727 0.796 LGA V 275 V 275 0.342 0 0.024 0.049 0.614 95.455 97.403 0.467 LGA V 276 V 276 0.233 0 0.048 0.053 0.400 100.000 100.000 0.284 LGA Q 277 Q 277 0.249 0 0.043 0.569 2.430 100.000 80.808 2.430 LGA D 278 D 278 0.232 0 0.031 0.240 0.678 100.000 95.455 0.677 LGA A 279 A 279 0.253 0 0.010 0.013 0.312 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.310 0 0.019 0.186 0.470 100.000 100.000 0.375 LGA A 281 A 281 0.343 0 0.010 0.018 0.447 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.199 0 0.044 0.052 0.258 100.000 100.000 0.216 LGA I 283 I 283 0.384 0 0.033 0.046 0.528 95.455 97.727 0.360 LGA I 284 I 284 0.259 0 0.031 0.088 0.259 100.000 100.000 0.217 LGA D 285 D 285 0.650 0 0.085 0.856 2.938 86.364 71.136 1.069 LGA K 286 K 286 0.576 0 0.000 0.236 1.265 81.818 80.000 1.265 LGA E 287 E 287 0.715 0 0.025 0.335 2.439 81.818 70.101 1.603 LGA Q 288 Q 288 0.433 0 0.026 0.498 1.437 95.455 80.606 1.370 LGA F 289 F 289 0.229 0 0.050 0.110 0.380 100.000 100.000 0.278 LGA Q 290 Q 290 0.499 0 0.015 1.232 3.397 100.000 67.475 3.397 LGA Q 291 Q 291 0.397 0 0.032 0.175 0.737 100.000 91.919 0.641 LGA S 292 S 292 0.241 0 0.047 0.061 0.418 100.000 100.000 0.124 LGA Q 293 Q 293 0.478 0 0.008 0.171 0.725 90.909 89.899 0.720 LGA V 294 V 294 0.704 0 0.037 0.056 0.925 81.818 81.818 0.896 LGA K 295 K 295 0.380 0 0.108 0.240 1.041 86.818 94.141 0.215 LGA I 296 I 296 0.621 0 0.023 0.063 1.047 82.273 86.591 0.500 LGA A 297 A 297 1.144 0 0.117 0.133 1.791 65.909 65.818 - LGA N 298 N 298 0.676 0 0.023 0.270 1.450 73.636 75.682 1.349 LGA K 299 K 299 2.057 0 0.348 0.445 13.160 67.273 30.505 13.160 LGA V 300 V 300 3.245 0 0.059 0.061 6.416 26.364 15.325 6.416 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.883 0.827 1.777 87.815 81.893 68.953 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.88 96.296 98.135 13.733 LGA_LOCAL RMSD: 0.883 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.883 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.883 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.540904 * X + -0.004005 * Y + -0.841075 * Z + 147.725861 Y_new = 0.832705 * X + -0.138254 * Y + 0.536180 * Z + 144.151184 Z_new = -0.118429 * X + -0.990389 * Y + -0.071447 * Z + 143.061798 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.994720 0.118708 -1.642812 [DEG: 56.9933 6.8015 -94.1262 ] ZXZ: -2.138329 1.642304 -3.022579 [DEG: -122.5172 94.0971 -173.1810 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS019_2-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS019_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.88 98.135 0.88 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS019_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 2 PARENT 4bqqA 4bedB 4kisA 7by5A 2r0qC ATOM 2717 N GLY 165 153.934 185.080 153.300 1.00 88.29 ATOM 2719 CA GLY 165 153.350 185.807 154.429 1.00 88.29 ATOM 2722 C GLY 165 151.826 185.678 154.538 1.00 88.29 ATOM 2723 O GLY 165 151.183 186.520 155.159 1.00 88.29 ATOM 2724 N LYS 166 151.219 184.659 153.910 1.00 89.13 ATOM 2726 CA LYS 166 149.775 184.395 154.012 1.00 89.13 ATOM 2728 C LYS 166 149.460 183.602 155.280 1.00 89.13 ATOM 2729 CB LYS 166 149.248 183.691 152.752 1.00 89.13 ATOM 2732 O LYS 166 150.188 182.680 155.653 1.00 89.13 ATOM 2733 CG LYS 166 149.339 184.596 151.514 1.00 89.13 ATOM 2736 CD LYS 166 148.995 183.836 150.229 1.00 89.13 ATOM 2739 CE LYS 166 148.949 184.830 149.064 1.00 89.13 ATOM 2742 NZ LYS 166 148.952 184.137 147.755 1.00 89.13 ATOM 2746 N TRP 167 148.338 183.916 155.916 1.00 90.84 ATOM 2748 CA TRP 167 147.836 183.209 157.088 1.00 90.84 ATOM 2750 C TRP 167 146.963 182.018 156.681 1.00 90.84 ATOM 2751 CB TRP 167 147.090 184.178 157.997 1.00 90.84 ATOM 2754 O TRP 167 145.972 182.160 155.968 1.00 90.84 ATOM 2755 CG TRP 167 146.737 183.581 159.321 1.00 90.84 ATOM 2756 CD1 TRP 167 145.603 182.912 159.633 1.00 90.84 ATOM 2758 CD2 TRP 167 147.565 183.555 160.520 1.00 90.84 ATOM 2759 CE2 TRP 167 146.862 182.846 161.537 1.00 90.84 ATOM 2760 CE3 TRP 167 148.846 184.053 160.843 1.00 90.84 ATOM 2762 NE1 TRP 167 145.673 182.477 160.944 1.00 90.84 ATOM 2764 CH2 TRP 167 148.670 183.169 163.113 1.00 90.84 ATOM 2766 CZ2 TRP 167 147.399 182.644 162.815 1.00 90.84 ATOM 2768 CZ3 TRP 167 149.389 183.870 162.128 1.00 90.84 ATOM 2770 N ILE 168 147.357 180.818 157.115 1.00 86.38 ATOM 2772 CA ILE 168 146.854 179.540 156.564 1.00 86.38 ATOM 2774 C ILE 168 146.284 178.616 157.648 1.00 86.38 ATOM 2775 CB ILE 168 148.022 178.865 155.815 1.00 86.38 ATOM 2777 O ILE 168 145.593 177.638 157.351 1.00 86.38 ATOM 2778 CG1 ILE 168 148.496 179.742 154.640 1.00 86.38 ATOM 2781 CG2 ILE 168 147.706 177.468 155.256 1.00 86.38 ATOM 2785 CD1 ILE 168 149.977 179.539 154.409 1.00 86.38 ATOM 2789 N SER 169 146.594 178.880 158.916 1.00 83.45 ATOM 2791 CA SER 169 146.272 177.996 160.038 1.00 83.45 ATOM 2793 C SER 169 145.286 178.615 161.016 1.00 83.45 ATOM 2794 CB SER 169 147.537 177.581 160.795 1.00 83.45 ATOM 2797 O SER 169 145.629 179.553 161.727 1.00 83.45 ATOM 2798 OG SER 169 148.407 178.673 161.007 1.00 83.45 ATOM 2800 N GLY 170 144.125 177.972 161.151 1.00 79.93 ATOM 2802 CA GLY 170 143.196 178.198 162.255 1.00 79.93 ATOM 2805 C 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PRO 173 146.739 186.290 166.356 1.00 89.80 ATOM 2843 O PRO 173 144.052 188.003 165.891 1.00 89.80 ATOM 2844 CG PRO 173 146.973 186.673 164.897 1.00 89.80 ATOM 2847 CD PRO 173 145.971 185.842 164.110 1.00 89.80 ATOM 2850 N TYR 174 144.120 187.369 168.048 1.00 91.92 ATOM 2852 CA TYR 174 143.409 188.538 168.572 1.00 91.92 ATOM 2854 C TYR 174 144.092 189.839 168.139 1.00 91.92 ATOM 2855 CB TYR 174 143.401 188.438 170.096 1.00 91.92 ATOM 2858 O TYR 174 145.316 189.884 168.135 1.00 91.92 ATOM 2859 CG TYR 174 142.554 189.492 170.771 1.00 91.92 ATOM 2860 CD1 TYR 174 143.155 190.461 171.596 1.00 91.92 ATOM 2862 CD2 TYR 174 141.161 189.504 170.568 1.00 91.92 ATOM 2864 CE1 TYR 174 142.359 191.437 172.221 1.00 91.92 ATOM 2866 CE2 TYR 174 140.363 190.468 171.206 1.00 91.92 ATOM 2868 OH TYR 174 140.196 192.389 172.626 1.00 91.92 ATOM 2870 CZ TYR 174 140.962 191.442 172.029 1.00 91.92 ATOM 2871 N GLY 175 143.343 190.873 167.770 1.00 90.63 ATOM 2873 CA GLY 175 143.905 192.079 167.153 1.00 90.63 ATOM 2876 C GLY 175 143.913 192.042 165.626 1.00 90.63 ATOM 2877 O GLY 175 144.105 193.086 165.011 1.00 90.63 ATOM 2878 N TYR 176 143.684 190.883 165.002 1.00 92.74 ATOM 2880 CA TYR 176 143.717 190.708 163.552 1.00 92.74 ATOM 2882 C TYR 176 142.518 189.915 163.023 1.00 92.74 ATOM 2883 CB TYR 176 145.011 189.998 163.139 1.00 92.74 ATOM 2886 O TYR 176 142.036 188.969 163.642 1.00 92.74 ATOM 2887 CG TYR 176 146.290 190.792 163.325 1.00 92.74 ATOM 2888 CD1 TYR 176 146.658 191.744 162.358 1.00 92.74 ATOM 2890 CD2 TYR 176 147.129 190.560 164.432 1.00 92.74 ATOM 2892 CE1 TYR 176 147.859 192.463 162.488 1.00 92.74 ATOM 2894 CE2 TYR 176 148.361 191.237 164.537 1.00 92.74 ATOM 2896 OH TYR 176 149.902 192.865 163.683 1.00 92.74 ATOM 2898 CZ TYR 176 148.725 192.198 163.570 1.00 92.74 ATOM 2899 N GLN 177 142.109 190.235 161.797 1.00 91.75 ATOM 2901 CA GLN 177 141.144 189.472 161.008 1.00 91.75 ATOM 2903 C GLN 177 141.792 188.933 159.728 1.00 91.75 ATOM 2904 CB GLN 177 139.891 190.313 160.720 1.00 91.75 ATOM 2907 O GLN 177 142.737 189.513 159.196 1.00 91.75 ATOM 2908 CG GLN 177 140.177 191.604 159.931 1.00 91.75 ATOM 2911 CD GLN 177 138.923 192.428 159.663 1.00 91.75 ATOM 2912 NE2 GLN 177 139.074 193.679 159.293 1.00 91.75 ATOM 2915 OE1 GLN 177 137.797 191.965 159.759 1.00 91.75 ATOM 2916 N LEU 178 141.280 187.812 159.214 1.00 90.17 ATOM 2918 CA LEU 178 141.767 187.226 157.964 1.00 90.17 ATOM 2920 C LEU 178 141.084 187.878 156.756 1.00 90.17 ATOM 2921 CB LEU 178 141.555 185.702 157.989 1.00 90.17 ATOM 2924 O LEU 178 139.891 187.672 156.520 1.00 90.17 ATOM 2925 CG LEU 178 142.118 184.986 156.744 1.00 90.17 ATOM 2927 CD1 LEU 178 143.641 185.059 156.701 1.00 90.17 ATOM 2931 CD2 LEU 178 141.723 183.510 156.776 1.00 90.17 ATOM 2935 N ASN 179 141.857 188.581 155.934 1.00 87.82 ATOM 2937 CA ASN 179 141.387 189.101 154.660 1.00 87.82 ATOM 2939 C ASN 179 141.195 187.955 153.659 1.00 87.82 ATOM 2940 CB ASN 179 142.395 190.136 154.169 1.00 87.82 ATOM 2943 O ASN 179 142.152 187.325 153.209 1.00 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