####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS017_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS017_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.89 0.89 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.89 0.89 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.89 0.89 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 86 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 86 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 86 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 86 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 2 31 95 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 13 70 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 86 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 86 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 86 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 86 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 86 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 86 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 62 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 86 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 23 102 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 20 34 120 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 4 105 119 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 54 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 54 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 54 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 86 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 86 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 86 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 58 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 62 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 66 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 77 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 86 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 86 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 86 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 86 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 86 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 86 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 86 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 86 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 86 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 86 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 86 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 86 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 86 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 77 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 80 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 44 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 21 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 6 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 6 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 16 74 125 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 14 51 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 24 61 128 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 38 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 86 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 86 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 86 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 86 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 86 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 86 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 86 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 86 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 74 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 58 113 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 74 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 4 101 125 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 86 114 126 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 63.70 84.44 93.33 97.04 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.32 0.47 0.64 0.74 0.79 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 GDT RMS_ALL_AT 0.97 0.94 0.90 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 0.89 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.735 0 0.046 0.046 0.789 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.490 0 0.000 0.128 1.550 95.455 82.626 1.550 LGA W 167 W 167 0.161 0 0.181 0.181 0.628 95.455 98.701 0.181 LGA I 168 I 168 0.857 0 0.069 0.116 1.942 73.636 67.727 1.450 LGA S 169 S 169 2.038 0 0.459 0.750 5.202 66.818 46.364 5.202 LGA G 170 G 170 1.655 0 0.181 0.181 1.655 65.909 65.909 - LGA L 171 L 171 0.613 0 0.103 1.391 5.778 81.818 53.636 3.317 LGA A 172 A 172 0.533 0 0.029 0.039 0.744 81.818 85.455 - LGA P 173 P 173 0.362 0 0.026 0.105 0.472 100.000 100.000 0.459 LGA Y 174 Y 174 0.358 0 0.060 0.230 1.249 95.455 86.515 1.249 LGA G 175 G 175 0.435 0 0.067 0.067 0.490 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.605 0 0.023 0.171 0.879 86.364 86.364 0.539 LGA Q 177 Q 177 0.961 0 0.064 0.453 1.672 81.818 74.747 1.182 LGA L 178 L 178 0.754 0 0.076 0.229 1.745 73.636 73.864 1.745 LGA N 179 N 179 1.269 0 0.158 0.646 4.744 65.909 39.318 4.744 LGA K 180 K 180 3.467 0 0.306 0.971 12.993 29.545 13.131 12.993 LGA K 181 K 181 1.913 0 0.445 0.940 10.608 65.909 29.899 10.608 LGA T 182 T 182 0.771 0 0.014 1.122 3.327 86.364 72.987 3.327 LGA S 183 S 183 0.983 0 0.155 0.138 1.296 78.182 73.939 1.296 LGA K 184 K 184 0.781 0 0.062 0.794 2.210 77.727 73.535 2.210 LGA L 185 L 185 0.391 0 0.046 0.060 0.620 90.909 95.455 0.340 LGA D 186 D 186 0.374 0 0.055 0.103 0.760 90.909 95.455 0.217 LGA P 187 P 187 0.629 0 0.015 0.126 1.531 70.000 77.662 0.610 LGA V 188 V 188 1.145 0 0.041 0.033 1.346 69.545 67.792 1.346 LGA E 189 E 189 1.034 0 0.057 0.403 1.751 73.636 71.111 1.751 LGA D 190 D 190 0.936 0 0.025 0.045 1.301 81.818 73.636 1.301 LGA E 191 E 191 0.767 0 0.000 0.057 1.314 81.818 76.364 1.314 LGA A 192 A 192 0.394 0 0.033 0.037 0.496 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.394 0 0.063 0.148 1.366 100.000 86.263 1.366 LGA V 194 V 194 0.454 0 0.019 0.042 0.515 100.000 94.805 0.500 LGA V 195 V 195 0.256 0 0.014 0.044 0.478 100.000 100.000 0.297 LGA Q 196 Q 196 0.273 0 0.037 0.275 1.402 100.000 88.485 1.402 LGA L 197 L 197 0.287 0 0.007 0.064 0.394 100.000 100.000 0.380 LGA I 198 I 198 0.280 0 0.041 0.100 0.399 100.000 100.000 0.291 LGA F 199 F 199 0.267 0 0.008 0.056 0.388 100.000 100.000 0.298 LGA N 200 N 200 0.344 0 0.026 0.645 1.564 100.000 89.545 1.564 LGA I 201 I 201 0.186 0 0.000 0.056 0.294 100.000 100.000 0.141 LGA F 202 F 202 0.262 0 0.003 0.075 0.352 100.000 100.000 0.323 LGA L 203 L 203 0.349 0 0.058 0.127 0.854 100.000 95.455 0.631 LGA N 204 N 204 0.175 0 0.036 0.080 0.845 100.000 93.182 0.729 LGA G 205 G 205 0.399 0 0.042 0.042 0.443 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.332 0 0.024 0.623 2.407 95.455 85.455 0.706 LGA N 207 N 207 0.793 0 0.055 0.132 0.939 81.818 81.818 0.723 LGA G 208 G 208 1.162 0 0.099 0.099 1.807 65.909 65.909 - LGA K 209 K 209 1.168 0 0.088 0.231 2.290 65.455 59.192 2.290 LGA D 210 D 210 1.184 0 0.072 0.632 1.583 69.545 67.727 1.583 LGA Y 211 Y 211 1.759 0 0.068 0.651 2.082 54.545 51.212 1.608 LGA S 212 S 212 2.218 0 0.638 0.794 5.733 36.364 26.061 5.733 LGA Y 213 Y 213 3.083 0 0.137 1.085 14.524 36.364 12.273 14.524 LGA A 215 A 215 1.063 0 0.155 0.167 2.112 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.370 0 0.000 0.141 0.488 100.000 100.000 0.424 LGA A 217 A 217 0.406 0 0.042 0.065 0.425 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.480 0 0.000 0.085 1.147 95.455 88.182 1.147 LGA H 219 H 219 0.319 0 0.036 0.111 0.775 100.000 94.545 0.775 LGA L 220 L 220 0.298 0 0.011 0.135 0.489 100.000 100.000 0.489 LGA T 221 T 221 0.172 0 0.000 0.035 0.265 100.000 100.000 0.107 LGA N 222 N 222 0.250 0 0.031 0.105 0.491 100.000 100.000 0.304 LGA L 223 L 223 0.549 0 0.040 0.068 0.924 86.364 84.091 0.818 LGA Q 224 Q 224 0.358 0 0.054 0.162 1.015 95.455 88.081 0.738 LGA I 225 I 225 0.393 0 0.059 0.099 0.536 100.000 97.727 0.382 LGA P 226 P 226 0.416 0 0.058 0.097 0.845 95.455 89.610 0.845 LGA T 227 T 227 0.433 0 0.036 0.079 0.675 90.909 92.208 0.675 LGA P 228 P 228 0.698 0 0.035 0.079 0.783 81.818 84.416 0.535 LGA S 229 S 229 0.803 0 0.078 0.106 0.901 81.818 81.818 0.649 LGA G 230 G 230 0.757 0 0.030 0.030 0.804 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.300 0 0.011 0.499 0.977 100.000 93.939 0.977 LGA K 232 K 232 0.203 0 0.068 0.199 0.548 100.000 97.980 0.548 LGA R 233 R 233 0.389 0 0.059 1.122 6.034 95.455 51.570 3.580 LGA W 234 W 234 0.309 0 0.050 0.151 0.695 100.000 96.104 0.695 LGA N 235 N 235 0.470 0 0.070 0.667 2.556 95.455 79.773 2.556 LGA Q 236 Q 236 0.579 0 0.000 1.012 3.628 90.909 69.697 3.628 LGA Y 237 Y 237 0.512 0 0.059 0.156 0.979 90.909 84.848 0.979 LGA T 238 T 238 0.511 0 0.033 0.097 0.605 86.364 87.013 0.605 LGA I 239 I 239 0.457 0 0.049 0.156 0.483 100.000 100.000 0.469 LGA K 240 K 240 0.608 0 0.026 0.168 3.109 86.364 65.455 3.109 LGA A 241 A 241 0.442 0 0.072 0.080 0.581 100.000 96.364 - LGA I 242 I 242 0.159 0 0.026 0.091 0.284 100.000 100.000 0.124 LGA L 243 L 243 0.153 0 0.039 0.078 0.301 100.000 100.000 0.301 LGA Q 244 Q 244 0.279 0 0.048 0.175 0.852 100.000 93.939 0.597 LGA N 245 N 245 0.318 0 0.045 0.083 0.442 100.000 100.000 0.364 LGA E 246 E 246 0.315 0 0.053 0.673 1.871 100.000 88.687 1.363 LGA V 247 V 247 0.143 0 0.024 0.063 0.231 100.000 100.000 0.231 LGA Y 248 Y 248 0.263 0 0.066 0.194 1.307 95.455 89.545 1.307 LGA I 249 I 249 0.236 0 0.025 0.058 0.604 100.000 95.455 0.604 LGA G 250 G 250 0.233 0 0.018 0.018 0.335 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.344 0 0.099 0.119 0.564 95.455 97.403 0.403 LGA V 252 V 252 0.366 0 0.020 0.096 0.631 95.455 97.403 0.460 LGA K 253 K 253 0.328 0 0.042 0.074 0.931 95.455 91.919 0.931 LGA Y 254 Y 254 0.581 0 0.064 0.187 2.442 95.455 70.909 2.442 LGA K 255 K 255 0.720 0 0.106 0.494 3.343 81.818 60.404 2.887 LGA V 256 V 256 0.941 0 0.047 0.091 1.123 77.727 77.143 0.788 LGA R 257 R 257 0.670 0 0.035 1.080 4.959 81.818 59.008 3.466 LGA E 258 E 258 0.677 0 0.020 0.344 1.881 77.727 72.929 1.881 LGA K 259 K 259 1.091 0 0.024 0.253 1.598 69.545 65.657 1.598 LGA T 260 T 260 1.437 0 0.019 0.145 1.714 58.182 55.065 1.623 LGA K 261 K 261 1.960 0 0.037 0.309 2.257 44.545 46.869 2.239 LGA D 262 D 262 2.059 0 0.049 1.036 3.523 44.545 34.091 3.472 LGA G 263 G 263 1.562 0 0.040 0.040 1.691 58.182 58.182 - LGA K 264 K 264 1.194 0 0.055 0.465 2.458 65.455 67.879 2.458 LGA R 265 R 265 0.997 0 0.043 0.917 4.956 77.727 50.579 4.956 LGA T 266 T 266 0.917 0 0.043 0.040 0.972 81.818 81.818 0.926 LGA I 267 I 267 0.673 0 0.013 0.086 1.222 81.818 79.773 1.222 LGA R 268 R 268 0.501 0 0.026 1.018 3.067 90.909 78.843 3.067 LGA P 269 P 269 0.642 0 0.029 0.062 0.911 81.818 81.818 0.911 LGA E 270 E 270 0.559 0 0.000 0.284 1.187 81.818 78.182 1.187 LGA K 271 K 271 0.599 0 0.058 0.757 4.401 81.818 56.566 4.133 LGA E 272 E 272 0.543 0 0.083 0.152 1.659 81.818 74.747 1.659 LGA Q 273 Q 273 0.672 0 0.043 0.087 0.850 81.818 81.818 0.684 LGA I 274 I 274 0.442 0 0.044 0.095 0.841 90.909 93.182 0.841 LGA V 275 V 275 0.276 0 0.028 0.068 0.519 100.000 97.403 0.427 LGA V 276 V 276 0.277 0 0.068 0.068 0.460 100.000 100.000 0.275 LGA Q 277 Q 277 0.307 0 0.046 0.627 3.289 100.000 73.939 3.289 LGA D 278 D 278 0.247 0 0.109 0.202 0.882 95.455 93.182 0.882 LGA A 279 A 279 0.280 0 0.013 0.040 0.402 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.304 0 0.033 0.170 0.523 100.000 98.182 0.173 LGA A 281 A 281 0.434 0 0.033 0.032 0.647 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.246 0 0.052 0.076 0.540 95.455 94.805 0.540 LGA I 283 I 283 0.458 0 0.043 0.079 0.764 90.909 88.636 0.662 LGA I 284 I 284 0.342 0 0.000 0.063 0.388 100.000 100.000 0.388 LGA D 285 D 285 0.509 0 0.044 1.030 4.228 95.455 69.773 1.743 LGA K 286 K 286 0.503 0 0.000 0.239 1.582 86.364 78.586 1.582 LGA E 287 E 287 0.601 0 0.024 0.290 1.789 86.364 76.768 1.111 LGA Q 288 Q 288 0.381 0 0.022 0.328 1.962 100.000 83.232 1.962 LGA F 289 F 289 0.304 0 0.020 0.144 0.635 100.000 95.041 0.573 LGA Q 290 Q 290 0.631 0 0.066 0.464 1.176 81.818 80.000 1.176 LGA Q 291 Q 291 0.557 0 0.039 0.067 0.735 86.364 83.838 0.611 LGA S 292 S 292 0.296 0 0.062 0.689 2.481 100.000 89.697 2.481 LGA Q 293 Q 293 0.540 0 0.000 0.223 0.867 86.364 87.879 0.867 LGA V 294 V 294 0.837 0 0.046 0.074 1.094 81.818 79.481 1.094 LGA K 295 K 295 0.397 0 0.054 0.204 0.768 90.909 93.939 0.768 LGA I 296 I 296 0.673 0 0.036 0.102 1.053 82.273 84.318 0.610 LGA A 297 A 297 1.305 0 0.064 0.066 1.696 61.818 62.545 - LGA N 298 N 298 0.715 0 0.083 0.201 2.022 65.909 62.500 2.022 LGA K 299 K 299 2.620 0 0.422 0.557 12.655 60.000 26.869 12.655 LGA V 300 V 300 1.740 0 0.101 0.102 4.337 58.182 38.182 4.337 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.886 0.827 1.772 86.364 80.408 64.905 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.89 95.370 97.969 13.692 LGA_LOCAL RMSD: 0.886 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.886 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.886 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.191773 * X + -0.648369 * Y + -0.736777 * Z + 153.047226 Y_new = 0.793271 * X + 0.544426 * Y + -0.272621 * Z + 151.410126 Z_new = 0.577879 * X + -0.532182 * Y + 0.618738 * Z + 139.511612 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 1.333597 -0.616128 -0.710334 [DEG: 76.4095 -35.3015 -40.6991 ] ZXZ: -1.216401 0.903661 2.315052 [DEG: -69.6946 51.7759 132.6427 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS017_5-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS017_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.89 97.969 0.89 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS017_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 5 PARENT casp16.T1228v2.chA.T1228v2_unrelaxed_rank_003_alphafold2_multimer_v3_model_3_seed_000 ATOM 1345 N GLY 165 153.619 185.084 153.123 1.00 38.97 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.181 185.894 154.265 1.00 36.96 C ATOM 1347 C GLY 165 151.693 185.787 154.528 1.00 32.27 C ATOM 1348 O GLY 165 151.139 186.563 155.322 1.00 31.01 O ATOM 1349 N LYS 166 151.039 184.903 153.849 1.00 31.35 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.599 184.685 154.031 1.00 30.67 C ATOM 1351 C LYS 166 149.330 183.896 155.311 1.00 29.45 C ATOM 1352 CB LYS 166 148.990 183.970 152.836 1.00 35.14 C ATOM 1353 O LYS 166 150.186 183.150 155.780 1.00 28.46 O ATOM 1354 CG LYS 166 149.097 184.739 151.527 1.00 39.04 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.435 183.998 150.385 1.00 43.56 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.541 184.768 149.077 1.00 50.25 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.886 184.040 147.941 1.00 55.48 N ATOM 1358 N TRP 167 148.224 184.216 155.887 1.00 31.01 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.792 183.468 157.057 1.00 32.50 C ATOM 1360 C TRP 167 146.973 182.228 156.653 1.00 38.38 C ATOM 1361 CB TRP 167 146.976 184.361 157.995 1.00 30.88 C ATOM 1362 O TRP 167 145.850 182.374 156.175 1.00 44.41 O ATOM 1363 CG TRP 167 146.675 183.740 159.326 1.00 33.26 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.512 183.120 159.699 1.00 36.43 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.542 183.659 160.449 1.00 35.80 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 146.850 182.996 161.479 1.00 41.21 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 148.850 184.109 160.695 1.00 36.66 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 145.610 182.665 160.993 1.00 38.97 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 148.694 183.213 162.949 1.00 50.03 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 147.414 182.766 162.744 1.00 49.49 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 149.414 183.884 161.950 1.00 43.40 C ATOM 1372 N ILE 168 147.466 181.091 156.753 1.00 38.32 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.916 179.877 156.167 1.00 43.65 C ATOM 1374 C ILE 168 146.076 179.146 157.207 1.00 45.55 C ATOM 1375 CB ILE 168 148.033 178.957 155.627 1.00 40.06 C ATOM 1376 O ILE 168 145.042 178.553 156.876 1.00 54.43 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.894 179.706 154.611 1.00 37.94 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.431 177.691 155.022 1.00 47.15 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 148.150 180.086 153.336 1.00 46.10 C ATOM 1380 N SER 169 146.587 178.878 158.378 1.00 41.66 N ATOM 1381 CA SER 169 145.867 177.971 159.267 1.00 46.20 C ATOM 1382 C SER 169 145.408 178.675 160.534 1.00 47.94 C ATOM 1383 CB SER 169 146.744 176.765 159.630 1.00 50.69 C ATOM 1384 O SER 169 146.118 179.537 161.064 1.00 50.58 O ATOM 1385 OG SER 169 146.094 175.939 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ATOM 1403 N PRO 173 144.715 185.713 164.893 1.00 42.43 N ATOM 1404 CA PRO 173 145.066 186.090 166.261 1.00 48.86 C ATOM 1405 C PRO 173 144.290 187.298 166.752 1.00 44.32 C ATOM 1406 CB PRO 173 146.563 186.388 166.166 1.00 46.20 C ATOM 1407 O PRO 173 143.830 188.115 165.946 1.00 40.06 O ATOM 1408 CG PRO 173 146.990 185.825 164.849 1.00 42.35 C ATOM 1409 CD PRO 173 145.761 185.646 163.989 1.00 38.90 C ATOM 1410 N TYR 174 144.121 187.377 168.052 1.00 49.49 N ATOM 1411 CA TYR 174 143.408 188.514 168.675 1.00 43.98 C ATOM 1412 C TYR 174 144.017 189.829 168.237 1.00 36.20 C ATOM 1413 CB TYR 174 143.428 188.387 170.195 1.00 45.74 C ATOM 1414 O TYR 174 145.234 190.009 168.288 1.00 34.93 O ATOM 1415 CG TYR 174 142.564 189.422 170.898 1.00 38.58 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 143.138 190.459 171.610 1.00 33.50 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 141.177 189.337 170.826 1.00 41.29 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 142.349 191.406 172.249 1.00 32.27 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 140.376 190.280 171.475 1.00 41.06 C ATOM 1420 OH TYR 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192.383 163.807 1.00 28.18 C ATOM 1438 N GLN 177 142.148 190.588 161.865 1.00 39.99 N ATOM 1439 CA GLN 177 141.170 189.886 161.046 1.00 47.05 C ATOM 1440 C GLN 177 141.783 189.439 159.725 1.00 42.51 C ATOM 1441 CB GLN 177 139.952 190.775 160.769 1.00 51.49 C ATOM 1442 O GLN 177 142.729 190.047 159.224 1.00 35.80 O ATOM 1443 CG GLN 177 140.271 192.011 159.940 1.00 43.81 C ATOM 1444 CD GLN 177 139.034 192.849 159.632 1.00 51.26 C ATOM 1445 NE2 GLN 177 139.152 193.728 158.658 1.00 58.01 N ATOM 1446 OE1 GLN 177 137.996 192.671 160.276 1.00 55.89 O ATOM 1447 N LEU 178 141.322 188.351 159.262 1.00 48.65 N ATOM 1448 CA LEU 178 141.834 187.797 158.013 1.00 42.91 C ATOM 1449 C LEU 178 141.170 188.476 156.815 1.00 42.99 C ATOM 1450 CB LEU 178 141.607 186.286 157.947 1.00 48.55 C ATOM 1451 O LEU 178 139.949 188.495 156.708 1.00 50.14 O ATOM 1452 CG LEU 178 142.217 185.554 156.748 1.00 45.55 C ATOM 1453 CD1 LEU 178 143.751 185.577 156.856 1.00 38.97 C ATOM 1454 CD2 LEU 178 141.700 184.118 156.674 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ATOM 1869 CB LYS 232 132.794 187.092 181.017 1.00 49.38 C ATOM 1870 O LYS 232 135.740 188.330 181.205 1.00 42.28 O ATOM 1871 CG LYS 232 131.450 187.328 180.328 1.00 52.92 C ATOM 1872 CD LYS 232 130.302 187.310 181.327 1.00 55.21 C ATOM 1873 CE LYS 232 128.963 187.572 180.656 1.00 57.86 C ATOM 1874 NZ LYS 232 127.834 187.568 181.632 1.00 59.52 N ATOM 1875 N ARG 233 135.871 186.102 181.138 1.00 43.56 N ATOM 1876 CA ARG 233 137.034 186.090 182.013 1.00 43.90 C ATOM 1877 C ARG 233 138.313 185.796 181.234 1.00 44.24 C ATOM 1878 CB ARG 233 136.855 185.072 183.144 1.00 53.41 C ATOM 1879 O ARG 233 138.392 184.806 180.513 1.00 49.49 O ATOM 1880 CG ARG 233 135.969 185.552 184.295 1.00 50.47 C ATOM 1881 CD ARG 233 135.964 184.559 185.442 1.00 54.82 C ATOM 1882 NE ARG 233 135.260 185.100 186.610 1.00 53.66 N ATOM 1883 NH1 ARG 233 135.565 183.213 187.909 1.00 57.72 N ATOM 1884 NH2 ARG 233 134.443 185.042 188.744 1.00 58.45 N ATOM 1885 CZ ARG 233 135.093 184.439 187.735 1.00 52.80 C ATOM 1886 N TRP 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C ALA 241 150.666 185.179 173.764 1.00 45.02 C ATOM 1956 CB ALA 241 149.485 183.032 174.291 1.00 54.82 C ATOM 1957 O ALA 241 151.400 185.242 172.785 1.00 47.25 O ATOM 1958 N ILE 242 149.867 186.057 174.121 1.00 40.99 N ATOM 1959 CA ILE 242 149.799 187.303 173.353 1.00 37.94 C ATOM 1960 C ILE 242 151.134 188.034 173.421 1.00 32.41 C ATOM 1961 CB ILE 242 148.655 188.210 173.841 1.00 36.14 C ATOM 1962 O ILE 242 151.642 188.498 172.399 1.00 31.26 O ATOM 1963 CG1 ILE 242 147.294 187.636 173.458 1.00 44.32 C ATOM 1964 CG2 ILE 242 148.829 189.634 173.288 1.00 30.59 C ATOM 1965 CD1 ILE 242 146.106 188.349 174.063 1.00 39.85 C ATOM 1966 N LEU 243 151.720 188.102 174.540 1.00 29.99 N ATOM 1967 CA LEU 243 152.969 188.847 174.778 1.00 27.31 C ATOM 1968 C LEU 243 154.122 188.159 174.042 1.00 30.80 C ATOM 1969 CB LEU 243 153.279 188.942 176.275 1.00 25.92 C ATOM 1970 O LEU 243 155.110 188.802 173.696 1.00 30.43 O ATOM 1971 CG LEU 243 152.387 189.868 177.085 1.00 22.91 C ATOM 1972 CD1 LEU 243 152.614 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O ATOM 2197 CG GLU 270 165.132 177.429 164.676 1.00 50.92 C ATOM 2198 CD GLU 270 166.167 178.397 165.221 1.00 52.92 C ATOM 2199 OE1 GLU 270 165.980 178.891 166.336 1.00 56.58 O ATOM 2200 OE2 GLU 270 167.168 178.635 164.509 1.00 55.48 O ATOM 2201 N LYS 271 165.274 175.074 160.671 1.00 47.15 N ATOM 2202 CA LYS 271 165.488 175.012 159.224 1.00 48.24 C ATOM 2203 C LYS 271 164.227 174.548 158.495 1.00 47.25 C ATOM 2204 CB LYS 271 166.655 174.085 158.894 1.00 52.32 C ATOM 2205 O LYS 271 164.061 174.807 157.302 1.00 56.30 O ATOM 2206 CG LYS 271 166.464 172.657 159.375 1.00 48.55 C ATOM 2207 CD LYS 271 167.662 171.775 159.025 1.00 54.17 C ATOM 2208 CE LYS 271 167.473 170.345 159.511 1.00 53.29 C ATOM 2209 NZ LYS 271 168.613 169.474 159.111 1.00 58.60 N ATOM 2210 N GLU 272 163.371 174.028 159.195 1.00 42.67 N ATOM 2211 CA GLU 272 162.161 173.487 158.582 1.00 48.75 C ATOM 2212 C GLU 272 160.976 174.432 158.787 1.00 45.46 C ATOM 2213 CB GLU 272 161.839 172.104 159.154 1.00 46.20 C ATOM 2214 O GLU 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