####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS017_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS017_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 80 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 81 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 81 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 62 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 2 20 43 126 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 17 96 120 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 81 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 81 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 81 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 81 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 81 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 81 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 81 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 81 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 98 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 17 24 114 128 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 4 97 118 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 55 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 58 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 58 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 81 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 81 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 81 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 65 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 74 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 81 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 81 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 81 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 81 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 81 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 81 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 81 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 81 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 62 109 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 34 104 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 9 104 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 15 104 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 76 117 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 21 39 112 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 5 28 86 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 16 104 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 81 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 81 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 81 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 81 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 81 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 81 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 81 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 81 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 69 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 65 110 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 81 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 3 105 124 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 123 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 81 112 123 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 60.00 82.96 91.11 95.56 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.50 0.64 0.74 0.86 0.89 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 GDT RMS_ALL_AT 1.00 0.97 0.95 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.619 0 0.045 0.045 0.686 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.478 0 0.000 0.133 1.632 100.000 82.828 1.632 LGA W 167 W 167 0.271 0 0.175 0.200 0.550 95.455 98.701 0.338 LGA I 168 I 168 0.832 0 0.079 0.326 2.053 70.000 68.409 0.733 LGA S 169 S 169 2.360 0 0.480 0.850 4.612 55.000 37.879 4.612 LGA G 170 G 170 1.680 0 0.203 0.203 1.680 61.818 61.818 - LGA L 171 L 171 0.476 0 0.094 1.447 5.783 86.364 57.955 3.273 LGA A 172 A 172 0.399 0 0.027 0.042 0.546 95.455 96.364 - LGA P 173 P 173 0.223 0 0.029 0.072 0.535 100.000 97.403 0.436 LGA Y 174 Y 174 0.243 0 0.073 0.238 1.119 100.000 91.061 1.119 LGA G 175 G 175 0.266 0 0.063 0.063 0.276 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.418 0 0.040 0.178 0.720 90.909 92.424 0.577 LGA Q 177 Q 177 0.692 0 0.072 0.689 2.794 86.364 74.141 0.767 LGA L 178 L 178 0.563 0 0.070 0.453 2.413 77.727 74.318 2.413 LGA N 179 N 179 1.265 0 0.155 0.678 4.778 65.909 39.318 4.778 LGA K 180 K 180 3.528 0 0.315 0.968 13.261 24.545 10.909 13.261 LGA K 181 K 181 1.945 0 0.434 0.968 10.957 65.909 29.899 10.957 LGA T 182 T 182 0.894 0 0.000 1.114 3.427 77.727 65.974 3.427 LGA S 183 S 183 0.864 0 0.168 0.162 1.227 86.364 79.394 1.227 LGA K 184 K 184 0.777 0 0.072 0.828 2.515 81.818 72.121 2.515 LGA L 185 L 185 0.407 0 0.051 0.177 0.724 90.909 90.909 0.616 LGA D 186 D 186 0.246 0 0.050 0.106 0.596 95.455 95.455 0.316 LGA P 187 P 187 0.478 0 0.018 0.203 1.367 86.818 89.870 0.476 LGA V 188 V 188 0.883 0 0.035 0.035 1.104 81.818 79.481 1.104 LGA E 189 E 189 0.815 0 0.041 0.583 2.337 81.818 73.333 2.337 LGA D 190 D 190 0.699 0 0.015 0.038 0.908 81.818 81.818 0.908 LGA E 191 E 191 0.564 0 0.000 0.041 0.887 90.909 85.859 0.887 LGA A 192 A 192 0.276 0 0.041 0.048 0.390 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.286 0 0.072 0.232 1.850 100.000 84.848 1.850 LGA V 194 V 194 0.394 0 0.015 0.055 0.532 100.000 97.403 0.532 LGA V 195 V 195 0.288 0 0.009 0.056 0.431 100.000 100.000 0.331 LGA Q 196 Q 196 0.244 0 0.033 0.302 1.447 100.000 88.485 1.421 LGA L 197 L 197 0.310 0 0.022 0.232 0.869 100.000 95.455 0.869 LGA I 198 I 198 0.401 0 0.036 0.106 0.638 100.000 97.727 0.432 LGA F 199 F 199 0.404 0 0.019 0.065 0.503 100.000 98.347 0.439 LGA N 200 N 200 0.407 0 0.051 0.812 2.553 95.455 84.091 2.553 LGA I 201 I 201 0.296 0 0.019 0.078 0.474 100.000 100.000 0.346 LGA F 202 F 202 0.511 0 0.019 0.083 0.641 86.364 83.471 0.641 LGA L 203 L 203 0.462 0 0.063 0.112 0.725 90.909 88.636 0.630 LGA N 204 N 204 0.411 0 0.010 0.120 1.137 90.909 84.318 0.754 LGA G 205 G 205 0.695 0 0.036 0.036 0.723 81.818 81.818 - LGA L 206 L 206 0.523 0 0.000 0.575 2.354 81.818 80.909 0.351 LGA N 207 N 207 0.958 0 0.046 0.212 1.211 73.636 75.682 0.806 LGA G 208 G 208 1.406 0 0.081 0.081 1.899 58.182 58.182 - LGA K 209 K 209 1.499 0 0.101 0.229 2.685 65.455 51.919 2.685 LGA D 210 D 210 1.476 0 0.070 0.313 1.481 65.455 69.545 0.885 LGA Y 211 Y 211 2.071 0 0.056 0.612 2.250 44.545 45.606 1.937 LGA S 212 S 212 2.654 0 0.632 0.750 5.941 27.727 19.394 5.941 LGA Y 213 Y 213 2.899 0 0.141 1.067 14.371 41.818 14.091 14.371 LGA A 215 A 215 1.328 0 0.157 0.164 2.191 73.636 66.545 - LGA I 216 I 216 0.480 0 0.000 0.143 0.642 90.909 93.182 0.212 LGA A 217 A 217 0.541 0 0.042 0.062 0.580 86.364 85.455 - LGA S 218 S 218 0.660 0 0.000 0.058 1.184 86.364 82.121 1.184 LGA H 219 H 219 0.505 0 0.039 0.104 0.952 90.909 85.455 0.952 LGA L 220 L 220 0.442 0 0.000 0.240 0.717 100.000 93.182 0.717 LGA T 221 T 221 0.261 0 0.008 0.052 0.359 100.000 100.000 0.332 LGA N 222 N 222 0.209 0 0.040 0.180 0.780 100.000 95.455 0.780 LGA L 223 L 223 0.525 0 0.019 0.182 0.878 86.364 84.091 0.746 LGA Q 224 Q 224 0.332 0 0.041 0.250 1.313 100.000 86.465 1.127 LGA I 225 I 225 0.381 0 0.055 0.101 0.562 100.000 95.455 0.557 LGA P 226 P 226 0.262 0 0.044 0.150 0.945 100.000 94.805 0.945 LGA T 227 T 227 0.310 0 0.022 0.093 0.525 100.000 97.403 0.525 LGA P 228 P 228 0.523 0 0.041 0.111 0.610 86.364 92.208 0.473 LGA S 229 S 229 0.628 0 0.073 0.355 1.100 81.818 79.091 1.100 LGA G 230 G 230 0.663 0 0.031 0.031 0.805 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.273 0 0.009 0.484 1.192 100.000 90.303 0.972 LGA K 232 K 232 0.123 0 0.068 0.299 1.373 100.000 90.303 1.373 LGA R 233 R 233 0.210 0 0.069 1.146 5.707 100.000 59.835 3.070 LGA W 234 W 234 0.317 0 0.063 0.171 0.867 100.000 92.208 0.867 LGA N 235 N 235 0.637 0 0.078 0.557 2.092 81.818 70.227 2.092 LGA Q 236 Q 236 0.585 0 0.000 1.180 4.505 90.909 64.848 4.505 LGA Y 237 Y 237 0.469 0 0.065 0.182 0.807 95.455 90.909 0.807 LGA T 238 T 238 0.408 0 0.050 0.168 0.882 100.000 94.805 0.681 LGA I 239 I 239 0.332 0 0.068 0.213 0.497 100.000 100.000 0.497 LGA K 240 K 240 0.465 0 0.019 0.182 3.025 100.000 71.515 3.025 LGA A 241 A 241 0.297 0 0.074 0.082 0.362 100.000 100.000 - LGA I 242 I 242 0.041 0 0.035 0.113 0.240 100.000 100.000 0.195 LGA L 243 L 243 0.158 0 0.047 0.074 0.353 100.000 100.000 0.254 LGA Q 244 Q 244 0.132 0 0.033 0.167 0.493 100.000 100.000 0.493 LGA N 245 N 245 0.241 0 0.053 0.082 0.293 100.000 100.000 0.238 LGA E 246 E 246 0.332 0 0.042 0.697 1.859 100.000 90.707 1.317 LGA V 247 V 247 0.277 0 0.014 0.481 1.091 100.000 92.468 1.000 LGA Y 248 Y 248 0.363 0 0.060 0.191 1.437 95.455 86.818 1.437 LGA I 249 I 249 0.395 0 0.045 0.061 0.761 100.000 90.909 0.759 LGA G 250 G 250 0.404 0 0.003 0.003 0.523 95.455 95.455 - LGA T 251 T 251 0.444 0 0.085 0.155 0.560 100.000 97.403 0.560 LGA V 252 V 252 0.481 0 0.000 0.157 0.875 86.364 87.013 0.875 LGA K 253 K 253 0.357 0 0.038 0.065 0.931 95.455 89.899 0.931 LGA Y 254 Y 254 0.790 0 0.053 0.209 2.718 81.818 60.758 2.718 LGA K 255 K 255 1.029 0 0.112 0.206 1.462 69.545 72.727 0.958 LGA V 256 V 256 1.283 0 0.055 0.160 1.616 65.455 63.377 1.197 LGA R 257 R 257 1.099 0 0.042 1.082 5.304 65.455 47.934 2.771 LGA E 258 E 258 1.152 0 0.028 0.651 3.157 65.455 47.475 3.157 LGA K 259 K 259 1.414 0 0.038 0.235 1.575 65.455 67.475 0.797 LGA T 260 T 260 1.660 0 0.000 0.186 2.254 50.909 49.091 1.821 LGA K 261 K 261 1.831 0 0.036 0.382 2.046 47.727 49.495 1.879 LGA D 262 D 262 1.951 0 0.058 0.972 3.758 50.909 37.955 3.758 LGA G 263 G 263 1.528 0 0.039 0.039 1.640 58.182 58.182 - LGA K 264 K 264 1.231 0 0.055 0.470 1.850 65.455 71.313 1.850 LGA R 265 R 265 1.049 0 0.069 0.900 4.734 65.455 47.769 4.734 LGA T 266 T 266 1.202 0 0.037 0.048 1.300 65.455 65.455 1.194 LGA I 267 I 267 0.913 0 0.000 0.106 1.050 77.727 77.727 1.050 LGA R 268 R 268 0.712 0 0.033 1.019 2.773 81.818 68.926 2.773 LGA P 269 P 269 0.631 0 0.027 0.130 1.234 86.364 82.078 1.234 LGA E 270 E 270 0.371 0 0.000 0.340 0.908 95.455 91.919 0.532 LGA K 271 K 271 0.439 0 0.061 0.811 4.472 100.000 63.232 4.472 LGA E 272 E 272 0.626 0 0.114 0.175 2.280 81.818 68.283 2.280 LGA Q 273 Q 273 0.754 0 0.059 0.089 0.916 81.818 81.818 0.781 LGA I 274 I 274 0.572 0 0.050 0.095 1.048 81.818 79.773 1.048 LGA V 275 V 275 0.295 0 0.026 0.066 0.509 100.000 97.403 0.471 LGA V 276 V 276 0.304 0 0.068 0.078 0.512 100.000 97.403 0.287 LGA Q 277 Q 277 0.307 0 0.038 0.559 2.842 100.000 74.949 2.842 LGA D 278 D 278 0.305 0 0.097 0.201 0.659 100.000 95.455 0.659 LGA A 279 A 279 0.300 0 0.034 0.056 0.411 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.208 0 0.037 0.127 0.438 100.000 100.000 0.216 LGA A 281 A 281 0.395 0 0.032 0.033 0.631 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.347 0 0.060 0.107 0.914 95.455 92.208 0.914 LGA I 283 I 283 0.417 0 0.053 0.105 0.721 95.455 93.182 0.699 LGA I 284 I 284 0.342 0 0.000 0.091 0.662 100.000 97.727 0.662 LGA D 285 D 285 0.593 0 0.045 0.494 2.031 90.909 75.000 1.646 LGA K 286 K 286 0.630 0 0.000 0.340 2.125 81.818 66.869 2.054 LGA E 287 E 287 0.644 0 0.043 0.454 2.810 86.364 66.263 2.810 LGA Q 288 Q 288 0.358 0 0.030 0.310 1.547 100.000 88.687 1.547 LGA F 289 F 289 0.365 0 0.034 0.145 0.745 100.000 93.388 0.648 LGA Q 290 Q 290 0.651 0 0.068 1.088 3.209 81.818 64.646 3.209 LGA Q 291 Q 291 0.509 0 0.040 0.139 1.010 90.909 86.061 0.733 LGA S 292 S 292 0.401 0 0.063 0.716 2.480 95.455 86.667 2.480 LGA Q 293 Q 293 0.614 0 0.000 0.302 1.437 86.364 78.384 1.179 LGA V 294 V 294 0.775 0 0.051 0.091 0.979 81.818 81.818 0.979 LGA K 295 K 295 0.296 0 0.051 0.186 0.609 95.455 97.980 0.283 LGA I 296 I 296 0.790 0 0.028 0.106 1.207 82.273 80.000 0.768 LGA A 297 A 297 1.239 0 0.078 0.076 1.592 61.818 62.545 - LGA N 298 N 298 0.397 0 0.088 0.221 1.769 74.545 68.409 1.769 LGA K 299 K 299 2.842 0 0.421 0.577 12.673 52.727 23.636 12.673 LGA V 300 V 300 2.251 0 0.124 0.139 4.734 44.545 28.052 4.734 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.939 0.881 1.806 85.364 78.693 63.377 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.94 94.630 97.537 12.990 LGA_LOCAL RMSD: 0.939 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.939 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.939 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.603507 * X + 0.364184 * Y + 0.709331 * Z + 155.782455 Y_new = 0.794627 * X + 0.348266 * Y + 0.497271 * Z + 151.007324 Z_new = -0.065938 * X + 0.863760 * Y + -0.499571 * Z + 139.234818 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.220340 0.065986 2.095158 [DEG: 127.2161 3.7807 120.0437 ] ZXZ: 2.182222 2.093900 -0.076191 [DEG: 125.0321 119.9716 -4.3654 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS017_4-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS017_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.94 97.537 0.94 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS017_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 4 PARENT casp16.T1228v2.chA.T1228v2_unrelaxed_rank_004_alphafold2_multimer_v3_model_1_seed_000 ATOM 1345 N GLY 165 153.689 184.940 153.118 1.00 37.50 N ATOM 1346 CA GLY 165 153.235 185.694 154.272 1.00 35.04 C ATOM 1347 C GLY 165 151.742 185.583 154.512 1.00 30.76 C ATOM 1348 O GLY 165 151.177 186.322 155.321 1.00 29.80 O ATOM 1349 N LYS 166 151.079 184.687 153.796 1.00 30.67 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.649 184.480 153.976 1.00 30.92 C ATOM 1351 C LYS 166 149.358 183.656 155.227 1.00 31.01 C ATOM 1352 CB LYS 166 149.057 183.792 152.749 1.00 35.64 C ATOM 1353 O LYS 166 150.195 182.871 155.660 1.00 29.64 O ATOM 1354 CG LYS 166 149.111 184.633 151.481 1.00 38.58 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.420 183.932 150.319 1.00 42.75 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.446 184.790 149.057 1.00 49.17 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.804 184.088 147.893 1.00 53.66 N ATOM 1358 N TRP 167 148.219 183.979 155.812 1.00 32.46 N ATOM 1359 CA TRP 167 147.787 183.195 156.961 1.00 33.50 C ATOM 1360 C TRP 167 146.998 181.971 156.522 1.00 39.58 C ATOM 1361 CB TRP 167 146.944 184.050 157.913 1.00 32.18 C ATOM 1362 O TRP 167 145.874 182.080 156.046 1.00 45.92 O ATOM 1363 CG TRP 167 146.663 183.396 159.235 1.00 33.50 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 145.537 182.708 159.590 1.00 37.20 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 147.524 183.378 160.381 1.00 35.75 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 146.851 182.656 161.390 1.00 39.71 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 148.798 183.897 160.647 1.00 37.81 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 145.639 182.264 160.884 1.00 37.87 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 148.657 182.973 162.889 1.00 51.61 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 147.415 182.441 162.650 1.00 48.34 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 149.347 183.688 161.893 1.00 45.02 C ATOM 1372 N ILE 168 147.490 180.821 156.650 1.00 39.44 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.978 179.613 156.015 1.00 45.02 C ATOM 1374 C ILE 168 146.070 178.865 156.989 1.00 46.76 C ATOM 1375 CB ILE 168 148.119 178.709 155.537 1.00 41.14 C ATOM 1376 O ILE 168 145.046 178.311 156.595 1.00 55.75 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 149.128 179.505 154.700 1.00 38.51 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.567 177.515 154.731 1.00 47.84 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 148.981 179.307 153.196 1.00 43.65 C ATOM 1380 N SER 169 146.519 178.620 158.219 1.00 43.48 N ATOM 1381 CA SER 169 145.751 177.715 159.070 1.00 47.94 C ATOM 1382 C SER 169 145.382 178.370 160.391 1.00 46.57 C ATOM 1383 CB SER 169 146.535 176.424 159.333 1.00 51.61 C ATOM 1384 O SER 169 146.128 179.214 160.895 1.00 47.54 O ATOM 1385 OG SER 169 146.698 176.212 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ATOM 1403 N PRO 173 144.771 185.483 164.963 1.00 43.73 N ATOM 1404 CA PRO 173 145.088 185.876 166.334 1.00 49.70 C ATOM 1405 C PRO 173 144.312 187.097 166.821 1.00 44.32 C ATOM 1406 CB PRO 173 146.584 186.181 166.268 1.00 48.34 C ATOM 1407 O PRO 173 143.867 187.910 165.993 1.00 41.44 O ATOM 1408 CG PRO 173 146.977 185.891 164.862 1.00 44.07 C ATOM 1409 CD PRO 173 145.734 185.550 164.077 1.00 39.85 C ATOM 1410 N TYR 174 144.151 187.200 168.113 1.00 47.15 N ATOM 1411 CA TYR 174 143.437 188.320 168.723 1.00 42.67 C ATOM 1412 C TYR 174 144.031 189.638 168.266 1.00 36.09 C ATOM 1413 CB TYR 174 143.449 188.220 170.241 1.00 41.59 C ATOM 1414 O TYR 174 145.242 189.857 168.355 1.00 33.45 O ATOM 1415 CG TYR 174 142.584 189.231 170.921 1.00 36.31 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 143.144 190.305 171.626 1.00 31.18 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 141.195 189.157 170.885 1.00 39.64 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 142.352 191.251 172.267 1.00 31.74 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 140.385 190.087 171.503 1.00 40.34 C ATOM 1420 OH TYR 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192.213 163.979 1.00 30.23 C ATOM 1438 N GLN 177 142.150 190.351 161.844 1.00 39.99 N ATOM 1439 CA GLN 177 141.191 189.595 161.033 1.00 47.05 C ATOM 1440 C GLN 177 141.782 189.186 159.701 1.00 42.20 C ATOM 1441 CB GLN 177 139.929 190.465 160.798 1.00 50.03 C ATOM 1442 O GLN 177 142.717 189.814 159.198 1.00 35.14 O ATOM 1443 CG GLN 177 139.854 191.038 159.387 1.00 44.84 C ATOM 1444 CD GLN 177 138.616 191.890 159.186 1.00 50.47 C ATOM 1445 NE2 GLN 177 138.374 192.312 157.941 1.00 55.62 N ATOM 1446 OE1 GLN 177 137.860 192.181 160.128 1.00 56.02 O ATOM 1447 N LEU 178 141.324 188.093 159.250 1.00 47.54 N ATOM 1448 CA LEU 178 141.831 187.586 157.974 1.00 42.20 C ATOM 1449 C LEU 178 141.160 188.276 156.802 1.00 41.59 C ATOM 1450 CB LEU 178 141.635 186.052 157.878 1.00 47.05 C ATOM 1451 O LEU 178 139.931 188.319 156.724 1.00 48.75 O ATOM 1452 CG LEU 178 142.451 185.325 156.814 1.00 43.23 C ATOM 1453 CD1 LEU 178 143.822 184.958 157.380 1.00 38.90 C ATOM 1454 CD2 LEU 178 141.707 184.090 156.323 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172.552 1.00 57.14 O ATOM 1852 OG SER 229 138.345 182.365 173.885 1.00 56.16 O ATOM 1853 N GLY 230 135.476 185.286 173.266 1.00 45.20 N ATOM 1854 CA GLY 230 134.201 185.917 173.585 1.00 51.61 C ATOM 1855 C GLY 230 133.775 185.674 175.021 1.00 47.05 C ATOM 1856 O GLY 230 132.652 185.993 175.402 1.00 56.16 O ATOM 1857 N LYS 231 134.693 185.134 175.756 1.00 42.51 N ATOM 1858 CA LYS 231 134.348 184.869 177.130 1.00 46.76 C ATOM 1859 C LYS 231 134.535 186.105 178.000 1.00 44.93 C ATOM 1860 CB LYS 231 135.205 183.715 177.668 1.00 46.95 C ATOM 1861 O LYS 231 135.160 187.096 177.590 1.00 43.40 O ATOM 1862 CG LYS 231 134.958 182.372 177.011 1.00 50.14 C ATOM 1863 CD LYS 231 135.522 181.216 177.818 1.00 54.43 C ATOM 1864 CE LYS 231 135.297 179.887 177.146 1.00 56.44 C ATOM 1865 NZ LYS 231 135.853 178.760 177.908 1.00 58.45 N ATOM 1866 N LYS 232 134.053 186.077 179.227 1.00 48.44 N ATOM 1867 CA LYS 232 134.035 187.237 180.106 1.00 47.15 C ATOM 1868 C LYS 232 135.308 187.330 180.943 1.00 44.07 C ATOM 1869 CB LYS 232 132.799 187.199 181.003 1.00 52.20 C ATOM 1870 O LYS 232 135.763 188.409 181.256 1.00 43.40 O ATOM 1871 CG LYS 232 131.547 187.729 180.377 1.00 53.41 C ATOM 1872 CD LYS 232 130.393 187.801 181.378 1.00 56.44 C ATOM 1873 CE LYS 232 129.118 188.313 180.732 1.00 56.02 C ATOM 1874 NZ LYS 232 127.987 188.401 181.716 1.00 58.16 N ATOM 1875 N ARG 233 135.841 186.187 181.250 1.00 44.84 N ATOM 1876 CA ARG 233 136.993 186.195 182.173 1.00 43.15 C ATOM 1877 C ARG 233 138.284 185.894 181.425 1.00 43.98 C ATOM 1878 CB ARG 233 136.782 185.142 183.265 1.00 52.20 C ATOM 1879 O ARG 233 138.389 184.891 180.699 1.00 51.96 O ATOM 1880 CG ARG 233 136.540 185.741 184.644 1.00 51.61 C ATOM 1881 CD ARG 233 136.445 184.696 185.722 1.00 54.95 C ATOM 1882 NE ARG 233 136.128 185.273 187.033 1.00 54.43 N ATOM 1883 NH1 ARG 233 136.152 183.260 188.161 1.00 56.58 N ATOM 1884 NH2 ARG 233 135.738 185.203 189.289 1.00 56.86 N ATOM 1885 CZ ARG 233 136.009 184.568 188.164 1.00 52.80 C ATOM 1886 N TRP 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C ALA 241 150.566 185.285 173.995 1.00 44.24 C ATOM 1956 CB ALA 241 149.365 183.161 174.562 1.00 54.69 C ATOM 1957 O ALA 241 151.296 185.303 172.993 1.00 47.64 O ATOM 1958 N ILE 242 149.804 186.168 174.322 1.00 39.78 N ATOM 1959 CA ILE 242 149.722 187.375 173.508 1.00 37.02 C ATOM 1960 C ILE 242 151.047 188.133 173.584 1.00 31.74 C ATOM 1961 CB ILE 242 148.571 188.291 173.986 1.00 34.46 C ATOM 1962 O ILE 242 151.562 188.597 172.565 1.00 30.84 O ATOM 1963 CG1 ILE 242 147.217 187.667 173.651 1.00 40.70 C ATOM 1964 CG2 ILE 242 148.706 189.679 173.369 1.00 29.99 C ATOM 1965 CD1 ILE 242 146.026 188.421 174.211 1.00 35.97 C ATOM 1966 N LEU 243 151.641 188.149 174.739 1.00 29.87 N ATOM 1967 CA LEU 243 152.882 188.894 174.964 1.00 27.34 C ATOM 1968 C LEU 243 154.043 188.220 174.239 1.00 31.01 C ATOM 1969 CB LEU 243 153.179 189.006 176.459 1.00 25.32 C ATOM 1970 O LEU 243 155.041 188.873 173.918 1.00 30.51 O ATOM 1971 CG LEU 243 152.356 190.021 177.265 1.00 22.31 C ATOM 1972 CD1 LEU 243 152.445 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O ATOM 2197 CG GLU 270 164.875 177.902 164.608 1.00 50.81 C ATOM 2198 CD GLU 270 165.892 178.810 165.296 1.00 53.16 C ATOM 2199 OE1 GLU 270 165.507 179.585 166.194 1.00 57.43 O ATOM 2200 OE2 GLU 270 167.077 178.733 164.900 1.00 57.29 O ATOM 2201 N LYS 271 165.482 175.240 160.849 1.00 47.74 N ATOM 2202 CA LYS 271 165.763 175.234 159.412 1.00 48.24 C ATOM 2203 C LYS 271 164.570 174.726 158.618 1.00 46.48 C ATOM 2204 CB LYS 271 166.999 174.388 159.105 1.00 50.36 C ATOM 2205 O LYS 271 164.454 174.990 157.421 1.00 54.04 O ATOM 2206 CG LYS 271 168.247 174.811 159.892 1.00 53.54 C ATOM 2207 CD LYS 271 169.479 174.048 159.426 1.00 54.69 C ATOM 2208 CE LYS 271 170.709 174.438 160.216 1.00 57.14 C ATOM 2209 NZ LYS 271 171.940 173.754 159.719 1.00 58.31 N ATOM 2210 N GLU 272 163.648 174.124 159.213 1.00 42.28 N ATOM 2211 CA GLU 272 162.504 173.531 158.524 1.00 46.48 C ATOM 2212 C GLU 272 161.245 174.364 158.737 1.00 43.73 C ATOM 2213 CB GLU 272 162.271 172.097 159.001 1.00 46.76 C ATOM 2214 O GLU 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