####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS017_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS017_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 75 111 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 79 111 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 79 111 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 68 111 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 11 44 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 16 81 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 79 111 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 79 111 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 79 111 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 79 111 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 79 111 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 79 111 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 75 111 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 79 111 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 28 86 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 16 30 126 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 4 80 123 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 4 111 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 42 111 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 65 111 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 79 111 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 79 111 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 79 111 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 78 111 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 78 111 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 78 111 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 79 111 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 79 111 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 79 111 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 79 111 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 79 111 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 79 111 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 79 111 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 36 111 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 18 109 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 4 109 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 10 109 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 87 123 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 3 45 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 13 19 22 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 20 109 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 78 111 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 79 111 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 79 111 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 79 111 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 79 111 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 79 111 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 79 111 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 79 111 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 78 111 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 72 108 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 79 111 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 17 30 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 6 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 79 111 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 58.52 82.22 93.33 97.04 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.47 0.66 0.78 0.82 0.86 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 GDT RMS_ALL_AT 0.98 0.94 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.732 0 0.046 0.046 0.752 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.637 0 0.060 0.261 1.296 81.818 78.182 1.237 LGA W 167 W 167 0.256 0 0.081 0.142 0.365 100.000 100.000 0.276 LGA I 168 I 168 0.760 0 0.023 0.064 1.688 74.545 78.409 0.720 LGA S 169 S 169 2.347 0 0.342 0.725 5.271 55.000 38.485 5.271 LGA G 170 G 170 1.640 0 0.201 0.201 1.640 61.818 61.818 - LGA L 171 L 171 0.574 0 0.156 1.348 5.670 86.364 55.909 3.372 LGA A 172 A 172 0.481 0 0.032 0.058 0.539 95.455 92.727 - LGA P 173 P 173 0.374 0 0.000 0.023 0.449 100.000 100.000 0.377 LGA Y 174 Y 174 0.366 0 0.023 0.215 1.464 100.000 86.818 1.464 LGA G 175 G 175 0.401 0 0.062 0.062 0.442 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.617 0 0.045 0.149 0.712 81.818 90.909 0.242 LGA Q 177 Q 177 0.949 0 0.061 0.157 1.250 86.364 82.020 0.894 LGA L 178 L 178 0.618 0 0.156 0.187 1.490 73.636 73.636 1.490 LGA N 179 N 179 1.313 0 0.170 0.740 5.148 65.909 39.091 5.148 LGA K 180 K 180 3.299 0 0.245 0.934 12.426 29.545 13.131 12.426 LGA K 181 K 181 2.125 0 0.455 0.957 10.903 62.727 28.485 10.903 LGA T 182 T 182 0.946 0 0.027 1.124 3.468 82.273 68.571 3.468 LGA S 183 S 183 0.836 0 0.113 0.102 1.325 82.273 76.667 1.307 LGA K 184 K 184 0.664 0 0.075 0.924 3.563 81.818 70.303 3.563 LGA L 185 L 185 0.443 0 0.074 0.083 0.687 95.455 97.727 0.232 LGA D 186 D 186 0.343 0 0.033 0.302 1.054 95.455 93.409 0.248 LGA P 187 P 187 0.543 0 0.000 0.033 1.061 82.273 82.078 0.609 LGA V 188 V 188 0.860 0 0.012 0.043 0.971 81.818 81.818 0.923 LGA E 189 E 189 0.882 0 0.038 0.147 0.939 81.818 81.818 0.653 LGA D 190 D 190 0.898 0 0.040 0.120 1.815 81.818 68.182 1.815 LGA E 191 E 191 0.524 0 0.000 0.091 0.641 90.909 85.859 0.523 LGA A 192 A 192 0.369 0 0.034 0.033 0.402 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.455 0 0.049 0.234 0.579 100.000 95.960 0.440 LGA V 194 V 194 0.326 0 0.035 0.048 0.556 100.000 97.403 0.435 LGA V 195 V 195 0.192 0 0.000 0.000 0.240 100.000 100.000 0.172 LGA Q 196 Q 196 0.257 0 0.024 0.205 1.186 100.000 92.121 0.910 LGA L 197 L 197 0.269 0 0.027 0.080 0.411 100.000 100.000 0.411 LGA I 198 I 198 0.122 0 0.064 0.100 0.335 100.000 100.000 0.256 LGA F 199 F 199 0.269 0 0.037 0.044 0.370 100.000 100.000 0.224 LGA N 200 N 200 0.345 0 0.011 0.569 1.318 100.000 91.364 1.147 LGA I 201 I 201 0.243 0 0.047 0.051 0.435 100.000 100.000 0.341 LGA F 202 F 202 0.146 0 0.069 0.082 0.343 100.000 100.000 0.237 LGA L 203 L 203 0.311 0 0.038 0.113 0.763 100.000 95.455 0.542 LGA N 204 N 204 0.224 0 0.040 0.069 1.058 95.455 88.864 0.837 LGA G 205 G 205 0.296 0 0.083 0.083 0.529 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.300 0 0.032 0.490 1.978 90.909 87.045 0.314 LGA N 207 N 207 0.882 0 0.068 0.318 1.475 77.727 77.727 0.985 LGA G 208 G 208 1.324 0 0.096 0.096 1.951 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.270 0 0.071 0.255 3.062 65.455 51.313 3.062 LGA D 210 D 210 1.257 0 0.045 0.822 2.244 69.545 62.273 2.244 LGA Y 211 Y 211 1.743 0 0.129 0.688 2.029 54.545 51.212 1.508 LGA S 212 S 212 2.376 0 0.644 0.758 6.084 36.364 25.152 6.084 LGA Y 213 Y 213 3.028 0 0.226 1.106 14.331 36.364 12.273 14.331 LGA A 215 A 215 1.118 0 0.196 0.214 2.050 77.727 69.818 - LGA I 216 I 216 0.432 0 0.000 0.167 0.517 95.455 97.727 0.478 LGA A 217 A 217 0.265 0 0.056 0.070 0.324 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.492 0 0.041 0.094 1.081 100.000 91.212 1.081 LGA H 219 H 219 0.425 0 0.024 0.180 0.772 100.000 90.909 0.772 LGA L 220 L 220 0.322 0 0.000 0.101 0.414 100.000 100.000 0.414 LGA T 221 T 221 0.222 0 0.025 0.042 0.351 100.000 100.000 0.136 LGA N 222 N 222 0.309 0 0.047 0.042 0.558 95.455 97.727 0.245 LGA L 223 L 223 0.547 0 0.048 0.103 0.849 90.909 86.364 0.849 LGA Q 224 Q 224 0.482 0 0.097 0.347 1.373 90.909 84.242 1.177 LGA I 225 I 225 0.424 0 0.052 0.056 0.476 100.000 100.000 0.390 LGA P 226 P 226 0.411 0 0.029 0.049 0.645 100.000 94.805 0.645 LGA T 227 T 227 0.452 0 0.053 0.187 0.857 90.909 92.208 0.857 LGA P 228 P 228 0.577 0 0.269 0.295 0.769 86.364 84.416 0.566 LGA S 229 S 229 0.962 0 0.159 0.153 1.251 73.636 76.364 0.673 LGA G 230 G 230 1.171 0 0.000 0.000 1.171 65.455 65.455 - LGA K 231 K 231 0.535 0 0.086 0.510 1.202 90.909 82.222 0.666 LGA K 232 K 232 0.302 0 0.108 0.306 2.184 95.455 81.414 2.184 LGA R 233 R 233 0.216 0 0.034 1.102 5.813 100.000 56.694 3.347 LGA W 234 W 234 0.267 0 0.046 0.164 0.547 95.455 94.805 0.544 LGA N 235 N 235 0.499 0 0.000 0.444 2.222 100.000 83.409 2.222 LGA Q 236 Q 236 0.531 0 0.000 0.999 3.801 90.909 68.283 3.801 LGA Y 237 Y 237 0.566 0 0.075 0.197 0.914 86.364 84.848 0.741 LGA T 238 T 238 0.347 0 0.000 0.036 0.401 100.000 100.000 0.320 LGA I 239 I 239 0.238 0 0.013 0.045 0.291 100.000 100.000 0.161 LGA K 240 K 240 0.537 0 0.000 0.246 2.251 86.364 70.505 2.122 LGA A 241 A 241 0.482 0 0.125 0.136 0.910 86.364 89.091 - LGA I 242 I 242 0.057 0 0.041 0.050 0.281 100.000 100.000 0.164 LGA L 243 L 243 0.126 0 0.024 0.052 0.349 100.000 100.000 0.170 LGA Q 244 Q 244 0.256 0 0.136 0.427 1.670 91.364 84.848 1.171 LGA N 245 N 245 0.238 0 0.041 0.150 0.595 100.000 97.727 0.595 LGA E 246 E 246 0.120 0 0.022 0.234 0.650 100.000 95.960 0.650 LGA V 247 V 247 0.155 0 0.060 0.118 0.497 100.000 100.000 0.187 LGA Y 248 Y 248 0.347 0 0.069 0.119 0.881 100.000 93.939 0.881 LGA I 249 I 249 0.320 0 0.087 0.106 0.757 95.455 97.727 0.429 LGA G 250 G 250 0.060 0 0.058 0.058 0.577 95.455 95.455 - LGA T 251 T 251 0.364 0 0.045 0.081 0.428 100.000 100.000 0.279 LGA V 252 V 252 0.366 0 0.080 0.106 0.757 95.455 97.403 0.421 LGA K 253 K 253 0.372 0 0.118 0.196 0.792 95.455 97.980 0.356 LGA Y 254 Y 254 0.611 0 0.052 0.235 2.567 95.455 67.879 2.567 LGA K 255 K 255 0.694 0 0.196 0.602 1.998 74.091 75.152 0.596 LGA V 256 V 256 0.734 0 0.055 0.083 0.740 81.818 81.818 0.696 LGA R 257 R 257 0.455 0 0.083 1.172 5.291 86.364 64.132 3.887 LGA E 258 E 258 0.509 0 0.095 0.347 2.204 86.364 70.303 2.204 LGA K 259 K 259 0.930 0 0.048 0.144 1.637 81.818 72.929 1.637 LGA T 260 T 260 1.286 0 0.000 0.057 1.548 65.455 63.377 1.473 LGA K 261 K 261 1.354 0 0.069 0.193 1.414 65.455 67.273 1.293 LGA D 262 D 262 1.746 0 0.064 0.770 3.350 50.909 39.773 3.350 LGA G 263 G 263 1.414 0 0.020 0.020 1.495 65.455 65.455 - LGA K 264 K 264 1.299 0 0.057 0.438 2.028 65.455 62.424 2.028 LGA R 265 R 265 1.108 0 0.069 0.896 4.665 65.455 45.455 4.665 LGA T 266 T 266 1.218 0 0.039 0.129 1.537 69.545 65.714 1.127 LGA I 267 I 267 1.009 0 0.073 0.104 1.533 65.455 63.636 1.533 LGA R 268 R 268 0.931 0 0.000 0.957 2.256 81.818 71.074 2.256 LGA P 269 P 269 1.138 0 0.012 0.035 1.278 73.636 70.130 1.278 LGA E 270 E 270 0.772 0 0.039 0.378 1.667 81.818 74.747 1.355 LGA K 271 K 271 0.853 0 0.102 0.853 4.826 77.727 54.343 4.826 LGA E 272 E 272 0.853 0 0.118 0.185 1.849 81.818 67.879 1.709 LGA Q 273 Q 273 0.752 0 0.077 0.187 1.108 77.727 80.000 0.834 LGA I 274 I 274 0.500 0 0.049 0.148 1.205 86.364 82.045 1.205 LGA V 275 V 275 0.311 0 0.000 0.000 0.389 100.000 100.000 0.383 LGA V 276 V 276 0.232 0 0.051 0.037 0.395 100.000 100.000 0.311 LGA Q 277 Q 277 0.289 0 0.054 0.793 3.787 100.000 75.152 3.787 LGA D 278 D 278 0.169 0 0.041 0.131 0.814 100.000 97.727 0.814 LGA A 279 A 279 0.196 0 0.019 0.023 0.291 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.154 0 0.029 0.156 0.401 100.000 100.000 0.212 LGA A 281 A 281 0.402 0 0.034 0.031 0.599 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.146 0 0.064 0.070 0.393 100.000 100.000 0.393 LGA I 283 I 283 0.322 0 0.018 0.044 0.433 100.000 100.000 0.338 LGA I 284 I 284 0.262 0 0.036 0.126 0.428 100.000 100.000 0.175 LGA D 285 D 285 0.826 0 0.113 0.983 3.604 77.727 61.136 1.577 LGA K 286 K 286 0.751 0 0.037 0.274 1.040 81.818 80.000 1.040 LGA E 287 E 287 0.801 0 0.035 0.474 2.089 81.818 75.152 0.903 LGA Q 288 Q 288 0.540 0 0.024 0.436 2.072 81.818 77.172 0.768 LGA F 289 F 289 0.514 0 0.037 0.122 0.695 81.818 83.471 0.649 LGA Q 290 Q 290 0.739 0 0.034 1.169 3.275 81.818 59.394 3.275 LGA Q 291 Q 291 0.556 0 0.041 0.158 0.654 86.364 83.838 0.560 LGA S 292 S 292 0.391 0 0.055 0.683 2.439 95.455 86.667 2.439 LGA Q 293 Q 293 0.655 0 0.000 0.183 0.930 81.818 81.818 0.930 LGA V 294 V 294 0.804 0 0.039 0.064 0.984 81.818 81.818 0.897 LGA K 295 K 295 0.385 0 0.116 0.242 1.120 86.818 94.141 0.256 LGA I 296 I 296 0.687 0 0.050 0.071 1.153 82.273 86.591 0.435 LGA A 297 A 297 1.288 0 0.135 0.152 1.929 61.818 62.545 - LGA N 298 N 298 0.374 0 0.000 0.196 2.631 82.273 67.500 1.634 LGA K 299 K 299 2.782 0 0.330 0.770 13.462 56.364 25.253 13.462 LGA V 300 V 300 1.943 0 0.100 0.090 4.150 54.545 36.104 4.150 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.899 0.838 1.785 85.811 80.106 67.655 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.90 94.815 97.749 13.508 LGA_LOCAL RMSD: 0.899 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.899 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.899 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.774355 * X + -0.359664 * Y + -0.520592 * Z + 154.119446 Y_new = 0.430196 * X + 0.902588 * Y + 0.016320 * Z + 151.866318 Z_new = 0.464010 * X + -0.236594 * Y + 0.853649 * Z + 139.168808 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.507097 -0.482517 -0.270370 [DEG: 29.0545 -27.6462 -15.4911 ] ZXZ: -1.602136 0.547844 2.042325 [DEG: -91.7956 31.3891 117.0166 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS017_2-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS017_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.90 97.749 0.90 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS017_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 2 PARENT casp16.T1228v2.chA.T1228v2_relaxed_rank_002_alphafold2_multimer_v3_model_5_seed_000 ATOM 2717 N GLY 165 153.732 185.216 153.276 1.00 35.31 N ATOM 2719 CA GLY 165 153.108 185.851 154.442 1.00 32.32 C ATOM 2722 C GLY 165 151.580 185.723 154.515 1.00 28.68 C ATOM 2723 O GLY 165 150.961 186.401 155.330 1.00 26.28 O ATOM 2724 N LYS 166 150.938 184.874 153.695 1.00 28.46 N ATOM 2726 CA LYS 166 149.490 184.615 153.792 1.00 27.61 C ATOM 2728 C LYS 166 149.190 183.692 154.987 1.00 26.93 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.897 184.068 152.475 1.00 30.88 C ATOM 2732 O LYS 166 149.864 182.680 155.200 1.00 26.49 O ATOM 2733 CG LYS 166 149.208 184.892 151.203 1.00 34.67 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.322 184.491 149.998 1.00 38.97 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.958 184.846 148.641 1.00 44.67 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.254 184.206 147.494 1.00 50.58 N ATOM 2746 N TRP 167 148.142 183.994 155.751 1.00 27.88 N ATOM 2748 CA TRP 167 147.730 183.251 156.943 1.00 29.26 C ATOM 2750 C TRP 167 146.946 181.977 156.574 1.00 34.41 C ATOM 2751 CB TRP 167 146.955 184.185 157.874 1.00 28.32 C ATOM 2754 O TRP 167 145.730 181.970 156.402 1.00 40.06 O ATOM 2755 CG TRP 167 146.618 183.601 159.212 1.00 30.43 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 145.435 183.041 159.559 1.00 32.78 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 147.458 183.532 160.404 1.00 33.60 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 146.709 182.914 161.449 1.00 37.50 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 148.771 183.949 160.715 1.00 34.35 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 145.486 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ATOM 2836 N PRO 173 144.778 185.716 164.892 1.00 38.45 N ATOM 2837 CA PRO 173 145.094 186.125 166.256 1.00 41.36 C ATOM 2839 C PRO 173 144.181 187.275 166.698 1.00 37.56 C ATOM 2840 CB PRO 173 146.561 186.570 166.252 1.00 38.13 C ATOM 2843 O PRO 173 143.791 188.097 165.877 1.00 35.75 O ATOM 2844 CG PRO 173 147.079 186.255 164.847 1.00 35.97 C ATOM 2847 CD PRO 173 145.836 186.107 163.981 1.00 34.10 C ATOM 2850 N TYR 174 143.914 187.377 168.001 1.00 39.17 N ATOM 2852 CA TYR 174 143.253 188.551 168.585 1.00 35.80 C ATOM 2854 C TYR 174 144.010 189.835 168.231 1.00 30.96 C ATOM 2855 CB TYR 174 143.227 188.377 170.101 1.00 35.58 C ATOM 2858 O TYR 174 145.242 189.822 168.263 1.00 29.23 O ATOM 2859 CG TYR 174 142.449 189.450 170.831 1.00 32.59 C ATOM 2860 CD1 TYR 174 143.130 190.442 171.563 1.00 28.39 C ATOM 2862 CD2 TYR 174 141.043 189.460 170.768 1.00 37.20 C ATOM 2864 CE1 TYR 174 142.404 191.451 172.221 1.00 28.54 C ATOM 2866 CE2 TYR 174 140.314 190.442 171.464 1.00 38.19 C ATOM 2868 OH TYR 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