####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS015_6-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS015_6-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.03 1.03 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.03 1.03 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 133 165 - 298 1.00 1.03 LCS_AVERAGE: 98.35 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 133 135 135 19 105 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 133 135 135 79 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 133 135 135 79 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 133 135 135 66 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 133 135 135 69 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 133 135 135 30 110 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 133 135 135 79 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 133 135 135 79 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 133 135 135 79 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 133 135 135 79 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 133 135 135 79 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 133 135 135 79 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 133 135 135 76 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 133 135 135 79 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 133 135 135 4 99 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 133 135 135 3 4 36 75 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 133 135 135 5 76 118 126 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 133 135 135 40 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 133 135 135 64 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 133 135 135 68 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 133 135 135 79 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 133 135 135 79 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 133 135 135 79 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 133 135 135 76 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 133 135 135 76 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 133 135 135 76 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 133 135 135 79 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 133 135 135 79 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 133 135 135 79 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 133 135 135 79 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 133 135 135 79 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 133 135 135 79 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 133 135 135 79 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 133 135 135 79 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 133 135 135 79 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 133 135 135 79 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 133 135 135 79 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 133 135 135 79 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 133 135 135 79 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 133 135 135 79 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 133 135 135 79 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 133 135 135 79 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 133 135 135 73 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 133 135 135 64 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 133 135 135 8 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 133 135 135 8 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 133 135 135 14 101 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 133 135 135 3 7 12 125 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 133 135 135 3 10 15 36 118 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 133 135 135 22 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 133 135 135 79 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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133 135 135 79 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 133 135 135 79 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 133 135 135 79 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 133 135 135 79 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 133 135 135 79 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 133 135 135 79 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 133 135 135 79 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 133 135 135 79 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 133 135 135 66 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 133 135 135 78 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 118 135 135 3 5 88 121 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 118 135 135 3 3 121 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 99.45 ( 98.35 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 79 111 122 128 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 58.52 82.22 90.37 94.81 97.04 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.48 0.62 0.81 0.88 0.99 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 GDT RMS_ALL_AT 1.15 1.12 1.09 1.03 1.04 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 1.03 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 1.424 0 0.115 0.115 1.609 70.000 70.000 - LGA K 166 K 166 0.840 0 0.165 0.215 1.601 77.727 72.929 1.601 LGA W 167 W 167 0.192 0 0.187 0.200 0.603 95.455 96.104 0.412 LGA I 168 I 168 1.008 0 0.195 1.044 3.077 77.727 66.364 0.350 LGA S 169 S 169 0.739 0 0.524 0.540 2.140 70.909 66.667 1.783 LGA G 170 G 170 1.166 0 0.324 0.324 1.970 58.182 58.182 - LGA L 171 L 171 0.551 0 0.135 1.434 5.933 86.364 55.000 3.412 LGA A 172 A 172 0.500 0 0.000 0.021 0.518 95.455 92.727 - LGA P 173 P 173 0.421 0 0.009 0.138 0.720 100.000 97.403 0.720 LGA Y 174 Y 174 0.469 0 0.000 0.166 1.326 100.000 85.303 1.326 LGA G 175 G 175 0.500 0 0.045 0.045 0.513 86.364 86.364 - LGA Y 176 Y 176 0.630 0 0.057 0.151 0.736 81.818 89.394 0.130 LGA Q 177 Q 177 1.035 0 0.055 0.139 1.297 73.636 69.091 1.035 LGA L 178 L 178 0.675 0 0.150 0.212 1.580 73.636 71.818 1.580 LGA N 179 N 179 1.367 0 0.164 0.714 5.099 69.545 40.909 5.099 LGA K 180 K 180 3.109 0 0.240 0.930 12.209 29.545 13.333 12.209 LGA K 181 K 181 2.272 0 0.464 0.965 11.184 59.091 26.869 11.184 LGA T 182 T 182 1.052 0 0.029 1.115 3.513 78.182 65.195 3.513 LGA S 183 S 183 0.806 0 0.090 0.085 1.241 82.273 76.667 1.241 LGA K 184 K 184 0.624 0 0.077 0.916 3.595 81.818 68.687 3.595 LGA L 185 L 185 0.458 0 0.066 0.075 0.637 95.455 97.727 0.220 LGA D 186 D 186 0.469 0 0.026 0.296 0.918 90.909 90.909 0.384 LGA P 187 P 187 0.630 0 0.000 0.351 1.381 73.636 77.143 0.767 LGA V 188 V 188 1.037 0 0.000 0.037 1.136 73.636 70.130 1.136 LGA E 189 E 189 1.077 0 0.032 0.210 1.279 65.455 69.091 0.847 LGA D 190 D 190 1.077 0 0.036 0.087 1.982 73.636 64.091 1.982 LGA E 191 E 191 0.714 0 0.000 0.087 0.835 86.364 83.838 0.763 LGA A 192 A 192 0.512 0 0.029 0.030 0.560 90.909 89.091 - LGA K 193 K 193 0.555 0 0.045 0.267 0.688 90.909 87.879 0.545 LGA V 194 V 194 0.402 0 0.028 0.040 0.576 100.000 94.805 0.502 LGA V 195 V 195 0.264 0 0.000 0.000 0.349 100.000 100.000 0.296 LGA Q 196 Q 196 0.275 0 0.030 0.212 1.328 100.000 90.303 1.114 LGA L 197 L 197 0.277 0 0.028 0.064 0.438 100.000 100.000 0.408 LGA I 198 I 198 0.092 0 0.070 0.107 0.318 100.000 100.000 0.227 LGA F 199 F 199 0.235 0 0.023 0.062 0.327 100.000 100.000 0.141 LGA N 200 N 200 0.328 0 0.014 0.541 1.269 100.000 91.364 1.048 LGA I 201 I 201 0.243 0 0.054 0.060 0.495 100.000 100.000 0.278 LGA F 202 F 202 0.132 0 0.052 0.270 0.826 100.000 96.694 0.322 LGA L 203 L 203 0.193 0 0.019 0.090 0.554 100.000 97.727 0.400 LGA N 204 N 204 0.186 0 0.048 0.068 0.973 100.000 93.182 0.767 LGA G 205 G 205 0.161 0 0.070 0.070 0.487 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.229 0 0.021 0.261 1.338 100.000 91.136 0.693 LGA N 207 N 207 0.405 0 0.038 0.300 1.302 100.000 93.409 0.417 LGA G 208 G 208 0.787 0 0.088 0.088 1.478 73.636 73.636 - LGA K 209 K 209 1.021 0 0.070 0.208 2.809 73.636 60.202 2.809 LGA D 210 D 210 0.962 0 0.079 0.794 2.471 81.818 72.273 2.471 LGA Y 211 Y 211 1.493 0 0.136 0.725 2.088 65.455 58.333 1.578 LGA S 212 S 212 2.261 0 0.646 0.739 6.019 41.818 28.788 6.019 LGA Y 213 Y 213 3.001 0 0.228 1.079 14.371 36.364 12.273 14.371 LGA A 215 A 215 0.880 0 0.204 0.221 1.867 86.364 79.273 - LGA I 216 I 216 0.376 0 0.000 0.169 0.546 100.000 97.727 0.546 LGA A 217 A 217 0.255 0 0.049 0.061 0.314 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.353 0 0.024 0.077 0.846 100.000 93.939 0.846 LGA H 219 H 219 0.353 0 0.017 0.216 0.882 100.000 90.909 0.882 LGA L 220 L 220 0.359 0 0.020 0.111 0.448 100.000 100.000 0.448 LGA T 221 T 221 0.258 0 0.023 0.042 0.317 100.000 100.000 0.212 LGA N 222 N 222 0.282 0 0.055 0.045 0.420 100.000 100.000 0.241 LGA L 223 L 223 0.494 0 0.051 0.091 0.719 100.000 90.909 0.719 LGA Q 224 Q 224 0.473 0 0.089 0.375 1.499 95.455 88.081 0.966 LGA I 225 I 225 0.479 0 0.051 0.053 0.551 100.000 97.727 0.344 LGA P 226 P 226 0.651 0 0.034 0.045 0.879 81.818 81.818 0.879 LGA T 227 T 227 0.696 0 0.051 0.181 1.094 81.818 79.481 1.094 LGA P 228 P 228 0.834 0 0.284 0.315 0.900 81.818 81.818 0.803 LGA S 229 S 229 1.250 0 0.183 0.165 1.426 65.455 70.909 0.658 LGA G 230 G 230 1.392 0 0.000 0.000 1.402 65.455 65.455 - LGA K 231 K 231 0.620 0 0.092 0.484 1.344 90.909 84.242 0.465 LGA K 232 K 232 0.487 0 0.105 0.298 2.491 90.909 75.758 2.491 LGA R 233 R 233 0.353 0 0.027 1.088 5.650 95.455 54.380 3.318 LGA W 234 W 234 0.170 0 0.036 0.162 0.733 95.455 92.208 0.733 LGA N 235 N 235 0.344 0 0.000 0.529 2.078 100.000 83.409 2.078 LGA Q 236 Q 236 0.560 0 0.000 1.015 3.895 86.364 64.444 3.895 LGA Y 237 Y 237 0.779 0 0.065 0.180 1.063 77.727 76.364 1.030 LGA T 238 T 238 0.442 0 0.000 0.028 0.480 100.000 100.000 0.414 LGA I 239 I 239 0.400 0 0.028 0.072 0.419 100.000 100.000 0.352 LGA K 240 K 240 0.754 0 0.013 0.253 2.580 81.818 62.828 2.536 LGA A 241 A 241 0.695 0 0.117 0.128 1.046 77.727 78.545 - LGA I 242 I 242 0.205 0 0.045 0.048 0.288 100.000 100.000 0.238 LGA L 243 L 243 0.220 0 0.024 0.065 0.370 100.000 100.000 0.206 LGA Q 244 Q 244 0.357 0 0.125 0.411 1.549 86.818 84.646 0.922 LGA N 245 N 245 0.334 0 0.033 0.303 0.801 100.000 95.455 0.703 LGA E 246 E 246 0.249 0 0.032 0.358 0.999 100.000 95.960 0.999 LGA V 247 V 247 0.154 0 0.036 0.938 2.161 100.000 84.156 2.161 LGA Y 248 Y 248 0.347 0 0.060 0.106 1.009 100.000 91.061 1.009 LGA I 249 I 249 0.291 0 0.081 0.095 0.659 95.455 97.727 0.438 LGA G 250 G 250 0.095 0 0.063 0.063 0.480 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.276 0 0.036 0.079 0.383 100.000 100.000 0.177 LGA V 252 V 252 0.346 0 0.042 0.053 0.654 95.455 94.805 0.536 LGA K 253 K 253 0.756 0 0.080 0.517 1.343 86.364 78.384 0.699 LGA Y 254 Y 254 0.178 0 0.113 0.106 2.601 95.455 70.303 2.601 LGA K 255 K 255 1.100 0 0.195 0.601 2.337 62.727 69.899 1.598 LGA V 256 V 256 1.106 0 0.065 0.125 1.652 69.545 65.714 1.131 LGA R 257 R 257 0.897 0 0.131 1.211 4.989 73.636 57.190 3.329 LGA E 258 E 258 1.184 0 0.021 0.633 3.841 65.455 44.646 3.841 LGA K 259 K 259 1.557 0 0.078 0.146 2.577 54.545 48.485 2.577 LGA T 260 T 260 2.274 0 0.000 0.075 2.864 38.182 33.506 2.864 LGA K 261 K 261 2.686 0 0.021 0.266 3.118 22.727 33.131 2.207 LGA D 262 D 262 3.495 0 0.033 0.863 4.867 18.182 12.045 4.867 LGA G 263 G 263 2.530 0 0.128 0.128 2.644 32.727 32.727 - LGA K 264 K 264 1.841 0 0.044 0.482 3.256 47.727 45.859 3.256 LGA R 265 R 265 1.322 0 0.146 0.926 5.106 61.818 40.992 5.106 LGA T 266 T 266 1.285 0 0.079 0.093 1.835 69.545 65.714 1.316 LGA I 267 I 267 0.453 0 0.123 0.157 1.132 86.818 82.273 1.033 LGA R 268 R 268 0.458 0 0.136 0.969 2.478 83.182 72.562 1.884 LGA P 269 P 269 0.968 0 0.213 0.326 1.572 74.091 75.065 1.020 LGA E 270 E 270 2.853 0 0.604 0.613 5.762 22.273 19.596 3.948 LGA K 271 K 271 1.219 0 0.595 1.319 6.087 49.091 36.970 6.087 LGA E 272 E 272 1.235 0 0.100 0.169 1.572 65.455 62.222 1.429 LGA Q 273 Q 273 1.478 0 0.092 0.595 2.338 73.636 62.828 1.501 LGA I 274 I 274 0.905 0 0.170 0.204 1.264 77.727 77.727 0.795 LGA V 275 V 275 0.642 0 0.011 0.626 2.488 81.818 71.169 1.578 LGA V 276 V 276 0.566 0 0.091 0.106 1.221 90.909 84.675 0.754 LGA Q 277 Q 277 0.082 0 0.047 0.794 3.885 100.000 74.343 2.385 LGA D 278 D 278 0.175 0 0.045 0.313 1.280 100.000 91.136 1.280 LGA A 279 A 279 0.208 0 0.015 0.014 0.404 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.248 0 0.030 0.142 0.469 100.000 100.000 0.277 LGA A 281 A 281 0.535 0 0.030 0.026 0.771 95.455 92.727 - LGA P 282 P 282 0.176 0 0.051 0.059 0.468 100.000 100.000 0.468 LGA I 283 I 283 0.393 0 0.027 0.048 0.552 95.455 95.455 0.429 LGA I 284 I 284 0.305 0 0.019 0.138 0.408 100.000 100.000 0.267 LGA D 285 D 285 0.827 0 0.109 0.983 3.474 81.818 65.909 1.492 LGA K 286 K 286 0.727 0 0.000 0.283 1.095 81.818 80.000 1.095 LGA E 287 E 287 0.768 0 0.043 0.437 2.318 81.818 75.152 0.967 LGA Q 288 Q 288 0.479 0 0.012 0.527 2.526 95.455 82.020 0.688 LGA F 289 F 289 0.435 0 0.037 0.112 0.590 90.909 91.736 0.537 LGA Q 290 Q 290 0.694 0 0.027 1.080 3.061 81.818 60.404 3.061 LGA Q 291 Q 291 0.512 0 0.048 0.156 0.741 90.909 85.859 0.553 LGA S 292 S 292 0.270 0 0.067 0.651 2.104 95.455 86.667 2.104 LGA Q 293 Q 293 0.591 0 0.000 0.205 0.858 86.364 83.838 0.858 LGA V 294 V 294 0.837 0 0.046 0.065 1.094 81.818 77.143 1.010 LGA K 295 K 295 0.392 0 0.153 0.265 1.344 86.818 92.121 0.339 LGA I 296 I 296 0.665 0 0.042 0.063 1.184 82.273 86.591 0.430 LGA A 297 A 297 1.295 0 0.156 0.175 1.994 61.818 62.545 - LGA N 298 N 298 0.351 0 0.020 0.441 2.139 82.273 72.500 2.139 LGA K 299 K 299 2.720 0 0.299 0.584 13.119 52.273 23.434 13.119 LGA V 300 V 300 1.571 0 0.111 0.112 3.597 54.545 39.221 3.380 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.029 1.025 1.883 82.788 76.663 64.003 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.03 94.259 97.274 11.959 LGA_LOCAL RMSD: 1.029 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.029 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.029 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.827506 * X + -0.548436 * Y + -0.120212 * Z + 153.031281 Y_new = 0.558473 * X + 0.826066 * Y + 0.075658 * Z + 151.780899 Z_new = 0.057809 * X + -0.129743 * Y + 0.989861 * Z + 140.835831 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.593671 -0.057842 -0.130329 [DEG: 34.0149 -3.3141 -7.4673 ] ZXZ: -2.132535 0.142521 2.722431 [DEG: -122.1853 8.1659 155.9838 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS015_6-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS015_6-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.03 97.274 1.03 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS015_6-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 6 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 153.467 186.122 153.061 1.00 82.54 N ATOM 2719 CA GLY 165 152.800 186.572 154.289 1.00 82.54 C ATOM 2722 C GLY 165 151.375 186.050 154.560 1.00 82.54 C ATOM 2723 O GLY 165 150.819 186.365 155.605 1.00 82.54 O ATOM 2724 N LYS 166 150.748 185.255 153.679 1.00 84.03 N ATOM 2726 CA LYS 166 149.310 184.905 153.796 1.00 84.03 C ATOM 2728 C LYS 166 148.986 183.940 154.955 1.00 84.03 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.785 184.325 152.474 1.00 84.03 C ATOM 2732 O LYS 166 149.423 182.792 154.967 1.00 84.03 O ATOM 2733 CG LYS 166 149.009 185.219 151.242 1.00 84.03 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.513 184.568 149.936 1.00 84.03 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.598 185.544 148.760 1.00 84.03 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.206 184.915 147.472 1.00 84.03 N ATOM 2746 N TRP 167 148.149 184.336 155.904 1.00 86.74 N ATOM 2748 CA TRP 167 147.802 183.533 157.078 1.00 86.74 C ATOM 2750 C TRP 167 146.964 182.284 156.722 1.00 86.74 C ATOM 2751 CB TRP 167 147.098 184.452 158.077 1.00 86.74 C ATOM 2754 O TRP 167 145.833 182.386 156.252 1.00 86.74 O ATOM 2755 CG TRP 167 146.790 183.856 159.413 1.00 86.74 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 145.587 183.392 159.819 1.00 86.74 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 147.686 183.688 160.554 1.00 86.74 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 146.940 183.142 161.639 1.00 86.74 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 149.053 183.945 160.782 1.00 86.74 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 145.672 182.980 161.134 1.00 86.74 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 148.882 183.126 163.080 1.00 86.74 C ATOM 2766 CZ2 TRP 167 147.514 182.865 162.887 1.00 86.74 C ATOM 2768 CZ3 TRP 167 149.646 183.662 162.028 1.00 86.74 C ATOM 2770 N ILE 168 147.509 181.081 156.977 1.00 80.30 N ATOM 2772 CA ILE 168 146.796 179.783 156.832 1.00 80.30 C ATOM 2774 C ILE 168 146.743 178.966 158.139 1.00 80.30 C ATOM 2775 CB ILE 168 147.313 178.886 155.673 1.00 80.30 C ATOM 2777 O ILE 168 146.429 177.767 158.131 1.00 80.30 O ATOM 2778 CG1 ILE 168 148.138 179.562 154.561 1.00 80.30 C ATOM 2781 CG2 ILE 168 146.112 178.157 155.034 1.00 80.30 C ATOM 2785 CD1 ILE 168 148.821 178.502 153.681 1.00 80.30 C ATOM 2789 N SER 169 147.080 179.586 159.270 1.00 71.71 N ATOM 2791 CA SER 169 146.668 179.081 160.583 1.00 71.71 C ATOM 2793 C SER 169 145.171 179.377 160.781 1.00 71.71 C ATOM 2794 CB SER 169 147.564 179.669 161.674 1.00 71.71 C ATOM 2797 O SER 169 144.619 180.246 160.119 1.00 71.71 O ATOM 2798 OG SER 169 148.783 178.947 161.709 1.00 71.71 O ATOM 2800 N GLY 170 144.481 178.581 161.607 1.00 69.05 N ATOM 2802 CA GLY 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CA GLN 177 141.103 189.936 161.017 1.00 90.77 C ATOM 2903 C GLN 177 141.806 189.356 159.784 1.00 90.77 C ATOM 2904 CB GLN 177 139.921 190.846 160.645 1.00 90.77 C ATOM 2907 O GLN 177 142.809 189.884 159.310 1.00 90.77 O ATOM 2908 CG GLN 177 140.329 192.144 159.925 1.00 90.77 C ATOM 2911 CD GLN 177 139.133 192.996 159.515 1.00 90.77 C ATOM 2912 NE2 GLN 177 139.325 194.283 159.331 1.00 90.77 N ATOM 2915 OE1 GLN 177 138.021 192.520 159.328 1.00 90.77 O ATOM 2916 N LEU 178 141.271 188.263 159.234 1.00 89.69 N ATOM 2918 CA LEU 178 141.775 187.681 157.987 1.00 89.69 C ATOM 2920 C LEU 178 141.152 188.391 156.778 1.00 89.69 C ATOM 2921 CB LEU 178 141.502 186.165 157.977 1.00 89.69 C ATOM 2924 O LEU 178 139.962 188.221 156.493 1.00 89.69 O ATOM 2925 CG LEU 178 142.054 185.447 156.728 1.00 89.69 C ATOM 2927 CD1 LEU 178 143.580 185.442 156.703 1.00 89.69 C ATOM 2931 CD2 LEU 178 141.587 183.992 156.724 1.00 89.69 C ATOM 2935 N ASN 179 141.967 189.123 156.022 1.00 85.99 N ATOM 2937 CA ASN 179 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