####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS015_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS015_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.95 0.95 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.95 0.95 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.95 0.95 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 66 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 77 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 77 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 35 109 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 19 97 124 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 3 4 112 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 73 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 77 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 77 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 77 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 77 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 77 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 72 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 77 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 30 86 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 4 36 120 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 13 86 119 127 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 39 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 59 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 59 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 77 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 77 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 77 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 75 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 75 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 75 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 77 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 77 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 77 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 77 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 77 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 77 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 77 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 77 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 77 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 77 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 77 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 77 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 77 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 77 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 77 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 77 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 68 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 28 109 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 8 109 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 8 109 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 14 90 119 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 25 37 126 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 13 19 86 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 55 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 77 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 77 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 77 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 77 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 77 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 77 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 77 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 77 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 77 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 77 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 64 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 59 91 126 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 112 127 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 77 110 122 128 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 57.04 81.48 90.37 94.81 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.50 0.64 0.76 0.87 0.90 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 GDT RMS_ALL_AT 1.08 1.00 0.97 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.707 0 0.037 0.037 0.798 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.611 0 0.040 0.146 1.409 81.818 80.000 1.409 LGA W 167 W 167 0.437 0 0.199 0.222 0.795 90.909 89.610 0.795 LGA I 168 I 168 1.201 0 0.006 0.661 1.979 61.818 61.818 1.003 LGA S 169 S 169 2.370 0 0.376 0.722 5.314 59.091 41.212 5.314 LGA G 170 G 170 2.065 0 0.206 0.206 2.065 55.000 55.000 - LGA L 171 L 171 0.812 0 0.141 1.372 5.859 77.727 49.773 3.543 LGA A 172 A 172 0.680 0 0.000 0.021 0.748 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.380 0 0.015 0.148 0.694 100.000 97.403 0.694 LGA Y 174 Y 174 0.410 0 0.000 0.170 1.303 100.000 88.182 1.303 LGA G 175 G 175 0.448 0 0.062 0.062 0.448 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.550 0 0.052 0.160 0.717 86.364 90.909 0.229 LGA Q 177 Q 177 0.911 0 0.058 0.187 1.318 86.364 82.020 0.823 LGA L 178 L 178 0.598 0 0.152 0.203 1.642 73.636 71.818 1.642 LGA N 179 N 179 1.256 0 0.169 0.708 5.007 65.909 39.091 5.007 LGA K 180 K 180 3.452 0 0.264 0.941 12.665 29.545 13.131 12.665 LGA K 181 K 181 1.955 0 0.457 0.960 10.815 65.909 29.899 10.815 LGA T 182 T 182 0.942 0 0.016 1.119 3.550 82.273 67.532 3.550 LGA S 183 S 183 0.859 0 0.113 0.100 1.311 82.273 76.667 1.256 LGA K 184 K 184 0.776 0 0.070 0.928 3.479 81.818 69.293 3.479 LGA L 185 L 185 0.511 0 0.083 0.095 0.829 86.364 93.182 0.395 LGA D 186 D 186 0.298 0 0.031 0.269 1.063 95.455 93.409 0.213 LGA P 187 P 187 0.604 0 0.020 0.049 1.184 82.273 82.078 0.694 LGA V 188 V 188 0.935 0 0.015 0.034 1.046 81.818 77.143 1.046 LGA E 189 E 189 0.983 0 0.031 0.138 1.053 81.818 80.000 0.921 LGA D 190 D 190 1.024 0 0.024 0.075 1.773 77.727 66.136 1.773 LGA E 191 E 191 0.663 0 0.000 0.073 0.803 90.909 85.859 0.803 LGA A 192 A 192 0.442 0 0.026 0.025 0.496 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.510 0 0.042 0.193 0.700 90.909 89.899 0.367 LGA V 194 V 194 0.372 0 0.018 0.039 0.545 100.000 97.403 0.476 LGA V 195 V 195 0.231 0 0.000 0.000 0.303 100.000 100.000 0.238 LGA Q 196 Q 196 0.256 0 0.019 0.214 1.302 100.000 90.303 1.137 LGA L 197 L 197 0.284 0 0.000 0.059 0.450 100.000 100.000 0.444 LGA I 198 I 198 0.175 0 0.054 0.087 0.282 100.000 100.000 0.282 LGA F 199 F 199 0.282 0 0.018 0.040 0.361 100.000 100.000 0.245 LGA N 200 N 200 0.309 0 0.000 0.596 1.589 100.000 91.591 1.589 LGA I 201 I 201 0.306 0 0.038 0.046 0.428 100.000 100.000 0.359 LGA F 202 F 202 0.268 0 0.027 0.277 0.932 100.000 95.041 0.539 LGA L 203 L 203 0.269 0 0.015 0.097 0.735 100.000 97.727 0.494 LGA N 204 N 204 0.231 0 0.028 0.074 1.162 95.455 88.864 0.864 LGA G 205 G 205 0.493 0 0.062 0.062 0.500 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.478 0 0.000 0.187 1.172 86.364 86.591 0.407 LGA N 207 N 207 0.719 0 0.053 0.276 1.514 81.818 77.955 0.562 LGA G 208 G 208 1.185 0 0.145 0.145 1.882 65.909 65.909 - LGA K 209 K 209 1.243 0 0.064 0.275 3.287 65.455 51.313 3.287 LGA D 210 D 210 1.178 0 0.050 0.523 1.555 69.545 69.773 1.555 LGA Y 211 Y 211 1.751 0 0.152 0.668 2.096 54.545 51.212 1.643 LGA S 212 S 212 2.272 0 0.640 0.759 5.969 36.364 26.061 5.969 LGA Y 213 Y 213 3.000 0 0.198 1.088 14.201 41.818 14.091 14.201 LGA A 215 A 215 1.064 0 0.196 0.215 1.969 77.727 72.364 - LGA I 216 I 216 0.458 0 0.000 0.169 0.522 95.455 95.455 0.436 LGA A 217 A 217 0.358 0 0.049 0.059 0.406 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.412 0 0.021 0.096 0.929 100.000 93.939 0.929 LGA H 219 H 219 0.438 0 0.022 0.166 0.939 100.000 90.909 0.939 LGA L 220 L 220 0.382 0 0.000 0.078 0.431 100.000 100.000 0.366 LGA T 221 T 221 0.233 0 0.022 0.033 0.306 100.000 100.000 0.207 LGA N 222 N 222 0.323 0 0.051 0.031 0.591 95.455 97.727 0.139 LGA L 223 L 223 0.558 0 0.044 0.061 0.794 86.364 84.091 0.794 LGA Q 224 Q 224 0.471 0 0.089 0.273 1.378 95.455 84.242 1.187 LGA I 225 I 225 0.424 0 0.047 0.052 0.522 100.000 97.727 0.399 LGA P 226 P 226 0.492 0 0.011 0.040 0.700 86.364 84.416 0.700 LGA T 227 T 227 0.558 0 0.047 0.169 0.936 81.818 84.416 0.936 LGA P 228 P 228 0.748 0 0.227 0.258 0.806 81.818 81.818 0.670 LGA S 229 S 229 1.042 0 0.176 0.156 1.203 69.545 73.636 0.510 LGA G 230 G 230 1.194 0 0.028 0.028 1.211 69.545 69.545 - LGA K 231 K 231 0.546 0 0.086 0.485 1.291 90.909 82.222 0.551 LGA K 232 K 232 0.436 0 0.094 0.296 2.489 95.455 77.778 2.489 LGA R 233 R 233 0.350 0 0.022 1.063 5.526 100.000 54.380 3.360 LGA W 234 W 234 0.147 0 0.041 0.155 0.594 100.000 96.104 0.594 LGA N 235 N 235 0.329 0 0.021 0.718 1.749 100.000 89.545 1.749 LGA Q 236 Q 236 0.579 0 0.019 0.963 3.708 86.364 64.444 3.708 LGA Y 237 Y 237 0.614 0 0.082 0.187 0.985 81.818 81.818 0.985 LGA T 238 T 238 0.380 0 0.000 0.078 0.416 100.000 100.000 0.416 LGA I 239 I 239 0.273 0 0.019 0.079 0.325 100.000 100.000 0.265 LGA K 240 K 240 0.636 0 0.028 0.177 2.522 86.364 67.677 2.522 LGA A 241 A 241 0.555 0 0.124 0.135 0.950 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.215 0 0.049 0.056 0.323 100.000 100.000 0.323 LGA L 243 L 243 0.225 0 0.012 0.057 0.390 100.000 100.000 0.226 LGA Q 244 Q 244 0.354 0 0.101 0.305 0.946 90.909 91.919 0.724 LGA N 245 N 245 0.322 0 0.027 0.204 0.624 100.000 97.727 0.624 LGA E 246 E 246 0.263 0 0.027 0.369 0.966 100.000 95.960 0.711 LGA V 247 V 247 0.309 0 0.005 0.711 1.558 100.000 88.052 1.379 LGA Y 248 Y 248 0.403 0 0.047 0.106 1.240 100.000 88.030 1.240 LGA I 249 I 249 0.363 0 0.037 0.066 0.569 95.455 93.182 0.564 LGA G 250 G 250 0.220 0 0.025 0.025 0.495 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.464 0 0.041 0.072 0.535 95.455 94.805 0.335 LGA V 252 V 252 0.515 0 0.077 0.104 0.728 86.364 84.416 0.702 LGA K 253 K 253 0.558 0 0.117 0.172 0.853 86.364 85.859 0.448 LGA Y 254 Y 254 0.412 0 0.040 0.239 2.345 100.000 76.364 2.345 LGA K 255 K 255 0.742 0 0.034 0.434 1.260 81.818 80.000 1.260 LGA V 256 V 256 0.853 0 0.065 0.063 0.905 81.818 81.818 0.788 LGA R 257 R 257 0.846 0 0.072 1.038 3.300 81.818 64.298 2.864 LGA E 258 E 258 1.073 0 0.023 0.732 4.723 65.455 41.818 4.723 LGA K 259 K 259 1.267 0 0.058 0.276 1.557 65.455 65.657 1.557 LGA T 260 T 260 1.770 0 0.000 0.080 2.160 50.909 47.273 2.038 LGA K 261 K 261 1.830 0 0.046 0.230 1.936 50.909 50.909 1.517 LGA D 262 D 262 2.262 0 0.029 0.880 4.250 38.182 28.182 4.250 LGA G 263 G 263 1.741 0 0.055 0.055 1.858 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.474 0 0.059 0.469 1.791 65.455 65.657 1.791 LGA R 265 R 265 1.275 0 0.139 0.905 4.056 61.818 51.074 4.056 LGA T 266 T 266 1.433 0 0.051 0.113 1.656 65.455 61.299 1.405 LGA I 267 I 267 0.964 0 0.062 0.094 1.464 73.636 71.591 1.464 LGA R 268 R 268 0.789 0 0.016 0.944 2.811 81.818 74.050 1.981 LGA P 269 P 269 0.760 0 0.019 0.030 0.973 81.818 81.818 0.973 LGA E 270 E 270 0.423 0 0.058 0.301 1.122 95.455 90.101 0.954 LGA K 271 K 271 0.652 0 0.096 0.669 3.744 81.818 59.192 3.728 LGA E 272 E 272 0.556 0 0.082 0.213 1.555 86.364 74.949 1.236 LGA Q 273 Q 273 0.455 0 0.062 0.150 0.733 90.909 91.919 0.609 LGA I 274 I 274 0.359 0 0.078 0.147 0.791 95.455 95.455 0.791 LGA V 275 V 275 0.428 0 0.000 0.025 0.536 100.000 94.805 0.518 LGA V 276 V 276 0.436 0 0.046 0.036 0.606 95.455 94.805 0.508 LGA Q 277 Q 277 0.424 0 0.049 0.679 3.317 95.455 76.566 3.317 LGA D 278 D 278 0.305 0 0.046 0.167 1.050 100.000 93.409 1.050 LGA A 279 A 279 0.389 0 0.029 0.031 0.501 100.000 96.364 - LGA H 280 H 280 0.105 0 0.034 0.116 0.385 100.000 100.000 0.236 LGA A 281 A 281 0.402 0 0.018 0.017 0.567 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.301 0 0.052 0.055 0.499 100.000 100.000 0.499 LGA I 283 I 283 0.396 0 0.026 0.036 0.572 95.455 95.455 0.480 LGA I 284 I 284 0.324 0 0.023 0.112 0.450 100.000 100.000 0.233 LGA D 285 D 285 0.816 0 0.102 0.952 3.456 81.818 64.091 1.525 LGA K 286 K 286 0.837 0 0.000 0.284 1.073 81.818 80.000 0.780 LGA E 287 E 287 0.872 0 0.037 0.385 2.194 81.818 73.333 1.113 LGA Q 288 Q 288 0.495 0 0.028 0.385 2.106 95.455 81.414 1.222 LGA F 289 F 289 0.506 0 0.032 0.122 0.771 81.818 81.818 0.721 LGA Q 290 Q 290 0.809 0 0.036 1.059 2.674 81.818 64.040 2.674 LGA Q 291 Q 291 0.529 0 0.038 0.140 0.636 90.909 87.879 0.624 LGA S 292 S 292 0.368 0 0.052 0.686 2.372 95.455 86.667 2.372 LGA Q 293 Q 293 0.663 0 0.000 0.177 0.888 81.818 81.818 0.888 LGA V 294 V 294 0.765 0 0.034 0.046 1.055 81.818 79.481 0.892 LGA K 295 K 295 0.366 0 0.212 0.304 1.583 83.182 90.505 0.402 LGA I 296 I 296 0.549 0 0.094 0.120 1.025 82.273 82.045 0.682 LGA A 297 A 297 1.039 0 0.203 0.224 1.569 70.000 69.091 - LGA N 298 N 298 0.573 0 0.090 0.502 2.408 67.727 56.136 2.132 LGA K 299 K 299 2.548 0 0.164 0.495 11.880 52.273 23.838 11.880 LGA V 300 V 300 2.298 0 0.148 0.124 4.271 44.545 28.571 4.044 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.950 0.894 1.770 84.694 78.869 65.898 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.95 94.074 97.313 12.856 LGA_LOCAL RMSD: 0.950 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.950 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.950 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.890830 * X + 0.437936 * Y + 0.120973 * Z + 158.315460 Y_new = 0.359845 * X + -0.842637 * Y + 0.400592 * Z + 149.272064 Z_new = 0.277370 * X + -0.313328 * Y + -0.908235 * Z + 138.953766 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.383901 -0.281055 -2.809392 [DEG: 21.9959 -16.1033 -160.9663 ] ZXZ: 2.848316 2.709844 2.416994 [DEG: 163.1965 155.2626 138.4835 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS015_5-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS015_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.95 97.313 0.95 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS015_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 5 PARENT 4bqq_B 6dnw_A 5uae_D 2mhc_A 4m6f_A 3zld_B 1zr4_E 2r0q_F 1gdt_B 5cy2_F ATOM 2717 N GLY 165 153.712 185.113 153.524 1.00 84.95 N ATOM 2719 CA GLY 165 153.115 185.774 154.688 1.00 84.95 C ATOM 2722 C GLY 165 151.588 185.651 154.778 1.00 84.95 C ATOM 2723 O GLY 165 150.969 186.369 155.558 1.00 84.95 O ATOM 2724 N LYS 166 150.951 184.765 153.996 1.00 86.73 N ATOM 2726 CA LYS 166 149.504 184.510 154.096 1.00 86.73 C ATOM 2728 C LYS 166 149.198 183.671 155.343 1.00 86.73 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.949 183.860 152.812 1.00 86.73 C ATOM 2732 O LYS 166 149.917 182.721 155.662 1.00 86.73 O ATOM 2733 CG LYS 166 149.144 184.734 151.559 1.00 86.73 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.616 184.092 150.260 1.00 86.73 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.751 185.110 149.119 1.00 86.73 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.210 184.636 147.821 1.00 86.73 N ATOM 2746 N TRP 167 148.094 183.975 156.019 1.00 89.01 N ATOM 2748 CA TRP 167 147.595 183.233 157.173 1.00 89.01 C ATOM 2750 C TRP 167 146.668 182.093 156.732 1.00 89.01 C ATOM 2751 CB TRP 167 146.906 184.191 158.138 1.00 89.01 C ATOM 2754 O TRP 167 145.601 182.305 156.165 1.00 89.01 O ATOM 2755 CG TRP 167 146.470 183.541 159.413 1.00 89.01 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 145.267 182.969 159.658 1.00 89.01 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 147.252 183.374 160.632 1.00 89.01 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 146.455 182.678 161.587 1.00 89.01 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 148.556 183.747 161.020 1.00 89.01 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 145.254 182.461 160.945 1.00 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