####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS015_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS015_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.02 1.02 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.02 1.02 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 133 165 - 298 0.99 1.02 LCS_AVERAGE: 98.36 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 133 135 135 71 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 133 135 135 75 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 133 135 135 75 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 133 135 135 75 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 133 135 135 3 27 85 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 133 135 135 3 23 107 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 133 135 135 74 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 133 135 135 75 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 133 135 135 75 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 133 135 135 75 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 133 135 135 75 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 133 135 135 75 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 133 135 135 67 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 133 135 135 75 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 133 135 135 41 100 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 133 135 135 3 3 56 109 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 133 135 135 3 89 116 124 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 133 135 135 45 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 133 135 135 46 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 133 135 135 56 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 133 135 135 75 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 133 135 135 75 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 133 135 135 75 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 133 135 135 72 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 133 135 135 72 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 133 135 135 73 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 133 135 135 75 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 133 135 135 75 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 133 135 135 75 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 133 135 135 75 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 133 135 135 75 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 133 135 135 75 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 133 135 135 75 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 133 135 135 75 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 133 135 135 75 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 133 135 135 75 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 133 135 135 75 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 133 135 135 75 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 133 135 135 75 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 133 135 135 75 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 133 135 135 69 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 133 135 135 74 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 133 135 135 65 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 133 135 135 25 104 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 133 135 135 6 104 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 133 135 135 25 104 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 133 135 135 3 87 116 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 133 135 135 3 6 11 115 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 133 135 135 3 12 19 22 129 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 133 135 135 45 105 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 133 135 135 75 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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LCS_GDT F 289 F 289 133 135 135 75 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 133 135 135 75 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 133 135 135 75 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 133 135 135 75 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 133 135 135 75 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 133 135 135 75 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 133 135 135 75 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 133 135 135 74 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 133 135 135 50 104 120 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 133 135 135 10 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 119 135 135 4 5 6 113 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 119 135 135 3 105 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 99.45 ( 98.36 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 75 106 121 128 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 55.56 78.52 89.63 94.81 97.04 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.50 0.69 0.83 0.89 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 GDT RMS_ALL_AT 1.15 1.11 1.05 1.03 1.03 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.669 0 0.055 0.055 0.775 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.612 0 0.020 0.102 1.109 81.818 80.000 0.908 LGA W 167 W 167 0.359 0 0.154 0.162 0.645 100.000 94.805 0.614 LGA I 168 I 168 0.568 0 0.039 0.181 1.581 73.636 70.000 1.538 LGA S 169 S 169 2.240 0 0.380 0.740 4.050 55.000 39.394 3.515 LGA G 170 G 170 2.109 0 0.222 0.222 2.109 55.000 55.000 - LGA L 171 L 171 0.763 0 0.147 1.450 5.924 77.727 51.591 3.363 LGA A 172 A 172 0.682 0 0.000 0.028 0.721 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.327 0 0.000 0.214 0.735 100.000 94.805 0.735 LGA Y 174 Y 174 0.395 0 0.000 0.154 1.283 100.000 85.303 1.283 LGA G 175 G 175 0.427 0 0.055 0.055 0.450 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.543 0 0.070 0.166 0.691 86.364 92.424 0.168 LGA Q 177 Q 177 1.089 0 0.015 0.615 2.315 82.273 66.667 1.435 LGA L 178 L 178 0.649 0 0.139 0.241 1.831 77.727 71.818 1.831 LGA N 179 N 179 1.204 0 0.147 0.732 4.939 65.909 39.318 4.939 LGA K 180 K 180 3.143 0 0.262 0.931 12.658 29.545 13.131 12.658 LGA K 181 K 181 2.179 0 0.459 0.990 11.492 62.727 28.485 11.492 LGA T 182 T 182 0.970 0 0.040 1.121 3.607 82.273 67.532 3.607 LGA S 183 S 183 0.886 0 0.094 0.090 1.408 82.273 76.667 1.408 LGA K 184 K 184 0.741 0 0.093 0.924 3.672 81.818 68.687 3.672 LGA L 185 L 185 0.569 0 0.087 0.099 0.952 86.364 93.182 0.340 LGA D 186 D 186 0.396 0 0.034 0.295 1.008 90.909 91.136 0.345 LGA P 187 P 187 0.723 0 0.037 0.066 1.444 73.636 77.143 0.767 LGA V 188 V 188 0.991 0 0.015 0.046 1.076 81.818 77.143 1.068 LGA E 189 E 189 1.030 0 0.031 0.184 1.147 65.455 69.091 1.117 LGA D 190 D 190 0.983 0 0.025 0.078 1.507 81.818 71.818 1.507 LGA E 191 E 191 0.642 0 0.000 0.116 0.766 86.364 83.838 0.647 LGA A 192 A 192 0.496 0 0.030 0.027 0.523 95.455 92.727 - LGA K 193 K 193 0.554 0 0.048 0.159 0.795 86.364 83.838 0.589 LGA V 194 V 194 0.418 0 0.000 0.040 0.592 100.000 94.805 0.551 LGA V 195 V 195 0.254 0 0.000 0.020 0.319 100.000 100.000 0.272 LGA Q 196 Q 196 0.293 0 0.021 0.238 1.461 100.000 88.485 1.322 LGA L 197 L 197 0.334 0 0.025 0.090 0.562 100.000 93.182 0.562 LGA I 198 I 198 0.198 0 0.071 0.101 0.385 100.000 100.000 0.385 LGA F 199 F 199 0.280 0 0.012 0.052 0.348 100.000 100.000 0.260 LGA N 200 N 200 0.307 0 0.021 0.566 1.692 100.000 89.318 1.692 LGA I 201 I 201 0.302 0 0.052 0.068 0.559 100.000 97.727 0.559 LGA F 202 F 202 0.318 0 0.050 0.335 1.149 100.000 93.554 0.475 LGA L 203 L 203 0.223 0 0.028 0.066 0.541 100.000 97.727 0.425 LGA N 204 N 204 0.339 0 0.052 0.084 1.361 95.455 86.591 0.976 LGA G 205 G 205 0.457 0 0.080 0.080 0.457 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.370 0 0.017 0.382 1.664 86.364 84.773 0.281 LGA N 207 N 207 0.823 0 0.044 0.317 1.729 81.818 77.955 0.760 LGA G 208 G 208 1.267 0 0.126 0.126 1.934 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.349 0 0.069 0.225 3.345 65.455 49.697 3.345 LGA D 210 D 210 1.261 0 0.049 0.784 2.205 69.545 62.273 2.205 LGA Y 211 Y 211 1.786 0 0.142 0.724 2.214 54.545 50.000 1.715 LGA S 212 S 212 2.521 0 0.643 0.753 6.359 33.636 23.333 6.359 LGA Y 213 Y 213 2.851 0 0.215 1.066 14.196 45.455 15.303 14.196 LGA A 215 A 215 1.151 0 0.211 0.228 1.985 77.727 72.364 - LGA I 216 I 216 0.476 0 0.000 0.174 0.569 95.455 95.455 0.287 LGA A 217 A 217 0.409 0 0.053 0.063 0.428 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.522 0 0.007 0.093 1.012 90.909 85.152 1.012 LGA H 219 H 219 0.572 0 0.021 0.150 1.187 81.818 76.909 1.187 LGA L 220 L 220 0.481 0 0.000 0.119 0.560 95.455 90.909 0.560 LGA T 221 T 221 0.345 0 0.027 0.044 0.423 100.000 100.000 0.284 LGA N 222 N 222 0.443 0 0.045 0.070 0.800 90.909 90.909 0.386 LGA L 223 L 223 0.604 0 0.040 0.051 0.714 86.364 84.091 0.707 LGA Q 224 Q 224 0.501 0 0.094 0.524 1.870 90.909 77.172 1.870 LGA I 225 I 225 0.472 0 0.051 0.052 0.531 100.000 97.727 0.482 LGA P 226 P 226 0.481 0 0.016 0.043 0.683 86.364 84.416 0.683 LGA T 227 T 227 0.494 0 0.051 0.205 0.987 86.364 87.013 0.987 LGA P 228 P 228 0.591 0 0.293 0.325 0.718 86.364 87.013 0.565 LGA S 229 S 229 1.046 0 0.180 0.584 1.852 69.545 68.485 1.852 LGA G 230 G 230 1.174 0 0.000 0.000 1.209 69.545 69.545 - LGA K 231 K 231 0.563 0 0.097 0.478 1.445 90.909 84.242 0.399 LGA K 232 K 232 0.469 0 0.091 0.420 3.427 90.909 68.687 3.427 LGA R 233 R 233 0.313 0 0.006 1.114 5.535 100.000 59.669 2.823 LGA W 234 W 234 0.276 0 0.048 0.153 0.708 95.455 90.909 0.656 LGA N 235 N 235 0.510 0 0.015 0.634 2.165 95.455 83.182 2.165 LGA Q 236 Q 236 0.645 0 0.000 1.167 4.780 86.364 61.010 4.780 LGA Y 237 Y 237 0.705 0 0.069 0.247 1.461 81.818 76.364 1.461 LGA T 238 T 238 0.503 0 0.000 0.046 0.537 86.364 87.013 0.500 LGA I 239 I 239 0.338 0 0.023 0.077 0.395 100.000 100.000 0.206 LGA K 240 K 240 0.662 0 0.008 0.251 2.256 86.364 70.505 2.156 LGA A 241 A 241 0.704 0 0.116 0.127 1.087 77.727 78.545 - LGA I 242 I 242 0.332 0 0.055 0.065 0.406 100.000 100.000 0.367 LGA L 243 L 243 0.390 0 0.059 0.102 0.666 95.455 97.727 0.353 LGA Q 244 Q 244 0.425 0 0.128 0.458 1.530 86.818 82.828 1.085 LGA N 245 N 245 0.384 0 0.031 0.270 0.861 100.000 95.455 0.861 LGA E 246 E 246 0.354 0 0.033 0.243 0.664 100.000 93.939 0.422 LGA V 247 V 247 0.236 0 0.000 0.686 1.577 100.000 88.052 1.232 LGA Y 248 Y 248 0.407 0 0.043 0.121 1.289 100.000 86.667 1.289 LGA I 249 I 249 0.469 0 0.090 0.109 0.951 90.909 86.364 0.672 LGA G 250 G 250 0.237 0 0.065 0.065 0.674 95.455 95.455 - LGA T 251 T 251 0.450 0 0.047 0.072 0.501 95.455 97.403 0.307 LGA V 252 V 252 0.472 0 0.072 0.109 0.819 90.909 87.013 0.751 LGA K 253 K 253 0.384 0 0.126 0.160 0.900 95.455 97.980 0.308 LGA Y 254 Y 254 0.677 0 0.070 0.261 2.781 90.909 65.152 2.781 LGA K 255 K 255 1.022 0 0.170 0.213 2.102 62.727 61.414 1.354 LGA V 256 V 256 0.962 0 0.072 0.076 0.962 81.818 81.818 0.922 LGA R 257 R 257 0.809 0 0.074 1.180 4.541 81.818 60.992 3.145 LGA E 258 E 258 0.963 0 0.043 0.659 4.073 81.818 52.121 4.073 LGA K 259 K 259 1.279 0 0.061 0.114 2.080 65.455 57.576 2.080 LGA T 260 T 260 1.951 0 0.000 0.057 2.534 44.545 40.260 2.534 LGA K 261 K 261 2.090 0 0.036 0.196 2.345 38.182 48.687 1.454 LGA D 262 D 262 2.865 0 0.056 0.813 4.418 27.273 18.636 4.418 LGA G 263 G 263 2.223 0 0.040 0.040 2.362 44.545 44.545 - LGA K 264 K 264 1.862 0 0.065 0.473 2.678 50.909 49.899 2.678 LGA R 265 R 265 1.405 0 0.105 0.876 4.927 61.818 39.669 4.927 LGA T 266 T 266 1.565 0 0.040 0.122 1.956 61.818 59.221 1.460 LGA I 267 I 267 1.295 0 0.085 0.120 1.842 61.818 60.000 1.842 LGA R 268 R 268 1.195 0 0.019 0.949 2.325 65.455 61.983 2.325 LGA P 269 P 269 1.348 0 0.019 0.046 1.536 65.455 63.377 1.536 LGA E 270 E 270 1.061 0 0.042 0.239 1.207 65.455 72.727 0.972 LGA K 271 K 271 1.125 0 0.147 0.890 4.967 65.455 47.071 4.967 LGA E 272 E 272 0.983 0 0.162 0.391 3.112 73.636 56.162 2.200 LGA Q 273 Q 273 0.963 0 0.092 0.221 1.480 73.636 74.545 1.071 LGA I 274 I 274 0.690 0 0.045 0.146 1.364 81.818 79.773 1.364 LGA V 275 V 275 0.480 0 0.000 0.039 0.596 100.000 92.208 0.509 LGA V 276 V 276 0.346 0 0.063 0.057 0.637 95.455 97.403 0.401 LGA Q 277 Q 277 0.481 0 0.053 0.674 3.197 95.455 76.566 3.197 LGA D 278 D 278 0.409 0 0.039 0.310 1.703 100.000 87.045 1.703 LGA A 279 A 279 0.302 0 0.000 0.008 0.382 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.145 0 0.025 0.124 0.421 100.000 100.000 0.256 LGA A 281 A 281 0.458 0 0.016 0.016 0.628 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.376 0 0.047 0.048 0.615 100.000 94.805 0.615 LGA I 283 I 283 0.405 0 0.027 0.042 0.504 95.455 95.455 0.444 LGA I 284 I 284 0.380 0 0.015 0.098 0.617 90.909 95.455 0.246 LGA D 285 D 285 0.854 0 0.079 0.552 2.684 81.818 67.045 1.533 LGA K 286 K 286 0.980 0 0.000 0.314 1.186 73.636 74.545 0.934 LGA E 287 E 287 1.025 0 0.033 0.392 3.062 73.636 57.778 3.062 LGA Q 288 Q 288 0.605 0 0.028 0.364 2.179 86.364 75.354 1.319 LGA F 289 F 289 0.547 0 0.034 0.116 0.703 81.818 81.818 0.642 LGA Q 290 Q 290 0.891 0 0.026 1.085 2.824 81.818 62.222 2.824 LGA Q 291 Q 291 0.629 0 0.043 0.164 0.934 81.818 81.818 0.934 LGA S 292 S 292 0.393 0 0.049 0.691 2.428 90.909 83.636 2.428 LGA Q 293 Q 293 0.773 0 0.000 0.186 1.018 77.727 78.182 1.018 LGA V 294 V 294 0.963 0 0.060 0.067 1.251 77.727 72.468 1.082 LGA K 295 K 295 0.529 0 0.125 0.257 1.415 77.727 86.061 0.412 LGA I 296 I 296 0.906 0 0.062 0.088 1.540 70.000 73.864 0.611 LGA A 297 A 297 1.612 0 0.092 0.105 1.933 58.182 56.727 - LGA N 298 N 298 0.746 0 0.148 0.476 2.098 73.636 70.227 2.098 LGA K 299 K 299 3.059 0 0.277 0.481 13.800 42.727 18.990 13.800 LGA V 300 V 300 1.167 0 0.176 0.328 3.315 69.545 50.130 3.315 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.024 0.967 1.871 82.017 75.731 61.864 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.02 93.333 96.972 12.015 LGA_LOCAL RMSD: 1.024 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.024 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.024 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.888315 * X + -0.434266 * Y + 0.149363 * Z + 153.609558 Y_new = -0.458861 * X + -0.826208 * Y + 0.326844 * Z + 153.844406 Z_new = -0.018532 * X + -0.358878 * Y + -0.933201 * Z + 137.356644 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.476801 0.018533 -2.774462 [DEG: -27.3187 1.0619 -158.9649 ] ZXZ: 2.712944 2.774015 -3.089999 [DEG: 155.4402 158.9394 -177.0439 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS015_4-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS015_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.02 96.972 1.02 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS015_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 4 PARENT 4kis_A 6dnw_A 3g13_A 4bqq_A 3bvp_A 3guv_A 2mhc_A 4m6f_A 2gm4_A 3uj3_X ATOM 2717 N GLY 165 153.697 185.156 153.337 1.00 88.83 N ATOM 2719 CA GLY 165 153.138 185.769 154.548 1.00 88.83 C ATOM 2722 C GLY 165 151.613 185.650 154.700 1.00 88.83 C ATOM 2723 O GLY 165 151.045 186.262 155.600 1.00 88.83 O ATOM 2724 N LYS 166 150.924 184.864 153.856 1.00 89.46 N ATOM 2726 CA LYS 166 149.480 184.598 154.007 1.00 89.46 C ATOM 2728 C LYS 166 149.224 183.728 155.251 1.00 89.46 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.904 183.949 152.731 1.00 89.46 C ATOM 2732 O LYS 166 149.995 182.814 155.553 1.00 89.46 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.936 184.833 151.466 1.00 89.46 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.544 184.020 150.215 1.00 89.46 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.434 184.882 148.944 1.00 89.46 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.530 184.065 147.700 1.00 89.46 N ATOM 2746 N TRP 167 148.116 183.952 155.957 1.00 90.80 N ATOM 2748 CA TRP 167 147.746 183.211 157.171 1.00 90.80 C ATOM 2750 C TRP 167 146.954 181.934 156.841 1.00 90.80 C ATOM 2751 CB TRP 167 146.996 184.136 158.130 1.00 90.80 C ATOM 2754 O TRP 167 145.790 181.968 156.452 1.00 90.80 O ATOM 2755 CG TRP 167 146.644 183.509 159.445 1.00 90.80 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 145.454 182.951 159.767 1.00 90.80 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 147.481 183.377 160.635 1.00 90.80 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 146.723 182.722 161.650 1.00 90.80 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 148.800 183.759 160.961 1.00 90.80 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 145.491 182.498 161.074 1.00 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