####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS015_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS015_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.01 1.01 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.01 1.01 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 134 165 - 299 1.00 1.01 LCS_AVERAGE: 99.24 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 134 135 135 58 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 134 135 135 73 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 134 135 135 75 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 134 135 135 33 104 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 134 135 135 3 17 43 120 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 134 135 135 3 72 108 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 134 135 135 66 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 134 135 135 75 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 134 135 135 75 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 134 135 135 75 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 134 135 135 75 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 134 135 135 75 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 134 135 135 66 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 134 135 135 75 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 134 135 135 43 103 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 134 135 135 3 3 83 101 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 134 135 135 5 96 114 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 134 135 135 38 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 134 135 135 39 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 134 135 135 39 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 134 135 135 75 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 134 135 135 75 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 134 135 135 75 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 134 135 135 71 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 134 135 135 69 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 134 135 135 71 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 134 135 135 75 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 134 135 135 75 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 134 135 135 75 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 134 135 135 75 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 134 135 135 75 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 134 135 135 75 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 134 135 135 75 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 134 135 135 75 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 134 135 135 75 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 134 135 135 75 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 134 135 135 75 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 134 135 135 75 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 134 135 135 75 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 134 135 135 75 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 134 135 135 72 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 134 135 135 75 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 134 135 135 63 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 134 135 135 19 104 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 134 135 135 5 104 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 134 135 135 3 104 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 134 135 135 20 89 116 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 134 135 135 3 7 23 124 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 134 135 135 3 15 20 76 124 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 134 135 135 37 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 134 135 135 69 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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LCS_GDT F 289 F 289 134 135 135 75 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 134 135 135 75 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 134 135 135 75 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 134 135 135 75 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 134 135 135 75 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 134 135 135 75 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 134 135 135 75 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 134 135 135 74 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 134 135 135 66 104 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 134 135 135 75 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 134 135 135 3 61 118 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 130 135 135 6 60 105 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 99.75 ( 99.24 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 75 106 122 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 55.56 78.52 90.37 95.56 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.50 0.71 0.85 0.91 0.97 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 GDT RMS_ALL_AT 1.16 1.11 1.04 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 1.01 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.815 0 0.034 0.034 0.904 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.732 0 0.040 0.163 1.763 81.818 74.747 1.763 LGA W 167 W 167 0.533 0 0.212 0.235 0.857 81.818 85.714 0.857 LGA I 168 I 168 1.383 0 0.015 0.667 2.045 58.182 56.591 1.123 LGA S 169 S 169 2.612 0 0.345 0.700 5.490 52.273 36.667 5.490 LGA G 170 G 170 2.006 0 0.206 0.206 2.006 55.000 55.000 - LGA L 171 L 171 0.920 0 0.140 1.368 6.052 77.727 49.773 3.719 LGA A 172 A 172 0.712 0 0.000 0.009 0.801 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.430 0 0.019 0.151 0.908 95.455 92.208 0.908 LGA Y 174 Y 174 0.456 0 0.015 0.158 1.246 100.000 88.030 1.246 LGA G 175 G 175 0.469 0 0.053 0.053 0.487 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.648 0 0.044 0.176 0.755 81.818 89.394 0.275 LGA Q 177 Q 177 1.008 0 0.057 0.158 1.323 82.273 76.566 0.938 LGA L 178 L 178 0.700 0 0.155 0.190 1.599 78.182 72.045 1.599 LGA N 179 N 179 1.121 0 0.168 0.699 4.896 65.909 39.318 4.896 LGA K 180 K 180 3.375 0 0.248 0.934 12.742 29.545 13.131 12.742 LGA K 181 K 181 1.995 0 0.452 0.961 10.882 65.909 29.899 10.882 LGA T 182 T 182 0.826 0 0.020 1.116 3.490 82.273 68.571 3.490 LGA S 183 S 183 0.951 0 0.114 0.102 1.367 78.182 73.939 1.329 LGA K 184 K 184 0.873 0 0.071 0.928 3.487 73.636 65.657 3.487 LGA L 185 L 185 0.533 0 0.093 0.106 0.863 81.818 90.909 0.373 LGA D 186 D 186 0.267 0 0.041 0.309 1.135 95.455 93.409 0.296 LGA P 187 P 187 0.541 0 0.000 0.357 1.417 82.273 84.675 0.635 LGA V 188 V 188 1.015 0 0.017 0.041 1.151 73.636 70.130 1.151 LGA E 189 E 189 1.083 0 0.034 0.175 1.205 65.455 72.727 0.864 LGA D 190 D 190 1.118 0 0.045 0.080 2.045 73.636 62.500 2.045 LGA E 191 E 191 0.736 0 0.000 0.093 0.867 86.364 83.838 0.812 LGA A 192 A 192 0.540 0 0.030 0.031 0.583 86.364 85.455 - LGA K 193 K 193 0.587 0 0.048 0.244 0.724 81.818 85.859 0.367 LGA V 194 V 194 0.420 0 0.023 0.038 0.587 100.000 94.805 0.502 LGA V 195 V 195 0.272 0 0.000 0.000 0.339 100.000 100.000 0.263 LGA Q 196 Q 196 0.320 0 0.023 0.215 1.355 100.000 88.485 1.180 LGA L 197 L 197 0.327 0 0.028 0.068 0.556 100.000 95.455 0.512 LGA I 198 I 198 0.178 0 0.047 0.085 0.215 100.000 100.000 0.214 LGA F 199 F 199 0.331 0 0.015 0.070 0.399 100.000 100.000 0.257 LGA N 200 N 200 0.379 0 0.000 0.544 1.249 100.000 91.364 1.249 LGA I 201 I 201 0.273 0 0.046 0.054 0.445 100.000 100.000 0.390 LGA F 202 F 202 0.255 0 0.037 0.043 0.505 100.000 98.347 0.505 LGA L 203 L 203 0.306 0 0.011 0.103 0.697 100.000 95.455 0.513 LGA N 204 N 204 0.275 0 0.034 0.060 1.133 95.455 86.591 0.913 LGA G 205 G 205 0.390 0 0.062 0.062 0.402 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.369 0 0.000 0.203 1.123 95.455 93.409 0.348 LGA N 207 N 207 0.676 0 0.030 0.275 1.291 81.818 79.773 0.531 LGA G 208 G 208 1.234 0 0.159 0.159 2.065 62.727 62.727 - LGA K 209 K 209 1.268 0 0.063 0.234 3.195 65.455 51.313 3.195 LGA D 210 D 210 1.193 0 0.069 0.510 1.422 69.545 71.591 1.422 LGA Y 211 Y 211 1.841 0 0.124 0.691 2.313 54.545 48.939 1.865 LGA S 212 S 212 2.333 0 0.642 0.763 6.083 36.364 25.152 6.083 LGA Y 213 Y 213 3.168 0 0.192 1.137 14.121 36.364 12.273 14.121 LGA A 215 A 215 1.021 0 0.199 0.217 1.894 77.727 72.364 - LGA I 216 I 216 0.542 0 0.000 0.146 0.591 86.364 90.909 0.414 LGA A 217 A 217 0.435 0 0.031 0.048 0.516 95.455 96.364 - LGA S 218 S 218 0.553 0 0.005 0.105 1.171 90.909 85.152 1.171 LGA H 219 H 219 0.524 0 0.027 0.174 0.902 90.909 85.455 0.902 LGA L 220 L 220 0.486 0 0.015 0.079 0.534 95.455 90.909 0.415 LGA T 221 T 221 0.215 0 0.138 0.143 0.769 95.455 97.403 0.414 LGA N 222 N 222 0.278 0 0.056 0.099 0.414 100.000 100.000 0.336 LGA L 223 L 223 0.517 0 0.034 0.080 0.814 90.909 86.364 0.814 LGA Q 224 Q 224 0.454 0 0.111 0.284 1.215 100.000 88.081 0.902 LGA I 225 I 225 0.469 0 0.057 0.052 0.533 100.000 97.727 0.429 LGA P 226 P 226 0.531 0 0.027 0.041 0.677 81.818 81.818 0.677 LGA T 227 T 227 0.643 0 0.035 0.129 0.838 81.818 81.818 0.838 LGA P 228 P 228 0.752 0 0.215 0.251 0.799 81.818 81.818 0.663 LGA S 229 S 229 1.008 0 0.183 0.163 1.160 69.545 73.636 0.647 LGA G 230 G 230 1.134 0 0.088 0.088 1.224 73.636 73.636 - LGA K 231 K 231 0.540 0 0.065 0.463 1.311 90.909 84.242 0.476 LGA K 232 K 232 0.387 0 0.225 0.370 1.988 91.364 77.374 1.988 LGA R 233 R 233 0.390 0 0.035 0.965 4.586 90.909 50.579 3.527 LGA W 234 W 234 0.189 0 0.036 0.175 0.582 100.000 96.104 0.582 LGA N 235 N 235 0.445 0 0.030 0.410 2.177 100.000 83.409 2.177 LGA Q 236 Q 236 0.568 0 0.028 0.994 3.714 86.364 66.263 3.714 LGA Y 237 Y 237 0.661 0 0.065 0.224 1.046 81.818 79.091 0.941 LGA T 238 T 238 0.399 0 0.000 0.024 0.453 100.000 100.000 0.420 LGA I 239 I 239 0.272 0 0.033 0.101 0.383 100.000 100.000 0.383 LGA K 240 K 240 0.605 0 0.033 0.164 2.381 86.364 68.889 2.381 LGA A 241 A 241 0.599 0 0.116 0.128 0.967 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.199 0 0.037 0.052 0.315 100.000 100.000 0.315 LGA L 243 L 243 0.242 0 0.007 0.043 0.437 100.000 100.000 0.274 LGA Q 244 Q 244 0.389 0 0.106 0.379 1.190 86.818 88.283 0.933 LGA N 245 N 245 0.375 0 0.038 0.243 0.634 100.000 95.455 0.634 LGA E 246 E 246 0.322 0 0.034 0.268 0.565 100.000 95.960 0.565 LGA V 247 V 247 0.301 0 0.005 0.891 1.887 100.000 85.974 1.868 LGA Y 248 Y 248 0.464 0 0.058 0.104 1.050 100.000 86.515 1.050 LGA I 249 I 249 0.433 0 0.072 0.089 0.794 95.455 90.909 0.625 LGA G 250 G 250 0.223 0 0.040 0.040 0.570 95.455 95.455 - LGA T 251 T 251 0.494 0 0.044 0.075 0.528 90.909 92.208 0.335 LGA V 252 V 252 0.529 0 0.066 0.093 0.714 81.818 84.416 0.664 LGA K 253 K 253 0.512 0 0.127 0.190 0.920 90.909 89.899 0.273 LGA Y 254 Y 254 0.453 0 0.046 0.308 2.417 100.000 76.364 2.417 LGA K 255 K 255 0.879 0 0.021 0.390 1.424 77.727 74.545 1.424 LGA V 256 V 256 0.984 0 0.066 0.058 0.984 81.818 81.818 0.956 LGA R 257 R 257 0.963 0 0.067 1.072 3.478 81.818 61.983 3.018 LGA E 258 E 258 1.216 0 0.036 0.727 4.793 65.455 41.818 4.793 LGA K 259 K 259 1.460 0 0.055 0.299 2.011 61.818 57.576 2.011 LGA T 260 T 260 1.966 0 0.000 0.076 2.377 50.909 45.455 2.377 LGA K 261 K 261 2.086 0 0.055 0.227 2.222 38.182 45.455 1.712 LGA D 262 D 262 2.599 0 0.030 0.785 4.217 32.727 24.091 4.217 LGA G 263 G 263 1.920 0 0.083 0.083 2.040 47.727 47.727 - LGA K 264 K 264 1.629 0 0.054 0.443 1.971 50.909 57.576 1.971 LGA R 265 R 265 1.411 0 0.161 0.854 4.055 58.182 46.942 4.055 LGA T 266 T 266 1.646 0 0.049 0.104 1.961 58.182 55.065 1.595 LGA I 267 I 267 1.275 0 0.058 0.088 1.755 61.818 61.818 1.755 LGA R 268 R 268 1.135 0 0.021 0.952 3.020 65.455 60.165 2.076 LGA P 269 P 269 1.202 0 0.004 0.026 1.413 69.545 67.792 1.413 LGA E 270 E 270 0.823 0 0.040 0.346 1.558 77.727 72.929 1.211 LGA K 271 K 271 1.005 0 0.073 0.794 3.801 77.727 57.172 3.801 LGA E 272 E 272 0.837 0 0.073 0.193 1.768 81.818 71.313 1.473 LGA Q 273 Q 273 0.733 0 0.067 0.148 1.031 77.727 80.000 0.788 LGA I 274 I 274 0.518 0 0.078 0.143 0.885 81.818 84.091 0.885 LGA V 275 V 275 0.461 0 0.000 0.034 0.578 100.000 92.208 0.542 LGA V 276 V 276 0.461 0 0.047 0.038 0.615 90.909 92.208 0.566 LGA Q 277 Q 277 0.487 0 0.048 0.706 3.337 95.455 76.566 3.337 LGA D 278 D 278 0.357 0 0.040 0.207 1.239 100.000 91.136 1.239 LGA A 279 A 279 0.374 0 0.025 0.027 0.489 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.108 0 0.024 0.122 0.382 100.000 100.000 0.196 LGA A 281 A 281 0.390 0 0.034 0.027 0.567 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.271 0 0.046 0.051 0.525 100.000 97.403 0.525 LGA I 283 I 283 0.404 0 0.016 0.043 0.545 95.455 95.455 0.459 LGA I 284 I 284 0.345 0 0.017 0.119 0.491 100.000 100.000 0.228 LGA D 285 D 285 0.855 0 0.109 0.946 3.495 81.818 64.091 1.646 LGA K 286 K 286 0.894 0 0.037 0.289 1.055 81.818 80.000 0.757 LGA E 287 E 287 1.007 0 0.022 0.450 2.403 77.727 66.263 1.347 LGA Q 288 Q 288 0.627 0 0.023 0.487 2.397 81.818 75.152 0.808 LGA F 289 F 289 0.668 0 0.061 0.112 0.851 81.818 81.818 0.746 LGA Q 290 Q 290 0.946 0 0.025 1.128 2.802 81.818 62.222 2.802 LGA Q 291 Q 291 0.678 0 0.045 0.175 0.789 81.818 81.818 0.785 LGA S 292 S 292 0.558 0 0.049 0.674 2.301 81.818 74.545 2.301 LGA Q 293 Q 293 0.844 0 0.000 0.209 1.051 77.727 80.000 0.962 LGA V 294 V 294 1.027 0 0.035 0.038 1.278 77.727 72.468 1.119 LGA K 295 K 295 0.592 0 0.062 0.143 1.026 77.727 88.081 0.351 LGA I 296 I 296 0.922 0 0.053 0.072 1.253 73.636 75.682 0.682 LGA A 297 A 297 1.349 0 0.126 0.140 1.934 61.818 62.545 - LGA N 298 N 298 0.432 0 0.071 0.348 1.465 82.273 80.227 1.465 LGA K 299 K 299 1.857 0 0.067 0.243 6.424 45.455 25.859 6.424 LGA V 300 V 300 2.148 0 0.115 0.107 2.593 38.636 40.519 2.593 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.012 0.973 1.733 81.906 76.716 65.042 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.01 93.519 97.083 12.140 LGA_LOCAL RMSD: 1.012 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.012 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.012 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.789798 * X + -0.581040 * Y + -0.196501 * Z + 150.548569 Y_new = -0.509447 * X + 0.442998 * Y + 0.737710 * Z + 151.502167 Z_new = -0.341590 * X + 0.682749 * Y + -0.645888 * Z + 137.717239 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.568716 0.348608 2.328458 [DEG: -147.1766 19.9737 133.4108 ] ZXZ: -2.881271 2.272982 -0.463900 [DEG: -165.0847 130.2323 -26.5795 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS015_3-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS015_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.01 97.083 1.01 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS015_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 3 PARENT 4kis_A 6dnw_A 4bqq_A 3g13_A 3bvp_A 3guv_A 2mhc_A 4m6f_A 2gm4_A 3uj3_X ATOM 2717 N GLY 165 153.585 185.102 153.506 1.00 83.99 N ATOM 2719 CA GLY 165 152.993 185.748 154.680 1.00 83.99 C ATOM 2722 C GLY 165 151.464 185.644 154.769 1.00 83.99 C ATOM 2723 O GLY 165 150.853 186.367 155.551 1.00 83.99 O ATOM 2724 N LYS 166 150.821 184.771 153.980 1.00 86.23 N ATOM 2726 CA LYS 166 149.371 184.531 154.064 1.00 86.23 C ATOM 2728 C LYS 166 149.044 183.664 155.286 1.00 86.23 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.828 183.924 152.755 1.00 86.23 C ATOM 2732 O LYS 166 149.754 182.702 155.589 1.00 86.23 O ATOM 2733 CG LYS 166 149.018 184.860 151.545 1.00 86.23 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.506 184.281 150.213 1.00 86.23 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.593 185.381 149.145 1.00 86.23 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.023 184.992 147.832 1.00 86.23 N ATOM 2746 N TRP 167 147.944 183.968 155.971 1.00 88.17 N ATOM 2748 CA TRP 167 147.453 183.223 157.130 1.00 88.17 C ATOM 2750 C TRP 167 146.506 182.095 156.693 1.00 88.17 C ATOM 2751 CB TRP 167 146.793 184.183 158.118 1.00 88.17 C ATOM 2754 O TRP 167 145.459 182.321 156.096 1.00 88.17 O ATOM 2755 CG TRP 167 146.372 183.532 159.399 1.00 88.17 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 145.166 182.976 159.658 1.00 88.17 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 147.168 183.346 160.608 1.00 88.17 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 146.375 182.649 161.567 1.00 88.17 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 148.480 183.703 160.990 1.00 88.17 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 145.163 182.456 160.940 1.00 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