####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS015_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS015_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 70 114 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 63 114 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 78 114 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 63 114 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 53 114 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 32 114 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 78 114 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 78 114 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 78 114 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 78 114 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 78 114 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 78 114 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 70 114 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 78 114 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 20 105 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 17 31 128 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 82 120 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 58 114 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 63 114 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 63 114 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 78 114 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 78 114 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 77 114 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 72 114 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 72 114 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 74 114 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 78 114 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 78 114 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 78 114 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 78 114 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 78 114 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 78 114 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 78 114 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 78 114 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 78 114 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 78 114 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 78 114 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 78 114 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 77 114 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 78 114 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 75 114 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 58 108 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 78 114 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 4 82 124 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 23 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 78 114 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 57.78 84.44 94.07 96.30 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.53 0.68 0.73 0.81 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 GDT RMS_ALL_AT 0.99 0.94 0.89 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.880 0 0.039 0.039 0.916 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.764 0 0.069 0.144 1.263 81.818 76.364 1.126 LGA W 167 W 167 0.288 0 0.161 0.147 0.574 90.909 94.805 0.444 LGA I 168 I 168 0.944 0 0.186 1.598 3.538 81.818 61.591 2.096 LGA S 169 S 169 0.671 0 0.225 0.235 1.822 74.091 76.667 0.623 LGA G 170 G 170 0.781 0 0.041 0.041 0.781 81.818 81.818 - LGA L 171 L 171 0.785 0 0.115 1.367 6.073 81.818 51.818 3.597 LGA A 172 A 172 0.562 0 0.029 0.047 0.623 90.909 89.091 - LGA P 173 P 173 0.425 0 0.025 0.198 0.613 100.000 97.403 0.613 LGA Y 174 Y 174 0.481 0 0.000 0.143 1.271 100.000 83.788 1.271 LGA G 175 G 175 0.521 0 0.053 0.053 0.567 81.818 81.818 - LGA Y 176 Y 176 0.673 0 0.060 0.149 0.786 81.818 89.394 0.102 LGA Q 177 Q 177 1.080 0 0.051 0.135 1.335 73.636 69.091 1.037 LGA L 178 L 178 0.718 0 0.156 0.212 1.503 73.636 69.773 1.503 LGA N 179 N 179 1.233 0 0.164 0.720 4.977 69.545 41.136 4.977 LGA K 180 K 180 3.056 0 0.245 0.933 12.384 34.545 15.556 12.384 LGA K 181 K 181 2.263 0 0.455 0.957 11.087 59.091 26.869 11.087 LGA T 182 T 182 0.941 0 0.038 1.119 3.495 82.273 68.571 3.495 LGA S 183 S 183 0.914 0 0.106 0.097 1.381 82.273 76.667 1.381 LGA K 184 K 184 0.719 0 0.079 0.924 3.446 81.818 71.111 3.446 LGA L 185 L 185 0.483 0 0.078 0.092 0.715 90.909 95.455 0.188 LGA D 186 D 186 0.453 0 0.039 0.336 1.043 90.909 91.136 0.495 LGA P 187 P 187 0.714 0 0.013 0.039 1.289 73.636 77.143 0.737 LGA V 188 V 188 1.052 0 0.011 0.041 1.171 73.636 70.130 1.142 LGA E 189 E 189 1.069 0 0.027 0.145 1.161 65.455 69.091 0.936 LGA D 190 D 190 0.984 0 0.032 0.100 1.769 81.818 68.182 1.769 LGA E 191 E 191 0.624 0 0.000 0.089 0.753 90.909 85.859 0.640 LGA A 192 A 192 0.492 0 0.032 0.032 0.540 95.455 92.727 - LGA K 193 K 193 0.520 0 0.048 0.216 0.696 90.909 89.899 0.293 LGA V 194 V 194 0.344 0 0.022 0.049 0.531 100.000 97.403 0.463 LGA V 195 V 195 0.200 0 0.000 0.000 0.285 100.000 100.000 0.232 LGA Q 196 Q 196 0.285 0 0.017 0.204 1.274 100.000 90.303 1.023 LGA L 197 L 197 0.299 0 0.011 0.081 0.423 100.000 100.000 0.423 LGA I 198 I 198 0.072 0 0.078 0.111 0.475 100.000 100.000 0.221 LGA F 199 F 199 0.216 0 0.039 0.058 0.371 100.000 100.000 0.093 LGA N 200 N 200 0.352 0 0.006 0.590 1.433 100.000 91.364 1.433 LGA I 201 I 201 0.195 0 0.047 0.078 0.481 100.000 100.000 0.309 LGA F 202 F 202 0.189 0 0.054 0.331 0.881 100.000 93.388 0.322 LGA L 203 L 203 0.332 0 0.038 0.112 0.895 100.000 95.455 0.669 LGA N 204 N 204 0.294 0 0.039 0.060 1.294 100.000 86.818 1.111 LGA G 205 G 205 0.113 0 0.070 0.070 0.528 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.166 0 0.000 1.050 3.316 100.000 81.136 1.113 LGA N 207 N 207 0.645 0 0.010 0.292 1.176 86.364 82.045 0.863 LGA G 208 G 208 1.008 0 0.087 0.087 1.704 65.909 65.909 - LGA K 209 K 209 1.046 0 0.066 0.204 2.365 69.545 61.010 2.365 LGA D 210 D 210 0.994 0 0.047 0.814 2.498 81.818 70.455 2.498 LGA Y 211 Y 211 1.452 0 0.127 0.680 1.950 65.455 59.394 1.520 LGA S 212 S 212 2.255 0 0.644 0.798 6.250 41.818 28.788 6.250 LGA Y 213 Y 213 3.017 0 0.227 1.110 14.351 36.364 12.273 14.351 LGA A 215 A 215 0.807 0 0.212 0.229 1.851 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.317 0 0.000 0.174 0.502 100.000 97.727 0.502 LGA A 217 A 217 0.144 0 0.061 0.074 0.278 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.267 0 0.040 0.110 0.949 100.000 96.970 0.949 LGA H 219 H 219 0.243 0 0.031 0.137 0.683 100.000 94.545 0.683 LGA L 220 L 220 0.222 0 0.015 0.105 0.430 100.000 100.000 0.430 LGA T 221 T 221 0.183 0 0.034 0.043 0.466 100.000 100.000 0.190 LGA N 222 N 222 0.468 0 0.056 0.067 0.794 90.909 95.455 0.425 LGA L 223 L 223 0.586 0 0.045 0.072 0.862 86.364 84.091 0.711 LGA Q 224 Q 224 0.430 0 0.096 0.412 1.650 90.909 82.626 1.650 LGA I 225 I 225 0.313 0 0.050 0.058 0.396 100.000 100.000 0.351 LGA P 226 P 226 0.275 0 0.034 0.046 0.524 100.000 97.403 0.524 LGA T 227 T 227 0.420 0 0.052 0.169 0.699 95.455 94.805 0.699 LGA P 228 P 228 0.708 0 0.266 0.305 0.856 81.818 81.818 0.703 LGA S 229 S 229 0.874 0 0.157 0.151 1.083 77.727 79.091 0.547 LGA G 230 G 230 1.091 0 0.032 0.032 1.114 73.636 73.636 - LGA K 231 K 231 0.547 0 0.095 0.506 1.258 86.364 80.202 0.980 LGA K 232 K 232 0.341 0 0.076 0.315 2.249 100.000 87.273 2.249 LGA R 233 R 233 0.468 0 0.018 1.161 5.577 100.000 61.322 3.982 LGA W 234 W 234 0.444 0 0.032 0.158 0.603 90.909 93.506 0.511 LGA N 235 N 235 0.524 0 0.000 0.468 2.093 86.364 76.591 2.093 LGA Q 236 Q 236 0.726 0 0.000 0.972 3.578 86.364 62.626 3.578 LGA Y 237 Y 237 0.759 0 0.080 0.222 1.249 77.727 75.000 1.106 LGA T 238 T 238 0.470 0 0.000 0.048 0.515 95.455 97.403 0.492 LGA I 239 I 239 0.419 0 0.011 0.071 0.435 100.000 100.000 0.274 LGA K 240 K 240 0.736 0 0.005 0.237 2.451 81.818 65.253 2.387 LGA A 241 A 241 0.729 0 0.148 0.162 1.281 77.727 78.545 - LGA I 242 I 242 0.204 0 0.055 0.065 0.330 100.000 100.000 0.283 LGA L 243 L 243 0.236 0 0.014 0.072 0.370 100.000 100.000 0.251 LGA Q 244 Q 244 0.400 0 0.142 0.425 1.676 86.818 84.646 0.977 LGA N 245 N 245 0.336 0 0.044 0.330 0.868 100.000 95.455 0.737 LGA E 246 E 246 0.197 0 0.024 0.256 0.773 100.000 95.960 0.773 LGA V 247 V 247 0.136 0 0.018 0.936 2.251 100.000 84.156 2.251 LGA Y 248 Y 248 0.228 0 0.056 0.106 1.168 100.000 91.061 1.168 LGA I 249 I 249 0.309 0 0.067 0.090 0.645 95.455 97.727 0.486 LGA G 250 G 250 0.067 0 0.070 0.070 0.518 95.455 95.455 - LGA T 251 T 251 0.224 0 0.042 0.082 0.259 100.000 100.000 0.222 LGA V 252 V 252 0.280 0 0.084 0.115 0.834 95.455 94.805 0.618 LGA K 253 K 253 0.225 0 0.089 0.149 0.577 95.455 95.960 0.577 LGA Y 254 Y 254 0.576 0 0.074 0.204 2.462 95.455 72.121 2.462 LGA K 255 K 255 0.424 0 0.036 0.485 3.584 95.455 62.424 3.584 LGA V 256 V 256 0.342 0 0.068 0.097 0.484 100.000 100.000 0.484 LGA R 257 R 257 0.139 0 0.066 1.185 5.486 95.455 62.645 4.409 LGA E 258 E 258 0.330 0 0.057 0.648 3.261 100.000 66.869 3.221 LGA K 259 K 259 0.796 0 0.045 0.155 2.213 81.818 69.899 2.213 LGA T 260 T 260 1.201 0 0.015 0.069 1.579 65.455 63.377 1.579 LGA K 261 K 261 1.649 0 0.079 0.277 2.308 54.545 51.111 2.308 LGA D 262 D 262 2.030 0 0.045 0.789 2.623 47.727 41.591 2.482 LGA G 263 G 263 1.532 0 0.000 0.000 1.669 58.182 58.182 - LGA K 264 K 264 1.432 0 0.068 0.464 3.142 65.455 56.970 3.142 LGA R 265 R 265 1.117 0 0.104 0.875 4.397 58.182 40.000 4.397 LGA T 266 T 266 1.013 0 0.044 0.104 1.322 77.727 74.805 0.725 LGA I 267 I 267 0.990 0 0.079 0.114 1.958 77.727 67.955 1.958 LGA R 268 R 268 0.807 0 0.029 0.975 2.959 73.636 75.702 1.385 LGA P 269 P 269 1.231 0 0.012 0.026 1.323 65.455 65.455 1.265 LGA E 270 E 270 1.234 0 0.058 0.248 1.650 65.455 62.222 1.532 LGA K 271 K 271 1.334 0 0.140 0.703 2.831 61.818 57.172 2.831 LGA E 272 E 272 0.872 0 0.133 0.306 2.139 77.727 66.465 1.630 LGA Q 273 Q 273 0.875 0 0.065 0.185 1.316 77.727 78.182 0.869 LGA I 274 I 274 0.696 0 0.052 0.152 1.363 81.818 79.773 1.363 LGA V 275 V 275 0.379 0 0.000 0.027 0.392 100.000 100.000 0.374 LGA V 276 V 276 0.288 0 0.046 0.037 0.434 100.000 100.000 0.386 LGA Q 277 Q 277 0.192 0 0.048 0.735 3.772 100.000 75.152 3.772 LGA D 278 D 278 0.148 0 0.041 0.186 0.918 100.000 97.727 0.918 LGA A 279 A 279 0.164 0 0.023 0.023 0.275 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.232 0 0.029 0.103 0.433 100.000 100.000 0.299 LGA A 281 A 281 0.535 0 0.029 0.031 0.784 95.455 92.727 - LGA P 282 P 282 0.277 0 0.058 0.065 0.481 100.000 100.000 0.481 LGA I 283 I 283 0.421 0 0.031 0.037 0.540 95.455 95.455 0.418 LGA I 284 I 284 0.324 0 0.020 0.120 0.465 100.000 100.000 0.231 LGA D 285 D 285 0.847 0 0.094 0.993 3.629 81.818 63.182 1.645 LGA K 286 K 286 0.807 0 0.044 0.286 1.071 81.818 80.000 1.071 LGA E 287 E 287 0.869 0 0.036 0.375 2.572 81.818 64.242 2.405 LGA Q 288 Q 288 0.618 0 0.018 0.533 2.363 81.818 75.152 0.577 LGA F 289 F 289 0.564 0 0.028 0.091 0.712 81.818 81.818 0.582 LGA Q 290 Q 290 0.776 0 0.047 0.371 1.505 81.818 78.384 0.889 LGA Q 291 Q 291 0.778 0 0.036 0.139 0.843 81.818 81.818 0.843 LGA S 292 S 292 0.529 0 0.059 0.681 2.569 81.818 75.758 2.569 LGA Q 293 Q 293 0.830 0 0.000 0.180 1.080 77.727 78.182 1.080 LGA V 294 V 294 1.088 0 0.041 0.072 1.337 69.545 67.792 1.305 LGA K 295 K 295 0.592 0 0.123 0.271 1.269 77.727 90.101 0.163 LGA I 296 I 296 0.861 0 0.063 0.087 1.455 73.636 75.682 0.565 LGA A 297 A 297 1.565 0 0.161 0.178 2.218 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 0.660 0 0.067 0.315 2.208 81.818 68.636 2.208 LGA K 299 K 299 2.665 0 0.311 0.468 13.668 55.909 25.051 13.668 LGA V 300 V 300 1.478 0 0.149 0.181 4.051 73.636 49.351 3.385 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.883 0.836 1.800 85.253 79.067 64.996 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.88 95.185 97.973 13.732 LGA_LOCAL RMSD: 0.883 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.883 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.883 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.607369 * X + -0.646286 * Y + 0.461971 * Z + 153.249405 Y_new = -0.659477 * X + -0.734415 * Y + -0.160391 * Z + 151.500305 Z_new = 0.442937 * X + -0.207242 * Y + -0.872272 * Z + 140.518723 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.826506 -0.458872 -2.908328 [DEG: -47.3553 -26.2914 -166.6349 ] ZXZ: 1.236628 2.630625 2.008421 [DEG: 70.8536 150.7237 115.0741 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS015_2-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS015_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.88 97.973 0.88 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS015_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 2 PARENT 4kis_A 6dnw_A 3g13_A 4bqq_A 3bvp_A 3guv_A 2mhc_A 4m6f_A 2gm4_A 3uj3_X ATOM 2717 N GLY 165 153.533 185.229 153.147 1.00 87.52 N ATOM 2719 CA GLY 165 152.986 185.892 154.335 1.00 87.52 C ATOM 2722 C GLY 165 151.461 185.787 154.486 1.00 87.52 C ATOM 2723 O GLY 165 150.880 186.499 155.300 1.00 87.52 O ATOM 2724 N LYS 166 150.783 184.920 153.718 1.00 88.45 N ATOM 2726 CA LYS 166 149.338 184.668 153.862 1.00 88.45 C ATOM 2728 C LYS 166 149.076 183.837 155.127 1.00 88.45 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.759 183.965 152.619 1.00 88.45 C ATOM 2732 O LYS 166 149.740 182.825 155.371 1.00 88.45 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.823 184.769 151.302 1.00 88.45 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.443 183.882 150.097 1.00 88.45 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.294 184.669 148.783 1.00 88.45 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.324 183.780 147.583 1.00 88.45 N ATOM 2746 N TRP 167 148.067 184.210 155.911 1.00 89.99 N ATOM 2748 CA TRP 167 147.708 183.509 157.143 1.00 89.99 C ATOM 2750 C TRP 167 146.862 182.264 156.859 1.00 89.99 C ATOM 2751 CB TRP 167 147.019 184.455 158.122 1.00 89.99 C ATOM 2754 O TRP 167 145.694 182.340 156.484 1.00 89.99 O ATOM 2755 CG TRP 167 146.690 183.822 159.442 1.00 89.99 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 145.484 183.336 159.816 1.00 89.99 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 147.577 183.609 160.582 1.00 89.99 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 146.823 183.014 161.636 1.00 89.99 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 148.939 183.874 160.837 1.00 89.99 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 145.560 182.860 161.111 1.00 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