####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS014_6-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS014_6-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 72 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 71 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 78 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 66 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 51 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 28 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 78 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 78 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 78 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 78 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 78 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 78 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 72 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 78 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 15 101 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 4 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 11 79 121 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 27 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 32 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 63 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 78 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 78 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 78 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 78 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 78 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 77 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 78 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 78 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 78 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 78 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 78 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 78 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 78 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 78 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 78 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 78 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 78 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 78 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 78 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 78 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 78 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 74 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 35 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 17 109 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 17 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 17 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 25 98 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 4 15 35 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 10 15 54 127 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 45 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 78 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 78 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 78 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 78 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 78 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 78 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 78 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 78 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 78 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 64 111 125 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 73 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 3 98 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 0 3 114 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 78 111 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 57.78 82.22 93.33 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.28 0.51 0.71 0.82 0.84 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 GDT RMS_ALL_AT 1.13 1.00 0.92 0.92 0.92 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 # Checking swapping # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: D 210 D 210 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.943 0 0.048 0.048 0.943 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.882 0 0.095 0.163 1.363 77.727 72.727 1.363 LGA W 167 W 167 0.165 0 0.172 0.182 0.587 95.455 96.104 0.412 LGA I 168 I 168 0.914 0 0.189 1.602 3.493 81.818 64.318 2.293 LGA S 169 S 169 0.660 0 0.336 0.321 2.274 66.818 71.818 0.519 LGA G 170 G 170 1.032 0 0.051 0.051 1.032 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.874 0 0.151 1.346 6.153 81.818 51.818 3.844 LGA A 172 A 172 0.550 0 0.050 0.076 0.647 90.909 89.091 - LGA P 173 P 173 0.511 0 0.008 0.035 0.570 81.818 87.013 0.479 LGA Y 174 Y 174 0.517 0 0.000 0.144 1.400 90.909 82.273 1.400 LGA G 175 G 175 0.551 0 0.062 0.062 0.587 81.818 81.818 - LGA Y 176 Y 176 0.731 0 0.052 0.113 0.847 81.818 87.879 0.192 LGA Q 177 Q 177 1.079 0 0.067 0.133 1.257 78.182 71.111 1.219 LGA L 178 L 178 0.663 0 0.140 0.195 1.590 73.636 71.818 1.590 LGA N 179 N 179 1.469 0 0.168 0.766 5.344 65.909 37.273 5.344 LGA K 180 K 180 2.888 0 0.209 0.930 11.696 40.455 18.182 11.696 LGA K 181 K 181 2.297 0 0.461 0.956 11.250 58.636 26.667 11.250 LGA T 182 T 182 0.947 0 0.020 1.135 3.432 82.273 68.571 3.432 LGA S 183 S 183 0.828 0 0.085 0.080 1.295 82.273 76.667 1.295 LGA K 184 K 184 0.588 0 0.088 0.914 3.522 86.364 74.343 3.522 LGA L 185 L 185 0.428 0 0.071 0.082 0.592 95.455 97.727 0.161 LGA D 186 D 186 0.467 0 0.027 0.281 1.034 90.909 88.864 0.550 LGA P 187 P 187 0.628 0 0.000 0.031 0.974 81.818 81.818 0.558 LGA V 188 V 188 0.957 0 0.017 0.049 1.135 81.818 79.481 0.970 LGA E 189 E 189 0.957 0 0.026 0.197 1.087 81.818 78.182 0.639 LGA D 190 D 190 0.999 0 0.057 0.205 2.155 81.818 66.591 2.155 LGA E 191 E 191 0.541 0 0.000 0.125 0.684 90.909 85.859 0.527 LGA A 192 A 192 0.459 0 0.039 0.037 0.492 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.499 0 0.043 0.234 0.625 95.455 91.919 0.388 LGA V 194 V 194 0.325 0 0.031 0.043 0.636 100.000 97.403 0.469 LGA V 195 V 195 0.105 0 0.000 0.011 0.203 100.000 100.000 0.178 LGA Q 196 Q 196 0.279 0 0.026 0.193 1.190 100.000 92.121 0.914 LGA L 197 L 197 0.323 0 0.040 0.106 0.383 100.000 100.000 0.350 LGA I 198 I 198 0.184 0 0.062 0.103 0.632 95.455 97.727 0.174 LGA F 199 F 199 0.298 0 0.041 0.066 0.504 95.455 98.347 0.229 LGA N 200 N 200 0.441 0 0.000 0.528 1.514 100.000 89.318 1.514 LGA I 201 I 201 0.295 0 0.064 0.127 0.747 95.455 95.455 0.747 LGA F 202 F 202 0.352 0 0.036 0.074 0.727 95.455 90.083 0.727 LGA L 203 L 203 0.478 0 0.041 0.100 0.842 95.455 88.636 0.656 LGA N 204 N 204 0.416 0 0.044 0.057 1.395 100.000 84.773 1.278 LGA G 205 G 205 0.214 0 0.077 0.077 0.751 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.283 0 0.000 1.266 3.242 100.000 79.318 1.891 LGA N 207 N 207 0.760 0 0.052 0.351 1.509 77.727 71.818 1.188 LGA G 208 G 208 1.092 0 0.161 0.161 2.173 62.727 62.727 - LGA K 209 K 209 0.833 0 0.058 0.259 2.519 81.818 65.657 2.519 LGA D 210 D 210 0.808 0 0.059 1.026 3.827 81.818 63.636 3.827 LGA Y 211 Y 211 1.444 0 0.151 0.689 1.996 65.455 59.394 1.355 LGA S 212 S 212 1.933 0 0.642 0.767 5.714 48.636 34.242 5.714 LGA Y 213 Y 213 3.223 0 0.233 1.107 14.317 33.636 11.212 14.317 LGA A 215 A 215 0.842 0 0.204 0.221 1.970 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.444 0 0.000 0.167 0.679 100.000 95.455 0.679 LGA A 217 A 217 0.175 0 0.044 0.054 0.315 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.198 0 0.021 0.089 0.833 100.000 96.970 0.833 LGA H 219 H 219 0.164 0 0.017 0.090 0.320 100.000 100.000 0.320 LGA L 220 L 220 0.235 0 0.000 0.078 0.391 100.000 100.000 0.290 LGA T 221 T 221 0.251 0 0.053 0.217 1.017 100.000 95.065 1.017 LGA N 222 N 222 0.423 0 0.052 0.083 0.705 90.909 95.455 0.363 LGA L 223 L 223 0.611 0 0.036 0.077 0.877 81.818 81.818 0.749 LGA Q 224 Q 224 0.510 0 0.104 0.593 2.039 81.818 75.556 2.039 LGA I 225 I 225 0.418 0 0.044 0.055 0.503 100.000 95.455 0.444 LGA P 226 P 226 0.376 0 0.024 0.041 0.599 100.000 94.805 0.599 LGA T 227 T 227 0.499 0 0.048 0.212 0.892 90.909 89.610 0.892 LGA P 228 P 228 0.637 0 0.322 0.353 1.077 82.273 82.078 0.709 LGA S 229 S 229 1.047 0 0.190 0.210 1.197 69.545 73.636 0.616 LGA G 230 G 230 1.262 0 0.022 0.022 1.269 65.455 65.455 - LGA K 231 K 231 0.629 0 0.100 0.577 1.464 90.909 78.586 1.054 LGA K 232 K 232 0.403 0 0.097 0.392 3.426 95.455 72.525 3.426 LGA R 233 R 233 0.494 0 0.016 1.136 4.911 95.455 62.975 3.645 LGA W 234 W 234 0.419 0 0.056 0.186 0.710 95.455 96.104 0.569 LGA N 235 N 235 0.637 0 0.067 0.929 2.669 90.909 79.773 0.470 LGA Q 236 Q 236 0.828 0 0.000 1.143 4.157 81.818 60.000 4.157 LGA Y 237 Y 237 0.840 0 0.043 0.101 1.117 77.727 80.455 0.977 LGA T 238 T 238 0.577 0 0.003 0.162 0.784 81.818 84.416 0.784 LGA I 239 I 239 0.535 0 0.020 0.111 0.547 81.818 88.636 0.328 LGA K 240 K 240 0.834 0 0.018 0.273 1.892 81.818 72.929 1.482 LGA A 241 A 241 0.900 0 0.221 0.236 1.879 70.000 72.364 - LGA I 242 I 242 0.252 0 0.038 0.048 0.353 100.000 100.000 0.272 LGA L 243 L 243 0.277 0 0.000 0.035 0.388 100.000 100.000 0.380 LGA Q 244 Q 244 0.496 0 0.223 0.518 2.150 83.182 76.364 1.534 LGA N 245 N 245 0.357 0 0.047 0.170 0.666 95.455 93.182 0.666 LGA E 246 E 246 0.217 0 0.028 0.235 0.803 100.000 91.919 0.561 LGA V 247 V 247 0.139 0 0.028 0.080 0.248 100.000 100.000 0.248 LGA Y 248 Y 248 0.181 0 0.047 0.089 0.791 100.000 95.455 0.791 LGA I 249 I 249 0.362 0 0.120 0.120 0.923 95.455 97.727 0.460 LGA G 250 G 250 0.109 0 0.057 0.057 0.612 95.455 95.455 - LGA T 251 T 251 0.273 0 0.051 0.090 0.338 100.000 100.000 0.338 LGA V 252 V 252 0.268 0 0.096 0.130 0.857 95.455 97.403 0.482 LGA K 253 K 253 0.217 0 0.088 0.127 0.862 95.455 93.939 0.862 LGA Y 254 Y 254 0.508 0 0.042 0.311 1.842 95.455 78.485 1.842 LGA K 255 K 255 0.186 0 0.093 0.793 4.751 95.455 63.636 4.751 LGA V 256 V 256 0.200 0 0.068 0.126 0.588 100.000 97.403 0.588 LGA R 257 R 257 0.332 0 0.065 1.229 5.786 91.364 54.380 5.460 LGA E 258 E 258 0.473 0 0.148 0.347 2.023 95.455 76.162 1.847 LGA K 259 K 259 0.890 0 0.026 0.140 2.760 81.818 63.838 2.760 LGA T 260 T 260 1.213 0 0.036 0.087 1.386 65.455 65.455 1.386 LGA K 261 K 261 1.767 0 0.076 0.215 2.065 47.727 51.111 1.920 LGA D 262 D 262 2.218 0 0.071 0.346 2.317 41.364 42.955 2.063 LGA G 263 G 263 1.773 0 0.000 0.000 1.962 54.545 54.545 - LGA K 264 K 264 1.563 0 0.112 0.424 2.921 62.273 54.949 2.921 LGA R 265 R 265 1.272 0 0.067 0.860 4.821 58.182 37.686 4.564 LGA T 266 T 266 0.987 0 0.046 0.116 1.337 81.818 77.143 0.606 LGA I 267 I 267 1.006 0 0.099 0.139 1.980 73.636 64.091 1.980 LGA R 268 R 268 0.843 0 0.027 1.025 3.471 73.636 73.388 0.922 LGA P 269 P 269 1.252 0 0.015 0.029 1.292 65.455 65.455 1.218 LGA E 270 E 270 1.396 0 0.019 1.087 3.650 65.455 47.879 3.038 LGA K 271 K 271 1.325 0 0.123 0.878 4.481 61.818 49.495 4.481 LGA E 272 E 272 0.940 0 0.200 0.316 1.827 73.636 64.242 1.827 LGA Q 273 Q 273 0.921 0 0.110 0.227 1.674 70.000 74.747 0.922 LGA I 274 I 274 0.651 0 0.029 0.140 1.264 81.818 79.773 1.264 LGA V 275 V 275 0.421 0 0.000 0.051 0.450 100.000 100.000 0.431 LGA V 276 V 276 0.245 0 0.046 0.039 0.447 100.000 100.000 0.333 LGA Q 277 Q 277 0.236 0 0.043 0.603 2.576 100.000 78.384 2.549 LGA D 278 D 278 0.208 0 0.036 0.178 0.958 100.000 93.182 0.958 LGA A 279 A 279 0.110 0 0.017 0.019 0.216 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.209 0 0.028 0.102 0.399 100.000 100.000 0.241 LGA A 281 A 281 0.343 0 0.033 0.033 0.503 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.218 0 0.070 0.082 0.321 100.000 100.000 0.309 LGA I 283 I 283 0.397 0 0.029 0.036 0.451 100.000 100.000 0.400 LGA I 284 I 284 0.331 0 0.036 0.133 0.446 100.000 100.000 0.213 LGA D 285 D 285 0.877 0 0.119 0.970 3.570 77.727 61.136 1.679 LGA K 286 K 286 0.803 0 0.075 0.230 1.039 77.727 78.182 1.019 LGA E 287 E 287 0.977 0 0.040 0.532 2.305 77.727 66.263 1.529 LGA Q 288 Q 288 0.759 0 0.034 0.768 2.718 81.818 75.758 0.534 LGA F 289 F 289 0.759 0 0.051 0.093 1.011 77.727 80.331 0.695 LGA Q 290 Q 290 0.926 0 0.031 1.228 3.099 81.818 60.808 3.099 LGA Q 291 Q 291 0.715 0 0.042 0.198 0.829 81.818 81.818 0.827 LGA S 292 S 292 0.543 0 0.093 0.586 1.906 81.818 76.667 1.906 LGA Q 293 Q 293 0.825 0 0.021 0.232 1.114 77.727 78.182 1.114 LGA V 294 V 294 1.080 0 0.058 0.087 1.328 69.545 67.792 1.215 LGA K 295 K 295 0.636 0 0.256 0.436 1.973 74.091 86.465 0.209 LGA I 296 I 296 0.763 0 0.103 0.168 1.455 73.636 77.727 0.922 LGA A 297 A 297 1.442 0 0.154 0.174 1.853 61.818 59.636 - LGA N 298 N 298 0.521 0 0.150 0.608 2.619 90.909 69.773 2.619 LGA K 299 K 299 2.552 0 0.383 0.610 14.074 60.000 26.869 14.074 LGA V 300 V 300 2.132 0 0.134 0.132 4.920 55.000 33.506 4.920 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.914 0.878 1.840 84.276 78.051 64.538 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.91 95.000 97.846 13.312 LGA_LOCAL RMSD: 0.914 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.914 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.914 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.811833 * X + -0.008877 * Y + -0.583823 * Z + 152.309540 Y_new = 0.568745 * X + -0.238276 * Y + -0.787244 * Z + 149.527008 Z_new = -0.132122 * X + -0.971157 * Y + 0.198489 * Z + 141.055740 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.530484 0.132510 -1.369189 [DEG: 144.9861 7.5923 -78.4488 ] ZXZ: -0.638105 1.370981 -3.006376 [DEG: -36.5607 78.5514 -172.2527 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS014_6-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS014_6-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.91 97.846 0.91 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS014_6-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 6 STOICH A1 PARENT 3g13_A ATOM 2717 N GLY 165 153.517 185.176 153.072 1.00 91.20 N ATOM 2719 CA GLY 165 152.923 185.830 154.242 1.00 91.20 C ATOM 2722 C GLY 165 151.394 185.710 154.342 1.00 91.20 C ATOM 2723 O GLY 165 150.791 186.378 155.179 1.00 91.20 O ATOM 2724 N LYS 166 150.740 184.874 153.519 1.00 91.62 N ATOM 2726 CA LYS 166 149.294 184.597 153.627 1.00 91.62 C ATOM 2728 C LYS 166 149.037 183.766 154.899 1.00 91.62 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.760 183.896 152.354 1.00 91.62 C ATOM 2732 O LYS 166 149.647 182.710 155.097 1.00 91.62 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.920 184.675 151.025 1.00 91.62 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.382 183.901 149.794 1.00 91.62 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.561 184.707 148.491 1.00 91.62 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.170 183.974 147.248 1.00 91.62 N ATOM 2746 N TRP 167 148.127 184.205 155.768 1.00 93.21 N ATOM 2748 CA TRP 167 147.828 183.548 157.043 1.00 93.21 C ATOM 2750 C TRP 167 146.943 182.311 156.850 1.00 93.21 C ATOM 2751 CB TRP 167 147.210 184.534 158.038 1.00 93.21 C ATOM 2754 O TRP 167 145.769 182.388 156.496 1.00 93.21 O ATOM 2755 CG TRP 167 146.892 183.937 159.379 1.00 93.21 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 145.690 183.448 159.762 1.00 93.21 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 147.769 183.776 160.538 1.00 93.21 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 147.010 183.212 161.607 1.00 93.21 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 149.123 184.068 160.804 1.00 93.21 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 145.756 183.021 161.073 1.00 93.21 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 148.904 183.288 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PRO 173 144.976 186.190 166.170 1.00 93.29 C ATOM 2839 C PRO 173 144.055 187.338 166.606 1.00 93.29 C ATOM 2840 CB PRO 173 146.443 186.644 166.206 1.00 93.29 C ATOM 2843 O PRO 173 143.609 188.116 165.771 1.00 93.29 O ATOM 2844 CG PRO 173 146.998 186.313 164.820 1.00 93.29 C ATOM 2847 CD PRO 173 145.777 186.207 163.918 1.00 93.29 C ATOM 2850 N TYR 174 143.852 187.491 167.915 1.00 95.11 N ATOM 2852 CA TYR 174 143.238 188.696 168.486 1.00 95.11 C ATOM 2854 C TYR 174 144.020 189.948 168.073 1.00 95.11 C ATOM 2855 CB TYR 174 143.258 188.562 170.010 1.00 95.11 C ATOM 2858 O TYR 174 145.248 189.887 168.020 1.00 95.11 O ATOM 2859 CG TYR 174 142.468 189.614 170.763 1.00 95.11 C ATOM 2860 CD2 TYR 174 143.126 190.544 171.592 1.00 95.11 C ATOM 2862 CD1 TYR 174 141.063 189.637 170.666 1.00 95.11 C ATOM 2864 CE2 TYR 174 142.380 191.492 172.315 1.00 95.11 C ATOM 2866 CE1 TYR 174 140.315 190.564 171.413 1.00 95.11 C ATOM 2868 OH TYR 174 140.247 192.402 172.944 1.00 95.11 O ATOM 2870 CZ TYR 174 140.971 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