####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS014_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS014_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 68 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 70 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 76 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 53 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 56 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 28 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 76 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 76 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 76 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 76 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 76 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 76 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 71 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 76 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 3 98 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 5 15 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 4 91 119 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 4 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 53 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 64 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 76 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 76 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 76 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 75 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 75 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 75 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 76 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 76 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 76 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 76 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 76 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 76 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 76 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 76 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 76 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 76 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 76 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 76 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 76 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 76 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 76 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 74 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 39 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 17 108 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 4 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 17 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 27 100 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 17 42 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 9 13 76 128 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 38 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 74 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 76 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 76 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 76 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 76 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 76 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 76 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 76 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 76 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 62 110 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 74 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 5 66 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 0 3 116 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 76 111 126 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 56.30 82.22 93.33 96.30 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.28 0.51 0.69 0.76 0.84 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 GDT RMS_ALL_AT 1.09 0.98 0.92 0.92 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.924 0 0.050 0.050 0.924 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.859 0 0.096 0.164 1.465 77.727 74.545 1.465 LGA W 167 W 167 0.208 0 0.173 0.190 0.635 90.909 92.208 0.426 LGA I 168 I 168 0.978 0 0.187 1.567 3.532 81.818 63.409 2.059 LGA S 169 S 169 0.641 0 0.326 0.314 2.242 66.818 71.818 0.523 LGA G 170 G 170 1.009 0 0.049 0.049 1.009 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.869 0 0.152 1.351 6.163 81.818 51.818 3.823 LGA A 172 A 172 0.511 0 0.059 0.090 0.620 90.909 89.091 - LGA P 173 P 173 0.484 0 0.041 0.069 0.623 95.455 89.610 0.594 LGA Y 174 Y 174 0.521 0 0.000 0.159 1.644 86.364 76.667 1.644 LGA G 175 G 175 0.582 0 0.086 0.086 0.622 81.818 81.818 - LGA Y 176 Y 176 0.760 0 0.057 0.112 0.879 81.818 87.879 0.200 LGA Q 177 Q 177 1.102 0 0.064 0.131 1.292 78.182 71.111 1.239 LGA L 178 L 178 0.663 0 0.144 0.186 1.556 73.636 71.818 1.556 LGA N 179 N 179 1.473 0 0.167 0.758 5.328 69.545 39.091 5.328 LGA K 180 K 180 2.852 0 0.212 0.930 11.663 40.455 18.182 11.663 LGA K 181 K 181 2.344 0 0.462 0.957 11.326 55.000 25.051 11.326 LGA T 182 T 182 0.991 0 0.033 1.134 3.476 82.273 68.571 3.476 LGA S 183 S 183 0.821 0 0.089 0.082 1.286 82.273 76.667 1.286 LGA K 184 K 184 0.577 0 0.089 0.912 3.573 81.818 70.707 3.573 LGA L 185 L 185 0.459 0 0.069 0.082 0.594 95.455 97.727 0.201 LGA D 186 D 186 0.496 0 0.027 0.284 0.991 90.909 88.636 0.546 LGA P 187 P 187 0.636 0 0.000 0.029 1.027 77.727 79.481 0.575 LGA V 188 V 188 0.967 0 0.022 0.055 1.148 81.818 79.481 0.976 LGA E 189 E 189 0.962 0 0.030 0.198 1.087 81.818 78.182 0.659 LGA D 190 D 190 1.007 0 0.058 0.209 2.203 77.727 64.545 2.203 LGA E 191 E 191 0.533 0 0.000 0.118 0.680 90.909 87.879 0.495 LGA A 192 A 192 0.429 0 0.039 0.038 0.451 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.510 0 0.045 0.230 0.636 90.909 89.899 0.361 LGA V 194 V 194 0.354 0 0.044 0.054 0.725 100.000 97.403 0.457 LGA V 195 V 195 0.133 0 0.000 0.000 0.289 100.000 100.000 0.180 LGA Q 196 Q 196 0.296 0 0.007 0.188 1.181 100.000 92.121 0.901 LGA L 197 L 197 0.326 0 0.034 0.104 0.385 100.000 100.000 0.352 LGA I 198 I 198 0.175 0 0.065 0.105 0.627 95.455 97.727 0.173 LGA F 199 F 199 0.287 0 0.039 0.070 0.498 100.000 100.000 0.196 LGA N 200 N 200 0.432 0 0.018 0.554 1.436 100.000 91.136 1.436 LGA I 201 I 201 0.309 0 0.064 0.124 0.733 95.455 95.455 0.733 LGA F 202 F 202 0.343 0 0.041 0.082 0.748 95.455 90.083 0.748 LGA L 203 L 203 0.470 0 0.040 0.114 0.890 95.455 88.636 0.665 LGA N 204 N 204 0.392 0 0.033 0.046 1.348 100.000 84.773 1.231 LGA G 205 G 205 0.193 0 0.080 0.080 0.716 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.255 0 0.015 1.269 3.100 100.000 77.727 2.054 LGA N 207 N 207 0.759 0 0.068 0.375 1.657 77.727 69.773 1.224 LGA G 208 G 208 1.124 0 0.168 0.168 2.260 62.727 62.727 - LGA K 209 K 209 0.862 0 0.067 0.253 2.456 81.818 68.283 2.456 LGA D 210 D 210 0.828 0 0.042 1.002 3.789 81.818 63.636 3.789 LGA Y 211 Y 211 1.411 0 0.143 0.637 1.858 65.455 63.030 1.295 LGA S 212 S 212 1.922 0 0.643 0.768 5.730 48.636 34.242 5.730 LGA Y 213 Y 213 3.211 0 0.229 1.105 14.298 33.636 11.212 14.298 LGA A 215 A 215 0.858 0 0.223 0.242 1.987 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.478 0 0.000 0.171 0.711 100.000 93.182 0.711 LGA A 217 A 217 0.222 0 0.085 0.097 0.380 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.264 0 0.049 0.154 1.122 100.000 94.242 1.122 LGA H 219 H 219 0.179 0 0.020 0.186 0.506 100.000 98.182 0.413 LGA L 220 L 220 0.228 0 0.016 0.081 0.448 100.000 100.000 0.324 LGA T 221 T 221 0.210 0 0.020 0.041 0.457 100.000 100.000 0.214 LGA N 222 N 222 0.452 0 0.051 0.074 0.771 90.909 95.455 0.418 LGA L 223 L 223 0.633 0 0.044 0.101 0.942 81.818 81.818 0.814 LGA Q 224 Q 224 0.529 0 0.099 0.599 2.128 81.818 73.535 2.128 LGA I 225 I 225 0.413 0 0.044 0.054 0.507 100.000 97.727 0.469 LGA P 226 P 226 0.341 0 0.030 0.039 0.509 100.000 97.403 0.509 LGA T 227 T 227 0.464 0 0.051 0.212 0.856 90.909 89.610 0.856 LGA P 228 P 228 0.627 0 0.358 0.388 1.210 82.273 82.078 0.747 LGA S 229 S 229 1.017 0 0.155 0.154 1.238 69.545 73.636 0.641 LGA G 230 G 230 1.266 0 0.000 0.000 1.266 65.455 65.455 - LGA K 231 K 231 0.636 0 0.104 0.573 1.414 86.364 76.566 1.222 LGA K 232 K 232 0.462 0 0.074 0.418 3.510 95.455 71.717 3.510 LGA R 233 R 233 0.429 0 0.023 1.157 4.898 100.000 64.628 3.719 LGA W 234 W 234 0.412 0 0.060 0.208 0.645 95.455 94.805 0.615 LGA N 235 N 235 0.658 0 0.070 0.923 2.634 81.818 75.227 0.456 LGA Q 236 Q 236 0.900 0 0.000 1.069 3.910 81.818 59.394 3.910 LGA Y 237 Y 237 0.838 0 0.043 0.088 1.091 77.727 80.455 0.934 LGA T 238 T 238 0.586 0 0.017 0.170 0.781 81.818 84.416 0.781 LGA I 239 I 239 0.547 0 0.021 0.108 0.563 81.818 88.636 0.380 LGA K 240 K 240 0.844 0 0.000 0.280 1.913 81.818 72.929 1.483 LGA A 241 A 241 0.889 0 0.236 0.249 1.950 70.000 72.364 - LGA I 242 I 242 0.218 0 0.047 0.059 0.365 100.000 100.000 0.252 LGA L 243 L 243 0.270 0 0.000 0.025 0.398 100.000 100.000 0.358 LGA Q 244 Q 244 0.500 0 0.236 0.518 2.174 78.636 74.343 1.603 LGA N 245 N 245 0.332 0 0.046 0.154 0.628 95.455 95.455 0.628 LGA E 246 E 246 0.201 0 0.026 0.239 0.800 100.000 91.919 0.565 LGA V 247 V 247 0.137 0 0.034 0.071 0.251 100.000 100.000 0.207 LGA Y 248 Y 248 0.149 0 0.044 0.097 0.970 100.000 93.939 0.970 LGA I 249 I 249 0.327 0 0.110 0.117 0.863 95.455 97.727 0.429 LGA G 250 G 250 0.080 0 0.063 0.063 0.636 95.455 95.455 - LGA T 251 T 251 0.270 0 0.044 0.075 0.299 100.000 100.000 0.257 LGA V 252 V 252 0.271 0 0.096 0.129 0.851 95.455 97.403 0.491 LGA K 253 K 253 0.202 0 0.084 0.121 0.886 95.455 91.919 0.886 LGA Y 254 Y 254 0.436 0 0.037 0.328 2.173 100.000 77.727 2.173 LGA K 255 K 255 0.180 0 0.097 0.804 4.765 95.455 63.636 4.765 LGA V 256 V 256 0.216 0 0.067 0.127 0.601 100.000 97.403 0.601 LGA R 257 R 257 0.313 0 0.065 1.242 5.922 91.364 54.380 5.455 LGA E 258 E 258 0.411 0 0.144 0.316 1.906 95.455 79.192 1.677 LGA K 259 K 259 0.885 0 0.025 0.305 2.984 81.818 62.222 2.984 LGA T 260 T 260 1.244 0 0.028 0.073 1.386 65.455 65.455 1.386 LGA K 261 K 261 1.728 0 0.082 0.247 2.369 47.727 48.081 2.369 LGA D 262 D 262 2.177 0 0.058 0.351 2.267 41.364 42.955 2.050 LGA G 263 G 263 1.750 0 0.000 0.000 1.895 54.545 54.545 - LGA K 264 K 264 1.557 0 0.106 0.431 2.871 62.273 54.949 2.871 LGA R 265 R 265 1.251 0 0.065 0.872 4.796 58.182 37.686 4.629 LGA T 266 T 266 1.004 0 0.043 0.113 1.353 77.727 74.805 0.632 LGA I 267 I 267 1.019 0 0.093 0.132 1.980 73.636 64.091 1.980 LGA R 268 R 268 0.857 0 0.029 0.999 3.408 73.636 73.388 0.990 LGA P 269 P 269 1.236 0 0.003 0.027 1.278 65.455 65.455 1.188 LGA E 270 E 270 1.379 0 0.022 0.952 3.249 65.455 48.687 3.249 LGA K 271 K 271 1.357 0 0.140 0.897 4.587 61.818 49.091 4.587 LGA E 272 E 272 0.886 0 0.183 0.443 2.485 73.636 59.798 1.880 LGA Q 273 Q 273 0.959 0 0.112 0.220 1.746 70.000 74.747 0.949 LGA I 274 I 274 0.644 0 0.022 0.155 1.307 81.818 79.773 1.307 LGA V 275 V 275 0.448 0 0.000 0.052 0.474 100.000 100.000 0.447 LGA V 276 V 276 0.225 0 0.053 0.043 0.448 100.000 100.000 0.337 LGA Q 277 Q 277 0.237 0 0.046 0.591 2.859 100.000 79.596 2.089 LGA D 278 D 278 0.226 0 0.036 0.160 0.965 100.000 93.182 0.965 LGA A 279 A 279 0.116 0 0.014 0.021 0.216 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.210 0 0.028 0.117 0.423 100.000 100.000 0.218 LGA A 281 A 281 0.364 0 0.031 0.035 0.552 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.194 0 0.069 0.082 0.314 100.000 100.000 0.308 LGA I 283 I 283 0.390 0 0.033 0.043 0.443 100.000 100.000 0.385 LGA I 284 I 284 0.328 0 0.034 0.132 0.452 100.000 100.000 0.232 LGA D 285 D 285 0.890 0 0.117 0.971 3.540 77.727 61.136 1.650 LGA K 286 K 286 0.821 0 0.074 0.199 1.027 77.727 80.000 0.963 LGA E 287 E 287 0.969 0 0.040 0.538 2.365 81.818 68.081 1.501 LGA Q 288 Q 288 0.701 0 0.031 0.778 2.756 81.818 75.758 0.539 LGA F 289 F 289 0.672 0 0.033 0.091 0.844 81.818 81.818 0.656 LGA Q 290 Q 290 0.912 0 0.037 1.233 3.132 81.818 60.808 3.085 LGA Q 291 Q 291 0.726 0 0.036 0.204 0.832 81.818 81.818 0.832 LGA S 292 S 292 0.542 0 0.090 0.682 2.450 81.818 77.576 2.450 LGA Q 293 Q 293 0.845 0 0.000 0.217 1.154 77.727 78.182 1.154 LGA V 294 V 294 1.042 0 0.064 0.097 1.284 69.545 67.792 1.145 LGA K 295 K 295 0.609 0 0.271 0.448 2.035 70.909 85.051 0.164 LGA I 296 I 296 0.729 0 0.103 0.178 1.422 73.636 77.727 0.976 LGA A 297 A 297 1.428 0 0.150 0.168 1.778 61.818 59.636 - LGA N 298 N 298 0.491 0 0.160 0.622 2.625 95.455 72.045 2.625 LGA K 299 K 299 2.612 0 0.395 0.564 14.106 60.000 26.869 14.106 LGA V 300 V 300 2.010 0 0.140 0.135 4.831 55.000 34.026 4.831 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.911 0.877 1.845 84.189 77.918 64.538 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.91 94.630 97.742 13.356 LGA_LOCAL RMSD: 0.911 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.911 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.911 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.843399 * X + 0.299895 * Y + 0.445804 * Z + 152.327682 Y_new = -0.531494 * X + 0.587202 * Y + 0.610498 * Z + 151.194412 Z_new = -0.078691 * X + -0.751836 * Y + 0.654638 * Z + 141.196503 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.562316 0.078773 -0.854396 [DEG: -32.2183 4.5133 -48.9533 ] ZXZ: 2.510865 0.857093 -3.037307 [DEG: 143.8620 49.1078 -174.0249 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS014_5-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS014_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.91 97.742 0.91 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS014_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 5 STOICH A1 PARENT 3g13_A ATOM 2717 N GLY 165 153.527 185.185 153.114 1.00 91.36 N ATOM 2719 CA GLY 165 152.933 185.839 154.283 1.00 91.36 C ATOM 2722 C GLY 165 151.403 185.725 154.378 1.00 91.36 C ATOM 2723 O GLY 165 150.801 186.396 155.212 1.00 91.36 O ATOM 2724 N LYS 166 150.750 184.891 153.552 1.00 91.77 N ATOM 2726 CA LYS 166 149.304 184.622 153.658 1.00 91.77 C ATOM 2728 C LYS 166 149.043 183.794 154.931 1.00 91.77 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.764 183.925 152.386 1.00 91.77 C ATOM 2732 O LYS 166 149.652 182.738 155.132 1.00 91.77 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.911 184.717 151.064 1.00 91.77 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.356 183.956 149.831 1.00 91.77 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.489 184.789 148.538 1.00 91.77 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.051 184.081 147.295 1.00 91.77 N ATOM 2746 N TRP 167 148.134 184.241 155.798 1.00 93.33 N ATOM 2748 CA TRP 167 147.827 183.585 157.071 1.00 93.33 C ATOM 2750 C TRP 167 146.924 182.363 156.872 1.00 93.33 C ATOM 2751 CB TRP 167 147.224 184.573 158.072 1.00 93.33 C ATOM 2754 O TRP 167 145.751 182.456 156.517 1.00 93.33 O ATOM 2755 CG TRP 167 146.894 183.968 159.407 1.00 93.33 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 145.689 183.475 159.773 1.00 93.33 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 147.758 183.801 160.575 1.00 93.33 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 146.989 183.231 161.632 1.00 93.33 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 149.109 184.095 160.858 1.00 93.33 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 145.742 183.039 161.082 1.00 93.33 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 148.864 183.304 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PRO 173 145.010 186.175 166.156 1.00 93.33 C ATOM 2839 C PRO 173 144.006 187.253 166.596 1.00 93.33 C ATOM 2840 CB PRO 173 146.443 186.728 166.177 1.00 93.33 C ATOM 2843 O PRO 173 143.391 187.904 165.759 1.00 93.33 O ATOM 2844 CG PRO 173 147.000 186.471 164.777 1.00 93.33 C ATOM 2847 CD PRO 173 145.775 186.274 163.896 1.00 93.33 C ATOM 2850 N TYR 174 143.902 187.480 167.906 1.00 95.28 N ATOM 2852 CA TYR 174 143.279 188.696 168.441 1.00 95.28 C ATOM 2854 C TYR 174 144.025 189.941 167.935 1.00 95.28 C ATOM 2855 CB TYR 174 143.326 188.615 169.970 1.00 95.28 C ATOM 2858 O TYR 174 145.215 189.855 167.639 1.00 95.28 O ATOM 2859 CG TYR 174 142.532 189.676 170.704 1.00 95.28 C ATOM 2860 CD1 TYR 174 143.201 190.659 171.456 1.00 95.28 C ATOM 2862 CD2 TYR 174 141.125 189.669 170.655 1.00 95.28 C ATOM 2864 CE1 TYR 174 142.467 191.649 172.136 1.00 95.28 C ATOM 2866 CE2 TYR 174 140.388 190.626 171.377 1.00 95.28 C ATOM 2868 OH TYR 174 140.336 192.590 172.738 1.00 95.28 O ATOM 2870 CZ TYR 174 141.056 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