####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS014_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS014_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.88 0.88 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 74 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 72 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 78 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 64 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 54 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 27 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 78 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 78 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 78 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 78 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 78 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 78 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 74 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 78 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 9 91 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 14 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 4 76 120 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 4 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 56 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 65 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 78 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 78 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 78 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 78 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 78 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 77 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 78 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 78 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 78 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 78 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 78 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 78 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 78 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 78 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 78 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 78 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 78 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 78 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 78 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 78 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 78 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 77 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 44 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 15 111 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 4 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 15 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 25 99 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 17 38 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 9 13 19 127 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 36 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 78 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 78 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 78 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 78 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 78 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 78 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 78 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 78 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 78 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 63 111 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 77 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 4 67 128 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 0 3 119 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 78 114 128 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 57.78 84.44 94.81 97.04 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.54 0.70 0.75 0.81 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 GDT RMS_ALL_AT 1.06 0.92 0.89 0.89 0.89 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 0.88 # Checking swapping # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.909 0 0.053 0.053 0.909 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.860 0 0.094 0.169 1.440 77.727 74.545 1.440 LGA W 167 W 167 0.133 0 0.171 0.185 0.582 95.455 96.104 0.414 LGA I 168 I 168 0.877 0 0.190 1.609 3.502 81.818 63.409 2.278 LGA S 169 S 169 0.653 0 0.335 0.320 2.284 66.818 74.848 0.500 LGA G 170 G 170 1.010 0 0.053 0.053 1.010 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.825 0 0.152 1.355 6.119 81.818 51.818 3.780 LGA A 172 A 172 0.488 0 0.058 0.087 0.585 95.455 92.727 - LGA P 173 P 173 0.459 0 0.037 0.065 0.599 95.455 92.208 0.561 LGA Y 174 Y 174 0.514 0 0.000 0.139 1.286 86.364 79.242 1.286 LGA G 175 G 175 0.576 0 0.084 0.084 0.612 81.818 81.818 - LGA Y 176 Y 176 0.785 0 0.042 0.130 0.897 81.818 89.394 0.291 LGA Q 177 Q 177 1.077 0 0.066 0.136 1.282 78.182 71.111 1.246 LGA L 178 L 178 0.627 0 0.144 0.188 1.549 73.636 71.818 1.549 LGA N 179 N 179 1.486 0 0.166 0.751 5.337 65.909 37.273 5.337 LGA K 180 K 180 2.869 0 0.213 0.932 11.629 40.455 18.182 11.629 LGA K 181 K 181 2.363 0 0.463 0.955 11.321 55.000 25.051 11.321 LGA T 182 T 182 0.992 0 0.033 1.134 3.471 82.273 68.571 3.471 LGA S 183 S 183 0.789 0 0.087 0.079 1.199 82.273 76.667 1.199 LGA K 184 K 184 0.580 0 0.090 0.912 3.537 86.364 74.343 3.537 LGA L 185 L 185 0.397 0 0.062 0.075 0.475 100.000 100.000 0.191 LGA D 186 D 186 0.462 0 0.020 0.288 1.051 90.909 88.864 0.575 LGA P 187 P 187 0.612 0 0.000 0.040 0.967 81.818 81.818 0.587 LGA V 188 V 188 0.948 0 0.024 0.067 1.138 81.818 79.481 0.910 LGA E 189 E 189 0.926 0 0.040 0.198 1.033 81.818 78.182 0.593 LGA D 190 D 190 0.977 0 0.053 0.208 2.113 81.818 66.591 2.113 LGA E 191 E 191 0.523 0 0.000 0.120 0.663 90.909 85.859 0.506 LGA A 192 A 192 0.438 0 0.036 0.034 0.463 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.483 0 0.039 0.238 0.608 100.000 93.939 0.434 LGA V 194 V 194 0.299 0 0.023 0.039 0.589 100.000 97.403 0.418 LGA V 195 V 195 0.094 0 0.000 0.000 0.252 100.000 100.000 0.161 LGA Q 196 Q 196 0.271 0 0.020 0.188 1.138 100.000 92.121 0.888 LGA L 197 L 197 0.322 0 0.035 0.102 0.382 100.000 100.000 0.351 LGA I 198 I 198 0.175 0 0.064 0.111 0.630 95.455 97.727 0.212 LGA F 199 F 199 0.281 0 0.045 0.066 0.500 100.000 100.000 0.156 LGA N 200 N 200 0.422 0 0.000 0.507 1.482 100.000 91.136 1.482 LGA I 201 I 201 0.291 0 0.060 0.118 0.714 95.455 95.455 0.714 LGA F 202 F 202 0.330 0 0.041 0.091 0.633 95.455 91.736 0.633 LGA L 203 L 203 0.448 0 0.045 0.117 0.856 95.455 88.636 0.626 LGA N 204 N 204 0.383 0 0.035 0.050 1.357 100.000 84.773 1.239 LGA G 205 G 205 0.184 0 0.081 0.081 0.732 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.228 0 0.000 1.263 3.196 100.000 79.318 1.951 LGA N 207 N 207 0.717 0 0.067 0.384 1.593 82.273 76.136 1.149 LGA G 208 G 208 1.136 0 0.157 0.157 2.225 62.727 62.727 - LGA K 209 K 209 0.901 0 0.065 0.271 2.587 81.818 63.838 2.587 LGA D 210 D 210 0.867 0 0.049 0.994 3.675 81.818 63.636 3.675 LGA Y 211 Y 211 1.394 0 0.121 0.644 1.770 69.545 64.394 1.328 LGA S 212 S 212 1.960 0 0.644 0.762 5.721 48.636 34.242 5.721 LGA Y 213 Y 213 3.237 0 0.234 1.140 14.318 33.636 11.212 14.318 LGA A 215 A 215 0.809 0 0.204 0.222 1.941 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.402 0 0.000 0.170 0.631 100.000 95.455 0.631 LGA A 217 A 217 0.118 0 0.064 0.075 0.396 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.260 0 0.049 0.094 0.872 100.000 96.970 0.872 LGA H 219 H 219 0.144 0 0.023 0.186 0.487 100.000 100.000 0.416 LGA L 220 L 220 0.238 0 0.030 0.082 0.359 100.000 100.000 0.359 LGA T 221 T 221 0.229 0 0.011 0.040 0.496 100.000 100.000 0.208 LGA N 222 N 222 0.472 0 0.054 0.090 0.794 90.909 95.455 0.446 LGA L 223 L 223 0.640 0 0.042 0.098 0.950 81.818 81.818 0.799 LGA Q 224 Q 224 0.530 0 0.102 0.610 2.163 81.818 73.535 2.163 LGA I 225 I 225 0.395 0 0.055 0.063 0.519 100.000 97.727 0.519 LGA P 226 P 226 0.302 0 0.027 0.044 0.550 100.000 97.403 0.550 LGA T 227 T 227 0.430 0 0.052 0.199 0.763 90.909 92.208 0.763 LGA P 228 P 228 0.640 0 0.341 0.376 1.156 82.273 82.078 0.737 LGA S 229 S 229 0.998 0 0.163 0.162 1.184 73.636 76.364 0.557 LGA G 230 G 230 1.237 0 0.000 0.000 1.237 65.455 65.455 - LGA K 231 K 231 0.594 0 0.108 0.579 1.494 86.364 76.566 1.206 LGA K 232 K 232 0.424 0 0.081 0.431 3.561 100.000 73.737 3.561 LGA R 233 R 233 0.404 0 0.022 1.154 4.995 100.000 64.628 3.737 LGA W 234 W 234 0.442 0 0.058 0.192 0.688 90.909 92.208 0.542 LGA N 235 N 235 0.691 0 0.060 0.864 2.589 81.818 72.955 0.633 LGA Q 236 Q 236 0.846 0 0.000 1.130 4.074 81.818 60.000 4.074 LGA Y 237 Y 237 0.786 0 0.070 0.110 1.123 77.727 77.727 1.056 LGA T 238 T 238 0.492 0 0.000 0.067 0.566 95.455 89.610 0.566 LGA I 239 I 239 0.436 0 0.028 0.074 0.464 100.000 100.000 0.270 LGA K 240 K 240 0.792 0 0.019 0.283 1.931 81.818 71.313 1.626 LGA A 241 A 241 0.877 0 0.215 0.228 1.826 70.000 72.364 - LGA I 242 I 242 0.203 0 0.058 0.068 0.371 100.000 100.000 0.279 LGA L 243 L 243 0.220 0 0.021 0.042 0.347 100.000 100.000 0.296 LGA Q 244 Q 244 0.435 0 0.212 0.537 2.278 83.182 76.364 1.718 LGA N 245 N 245 0.300 0 0.039 0.120 0.569 100.000 97.727 0.569 LGA E 246 E 246 0.201 0 0.032 0.207 0.772 100.000 93.939 0.519 LGA V 247 V 247 0.138 0 0.062 0.100 0.476 100.000 100.000 0.207 LGA Y 248 Y 248 0.212 0 0.064 0.089 0.947 100.000 93.939 0.947 LGA I 249 I 249 0.357 0 0.135 0.132 0.995 95.455 97.727 0.451 LGA G 250 G 250 0.155 0 0.063 0.063 0.624 95.455 95.455 - LGA T 251 T 251 0.302 0 0.042 0.073 0.344 100.000 100.000 0.330 LGA V 252 V 252 0.276 0 0.079 0.118 0.775 95.455 97.403 0.455 LGA K 253 K 253 0.173 0 0.088 0.130 0.826 95.455 93.939 0.826 LGA Y 254 Y 254 0.533 0 0.042 0.300 1.883 95.455 78.485 1.883 LGA K 255 K 255 0.213 0 0.087 0.802 4.885 95.455 63.636 4.885 LGA V 256 V 256 0.179 0 0.070 0.120 0.509 100.000 97.403 0.509 LGA R 257 R 257 0.243 0 0.059 1.242 5.830 91.364 56.198 5.188 LGA E 258 E 258 0.429 0 0.151 0.355 2.086 95.455 76.162 1.955 LGA K 259 K 259 0.821 0 0.021 0.326 2.968 81.818 63.838 2.968 LGA T 260 T 260 1.164 0 0.024 0.073 1.283 65.455 65.455 1.283 LGA K 261 K 261 1.591 0 0.079 0.220 1.871 54.545 55.758 1.686 LGA D 262 D 262 2.017 0 0.068 0.334 2.107 44.545 46.136 1.902 LGA G 263 G 263 1.632 0 0.000 0.000 1.779 54.545 54.545 - LGA K 264 K 264 1.433 0 0.111 0.424 2.628 65.909 59.798 2.628 LGA R 265 R 265 1.140 0 0.065 0.865 4.601 58.182 38.512 4.601 LGA T 266 T 266 0.904 0 0.045 0.114 1.270 81.818 79.481 0.585 LGA I 267 I 267 0.913 0 0.102 0.138 1.937 77.727 67.955 1.937 LGA R 268 R 268 0.749 0 0.025 1.034 3.461 77.727 76.364 0.937 LGA P 269 P 269 1.213 0 0.008 0.025 1.272 65.455 67.792 1.131 LGA E 270 E 270 1.139 0 0.000 0.275 1.282 65.455 69.091 1.038 LGA K 271 K 271 1.234 0 0.132 0.844 4.376 65.455 51.111 4.376 LGA E 272 E 272 0.906 0 0.187 0.304 1.734 77.727 66.061 1.734 LGA Q 273 Q 273 0.868 0 0.101 0.212 1.508 70.000 74.747 0.879 LGA I 274 I 274 0.656 0 0.030 0.134 1.227 81.818 79.773 1.227 LGA V 275 V 275 0.410 0 0.000 0.052 0.440 100.000 100.000 0.416 LGA V 276 V 276 0.233 0 0.048 0.040 0.416 100.000 100.000 0.307 LGA Q 277 Q 277 0.229 0 0.045 0.638 2.921 100.000 79.596 2.921 LGA D 278 D 278 0.206 0 0.033 0.218 1.037 100.000 91.136 1.037 LGA A 279 A 279 0.157 0 0.015 0.018 0.252 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.230 0 0.027 0.159 0.467 100.000 100.000 0.286 LGA A 281 A 281 0.510 0 0.041 0.038 0.769 95.455 92.727 - LGA P 282 P 282 0.112 0 0.078 0.089 0.305 100.000 100.000 0.305 LGA I 283 I 283 0.345 0 0.027 0.053 0.402 100.000 100.000 0.325 LGA I 284 I 284 0.288 0 0.033 0.132 0.450 100.000 100.000 0.188 LGA D 285 D 285 0.900 0 0.124 0.961 3.456 77.727 62.045 1.630 LGA K 286 K 286 0.798 0 0.068 0.256 1.110 77.727 78.182 1.110 LGA E 287 E 287 0.935 0 0.044 0.522 2.196 81.818 69.697 1.427 LGA Q 288 Q 288 0.674 0 0.018 0.764 2.834 81.818 77.778 0.411 LGA F 289 F 289 0.664 0 0.036 0.087 0.850 81.818 81.818 0.639 LGA Q 290 Q 290 0.857 0 0.030 1.226 3.219 81.818 60.808 3.219 LGA Q 291 Q 291 0.674 0 0.043 0.198 0.781 81.818 81.818 0.774 LGA S 292 S 292 0.501 0 0.075 0.671 2.428 81.818 77.576 2.428 LGA Q 293 Q 293 0.780 0 0.000 0.229 1.156 81.818 80.000 1.156 LGA V 294 V 294 0.995 0 0.064 0.090 1.260 77.727 72.468 1.176 LGA K 295 K 295 0.440 0 0.191 0.388 1.515 78.636 88.485 0.141 LGA I 296 I 296 0.668 0 0.089 0.151 1.332 73.636 77.727 0.794 LGA A 297 A 297 1.403 0 0.136 0.153 1.845 61.818 59.636 - LGA N 298 N 298 0.415 0 0.156 0.537 2.455 90.909 76.818 2.455 LGA K 299 K 299 2.652 0 0.384 0.497 14.205 60.000 26.869 14.205 LGA V 300 V 300 1.934 0 0.134 0.131 4.604 65.909 40.260 4.604 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.885 0.845 1.821 85.232 79.005 64.950 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.88 95.370 98.080 13.707 LGA_LOCAL RMSD: 0.885 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.885 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.885 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.063846 * X + 0.835949 * Y + -0.545080 * Z + 152.817657 Y_new = -0.979525 * X + -0.052004 * Y + -0.194488 * Z + 150.765152 Z_new = -0.190928 * X + 0.546337 * Y + 0.815513 * Z + 142.230240 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.505708 0.192108 0.590259 [DEG: -86.2707 11.0070 33.8193 ] ZXZ: -1.228071 0.617181 -0.336202 [DEG: -70.3633 35.3619 -19.2630 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS014_4-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS014_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.88 98.080 0.88 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS014_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 4 STOICH A1 PARENT 3g13_A ATOM 2717 N GLY 165 153.553 185.152 153.036 1.00 91.87 N ATOM 2719 CA GLY 165 152.966 185.807 154.209 1.00 91.87 C ATOM 2722 C GLY 165 151.437 185.691 154.316 1.00 91.87 C ATOM 2723 O GLY 165 150.841 186.356 155.159 1.00 91.87 O ATOM 2724 N LYS 166 150.777 184.861 153.491 1.00 92.23 N ATOM 2726 CA LYS 166 149.331 184.588 153.605 1.00 92.23 C ATOM 2728 C LYS 166 149.074 183.759 154.879 1.00 92.23 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.793 183.886 152.334 1.00 92.23 C ATOM 2732 O LYS 166 149.690 182.708 155.081 1.00 92.23 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.942 184.659 151.001 1.00 92.23 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.402 183.872 149.777 1.00 92.23 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.530 184.676 148.463 1.00 92.23 C ATOM 2742 NZ LYS 166 148.090 183.938 147.237 1.00 92.23 N ATOM 2746 N TRP 167 148.158 184.195 155.744 1.00 93.65 N ATOM 2748 CA TRP 167 147.860 183.539 157.021 1.00 93.65 C ATOM 2750 C TRP 167 146.976 182.299 156.831 1.00 93.65 C ATOM 2751 CB TRP 167 147.240 184.528 158.011 1.00 93.65 C ATOM 2754 O TRP 167 145.802 182.375 156.479 1.00 93.65 O ATOM 2755 CG TRP 167 146.918 183.940 159.356 1.00 93.65 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 145.716 183.450 159.735 1.00 93.65 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 147.789 183.790 160.522 1.00 93.65 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 147.027 183.232 161.590 1.00 93.65 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 149.141 184.088 160.793 1.00 93.65 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 145.778 183.031 161.050 1.00 93.65 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 148.913 183.320 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PRO 173 145.030 186.153 166.146 1.00 93.52 C ATOM 2839 C PRO 173 144.046 187.254 166.572 1.00 93.52 C ATOM 2840 CB PRO 173 146.477 186.668 166.184 1.00 93.52 C ATOM 2843 O PRO 173 143.466 187.927 165.727 1.00 93.52 O ATOM 2844 CG PRO 173 147.027 186.445 164.773 1.00 93.52 C ATOM 2847 CD PRO 173 145.800 186.260 163.891 1.00 93.52 C ATOM 2850 N TYR 174 143.920 187.472 167.881 1.00 95.41 N ATOM 2852 CA TYR 174 143.298 188.685 168.425 1.00 95.41 C ATOM 2854 C TYR 174 144.036 189.934 167.920 1.00 95.41 C ATOM 2855 CB TYR 174 143.359 188.598 169.953 1.00 95.41 C ATOM 2858 O TYR 174 145.231 189.858 167.636 1.00 95.41 O ATOM 2859 CG TYR 174 142.533 189.620 170.709 1.00 95.41 C ATOM 2860 CD2 TYR 174 143.162 190.546 171.561 1.00 95.41 C ATOM 2862 CD1 TYR 174 141.128 189.602 170.611 1.00 95.41 C ATOM 2864 CE2 TYR 174 142.388 191.451 172.309 1.00 95.41 C ATOM 2866 CE1 TYR 174 140.351 190.487 171.380 1.00 95.41 C ATOM 2868 OH TYR 174 140.233 192.281 172.963 1.00 95.41 O ATOM 2870 CZ TYR 174 140.981 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