####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v2TS014_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v2-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS014_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.17 1.17 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.17 1.17 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 95 165 - 260 0.97 1.20 LCS_AVERAGE: 61.76 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 95 135 135 75 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 95 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 95 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 95 135 135 49 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 95 135 135 42 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 95 135 135 10 91 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 95 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 95 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 95 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 95 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 95 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 95 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 95 135 135 75 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 95 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 95 135 135 4 64 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 95 135 135 3 42 104 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 95 135 135 3 88 112 123 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 95 135 135 37 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 95 135 135 55 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 95 135 135 69 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 95 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 95 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 95 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 95 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 95 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 95 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 95 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 95 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 95 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 95 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 95 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 95 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 95 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 95 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 95 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 95 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 95 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 95 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 95 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 95 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 95 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 95 135 135 74 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 95 135 135 55 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 95 135 135 57 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 95 135 135 17 105 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 95 135 135 4 105 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 95 135 135 29 100 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 95 135 135 3 19 95 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 95 135 135 3 5 14 70 118 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 95 135 135 20 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 95 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 217 A 217 95 135 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281 A 281 58 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 282 P 282 58 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 283 I 283 58 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 284 I 284 58 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 285 D 285 58 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 286 K 286 58 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 287 E 287 58 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 288 Q 288 58 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 58 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 58 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 58 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 58 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 58 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 57 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 57 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 55 135 135 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 37 135 135 65 103 117 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 37 135 135 77 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 37 135 135 3 55 110 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 37 135 135 3 3 3 123 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 87.25 ( 61.76 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 80 106 118 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 59.26 78.52 87.41 94.07 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.28 0.51 0.71 0.92 1.06 1.11 1.17 1.17 1.17 1.17 1.17 1.17 1.17 1.17 1.17 1.17 1.17 1.17 1.17 1.17 GDT RMS_ALL_AT 1.56 1.38 1.28 1.19 1.17 1.17 1.17 1.17 1.17 1.17 1.17 1.17 1.17 1.17 1.17 1.17 1.17 1.17 1.17 1.17 # Checking swapping # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 1.139 0 0.048 0.048 1.142 65.455 65.455 - LGA K 166 K 166 0.974 0 0.067 0.189 2.075 77.727 66.263 2.075 LGA W 167 W 167 0.408 0 0.252 0.230 0.716 86.364 93.506 0.287 LGA I 168 I 168 1.204 0 0.169 1.580 3.312 73.636 57.045 2.693 LGA S 169 S 169 0.817 0 0.320 0.305 2.108 66.818 71.818 0.830 LGA G 170 G 170 1.210 0 0.051 0.051 1.210 73.636 73.636 - LGA L 171 L 171 1.213 0 0.158 1.374 6.578 65.455 40.455 4.206 LGA A 172 A 172 0.854 0 0.051 0.079 0.971 86.364 85.455 - LGA P 173 P 173 0.729 0 0.031 0.060 0.830 81.818 81.818 0.743 LGA Y 174 Y 174 0.677 0 0.000 0.139 1.705 81.818 73.788 1.705 LGA G 175 G 175 0.666 0 0.082 0.082 0.721 81.818 81.818 - LGA Y 176 Y 176 0.925 0 0.058 0.132 1.075 77.727 86.515 0.321 LGA Q 177 Q 177 1.348 0 0.070 0.147 1.537 69.545 65.657 1.537 LGA L 178 L 178 0.979 0 0.154 0.205 1.481 73.636 71.591 1.466 LGA N 179 N 179 1.401 0 0.159 0.729 5.223 73.636 42.273 5.223 LGA K 180 K 180 2.613 0 0.231 0.943 11.573 40.455 18.182 11.573 LGA K 181 K 181 2.611 0 0.446 0.955 11.627 52.273 23.434 11.627 LGA T 182 T 182 0.975 0 0.035 1.131 3.420 82.273 68.571 3.420 LGA S 183 S 183 1.021 0 0.101 0.096 1.452 69.545 68.182 1.452 LGA K 184 K 184 0.756 0 0.088 0.910 3.422 81.818 71.111 3.422 LGA L 185 L 185 0.504 0 0.066 0.088 0.536 90.909 95.455 0.366 LGA D 186 D 186 0.562 0 0.003 0.322 0.943 86.364 86.364 0.534 LGA P 187 P 187 0.640 0 0.000 0.048 1.000 77.727 79.481 0.535 LGA V 188 V 188 1.068 0 0.000 0.046 1.267 73.636 70.130 1.174 LGA E 189 E 189 1.084 0 0.034 0.198 1.400 65.455 67.273 0.882 LGA D 190 D 190 1.230 0 0.043 0.379 2.737 73.636 56.136 2.737 LGA E 191 E 191 0.683 0 0.000 0.116 0.843 86.364 83.838 0.694 LGA A 192 A 192 0.542 0 0.022 0.022 0.586 86.364 85.455 - LGA K 193 K 193 0.634 0 0.038 0.215 0.774 81.818 85.859 0.190 LGA V 194 V 194 0.509 0 0.028 0.044 0.819 90.909 87.013 0.542 LGA V 195 V 195 0.229 0 0.000 0.024 0.340 100.000 100.000 0.263 LGA Q 196 Q 196 0.320 0 0.027 0.235 1.586 100.000 86.869 1.586 LGA L 197 L 197 0.346 0 0.000 0.125 0.789 100.000 93.182 0.737 LGA I 198 I 198 0.038 0 0.077 0.115 0.530 95.455 97.727 0.364 LGA F 199 F 199 0.230 0 0.026 0.034 0.447 100.000 100.000 0.334 LGA N 200 N 200 0.459 0 0.000 1.170 4.022 100.000 73.636 4.022 LGA I 201 I 201 0.284 0 0.041 0.042 0.581 95.455 97.727 0.431 LGA F 202 F 202 0.385 0 0.025 0.271 0.787 90.909 93.388 0.227 LGA L 203 L 203 0.675 0 0.035 0.093 1.107 81.818 79.773 0.769 LGA N 204 N 204 0.764 0 0.007 0.420 2.604 90.909 69.773 1.788 LGA G 205 G 205 0.128 0 0.083 0.083 0.601 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.280 0 0.076 1.295 2.801 95.455 74.773 2.467 LGA N 207 N 207 0.654 0 0.154 0.134 1.505 86.364 74.091 1.373 LGA G 208 G 208 0.575 0 0.021 0.021 1.086 77.727 77.727 - LGA K 209 K 209 0.950 0 0.042 0.538 4.994 81.818 56.162 4.994 LGA D 210 D 210 0.934 0 0.101 0.833 2.018 81.818 70.455 1.509 LGA Y 211 Y 211 1.291 0 0.118 0.644 1.709 69.545 66.970 1.039 LGA S 212 S 212 2.162 0 0.645 0.749 6.041 45.455 31.212 6.041 LGA Y 213 Y 213 2.977 0 0.233 1.109 14.072 42.273 14.242 14.072 LGA A 215 A 215 0.752 0 0.211 0.228 1.748 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.437 0 0.000 0.167 0.562 100.000 97.727 0.562 LGA A 217 A 217 0.354 0 0.073 0.085 0.392 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.234 0 0.104 0.199 0.949 100.000 96.970 0.949 LGA H 219 H 219 0.569 0 0.034 0.130 1.593 86.364 74.000 1.593 LGA L 220 L 220 0.461 0 0.039 0.118 0.552 95.455 93.182 0.552 LGA T 221 T 221 0.544 0 0.015 0.048 0.670 81.818 81.818 0.553 LGA N 222 N 222 0.556 0 0.102 0.216 0.986 81.818 84.091 0.352 LGA L 223 L 223 0.681 0 0.045 0.080 0.929 86.364 84.091 0.929 LGA Q 224 Q 224 0.398 0 0.000 0.339 2.027 95.455 81.414 1.116 LGA I 225 I 225 0.565 0 0.043 0.059 0.613 86.364 84.091 0.549 LGA P 226 P 226 0.883 0 0.026 0.043 1.082 81.818 77.143 1.082 LGA T 227 T 227 0.839 0 0.055 0.225 1.482 81.818 79.481 1.482 LGA P 228 P 228 0.851 0 0.350 0.375 0.927 81.818 81.818 0.924 LGA S 229 S 229 1.610 0 0.141 0.144 1.733 50.909 55.758 1.445 LGA G 230 G 230 1.739 0 0.000 0.000 1.765 50.909 50.909 - LGA K 231 K 231 1.460 0 0.104 0.494 2.400 70.455 58.384 1.080 LGA K 232 K 232 1.296 0 0.000 0.298 4.306 70.000 47.475 4.306 LGA R 233 R 233 0.845 0 0.016 1.111 5.363 77.727 52.397 2.770 LGA W 234 W 234 0.454 0 0.072 0.189 0.919 90.909 90.909 0.720 LGA N 235 N 235 0.741 0 0.070 0.917 2.940 81.818 70.909 0.813 LGA Q 236 Q 236 0.716 0 0.000 1.016 4.051 81.818 57.576 4.051 LGA Y 237 Y 237 0.973 0 0.033 0.071 1.282 77.727 69.545 1.210 LGA T 238 T 238 0.663 0 0.000 0.150 0.780 81.818 81.818 0.780 LGA I 239 I 239 0.536 0 0.025 0.063 0.599 81.818 90.909 0.336 LGA K 240 K 240 0.934 0 0.012 0.217 2.391 73.636 59.798 2.270 LGA A 241 A 241 1.046 0 0.148 0.161 1.620 61.818 62.545 - LGA I 242 I 242 0.447 0 0.049 0.060 0.585 95.455 97.727 0.481 LGA L 243 L 243 0.494 0 0.052 0.093 0.712 90.909 90.909 0.492 LGA Q 244 Q 244 0.746 0 0.158 0.540 1.982 74.091 75.152 1.353 LGA N 245 N 245 0.621 0 0.038 0.123 0.801 81.818 81.818 0.801 LGA E 246 E 246 0.462 0 0.034 0.203 0.806 100.000 91.919 0.498 LGA V 247 V 247 0.367 0 0.054 0.093 0.551 95.455 97.403 0.444 LGA Y 248 Y 248 0.183 0 0.047 0.104 1.142 100.000 92.576 1.142 LGA I 249 I 249 0.419 0 0.133 0.127 1.105 86.818 88.864 0.666 LGA G 250 G 250 0.126 0 0.033 0.033 0.695 95.455 95.455 - LGA T 251 T 251 0.548 0 0.039 0.077 0.607 81.818 89.610 0.488 LGA V 252 V 252 0.483 0 0.040 0.066 0.742 90.909 92.208 0.534 LGA K 253 K 253 0.236 0 0.060 0.146 0.560 95.455 97.980 0.489 LGA Y 254 Y 254 0.690 0 0.040 0.379 2.524 90.909 66.364 2.524 LGA K 255 K 255 0.610 0 0.132 0.439 2.211 77.727 69.899 1.490 LGA V 256 V 256 0.616 0 0.111 0.115 0.675 81.818 81.818 0.631 LGA R 257 R 257 1.017 0 0.015 1.063 4.696 77.727 51.405 4.696 LGA E 258 E 258 1.266 0 0.124 0.677 3.225 74.091 52.525 3.225 LGA K 259 K 259 2.165 0 0.022 0.595 2.899 35.909 36.162 2.875 LGA T 260 T 260 2.955 0 0.026 0.099 3.224 22.727 24.675 2.615 LGA K 261 K 261 4.262 0 0.071 0.698 8.972 9.545 4.242 8.972 LGA D 262 D 262 3.424 0 0.028 0.343 3.643 20.909 17.727 3.108 LGA G 263 G 263 2.430 0 0.000 0.000 2.780 41.818 41.818 - LGA K 264 K 264 1.711 0 0.111 0.334 2.835 50.909 48.283 2.835 LGA R 265 R 265 1.559 0 0.168 1.074 4.617 47.727 42.479 4.617 LGA T 266 T 266 1.572 0 0.053 0.166 2.160 58.182 55.325 1.215 LGA I 267 I 267 1.354 0 0.080 0.109 2.144 65.455 56.591 2.144 LGA R 268 R 268 1.159 0 0.011 0.958 2.540 65.455 65.124 1.966 LGA P 269 P 269 1.515 0 0.000 0.035 1.547 61.818 61.299 1.417 LGA E 270 E 270 1.529 0 0.024 0.457 2.536 54.545 47.071 2.323 LGA K 271 K 271 1.681 0 0.123 0.801 3.023 50.909 49.697 3.023 LGA E 272 E 272 1.085 0 0.103 0.133 1.344 65.455 65.455 1.344 LGA Q 273 Q 273 1.108 0 0.106 0.235 1.833 61.818 63.838 1.079 LGA I 274 I 274 0.454 0 0.039 0.184 1.609 95.455 84.773 1.609 LGA V 275 V 275 0.283 0 0.000 0.035 0.387 100.000 100.000 0.387 LGA V 276 V 276 0.250 0 0.048 0.043 0.362 100.000 100.000 0.341 LGA Q 277 Q 277 0.381 0 0.046 0.776 3.419 100.000 80.000 3.419 LGA D 278 D 278 0.281 0 0.037 0.285 1.277 100.000 91.136 1.277 LGA A 279 A 279 0.221 0 0.027 0.025 0.325 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.163 0 0.029 0.136 0.521 100.000 98.182 0.165 LGA A 281 A 281 0.390 0 0.041 0.041 0.602 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.136 0 0.067 0.078 0.338 100.000 100.000 0.338 LGA I 283 I 283 0.335 0 0.000 0.051 0.410 100.000 100.000 0.346 LGA I 284 I 284 0.334 0 0.027 0.061 0.523 95.455 97.727 0.169 LGA D 285 D 285 0.924 0 0.054 0.256 2.152 73.636 66.136 1.301 LGA K 286 K 286 1.073 0 0.000 0.307 1.244 65.455 74.949 1.143 LGA E 287 E 287 1.353 0 0.025 0.501 3.142 65.455 48.283 2.520 LGA Q 288 Q 288 0.915 0 0.015 0.227 1.403 77.727 74.545 1.403 LGA F 289 F 289 0.929 0 0.030 0.079 1.075 73.636 78.843 0.958 LGA Q 290 Q 290 1.193 0 0.027 0.357 1.607 65.455 65.657 1.607 LGA Q 291 Q 291 1.101 0 0.045 0.143 1.171 65.455 65.455 1.108 LGA S 292 S 292 0.797 0 0.049 0.678 2.780 81.818 72.727 2.780 LGA Q 293 Q 293 1.175 0 0.000 0.235 1.524 65.455 63.838 1.524 LGA V 294 V 294 1.435 0 0.032 0.061 1.743 65.455 59.221 1.692 LGA K 295 K 295 0.946 0 0.185 0.350 1.732 65.909 80.808 0.516 LGA I 296 I 296 1.125 0 0.068 0.085 1.719 61.818 67.727 0.868 LGA A 297 A 297 1.859 0 0.140 0.156 2.291 47.727 45.818 - LGA N 298 N 298 0.857 0 0.073 0.417 2.737 73.636 57.955 2.737 LGA K 299 K 299 2.119 0 0.311 0.496 13.016 62.727 28.485 13.016 LGA V 300 V 300 2.443 0 0.126 0.123 5.057 42.273 26.494 5.057 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.168 1.121 1.967 77.444 72.022 59.603 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.17 93.148 96.758 10.647 LGA_LOCAL RMSD: 1.168 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.168 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.168 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.772111 * X + 0.503146 * Y + 0.388186 * Z + 150.658264 Y_new = 0.575066 * X + -0.813159 * Y + -0.089847 * Z + 150.279205 Z_new = 0.270451 * X + 0.292604 * Y + -0.917191 * Z + 142.072769 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.640162 -0.273861 2.832777 [DEG: 36.6786 -15.6911 162.3062 ] ZXZ: 1.343348 2.731769 0.746073 [DEG: 76.9682 156.5188 42.7469 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v2TS014_2-D2 REMARK 2: T1228v2-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v2TS014_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.17 96.758 1.17 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v2TS014_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v2 MODEL 2 STOICH A1 PARENT 3g13_A ATOM 2717 N GLY 165 153.374 185.368 153.055 1.00 90.88 N ATOM 2719 CA GLY 165 152.812 186.074 154.211 1.00 90.88 C ATOM 2722 C GLY 165 151.285 185.976 154.346 1.00 90.88 C ATOM 2723 O GLY 165 150.705 186.691 155.158 1.00 90.88 O ATOM 2724 N LYS 166 150.609 185.110 153.575 1.00 89.67 N ATOM 2726 CA LYS 166 149.170 184.835 153.727 1.00 89.67 C ATOM 2728 C LYS 166 148.934 184.013 155.004 1.00 89.67 C ATOM 2729 CB LYS 166 148.602 184.109 152.491 1.00 89.67 C ATOM 2732 O LYS 166 149.622 183.018 155.251 1.00 89.67 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.684 184.881 151.160 1.00 89.67 C ATOM 2736 CD LYS 166 148.077 184.073 149.990 1.00 89.67 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.072 184.884 148.684 1.00 89.67 C ATOM 2742 NZ LYS 166 147.377 184.190 147.564 1.00 89.67 N ATOM 2746 N TRP 167 147.940 184.387 155.807 1.00 91.56 N ATOM 2748 CA TRP 167 147.604 183.696 157.051 1.00 91.56 C ATOM 2750 C TRP 167 146.811 182.412 156.788 1.00 91.56 C ATOM 2751 CB TRP 167 146.862 184.627 158.008 1.00 91.56 C ATOM 2754 O TRP 167 145.812 182.393 156.074 1.00 91.56 O ATOM 2755 CG TRP 167 146.554 184.022 159.346 1.00 91.56 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 145.352 183.542 159.739 1.00 91.56 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 147.439 183.860 160.498 1.00 91.56 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 146.685 183.310 161.576 1.00 91.56 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 148.797 184.150 160.752 1.00 91.56 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 145.429 183.117 161.051 1.00 91.56 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 148.589 183.395 163.069 1.00 91.56 C ATOM 2766 CZ2 TRP 167 147.235 183.089 162.847 1.00 91.56 C ATOM 2768 CZ3 TRP 167 149.368 183.917 162.019 1.00 91.56 C ATOM 2770 N ILE 168 147.270 181.311 157.386 1.00 85.09 N ATOM 2772 CA ILE 168 146.768 179.953 157.108 1.00 85.09 C ATOM 2774 C ILE 168 146.587 179.090 158.365 1.00 85.09 C ATOM 2775 CB ILE 168 147.704 179.247 156.105 1.00 85.09 C ATOM 2777 O ILE 168 146.335 177.883 158.257 1.00 85.09 O ATOM 2778 CG1 ILE 168 149.166 179.247 156.609 1.00 85.09 C ATOM 2781 CG2 ILE 168 147.590 179.862 154.701 1.00 85.09 C ATOM 2785 CD1 ILE 168 149.949 178.072 156.039 1.00 85.09 C ATOM 2789 N SER 169 146.765 179.666 159.554 1.00 78.62 N ATOM 2791 CA SER 169 146.945 178.908 160.801 1.00 78.62 C ATOM 2793 C SER 169 145.636 178.540 161.511 1.00 78.62 C ATOM 2794 CB SER 169 147.896 179.669 161.725 1.00 78.62 C ATOM 2797 O SER 169 145.642 177.645 162.353 1.00 78.62 O ATOM 2798 OG SER 169 149.146 179.809 161.072 1.00 78.62 O ATOM 2800 N GLY 170 144.513 179.162 161.146 1.00 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