####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS494_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS494_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.95 0.95 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.95 0.95 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.95 0.95 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 33 112 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 58 112 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 66 112 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 51 112 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 15 73 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 29 112 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 53 112 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 72 112 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 72 112 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 72 112 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 72 112 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 72 112 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 72 112 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 72 112 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 48 111 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 4 6 97 109 127 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 72 112 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 66 112 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 33 112 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 33 110 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 72 112 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 72 112 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 72 112 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 72 112 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 53 112 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 51 112 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 72 112 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 72 112 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 72 112 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 72 112 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 72 112 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 72 112 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 72 112 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 72 112 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 72 112 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 72 112 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 72 112 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 70 112 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 51 112 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 70 112 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 51 112 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 12 83 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 3 86 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 5 12 83 117 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 0 11 117 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 72 112 126 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 53.33 82.96 93.33 96.30 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.32 0.51 0.67 0.74 0.79 0.83 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 GDT RMS_ALL_AT 0.99 0.98 0.96 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: D 262 D 262 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.796 0 0.068 0.068 0.927 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.729 0 0.068 0.085 1.045 77.727 80.000 0.955 LGA W 167 W 167 0.495 0 0.036 0.151 0.702 86.364 87.013 0.486 LGA I 168 I 168 1.041 0 0.072 1.569 4.639 70.455 51.364 4.639 LGA S 169 S 169 1.435 0 0.157 0.253 3.666 62.727 48.182 3.666 LGA G 170 G 170 1.019 0 0.298 0.298 1.260 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 0.849 0 0.000 1.247 4.109 90.909 70.909 0.988 LGA A 172 A 172 0.448 0 0.063 0.064 0.666 95.455 96.364 - LGA P 173 P 173 0.248 0 0.065 0.325 1.439 100.000 92.468 1.439 LGA Y 174 Y 174 0.587 0 0.032 0.160 0.953 81.818 81.818 0.953 LGA G 175 G 175 0.376 0 0.075 0.075 0.482 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.169 0 0.103 0.132 0.589 95.455 98.485 0.198 LGA Q 177 Q 177 0.396 0 0.073 0.326 1.838 95.455 81.212 1.720 LGA L 178 L 178 0.455 0 0.049 0.070 0.770 95.455 93.182 0.770 LGA N 179 N 179 0.987 0 0.168 0.710 4.715 63.182 40.227 4.715 LGA K 180 K 180 4.039 0 0.288 1.266 10.539 15.909 7.071 9.913 LGA K 181 K 181 0.703 0 0.381 1.254 9.355 86.364 43.838 9.355 LGA T 182 T 182 0.519 0 0.075 1.086 3.464 82.273 68.312 3.464 LGA S 183 S 183 1.095 0 0.132 0.119 1.356 69.545 68.182 1.256 LGA K 184 K 184 1.215 0 0.119 0.969 3.398 69.545 60.404 3.398 LGA L 185 L 185 0.410 0 0.048 0.076 0.630 95.455 97.727 0.499 LGA D 186 D 186 0.187 0 0.065 0.421 1.644 95.455 89.318 0.339 LGA P 187 P 187 0.410 0 0.000 0.015 0.729 90.909 89.610 0.612 LGA V 188 V 188 0.709 0 0.024 0.031 0.782 81.818 81.818 0.782 LGA E 189 E 189 0.783 0 0.059 0.222 1.343 81.818 74.545 1.343 LGA D 190 D 190 0.968 0 0.080 0.607 3.034 81.818 64.091 3.034 LGA E 191 E 191 0.612 0 0.037 0.457 2.087 90.909 83.030 2.087 LGA A 192 A 192 0.412 0 0.000 0.005 0.548 100.000 96.364 - LGA K 193 K 193 0.384 0 0.020 0.594 1.897 100.000 88.687 1.392 LGA V 194 V 194 0.471 0 0.039 0.075 0.518 100.000 94.805 0.518 LGA V 195 V 195 0.289 0 0.000 0.053 0.577 100.000 97.403 0.187 LGA Q 196 Q 196 0.401 0 0.058 0.389 2.244 100.000 80.202 1.828 LGA L 197 L 197 0.304 0 0.028 0.164 0.736 100.000 93.182 0.736 LGA I 198 I 198 0.203 0 0.116 0.193 0.605 100.000 97.727 0.209 LGA F 199 F 199 0.329 0 0.069 0.115 0.628 95.455 98.347 0.220 LGA N 200 N 200 0.442 0 0.036 0.540 1.389 100.000 93.409 1.389 LGA I 201 I 201 0.206 0 0.048 0.081 0.380 100.000 100.000 0.196 LGA F 202 F 202 0.139 0 0.026 0.071 0.823 100.000 93.388 0.823 LGA L 203 L 203 0.617 0 0.043 0.093 1.476 86.364 77.955 1.391 LGA N 204 N 204 0.489 0 0.065 0.282 1.397 100.000 84.773 1.397 LGA G 205 G 205 0.397 0 0.035 0.035 0.549 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.406 0 0.000 0.095 0.896 90.909 90.909 0.512 LGA N 207 N 207 1.319 0 0.052 0.752 3.903 69.545 53.636 1.669 LGA G 208 G 208 1.140 0 0.068 0.068 1.243 65.455 65.455 - LGA K 209 K 209 1.191 0 0.072 0.433 5.177 69.545 44.040 5.177 LGA D 210 D 210 1.046 0 0.055 0.784 2.008 69.545 62.273 2.008 LGA Y 211 Y 211 1.533 0 0.170 0.522 1.740 61.818 60.606 1.123 LGA S 212 S 212 2.114 0 0.697 0.780 5.717 39.545 28.182 5.717 LGA Y 213 Y 213 2.963 0 0.182 1.420 15.102 38.636 13.030 15.102 LGA A 215 A 215 0.816 0 0.223 0.230 1.974 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.250 0 0.028 0.265 0.634 100.000 93.182 0.556 LGA A 217 A 217 0.242 0 0.052 0.075 0.353 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.457 0 0.057 0.181 1.459 100.000 91.212 1.459 LGA H 219 H 219 0.124 0 0.042 0.146 0.421 100.000 100.000 0.228 LGA L 220 L 220 0.306 0 0.034 0.138 0.591 100.000 95.455 0.591 LGA T 221 T 221 0.133 0 0.058 0.060 0.419 100.000 100.000 0.273 LGA N 222 N 222 0.375 0 0.045 0.071 0.728 90.909 95.455 0.454 LGA L 223 L 223 0.606 0 0.057 0.170 1.157 86.364 82.045 0.655 LGA Q 224 Q 224 0.642 0 0.093 0.573 3.484 77.727 65.253 2.216 LGA I 225 I 225 0.758 0 0.039 0.148 0.863 81.818 86.364 0.433 LGA P 226 P 226 0.754 0 0.099 0.124 0.946 81.818 81.818 0.762 LGA T 227 T 227 0.111 0 0.063 0.582 1.752 95.455 87.792 0.888 LGA P 228 P 228 0.858 0 0.000 0.088 1.023 77.727 79.481 0.921 LGA S 229 S 229 1.263 0 0.234 0.214 2.261 82.273 67.576 2.261 LGA G 230 G 230 0.553 0 0.128 0.128 1.256 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.583 0 0.109 0.700 3.509 78.182 64.040 3.509 LGA K 232 K 232 0.688 0 0.199 0.601 3.064 77.727 68.283 3.064 LGA R 233 R 233 0.438 0 0.097 1.368 7.423 90.909 49.917 7.423 LGA W 234 W 234 0.086 0 0.097 0.152 0.829 95.455 94.805 0.656 LGA N 235 N 235 0.483 0 0.031 0.720 2.028 100.000 85.455 2.028 LGA Q 236 Q 236 0.407 0 0.042 0.988 4.017 95.455 75.960 0.723 LGA Y 237 Y 237 0.771 0 0.044 1.702 9.838 86.364 38.788 9.838 LGA T 238 T 238 0.498 0 0.040 0.289 0.781 95.455 92.208 0.781 LGA I 239 I 239 0.312 0 0.029 0.124 0.462 100.000 100.000 0.397 LGA K 240 K 240 0.565 0 0.092 0.714 2.306 90.909 75.758 2.306 LGA A 241 A 241 0.534 0 0.000 0.000 0.813 90.909 89.091 - LGA I 242 I 242 0.493 0 0.038 0.129 0.932 95.455 88.636 0.932 LGA L 243 L 243 0.197 0 0.093 0.160 0.739 95.455 97.727 0.236 LGA Q 244 Q 244 0.140 0 0.186 0.581 2.668 95.455 73.535 2.430 LGA N 245 N 245 0.160 0 0.041 0.083 0.371 100.000 100.000 0.265 LGA E 246 E 246 0.519 0 0.065 0.421 1.299 95.455 84.242 1.267 LGA V 247 V 247 0.245 0 0.031 0.158 0.534 100.000 97.403 0.470 LGA Y 248 Y 248 0.399 0 0.014 0.136 0.713 100.000 93.939 0.605 LGA I 249 I 249 0.193 0 0.000 0.067 0.322 100.000 100.000 0.322 LGA G 250 G 250 0.240 0 0.055 0.055 0.282 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.234 0 0.076 0.108 0.306 100.000 100.000 0.295 LGA V 252 V 252 0.246 0 0.057 0.136 0.814 95.455 89.610 0.814 LGA K 253 K 253 0.376 0 0.000 0.374 1.539 95.455 78.990 1.539 LGA Y 254 Y 254 0.562 0 0.052 0.409 2.411 86.364 73.182 2.411 LGA K 255 K 255 0.745 0 0.087 0.634 2.062 81.818 76.970 2.062 LGA V 256 V 256 0.819 0 0.112 0.125 0.909 81.818 81.818 0.841 LGA R 257 R 257 1.089 0 0.090 1.274 5.772 61.818 52.066 3.602 LGA E 258 E 258 1.036 0 0.048 0.930 5.073 69.545 46.263 5.073 LGA K 259 K 259 1.573 0 0.073 0.870 6.224 61.818 38.586 6.224 LGA T 260 T 260 1.392 0 0.047 0.384 2.087 58.182 55.325 1.802 LGA K 261 K 261 2.096 0 0.112 1.037 8.276 47.727 28.485 8.276 LGA D 262 D 262 1.919 0 0.085 0.573 2.381 50.909 49.318 2.381 LGA G 263 G 263 1.618 0 0.179 0.179 1.902 50.909 50.909 - LGA K 264 K 264 1.131 0 0.035 0.620 2.821 65.455 65.051 2.821 LGA R 265 R 265 1.411 0 0.126 1.028 6.222 61.818 35.868 6.222 LGA T 266 T 266 0.958 0 0.000 0.271 1.154 73.636 77.403 1.027 LGA I 267 I 267 0.939 0 0.069 0.181 1.040 77.727 79.773 0.922 LGA R 268 R 268 0.451 0 0.009 0.989 3.547 90.909 66.281 2.183 LGA P 269 P 269 0.312 0 0.029 0.061 0.418 100.000 100.000 0.241 LGA E 270 E 270 0.540 0 0.013 1.441 5.370 86.364 56.162 5.370 LGA K 271 K 271 0.656 0 0.087 1.098 6.783 81.818 50.505 6.783 LGA E 272 E 272 0.348 0 0.055 0.674 2.372 100.000 85.455 1.069 LGA Q 273 Q 273 0.308 0 0.072 0.125 0.745 100.000 91.919 0.745 LGA I 274 I 274 0.157 0 0.056 0.075 0.337 100.000 100.000 0.257 LGA V 275 V 275 0.186 0 0.068 0.127 0.845 95.455 94.805 0.270 LGA V 276 V 276 0.334 0 0.000 0.019 0.609 100.000 94.805 0.550 LGA Q 277 Q 277 0.357 0 0.083 0.720 2.758 100.000 80.606 1.601 LGA D 278 D 278 0.260 0 0.095 0.546 2.021 95.455 83.409 1.469 LGA A 279 A 279 0.264 0 0.022 0.073 0.403 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.338 0 0.050 0.302 0.698 100.000 94.545 0.698 LGA A 281 A 281 0.238 0 0.000 0.012 0.413 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.188 0 0.036 0.048 0.435 100.000 100.000 0.435 LGA I 283 I 283 0.613 0 0.000 0.121 0.861 86.364 84.091 0.785 LGA I 284 I 284 0.582 0 0.000 0.018 0.594 81.818 86.364 0.563 LGA D 285 D 285 0.634 0 0.033 1.042 3.579 81.818 63.636 3.579 LGA K 286 K 286 0.443 0 0.000 0.430 2.585 86.364 74.545 2.585 LGA E 287 E 287 0.872 0 0.075 1.134 5.607 81.818 49.091 5.607 LGA Q 288 Q 288 0.709 0 0.000 0.826 2.855 86.364 72.323 1.252 LGA F 289 F 289 0.483 0 0.036 0.141 0.581 95.455 96.694 0.336 LGA Q 290 Q 290 0.545 0 0.028 1.271 4.051 81.818 58.788 4.051 LGA Q 291 Q 291 0.347 0 0.000 0.586 1.687 100.000 85.051 1.670 LGA S 292 S 292 0.390 0 0.112 0.436 1.019 100.000 91.212 1.019 LGA Q 293 Q 293 0.562 0 0.051 0.242 1.001 82.273 86.061 0.768 LGA V 294 V 294 0.860 0 0.044 0.147 1.013 77.727 79.481 0.987 LGA K 295 K 295 0.568 0 0.083 0.254 1.129 77.727 82.020 0.584 LGA I 296 I 296 0.800 0 0.041 0.125 1.490 73.636 84.545 0.106 LGA A 297 A 297 1.768 0 0.000 0.000 2.267 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 1.513 0 0.175 0.673 1.963 54.545 56.364 1.963 LGA K 299 K 299 3.709 0 0.452 1.132 14.805 38.636 17.172 14.805 LGA V 300 V 300 2.619 0 0.251 1.016 5.261 35.455 20.519 5.042 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.949 0.915 2.032 84.892 76.913 58.885 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.95 94.815 97.661 12.870 LGA_LOCAL RMSD: 0.949 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.949 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.949 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.562193 * X + -0.793903 * Y + -0.231642 * Z + 156.799866 Y_new = -0.748996 * X + 0.370026 * Y + 0.549623 * Z + 151.198135 Z_new = -0.350633 * X + 0.482493 * Y + -0.802656 * Z + 138.319824 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.214678 0.358247 2.600350 [DEG: -126.8917 20.5261 148.9891 ] ZXZ: -2.742728 2.502532 -0.628429 [DEG: -157.1467 143.3845 -36.0064 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS494_5-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS494_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.95 97.661 0.95 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS494_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 1670 N GLY 165 152.860 186.762 153.432 1.00 86.74 ATOM 1672 CA GLY 165 152.291 187.562 154.511 1.00 86.75 ATOM 1673 C GLY 165 150.782 187.510 154.509 1.00 88.17 ATOM 1674 O GLY 165 150.100 188.454 154.880 1.00 85.69 ATOM 1675 N LYS 166 150.294 186.356 154.039 1.00 87.88 ATOM 1677 CA LYS 166 148.851 186.167 154.005 1.00 87.71 ATOM 1678 CB LYS 166 148.437 185.603 152.643 1.00 86.35 ATOM 1679 CG LYS 166 148.782 186.578 151.514 1.00 83.57 ATOM 1680 CD LYS 166 148.619 185.995 150.110 1.00 80.27 ATOM 1681 CE LYS 166 149.054 187.004 149.042 1.00 75.39 ATOM 1682 NZ LYS 166 149.190 186.337 147.740 1.00 68.48 ATOM 1686 C LYS 166 148.380 185.290 155.148 1.00 88.36 ATOM 1687 O LYS 166 148.989 184.292 155.523 1.00 86.44 ATOM 1688 N TRP 167 147.262 185.738 155.728 1.00 89.23 ATOM 1690 CA TRP 167 146.670 185.006 156.843 1.00 89.73 ATOM 1691 CB TRP 167 145.781 185.944 157.672 1.00 88.96 ATOM 1692 CG TRP 167 145.138 185.232 158.847 1.00 89.24 ATOM 1693 CD2 TRP 167 145.699 184.975 160.152 1.00 87.69 ATOM 1694 CE2 TRP 167 144.704 184.270 160.912 1.00 87.09 ATOM 1695 CE3 TRP 167 146.948 185.278 160.736 1.00 86.79 ATOM 1696 CD1 TRP 167 143.847 184.678 158.891 1.00 86.08 ATOM 1697 NE1 TRP 167 143.586 184.110 160.099 1.00 85.84 ATOM 1699 CZ2 TRP 167 144.981 183.888 162.241 1.00 86.47 ATOM 1700 CZ3 TRP 167 147.210 184.890 162.066 1.00 84.61 ATOM 1701 CH2 TRP 167 146.232 184.199 162.815 1.00 84.17 ATOM 1702 C TRP 167 145.904 183.790 156.362 1.00 89.25 ATOM 1703 O TRP 167 144.959 183.870 155.587 1.00 86.35 ATOM 1704 N ILE 168 146.379 182.650 156.873 1.00 86.71 ATOM 1706 CA ILE 168 145.737 181.405 156.467 1.00 85.06 ATOM 1707 CB ILE 168 146.523 180.692 155.342 1.00 81.73 ATOM 1708 CG2 ILE 168 145.898 181.035 153.989 1.00 74.78 ATOM 1709 CG1 ILE 168 148.034 180.970 155.328 1.00 77.30 ATOM 1710 CD1 ILE 168 148.809 180.411 156.520 1.00 71.09 ATOM 1711 C ILE 168 145.393 180.446 157.595 1.00 84.04 ATOM 1712 O ILE 168 145.104 179.271 157.362 1.00 77.66 ATOM 1713 N SER 169 145.457 180.979 158.824 1.00 83.42 ATOM 1715 CA SER 169 144.880 180.186 159.907 1.00 82.25 ATOM 1716 CB SER 169 145.778 180.271 161.144 1.00 78.83 ATOM 1717 OG SER 169 147.049 179.680 160.830 1.00 74.08 ATOM 1719 C SER 169 143.434 180.603 160.136 1.00 81.37 ATOM 1720 O SER 169 142.917 181.379 159.346 1.00 75.24 ATOM 1721 N GLY 170 142.800 180.047 161.186 1.00 79.15 ATOM 1723 CA GLY 170 141.346 180.194 161.290 1.00 78.61 ATOM 1724 C GLY 170 140.821 181.590 161.579 1.00 81.08 ATOM 1725 O GLY 170 140.742 182.456 160.715 1.00 77.33 ATOM 1726 N LEU 171 140.431 181.769 162.850 1.00 82.85 ATOM 1728 CA LEU 171 139.924 183.095 163.192 1.00 82.69 ATOM 1729 CB LEU 171 139.226 183.102 164.554 1.00 79.71 ATOM 1730 CG LEU 171 137.933 182.281 164.588 1.00 75.58 ATOM 1731 CD1 LEU 171 137.346 182.226 165.999 1.00 69.42 ATOM 1732 CD2 LEU 171 136.906 182.774 163.566 1.00 68.58 ATOM 1733 C LEU 171 141.033 184.115 163.170 1.00 83.74 ATOM 1734 O LEU 171 142.173 183.817 163.508 1.00 81.37 ATOM 1735 N ALA 172 140.622 185.295 162.708 1.00 85.84 ATOM 1737 CA ALA 172 141.544 186.420 162.746 1.00 86.10 ATOM 1738 CB ALA 172 141.016 187.505 161.807 1.00 84.05 ATOM 1739 C ALA 172 141.612 186.915 164.181 1.00 87.08 ATOM 1740 O ALA 172 140.646 186.764 164.928 1.00 84.97 ATOM 1741 N PRO 173 142.793 187.446 164.569 1.00 88.28 ATOM 1742 CD PRO 173 144.003 187.591 163.765 1.00 86.62 ATOM 1743 CA PRO 173 142.942 187.948 165.940 1.00 88.50 ATOM 1744 CB PRO 173 144.443 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141.662 193.777 164.492 1.00 90.28 ATOM 1766 O GLY 175 141.956 194.731 163.782 1.00 87.54 ATOM 1767 N TYR 176 141.530 192.533 164.018 1.00 90.67 ATOM 1769 CA TYR 176 141.769 192.342 162.593 1.00 91.12 ATOM 1770 CB TYR 176 143.131 191.688 162.343 1.00 90.99 ATOM 1771 CG TYR 176 144.289 192.607 162.663 1.00 91.70 ATOM 1772 CD1 TYR 176 144.515 193.741 161.856 1.00 86.03 ATOM 1773 CE1 TYR 176 145.631 194.551 162.118 1.00 84.94 ATOM 1774 CD2 TYR 176 145.133 192.285 163.746 1.00 86.39 ATOM 1775 CE2 TYR 176 146.254 193.091 164.003 1.00 85.21 ATOM 1776 CZ TYR 176 146.497 194.207 163.177 1.00 89.79 ATOM 1777 OH TYR 176 147.615 194.986 163.410 1.00 88.78 ATOM 1779 C TYR 176 140.707 191.491 161.938 1.00 91.00 ATOM 1780 O TYR 176 140.353 190.414 162.405 1.00 89.21 ATOM 1781 N GLN 177 140.244 191.991 160.789 1.00 89.91 ATOM 1783 CA GLN 177 139.514 191.039 159.970 1.00 89.78 ATOM 1784 CB GLN 177 138.197 191.603 159.419 1.00 87.76 ATOM 1785 CG GLN 177 138.329 192.681 158.339 1.00 79.90 ATOM 1786 CD GLN 177 136.971 192.895 157.700 1.00 79.19 ATOM 1787 OE1 GLN 177 136.452 192.056 156.960 1.00 70.05 ATOM 1788 NE2 GLN 177 136.406 194.060 158.018 1.00 68.82 ATOM 1791 C GLN 177 140.368 190.474 158.856 1.00 90.10 ATOM 1792 O GLN 177 141.354 191.047 158.410 1.00 88.16 ATOM 1793 N LEU 178 139.915 189.309 158.393 1.00 88.77 ATOM 1795 CA LEU 178 140.520 188.812 157.166 1.00 88.48 ATOM 1796 CB LEU 178 140.352 187.290 157.112 1.00 86.50 ATOM 1797 CG LEU 178 141.027 186.581 155.933 1.00 83.71 ATOM 1798 CD1 LEU 178 142.538 186.796 155.903 1.00 75.32 ATOM 1799 CD2 LEU 178 140.689 185.091 155.912 1.00 76.28 ATOM 1800 C LEU 178 139.910 189.497 155.958 1.00 88.42 ATOM 1801 O LEU 178 138.708 189.411 155.720 1.00 86.26 ATOM 1802 N ASN 179 140.785 190.165 155.206 1.00 86.87 ATOM 1804 CA ASN 179 140.422 190.601 153.861 1.00 86.14 ATOM 1805 CB ASN 179 141.395 191.679 153.393 1.00 84.55 ATOM 1806 CG ASN 179 141.043 192.247 152.029 1.00 82.22 ATOM 1807 OD1 ASN 179 140.727 191.542 151.071 1.00 72.99 ATOM 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