####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS494_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS494_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.96 0.96 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.96 0.96 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.96 0.96 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 38 111 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 63 111 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 68 111 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 54 109 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 5 78 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 3 111 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 54 111 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 73 111 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 73 111 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 73 111 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 73 111 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 73 111 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 73 111 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 73 111 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 49 109 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 4 25 64 86 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 36 111 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 67 111 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 38 110 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 16 109 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 73 111 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 73 111 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 73 111 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 73 111 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 72 111 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 63 111 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 73 111 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 73 111 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 73 111 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 73 111 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 73 111 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 73 111 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 73 111 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 73 111 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 73 111 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 73 111 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 73 111 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 73 111 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 54 111 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 72 111 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 54 111 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 13 99 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 19 99 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 7 11 109 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 118 128 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 73 111 123 130 131 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 54.07 82.22 91.11 96.30 97.04 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.50 0.63 0.76 0.78 0.86 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 GDT RMS_ALL_AT 0.97 0.98 0.97 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.747 0 0.017 0.017 0.885 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.762 0 0.054 0.096 1.743 81.818 74.747 1.743 LGA W 167 W 167 0.624 0 0.037 0.135 0.861 81.818 81.818 0.790 LGA I 168 I 168 1.162 0 0.100 1.520 4.502 65.909 49.091 4.502 LGA S 169 S 169 1.515 0 0.168 0.257 3.896 55.000 43.030 3.896 LGA G 170 G 170 1.219 0 0.280 0.280 1.295 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 0.919 0 0.003 1.239 4.337 82.273 64.545 1.208 LGA A 172 A 172 0.470 0 0.071 0.076 0.736 95.455 96.364 - LGA P 173 P 173 0.193 0 0.067 0.325 1.333 100.000 95.065 1.333 LGA Y 174 Y 174 0.527 0 0.044 0.189 0.838 86.364 83.333 0.765 LGA G 175 G 175 0.316 0 0.076 0.076 0.449 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.141 0 0.106 0.120 0.597 95.455 98.485 0.276 LGA Q 177 Q 177 0.374 0 0.068 0.309 1.853 95.455 81.212 1.817 LGA L 178 L 178 0.452 0 0.059 0.088 0.783 95.455 93.182 0.783 LGA N 179 N 179 1.080 0 0.177 0.677 4.654 59.091 35.909 4.654 LGA K 180 K 180 3.986 0 0.289 1.280 10.565 17.273 7.677 9.981 LGA K 181 K 181 0.853 0 0.393 1.158 9.313 90.909 45.859 9.313 LGA T 182 T 182 0.569 0 0.082 1.082 3.472 82.273 70.649 3.472 LGA S 183 S 183 1.096 0 0.095 0.089 1.413 69.545 68.182 1.271 LGA K 184 K 184 1.201 0 0.117 0.873 3.184 65.455 58.586 3.184 LGA L 185 L 185 0.416 0 0.033 0.069 0.514 95.455 95.455 0.506 LGA D 186 D 186 0.141 0 0.064 0.454 1.641 95.455 87.045 0.592 LGA P 187 P 187 0.356 0 0.000 0.018 0.610 90.909 89.610 0.610 LGA V 188 V 188 0.644 0 0.009 0.026 0.711 81.818 81.818 0.711 LGA E 189 E 189 0.710 0 0.058 0.231 1.328 81.818 76.364 1.328 LGA D 190 D 190 0.882 0 0.085 0.605 2.952 81.818 65.227 2.952 LGA E 191 E 191 0.549 0 0.041 0.479 2.063 90.909 83.030 2.063 LGA A 192 A 192 0.385 0 0.000 0.020 0.506 100.000 96.364 - LGA K 193 K 193 0.345 0 0.021 0.589 1.861 100.000 88.687 1.386 LGA V 194 V 194 0.439 0 0.034 0.078 0.511 100.000 97.403 0.511 LGA V 195 V 195 0.292 0 0.000 0.050 0.571 100.000 97.403 0.217 LGA Q 196 Q 196 0.347 0 0.059 0.304 1.768 100.000 84.848 1.311 LGA L 197 L 197 0.242 0 0.017 0.164 0.768 100.000 93.182 0.768 LGA I 198 I 198 0.257 0 0.116 0.196 0.656 100.000 95.455 0.256 LGA F 199 F 199 0.300 0 0.077 0.126 0.618 95.455 98.347 0.316 LGA N 200 N 200 0.442 0 0.027 0.717 1.727 100.000 85.000 1.483 LGA I 201 I 201 0.205 0 0.065 0.099 0.512 100.000 97.727 0.512 LGA F 202 F 202 0.129 0 0.054 0.068 0.618 100.000 95.041 0.618 LGA L 203 L 203 0.510 0 0.020 0.139 1.362 90.909 82.273 1.173 LGA N 204 N 204 0.391 0 0.067 0.257 1.622 100.000 82.955 1.622 LGA G 205 G 205 0.434 0 0.041 0.041 0.558 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.450 0 0.029 1.350 2.997 90.909 71.136 2.570 LGA N 207 N 207 1.378 0 0.053 0.773 3.394 61.818 52.273 1.687 LGA G 208 G 208 1.404 0 0.000 0.000 1.542 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.388 0 0.057 0.634 3.666 65.455 51.919 3.666 LGA D 210 D 210 1.282 0 0.029 0.664 1.755 65.455 61.818 1.755 LGA Y 211 Y 211 1.720 0 0.178 0.519 1.889 54.545 54.545 1.289 LGA S 212 S 212 2.293 0 0.695 0.779 5.927 36.364 26.061 5.927 LGA Y 213 Y 213 2.947 0 0.171 1.433 15.068 38.636 13.030 15.068 LGA A 215 A 215 0.943 0 0.198 0.203 2.036 95.455 84.000 - LGA I 216 I 216 0.300 0 0.022 0.260 0.737 100.000 97.727 0.431 LGA A 217 A 217 0.269 0 0.048 0.074 0.370 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.535 0 0.056 0.169 1.533 90.909 82.727 1.533 LGA H 219 H 219 0.213 0 0.040 0.163 0.548 100.000 94.545 0.529 LGA L 220 L 220 0.359 0 0.032 0.132 0.647 100.000 95.455 0.647 LGA T 221 T 221 0.069 0 0.033 0.040 0.273 100.000 100.000 0.207 LGA N 222 N 222 0.296 0 0.040 0.065 0.643 95.455 97.727 0.278 LGA L 223 L 223 0.519 0 0.054 0.159 1.040 95.455 86.591 0.625 LGA Q 224 Q 224 0.500 0 0.094 0.495 3.453 82.273 67.273 2.102 LGA I 225 I 225 0.722 0 0.048 0.149 0.853 81.818 86.364 0.397 LGA P 226 P 226 0.789 0 0.105 0.129 1.010 77.727 79.481 0.792 LGA T 227 T 227 0.078 0 0.059 0.576 1.726 95.455 87.792 0.942 LGA P 228 P 228 0.763 0 0.000 0.081 0.882 81.818 81.818 0.871 LGA S 229 S 229 1.054 0 0.230 0.215 2.111 82.273 69.697 2.111 LGA G 230 G 230 0.607 0 0.133 0.133 1.382 82.273 82.273 - LGA K 231 K 231 0.659 0 0.110 0.700 3.300 78.182 66.263 3.300 LGA K 232 K 232 0.633 0 0.225 0.593 3.111 77.727 67.071 3.111 LGA R 233 R 233 0.304 0 0.106 1.379 7.381 90.909 49.917 7.381 LGA W 234 W 234 0.184 0 0.108 0.164 0.886 100.000 96.104 0.681 LGA N 235 N 235 0.639 0 0.045 0.715 2.199 81.818 76.364 2.199 LGA Q 236 Q 236 0.428 0 0.031 0.821 3.448 90.909 75.152 1.285 LGA Y 237 Y 237 0.691 0 0.051 0.436 1.538 86.364 76.667 1.241 LGA T 238 T 238 0.540 0 0.067 0.388 1.420 90.909 84.675 1.420 LGA I 239 I 239 0.268 0 0.034 0.125 0.492 100.000 100.000 0.492 LGA K 240 K 240 0.547 0 0.078 0.687 2.043 86.364 75.556 2.043 LGA A 241 A 241 0.559 0 0.000 0.000 0.829 90.909 89.091 - LGA I 242 I 242 0.432 0 0.038 0.140 0.955 95.455 88.636 0.955 LGA L 243 L 243 0.164 0 0.088 0.174 0.692 95.455 97.727 0.188 LGA Q 244 Q 244 0.066 0 0.180 0.610 2.535 91.364 73.737 2.441 LGA N 245 N 245 0.210 0 0.030 0.136 0.420 100.000 100.000 0.336 LGA E 246 E 246 0.466 0 0.044 0.407 1.338 100.000 88.081 0.917 LGA V 247 V 247 0.325 0 0.038 0.205 0.745 100.000 94.805 0.562 LGA Y 248 Y 248 0.378 0 0.000 0.141 0.635 100.000 95.455 0.492 LGA I 249 I 249 0.158 0 0.018 0.079 0.426 100.000 100.000 0.426 LGA G 250 G 250 0.281 0 0.078 0.078 0.375 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.184 0 0.094 0.104 0.382 100.000 100.000 0.357 LGA V 252 V 252 0.247 0 0.097 0.172 0.898 95.455 89.610 0.898 LGA K 253 K 253 0.566 0 0.023 0.246 2.261 86.364 68.485 2.261 LGA Y 254 Y 254 0.662 0 0.073 0.455 2.584 81.818 69.394 2.584 LGA K 255 K 255 0.743 0 0.080 0.565 1.899 81.818 76.566 1.899 LGA V 256 V 256 0.723 0 0.099 0.122 0.988 81.818 81.818 0.872 LGA R 257 R 257 0.880 0 0.098 1.356 6.667 69.545 48.760 5.117 LGA E 258 E 258 0.991 0 0.056 1.025 6.116 70.000 41.818 6.116 LGA K 259 K 259 1.682 0 0.032 0.791 6.066 50.909 31.111 6.066 LGA T 260 T 260 1.410 0 0.046 0.219 2.153 55.000 59.481 1.199 LGA K 261 K 261 2.166 0 0.076 0.895 6.982 41.364 27.273 6.982 LGA D 262 D 262 2.148 0 0.069 0.347 2.158 38.182 42.955 1.837 LGA G 263 G 263 2.005 0 0.097 0.097 2.090 44.545 44.545 - LGA K 264 K 264 1.463 0 0.087 0.282 1.637 61.818 62.222 1.637 LGA R 265 R 265 1.533 0 0.112 1.023 6.186 58.182 34.545 6.186 LGA T 266 T 266 0.987 0 0.000 0.282 1.227 73.636 77.403 1.033 LGA I 267 I 267 0.817 0 0.079 0.156 0.967 81.818 81.818 0.931 LGA R 268 R 268 0.270 0 0.000 0.986 2.820 100.000 76.694 2.036 LGA P 269 P 269 0.241 0 0.033 0.084 0.402 100.000 100.000 0.238 LGA E 270 E 270 0.336 0 0.086 1.463 6.144 100.000 60.000 6.144 LGA K 271 K 271 0.344 0 0.149 0.806 3.556 86.818 64.242 3.291 LGA E 272 E 272 0.309 0 0.002 0.646 2.083 100.000 87.273 1.321 LGA Q 273 Q 273 0.256 0 0.061 0.155 1.135 100.000 90.101 1.135 LGA I 274 I 274 0.146 0 0.060 0.074 0.361 100.000 100.000 0.204 LGA V 275 V 275 0.293 0 0.067 0.088 0.839 100.000 92.208 0.839 LGA V 276 V 276 0.256 0 0.000 0.025 0.536 100.000 94.805 0.514 LGA Q 277 Q 277 0.277 0 0.083 0.712 2.724 100.000 80.606 1.614 LGA D 278 D 278 0.163 0 0.111 0.545 1.818 95.455 83.182 1.504 LGA A 279 A 279 0.237 0 0.024 0.053 0.418 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.279 0 0.049 0.245 0.606 100.000 94.545 0.606 LGA A 281 A 281 0.197 0 0.000 0.000 0.386 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.123 0 0.015 0.031 0.426 100.000 100.000 0.426 LGA I 283 I 283 0.492 0 0.042 0.120 0.895 90.909 86.364 0.797 LGA I 284 I 284 0.431 0 0.059 0.086 0.467 100.000 100.000 0.467 LGA D 285 D 285 0.701 0 0.102 0.971 3.152 81.818 69.773 0.783 LGA K 286 K 286 0.455 0 0.064 0.438 2.344 86.364 79.192 2.344 LGA E 287 E 287 0.678 0 0.027 0.818 3.593 81.818 58.384 1.594 LGA Q 288 Q 288 0.552 0 0.000 0.819 2.937 90.909 74.343 1.114 LGA F 289 F 289 0.468 0 0.046 0.128 0.552 95.455 96.694 0.305 LGA Q 290 Q 290 0.579 0 0.005 1.146 3.297 81.818 63.434 2.965 LGA Q 291 Q 291 0.259 0 0.016 0.252 1.129 100.000 94.141 0.388 LGA S 292 S 292 0.132 0 0.047 0.043 0.265 100.000 100.000 0.265 LGA Q 293 Q 293 0.529 0 0.038 0.242 0.970 86.364 87.879 0.731 LGA V 294 V 294 0.795 0 0.035 0.126 0.921 81.818 81.818 0.867 LGA K 295 K 295 0.551 0 0.058 0.234 1.004 77.727 82.020 0.539 LGA I 296 I 296 0.793 0 0.041 0.104 1.463 73.636 82.273 0.093 LGA A 297 A 297 1.667 0 0.007 0.011 2.114 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 1.406 0 0.050 1.062 3.975 55.000 48.182 1.881 LGA K 299 K 299 3.139 0 0.408 1.145 13.828 46.818 20.808 13.828 LGA V 300 V 300 3.038 0 0.158 0.177 6.600 27.727 15.844 6.600 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.959 0.929 1.943 84.616 77.029 60.183 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.96 94.630 97.388 12.747 LGA_LOCAL RMSD: 0.959 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.959 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.959 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.814739 * X + 0.389010 * Y + -0.429967 * Z + 155.815048 Y_new = -0.148655 * X + 0.856897 * Y + 0.493589 * Z + 152.948364 Z_new = 0.560449 * X + -0.338229 * Y + 0.755975 * Z + 139.844055 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.180472 -0.594928 -0.420696 [DEG: -10.3403 -34.0868 -24.1041 ] ZXZ: -2.424973 0.713654 2.113783 [DEG: -138.9407 40.8894 121.1108 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS494_4-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS494_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.96 97.388 0.96 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS494_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 1670 N GLY 165 152.806 186.808 153.664 1.00 86.40 ATOM 1672 CA GLY 165 152.252 187.610 154.750 1.00 86.47 ATOM 1673 C GLY 165 150.741 187.526 154.821 1.00 87.86 ATOM 1674 O GLY 165 150.072 188.361 155.411 1.00 85.46 ATOM 1675 N LYS 166 150.242 186.462 154.178 1.00 87.69 ATOM 1677 CA LYS 166 148.803 186.247 154.193 1.00 87.62 ATOM 1678 CB LYS 166 148.355 185.723 152.827 1.00 86.21 ATOM 1679 CG LYS 166 148.607 186.772 151.741 1.00 83.43 ATOM 1680 CD LYS 166 148.348 186.292 150.313 1.00 80.16 ATOM 1681 CE LYS 166 148.612 187.412 149.298 1.00 75.27 ATOM 1682 NZ LYS 166 148.629 186.880 147.930 1.00 68.39 ATOM 1686 C LYS 166 148.376 185.338 155.326 1.00 88.29 ATOM 1687 O LYS 166 149.056 184.397 155.730 1.00 86.38 ATOM 1688 N TRP 167 147.205 185.699 155.862 1.00 89.13 ATOM 1690 CA TRP 167 146.621 184.926 156.951 1.00 89.74 ATOM 1691 CB TRP 167 145.664 185.819 157.751 1.00 88.90 ATOM 1692 CG TRP 167 144.993 185.070 158.886 1.00 89.15 ATOM 1693 CD2 TRP 167 145.489 184.851 160.222 1.00 87.58 ATOM 1694 CE2 TRP 167 144.495 184.088 160.924 1.00 86.96 ATOM 1695 CE3 TRP 167 146.678 185.236 160.879 1.00 86.61 ATOM 1696 CD1 TRP 167 143.739 184.437 158.852 1.00 85.94 ATOM 1697 NE1 TRP 167 143.439 183.856 160.044 1.00 85.70 ATOM 1699 CZ2 TRP 167 144.715 183.728 162.269 1.00 86.30 ATOM 1700 CZ3 TRP 167 146.882 184.867 162.225 1.00 84.41 ATOM 1701 CH2 TRP 167 145.907 184.118 162.917 1.00 83.97 ATOM 1702 C TRP 167 145.926 183.681 156.433 1.00 89.26 ATOM 1703 O TRP 167 145.028 183.728 155.601 1.00 86.34 ATOM 1704 N ILE 168 146.391 182.556 156.985 1.00 86.70 ATOM 1706 CA ILE 168 145.747 181.306 156.596 1.00 85.07 ATOM 1707 CB ILE 168 146.489 180.595 155.441 1.00 81.68 ATOM 1708 CG2 ILE 168 145.710 180.813 154.142 1.00 74.62 ATOM 1709 CG1 ILE 168 147.963 180.993 155.258 1.00 77.14 ATOM 1710 CD1 ILE 168 148.909 180.489 156.344 1.00 70.97 ATOM 1711 C ILE 168 145.414 180.350 157.733 1.00 83.82 ATOM 1712 O ILE 168 145.216 179.153 157.524 1.00 77.46 ATOM 1713 N SER 169 145.357 180.922 158.945 1.00 83.14 ATOM 1715 CA SER 169 144.719 180.132 159.998 1.00 81.99 ATOM 1716 CB SER 169 145.474 180.300 161.313 1.00 78.42 ATOM 1717 OG SER 169 146.776 179.734 161.159 1.00 73.58 ATOM 1719 C SER 169 143.242 180.477 160.094 1.00 81.06 ATOM 1720 O SER 169 142.739 181.149 159.205 1.00 74.89 ATOM 1721 N GLY 170 142.582 179.989 161.161 1.00 78.57 ATOM 1723 CA GLY 170 141.130 180.154 161.221 1.00 78.04 ATOM 1724 C GLY 170 140.665 181.565 161.524 1.00 80.46 ATOM 1725 O GLY 170 140.697 182.457 160.684 1.00 76.70 ATOM 1726 N LEU 171 140.208 181.730 162.776 1.00 82.59 ATOM 1728 CA LEU 171 139.743 183.068 163.134 1.00 82.25 ATOM 1729 CB LEU 171 139.016 183.070 164.480 1.00 79.24 ATOM 1730 CG LEU 171 137.706 182.281 164.470 1.00 75.04 ATOM 1731 CD1 LEU 171 137.075 182.230 165.863 1.00 69.07 ATOM 1732 CD2 LEU 171 136.722 182.804 163.420 1.00 68.20 ATOM 1733 C LEU 171 140.889 184.046 163.162 1.00 83.40 ATOM 1734 O LEU 171 142.011 183.688 163.501 1.00 81.05 ATOM 1735 N ALA 172 140.537 185.258 162.736 1.00 85.44 ATOM 1737 CA ALA 172 141.514 186.336 162.784 1.00 85.81 ATOM 1738 CB ALA 172 141.056 187.439 161.831 1.00 83.73 ATOM 1739 C ALA 172 141.588 186.835 164.218 1.00 86.67 ATOM 1740 O ALA 172 140.618 186.703 164.961 1.00 84.68 ATOM 1741 N PRO 173 142.775 187.354 164.611 1.00 87.96 ATOM 1742 CD PRO 173 143.994 187.492 163.820 1.00 86.36 ATOM 1743 CA PRO 173 142.915 187.863 165.980 1.00 88.24 ATOM 1744 CB PRO 173 144.417 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141.630 193.698 164.518 1.00 89.98 ATOM 1766 O GLY 175 141.917 194.650 163.801 1.00 87.27 ATOM 1767 N TYR 176 141.491 192.453 164.049 1.00 90.49 ATOM 1769 CA TYR 176 141.743 192.261 162.628 1.00 90.90 ATOM 1770 CB TYR 176 143.111 191.612 162.395 1.00 90.83 ATOM 1771 CG TYR 176 144.257 192.550 162.709 1.00 91.58 ATOM 1772 CD1 TYR 176 144.457 193.688 161.900 1.00 85.85 ATOM 1773 CE1 TYR 176 145.553 194.524 162.159 1.00 84.80 ATOM 1774 CD2 TYR 176 145.113 192.247 163.788 1.00 86.25 ATOM 1775 CE2 TYR 176 146.216 193.080 164.042 1.00 85.07 ATOM 1776 CZ TYR 176 146.431 194.201 163.214 1.00 89.65 ATOM 1777 OH TYR 176 147.532 195.010 163.439 1.00 88.61 ATOM 1779 C TYR 176 140.682 191.423 161.954 1.00 90.84 ATOM 1780 O TYR 176 140.307 190.347 162.407 1.00 89.03 ATOM 1781 N GLN 177 140.242 191.939 160.803 1.00 89.82 ATOM 1783 CA GLN 177 139.514 191.002 159.964 1.00 89.69 ATOM 1784 CB GLN 177 138.226 191.593 159.373 1.00 87.69 ATOM 1785 CG GLN 177 138.408 192.651 158.280 1.00 79.84 ATOM 1786 CD GLN 177 137.080 192.855 157.577 1.00 79.09 ATOM 1787 OE1 GLN 177 136.554 191.971 156.895 1.00 69.98 ATOM 1788 NE2 GLN 177 136.539 194.055 157.777 1.00 68.73 ATOM 1791 C GLN 177 140.383 190.413 158.875 1.00 90.01 ATOM 1792 O GLN 177 141.390 190.963 158.445 1.00 88.07 ATOM 1793 N LEU 178 139.915 189.254 158.411 1.00 88.66 ATOM 1795 CA LEU 178 140.524 188.743 157.195 1.00 88.38 ATOM 1796 CB LEU 178 140.323 187.225 157.128 1.00 86.36 ATOM 1797 CG LEU 178 141.000 186.522 155.946 1.00 83.56 ATOM 1798 CD1 LEU 178 142.513 186.722 155.936 1.00 75.15 ATOM 1799 CD2 LEU 178 140.645 185.037 155.899 1.00 76.14 ATOM 1800 C LEU 178 139.954 189.441 155.975 1.00 88.31 ATOM 1801 O LEU 178 138.765 189.356 155.684 1.00 86.15 ATOM 1802 N ASN 179 140.856 190.111 155.260 1.00 86.78 ATOM 1804 CA ASN 179 140.528 190.580 153.917 1.00 86.01 ATOM 1805 CB ASN 179 141.579 191.583 153.468 1.00 84.43 ATOM 1806 CG ASN 179 141.229 192.244 152.147 1.00 82.09 ATOM 1807 OD1 ASN 179 140.777 191.629 151.186 1.00 72.88 ATOM 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