####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS494_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS494_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.96 0.96 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.96 0.96 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.96 0.96 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 66 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 68 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 71 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 62 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 7 93 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 37 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 68 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 71 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 71 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 71 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 71 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 71 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 71 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 71 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 43 110 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 4 5 41 111 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 67 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 71 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 33 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 18 110 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 71 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 71 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 71 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 71 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 67 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 67 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 71 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 71 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 71 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 71 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 71 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 71 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 71 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 71 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 71 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 71 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 71 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 71 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 71 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 71 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 71 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 71 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 37 110 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 34 110 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 21 110 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 12 110 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 18 97 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 24 59 124 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 7 16 68 125 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 24 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 71 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 71 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 71 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 71 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 71 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 71 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 67 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 71 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 66 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 13 94 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 16 94 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 5 11 99 120 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 0 3 3 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 71 112 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 52.59 82.96 91.11 96.30 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.51 0.63 0.76 0.80 0.90 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 GDT RMS_ALL_AT 0.98 0.97 0.97 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 0.96 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: D 262 D 262 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 278 D 278 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.708 0 0.088 0.088 0.835 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.642 0 0.063 0.177 0.913 81.818 85.859 0.533 LGA W 167 W 167 0.467 0 0.046 0.130 0.711 95.455 85.714 0.580 LGA I 168 I 168 0.870 0 0.098 1.609 4.538 82.273 60.682 4.538 LGA S 169 S 169 1.326 0 0.168 0.520 4.586 66.818 49.394 4.586 LGA G 170 G 170 0.941 0 0.264 0.264 1.049 73.636 73.636 - LGA L 171 L 171 0.713 0 0.000 1.247 4.139 90.909 68.864 1.023 LGA A 172 A 172 0.372 0 0.059 0.061 0.596 95.455 96.364 - LGA P 173 P 173 0.226 0 0.054 0.093 0.519 100.000 97.403 0.519 LGA Y 174 Y 174 0.490 0 0.049 0.200 0.854 90.909 84.848 0.793 LGA G 175 G 175 0.320 0 0.080 0.080 0.456 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.174 0 0.102 0.127 0.629 95.455 98.485 0.271 LGA Q 177 Q 177 0.346 0 0.061 0.308 1.891 95.455 79.596 1.883 LGA L 178 L 178 0.397 0 0.048 0.093 0.671 100.000 97.727 0.671 LGA N 179 N 179 1.066 0 0.169 0.697 4.691 62.273 39.773 4.691 LGA K 180 K 180 3.903 0 0.329 1.312 10.473 19.545 8.687 9.929 LGA K 181 K 181 0.940 0 0.333 1.414 10.099 95.455 47.879 10.099 LGA T 182 T 182 0.543 0 0.068 1.096 3.513 82.273 67.273 3.513 LGA S 183 S 183 0.987 0 0.134 0.120 1.253 73.636 70.909 1.218 LGA K 184 K 184 1.129 0 0.120 0.984 3.575 69.545 59.596 3.575 LGA L 185 L 185 0.354 0 0.049 0.076 0.569 95.455 97.727 0.481 LGA D 186 D 186 0.211 0 0.057 0.401 1.488 100.000 95.682 0.441 LGA P 187 P 187 0.331 0 0.000 0.329 0.826 90.909 89.610 0.826 LGA V 188 V 188 0.652 0 0.000 0.024 0.738 81.818 81.818 0.738 LGA E 189 E 189 0.719 0 0.050 0.223 1.324 81.818 74.545 1.324 LGA D 190 D 190 0.842 0 0.085 0.616 2.908 86.364 69.318 2.908 LGA E 191 E 191 0.552 0 0.041 0.473 2.060 90.909 83.030 2.060 LGA A 192 A 192 0.360 0 0.000 0.024 0.474 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.318 0 0.021 0.602 1.803 100.000 88.687 1.382 LGA V 194 V 194 0.414 0 0.041 0.084 0.495 100.000 100.000 0.495 LGA V 195 V 195 0.243 0 0.000 0.063 0.545 100.000 97.403 0.106 LGA Q 196 Q 196 0.305 0 0.064 0.368 2.044 100.000 81.818 1.686 LGA L 197 L 197 0.225 0 0.029 0.164 0.719 100.000 95.455 0.719 LGA I 198 I 198 0.188 0 0.118 0.202 0.645 100.000 97.727 0.203 LGA F 199 F 199 0.259 0 0.066 0.115 0.520 95.455 98.347 0.305 LGA N 200 N 200 0.377 0 0.038 0.741 1.665 100.000 85.455 1.590 LGA I 201 I 201 0.123 0 0.052 0.093 0.279 100.000 100.000 0.145 LGA F 202 F 202 0.138 0 0.000 0.073 0.558 100.000 95.041 0.558 LGA L 203 L 203 0.455 0 0.057 0.130 1.069 95.455 86.591 0.932 LGA N 204 N 204 0.382 0 0.039 0.155 1.477 100.000 84.773 1.477 LGA G 205 G 205 0.509 0 0.039 0.039 0.637 86.364 86.364 - LGA L 206 L 206 0.574 0 0.000 0.082 0.949 81.818 90.909 0.122 LGA N 207 N 207 1.277 0 0.051 0.786 3.333 65.455 57.727 1.368 LGA G 208 G 208 1.234 0 0.072 0.072 1.307 65.455 65.455 - LGA K 209 K 209 1.309 0 0.060 0.642 4.165 65.455 48.889 4.165 LGA D 210 D 210 1.185 0 0.067 0.931 3.101 65.455 59.545 3.101 LGA Y 211 Y 211 1.669 0 0.183 0.578 2.057 58.182 55.909 1.972 LGA S 212 S 212 2.344 0 0.699 0.782 6.003 36.364 26.061 6.003 LGA Y 213 Y 213 3.010 0 0.149 1.468 15.178 36.364 12.273 15.178 LGA A 215 A 215 0.972 0 0.187 0.192 2.058 90.909 80.364 - LGA I 216 I 216 0.315 0 0.023 0.278 0.718 100.000 93.182 0.606 LGA A 217 A 217 0.324 0 0.045 0.070 0.412 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.609 0 0.058 0.179 1.654 90.909 82.727 1.654 LGA H 219 H 219 0.195 0 0.053 0.126 0.605 100.000 94.545 0.605 LGA L 220 L 220 0.324 0 0.035 0.127 0.673 100.000 95.455 0.673 LGA T 221 T 221 0.187 0 0.039 0.046 0.381 100.000 100.000 0.336 LGA N 222 N 222 0.417 0 0.040 0.054 0.724 90.909 95.455 0.480 LGA L 223 L 223 0.564 0 0.075 0.182 1.201 95.455 86.591 0.646 LGA Q 224 Q 224 0.579 0 0.106 0.417 3.120 77.727 68.081 1.768 LGA I 225 I 225 0.846 0 0.043 0.151 0.954 81.818 84.091 0.497 LGA P 226 P 226 0.851 0 0.107 0.132 1.114 77.727 79.481 0.831 LGA T 227 T 227 0.113 0 0.063 0.561 1.745 95.455 87.792 0.890 LGA P 228 P 228 0.729 0 0.000 0.082 0.852 81.818 81.818 0.852 LGA S 229 S 229 1.041 0 0.228 0.215 2.202 82.273 69.697 2.202 LGA G 230 G 230 0.513 0 0.133 0.133 1.400 82.273 82.273 - LGA K 231 K 231 0.709 0 0.106 0.701 3.418 70.000 62.626 3.418 LGA K 232 K 232 0.747 0 0.201 0.598 3.039 77.727 68.283 3.039 LGA R 233 R 233 0.423 0 0.095 1.345 7.309 95.455 51.570 7.309 LGA W 234 W 234 0.166 0 0.111 0.168 0.926 95.455 93.506 0.712 LGA N 235 N 235 0.690 0 0.045 0.710 2.302 81.818 74.318 2.302 LGA Q 236 Q 236 0.504 0 0.038 0.817 3.385 86.364 73.131 1.035 LGA Y 237 Y 237 0.646 0 0.057 0.433 1.482 86.364 79.242 1.173 LGA T 238 T 238 0.477 0 0.065 0.408 1.508 100.000 87.792 1.508 LGA I 239 I 239 0.187 0 0.031 0.121 0.524 100.000 97.727 0.524 LGA K 240 K 240 0.584 0 0.063 0.719 2.728 86.364 74.343 2.728 LGA A 241 A 241 0.533 0 0.000 0.000 0.807 90.909 89.091 - LGA I 242 I 242 0.462 0 0.041 0.134 0.939 95.455 88.636 0.939 LGA L 243 L 243 0.245 0 0.052 0.167 0.518 95.455 97.727 0.065 LGA Q 244 Q 244 0.177 0 0.209 0.598 3.119 91.364 69.495 2.710 LGA N 245 N 245 0.219 0 0.035 0.164 0.634 100.000 97.727 0.184 LGA E 246 E 246 0.269 0 0.000 0.395 1.543 100.000 90.505 1.543 LGA V 247 V 247 0.231 0 0.028 0.292 0.902 100.000 94.805 0.767 LGA Y 248 Y 248 0.322 0 0.019 0.132 0.589 100.000 96.970 0.466 LGA I 249 I 249 0.068 0 0.037 0.101 0.403 100.000 100.000 0.402 LGA G 250 G 250 0.234 0 0.063 0.063 0.292 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.187 0 0.085 0.130 0.382 100.000 100.000 0.382 LGA V 252 V 252 0.233 0 0.095 0.163 0.779 95.455 92.208 0.779 LGA K 253 K 253 0.495 0 0.012 0.269 0.792 90.909 85.859 0.726 LGA Y 254 Y 254 0.559 0 0.071 0.436 2.676 86.364 69.697 2.676 LGA K 255 K 255 0.726 0 0.071 0.635 1.947 81.818 78.384 1.947 LGA V 256 V 256 0.852 0 0.109 0.120 0.985 81.818 81.818 0.984 LGA R 257 R 257 1.150 0 0.083 1.285 5.547 61.818 52.727 3.298 LGA E 258 E 258 1.142 0 0.050 0.960 4.991 61.818 43.030 4.991 LGA K 259 K 259 1.796 0 0.034 0.730 5.959 50.909 31.717 5.959 LGA T 260 T 260 1.537 0 0.053 0.471 2.364 51.364 49.351 1.899 LGA K 261 K 261 2.053 0 0.090 0.923 7.044 41.364 26.061 7.044 LGA D 262 D 262 2.115 0 0.138 0.681 3.071 38.182 40.455 3.071 LGA G 263 G 263 2.001 0 0.165 0.165 2.341 44.545 44.545 - LGA K 264 K 264 1.600 0 0.034 0.412 2.891 50.909 50.101 2.891 LGA R 265 R 265 1.724 0 0.110 0.891 6.555 50.909 28.760 6.555 LGA T 266 T 266 1.204 0 0.000 0.308 1.419 65.455 72.727 1.321 LGA I 267 I 267 1.029 0 0.095 0.207 1.396 69.545 67.500 1.151 LGA R 268 R 268 0.372 0 0.017 0.991 2.853 95.455 76.198 1.946 LGA P 269 P 269 0.384 0 0.051 0.076 0.689 90.909 94.805 0.182 LGA E 270 E 270 0.762 0 0.020 1.517 4.857 81.818 53.333 4.857 LGA K 271 K 271 0.947 0 0.038 1.048 7.393 81.818 46.869 7.393 LGA E 272 E 272 0.669 0 0.075 0.664 1.698 86.364 80.606 1.298 LGA Q 273 Q 273 0.216 0 0.062 0.140 1.056 100.000 90.101 1.056 LGA I 274 I 274 0.103 0 0.059 0.076 0.246 100.000 100.000 0.194 LGA V 275 V 275 0.143 0 0.056 0.074 0.328 100.000 100.000 0.131 LGA V 276 V 276 0.230 0 0.000 0.009 0.532 100.000 97.403 0.445 LGA Q 277 Q 277 0.264 0 0.077 0.821 2.285 100.000 83.636 1.661 LGA D 278 D 278 0.179 0 0.081 0.637 1.982 95.455 83.182 1.804 LGA A 279 A 279 0.203 0 0.021 0.071 0.341 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.219 0 0.048 0.295 0.694 100.000 94.545 0.694 LGA A 281 A 281 0.160 0 0.000 0.000 0.263 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.092 0 0.011 0.031 0.343 100.000 100.000 0.319 LGA I 283 I 283 0.387 0 0.011 0.112 0.739 90.909 90.909 0.739 LGA I 284 I 284 0.370 0 0.036 0.090 0.497 100.000 100.000 0.450 LGA D 285 D 285 0.394 0 0.057 0.328 1.583 100.000 89.318 0.878 LGA K 286 K 286 0.281 0 0.032 0.372 2.665 90.909 78.586 2.665 LGA E 287 E 287 0.812 0 0.035 1.003 4.412 81.818 51.111 4.412 LGA Q 288 Q 288 0.597 0 0.022 0.532 2.113 90.909 70.707 2.113 LGA F 289 F 289 0.353 0 0.066 0.104 0.472 100.000 100.000 0.440 LGA Q 290 Q 290 0.523 0 0.014 0.836 2.303 95.455 76.364 2.303 LGA Q 291 Q 291 0.236 0 0.000 0.349 1.562 100.000 90.505 0.297 LGA S 292 S 292 0.137 0 0.054 0.088 0.252 100.000 100.000 0.126 LGA Q 293 Q 293 0.518 0 0.039 0.206 0.877 86.364 83.838 0.619 LGA V 294 V 294 0.675 0 0.025 0.121 0.780 81.818 81.818 0.676 LGA K 295 K 295 0.490 0 0.085 0.252 1.065 86.818 86.061 0.595 LGA I 296 I 296 0.670 0 0.035 0.192 1.369 78.182 89.091 0.050 LGA A 297 A 297 1.621 0 0.057 0.069 2.478 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 1.483 0 0.090 0.915 2.906 51.818 55.909 0.853 LGA K 299 K 299 3.654 0 0.412 1.092 14.857 38.636 17.172 14.857 LGA V 300 V 300 2.373 0 0.181 0.206 5.152 41.364 24.675 5.152 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.958 0.930 1.957 84.838 77.649 60.260 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.96 94.815 97.541 12.765 LGA_LOCAL RMSD: 0.958 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.958 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.958 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.048984 * X + 0.374077 * Y + -0.926103 * Z + 161.864212 Y_new = 0.989817 * X + 0.142254 * Y + 0.005106 * Z + 157.317047 Z_new = 0.133652 * X + -0.916423 * Y + -0.377236 * Z + 146.452515 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 1.620244 -0.134053 -1.961296 [DEG: 92.8331 -7.6807 -112.3740 ] ZXZ: -1.576310 1.957606 2.996773 [DEG: -90.3159 112.1626 171.7024 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS494_3-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS494_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.96 97.541 0.96 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS494_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 1670 N GLY 165 153.027 186.802 153.479 1.00 87.00 ATOM 1672 CA GLY 165 152.392 187.623 154.503 1.00 87.17 ATOM 1673 C GLY 165 150.883 187.566 154.452 1.00 88.56 ATOM 1674 O GLY 165 150.196 188.544 154.700 1.00 86.09 ATOM 1675 N LYS 166 150.397 186.373 154.092 1.00 88.39 ATOM 1677 CA LYS 166 148.952 186.186 154.036 1.00 88.22 ATOM 1678 CB LYS 166 148.573 185.537 152.703 1.00 86.61 ATOM 1679 CG LYS 166 149.037 186.349 151.488 1.00 83.65 ATOM 1680 CD LYS 166 149.100 185.504 150.214 1.00 80.44 ATOM 1681 CE LYS 166 149.670 186.262 149.013 1.00 75.40 ATOM 1682 NZ LYS 166 150.061 185.298 147.976 1.00 68.60 ATOM 1686 C LYS 166 148.460 185.349 155.203 1.00 88.99 ATOM 1687 O LYS 166 149.076 184.370 155.613 1.00 87.10 ATOM 1688 N TRP 167 147.313 185.785 155.739 1.00 89.31 ATOM 1690 CA TRP 167 146.683 185.016 156.809 1.00 89.92 ATOM 1691 CB TRP 167 145.746 185.913 157.627 1.00 89.10 ATOM 1692 CG TRP 167 145.088 185.174 158.777 1.00 89.25 ATOM 1693 CD2 TRP 167 145.622 184.918 160.093 1.00 87.83 ATOM 1694 CE2 TRP 167 144.612 184.213 160.833 1.00 87.19 ATOM 1695 CE3 TRP 167 146.821 185.306 160.731 1.00 86.84 ATOM 1696 CD1 TRP 167 143.824 184.556 158.772 1.00 86.16 ATOM 1697 NE1 TRP 167 143.544 183.975 159.971 1.00 86.01 ATOM 1699 CZ2 TRP 167 144.871 183.822 162.164 1.00 86.55 ATOM 1700 CZ3 TRP 167 147.059 184.918 162.067 1.00 84.70 ATOM 1701 CH2 TRP 167 146.079 184.201 162.787 1.00 84.27 ATOM 1702 C TRP 167 145.953 183.808 156.260 1.00 89.36 ATOM 1703 O TRP 167 145.003 183.905 155.493 1.00 86.34 ATOM 1704 N ILE 168 146.459 182.657 156.712 1.00 87.23 ATOM 1706 CA ILE 168 145.816 181.416 156.293 1.00 85.37 ATOM 1707 CB ILE 168 146.588 180.732 155.143 1.00 81.93 ATOM 1708 CG2 ILE 168 145.983 181.146 153.803 1.00 74.32 ATOM 1709 CG1 ILE 168 148.106 180.974 155.152 1.00 77.27 ATOM 1710 CD1 ILE 168 148.864 180.297 156.292 1.00 70.62 ATOM 1711 C ILE 168 145.509 180.448 157.424 1.00 84.24 ATOM 1712 O ILE 168 145.310 179.251 157.208 1.00 77.98 ATOM 1713 N SER 169 145.497 181.018 158.637 1.00 84.51 ATOM 1715 CA SER 169 144.971 180.250 159.761 1.00 83.19 ATOM 1716 CB SER 169 145.751 180.618 161.026 1.00 79.43 ATOM 1717 OG SER 169 145.549 179.640 162.058 1.00 74.34 ATOM 1719 C SER 169 143.475 180.508 159.878 1.00 82.56 ATOM 1720 O SER 169 142.900 181.104 158.976 1.00 76.30 ATOM 1721 N GLY 170 142.880 180.037 160.987 1.00 79.77 ATOM 1723 CA GLY 170 141.429 180.165 161.117 1.00 79.12 ATOM 1724 C GLY 170 140.939 181.567 161.432 1.00 81.66 ATOM 1725 O GLY 170 140.971 182.475 160.608 1.00 78.16 ATOM 1726 N LEU 171 140.455 181.703 162.678 1.00 82.99 ATOM 1728 CA LEU 171 139.952 183.022 163.060 1.00 82.65 ATOM 1729 CB LEU 171 139.243 182.983 164.416 1.00 79.82 ATOM 1730 CG LEU 171 137.949 182.167 164.418 1.00 75.57 ATOM 1731 CD1 LEU 171 137.353 182.069 165.822 1.00 69.29 ATOM 1732 CD2 LEU 171 136.928 182.696 163.406 1.00 68.46 ATOM 1733 C LEU 171 141.059 184.045 163.087 1.00 83.92 ATOM 1734 O LEU 171 142.196 183.735 163.422 1.00 81.67 ATOM 1735 N ALA 172 140.656 185.241 162.660 1.00 86.03 ATOM 1737 CA ALA 172 141.588 186.356 162.707 1.00 86.31 ATOM 1738 CB ALA 172 141.096 187.440 161.749 1.00 84.27 ATOM 1739 C ALA 172 141.646 186.868 164.136 1.00 87.37 ATOM 1740 O ALA 172 140.666 186.751 164.870 1.00 85.28 ATOM 1741 N PRO 173 142.840 187.371 164.532 1.00 88.76 ATOM 1742 CD PRO 173 144.073 187.426 163.757 1.00 87.07 ATOM 1743 CA PRO 173 142.995 187.907 165.889 1.00 88.91 ATOM 1744 CB PRO 173 144.463 188.349 165.913 1.00 87.35 ATOM 1745 CG PRO 173 145.156 187.541 164.818 1.00 84.06 ATOM 1746 C PRO 173 142.052 189.063 166.166 1.00 89.44 ATOM 1747 O PRO 173 141.535 189.694 165.253 1.00 87.77 ATOM 1748 N TYR 174 141.877 189.341 167.466 1.00 89.86 ATOM 1750 CA TYR 174 141.073 190.520 167.808 1.00 90.10 ATOM 1751 CB TYR 174 140.976 190.595 169.338 1.00 89.65 ATOM 1752 CG TYR 174 139.952 191.592 169.841 1.00 90.49 ATOM 1753 CD1 TYR 174 140.395 192.692 170.601 1.00 84.00 ATOM 1754 CE1 TYR 174 139.450 193.589 171.128 1.00 83.60 ATOM 1755 CD2 TYR 174 138.583 191.382 169.574 1.00 84.51 ATOM 1756 CE2 TYR 174 137.636 192.277 170.101 1.00 83.53 ATOM 1757 CZ TYR 174 138.080 193.366 170.877 1.00 87.93 ATOM 1758 OH TYR 174 137.145 194.233 171.408 1.00 86.92 ATOM 1760 C TYR 174 141.699 191.774 167.215 1.00 90.10 ATOM 1761 O TYR 174 142.915 191.917 167.244 1.00 88.12 ATOM 1762 N GLY 175 140.846 192.636 166.661 1.00 88.98 ATOM 1764 CA GLY 175 141.398 193.813 165.998 1.00 88.94 ATOM 1765 C GLY 175 141.611 193.665 164.501 1.00 90.48 ATOM 1766 O GLY 175 141.909 194.621 163.795 1.00 87.73 ATOM 1767 N TYR 176 141.482 192.422 164.021 1.00 90.89 ATOM 1769 CA TYR 176 141.742 192.238 162.600 1.00 91.32 ATOM 1770 CB TYR 176 143.112 191.588 162.367 1.00 91.21 ATOM 1771 CG TYR 176 144.262 192.521 162.684 1.00 91.97 ATOM 1772 CD1 TYR 176 144.506 193.626 161.844 1.00 86.53 ATOM 1773 CE1 TYR 176 145.604 194.460 162.111 1.00 85.42 ATOM 1774 CD2 TYR 176 145.080 192.243 163.799 1.00 86.79 ATOM 1775 CE2 TYR 176 146.182 193.074 164.064 1.00 85.57 ATOM 1776 CZ TYR 176 146.436 194.168 163.213 1.00 90.14 ATOM 1777 OH TYR 176 147.525 194.985 163.462 1.00 89.22 ATOM 1779 C TYR 176 140.684 191.398 161.923 1.00 91.23 ATOM 1780 O TYR 176 140.311 190.324 162.377 1.00 89.47 ATOM 1781 N GLN 177 140.243 191.907 160.767 1.00 90.21 ATOM 1783 CA GLN 177 139.517 190.971 159.923 1.00 89.89 ATOM 1784 CB GLN 177 138.230 191.563 159.328 1.00 87.93 ATOM 1785 CG GLN 177 138.418 192.621 158.234 1.00 80.17 ATOM 1786 CD GLN 177 137.097 192.827 157.518 1.00 79.45 ATOM 1787 OE1 GLN 177 136.582 191.950 156.819 1.00 70.47 ATOM 1788 NE2 GLN 177 136.549 194.022 157.729 1.00 69.22 ATOM 1791 C GLN 177 140.391 190.399 158.829 1.00 90.20 ATOM 1792 O GLN 177 141.364 190.989 158.374 1.00 88.39 ATOM 1793 N LEU 178 139.969 189.215 158.385 1.00 89.26 ATOM 1795 CA LEU 178 140.577 188.720 157.158 1.00 88.88 ATOM 1796 CB LEU 178 140.419 187.198 157.086 1.00 86.89 ATOM 1797 CG LEU 178 141.073 186.522 155.874 1.00 84.03 ATOM 1798 CD1 LEU 178 142.577 186.774 155.798 1.00 75.66 ATOM 1799 CD2 LEU 178 140.765 185.026 155.835 1.00 76.52 ATOM 1800 C LEU 178 139.973 189.408 155.951 1.00 88.81 ATOM 1801 O LEU 178 138.775 189.313 155.693 1.00 86.61 ATOM 1802 N ASN 179 140.855 190.091 155.222 1.00 87.28 ATOM 1804 CA ASN 179 140.511 190.585 153.894 1.00 86.41 ATOM 1805 CB ASN 179 141.505 191.663 153.486 1.00 84.84 ATOM 1806 CG ASN 179 141.168 192.304 152.151 1.00 82.61 ATOM 1807 OD1 ASN 179 140.817 191.656 151.163 1.00 73.33 ATOM 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