####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS489_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS489_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 46 117 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 52 117 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 64 117 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 64 117 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 64 117 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 15 117 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 64 117 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 65 117 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 65 117 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 65 117 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 65 117 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 65 117 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 65 117 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 65 117 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 49 117 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 5 44 111 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 47 112 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 60 117 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 27 111 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 27 117 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 64 117 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 65 117 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 65 117 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 65 117 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 61 117 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 62 117 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 62 117 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 65 117 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 65 117 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 65 117 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 65 117 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 65 117 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 65 117 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 65 117 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 61 117 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 65 117 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 65 117 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 55 117 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 55 117 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 60 117 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 37 108 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 30 85 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 36 100 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 5 8 92 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 126 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 65 117 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 48.15 86.67 95.56 97.04 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.34 0.56 0.69 0.74 0.77 0.87 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 GDT RMS_ALL_AT 1.01 0.96 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: E 246 E 246 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.819 0 0.025 0.025 0.908 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.778 0 0.021 0.167 2.194 81.818 68.283 2.194 LGA W 167 W 167 0.472 0 0.082 0.163 0.853 90.909 88.312 0.695 LGA I 168 I 168 0.468 0 0.196 0.200 1.706 83.182 72.500 1.091 LGA S 169 S 169 0.471 0 0.000 0.795 2.885 90.909 81.818 2.885 LGA G 170 G 170 0.971 0 0.026 0.026 0.971 86.364 86.364 - LGA L 171 L 171 0.541 0 0.018 1.353 4.094 81.818 66.364 1.176 LGA A 172 A 172 0.556 0 0.043 0.035 0.690 95.455 92.727 - LGA P 173 P 173 0.355 0 0.034 0.072 0.753 100.000 94.805 0.753 LGA Y 174 Y 174 0.310 0 0.000 0.132 0.578 100.000 93.939 0.578 LGA G 175 G 175 0.371 0 0.077 0.077 0.372 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.447 0 0.028 0.131 0.696 90.909 90.909 0.600 LGA Q 177 Q 177 0.688 0 0.036 0.478 1.627 81.818 76.566 1.048 LGA L 178 L 178 0.692 0 0.042 0.079 1.077 86.364 82.045 1.077 LGA N 179 N 179 0.907 0 0.161 0.636 4.372 70.000 43.182 4.372 LGA K 180 K 180 3.763 0 0.301 0.977 13.405 20.455 9.091 13.405 LGA K 181 K 181 1.296 0 0.353 0.975 7.947 82.273 41.616 7.947 LGA T 182 T 182 0.525 0 0.049 1.116 3.215 77.727 68.052 3.215 LGA S 183 S 183 1.185 0 0.174 0.155 1.442 69.545 68.182 1.442 LGA K 184 K 184 0.991 0 0.062 0.748 2.035 73.636 69.697 2.035 LGA L 185 L 185 0.578 0 0.036 0.043 0.716 81.818 90.909 0.402 LGA D 186 D 186 0.306 0 0.080 0.096 0.678 95.455 97.727 0.362 LGA P 187 P 187 0.466 0 0.000 0.187 1.348 86.818 89.870 0.456 LGA V 188 V 188 0.878 0 0.035 0.034 1.123 81.818 79.481 1.123 LGA E 189 E 189 0.866 0 0.044 0.557 2.628 81.818 73.939 2.628 LGA D 190 D 190 0.824 0 0.000 0.051 0.974 81.818 81.818 0.974 LGA E 191 E 191 0.688 0 0.058 0.118 1.174 90.909 84.040 1.174 LGA A 192 A 192 0.300 0 0.000 0.016 0.424 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.368 0 0.051 0.669 3.078 100.000 76.768 3.078 LGA V 194 V 194 0.486 0 0.032 0.051 0.512 100.000 94.805 0.512 LGA V 195 V 195 0.203 0 0.000 0.046 0.337 100.000 100.000 0.238 LGA Q 196 Q 196 0.249 0 0.040 0.283 1.533 100.000 86.869 1.533 LGA L 197 L 197 0.249 0 0.027 0.059 0.439 100.000 100.000 0.439 LGA I 198 I 198 0.380 0 0.079 0.125 0.568 100.000 97.727 0.396 LGA F 199 F 199 0.329 0 0.043 0.083 0.436 100.000 100.000 0.355 LGA N 200 N 200 0.316 0 0.034 0.671 1.607 100.000 89.545 1.607 LGA I 201 I 201 0.266 0 0.037 0.074 0.358 100.000 100.000 0.260 LGA F 202 F 202 0.399 0 0.000 0.104 0.735 95.455 91.736 0.735 LGA L 203 L 203 0.445 0 0.025 0.105 0.887 95.455 90.909 0.740 LGA N 204 N 204 0.349 0 0.049 0.090 1.004 90.909 86.591 0.692 LGA G 205 G 205 0.625 0 0.037 0.037 0.625 81.818 81.818 - LGA L 206 L 206 0.601 0 0.046 0.838 2.708 81.818 73.182 1.066 LGA N 207 N 207 1.285 0 0.079 0.229 1.469 65.455 65.455 1.319 LGA G 208 G 208 1.575 0 0.018 0.018 1.954 54.545 54.545 - LGA K 209 K 209 1.476 0 0.081 0.145 1.808 65.455 57.374 1.807 LGA D 210 D 210 1.481 0 0.098 0.293 1.539 65.455 65.682 0.721 LGA Y 211 Y 211 1.958 0 0.065 0.417 2.040 50.909 49.848 1.567 LGA S 212 S 212 2.361 0 0.706 0.790 5.785 31.364 22.727 5.785 LGA Y 213 Y 213 2.953 0 0.123 1.620 14.791 38.636 13.030 14.791 LGA A 215 A 215 1.091 0 0.170 0.179 2.097 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.402 0 0.017 0.171 0.630 100.000 97.727 0.310 LGA A 217 A 217 0.438 0 0.013 0.044 0.501 95.455 96.364 - LGA S 218 S 218 0.563 0 0.042 0.071 1.254 90.909 85.152 1.254 LGA H 219 H 219 0.290 0 0.048 0.062 0.596 100.000 94.545 0.596 LGA L 220 L 220 0.112 0 0.023 0.127 0.456 100.000 100.000 0.456 LGA T 221 T 221 0.167 0 0.022 0.044 0.313 100.000 100.000 0.265 LGA N 222 N 222 0.241 0 0.031 0.096 0.481 100.000 100.000 0.219 LGA L 223 L 223 0.521 0 0.032 0.074 1.012 95.455 86.591 0.847 LGA Q 224 Q 224 0.568 0 0.091 0.853 4.181 86.364 62.222 4.181 LGA I 225 I 225 0.558 0 0.050 0.122 0.558 90.909 95.455 0.490 LGA P 226 P 226 0.631 0 0.076 0.091 0.866 90.909 87.013 0.866 LGA T 227 T 227 0.240 0 0.062 0.184 0.714 100.000 97.403 0.285 LGA P 228 P 228 0.555 0 0.043 0.069 0.634 95.455 92.208 0.530 LGA S 229 S 229 0.645 0 0.057 0.136 1.407 90.909 82.424 1.407 LGA G 230 G 230 0.479 0 0.045 0.045 0.912 90.909 90.909 - LGA K 231 K 231 0.880 0 0.078 0.696 3.313 73.636 65.657 3.313 LGA K 232 K 232 0.943 0 0.123 0.899 4.290 77.727 54.747 4.290 LGA R 233 R 233 0.680 0 0.064 1.078 4.934 81.818 55.702 4.934 LGA W 234 W 234 0.362 0 0.053 0.084 0.541 100.000 97.403 0.304 LGA N 235 N 235 0.642 0 0.079 0.927 2.666 86.364 73.182 2.666 LGA Q 236 Q 236 0.618 0 0.048 0.800 3.138 86.364 74.949 0.547 LGA Y 237 Y 237 0.383 0 0.032 0.350 2.109 95.455 76.061 2.109 LGA T 238 T 238 0.168 0 0.019 0.228 0.730 100.000 94.805 0.730 LGA I 239 I 239 0.283 0 0.019 0.117 0.283 100.000 100.000 0.283 LGA K 240 K 240 0.399 0 0.063 0.673 4.372 100.000 75.758 4.372 LGA A 241 A 241 0.317 0 0.044 0.051 0.476 100.000 100.000 - LGA I 242 I 242 0.336 0 0.023 0.066 0.909 100.000 90.909 0.909 LGA L 243 L 243 0.235 0 0.032 0.144 0.467 100.000 100.000 0.348 LGA Q 244 Q 244 0.188 0 0.000 0.237 1.186 100.000 92.121 1.186 LGA N 245 N 245 0.590 0 0.052 0.087 0.642 81.818 81.818 0.642 LGA E 246 E 246 0.475 0 0.049 0.721 2.530 100.000 85.859 0.582 LGA V 247 V 247 0.256 0 0.018 0.853 2.062 100.000 84.156 1.859 LGA Y 248 Y 248 0.351 0 0.038 0.170 1.363 100.000 88.333 1.363 LGA I 249 I 249 0.390 0 0.088 0.110 0.840 100.000 90.909 0.808 LGA G 250 G 250 0.322 0 0.040 0.040 0.434 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.339 0 0.082 0.108 0.427 100.000 100.000 0.397 LGA V 252 V 252 0.309 0 0.027 0.118 0.627 95.455 94.805 0.601 LGA K 253 K 253 0.515 0 0.010 0.239 0.806 86.364 89.899 0.310 LGA Y 254 Y 254 0.857 0 0.037 0.320 3.132 81.818 60.000 3.132 LGA K 255 K 255 0.970 0 0.062 0.144 1.308 77.727 76.364 0.949 LGA V 256 V 256 1.043 0 0.062 0.098 1.104 69.545 67.792 1.027 LGA R 257 R 257 1.004 0 0.039 1.110 5.749 65.455 48.099 4.092 LGA E 258 E 258 1.103 0 0.096 1.089 5.523 65.909 40.808 5.523 LGA K 259 K 259 1.126 0 0.000 0.200 1.268 65.455 76.768 0.425 LGA T 260 T 260 0.964 0 0.037 0.213 1.586 81.818 75.065 0.977 LGA K 261 K 261 0.998 0 0.032 0.767 5.397 81.818 56.768 5.397 LGA D 262 D 262 0.883 0 0.045 0.994 3.548 81.818 59.545 3.174 LGA G 263 G 263 0.781 0 0.063 0.063 0.922 81.818 81.818 - LGA K 264 K 264 0.992 0 0.051 0.553 1.697 73.636 78.788 1.697 LGA R 265 R 265 1.101 0 0.056 1.032 3.403 65.455 62.645 3.403 LGA T 266 T 266 1.019 0 0.041 0.135 1.403 65.455 70.130 1.032 LGA I 267 I 267 0.878 0 0.016 0.090 1.004 77.727 79.773 0.842 LGA R 268 R 268 0.774 0 0.010 1.072 2.879 81.818 64.628 2.879 LGA P 269 P 269 0.771 0 0.030 0.069 1.021 81.818 79.481 1.021 LGA E 270 E 270 0.706 0 0.019 0.868 3.272 81.818 65.253 2.532 LGA K 271 K 271 0.633 0 0.041 0.749 5.105 81.818 54.141 5.105 LGA E 272 E 272 0.702 0 0.079 0.089 1.887 81.818 69.697 1.887 LGA Q 273 Q 273 0.927 0 0.035 0.053 1.144 81.818 76.364 0.978 LGA I 274 I 274 0.712 0 0.074 0.071 0.891 81.818 81.818 0.886 LGA V 275 V 275 0.398 0 0.027 0.042 0.500 95.455 97.403 0.414 LGA V 276 V 276 0.417 0 0.000 0.041 0.604 100.000 94.805 0.512 LGA Q 277 Q 277 0.478 0 0.041 0.674 3.739 95.455 68.889 3.739 LGA D 278 D 278 0.347 0 0.116 0.174 0.592 95.455 93.182 0.592 LGA A 279 A 279 0.384 0 0.036 0.063 0.486 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.195 0 0.049 0.203 0.400 100.000 100.000 0.262 LGA A 281 A 281 0.221 0 0.000 0.000 0.417 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.325 0 0.018 0.054 0.775 95.455 92.208 0.775 LGA I 283 I 283 0.408 0 0.060 0.121 0.862 90.909 90.909 0.751 LGA I 284 I 284 0.463 0 0.018 0.053 0.533 95.455 97.727 0.481 LGA D 285 D 285 0.715 0 0.061 0.205 1.181 81.818 79.773 1.181 LGA K 286 K 286 0.697 0 0.033 0.248 1.477 81.818 76.364 1.477 LGA E 287 E 287 0.772 0 0.048 0.286 0.960 81.818 81.818 0.788 LGA Q 288 Q 288 0.553 0 0.015 0.259 1.535 86.364 76.768 1.535 LGA F 289 F 289 0.540 0 0.040 0.155 1.038 81.818 80.331 0.966 LGA Q 290 Q 290 0.856 0 0.044 1.179 3.150 81.818 69.293 3.150 LGA Q 291 Q 291 0.609 0 0.000 0.183 1.104 81.818 80.000 1.104 LGA S 292 S 292 0.464 0 0.072 0.672 2.385 90.909 83.636 2.385 LGA Q 293 Q 293 0.787 0 0.034 0.308 1.553 77.727 72.929 1.434 LGA V 294 V 294 0.914 0 0.035 0.070 0.985 81.818 81.818 0.952 LGA K 295 K 295 0.574 0 0.043 0.143 0.936 81.818 83.838 0.662 LGA I 296 I 296 1.085 0 0.022 0.101 1.557 65.909 69.773 0.783 LGA A 297 A 297 1.680 0 0.064 0.078 2.270 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 1.284 0 0.092 0.537 2.675 49.091 63.864 1.681 LGA K 299 K 299 3.633 0 0.432 0.921 14.192 38.182 16.970 14.192 LGA V 300 V 300 2.539 0 0.098 0.111 4.668 30.000 18.442 4.668 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.926 0.894 1.832 84.872 78.733 62.093 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.93 95.926 98.216 13.162 LGA_LOCAL RMSD: 0.926 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.926 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.926 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.230710 * X + 0.972948 * Y + -0.012071 * Z + 174.356140 Y_new = -0.340096 * X + -0.092256 * Y + -0.935854 * Z + 125.068962 Z_new = -0.911651 * X + -0.211806 * Y + 0.352180 * Z + 132.971405 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.166855 1.147284 -0.541457 [DEG: -124.1516 65.7345 -31.0232 ] ZXZ: -0.012897 1.210897 -1.799078 [DEG: -0.7390 69.3793 -103.0796 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS489_5-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS489_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.93 98.216 0.93 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS489_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.836 186.901 153.504 1.00 88.69 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.225 187.664 154.579 1.00 88.69 C ATOM 1347 C GLY 165 150.721 187.481 154.642 1.00 88.69 C ATOM 1348 O GLY 165 150.021 188.277 155.275 1.00 88.69 O ATOM 1349 N LYS 166 150.145 186.559 153.913 1.00 88.56 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.713 186.312 153.938 1.00 88.56 C ATOM 1351 C LYS 166 148.314 185.526 155.196 1.00 88.56 C ATOM 1352 O LYS 166 149.135 184.814 155.769 1.00 88.56 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.284 185.534 152.690 1.00 88.56 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.487 186.294 151.389 1.00 88.56 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.010 185.489 150.193 1.00 88.56 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.224 186.238 148.884 1.00 88.56 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.781 185.445 147.704 1.00 88.56 N ATOM 1358 N TRP 167 147.164 185.817 155.646 1.00 91.56 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.627 185.066 156.782 1.00 91.56 C ATOM 1360 C TRP 167 145.938 183.797 156.324 1.00 91.56 C ATOM 1361 O TRP 167 144.830 183.842 155.774 1.00 91.56 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.651 185.935 157.574 1.00 91.56 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.254 185.358 158.896 1.00 91.56 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.101 184.686 159.187 1.00 91.56 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 146.006 185.407 160.111 1.00 91.56 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 144.102 184.303 160.519 1.00 91.56 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.253 184.740 161.097 1.00 91.56 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.255 185.943 160.463 1.00 91.56 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.706 184.588 162.414 1.00 91.56 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.697 185.802 161.780 1.00 91.56 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.923 185.136 162.733 1.00 91.56 C ATOM 1372 N ILE 168 146.480 182.692 156.524 1.00 84.19 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.087 181.439 155.894 1.00 84.19 C ATOM 1374 C ILE 168 145.195 180.647 156.852 1.00 84.19 C ATOM 1375 O ILE 168 144.241 179.991 156.426 1.00 84.19 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.302 180.601 155.475 1.00 84.19 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.185 181.382 154.492 1.00 84.19 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.867 179.259 154.863 1.00 84.19 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 147.510 181.667 153.160 1.00 84.19 C ATOM 1380 N SER 169 145.588 180.521 158.161 1.00 76.62 N ATOM 1381 CA SER 169 144.848 179.617 159.028 1.00 76.62 C ATOM 1382 C SER 169 144.437 180.322 160.315 1.00 76.62 C ATOM 1383 O SER 169 145.152 181.185 160.823 1.00 76.62 O ATOM 1384 CB SER 169 145.681 178.388 159.357 1.00 76.62 C ATOM 1385 OG SER 169 145.718 178.158 160.759 1.00 76.62 O ATOM 1386 N GLY 170 143.220 179.972 160.692 1.00 77.75 N ATOM 1387 CA 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