####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS489_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS489_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 54 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 64 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 42 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 45 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 5 8 114 123 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 20 109 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 65 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 45 115 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 45 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 64 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 64 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 58 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 64 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 64 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 65 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 65 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 65 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 65 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 65 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 70 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 64 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 64 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 65 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 42 110 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 28 88 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 42 105 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 5 46 93 125 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 52.59 88.15 95.56 97.04 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.34 0.56 0.67 0.73 0.76 0.85 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 GDT RMS_ALL_AT 0.96 0.95 0.92 0.92 0.92 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: E 246 E 246 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.736 0 0.000 0.000 0.823 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.711 0 0.015 0.164 2.020 81.818 73.333 2.020 LGA W 167 W 167 0.433 0 0.073 0.156 0.738 90.909 89.610 0.675 LGA I 168 I 168 0.415 0 0.217 0.221 1.729 83.182 74.318 1.085 LGA S 169 S 169 0.325 0 0.000 0.816 2.617 95.455 84.848 2.617 LGA G 170 G 170 0.763 0 0.021 0.021 0.763 90.909 90.909 - LGA L 171 L 171 0.460 0 0.026 1.355 4.238 95.455 73.182 1.269 LGA A 172 A 172 0.583 0 0.033 0.030 0.722 95.455 92.727 - LGA P 173 P 173 0.224 0 0.048 0.081 0.721 100.000 94.805 0.721 LGA Y 174 Y 174 0.258 0 0.000 0.132 0.609 100.000 95.455 0.609 LGA G 175 G 175 0.320 0 0.066 0.066 0.320 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.319 0 0.000 0.140 0.573 100.000 96.970 0.456 LGA Q 177 Q 177 0.611 0 0.037 0.419 1.509 86.364 80.404 0.861 LGA L 178 L 178 0.621 0 0.020 0.081 0.973 86.364 84.091 0.973 LGA N 179 N 179 0.953 0 0.165 0.608 4.333 70.000 43.182 4.333 LGA K 180 K 180 3.799 0 0.308 0.980 13.456 20.455 9.091 13.456 LGA K 181 K 181 1.362 0 0.359 0.979 7.941 82.273 41.616 7.941 LGA T 182 T 182 0.513 0 0.053 1.114 3.201 81.818 68.052 3.201 LGA S 183 S 183 1.136 0 0.190 0.168 1.360 73.636 70.909 1.360 LGA K 184 K 184 0.955 0 0.064 0.757 2.110 77.727 71.515 2.110 LGA L 185 L 185 0.557 0 0.030 0.051 0.703 81.818 88.636 0.472 LGA D 186 D 186 0.269 0 0.077 0.084 0.606 95.455 97.727 0.351 LGA P 187 P 187 0.483 0 0.000 0.227 1.409 86.818 89.870 0.444 LGA V 188 V 188 0.907 0 0.027 0.036 1.166 81.818 79.481 1.166 LGA E 189 E 189 0.913 0 0.051 0.561 2.627 81.818 73.939 2.627 LGA D 190 D 190 0.776 0 0.000 0.045 0.825 81.818 81.818 0.823 LGA E 191 E 191 0.669 0 0.065 0.119 1.116 90.909 84.040 1.116 LGA A 192 A 192 0.333 0 0.005 0.018 0.480 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.362 0 0.063 0.671 3.140 100.000 76.768 3.140 LGA V 194 V 194 0.484 0 0.036 0.055 0.532 100.000 97.403 0.532 LGA V 195 V 195 0.231 0 0.000 0.041 0.356 100.000 100.000 0.222 LGA Q 196 Q 196 0.244 0 0.036 0.276 1.494 100.000 88.485 1.494 LGA L 197 L 197 0.248 0 0.030 0.058 0.425 100.000 100.000 0.425 LGA I 198 I 198 0.409 0 0.085 0.130 0.575 100.000 97.727 0.410 LGA F 199 F 199 0.312 0 0.042 0.077 0.381 100.000 100.000 0.296 LGA N 200 N 200 0.330 0 0.046 0.678 1.547 95.455 87.273 1.547 LGA I 201 I 201 0.295 0 0.034 0.061 0.407 100.000 100.000 0.220 LGA F 202 F 202 0.432 0 0.009 0.091 0.646 95.455 91.736 0.646 LGA L 203 L 203 0.476 0 0.034 0.112 0.822 90.909 88.636 0.686 LGA N 204 N 204 0.436 0 0.045 0.085 0.915 90.909 86.364 0.579 LGA G 205 G 205 0.581 0 0.038 0.038 0.597 81.818 81.818 - LGA L 206 L 206 0.510 0 0.042 0.867 2.919 86.364 77.500 0.945 LGA N 207 N 207 1.191 0 0.067 0.241 1.396 69.545 67.500 1.165 LGA G 208 G 208 1.456 0 0.028 0.028 1.810 58.182 58.182 - LGA K 209 K 209 1.493 0 0.074 0.146 1.836 65.455 57.374 1.836 LGA D 210 D 210 1.564 0 0.087 0.271 1.581 58.182 62.045 0.797 LGA Y 211 Y 211 2.031 0 0.049 0.437 2.056 47.727 48.788 1.625 LGA S 212 S 212 2.455 0 0.700 0.784 5.917 31.364 22.727 5.917 LGA Y 213 Y 213 2.941 0 0.129 1.620 14.833 38.636 13.030 14.833 LGA A 215 A 215 1.113 0 0.170 0.180 2.123 82.273 73.455 - LGA I 216 I 216 0.324 0 0.031 0.179 0.563 100.000 97.727 0.283 LGA A 217 A 217 0.376 0 0.031 0.055 0.443 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.494 0 0.045 0.078 1.250 95.455 88.182 1.250 LGA H 219 H 219 0.183 0 0.049 0.071 0.561 100.000 96.364 0.554 LGA L 220 L 220 0.228 0 0.041 0.125 0.488 100.000 100.000 0.488 LGA T 221 T 221 0.266 0 0.000 0.036 0.379 100.000 100.000 0.338 LGA N 222 N 222 0.250 0 0.036 0.092 0.478 100.000 100.000 0.265 LGA L 223 L 223 0.505 0 0.035 0.067 0.935 95.455 88.636 0.771 LGA Q 224 Q 224 0.566 0 0.112 0.865 4.259 90.909 66.263 4.259 LGA I 225 I 225 0.587 0 0.061 0.117 0.587 81.818 90.909 0.389 LGA P 226 P 226 0.693 0 0.082 0.100 1.012 90.909 84.675 1.012 LGA T 227 T 227 0.208 0 0.058 0.179 0.633 100.000 97.403 0.284 LGA P 228 P 228 0.541 0 0.040 0.066 0.624 95.455 92.208 0.523 LGA S 229 S 229 0.580 0 0.055 0.401 2.243 95.455 83.636 2.243 LGA G 230 G 230 0.333 0 0.051 0.051 0.816 90.909 90.909 - LGA K 231 K 231 0.779 0 0.069 0.700 3.166 78.182 71.313 3.166 LGA K 232 K 232 0.973 0 0.119 0.901 4.180 77.727 55.758 4.180 LGA R 233 R 233 0.781 0 0.068 1.052 4.917 81.818 54.050 4.917 LGA W 234 W 234 0.336 0 0.026 0.074 0.447 100.000 100.000 0.225 LGA N 235 N 235 0.600 0 0.090 0.939 2.696 86.364 73.182 2.696 LGA Q 236 Q 236 0.566 0 0.049 0.763 3.150 86.364 74.949 0.667 LGA Y 237 Y 237 0.407 0 0.028 0.348 2.195 95.455 77.424 2.195 LGA T 238 T 238 0.176 0 0.018 0.261 0.837 100.000 94.805 0.837 LGA I 239 I 239 0.205 0 0.012 0.106 0.238 100.000 100.000 0.177 LGA K 240 K 240 0.367 0 0.064 0.663 4.317 100.000 75.758 4.317 LGA A 241 A 241 0.337 0 0.048 0.056 0.481 100.000 100.000 - LGA I 242 I 242 0.303 0 0.042 0.071 0.879 100.000 90.909 0.879 LGA L 243 L 243 0.228 0 0.047 0.144 0.410 100.000 100.000 0.309 LGA Q 244 Q 244 0.130 0 0.019 0.245 1.216 100.000 92.121 1.216 LGA N 245 N 245 0.531 0 0.052 0.088 0.594 81.818 84.091 0.594 LGA E 246 E 246 0.421 0 0.038 0.687 2.496 100.000 87.071 0.595 LGA V 247 V 247 0.272 0 0.032 0.846 2.091 100.000 84.156 1.837 LGA Y 248 Y 248 0.374 0 0.043 0.175 1.297 100.000 91.061 1.297 LGA I 249 I 249 0.405 0 0.086 0.116 0.856 100.000 90.909 0.815 LGA G 250 G 250 0.346 0 0.028 0.028 0.462 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.283 0 0.088 0.112 0.366 100.000 100.000 0.347 LGA V 252 V 252 0.292 0 0.030 0.123 0.647 95.455 94.805 0.631 LGA K 253 K 253 0.528 0 0.023 0.236 0.812 86.364 89.899 0.285 LGA Y 254 Y 254 0.877 0 0.022 0.328 3.143 81.818 60.000 3.143 LGA K 255 K 255 0.993 0 0.070 0.162 1.474 73.636 72.727 1.119 LGA V 256 V 256 1.085 0 0.058 0.087 1.176 69.545 67.792 1.070 LGA R 257 R 257 1.024 0 0.042 1.127 5.916 65.455 48.099 4.078 LGA E 258 E 258 1.120 0 0.104 1.074 5.381 65.909 41.414 5.381 LGA K 259 K 259 1.180 0 0.000 0.197 1.324 65.455 70.909 0.523 LGA T 260 T 260 1.054 0 0.017 0.213 1.726 73.636 68.052 1.030 LGA K 261 K 261 1.021 0 0.036 0.766 5.391 73.636 53.131 5.391 LGA D 262 D 262 0.911 0 0.050 0.975 3.595 81.818 59.545 3.222 LGA G 263 G 263 0.913 0 0.071 0.071 1.096 73.636 73.636 - LGA K 264 K 264 1.032 0 0.046 0.550 1.498 65.455 72.727 1.498 LGA R 265 R 265 1.146 0 0.051 1.030 3.560 65.455 59.174 3.560 LGA T 266 T 266 1.010 0 0.043 0.121 1.422 65.455 70.130 1.004 LGA I 267 I 267 0.846 0 0.000 0.085 0.972 81.818 81.818 0.844 LGA R 268 R 268 0.773 0 0.016 1.075 2.983 81.818 66.116 2.983 LGA P 269 P 269 0.745 0 0.046 0.081 1.026 81.818 79.481 1.026 LGA E 270 E 270 0.693 0 0.000 0.882 3.448 81.818 65.253 2.560 LGA K 271 K 271 0.598 0 0.044 0.713 3.043 81.818 65.051 2.723 LGA E 272 E 272 0.669 0 0.091 0.093 1.867 81.818 69.697 1.867 LGA Q 273 Q 273 0.856 0 0.023 0.066 1.113 81.818 80.000 0.886 LGA I 274 I 274 0.745 0 0.070 0.070 0.936 81.818 81.818 0.936 LGA V 275 V 275 0.406 0 0.011 0.041 0.517 95.455 97.403 0.405 LGA V 276 V 276 0.415 0 0.000 0.034 0.498 100.000 100.000 0.386 LGA Q 277 Q 277 0.532 0 0.034 0.684 3.913 90.909 66.869 3.913 LGA D 278 D 278 0.369 0 0.118 0.165 0.669 95.455 95.455 0.669 LGA A 279 A 279 0.322 0 0.040 0.067 0.434 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.178 0 0.050 0.207 0.444 100.000 100.000 0.248 LGA A 281 A 281 0.336 0 0.000 0.000 0.511 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.334 0 0.022 0.052 0.738 90.909 89.610 0.721 LGA I 283 I 283 0.396 0 0.058 0.109 0.798 90.909 90.909 0.707 LGA I 284 I 284 0.376 0 0.000 0.060 0.459 100.000 100.000 0.385 LGA D 285 D 285 0.590 0 0.055 0.121 0.910 86.364 84.091 0.729 LGA K 286 K 286 0.590 0 0.022 0.246 1.499 81.818 76.364 1.499 LGA E 287 E 287 0.639 0 0.017 0.283 0.827 81.818 81.818 0.733 LGA Q 288 Q 288 0.462 0 0.000 0.250 1.434 95.455 84.444 1.434 LGA F 289 F 289 0.472 0 0.038 0.151 0.989 86.364 83.471 0.927 LGA Q 290 Q 290 0.704 0 0.041 1.173 3.301 81.818 69.293 3.301 LGA Q 291 Q 291 0.474 0 0.000 0.193 1.069 95.455 88.081 1.069 LGA S 292 S 292 0.422 0 0.073 0.674 2.295 95.455 86.667 2.295 LGA Q 293 Q 293 0.697 0 0.030 0.342 1.607 81.818 74.747 1.496 LGA V 294 V 294 0.829 0 0.031 0.071 0.865 81.818 81.818 0.865 LGA K 295 K 295 0.505 0 0.051 0.143 0.883 81.818 87.879 0.587 LGA I 296 I 296 1.043 0 0.032 0.100 1.491 69.545 73.636 0.727 LGA A 297 A 297 1.556 0 0.076 0.092 2.214 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 1.190 0 0.099 0.544 2.687 49.091 66.136 1.605 LGA K 299 K 299 3.572 0 0.438 0.919 13.965 34.545 15.354 13.965 LGA V 300 V 300 2.427 0 0.084 0.096 4.505 32.727 21.299 4.505 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.912 0.881 1.817 85.323 79.392 62.689 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.91 96.296 98.333 13.339 LGA_LOCAL RMSD: 0.912 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.912 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.912 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.138620 * X + 0.986306 * Y + -0.089360 * Z + 171.584930 Y_new = -0.337669 * X + -0.131896 * Y + -0.931978 * Z + 127.130577 Z_new = -0.931002 * X + -0.099017 * Y + 0.351328 * Z + 129.106873 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.960339 1.197148 -0.274710 [DEG: -112.3192 68.5915 -15.7397 ] ZXZ: -0.095590 1.211807 -1.676753 [DEG: -5.4769 69.4314 -96.0709 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS489_4-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS489_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.91 98.333 0.91 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS489_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.932 186.922 153.503 1.00 88.06 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.314 187.672 154.582 1.00 88.06 C ATOM 1347 C GLY 165 150.803 187.513 154.640 1.00 88.06 C ATOM 1348 O GLY 165 150.113 188.294 155.280 1.00 88.06 O ATOM 1349 N LYS 166 150.253 186.514 153.910 1.00 87.62 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.814 186.257 153.912 1.00 87.62 C ATOM 1351 C LYS 166 148.397 185.491 155.164 1.00 87.62 C ATOM 1352 O LYS 166 149.207 184.746 155.741 1.00 87.62 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.397 185.489 152.660 1.00 87.62 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.610 186.261 151.363 1.00 87.62 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.152 185.453 150.151 1.00 87.62 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.395 186.206 148.852 1.00 87.62 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.966 185.404 147.661 1.00 87.62 N ATOM 1358 N TRP 167 147.239 185.794 155.618 1.00 90.62 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.673 185.049 156.736 1.00 90.62 C ATOM 1360 C TRP 167 145.969 183.786 156.251 1.00 90.62 C ATOM 1361 O TRP 167 144.902 183.847 155.653 1.00 90.62 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.685 185.925 157.515 1.00 90.62 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.252 185.352 158.825 1.00 90.62 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.107 184.660 159.093 1.00 90.62 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.983 185.409 160.063 1.00 90.62 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 144.069 184.282 160.409 1.00 90.62 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.204 184.735 161.029 1.00 90.62 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.203 185.984 160.448 1.00 90.62 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.621 184.617 162.366 1.00 90.62 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.609 185.852 161.759 1.00 90.62 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.826 185.174 162.711 1.00 90.62 C ATOM 1372 N ILE 168 146.512 182.688 156.394 1.00 81.94 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.119 181.448 155.738 1.00 81.94 C ATOM 1374 C ILE 168 145.192 180.642 156.651 1.00 81.94 C ATOM 1375 O ILE 168 144.202 180.075 156.196 1.00 81.94 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.351 180.593 155.349 1.00 81.94 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.284 181.382 154.425 1.00 81.94 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.919 179.288 154.690 1.00 81.94 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 147.672 181.730 153.075 1.00 81.94 C ATOM 1380 N SER 169 145.554 180.492 158.010 1.00 76.75 N ATOM 1381 CA SER 169 144.764 179.588 158.837 1.00 76.75 C ATOM 1382 C SER 169 144.359 180.227 160.145 1.00 76.75 C ATOM 1383 O SER 169 145.099 181.047 160.693 1.00 76.75 O ATOM 1384 CB SER 169 145.543 178.294 159.108 1.00 76.75 C ATOM 1385 OG SER 169 145.845 178.184 160.492 1.00 76.75 O ATOM 1386 N GLY 170 143.084 179.947 160.500 1.00 78.25 N ATOM 1387 CA 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