####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS489_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS489_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 51 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 68 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 70 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 68 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 68 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 41 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 70 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 70 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 45 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 7 112 125 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 52 109 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 53 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 25 116 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 25 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 68 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 68 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 68 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 67 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 65 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 60 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 69 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 66 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 66 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 66 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 38 114 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 22 97 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 41 104 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 3 49 101 126 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 71 119 129 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 52.59 88.15 95.56 97.04 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.32 0.54 0.67 0.72 0.75 0.85 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 GDT RMS_ALL_AT 0.98 0.94 0.92 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: E 246 E 246 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.718 0 0.000 0.000 0.794 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.653 0 0.018 0.166 1.978 86.364 76.768 1.978 LGA W 167 W 167 0.411 0 0.085 0.171 0.799 95.455 92.208 0.606 LGA I 168 I 168 0.438 0 0.195 0.203 1.659 83.182 74.318 1.034 LGA S 169 S 169 0.428 0 0.000 0.808 2.836 90.909 81.818 2.836 LGA G 170 G 170 0.838 0 0.022 0.022 0.838 90.909 90.909 - LGA L 171 L 171 0.453 0 0.036 1.333 4.095 95.455 73.182 1.232 LGA A 172 A 172 0.487 0 0.035 0.028 0.626 100.000 96.364 - LGA P 173 P 173 0.255 0 0.040 0.078 0.727 100.000 94.805 0.727 LGA Y 174 Y 174 0.301 0 0.000 0.137 0.551 100.000 93.939 0.551 LGA G 175 G 175 0.274 0 0.058 0.058 0.303 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.364 0 0.021 0.130 0.606 100.000 95.455 0.570 LGA Q 177 Q 177 0.621 0 0.044 0.435 1.425 81.818 80.000 0.981 LGA L 178 L 178 0.670 0 0.036 0.074 1.143 81.818 79.773 1.143 LGA N 179 N 179 0.953 0 0.173 0.624 4.322 70.000 45.000 4.322 LGA K 180 K 180 3.819 0 0.305 0.973 13.435 20.455 9.091 13.435 LGA K 181 K 181 1.396 0 0.360 0.983 7.912 82.273 40.606 7.912 LGA T 182 T 182 0.676 0 0.049 1.123 3.424 77.727 65.714 3.424 LGA S 183 S 183 1.087 0 0.187 0.168 1.322 73.636 70.909 1.322 LGA K 184 K 184 0.984 0 0.060 0.752 2.101 73.636 69.697 2.101 LGA L 185 L 185 0.627 0 0.036 0.047 0.768 81.818 86.364 0.481 LGA D 186 D 186 0.362 0 0.074 0.087 0.666 95.455 97.727 0.404 LGA P 187 P 187 0.493 0 0.000 0.174 1.385 86.818 89.870 0.469 LGA V 188 V 188 0.796 0 0.037 0.037 1.029 81.818 79.481 1.029 LGA E 189 E 189 0.768 0 0.039 0.543 2.467 81.818 75.152 2.467 LGA D 190 D 190 0.691 0 0.000 0.047 0.796 81.818 81.818 0.796 LGA E 191 E 191 0.572 0 0.064 0.117 1.012 90.909 84.040 1.012 LGA A 192 A 192 0.251 0 0.031 0.034 0.396 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.311 0 0.048 0.663 2.936 100.000 81.818 2.936 LGA V 194 V 194 0.373 0 0.030 0.052 0.379 100.000 100.000 0.379 LGA V 195 V 195 0.116 0 0.000 0.043 0.280 100.000 100.000 0.189 LGA Q 196 Q 196 0.203 0 0.042 0.276 1.358 100.000 88.485 1.358 LGA L 197 L 197 0.206 0 0.011 0.058 0.365 100.000 100.000 0.365 LGA I 198 I 198 0.318 0 0.071 0.123 0.516 100.000 97.727 0.353 LGA F 199 F 199 0.259 0 0.048 0.076 0.355 100.000 100.000 0.235 LGA N 200 N 200 0.291 0 0.041 0.704 1.574 100.000 89.545 1.574 LGA I 201 I 201 0.197 0 0.036 0.077 0.330 100.000 100.000 0.154 LGA F 202 F 202 0.357 0 0.000 0.101 0.504 95.455 98.347 0.480 LGA L 203 L 203 0.392 0 0.000 0.112 0.839 95.455 93.182 0.639 LGA N 204 N 204 0.377 0 0.042 0.084 0.823 90.909 90.909 0.491 LGA G 205 G 205 0.591 0 0.040 0.040 0.591 81.818 81.818 - LGA L 206 L 206 0.642 0 0.014 0.885 2.905 81.818 73.182 1.085 LGA N 207 N 207 1.372 0 0.081 0.242 1.605 58.182 61.818 1.354 LGA G 208 G 208 1.656 0 0.021 0.021 2.052 51.364 51.364 - LGA K 209 K 209 1.523 0 0.081 0.148 1.865 61.818 55.758 1.865 LGA D 210 D 210 1.523 0 0.072 0.313 1.547 58.182 62.045 0.667 LGA Y 211 Y 211 1.946 0 0.069 0.426 2.084 50.909 48.788 1.559 LGA S 212 S 212 2.277 0 0.700 0.789 5.725 34.545 24.848 5.725 LGA Y 213 Y 213 3.009 0 0.132 1.612 14.907 36.364 12.273 14.907 LGA A 215 A 215 1.143 0 0.177 0.185 2.174 77.727 69.818 - LGA I 216 I 216 0.408 0 0.000 0.165 0.600 100.000 97.727 0.351 LGA A 217 A 217 0.406 0 0.000 0.041 0.490 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.511 0 0.045 0.073 1.258 90.909 85.152 1.258 LGA H 219 H 219 0.186 0 0.042 0.061 0.537 100.000 98.182 0.537 LGA L 220 L 220 0.155 0 0.035 0.136 0.404 100.000 100.000 0.404 LGA T 221 T 221 0.246 0 0.022 0.035 0.382 100.000 100.000 0.331 LGA N 222 N 222 0.311 0 0.045 0.093 0.556 95.455 97.727 0.129 LGA L 223 L 223 0.506 0 0.033 0.073 0.929 90.909 86.364 0.748 LGA Q 224 Q 224 0.588 0 0.096 0.870 4.189 86.364 64.242 4.189 LGA I 225 I 225 0.610 0 0.071 0.127 0.610 81.818 90.909 0.472 LGA P 226 P 226 0.669 0 0.078 0.087 0.892 90.909 87.013 0.892 LGA T 227 T 227 0.278 0 0.058 0.167 0.740 100.000 94.805 0.396 LGA P 228 P 228 0.595 0 0.042 0.067 0.698 90.909 89.610 0.608 LGA S 229 S 229 0.636 0 0.060 0.141 1.438 90.909 85.152 1.438 LGA G 230 G 230 0.413 0 0.047 0.047 0.831 90.909 90.909 - LGA K 231 K 231 0.839 0 0.079 0.705 3.328 73.636 65.657 3.328 LGA K 232 K 232 0.993 0 0.132 0.903 4.205 77.727 54.747 4.205 LGA R 233 R 233 0.801 0 0.060 1.260 6.766 81.818 47.438 6.766 LGA W 234 W 234 0.439 0 0.049 0.088 0.513 95.455 98.701 0.324 LGA N 235 N 235 0.750 0 0.081 0.957 2.815 81.818 68.864 2.815 LGA Q 236 Q 236 0.698 0 0.049 0.831 3.071 81.818 74.747 0.578 LGA Y 237 Y 237 0.346 0 0.034 0.349 2.122 100.000 78.939 2.122 LGA T 238 T 238 0.182 0 0.000 0.233 0.704 100.000 94.805 0.704 LGA I 239 I 239 0.261 0 0.025 0.108 0.271 100.000 100.000 0.253 LGA K 240 K 240 0.345 0 0.065 0.667 4.287 100.000 75.758 4.287 LGA A 241 A 241 0.288 0 0.053 0.057 0.473 100.000 100.000 - LGA I 242 I 242 0.352 0 0.034 0.068 0.931 100.000 90.909 0.931 LGA L 243 L 243 0.222 0 0.047 0.136 0.336 100.000 100.000 0.239 LGA Q 244 Q 244 0.109 0 0.000 0.239 1.184 100.000 92.121 1.184 LGA N 245 N 245 0.481 0 0.042 0.095 0.548 90.909 88.636 0.548 LGA E 246 E 246 0.418 0 0.037 0.698 2.498 100.000 87.071 0.532 LGA V 247 V 247 0.323 0 0.029 0.094 0.364 100.000 100.000 0.174 LGA Y 248 Y 248 0.394 0 0.016 0.166 1.443 100.000 85.303 1.443 LGA I 249 I 249 0.312 0 0.104 0.129 0.741 100.000 95.455 0.708 LGA G 250 G 250 0.279 0 0.038 0.038 0.395 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.312 0 0.090 0.112 0.453 100.000 100.000 0.393 LGA V 252 V 252 0.360 0 0.000 0.126 0.715 95.455 92.208 0.715 LGA K 253 K 253 0.515 0 0.024 0.252 0.815 86.364 89.899 0.329 LGA Y 254 Y 254 0.820 0 0.038 0.321 3.066 81.818 61.212 3.066 LGA K 255 K 255 0.965 0 0.057 0.154 1.237 73.636 74.545 0.823 LGA V 256 V 256 1.062 0 0.049 0.071 1.081 69.545 67.792 1.062 LGA R 257 R 257 0.995 0 0.039 1.119 6.020 69.545 48.264 4.175 LGA E 258 E 258 1.024 0 0.099 0.863 4.310 65.909 51.313 4.310 LGA K 259 K 259 1.187 0 0.000 0.165 1.346 65.455 69.091 0.722 LGA T 260 T 260 1.043 0 0.021 0.162 1.538 65.455 65.714 0.951 LGA K 261 K 261 1.028 0 0.036 0.770 5.202 73.636 53.131 5.202 LGA D 262 D 262 1.006 0 0.052 0.988 3.664 77.727 57.500 3.385 LGA G 263 G 263 0.988 0 0.071 0.071 1.155 69.545 69.545 - LGA K 264 K 264 1.119 0 0.047 0.538 1.283 65.455 70.909 1.138 LGA R 265 R 265 1.116 0 0.047 1.033 3.618 65.455 59.174 3.618 LGA T 266 T 266 1.019 0 0.040 0.123 1.352 65.455 70.130 1.027 LGA I 267 I 267 0.819 0 0.010 0.085 0.964 81.818 81.818 0.798 LGA R 268 R 268 0.742 0 0.007 1.063 2.999 81.818 67.438 2.999 LGA P 269 P 269 0.674 0 0.028 0.061 0.936 81.818 81.818 0.936 LGA E 270 E 270 0.586 0 0.016 0.868 3.245 81.818 66.465 2.369 LGA K 271 K 271 0.447 0 0.052 0.752 5.421 95.455 58.788 5.421 LGA E 272 E 272 0.570 0 0.087 0.097 1.755 81.818 72.929 1.755 LGA Q 273 Q 273 0.823 0 0.033 0.052 1.094 81.818 80.000 0.901 LGA I 274 I 274 0.636 0 0.074 0.074 0.854 81.818 81.818 0.854 LGA V 275 V 275 0.282 0 0.009 0.048 0.435 100.000 100.000 0.408 LGA V 276 V 276 0.319 0 0.000 0.044 0.477 100.000 100.000 0.399 LGA Q 277 Q 277 0.368 0 0.035 0.675 3.642 100.000 70.909 3.642 LGA D 278 D 278 0.287 0 0.115 0.168 0.553 100.000 97.727 0.553 LGA A 279 A 279 0.362 0 0.033 0.062 0.473 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.214 0 0.049 0.219 0.462 100.000 100.000 0.254 LGA A 281 A 281 0.264 0 0.000 0.000 0.448 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.301 0 0.000 0.046 0.696 95.455 92.208 0.696 LGA I 283 I 283 0.399 0 0.048 0.108 0.801 90.909 90.909 0.722 LGA I 284 I 284 0.395 0 0.003 0.049 0.479 100.000 100.000 0.390 LGA D 285 D 285 0.645 0 0.059 0.209 1.153 81.818 79.773 1.153 LGA K 286 K 286 0.637 0 0.020 0.239 1.474 81.818 76.364 1.474 LGA E 287 E 287 0.603 0 0.026 0.299 0.819 81.818 83.838 0.819 LGA Q 288 Q 288 0.427 0 0.000 0.264 1.606 95.455 82.828 1.606 LGA F 289 F 289 0.411 0 0.037 0.146 0.922 100.000 88.430 0.866 LGA Q 290 Q 290 0.732 0 0.050 0.901 2.387 81.818 73.333 2.387 LGA Q 291 Q 291 0.501 0 0.031 0.178 0.948 90.909 87.879 0.948 LGA S 292 S 292 0.377 0 0.084 0.677 2.325 95.455 86.667 2.325 LGA Q 293 Q 293 0.678 0 0.038 0.272 1.241 81.818 78.182 1.206 LGA V 294 V 294 0.801 0 0.036 0.076 0.837 81.818 81.818 0.826 LGA K 295 K 295 0.449 0 0.044 0.156 0.819 90.909 91.919 0.776 LGA I 296 I 296 0.981 0 0.033 0.106 1.424 73.636 75.682 0.673 LGA A 297 A 297 1.528 0 0.075 0.091 2.163 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 1.211 0 0.109 0.535 2.789 49.091 66.136 1.557 LGA K 299 K 299 3.622 0 0.433 0.912 13.976 34.545 15.354 13.976 LGA V 300 V 300 2.342 0 0.093 0.106 4.337 32.727 21.818 4.337 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.909 0.877 1.826 85.205 79.556 64.156 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.91 96.296 98.333 13.379 LGA_LOCAL RMSD: 0.909 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.909 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.909 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.209787 * X + 0.976461 * Y + -0.050127 * Z + 172.756180 Y_new = -0.292421 * X + -0.111581 * Y + -0.949758 * Z + 126.802727 Z_new = -0.932995 * X + -0.184588 * Y + 0.308947 * Z + 130.297745 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.193113 1.202646 -0.538562 [DEG: -125.6561 68.9066 -30.8573 ] ZXZ: -0.052730 1.256711 -1.766119 [DEG: -3.0212 72.0042 -101.1912 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS489_3-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS489_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.91 98.333 0.91 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS489_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.935 187.044 153.609 1.00 88.75 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.305 187.786 154.678 1.00 88.75 C ATOM 1347 C GLY 165 150.787 187.623 154.718 1.00 88.75 C ATOM 1348 O GLY 165 150.087 188.416 155.360 1.00 88.75 O ATOM 1349 N LYS 166 150.276 186.609 154.010 1.00 88.81 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.837 186.349 154.024 1.00 88.81 C ATOM 1351 C LYS 166 148.433 185.567 155.267 1.00 88.81 C ATOM 1352 O LYS 166 149.252 184.819 155.838 1.00 88.81 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.423 185.584 152.772 1.00 88.81 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.652 186.349 151.471 1.00 88.81 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.180 185.556 150.260 1.00 88.81 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.425 186.312 148.962 1.00 88.81 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.988 185.531 147.774 1.00 88.81 N ATOM 1358 N TRP 167 147.276 185.855 155.734 1.00 91.44 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.724 185.103 156.860 1.00 91.44 C ATOM 1360 C TRP 167 146.018 183.834 156.362 1.00 91.44 C ATOM 1361 O TRP 167 144.917 183.913 155.822 1.00 91.44 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.758 185.963 157.656 1.00 91.44 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.321 185.369 158.961 1.00 91.44 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.147 184.722 159.229 1.00 91.44 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 146.074 185.348 160.180 1.00 91.44 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 144.115 184.306 160.536 1.00 91.44 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.283 184.676 161.144 1.00 91.44 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.333 185.834 160.551 1.00 91.44 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.731 184.472 162.457 1.00 91.44 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.770 185.640 161.868 1.00 91.44 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.967 184.962 162.802 1.00 91.44 C ATOM 1372 N ILE 168 146.567 182.654 156.560 1.00 83.06 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.141 181.436 155.900 1.00 83.06 C ATOM 1374 C ILE 168 145.257 180.614 156.834 1.00 83.06 C ATOM 1375 O ILE 168 144.288 179.996 156.404 1.00 83.06 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.361 180.591 155.435 1.00 83.06 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.235 181.409 154.471 1.00 83.06 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.901 179.283 154.786 1.00 83.06 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 147.546 181.747 153.153 1.00 83.06 C ATOM 1380 N SER 169 145.656 180.479 158.133 1.00 76.88 N ATOM 1381 CA SER 169 144.911 179.553 158.976 1.00 76.88 C ATOM 1382 C SER 169 144.443 180.234 160.256 1.00 76.88 C ATOM 1383 O SER 169 145.121 181.127 160.771 1.00 76.88 O ATOM 1384 CB SER 169 145.741 178.323 159.303 1.00 76.88 C ATOM 1385 OG SER 169 145.940 178.219 160.712 1.00 76.88 O ATOM 1386 N GLY 170 143.212 179.886 160.617 1.00 77.81 N ATOM 1387 CA GLY 170 142.675 180.346 161.883 1.00 77.81 C ATOM 1388 C GLY 170 141.792 181.566 161.734 1.00 77.81 C ATOM 1389 O GLY 170 141.660 182.124 160.647 1.00 77.81 O ATOM 1390 N LEU 171 141.231 181.896 162.835 1.00 87.25 N ATOM 1391 CA LEU 171 140.404 183.102 162.902 1.00 87.25 C ATOM 1392 C LEU 171 141.270 184.347 163.067 1.00 87.25 C ATOM 1393 O LEU 171 142.373 184.264 163.643 1.00 87.25 O ATOM 1394 CB LEU 171 139.407 183.010 164.066 1.00 87.25 C ATOM 1395 CG LEU 171 138.300 181.970 163.902 1.00 87.25 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 137.724 181.591 165.259 1.00 87.25 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 137.196 182.522 162.994 1.00 87.25 C ATOM 1398 N ALA 172 140.889 185.376 162.425 1.00 91.69 N ATOM 1399 CA ALA 172 141.598 186.640 162.572 1.00 91.69 C ATOM 1400 C ALA 172 141.691 187.051 164.041 1.00 91.69 C ATOM 1401 O ALA 172 140.728 186.908 164.800 1.00 91.69 O ATOM 1402 CB ALA 172 140.942 187.734 161.757 1.00 91.69 C ATOM 1403 N PRO 173 142.867 187.444 164.396 1.00 93.00 N ATOM 1404 CA PRO 173 143.004 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