####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS489_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS489_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.94 0.94 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 63 114 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 66 114 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 75 114 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 57 114 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 11 76 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 66 114 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 56 114 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 78 114 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 78 114 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 78 114 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 78 114 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 78 114 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 78 114 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 78 114 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 47 114 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 59 84 110 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 41 111 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 75 114 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 46 114 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 26 114 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 73 114 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 78 114 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 78 114 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 78 114 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 70 114 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 78 114 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 78 114 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 78 114 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 78 114 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 78 114 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 78 114 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 78 114 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 78 114 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 61 114 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 56 114 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 9 114 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 10 114 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 13 94 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 22 61 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 9 16 41 128 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 55 114 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 78 114 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 78 114 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 78 114 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 78 114 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 78 114 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 78 114 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 78 114 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 76 114 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 56 114 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 22 110 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 39 114 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 3 5 82 120 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 9 22 98 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 78 114 125 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 57.78 84.44 92.59 96.30 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.51 0.62 0.72 0.78 0.81 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 GDT RMS_ALL_AT 1.01 0.96 0.96 0.95 0.95 0.95 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 0.94 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.735 0 0.028 0.028 0.868 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.777 0 0.059 0.164 1.539 81.818 74.747 1.539 LGA W 167 W 167 0.576 0 0.040 0.103 0.769 81.818 88.312 0.450 LGA I 168 I 168 0.996 0 0.055 0.851 3.169 70.000 60.000 3.169 LGA S 169 S 169 1.492 0 0.145 0.224 4.063 66.818 50.000 4.063 LGA G 170 G 170 1.030 0 0.223 0.223 1.266 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 0.950 0 0.000 1.332 4.437 86.364 66.591 1.115 LGA A 172 A 172 0.511 0 0.045 0.053 0.654 90.909 89.091 - LGA P 173 P 173 0.325 0 0.000 0.066 0.755 100.000 92.208 0.755 LGA Y 174 Y 174 0.379 0 0.045 0.172 0.930 100.000 89.394 0.930 LGA G 175 G 175 0.241 0 0.062 0.062 0.241 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.212 0 0.024 0.150 0.377 100.000 100.000 0.142 LGA Q 177 Q 177 0.490 0 0.055 0.262 0.988 100.000 95.960 0.671 LGA L 178 L 178 0.428 0 0.076 0.101 0.848 90.909 90.909 0.848 LGA N 179 N 179 0.971 0 0.173 0.624 4.471 70.909 44.545 4.471 LGA K 180 K 180 3.976 0 0.286 0.967 13.739 20.455 9.091 13.739 LGA K 181 K 181 1.293 0 0.367 1.008 7.901 77.727 39.596 7.901 LGA T 182 T 182 0.598 0 0.058 1.111 3.411 77.727 65.714 3.411 LGA S 183 S 183 0.983 0 0.134 0.121 1.330 73.636 70.909 1.241 LGA K 184 K 184 1.039 0 0.058 0.820 2.540 69.545 66.667 2.540 LGA L 185 L 185 0.545 0 0.065 0.073 0.630 86.364 86.364 0.507 LGA D 186 D 186 0.083 0 0.061 0.097 0.561 100.000 97.727 0.489 LGA P 187 P 187 0.517 0 0.000 0.358 1.231 82.273 84.675 0.579 LGA V 188 V 188 0.761 0 0.000 0.028 0.877 81.818 81.818 0.877 LGA E 189 E 189 0.797 0 0.000 0.312 1.749 81.818 76.566 1.749 LGA D 190 D 190 0.764 0 0.020 0.053 0.987 81.818 81.818 0.987 LGA E 191 E 191 0.532 0 0.028 0.060 0.813 90.909 85.859 0.813 LGA A 192 A 192 0.309 0 0.000 0.000 0.405 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.348 0 0.030 0.660 2.961 100.000 79.798 2.734 LGA V 194 V 194 0.332 0 0.032 0.049 0.416 100.000 100.000 0.410 LGA V 195 V 195 0.064 0 0.000 0.000 0.176 100.000 100.000 0.063 LGA Q 196 Q 196 0.214 0 0.024 0.265 1.402 100.000 90.303 1.172 LGA L 197 L 197 0.235 0 0.015 0.042 0.433 100.000 100.000 0.416 LGA I 198 I 198 0.198 0 0.088 0.098 0.395 100.000 100.000 0.308 LGA F 199 F 199 0.243 0 0.043 0.077 0.382 100.000 100.000 0.150 LGA N 200 N 200 0.267 0 0.042 0.776 2.580 100.000 88.636 2.580 LGA I 201 I 201 0.077 0 0.033 0.051 0.169 100.000 100.000 0.024 LGA F 202 F 202 0.122 0 0.000 0.036 0.515 100.000 98.347 0.515 LGA L 203 L 203 0.334 0 0.000 0.056 0.734 100.000 93.182 0.707 LGA N 204 N 204 0.208 0 0.033 0.094 1.071 100.000 91.136 0.808 LGA G 205 G 205 0.268 0 0.047 0.047 0.313 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.370 0 0.000 0.087 0.681 90.909 95.455 0.136 LGA N 207 N 207 0.898 0 0.049 0.260 1.664 81.818 73.864 1.173 LGA G 208 G 208 1.018 0 0.000 0.000 1.312 69.545 69.545 - LGA K 209 K 209 1.142 0 0.049 0.388 2.450 69.545 62.626 2.450 LGA D 210 D 210 1.092 0 0.099 0.560 1.257 69.545 71.591 1.257 LGA Y 211 Y 211 1.622 0 0.126 0.411 1.927 58.182 58.182 1.407 LGA S 212 S 212 2.223 0 0.690 0.753 5.954 39.545 28.182 5.954 LGA Y 213 Y 213 2.910 0 0.159 1.623 14.808 38.636 13.030 14.808 LGA A 215 A 215 0.850 0 0.209 0.225 1.895 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.333 0 0.015 0.185 0.524 100.000 95.455 0.524 LGA A 217 A 217 0.174 0 0.034 0.048 0.302 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.384 0 0.049 0.098 1.162 100.000 91.212 1.162 LGA H 219 H 219 0.162 0 0.024 0.038 0.332 100.000 100.000 0.332 LGA L 220 L 220 0.185 0 0.028 0.091 0.375 100.000 100.000 0.375 LGA T 221 T 221 0.209 0 0.021 0.038 0.372 100.000 100.000 0.248 LGA N 222 N 222 0.324 0 0.034 0.033 0.522 95.455 97.727 0.306 LGA L 223 L 223 0.497 0 0.041 0.051 0.837 100.000 90.909 0.718 LGA Q 224 Q 224 0.542 0 0.029 0.811 4.280 81.818 60.404 4.280 LGA I 225 I 225 0.580 0 0.056 0.138 0.635 81.818 88.636 0.239 LGA P 226 P 226 0.733 0 0.067 0.071 0.897 81.818 81.818 0.882 LGA T 227 T 227 0.241 0 0.035 0.155 0.483 100.000 100.000 0.322 LGA P 228 P 228 0.795 0 0.085 0.088 0.954 81.818 81.818 0.954 LGA S 229 S 229 0.719 0 0.120 0.117 0.939 90.909 87.879 0.900 LGA G 230 G 230 0.509 0 0.073 0.073 0.877 90.909 90.909 - LGA K 231 K 231 0.606 0 0.108 0.687 2.958 82.273 75.960 2.958 LGA K 232 K 232 0.663 0 0.160 0.857 3.850 77.727 60.000 3.850 LGA R 233 R 233 0.370 0 0.032 1.353 8.066 100.000 51.901 8.066 LGA W 234 W 234 0.164 0 0.060 0.112 0.514 100.000 97.403 0.298 LGA N 235 N 235 0.539 0 0.018 0.823 2.234 86.364 76.591 2.234 LGA Q 236 Q 236 0.354 0 0.030 0.860 3.632 95.455 80.202 0.536 LGA Y 237 Y 237 0.679 0 0.041 0.385 1.848 86.364 74.091 1.848 LGA T 238 T 238 0.517 0 0.023 0.288 1.046 95.455 87.273 1.046 LGA I 239 I 239 0.329 0 0.015 0.085 0.448 100.000 100.000 0.359 LGA K 240 K 240 0.501 0 0.064 0.595 4.093 90.909 67.677 4.093 LGA A 241 A 241 0.507 0 0.060 0.063 0.595 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.285 0 0.051 0.066 0.877 100.000 90.909 0.877 LGA L 243 L 243 0.212 0 0.022 0.126 0.603 95.455 97.727 0.213 LGA Q 244 Q 244 0.364 0 0.012 0.303 1.315 95.455 88.283 1.315 LGA N 245 N 245 0.461 0 0.011 0.099 0.751 95.455 88.636 0.751 LGA E 246 E 246 0.432 0 0.000 0.643 1.969 100.000 88.687 1.443 LGA V 247 V 247 0.284 0 0.015 0.057 0.332 100.000 100.000 0.174 LGA Y 248 Y 248 0.335 0 0.000 0.101 1.018 100.000 91.061 1.018 LGA I 249 I 249 0.306 0 0.069 0.090 0.490 100.000 100.000 0.449 LGA G 250 G 250 0.227 0 0.040 0.040 0.282 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.243 0 0.044 0.044 0.397 100.000 100.000 0.350 LGA V 252 V 252 0.289 0 0.049 0.118 0.655 100.000 97.403 0.655 LGA K 253 K 253 0.376 0 0.016 0.154 0.525 100.000 95.960 0.470 LGA Y 254 Y 254 0.588 0 0.048 0.361 2.533 90.909 73.788 2.533 LGA K 255 K 255 0.817 0 0.067 0.140 1.011 81.818 80.000 1.011 LGA V 256 V 256 0.822 0 0.081 0.096 0.932 81.818 81.818 0.925 LGA R 257 R 257 1.156 0 0.100 1.082 6.252 65.455 42.975 4.022 LGA E 258 E 258 1.113 0 0.055 0.968 4.654 61.818 44.848 4.654 LGA K 259 K 259 1.660 0 0.017 0.128 2.776 54.545 44.242 2.776 LGA T 260 T 260 1.546 0 0.022 0.112 1.949 54.545 57.143 1.460 LGA K 261 K 261 2.239 0 0.019 1.038 8.474 41.364 25.657 8.474 LGA D 262 D 262 2.034 0 0.067 0.633 3.065 44.545 37.727 3.065 LGA G 263 G 263 2.070 0 0.105 0.105 2.293 44.545 44.545 - LGA K 264 K 264 1.516 0 0.002 0.461 1.630 58.182 62.424 0.516 LGA R 265 R 265 1.454 0 0.092 0.992 3.334 61.818 56.033 3.334 LGA T 266 T 266 1.099 0 0.000 0.112 1.232 65.455 70.130 1.062 LGA I 267 I 267 0.887 0 0.032 0.083 1.031 77.727 79.773 0.970 LGA R 268 R 268 0.539 0 0.000 0.966 2.449 90.909 74.215 2.449 LGA P 269 P 269 0.323 0 0.000 0.008 0.399 100.000 100.000 0.396 LGA E 270 E 270 0.294 0 0.000 0.845 3.135 100.000 76.566 2.182 LGA K 271 K 271 0.259 0 0.043 0.644 3.653 100.000 68.687 3.207 LGA E 272 E 272 0.278 0 0.055 0.110 1.621 100.000 82.828 1.621 LGA Q 273 Q 273 0.292 0 0.021 0.065 0.709 100.000 93.939 0.615 LGA I 274 I 274 0.266 0 0.057 0.073 0.467 100.000 100.000 0.467 LGA V 275 V 275 0.056 0 0.016 0.020 0.325 100.000 100.000 0.325 LGA V 276 V 276 0.265 0 0.000 0.043 0.558 100.000 97.403 0.480 LGA Q 277 Q 277 0.195 0 0.046 0.644 3.228 100.000 75.960 3.228 LGA D 278 D 278 0.146 0 0.038 0.181 0.577 100.000 97.727 0.577 LGA A 279 A 279 0.291 0 0.015 0.046 0.334 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.187 0 0.042 0.267 0.695 100.000 92.727 0.692 LGA A 281 A 281 0.240 0 0.000 0.000 0.342 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.288 0 0.009 0.026 0.484 100.000 100.000 0.484 LGA I 283 I 283 0.449 0 0.039 0.083 0.710 90.909 90.909 0.571 LGA I 284 I 284 0.461 0 0.000 0.065 0.516 90.909 95.455 0.320 LGA D 285 D 285 0.718 0 0.012 0.940 2.934 81.818 69.091 2.934 LGA K 286 K 286 0.709 0 0.012 0.279 1.188 81.818 80.000 1.188 LGA E 287 E 287 0.694 0 0.042 0.228 1.045 81.818 82.020 0.244 LGA Q 288 Q 288 0.513 0 0.000 0.154 1.175 90.909 84.040 0.977 LGA F 289 F 289 0.476 0 0.025 0.101 0.701 95.455 86.777 0.682 LGA Q 290 Q 290 0.622 0 0.000 1.156 3.373 81.818 71.111 3.373 LGA Q 291 Q 291 0.369 0 0.000 0.223 0.916 100.000 91.919 0.916 LGA S 292 S 292 0.195 0 0.057 0.054 0.365 100.000 100.000 0.173 LGA Q 293 Q 293 0.549 0 0.038 0.240 1.011 86.364 82.020 1.011 LGA V 294 V 294 0.664 0 0.019 0.050 0.789 81.818 81.818 0.623 LGA K 295 K 295 0.453 0 0.056 0.180 1.001 86.818 90.101 0.536 LGA I 296 I 296 0.855 0 0.015 0.068 1.396 73.636 77.955 0.587 LGA A 297 A 297 1.411 0 0.136 0.163 2.262 55.000 57.091 - LGA N 298 N 298 1.095 0 0.097 0.437 2.979 53.182 63.636 1.512 LGA K 299 K 299 3.911 0 0.340 1.013 14.024 25.909 11.515 14.024 LGA V 300 V 300 2.417 0 0.051 0.054 3.956 30.455 23.117 3.542 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.943 0.917 1.864 85.778 79.985 64.752 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.94 95.185 97.723 12.944 LGA_LOCAL RMSD: 0.943 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.943 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.943 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.520879 * X + 0.828931 * Y + -0.203859 * Z + 156.240738 Y_new = -0.663230 * X + -0.543336 * Y + -0.514696 * Z + 152.845001 Z_new = -0.537411 * X + -0.132888 * Y + 0.832784 * Z + 140.069611 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.236550 0.567364 -0.158237 [DEG: -128.1449 32.5076 -9.0663 ] ZXZ: -0.377120 0.586678 -1.813209 [DEG: -21.6074 33.6142 -103.8892 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS489_2-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS489_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.94 97.723 0.94 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS489_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.986 186.910 153.784 1.00 85.03 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.251 187.648 154.820 1.00 85.15 C ATOM 1347 C GLY 165 150.732 187.464 154.777 1.00 86.65 C ATOM 1348 O GLY 165 150.001 188.225 155.408 1.00 84.11 O ATOM 1349 N LYS 166 150.230 186.468 154.042 1.00 85.77 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.801 186.152 153.976 1.00 85.71 C ATOM 1351 C LYS 166 148.375 185.375 155.228 1.00 86.47 C ATOM 1352 O LYS 166 149.086 184.493 155.703 1.00 84.55 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.461 185.395 152.675 1.00 84.42 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.714 186.242 151.403 1.00 81.39 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.380 185.508 150.092 1.00 78.66 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.639 186.441 148.893 1.00 73.36 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.425 185.821 147.554 1.00 66.91 N ATOM 1358 N TRP 167 147.188 185.683 155.745 1.00 86.80 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.611 184.970 156.887 1.00 87.20 C ATOM 1360 C TRP 167 145.879 183.713 156.415 1.00 86.66 C ATOM 1361 O TRP 167 144.914 183.793 155.663 1.00 83.95 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.685 185.902 157.659 1.00 86.62 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.199 185.307 158.939 1.00 86.81 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.049 184.622 159.103 1.00 83.57 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.873 185.304 160.237 1.00 85.25 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 143.957 184.196 160.423 1.00 83.39 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.052 184.592 161.144 1.00 84.54 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.081 185.840 160.713 1.00 84.26 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.427 184.405 162.492 1.00 83.93 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.454 185.657 162.054 1.00 82.28 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.634 184.940 162.931 1.00 81.72 C ATOM 1372 N ILE 168 146.328 182.558 156.873 1.00 83.94 N ATOM 1373 CA ILE 168 145.859 181.242 156.407 1.00 82.26 C ATOM 1374 C ILE 168 145.270 180.404 157.549 1.00 81.12 C ATOM 1375 O ILE 168 144.662 179.360 157.327 1.00 75.50 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.009 180.487 155.705 1.00 78.92 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 147.840 181.411 154.781 1.00 74.46 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.462 179.321 154.869 1.00 71.78 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.158 180.768 154.364 1.00 68.04 C ATOM 1380 N SER 169 145.441 180.852 158.774 1.00 80.60 N ATOM 1381 CA SER 169 144.884 180.205 159.961 1.00 79.09 C ATOM 1382 C SER 169 143.382 180.494 160.110 1.00 77.97 C ATOM 1383 O SER 169 142.771 181.087 159.227 1.00 71.93 O ATOM 1384 CB SER 169 145.703 180.611 161.184 1.00 75.75 C ATOM 1385 OG SER 169 146.979 180.028 161.112 1.00 70.85 O ATOM 1386 N GLY 170 142.777 180.030 161.205 1.00 75.89 N ATOM 1387 CA GLY 170 141.336 180.139 161.432 1.00 75.30 C ATOM 1388 C GLY 170 140.823 181.567 161.618 1.00 77.85 C ATOM 1389 O GLY 170 140.937 182.405 160.730 1.00 74.53 O ATOM 1390 N LEU 171 140.240 181.843 162.789 1.00 79.59 N ATOM 1391 CA LEU 171 139.731 183.172 163.116 1.00 79.15 C ATOM 1392 C LEU 171 140.864 184.199 163.101 1.00 80.53 C ATOM 1393 O LEU 171 141.950 183.934 163.621 1.00 78.45 O ATOM 1394 CB LEU 171 139.043 183.138 164.491 1.00 76.16 C ATOM 1395 CG LEU 171 137.700 182.391 164.487 1.00 71.86 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 137.292 182.012 165.907 1.00 66.92 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 136.583 183.249 163.883 1.00 65.45 C ATOM 1398 N ALA 172 140.573 185.368 162.532 1.00 83.10 N ATOM 1399 CA ALA 172 141.463 186.513 162.631 1.00 83.54 C ATOM 1400 C ALA 172 141.667 186.908 164.111 1.00 84.56 C ATOM 1401 O ALA 172 140.749 186.726 164.919 1.00 82.74 O ATOM 1402 CB ALA 172 140.880 187.661 161.804 1.00 81.52 C ATOM 1403 N PRO 173 142.838 187.431 164.483 1.00 85.95 N ATOM 1404 CA PRO 173 143.057 187.985 165.812 1.00 86.21 C ATOM 1405 C PRO 173 142.084 189.132 166.098 1.00 86.90 C ATOM 1406 O PRO 173 141.659 189.836 165.181 1.00 85.53 O ATOM 1407 CB PRO 173 144.507 188.473 165.826 1.00 84.58 C ATOM 1408 CG PRO 173 145.158 187.745 164.659 1.00 81.12 C ATOM 1409 CD PRO 173 144.024 187.567 163.666 1.00 84.30 C ATOM 1410 N TYR 174 141.758 189.346 167.366 1.00 88.37 N ATOM 1411 CA TYR 174 140.951 190.489 167.775 1.00 88.80 C ATOM 1412 C TYR 174 141.621 191.800 167.357 1.00 88.81 C ATOM 1413 O TYR 174 142.833 191.925 167.480 1.00 86.69 O ATOM 1414 CB TYR 174 140.738 190.427 169.287 1.00 88.49 C ATOM 1415 CG TYR 174 139.788 191.476 169.805 1.00 89.37 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 140.257 192.558 170.568 1.00 82.55 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 138.413 191.378 169.509 1.00 83.12 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 139.361 193.527 171.047 1.00 81.74 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 137.514 192.344 169.978 1.00 82.21 C ATOM 1420 CZ TYR 174 137.991 193.417 170.751 1.00 86.84 C ATOM 1421 OH TYR 174 137.109 194.359 171.210 1.00 85.79 O ATOM 1422 N GLY 175 140.853 192.723 166.838 1.00 87.89 N ATOM 1423 CA GLY 175 141.355 193.960 166.239 1.00 87.92 C ATOM 1424 C GLY 175 141.589 193.893 164.734 1.00 89.36 C ATOM 1425 O GLY 175 141.771 194.929 164.099 1.00 86.56 O ATOM 1426 N TYR 176 141.557 192.699 164.146 1.00 89.87 N ATOM 1427 CA TYR 176 141.727 192.500 162.715 1.00 90.30 C ATOM 1428 C TYR 176 140.583 191.688 162.104 1.00 90.23 C ATOM 1429 O TYR 176 139.997 190.811 162.732 1.00 88.36 O ATOM 1430 CB TYR 176 143.064 191.814 162.433 1.00 90.25 C ATOM 1431 CG TYR 176 144.281 192.657 162.728 1.00 91.01 C ATOM 1432 CD1 TYR 176 144.719 193.618 161.804 1.00 85.21 C ATOM 1433 CD2 TYR 176 145.005 192.476 163.920 1.00 85.66 C ATOM 1434 CE1 TYR 176 145.864 194.382 162.051 1.00 84.25 C ATOM 1435 CE2 TYR 176 146.152 193.236 164.182 1.00 84.58 C ATOM 1436 CZ TYR 176 146.583 194.188 163.241 1.00 89.03 C ATOM 1437 OH TYR 176 147.711 194.925 163.482 1.00 87.90 O ATOM 1438 N GLN 177 140.314 191.947 160.821 1.00 89.22 N ATOM 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