####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS481_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS481_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.02 1.02 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.02 1.02 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 134 165 - 299 0.99 1.02 LCS_AVERAGE: 99.18 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 134 135 135 40 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 134 135 135 65 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 134 135 135 71 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 134 135 135 52 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 134 135 135 6 99 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 134 135 135 60 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 134 135 135 55 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 134 135 135 76 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 134 135 135 76 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 134 135 135 76 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 134 135 135 76 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 134 135 135 76 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 134 135 135 76 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 134 135 135 76 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 134 135 135 42 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 134 135 135 3 3 3 52 109 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 134 135 135 51 108 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 134 135 135 68 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 134 135 135 33 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 134 135 135 19 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 134 135 135 73 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 134 135 135 76 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 134 135 135 76 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 134 135 135 76 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 134 135 135 76 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 134 135 135 76 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 134 135 135 76 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 134 135 135 76 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 134 135 135 76 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 134 135 135 76 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 134 135 135 76 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 134 135 135 76 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 134 135 135 76 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 134 135 135 76 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 134 135 135 76 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 134 135 135 76 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 134 135 135 76 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 134 135 135 76 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 134 135 135 76 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 134 135 135 76 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 134 135 135 64 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 134 135 135 58 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 134 135 135 31 105 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 134 135 135 21 103 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 134 135 135 8 99 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 134 135 135 8 103 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 134 135 135 12 90 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 134 135 135 3 17 84 124 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 134 135 135 3 8 15 24 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 134 135 135 56 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 134 135 135 76 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 134 135 135 76 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 134 135 135 76 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 134 135 135 76 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 134 135 135 76 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 134 135 135 66 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 134 135 135 62 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 134 135 135 64 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 134 135 135 51 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 134 135 135 42 97 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 134 135 135 11 100 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 134 135 135 12 42 105 124 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 119 135 135 3 22 84 124 128 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 99.73 ( 99.18 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 76 110 120 127 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 56.30 81.48 88.89 94.07 97.04 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.32 0.51 0.66 0.77 0.87 0.96 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 GDT RMS_ALL_AT 1.06 1.04 1.04 1.03 1.03 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.711 0 0.020 0.020 0.825 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.764 0 0.056 0.184 1.749 81.818 74.747 1.749 LGA W 167 W 167 0.578 0 0.057 0.090 0.825 81.818 87.013 0.470 LGA I 168 I 168 0.958 0 0.048 1.565 4.685 74.545 54.318 4.685 LGA S 169 S 169 1.421 0 0.157 0.245 4.133 66.818 48.485 4.133 LGA G 170 G 170 1.162 0 0.234 0.234 1.198 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 0.957 0 0.022 1.308 4.348 82.273 64.545 1.080 LGA A 172 A 172 0.456 0 0.042 0.054 0.622 95.455 92.727 - LGA P 173 P 173 0.334 0 0.000 0.068 0.736 100.000 94.805 0.736 LGA Y 174 Y 174 0.413 0 0.044 0.179 0.901 95.455 87.879 0.901 LGA G 175 G 175 0.187 0 0.051 0.051 0.230 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.170 0 0.029 0.151 0.322 100.000 100.000 0.160 LGA Q 177 Q 177 0.474 0 0.060 0.243 0.898 100.000 93.939 0.726 LGA L 178 L 178 0.444 0 0.078 0.096 0.858 95.455 93.182 0.858 LGA N 179 N 179 0.918 0 0.175 0.625 4.405 70.909 45.455 4.405 LGA K 180 K 180 3.981 0 0.289 0.969 13.726 20.455 9.091 13.726 LGA K 181 K 181 1.229 0 0.369 0.994 7.767 82.273 41.616 7.767 LGA T 182 T 182 0.536 0 0.061 1.110 3.386 82.273 68.312 3.386 LGA S 183 S 183 1.042 0 0.129 0.117 1.395 69.545 68.182 1.294 LGA K 184 K 184 1.047 0 0.059 0.834 2.611 69.545 66.667 2.611 LGA L 185 L 185 0.550 0 0.058 0.071 0.610 86.364 90.909 0.498 LGA D 186 D 186 0.096 0 0.059 0.103 0.591 100.000 97.727 0.488 LGA P 187 P 187 0.477 0 0.016 0.056 1.049 86.818 87.273 0.681 LGA V 188 V 188 0.642 0 0.000 0.023 0.721 81.818 81.818 0.721 LGA E 189 E 189 0.679 0 0.000 0.318 1.624 81.818 78.384 1.624 LGA D 190 D 190 0.624 0 0.029 0.068 0.763 86.364 84.091 0.746 LGA E 191 E 191 0.433 0 0.034 0.069 0.730 95.455 91.919 0.730 LGA A 192 A 192 0.293 0 0.000 0.000 0.390 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.314 0 0.031 0.661 2.855 100.000 83.838 2.615 LGA V 194 V 194 0.317 0 0.032 0.044 0.380 100.000 100.000 0.380 LGA V 195 V 195 0.113 0 0.000 0.000 0.165 100.000 100.000 0.153 LGA Q 196 Q 196 0.215 0 0.000 0.258 1.339 100.000 90.303 1.113 LGA L 197 L 197 0.212 0 0.000 0.036 0.445 100.000 100.000 0.400 LGA I 198 I 198 0.315 0 0.081 0.091 0.490 100.000 100.000 0.379 LGA F 199 F 199 0.308 0 0.047 0.080 0.440 100.000 100.000 0.254 LGA N 200 N 200 0.277 0 0.038 0.677 1.638 100.000 89.545 1.638 LGA I 201 I 201 0.213 0 0.027 0.044 0.291 100.000 100.000 0.158 LGA F 202 F 202 0.260 0 0.000 0.063 0.394 100.000 100.000 0.269 LGA L 203 L 203 0.447 0 0.000 0.065 0.887 95.455 90.909 0.802 LGA N 204 N 204 0.311 0 0.034 0.076 1.080 95.455 88.864 0.776 LGA G 205 G 205 0.632 0 0.051 0.051 0.677 81.818 81.818 - LGA L 206 L 206 0.776 0 0.000 0.067 1.208 73.636 82.273 0.267 LGA N 207 N 207 1.529 0 0.054 0.273 2.202 54.545 51.136 1.657 LGA G 208 G 208 1.757 0 0.000 0.000 1.946 50.909 50.909 - LGA K 209 K 209 1.765 0 0.046 0.654 2.055 54.545 61.616 1.696 LGA D 210 D 210 1.543 0 0.062 0.516 1.597 54.545 60.227 1.384 LGA Y 211 Y 211 1.923 0 0.132 0.409 2.099 50.909 48.788 1.631 LGA S 212 S 212 2.305 0 0.689 0.759 5.909 34.545 24.848 5.909 LGA Y 213 Y 213 2.943 0 0.155 1.641 14.892 41.818 14.091 14.892 LGA A 215 A 215 0.983 0 0.221 0.238 1.977 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.344 0 0.032 0.178 0.491 100.000 100.000 0.353 LGA A 217 A 217 0.231 0 0.043 0.057 0.314 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.509 0 0.049 0.122 1.395 95.455 88.182 1.395 LGA H 219 H 219 0.269 0 0.024 0.038 0.443 100.000 100.000 0.443 LGA L 220 L 220 0.282 0 0.024 0.085 0.461 100.000 100.000 0.461 LGA T 221 T 221 0.288 0 0.018 0.042 0.451 100.000 100.000 0.333 LGA N 222 N 222 0.381 0 0.029 0.035 0.582 95.455 97.727 0.397 LGA L 223 L 223 0.560 0 0.043 0.057 0.935 86.364 84.091 0.802 LGA Q 224 Q 224 0.594 0 0.026 0.803 4.195 81.818 61.414 4.195 LGA I 225 I 225 0.657 0 0.056 0.138 0.704 81.818 86.364 0.234 LGA P 226 P 226 0.779 0 0.064 0.070 0.950 81.818 81.818 0.939 LGA T 227 T 227 0.159 0 0.035 0.151 0.455 100.000 100.000 0.219 LGA P 228 P 228 0.765 0 0.082 0.083 0.923 81.818 81.818 0.923 LGA S 229 S 229 0.665 0 0.127 0.121 1.031 86.364 82.121 1.031 LGA G 230 G 230 0.540 0 0.068 0.068 0.996 86.364 86.364 - LGA K 231 K 231 0.725 0 0.110 0.684 3.198 78.182 73.131 3.198 LGA K 232 K 232 0.704 0 0.129 0.866 3.539 77.727 61.212 3.539 LGA R 233 R 233 0.518 0 0.024 0.963 4.654 90.909 58.017 4.654 LGA W 234 W 234 0.191 0 0.061 0.109 0.562 100.000 97.403 0.364 LGA N 235 N 235 0.562 0 0.017 0.755 2.007 86.364 76.591 2.007 LGA Q 236 Q 236 0.503 0 0.039 1.037 4.089 86.364 64.646 3.639 LGA Y 237 Y 237 0.497 0 0.018 1.690 10.237 95.455 42.424 10.237 LGA T 238 T 238 0.394 0 0.016 0.276 0.930 100.000 94.805 0.930 LGA I 239 I 239 0.250 0 0.014 0.086 0.378 100.000 100.000 0.378 LGA K 240 K 240 0.353 0 0.065 0.587 3.920 100.000 76.364 3.920 LGA A 241 A 241 0.376 0 0.065 0.068 0.500 100.000 100.000 - LGA I 242 I 242 0.390 0 0.049 0.063 0.982 95.455 88.636 0.982 LGA L 243 L 243 0.263 0 0.029 0.130 0.667 95.455 97.727 0.204 LGA Q 244 Q 244 0.346 0 0.020 0.304 1.348 95.455 88.283 1.348 LGA N 245 N 245 0.461 0 0.000 0.093 0.789 95.455 88.636 0.789 LGA E 246 E 246 0.478 0 0.000 0.602 1.915 100.000 88.687 1.308 LGA V 247 V 247 0.370 0 0.019 0.062 0.403 100.000 100.000 0.231 LGA Y 248 Y 248 0.433 0 0.002 0.098 1.091 100.000 86.515 1.091 LGA I 249 I 249 0.406 0 0.069 0.091 0.539 100.000 97.727 0.473 LGA G 250 G 250 0.339 0 0.039 0.039 0.397 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.333 0 0.039 0.044 0.517 100.000 97.403 0.462 LGA V 252 V 252 0.381 0 0.047 0.118 0.737 95.455 92.208 0.737 LGA K 253 K 253 0.386 0 0.010 0.168 0.567 95.455 95.960 0.424 LGA Y 254 Y 254 0.546 0 0.048 0.339 2.419 90.909 74.697 2.419 LGA K 255 K 255 0.859 0 0.061 0.132 0.928 81.818 81.818 0.916 LGA V 256 V 256 0.927 0 0.087 0.101 1.034 77.727 77.143 1.034 LGA R 257 R 257 1.284 0 0.093 1.078 5.709 65.455 45.455 3.269 LGA E 258 E 258 1.431 0 0.058 0.969 4.865 58.182 42.424 4.865 LGA K 259 K 259 2.066 0 0.010 0.156 2.993 44.545 34.949 2.993 LGA T 260 T 260 1.874 0 0.020 0.167 2.323 44.545 47.273 1.710 LGA K 261 K 261 2.529 0 0.012 0.990 8.468 30.000 18.384 8.468 LGA D 262 D 262 2.358 0 0.076 0.164 2.359 38.182 42.955 1.722 LGA G 263 G 263 2.607 0 0.108 0.108 2.872 30.000 30.000 - LGA K 264 K 264 2.024 0 0.000 0.336 2.175 44.545 50.101 0.824 LGA R 265 R 265 1.821 0 0.078 1.004 3.590 50.909 49.421 3.590 LGA T 266 T 266 1.358 0 0.000 0.101 1.534 61.818 63.377 1.293 LGA I 267 I 267 1.060 0 0.038 0.090 1.266 65.455 67.500 1.202 LGA R 268 R 268 0.725 0 0.000 0.967 2.575 81.818 68.430 2.575 LGA P 269 P 269 0.516 0 0.000 0.020 0.710 90.909 87.013 0.710 LGA E 270 E 270 0.354 0 0.000 0.853 3.205 100.000 76.566 2.183 LGA K 271 K 271 0.182 0 0.046 0.644 3.410 100.000 72.121 2.904 LGA E 272 E 272 0.315 0 0.045 0.073 1.425 100.000 84.444 1.425 LGA Q 273 Q 273 0.432 0 0.031 0.076 0.759 100.000 91.919 0.698 LGA I 274 I 274 0.322 0 0.059 0.073 0.514 100.000 97.727 0.514 LGA V 275 V 275 0.145 0 0.025 0.026 0.379 100.000 100.000 0.379 LGA V 276 V 276 0.308 0 0.000 0.040 0.602 100.000 94.805 0.514 LGA Q 277 Q 277 0.206 0 0.049 0.660 3.374 100.000 77.172 3.374 LGA D 278 D 278 0.168 0 0.029 0.156 0.674 100.000 97.727 0.674 LGA A 279 A 279 0.255 0 0.000 0.045 0.309 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.154 0 0.038 0.259 0.699 100.000 94.545 0.699 LGA A 281 A 281 0.293 0 0.000 0.000 0.388 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.348 0 0.020 0.031 0.544 100.000 97.403 0.544 LGA I 283 I 283 0.524 0 0.046 0.071 0.791 86.364 84.091 0.660 LGA I 284 I 284 0.540 0 0.011 0.089 0.572 86.364 93.182 0.405 LGA D 285 D 285 0.826 0 0.070 0.966 3.494 81.818 65.909 1.381 LGA K 286 K 286 0.767 0 0.034 0.275 1.244 81.818 80.000 1.244 LGA E 287 E 287 0.731 0 0.037 0.157 1.157 81.818 80.000 0.698 LGA Q 288 Q 288 0.535 0 0.000 0.222 0.842 90.909 85.859 0.842 LGA F 289 F 289 0.525 0 0.031 0.106 0.845 86.364 83.471 0.838 LGA Q 290 Q 290 0.703 0 0.012 1.144 3.551 81.818 70.303 3.551 LGA Q 291 Q 291 0.462 0 0.000 0.228 1.130 95.455 88.081 1.130 LGA S 292 S 292 0.352 0 0.067 0.688 2.342 100.000 89.697 2.342 LGA Q 293 Q 293 0.700 0 0.035 0.257 1.099 81.818 78.182 1.019 LGA V 294 V 294 0.890 0 0.019 0.060 0.987 81.818 81.818 0.881 LGA K 295 K 295 0.687 0 0.043 0.182 1.097 77.727 80.000 0.862 LGA I 296 I 296 0.981 0 0.025 0.065 1.441 73.636 75.682 0.684 LGA A 297 A 297 1.488 0 0.112 0.135 2.254 55.000 54.182 - LGA N 298 N 298 1.536 0 0.036 0.499 2.330 51.364 58.636 0.800 LGA K 299 K 299 2.495 0 0.157 0.548 6.150 31.818 18.990 6.150 LGA V 300 V 300 2.948 0 0.591 0.609 3.768 21.818 24.416 3.267 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.020 1.021 1.843 83.579 77.975 63.514 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.02 93.889 97.053 12.053 LGA_LOCAL RMSD: 1.020 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.020 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.020 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.307963 * X + -0.496121 * Y + -0.811802 * Z + 154.488602 Y_new = 0.520747 * X + -0.802008 * Y + 0.292586 * Z + 153.206635 Z_new = -0.796230 * X + -0.332638 * Y + 0.505342 * Z + 139.011765 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.104859 0.921038 -0.582148 [DEG: 120.5995 52.7716 -33.3546 ] ZXZ: -1.916720 1.041018 -1.966524 [DEG: -109.8200 59.6460 -112.6735 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS481_5-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS481_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.02 97.053 1.02 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS481_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.991 186.889 153.777 1.00 84.00 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.276 187.633 154.820 1.00 84.17 C ATOM 1347 C GLY 165 150.753 187.472 154.793 1.00 85.66 C ATOM 1348 O GLY 165 150.040 188.252 155.422 1.00 83.04 O ATOM 1349 N LYS 166 150.233 186.474 154.069 1.00 84.19 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.799 186.182 154.019 1.00 83.92 C ATOM 1351 C LYS 166 148.371 185.407 155.273 1.00 84.49 C ATOM 1352 O LYS 166 149.077 184.515 155.737 1.00 82.46 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.428 185.437 152.719 1.00 82.66 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.695 186.273 151.448 1.00 80.17 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.292 185.565 150.145 1.00 77.50 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.566 186.477 148.939 1.00 72.41 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.212 185.890 147.617 1.00 66.35 N ATOM 1358 N TRP 167 147.192 185.732 155.799 1.00 84.91 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.605 185.008 156.930 1.00 85.42 C ATOM 1360 C TRP 167 145.842 183.781 156.438 1.00 84.56 C ATOM 1361 O TRP 167 144.820 183.903 155.768 1.00 81.95 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.710 185.940 157.735 1.00 85.10 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.215 185.322 159.004 1.00 85.73 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.072 184.620 159.156 1.00 82.50 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.884 185.307 160.303 1.00 84.21 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 145.066 184.574 161.199 1.00 83.61 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 147.090 185.848 160.788 1.00 83.51 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 143.978 184.173 160.469 1.00 82.30 N ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.443 184.374 162.544 1.00 83.27 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.459 185.653 162.123 1.00 81.26 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.644 184.919 162.990 1.00 80.64 C ATOM 1372 N ILE 168 146.317 182.600 156.789 1.00 81.63 N ATOM 1373 CA ILE 168 145.781 181.309 156.326 1.00 79.77 C ATOM 1374 C ILE 168 145.300 180.404 157.471 1.00 78.04 C ATOM 1375 O ILE 168 144.988 179.230 157.261 1.00 72.42 O ATOM 1376 CB ILE 168 146.816 180.590 155.444 1.00 77.12 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.141 180.368 156.198 1.00 73.53 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.046 181.378 154.142 1.00 71.12 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.020 179.319 155.532 1.00 67.54 C ATOM 1380 N SER 169 145.266 180.932 158.673 1.00 78.41 N ATOM 1381 CA SER 169 144.739 180.251 159.853 1.00 76.69 C ATOM 1382 C SER 169 143.218 180.438 159.965 1.00 75.46 C ATOM 1383 O SER 169 142.583 180.926 159.033 1.00 69.79 O ATOM 1384 CB SER 169 145.500 180.721 161.092 1.00 73.32 C ATOM 1385 OG SER 169 146.852 180.329 161.003 1.00 68.95 O ATOM 1386 N GLY 170 142.626 180.019 161.074 1.00 73.47 N ATOM 1387 CA 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