####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS481_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS481_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 67 114 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 65 114 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 76 114 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 61 114 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 8 114 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 72 114 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 72 114 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 77 114 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 77 114 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 77 114 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 77 114 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 77 114 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 77 114 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 77 114 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 53 114 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 3 59 107 129 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 45 111 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 71 114 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 41 114 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 29 114 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 72 114 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 77 114 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 77 114 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 77 114 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 77 114 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 77 114 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 77 114 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 77 114 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 77 114 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 77 114 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 77 114 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 77 114 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 77 114 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 77 114 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 77 114 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 77 114 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 77 114 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 77 114 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 77 114 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 77 114 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 76 114 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 74 114 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 77 114 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 28 114 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 42 114 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 77 114 124 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 57.04 84.44 91.85 96.30 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.52 0.60 0.73 0.80 0.84 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 GDT RMS_ALL_AT 0.93 0.94 0.93 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.624 0 0.000 0.000 0.761 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.752 0 0.055 0.158 1.293 81.818 78.182 1.293 LGA W 167 W 167 0.595 0 0.041 0.104 0.788 81.818 85.714 0.593 LGA I 168 I 168 0.978 0 0.042 0.871 3.381 70.000 60.000 3.381 LGA S 169 S 169 1.312 0 0.100 0.805 4.684 69.545 53.030 4.684 LGA G 170 G 170 0.870 0 0.111 0.111 1.103 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.769 0 0.000 1.304 4.316 90.909 68.864 1.101 LGA A 172 A 172 0.441 0 0.037 0.047 0.615 95.455 92.727 - LGA P 173 P 173 0.317 0 0.021 0.070 0.746 100.000 92.208 0.746 LGA Y 174 Y 174 0.342 0 0.043 0.172 0.847 100.000 89.394 0.847 LGA G 175 G 175 0.184 0 0.061 0.061 0.184 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.136 0 0.020 0.150 0.364 100.000 100.000 0.118 LGA Q 177 Q 177 0.443 0 0.059 0.239 0.961 100.000 91.919 0.722 LGA L 178 L 178 0.398 0 0.078 0.101 0.860 95.455 95.455 0.860 LGA N 179 N 179 0.971 0 0.179 0.614 4.381 70.909 45.455 4.381 LGA K 180 K 180 4.072 0 0.294 0.973 13.854 19.091 8.485 13.854 LGA K 181 K 181 1.241 0 0.378 0.995 7.867 82.273 41.616 7.867 LGA T 182 T 182 0.686 0 0.059 1.105 3.559 77.727 67.013 3.559 LGA S 183 S 183 1.044 0 0.133 0.120 1.393 69.545 68.182 1.270 LGA K 184 K 184 1.152 0 0.069 0.826 2.605 69.545 63.232 2.605 LGA L 185 L 185 0.592 0 0.052 0.068 0.613 81.818 81.818 0.561 LGA D 186 D 186 0.136 0 0.056 0.099 0.644 100.000 95.455 0.602 LGA P 187 P 187 0.384 0 0.000 0.053 0.926 90.909 89.610 0.639 LGA V 188 V 188 0.543 0 0.000 0.031 0.642 86.364 84.416 0.638 LGA E 189 E 189 0.658 0 0.025 0.312 1.566 81.818 78.384 1.566 LGA D 190 D 190 0.654 0 0.032 0.061 0.893 86.364 84.091 0.893 LGA E 191 E 191 0.451 0 0.031 0.062 0.744 95.455 91.919 0.744 LGA A 192 A 192 0.242 0 0.000 0.000 0.316 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.277 0 0.036 0.646 2.730 100.000 85.051 2.453 LGA V 194 V 194 0.298 0 0.039 0.050 0.388 100.000 100.000 0.388 LGA V 195 V 195 0.055 0 0.000 0.000 0.142 100.000 100.000 0.063 LGA Q 196 Q 196 0.154 0 0.026 0.265 1.344 100.000 90.303 1.054 LGA L 197 L 197 0.171 0 0.000 0.039 0.382 100.000 100.000 0.345 LGA I 198 I 198 0.249 0 0.081 0.091 0.449 100.000 100.000 0.339 LGA F 199 F 199 0.250 0 0.040 0.080 0.377 100.000 100.000 0.169 LGA N 200 N 200 0.243 0 0.045 0.726 1.877 100.000 89.545 1.877 LGA I 201 I 201 0.133 0 0.035 0.049 0.202 100.000 100.000 0.088 LGA F 202 F 202 0.183 0 0.000 0.035 0.480 100.000 100.000 0.480 LGA L 203 L 203 0.368 0 0.000 0.059 0.771 100.000 93.182 0.728 LGA N 204 N 204 0.224 0 0.031 0.068 0.975 100.000 93.182 0.768 LGA G 205 G 205 0.437 0 0.050 0.050 0.500 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.625 0 0.000 0.008 1.013 77.727 88.864 0.296 LGA N 207 N 207 1.249 0 0.055 0.263 2.032 65.455 60.227 1.491 LGA G 208 G 208 1.364 0 0.000 0.000 1.559 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.483 0 0.034 0.217 2.352 65.455 51.717 2.352 LGA D 210 D 210 1.341 0 0.061 0.293 1.374 65.455 71.591 0.612 LGA Y 211 Y 211 1.812 0 0.127 0.406 2.045 50.909 48.788 1.578 LGA S 212 S 212 2.242 0 0.690 0.765 5.918 34.545 24.848 5.918 LGA Y 213 Y 213 2.953 0 0.160 1.627 14.843 41.818 14.091 14.843 LGA A 215 A 215 1.008 0 0.216 0.232 2.024 86.818 77.091 - LGA I 216 I 216 0.385 0 0.034 0.184 0.499 100.000 100.000 0.460 LGA A 217 A 217 0.230 0 0.039 0.053 0.335 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.511 0 0.047 0.115 1.362 95.455 88.182 1.362 LGA H 219 H 219 0.290 0 0.000 0.034 0.421 100.000 100.000 0.421 LGA L 220 L 220 0.244 0 0.012 0.079 0.395 100.000 100.000 0.395 LGA T 221 T 221 0.199 0 0.000 0.036 0.335 100.000 100.000 0.246 LGA N 222 N 222 0.276 0 0.031 0.034 0.458 100.000 100.000 0.360 LGA L 223 L 223 0.495 0 0.040 0.055 0.841 100.000 90.909 0.778 LGA Q 224 Q 224 0.516 0 0.028 0.817 4.351 81.818 60.404 4.351 LGA I 225 I 225 0.551 0 0.054 0.139 0.607 86.364 93.182 0.157 LGA P 226 P 226 0.693 0 0.065 0.072 0.857 81.818 81.818 0.839 LGA T 227 T 227 0.215 0 0.034 0.158 0.436 100.000 100.000 0.257 LGA P 228 P 228 0.756 0 0.081 0.082 0.890 81.818 81.818 0.890 LGA S 229 S 229 0.684 0 0.125 0.116 0.956 86.364 84.848 0.956 LGA G 230 G 230 0.474 0 0.076 0.076 0.868 95.455 95.455 - LGA K 231 K 231 0.592 0 0.109 0.681 3.160 82.273 74.949 3.160 LGA K 232 K 232 0.573 0 0.132 0.877 3.974 90.909 65.859 3.974 LGA R 233 R 233 0.228 0 0.022 0.976 4.464 100.000 63.636 4.464 LGA W 234 W 234 0.260 0 0.060 0.109 0.579 100.000 97.403 0.347 LGA N 235 N 235 0.596 0 0.024 0.843 2.287 86.364 76.591 2.287 LGA Q 236 Q 236 0.398 0 0.036 0.832 3.471 90.909 78.990 0.578 LGA Y 237 Y 237 0.729 0 0.031 0.379 2.296 86.364 67.727 2.296 LGA T 238 T 238 0.517 0 0.027 0.275 0.945 95.455 89.610 0.945 LGA I 239 I 239 0.345 0 0.007 0.087 0.464 100.000 100.000 0.391 LGA K 240 K 240 0.504 0 0.068 0.578 3.959 90.909 68.283 3.959 LGA A 241 A 241 0.531 0 0.064 0.068 0.624 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.303 0 0.052 0.071 0.900 100.000 90.909 0.900 LGA L 243 L 243 0.186 0 0.023 0.127 0.604 95.455 97.727 0.238 LGA Q 244 Q 244 0.339 0 0.026 0.318 1.255 95.455 88.283 1.255 LGA N 245 N 245 0.392 0 0.000 0.101 0.712 100.000 93.182 0.712 LGA E 246 E 246 0.379 0 0.000 0.636 1.977 100.000 88.687 1.446 LGA V 247 V 247 0.278 0 0.017 0.060 0.311 100.000 100.000 0.183 LGA Y 248 Y 248 0.325 0 0.010 0.099 1.053 100.000 88.030 1.053 LGA I 249 I 249 0.265 0 0.076 0.099 0.412 100.000 100.000 0.329 LGA G 250 G 250 0.199 0 0.042 0.042 0.257 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.181 0 0.040 0.054 0.355 100.000 100.000 0.294 LGA V 252 V 252 0.272 0 0.054 0.120 0.631 100.000 97.403 0.631 LGA K 253 K 253 0.489 0 0.000 0.129 0.639 90.909 87.879 0.639 LGA Y 254 Y 254 0.662 0 0.052 0.362 2.362 81.818 72.879 2.362 LGA K 255 K 255 0.747 0 0.073 0.110 1.096 81.818 80.000 1.096 LGA V 256 V 256 0.681 0 0.054 0.079 0.856 81.818 81.818 0.830 LGA R 257 R 257 1.100 0 0.091 1.098 6.638 65.455 41.488 4.274 LGA E 258 E 258 1.044 0 0.052 0.948 4.367 69.545 48.687 4.367 LGA K 259 K 259 1.723 0 0.022 0.123 2.940 54.545 41.818 2.940 LGA T 260 T 260 1.703 0 0.020 0.164 2.153 47.727 49.091 1.655 LGA K 261 K 261 2.512 0 0.016 0.820 8.065 30.000 18.384 8.065 LGA D 262 D 262 2.395 0 0.082 0.180 2.395 38.182 42.955 1.660 LGA G 263 G 263 2.419 0 0.111 0.111 2.656 35.455 35.455 - LGA K 264 K 264 1.845 0 0.000 0.309 2.090 50.909 52.929 0.813 LGA R 265 R 265 1.624 0 0.075 0.974 3.290 58.182 53.388 3.290 LGA T 266 T 266 1.201 0 0.000 0.097 1.341 65.455 65.455 1.154 LGA I 267 I 267 0.890 0 0.031 0.077 1.212 77.727 75.682 1.212 LGA R 268 R 268 0.294 0 0.000 1.082 2.479 95.455 74.876 2.479 LGA P 269 P 269 0.286 0 0.000 0.000 0.346 100.000 100.000 0.143 LGA E 270 E 270 0.546 0 0.012 1.054 3.379 90.909 65.657 3.379 LGA K 271 K 271 0.763 0 0.050 0.738 5.187 81.818 51.515 5.187 LGA E 272 E 272 0.527 0 0.066 0.075 1.678 90.909 76.970 1.678 LGA Q 273 Q 273 0.250 0 0.045 0.106 0.739 100.000 93.939 0.586 LGA I 274 I 274 0.248 0 0.050 0.068 0.469 100.000 100.000 0.469 LGA V 275 V 275 0.109 0 0.014 0.018 0.343 100.000 100.000 0.303 LGA V 276 V 276 0.197 0 0.000 0.038 0.433 100.000 100.000 0.410 LGA Q 277 Q 277 0.189 0 0.045 0.626 2.882 100.000 79.596 2.882 LGA D 278 D 278 0.167 0 0.029 0.165 0.468 100.000 100.000 0.468 LGA A 279 A 279 0.299 0 0.023 0.049 0.344 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.199 0 0.037 0.267 0.683 100.000 92.727 0.669 LGA A 281 A 281 0.185 0 0.000 0.000 0.272 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.178 0 0.013 0.026 0.367 100.000 100.000 0.367 LGA I 283 I 283 0.349 0 0.055 0.086 0.670 95.455 93.182 0.582 LGA I 284 I 284 0.367 0 0.018 0.084 0.416 100.000 100.000 0.277 LGA D 285 D 285 0.714 0 0.075 0.949 3.437 81.818 67.727 1.425 LGA K 286 K 286 0.620 0 0.027 0.287 1.252 81.818 80.000 1.252 LGA E 287 E 287 0.613 0 0.036 0.345 0.942 81.818 85.859 0.942 LGA Q 288 Q 288 0.403 0 0.000 0.519 1.454 95.455 84.242 0.920 LGA F 289 F 289 0.348 0 0.035 0.113 0.692 100.000 93.388 0.661 LGA Q 290 Q 290 0.552 0 0.000 1.175 3.494 90.909 73.333 3.494 LGA Q 291 Q 291 0.365 0 0.000 0.249 0.964 100.000 97.980 0.964 LGA S 292 S 292 0.277 0 0.061 0.056 0.429 100.000 100.000 0.231 LGA Q 293 Q 293 0.515 0 0.031 0.230 0.899 86.364 83.838 0.899 LGA V 294 V 294 0.708 0 0.024 0.041 0.747 81.818 81.818 0.730 LGA K 295 K 295 0.617 0 0.028 0.538 1.882 81.818 74.747 1.013 LGA I 296 I 296 0.719 0 0.009 0.071 0.921 81.818 84.091 0.709 LGA A 297 A 297 0.903 0 0.103 0.127 1.406 77.727 78.545 - LGA N 298 N 298 0.523 0 0.037 0.560 1.291 81.818 82.273 1.007 LGA K 299 K 299 1.390 0 0.060 0.557 5.128 62.273 40.808 5.128 LGA V 300 V 300 1.572 0 0.079 0.078 2.212 48.182 49.351 1.791 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.907 0.888 1.724 86.175 80.302 65.653 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.91 95.185 97.762 13.407 LGA_LOCAL RMSD: 0.907 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.907 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.907 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.488403 * X + -0.025706 * Y + 0.872240 * Z + 151.679688 Y_new = 0.766751 * X + -0.489848 * Y + 0.414899 * Z + 152.414734 Z_new = 0.416600 * X + 0.871429 * Y + 0.258953 * Z + 140.510040 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.137962 -0.429702 1.281948 [DEG: 122.4962 -24.6201 73.4502 ] ZXZ: 2.014792 1.308858 0.445946 [DEG: 115.4391 74.9921 25.5508 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS481_4-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS481_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.91 97.762 0.91 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS481_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.094 186.816 153.799 1.00 84.81 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.370 187.577 154.827 1.00 84.95 C ATOM 1347 C GLY 165 150.847 187.408 154.792 1.00 86.58 C ATOM 1348 O GLY 165 150.124 188.211 155.382 1.00 83.89 O ATOM 1349 N LYS 166 150.334 186.383 154.108 1.00 84.88 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.899 186.080 154.047 1.00 84.50 C ATOM 1351 C LYS 166 148.466 185.325 155.309 1.00 85.48 C ATOM 1352 O LYS 166 149.180 184.457 155.807 1.00 83.42 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.554 185.315 152.749 1.00 82.79 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.828 186.146 151.468 1.00 79.82 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.527 185.415 150.150 1.00 76.80 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.833 186.350 148.961 1.00 71.50 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.666 185.747 147.608 1.00 65.43 N ATOM 1358 N TRP 167 147.268 185.629 155.812 1.00 86.13 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.676 184.924 156.954 1.00 86.63 C ATOM 1360 C TRP 167 145.929 183.679 156.480 1.00 85.95 C ATOM 1361 O TRP 167 144.967 183.776 155.726 1.00 83.21 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.764 185.868 157.730 1.00 86.20 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.285 185.286 159.019 1.00 86.50 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.157 184.573 159.203 1.00 83.26 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.966 185.322 160.315 1.00 85.12 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 145.169 184.602 161.239 1.00 84.55 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 147.167 185.891 160.775 1.00 84.29 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 144.079 184.167 160.533 1.00 83.32 N ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.561 184.445 162.585 1.00 83.85 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.553 185.740 162.113 1.00 82.02 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.758 185.017 163.007 1.00 81.51 C ATOM 1372 N ILE 168 146.365 182.508 156.930 1.00 83.11 N ATOM 1373 CA ILE 168 145.917 181.209 156.400 1.00 81.15 C ATOM 1374 C ILE 168 145.277 180.320 157.474 1.00 79.60 C ATOM 1375 O ILE 168 144.735 179.258 157.171 1.00 73.17 O ATOM 1376 CB ILE 168 147.099 180.475 155.725 1.00 77.88 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.038 181.430 154.944 1.00 73.43 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.584 179.403 154.751 1.00 70.83 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.337 180.749 154.534 1.00 67.28 C ATOM 1380 N SER 169 145.341 180.728 158.737 1.00 79.31 N ATOM 1381 CA SER 169 144.941 179.890 159.860 1.00 77.18 C ATOM 1382 C SER 169 143.782 180.474 160.656 1.00 75.66 C ATOM 1383 O SER 169 143.886 181.591 161.154 1.00 69.33 O ATOM 1384 CB SER 169 146.145 179.668 160.772 1.00 74.01 C ATOM 1385 OG SER 169 146.605 180.869 161.326 1.00 69.41 O ATOM 1386 N GLY 170 142.733 179.679 160.855 1.00 74.19 N ATOM 1387 CA GLY 170 141.657 179.923 161.812 1.00 73.41 C ATOM 1388 C GLY 170 140.985 181.294 161.740 1.00 75.78 C ATOM 1389 O GLY 170 140.881 181.911 160.685 1.00 72.42 O ATOM 1390 N LEU 171 140.499 181.747 162.909 1.00 78.66 N ATOM 1391 CA LEU 171 139.901 183.068 163.073 1.00 78.58 C ATOM 1392 C LEU 171 140.997 184.138 163.078 1.00 79.94 C ATOM 1393 O LEU 171 142.085 183.909 163.602 1.00 77.81 O ATOM 1394 CB LEU 171 139.086 183.102 164.376 1.00 75.34 C ATOM 1395 CG LEU 171 137.831 182.208 164.353 1.00 70.69 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 137.303 181.997 165.763 1.00 65.87 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 136.708 182.824 163.507 1.00 64.78 C ATOM 1398 N ALA 172 140.667 185.302 162.530 1.00 82.81 N ATOM 1399 CA ALA 172 141.526 186.469 162.646 1.00 83.52 C ATOM 1400 C ALA 172 141.720 186.858 164.128 1.00 84.46 C ATOM 1401 O ALA 172 140.801 186.660 164.932 1.00 82.78 O ATOM 1402 CB ALA 172 140.913 187.612 161.828 1.00 81.67 C ATOM 1403 N PRO 173 142.879 187.399 164.511 1.00 85.87 N ATOM 1404 CA PRO 173 143.089 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