####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS481_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS481_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.00 1.00 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.00 1.00 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 134 165 - 299 0.99 1.01 LCS_AVERAGE: 99.18 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 134 135 135 51 110 122 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 134 135 135 73 110 122 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 134 135 135 75 110 122 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 134 135 135 60 110 122 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 134 135 135 10 73 122 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 134 135 135 73 110 122 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 134 135 135 65 110 122 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 134 135 135 78 110 122 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 134 135 135 78 110 122 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 134 135 135 78 110 122 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 134 135 135 78 110 122 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 134 135 135 78 110 122 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 134 135 135 78 110 122 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 134 135 135 78 110 122 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 134 135 135 36 110 122 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 134 135 135 3 3 5 87 103 127 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 134 135 135 5 110 122 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 134 135 135 78 110 122 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 134 135 135 33 110 122 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 134 135 135 25 110 122 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 134 135 135 75 110 122 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 134 135 135 78 110 122 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 134 135 135 78 110 122 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 134 135 135 78 110 122 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 134 135 135 76 110 122 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 134 135 135 78 110 122 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 134 135 135 78 110 122 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 134 135 135 78 110 122 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 134 135 135 78 110 122 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 134 135 135 78 110 122 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 134 135 135 78 110 122 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 134 135 135 78 110 122 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 134 135 135 78 110 122 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 134 135 135 78 110 122 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 134 135 135 78 110 122 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 134 135 135 78 110 122 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 134 135 135 78 110 122 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 134 135 135 78 110 122 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 134 135 135 63 110 122 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 134 135 135 71 110 122 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 134 135 135 54 110 122 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 134 135 135 13 93 122 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 134 135 135 13 99 122 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 134 135 135 3 5 9 104 118 129 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 119 135 135 0 3 84 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 99.73 ( 99.18 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 78 110 122 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 57.78 81.48 90.37 94.07 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.49 0.63 0.72 0.86 0.89 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 GDT RMS_ALL_AT 1.05 1.03 1.02 1.01 1.01 1.01 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.739 0 0.023 0.023 0.808 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.763 0 0.058 0.159 1.650 81.818 74.747 1.650 LGA W 167 W 167 0.533 0 0.061 0.081 0.841 81.818 88.312 0.483 LGA I 168 I 168 0.907 0 0.044 1.555 4.428 78.182 57.727 4.428 LGA S 169 S 169 1.427 0 0.157 0.241 4.161 66.818 50.000 4.161 LGA G 170 G 170 0.866 0 0.215 0.215 1.233 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.874 0 0.014 1.306 4.141 90.909 68.864 1.062 LGA A 172 A 172 0.432 0 0.037 0.047 0.595 95.455 92.727 - LGA P 173 P 173 0.293 0 0.035 0.335 1.468 100.000 92.468 1.468 LGA Y 174 Y 174 0.416 0 0.040 0.178 0.954 95.455 87.879 0.954 LGA G 175 G 175 0.201 0 0.057 0.057 0.216 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.185 0 0.031 0.155 0.351 100.000 100.000 0.097 LGA Q 177 Q 177 0.470 0 0.056 0.265 0.960 100.000 93.939 0.751 LGA L 178 L 178 0.424 0 0.073 0.094 0.814 95.455 95.455 0.814 LGA N 179 N 179 0.917 0 0.168 0.645 4.479 70.909 44.545 4.479 LGA K 180 K 180 3.998 0 0.297 0.973 13.670 20.455 9.091 13.670 LGA K 181 K 181 1.154 0 0.367 1.259 9.831 86.818 42.222 9.831 LGA T 182 T 182 0.445 0 0.058 1.112 3.283 86.818 70.909 3.283 LGA S 183 S 183 1.079 0 0.137 0.123 1.450 69.545 68.182 1.406 LGA K 184 K 184 1.046 0 0.057 0.828 2.470 69.545 67.879 2.470 LGA L 185 L 185 0.513 0 0.061 0.074 0.577 86.364 93.182 0.445 LGA D 186 D 186 0.040 0 0.060 0.099 0.585 100.000 95.455 0.550 LGA P 187 P 187 0.466 0 0.023 0.059 1.035 86.818 87.273 0.643 LGA V 188 V 188 0.650 0 0.005 0.028 0.734 81.818 81.818 0.734 LGA E 189 E 189 0.751 0 0.019 0.313 1.737 81.818 76.566 1.737 LGA D 190 D 190 0.758 0 0.037 0.055 1.052 86.364 82.045 1.052 LGA E 191 E 191 0.508 0 0.034 0.070 0.790 90.909 87.879 0.790 LGA A 192 A 192 0.314 0 0.000 0.000 0.399 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.360 0 0.034 0.654 2.886 100.000 83.838 2.632 LGA V 194 V 194 0.356 0 0.031 0.043 0.432 100.000 100.000 0.428 LGA V 195 V 195 0.089 0 0.000 0.000 0.187 100.000 100.000 0.107 LGA Q 196 Q 196 0.226 0 0.022 0.268 1.395 100.000 90.303 1.197 LGA L 197 L 197 0.243 0 0.028 0.050 0.482 100.000 100.000 0.458 LGA I 198 I 198 0.239 0 0.088 0.095 0.410 100.000 100.000 0.347 LGA F 199 F 199 0.250 0 0.048 0.067 0.353 100.000 100.000 0.152 LGA N 200 N 200 0.294 0 0.037 0.759 1.893 100.000 89.545 1.893 LGA I 201 I 201 0.107 0 0.021 0.055 0.184 100.000 100.000 0.123 LGA F 202 F 202 0.175 0 0.000 0.040 0.564 100.000 95.041 0.564 LGA L 203 L 203 0.380 0 0.000 0.064 0.802 100.000 93.182 0.744 LGA N 204 N 204 0.264 0 0.035 0.092 1.235 100.000 88.864 0.956 LGA G 205 G 205 0.421 0 0.049 0.049 0.505 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.670 0 0.000 0.044 1.068 77.727 88.864 0.184 LGA N 207 N 207 1.364 0 0.055 0.265 2.134 61.818 56.591 1.683 LGA G 208 G 208 1.406 0 0.021 0.021 1.654 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.530 0 0.042 0.631 1.834 61.818 67.879 1.209 LGA D 210 D 210 1.373 0 0.083 0.563 1.441 65.455 69.545 1.418 LGA Y 211 Y 211 1.814 0 0.128 0.390 2.029 50.909 48.788 1.601 LGA S 212 S 212 2.328 0 0.691 0.748 5.959 34.545 23.939 5.959 LGA Y 213 Y 213 2.858 0 0.160 1.634 14.770 41.818 14.091 14.770 LGA A 215 A 215 0.977 0 0.214 0.228 1.984 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.359 0 0.035 0.185 0.474 100.000 100.000 0.455 LGA A 217 A 217 0.205 0 0.033 0.048 0.292 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.502 0 0.059 0.109 1.287 95.455 88.182 1.287 LGA H 219 H 219 0.313 0 0.017 0.036 0.442 100.000 100.000 0.442 LGA L 220 L 220 0.260 0 0.000 0.092 0.430 100.000 100.000 0.430 LGA T 221 T 221 0.196 0 0.008 0.035 0.310 100.000 100.000 0.213 LGA N 222 N 222 0.289 0 0.031 0.042 0.461 100.000 100.000 0.401 LGA L 223 L 223 0.515 0 0.039 0.051 0.860 90.909 86.364 0.802 LGA Q 224 Q 224 0.545 0 0.032 0.803 4.434 81.818 60.404 4.434 LGA I 225 I 225 0.602 0 0.058 0.140 0.681 81.818 88.636 0.167 LGA P 226 P 226 0.791 0 0.070 0.076 0.949 81.818 81.818 0.948 LGA T 227 T 227 0.206 0 0.033 0.148 0.476 100.000 100.000 0.237 LGA P 228 P 228 0.702 0 0.084 0.086 0.908 86.364 84.416 0.908 LGA S 229 S 229 0.533 0 0.126 0.120 0.877 86.364 84.848 0.877 LGA G 230 G 230 0.597 0 0.075 0.075 1.064 82.273 82.273 - LGA K 231 K 231 0.752 0 0.111 0.687 3.339 73.636 71.111 3.339 LGA K 232 K 232 0.751 0 0.145 0.865 4.053 77.727 57.576 4.053 LGA R 233 R 233 0.357 0 0.030 1.361 7.998 95.455 50.248 7.998 LGA W 234 W 234 0.239 0 0.056 0.109 0.586 100.000 97.403 0.363 LGA N 235 N 235 0.554 0 0.000 0.850 2.147 86.364 76.591 2.147 LGA Q 236 Q 236 0.407 0 0.033 0.839 3.497 90.909 78.990 0.551 LGA Y 237 Y 237 0.683 0 0.040 0.370 2.112 86.364 70.455 2.112 LGA T 238 T 238 0.516 0 0.006 0.277 0.994 95.455 89.610 0.994 LGA I 239 I 239 0.321 0 0.000 0.085 0.442 100.000 100.000 0.358 LGA K 240 K 240 0.506 0 0.060 0.595 4.194 90.909 66.465 4.194 LGA A 241 A 241 0.551 0 0.061 0.063 0.644 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.324 0 0.045 0.065 0.934 100.000 90.909 0.934 LGA L 243 L 243 0.214 0 0.007 0.128 0.545 95.455 97.727 0.227 LGA Q 244 Q 244 0.324 0 0.011 0.299 1.317 95.455 88.283 1.317 LGA N 245 N 245 0.401 0 0.000 0.095 0.701 100.000 93.182 0.701 LGA E 246 E 246 0.391 0 0.011 0.619 1.915 100.000 88.687 1.450 LGA V 247 V 247 0.243 0 0.012 0.054 0.276 100.000 100.000 0.146 LGA Y 248 Y 248 0.347 0 0.000 0.104 1.076 100.000 88.030 1.076 LGA I 249 I 249 0.328 0 0.067 0.101 0.452 100.000 100.000 0.424 LGA G 250 G 250 0.272 0 0.050 0.050 0.337 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.248 0 0.041 0.052 0.441 100.000 100.000 0.423 LGA V 252 V 252 0.258 0 0.054 0.120 0.599 95.455 94.805 0.599 LGA K 253 K 253 0.361 0 0.000 0.158 0.505 100.000 97.980 0.423 LGA Y 254 Y 254 0.587 0 0.049 0.351 2.475 90.909 74.697 2.475 LGA K 255 K 255 0.834 0 0.061 0.122 0.966 81.818 81.818 0.966 LGA V 256 V 256 0.896 0 0.085 0.097 1.044 77.727 77.143 1.044 LGA R 257 R 257 1.286 0 0.092 1.083 6.382 65.455 42.314 3.909 LGA E 258 E 258 1.307 0 0.050 0.960 4.620 58.182 43.232 4.620 LGA K 259 K 259 2.046 0 0.013 0.115 3.816 44.545 31.111 3.816 LGA T 260 T 260 1.828 0 0.020 0.113 2.398 44.545 47.273 1.621 LGA K 261 K 261 2.704 0 0.019 1.048 9.484 30.000 17.576 9.484 LGA D 262 D 262 2.267 0 0.070 0.672 3.130 38.182 33.409 3.052 LGA G 263 G 263 2.575 0 0.109 0.109 2.867 32.727 32.727 - LGA K 264 K 264 1.895 0 0.000 0.443 2.019 47.727 52.929 0.566 LGA R 265 R 265 1.782 0 0.081 1.028 4.031 50.909 46.281 4.031 LGA T 266 T 266 1.235 0 0.000 0.105 1.427 65.455 67.792 1.101 LGA I 267 I 267 0.967 0 0.036 0.086 1.139 73.636 73.636 1.139 LGA R 268 R 268 0.521 0 0.000 0.971 2.457 90.909 74.215 2.457 LGA P 269 P 269 0.262 0 0.000 0.011 0.307 100.000 100.000 0.226 LGA E 270 E 270 0.367 0 0.021 0.859 3.117 100.000 74.545 2.222 LGA K 271 K 271 0.394 0 0.067 0.724 4.893 100.000 62.424 4.893 LGA E 272 E 272 0.263 0 0.051 0.100 1.677 100.000 82.828 1.677 LGA Q 273 Q 273 0.328 0 0.023 0.073 0.787 100.000 93.939 0.729 LGA I 274 I 274 0.322 0 0.056 0.073 0.552 100.000 97.727 0.552 LGA V 275 V 275 0.068 0 0.020 0.024 0.311 100.000 100.000 0.311 LGA V 276 V 276 0.301 0 0.000 0.039 0.523 100.000 97.403 0.477 LGA Q 277 Q 277 0.271 0 0.051 0.635 3.141 100.000 75.960 3.141 LGA D 278 D 278 0.254 0 0.034 0.188 0.664 100.000 97.727 0.664 LGA A 279 A 279 0.303 0 0.013 0.045 0.374 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.218 0 0.033 0.250 0.662 100.000 92.727 0.662 LGA A 281 A 281 0.301 0 0.000 0.000 0.393 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.324 0 0.022 0.029 0.528 95.455 94.805 0.528 LGA I 283 I 283 0.481 0 0.047 0.075 0.791 90.909 88.636 0.568 LGA I 284 I 284 0.477 0 0.012 0.069 0.508 95.455 97.727 0.338 LGA D 285 D 285 0.641 0 0.032 0.110 0.958 81.818 81.818 0.958 LGA K 286 K 286 0.620 0 0.008 0.270 1.392 81.818 80.000 1.392 LGA E 287 E 287 0.775 0 0.025 0.298 1.073 81.818 80.000 0.714 LGA Q 288 Q 288 0.590 0 0.000 0.309 2.291 90.909 73.939 1.420 LGA F 289 F 289 0.463 0 0.031 0.108 0.705 95.455 86.777 0.685 LGA Q 290 Q 290 0.631 0 0.000 1.169 3.481 81.818 69.293 3.481 LGA Q 291 Q 291 0.411 0 0.000 0.222 1.022 100.000 90.101 1.022 LGA S 292 S 292 0.244 0 0.065 0.687 2.357 100.000 89.697 2.357 LGA Q 293 Q 293 0.616 0 0.032 0.274 1.048 86.364 80.202 1.048 LGA V 294 V 294 0.777 0 0.024 0.057 0.863 81.818 81.818 0.745 LGA K 295 K 295 0.572 0 0.046 0.218 1.051 77.727 82.020 0.877 LGA I 296 I 296 0.941 0 0.022 0.076 1.494 73.636 77.955 0.601 LGA A 297 A 297 1.598 0 0.112 0.138 2.453 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 1.524 0 0.035 0.534 2.707 45.455 63.864 0.896 LGA K 299 K 299 3.721 0 0.392 1.170 14.106 35.455 15.758 14.106 LGA V 300 V 300 2.226 0 0.079 0.092 4.733 44.545 27.532 4.648 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.005 0.969 1.935 84.791 78.848 63.591 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.00 93.889 97.167 12.219 LGA_LOCAL RMSD: 1.005 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.005 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.005 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.178124 * X + -0.902941 * Y + 0.391112 * Z + 154.494186 Y_new = -0.193412 * X + -0.421842 * Y + -0.885800 * Z + 150.834030 Z_new = 0.964813 * X + 0.082136 * Y + -0.249780 * Z + 146.923920 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.826525 -1.304730 2.823898 [DEG: -47.3564 -74.7555 161.7974 ] ZXZ: 0.415793 1.823250 1.485870 [DEG: 23.8232 104.4645 85.1341 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS481_2-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS481_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.00 97.167 1.00 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS481_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.975 186.921 153.669 1.00 84.00 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.265 187.676 154.712 1.00 84.07 C ATOM 1347 C GLY 165 150.743 187.510 154.696 1.00 85.56 C ATOM 1348 O GLY 165 150.032 188.289 155.331 1.00 82.92 O ATOM 1349 N LYS 166 150.215 186.506 153.982 1.00 84.59 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.781 186.208 153.943 1.00 84.22 C ATOM 1351 C LYS 166 148.365 185.443 155.206 1.00 84.89 C ATOM 1352 O LYS 166 149.077 184.552 155.671 1.00 82.80 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.409 185.449 152.651 1.00 82.89 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.646 186.284 151.369 1.00 80.13 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.295 185.543 150.068 1.00 77.38 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.546 186.457 148.856 1.00 72.18 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.316 185.823 147.527 1.00 66.11 N ATOM 1358 N TRP 167 147.187 185.764 155.749 1.00 84.51 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.610 185.054 156.891 1.00 84.92 C ATOM 1360 C TRP 167 145.839 183.824 156.417 1.00 84.16 C ATOM 1361 O TRP 167 144.791 183.937 155.788 1.00 81.49 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.726 185.994 157.700 1.00 84.57 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.228 185.382 158.967 1.00 85.15 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.076 184.689 159.118 1.00 81.70 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.895 185.359 160.272 1.00 83.56 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 145.069 184.629 161.163 1.00 82.82 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 147.102 185.886 160.764 1.00 82.51 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 143.976 184.242 160.429 1.00 81.50 N ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.436 184.424 162.512 1.00 82.10 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.463 185.684 162.104 1.00 80.29 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.637 184.957 162.966 1.00 79.66 C ATOM 1372 N ILE 168 146.344 182.644 156.743 1.00 82.03 N ATOM 1373 CA ILE 168 145.801 181.352 156.295 1.00 79.97 C ATOM 1374 C ILE 168 145.401 180.428 157.454 1.00 78.34 C ATOM 1375 O ILE 168 145.089 179.256 157.247 1.00 72.61 O ATOM 1376 CB ILE 168 146.798 180.660 155.346 1.00 77.05 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.168 180.465 156.023 1.00 73.47 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.938 181.464 154.040 1.00 70.88 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.064 179.494 155.264 1.00 67.31 C ATOM 1380 N SER 169 145.427 180.945 158.668 1.00 78.71 N ATOM 1381 CA SER 169 144.979 180.247 159.872 1.00 76.79 C ATOM 1382 C SER 169 143.463 180.408 160.067 1.00 75.46 C ATOM 1383 O SER 169 142.770 180.893 159.176 1.00 69.50 O ATOM 1384 CB SER 169 145.791 180.728 161.074 1.00 73.31 C ATOM 1385 OG SER 169 147.143 180.368 160.913 1.00 69.06 O ATOM 1386 N GLY 170 142.939 179.978 161.211 1.00 72.77 N ATOM 1387 CA GLY 170 141.505 180.029 161.508 1.00 71.52 C ATOM 1388 C GLY 170 140.956 181.449 161.686 1.00 74.16 C ATOM 1389 O GLY 170 141.027 182.273 160.785 1.00 70.83 O ATOM 1390 N LEU 171 140.404 181.727 162.871 1.00 76.19 N ATOM 1391 CA LEU 171 139.869 183.051 163.198 1.00 75.75 C ATOM 1392 C LEU 171 140.982 184.104 163.158 1.00 77.22 C ATOM 1393 O LEU 171 142.081 183.870 163.663 1.00 75.29 O ATOM 1394 CB LEU 171 139.203 183.013 164.584 1.00 72.66 C ATOM 1395 CG LEU 171 137.909 182.176 164.628 1.00 68.59 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 137.518 181.889 166.071 1.00 63.97 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 136.742 182.898 163.942 1.00 62.37 C ATOM 1398 N ALA 172 140.663 185.265 162.594 1.00 80.63 N ATOM 1399 CA ALA 172 141.531 186.429 162.682 1.00 81.31 C ATOM 1400 C ALA 172 141.724 186.839 164.157 1.00 82.47 C ATOM 1401 O ALA 172 140.805 186.657 164.964 1.00 80.85 O ATOM 1402 CB ALA 172 140.925 187.565 161.844 1.00 79.37 C ATOM 1403 N PRO 173 142.895 187.365 164.536 1.00 84.06 N ATOM 1404 CA PRO 173 143.104 187.883 165.885 1.00 84.51 C ATOM 1405 C PRO 173 142.186 189.085 166.147 1.00 85.24 C ATOM 1406 O PRO 173 141.794 189.799 165.222 1.00 84.03 O ATOM 1407 CB PRO 173 144.586 188.252 165.948 1.00 82.93 C ATOM 1408 CG PRO 173 144.936 188.560 164.494 1.00 79.73 C ATOM 1409 CD PRO 173 144.059 187.600 163.700 1.00 82.82 C ATOM 1410 N TYR 174 141.850 189.311 167.409 1.00 87.16 N ATOM 1411 CA TYR 174 141.030 190.453 167.811 1.00 87.40 C ATOM 1412 C TYR 174 141.683 191.772 167.384 1.00 87.50 C ATOM 1413 O TYR 174 142.891 191.919 167.510 1.00 85.55 O ATOM 1414 CB TYR 174 140.815 190.394 169.321 1.00 87.14 C ATOM 1415 CG TYR 174 139.864 191.448 169.835 1.00 88.22 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 140.340 192.529 170.601 1.00 81.50 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 138.490 191.354 169.547 1.00 82.08 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 139.447 193.501 171.083 1.00 80.93 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 137.592 192.324 170.018 1.00 81.15 C ATOM 1420 CZ TYR 174 138.076 193.396 170.789 1.00 85.84 C ATOM 1421 OH TYR 174 137.199 194.343 171.246 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