####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS475_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS475_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 74 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 66 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 74 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 64 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 6 111 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 74 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 68 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 74 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 74 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 74 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 74 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 74 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 74 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 74 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 44 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 32 47 102 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 21 84 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 67 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 33 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 33 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 66 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 74 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 74 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 74 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 71 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 66 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 74 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 74 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 74 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 74 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 74 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 74 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 74 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 74 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 74 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 74 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 74 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 74 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 74 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 74 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 71 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 71 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 55 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 27 112 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 9 112 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 9 112 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 14 92 121 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 32 59 125 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 15 26 42 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 59 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 74 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 74 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 74 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 74 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 74 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 66 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 66 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 67 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 53 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 20 99 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 22 102 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 3 6 64 119 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 20 59 122 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 74 113 123 129 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 54.81 83.70 91.11 95.56 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.50 0.62 0.74 0.83 0.86 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 GDT RMS_ALL_AT 1.08 1.01 1.01 0.99 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.692 0 0.000 0.000 0.722 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.725 0 0.049 0.111 1.526 81.818 74.747 1.526 LGA W 167 W 167 0.555 0 0.047 0.142 0.714 81.818 89.610 0.342 LGA I 168 I 168 0.796 0 0.041 0.804 3.030 82.273 66.136 3.030 LGA S 169 S 169 1.262 0 0.169 0.267 3.878 66.818 50.909 3.878 LGA G 170 G 170 0.966 0 0.161 0.161 1.115 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.969 0 0.000 1.275 4.924 77.727 62.273 1.467 LGA A 172 A 172 0.741 0 0.039 0.044 0.836 86.364 85.455 - LGA P 173 P 173 0.338 0 0.000 0.059 0.780 100.000 92.208 0.780 LGA Y 174 Y 174 0.300 0 0.028 0.179 0.800 100.000 93.939 0.759 LGA G 175 G 175 0.371 0 0.070 0.070 0.371 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.370 0 0.030 0.136 0.454 100.000 100.000 0.219 LGA Q 177 Q 177 0.629 0 0.056 0.277 1.134 86.364 82.020 0.748 LGA L 178 L 178 0.533 0 0.080 0.118 0.749 86.364 86.364 0.688 LGA N 179 N 179 0.942 0 0.181 0.662 4.519 74.545 45.909 4.519 LGA K 180 K 180 3.681 0 0.300 0.969 13.448 20.455 9.091 13.448 LGA K 181 K 181 1.585 0 0.344 0.970 8.094 74.545 36.364 8.094 LGA T 182 T 182 0.519 0 0.058 1.109 3.274 86.364 70.649 3.274 LGA S 183 S 183 0.977 0 0.143 0.130 1.307 82.273 76.667 1.211 LGA K 184 K 184 0.982 0 0.056 0.876 2.925 73.636 68.485 2.925 LGA L 185 L 185 0.541 0 0.072 0.081 0.700 81.818 90.909 0.425 LGA D 186 D 186 0.120 0 0.063 0.105 0.551 95.455 97.727 0.161 LGA P 187 P 187 0.487 0 0.019 0.051 1.163 86.818 87.273 0.609 LGA V 188 V 188 0.761 0 0.014 0.027 0.837 81.818 81.818 0.837 LGA E 189 E 189 0.871 0 0.018 0.297 1.975 81.818 76.566 1.975 LGA D 190 D 190 0.945 0 0.030 0.048 1.395 81.818 73.636 1.395 LGA E 191 E 191 0.627 0 0.046 0.128 1.181 90.909 84.040 1.181 LGA A 192 A 192 0.304 0 0.000 0.000 0.392 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.422 0 0.031 0.635 2.886 100.000 77.778 2.609 LGA V 194 V 194 0.371 0 0.038 0.050 0.474 100.000 100.000 0.437 LGA V 195 V 195 0.092 0 0.000 0.000 0.206 100.000 100.000 0.086 LGA Q 196 Q 196 0.264 0 0.031 0.259 1.395 100.000 88.485 1.186 LGA L 197 L 197 0.253 0 0.013 0.033 0.442 100.000 100.000 0.397 LGA I 198 I 198 0.214 0 0.084 0.090 0.315 100.000 100.000 0.231 LGA F 199 F 199 0.319 0 0.044 0.089 0.430 100.000 100.000 0.158 LGA N 200 N 200 0.304 0 0.035 0.815 1.682 100.000 87.727 1.682 LGA I 201 I 201 0.175 0 0.030 0.052 0.256 100.000 100.000 0.133 LGA F 202 F 202 0.220 0 0.000 0.064 0.472 100.000 100.000 0.472 LGA L 203 L 203 0.402 0 0.000 0.099 0.938 100.000 93.182 0.863 LGA N 204 N 204 0.255 0 0.039 0.077 0.929 100.000 93.182 0.745 LGA G 205 G 205 0.297 0 0.047 0.047 0.300 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.353 0 0.005 0.043 0.723 90.909 95.455 0.259 LGA N 207 N 207 0.930 0 0.062 0.198 1.313 73.636 71.591 1.080 LGA G 208 G 208 1.169 0 0.043 0.043 1.614 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.288 0 0.035 0.196 2.050 65.455 57.576 2.050 LGA D 210 D 210 1.216 0 0.099 0.343 1.247 69.545 75.909 0.405 LGA Y 211 Y 211 1.676 0 0.108 0.399 1.835 54.545 54.545 1.438 LGA S 212 S 212 2.257 0 0.688 0.757 5.981 36.364 25.152 5.981 LGA Y 213 Y 213 2.913 0 0.159 1.640 14.877 38.636 13.030 14.877 LGA A 215 A 215 0.803 0 0.202 0.216 1.810 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.318 0 0.032 0.186 0.489 100.000 100.000 0.423 LGA A 217 A 217 0.206 0 0.033 0.043 0.314 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.338 0 0.049 0.067 0.982 100.000 93.939 0.982 LGA H 219 H 219 0.193 0 0.013 0.040 0.384 100.000 100.000 0.384 LGA L 220 L 220 0.261 0 0.016 0.083 0.393 100.000 100.000 0.393 LGA T 221 T 221 0.171 0 0.005 0.032 0.351 100.000 100.000 0.177 LGA N 222 N 222 0.353 0 0.030 0.029 0.580 95.455 97.727 0.349 LGA L 223 L 223 0.570 0 0.045 0.070 0.987 86.364 84.091 0.854 LGA Q 224 Q 224 0.582 0 0.030 0.864 4.431 81.818 60.404 4.431 LGA I 225 I 225 0.564 0 0.049 0.133 0.568 81.818 88.636 0.136 LGA P 226 P 226 0.570 0 0.056 0.063 0.758 86.364 84.416 0.724 LGA T 227 T 227 0.225 0 0.032 0.168 0.384 100.000 100.000 0.346 LGA P 228 P 228 0.699 0 0.100 0.103 0.802 86.364 84.416 0.802 LGA S 229 S 229 0.708 0 0.122 0.113 0.797 81.818 81.818 0.758 LGA G 230 G 230 0.584 0 0.042 0.042 0.663 86.364 86.364 - LGA K 231 K 231 0.484 0 0.123 0.693 2.694 86.818 84.040 2.694 LGA K 232 K 232 0.471 0 0.134 0.899 3.801 95.455 69.091 3.801 LGA R 233 R 233 0.315 0 0.026 0.950 4.422 100.000 63.636 4.373 LGA W 234 W 234 0.239 0 0.055 0.116 0.542 100.000 97.403 0.336 LGA N 235 N 235 0.563 0 0.004 0.641 1.700 86.364 80.227 1.700 LGA Q 236 Q 236 0.412 0 0.035 0.918 3.537 90.909 76.162 0.746 LGA Y 237 Y 237 0.733 0 0.044 0.402 2.006 86.364 71.818 2.006 LGA T 238 T 238 0.575 0 0.023 0.268 0.915 90.909 87.013 0.915 LGA I 239 I 239 0.330 0 0.000 0.072 0.474 100.000 100.000 0.283 LGA K 240 K 240 0.530 0 0.049 0.622 4.651 86.364 62.828 4.651 LGA A 241 A 241 0.551 0 0.056 0.058 0.661 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.363 0 0.049 0.057 0.946 100.000 90.909 0.946 LGA L 243 L 243 0.225 0 0.034 0.118 0.582 95.455 97.727 0.168 LGA Q 244 Q 244 0.317 0 0.039 0.306 1.257 95.455 88.283 1.257 LGA N 245 N 245 0.468 0 0.004 0.102 0.810 100.000 90.909 0.810 LGA E 246 E 246 0.388 0 0.000 0.610 1.824 100.000 87.071 1.528 LGA V 247 V 247 0.272 0 0.019 0.076 0.322 100.000 100.000 0.184 LGA Y 248 Y 248 0.411 0 0.000 0.136 0.946 100.000 93.939 0.946 LGA I 249 I 249 0.310 0 0.069 0.097 0.517 100.000 95.455 0.507 LGA G 250 G 250 0.238 0 0.035 0.035 0.394 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.410 0 0.047 0.059 0.586 100.000 97.403 0.497 LGA V 252 V 252 0.417 0 0.050 0.100 0.704 95.455 94.805 0.607 LGA K 253 K 253 0.477 0 0.016 0.161 0.700 90.909 91.919 0.437 LGA Y 254 Y 254 0.704 0 0.041 0.336 2.601 81.818 69.394 2.601 LGA K 255 K 255 0.908 0 0.066 0.181 1.040 77.727 78.182 1.036 LGA V 256 V 256 0.991 0 0.119 0.136 1.169 77.727 72.468 1.123 LGA R 257 R 257 1.319 0 0.071 1.127 6.032 65.455 44.298 3.911 LGA E 258 E 258 1.358 0 0.048 0.954 4.631 58.182 43.838 4.631 LGA K 259 K 259 1.920 0 0.000 0.685 2.513 50.909 44.040 2.131 LGA T 260 T 260 1.749 0 0.019 0.093 2.311 44.545 53.506 1.426 LGA K 261 K 261 2.718 0 0.022 0.884 9.259 30.000 17.576 9.259 LGA D 262 D 262 2.127 0 0.088 0.886 3.716 38.182 31.591 3.515 LGA G 263 G 263 2.253 0 0.096 0.096 2.402 38.182 38.182 - LGA K 264 K 264 1.553 0 0.005 0.491 1.707 50.909 60.808 0.848 LGA R 265 R 265 1.443 0 0.096 1.030 3.604 61.818 55.537 3.604 LGA T 266 T 266 1.048 0 0.033 0.135 1.216 65.455 72.468 0.989 LGA I 267 I 267 0.790 0 0.024 0.073 0.937 81.818 81.818 0.937 LGA R 268 R 268 0.445 0 0.000 0.961 2.791 95.455 73.388 2.236 LGA P 269 P 269 0.278 0 0.000 0.000 0.306 100.000 100.000 0.194 LGA E 270 E 270 0.431 0 0.028 0.859 2.923 100.000 75.556 2.139 LGA K 271 K 271 0.385 0 0.061 0.731 5.088 100.000 62.222 5.088 LGA E 272 E 272 0.192 0 0.070 0.150 1.255 95.455 84.444 1.190 LGA Q 273 Q 273 0.490 0 0.014 0.073 0.950 100.000 89.899 0.950 LGA I 274 I 274 0.553 0 0.061 0.074 0.765 81.818 81.818 0.765 LGA V 275 V 275 0.256 0 0.021 0.037 0.380 100.000 100.000 0.375 LGA V 276 V 276 0.373 0 0.000 0.024 0.511 100.000 94.805 0.511 LGA Q 277 Q 277 0.307 0 0.046 0.635 2.977 100.000 76.970 2.977 LGA D 278 D 278 0.218 0 0.038 0.217 0.879 100.000 97.727 0.879 LGA A 279 A 279 0.332 0 0.017 0.045 0.369 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.125 0 0.038 0.159 0.430 100.000 100.000 0.424 LGA A 281 A 281 0.172 0 0.000 0.000 0.278 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.251 0 0.000 0.020 0.526 100.000 97.403 0.526 LGA I 283 I 283 0.331 0 0.026 0.074 0.624 95.455 93.182 0.520 LGA I 284 I 284 0.435 0 0.005 0.050 0.535 90.909 95.455 0.307 LGA D 285 D 285 0.735 0 0.041 0.075 1.191 81.818 77.727 0.997 LGA K 286 K 286 0.763 0 0.000 0.257 1.003 81.818 80.000 1.003 LGA E 287 E 287 0.805 0 0.027 0.389 1.154 81.818 80.000 0.988 LGA Q 288 Q 288 0.546 0 0.000 0.533 1.786 90.909 75.354 1.206 LGA F 289 F 289 0.470 0 0.034 0.108 0.967 100.000 88.430 0.967 LGA Q 290 Q 290 0.655 0 0.000 0.546 3.227 81.818 67.879 1.681 LGA Q 291 Q 291 0.369 0 0.000 0.197 0.713 100.000 95.960 0.713 LGA S 292 S 292 0.341 0 0.066 0.693 2.468 100.000 89.697 2.468 LGA Q 293 Q 293 0.708 0 0.038 0.258 1.239 81.818 76.364 1.111 LGA V 294 V 294 0.651 0 0.017 0.039 0.770 81.818 84.416 0.438 LGA K 295 K 295 0.506 0 0.048 0.190 1.008 82.273 84.040 0.680 LGA I 296 I 296 0.925 0 0.030 0.068 1.501 70.000 73.864 0.707 LGA A 297 A 297 1.479 0 0.118 0.144 2.266 55.000 57.091 - LGA N 298 N 298 1.431 0 0.070 0.447 3.166 46.818 64.545 0.848 LGA K 299 K 299 3.955 0 0.338 0.971 14.040 25.909 11.515 14.040 LGA V 300 V 300 2.483 0 0.099 0.113 4.179 32.727 22.597 3.854 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.980 0.950 1.869 84.869 79.321 65.684 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.98 94.815 97.502 12.505 LGA_LOCAL RMSD: 0.980 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.980 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.980 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.788267 * X + 0.477261 * Y + 0.388404 * Z + 157.135803 Y_new = -0.615268 * X + 0.602090 * Y + 0.508854 * Z + 168.258133 Z_new = 0.009002 * X + -0.640085 * Y + 0.768251 * Z + 153.110672 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.662758 -0.009002 -0.694643 [DEG: -37.9732 -0.5158 -39.8001 ] ZXZ: 2.489640 0.694691 3.127529 [DEG: 142.6458 39.8029 179.1942 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS475_5-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS475_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.98 97.502 0.98 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS475_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 5 STOICH UNK PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.991 186.900 153.631 1.00 90.21 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.316 187.625 154.709 1.00 89.86 C ATOM 1347 C GLY 165 150.791 187.517 154.685 1.00 90.58 C ATOM 1348 O GLY 165 150.099 188.360 155.259 1.00 88.63 O ATOM 1349 N LYS 166 150.242 186.504 154.009 1.00 89.26 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.802 186.249 153.979 1.00 88.61 C ATOM 1351 C LYS 166 148.368 185.472 155.219 1.00 88.28 C ATOM 1352 O LYS 166 149.077 184.599 155.723 1.00 86.51 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.400 185.509 152.695 1.00 88.49 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.647 186.363 151.439 1.00 86.81 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.259 185.576 150.179 1.00 84.03 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.506 186.436 148.943 1.00 80.22 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.432 185.633 147.701 1.00 72.38 N ATOM 1358 N TRP 167 147.158 185.748 155.684 1.00 86.94 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.557 185.023 156.797 1.00 86.12 C ATOM 1360 C TRP 167 145.859 183.755 156.297 1.00 84.79 C ATOM 1361 O TRP 167 144.887 183.820 155.547 1.00 81.76 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.600 185.943 157.545 1.00 85.56 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.114 185.353 158.823 1.00 85.17 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 143.943 184.702 159.018 1.00 83.45 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.814 185.314 160.109 1.00 84.53 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 144.990 184.611 161.042 1.00 83.87 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 147.051 185.795 160.575 1.00 84.00 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 143.862 184.270 160.324 1.00 82.73 N ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.380 184.392 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PRO 173 142.867 188.009 165.654 1.00 88.61 C ATOM 1405 C PRO 173 141.937 189.194 165.966 1.00 89.80 C ATOM 1406 O PRO 173 141.608 189.968 165.083 1.00 89.18 O ATOM 1407 CB PRO 173 144.336 188.417 165.740 1.00 87.52 C ATOM 1408 CG PRO 173 144.990 187.651 164.588 1.00 84.08 C ATOM 1409 CD PRO 173 143.894 187.617 163.532 1.00 86.22 C ATOM 1410 N TYR 174 141.563 189.348 167.222 1.00 89.09 N ATOM 1411 CA TYR 174 140.749 190.479 167.667 1.00 90.11 C ATOM 1412 C TYR 174 141.407 191.813 167.297 1.00 91.03 C ATOM 1413 O TYR 174 142.609 191.954 167.457 1.00 90.62 O ATOM 1414 CB TYR 174 140.554 190.387 169.183 1.00 90.61 C ATOM 1415 CG TYR 174 139.616 191.435 169.737 1.00 90.99 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 140.115 192.475 170.548 1.00 86.91 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 138.249 191.369 169.442 1.00 86.87 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 139.227 193.434 171.086 1.00 86.11 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 137.363 192.325 169.967 1.00 86.65 C ATOM 1420 CZ TYR 174 137.845 193.353 170.800 1.00 91.11 C ATOM 1421 OH TYR 174 136.988 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ATOM 1646 CD2 PHE 202 149.972 194.632 181.553 1.00 79.79 C ATOM 1647 CE1 PHE 202 152.446 194.488 180.250 1.00 79.52 C ATOM 1648 CE2 PHE 202 150.972 193.772 182.041 1.00 80.48 C ATOM 1649 CZ PHE 202 152.211 193.703 181.381 1.00 86.13 C ATOM 1650 N LEU 203 150.649 199.229 180.308 1.00 91.55 N ATOM 1651 CA LEU 203 151.895 199.997 180.425 1.00 90.34 C ATOM 1652 C LEU 203 151.815 201.091 181.494 1.00 88.45 C ATOM 1653 O LEU 203 152.664 201.114 182.382 1.00 84.82 O ATOM 1654 CB LEU 203 152.268 200.578 179.050 1.00 89.98 C ATOM 1655 CG LEU 203 152.769 199.510 178.055 1.00 88.26 C ATOM 1656 CD1 LEU 203 152.992 200.148 176.689 1.00 81.85 C ATOM 1657 CD2 LEU 203 154.090 198.870 178.501 1.00 82.07 C ATOM 1658 N ASN 204 150.772 201.902 181.479 1.00 88.46 N ATOM 1659 CA ASN 204 150.676 203.137 182.254 1.00 86.19 C ATOM 1660 C ASN 204 149.779 203.010 183.500 1.00 84.00 C ATOM 1661 O ASN 204 149.749 203.913 184.334 1.00 77.77 O ATOM 1662 CB ASN 204 150.180 204.257 181.314 1.00 85.49 C ATOM 1663 CG ASN 204 151.078 204.452 180.111 1.00 83.68 C ATOM 1664 ND2 ASN 204 150.536 204.799 178.975 1.00 75.86 N ATOM 1665 OD1 ASN 204 152.285 204.281 180.158 1.00 77.25 O ATOM 1666 N GLY 205 149.069 201.890 183.631 1.00 84.62 N ATOM 1667 CA GLY 205 148.084 201.742 184.699 1.00 83.53 C ATOM 1668 C GLY 205 146.863 202.648 184.515 1.00 84.67 C ATOM 1669 O GLY 205 146.648 203.258 183.470 1.00 80.22 O ATOM 1670 N LEU 206 146.034 202.711 185.544 1.00 81.54 N ATOM 1671 CA LEU 206 144.925 203.651 185.648 1.00 81.13 C ATOM 1672 C LEU 206 144.925 204.286 187.044 1.00 80.02 C ATOM 1673 O LEU 206 145.076 203.591 188.038 1.00 73.60 O ATOM 1674 CB LEU 206 143.576 202.941 185.384 1.00 79.19 C ATOM 1675 CG LEU 206 143.285 202.579 183.920 1.00 74.87 C ATOM 1676 CD1 LEU 206 142.030 201.707 183.850 1.00 68.50 C ATOM 1677 CD2 LEU 206 143.023 203.819 183.062 1.00 69.06 C ATOM 1678 N ASN 207 144.729 205.595 187.099 1.00 77.17 N ATOM 1679 CA ASN 207 144.687 206.349 188.356 1.00 75.67 C ATOM 1680 C ASN 207 145.924 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