####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS475_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS475_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 75 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 64 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 75 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 62 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 6 53 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 33 110 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 75 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 76 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 76 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 76 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 76 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 76 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 76 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 76 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 43 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 38 100 121 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 99 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 68 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 36 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 27 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 66 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 76 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 76 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 76 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 72 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 72 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 76 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 76 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 76 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 76 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 76 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 76 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 76 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 76 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 76 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 76 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 76 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 76 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 76 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 76 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 76 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 76 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 65 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 33 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 12 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 12 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 15 92 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 20 50 126 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 7 29 88 129 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 63 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 76 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 76 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 76 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 76 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 76 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 62 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 64 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 68 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 51 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 16 100 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 20 94 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 5 47 72 123 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 20 93 123 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 76 114 124 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 56.30 84.44 91.85 94.81 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.32 0.50 0.62 0.70 0.84 0.87 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 GDT RMS_ALL_AT 1.05 1.02 1.01 1.00 0.99 0.99 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.713 0 0.000 0.000 0.747 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.759 0 0.057 0.116 1.578 81.818 74.747 1.578 LGA W 167 W 167 0.559 0 0.050 0.129 0.745 81.818 90.909 0.306 LGA I 168 I 168 0.955 0 0.068 1.566 4.413 78.182 57.727 4.413 LGA S 169 S 169 1.386 0 0.646 0.563 3.924 66.818 50.909 3.924 LGA G 170 G 170 1.544 0 0.172 0.172 1.544 61.818 61.818 - LGA L 171 L 171 0.883 0 0.015 1.302 4.649 77.727 62.273 1.120 LGA A 172 A 172 0.758 0 0.038 0.044 0.868 86.364 85.455 - LGA P 173 P 173 0.357 0 0.012 0.066 0.792 100.000 92.208 0.792 LGA Y 174 Y 174 0.312 0 0.028 0.171 0.744 100.000 93.939 0.675 LGA G 175 G 175 0.365 0 0.072 0.072 0.365 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.388 0 0.027 0.135 0.472 100.000 100.000 0.206 LGA Q 177 Q 177 0.640 0 0.055 0.254 1.058 86.364 82.020 0.751 LGA L 178 L 178 0.541 0 0.082 0.121 0.757 86.364 86.364 0.722 LGA N 179 N 179 0.922 0 0.182 0.659 4.491 74.545 47.273 4.491 LGA K 180 K 180 3.742 0 0.297 0.969 13.511 20.455 9.091 13.511 LGA K 181 K 181 1.532 0 0.345 0.970 8.007 78.636 38.182 8.007 LGA T 182 T 182 0.517 0 0.061 1.111 3.288 86.364 70.649 3.288 LGA S 183 S 183 0.979 0 0.142 0.128 1.304 77.727 73.636 1.210 LGA K 184 K 184 0.975 0 0.056 0.872 2.885 73.636 68.485 2.885 LGA L 185 L 185 0.538 0 0.072 0.079 0.684 81.818 90.909 0.392 LGA D 186 D 186 0.142 0 0.064 0.110 0.572 95.455 97.727 0.188 LGA P 187 P 187 0.491 0 0.010 0.048 1.165 86.818 87.273 0.579 LGA V 188 V 188 0.775 0 0.014 0.028 0.846 81.818 81.818 0.846 LGA E 189 E 189 0.870 0 0.018 0.301 1.932 81.818 76.566 1.932 LGA D 190 D 190 0.924 0 0.034 0.049 1.334 81.818 73.636 1.334 LGA E 191 E 191 0.614 0 0.043 0.128 1.140 90.909 84.040 1.140 LGA A 192 A 192 0.324 0 0.000 0.000 0.406 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.441 0 0.033 0.636 2.895 100.000 77.778 2.618 LGA V 194 V 194 0.358 0 0.034 0.045 0.471 100.000 100.000 0.412 LGA V 195 V 195 0.090 0 0.000 0.000 0.216 100.000 100.000 0.115 LGA Q 196 Q 196 0.295 0 0.027 0.262 1.452 100.000 88.485 1.247 LGA L 197 L 197 0.266 0 0.020 0.037 0.400 100.000 100.000 0.377 LGA I 198 I 198 0.202 0 0.085 0.090 0.311 100.000 100.000 0.227 LGA F 199 F 199 0.328 0 0.047 0.089 0.434 100.000 100.000 0.173 LGA N 200 N 200 0.319 0 0.030 0.806 1.707 100.000 87.727 1.628 LGA I 201 I 201 0.197 0 0.032 0.049 0.287 100.000 100.000 0.146 LGA F 202 F 202 0.211 0 0.000 0.058 0.438 100.000 100.000 0.438 LGA L 203 L 203 0.389 0 0.000 0.102 0.930 100.000 93.182 0.855 LGA N 204 N 204 0.259 0 0.036 0.083 0.854 100.000 93.182 0.705 LGA G 205 G 205 0.205 0 0.044 0.044 0.207 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.189 0 0.000 0.040 0.487 100.000 100.000 0.476 LGA N 207 N 207 0.631 0 0.067 0.195 0.965 86.364 84.091 0.660 LGA G 208 G 208 0.999 0 0.039 0.039 1.415 73.636 73.636 - LGA K 209 K 209 1.126 0 0.038 0.201 2.317 73.636 61.212 2.317 LGA D 210 D 210 1.054 0 0.094 0.350 1.074 69.545 75.909 0.614 LGA Y 211 Y 211 1.556 0 0.100 0.412 1.703 58.182 60.606 1.312 LGA S 212 S 212 2.262 0 0.689 0.761 6.092 36.364 25.152 6.092 LGA Y 213 Y 213 2.833 0 0.160 1.645 14.803 45.455 15.303 14.803 LGA A 215 A 215 0.698 0 0.198 0.213 1.696 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.264 0 0.028 0.185 0.474 100.000 100.000 0.440 LGA A 217 A 217 0.171 0 0.032 0.045 0.268 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.277 0 0.049 0.071 0.896 100.000 93.939 0.896 LGA H 219 H 219 0.201 0 0.027 0.041 0.353 100.000 100.000 0.353 LGA L 220 L 220 0.256 0 0.013 0.081 0.376 100.000 100.000 0.376 LGA T 221 T 221 0.136 0 0.000 0.033 0.306 100.000 100.000 0.128 LGA N 222 N 222 0.313 0 0.029 0.032 0.533 95.455 97.727 0.284 LGA L 223 L 223 0.559 0 0.045 0.071 0.963 90.909 86.364 0.856 LGA Q 224 Q 224 0.532 0 0.032 0.843 4.467 81.818 60.404 4.467 LGA I 225 I 225 0.512 0 0.049 0.129 0.525 86.364 93.182 0.116 LGA P 226 P 226 0.540 0 0.055 0.061 0.700 86.364 84.416 0.680 LGA T 227 T 227 0.238 0 0.038 0.169 0.410 100.000 100.000 0.396 LGA P 228 P 228 0.723 0 0.100 0.103 0.812 86.364 84.416 0.812 LGA S 229 S 229 0.777 0 0.117 0.109 0.799 81.818 81.818 0.619 LGA G 230 G 230 0.640 0 0.037 0.037 0.640 86.364 86.364 - LGA K 231 K 231 0.415 0 0.122 0.694 2.471 86.818 87.273 2.471 LGA K 232 K 232 0.381 0 0.176 0.883 3.544 90.909 71.111 3.544 LGA R 233 R 233 0.326 0 0.022 1.386 8.565 100.000 51.901 8.565 LGA W 234 W 234 0.205 0 0.066 0.103 0.587 100.000 97.403 0.380 LGA N 235 N 235 0.694 0 0.083 0.982 3.274 86.364 72.045 1.404 LGA Q 236 Q 236 0.484 0 0.044 0.898 3.563 95.455 78.182 0.771 LGA Y 237 Y 237 0.862 0 0.032 0.342 2.266 81.818 66.212 2.266 LGA T 238 T 238 0.636 0 0.022 0.250 0.894 86.364 84.416 0.894 LGA I 239 I 239 0.322 0 0.013 0.074 0.472 100.000 100.000 0.273 LGA K 240 K 240 0.576 0 0.054 0.634 4.797 86.364 62.828 4.797 LGA A 241 A 241 0.593 0 0.051 0.054 0.695 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.357 0 0.050 0.057 0.946 100.000 90.909 0.946 LGA L 243 L 243 0.245 0 0.034 0.121 0.589 95.455 97.727 0.209 LGA Q 244 Q 244 0.323 0 0.040 0.300 1.262 95.455 88.283 1.262 LGA N 245 N 245 0.464 0 0.000 0.097 0.795 100.000 90.909 0.795 LGA E 246 E 246 0.392 0 0.000 0.616 1.862 100.000 87.071 1.528 LGA V 247 V 247 0.262 0 0.015 0.074 0.317 100.000 100.000 0.163 LGA Y 248 Y 248 0.396 0 0.000 0.133 0.951 100.000 93.939 0.951 LGA I 249 I 249 0.307 0 0.061 0.086 0.517 100.000 95.455 0.504 LGA G 250 G 250 0.226 0 0.036 0.036 0.404 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.433 0 0.046 0.055 0.613 100.000 94.805 0.515 LGA V 252 V 252 0.429 0 0.052 0.101 0.729 95.455 92.208 0.625 LGA K 253 K 253 0.434 0 0.019 0.148 0.643 95.455 93.939 0.369 LGA Y 254 Y 254 0.656 0 0.036 0.325 2.534 81.818 69.394 2.534 LGA K 255 K 255 0.839 0 0.061 0.205 1.048 77.727 78.182 1.048 LGA V 256 V 256 0.939 0 0.113 0.131 1.149 81.818 74.805 1.080 LGA R 257 R 257 1.187 0 0.080 1.113 6.147 65.455 42.975 4.122 LGA E 258 E 258 1.210 0 0.051 0.938 4.428 61.818 45.859 4.428 LGA K 259 K 259 1.746 0 0.022 0.143 2.758 50.909 41.414 2.758 LGA T 260 T 260 1.714 0 0.006 0.095 2.322 44.545 51.429 1.485 LGA K 261 K 261 2.867 0 0.030 0.890 9.492 27.727 15.556 9.492 LGA D 262 D 262 2.376 0 0.083 0.873 3.681 38.182 30.000 3.595 LGA G 263 G 263 2.281 0 0.097 0.097 2.359 38.182 38.182 - LGA K 264 K 264 1.458 0 0.000 0.487 1.646 61.818 63.838 1.015 LGA R 265 R 265 1.345 0 0.091 1.025 3.708 65.455 56.860 3.708 LGA T 266 T 266 0.838 0 0.022 0.133 1.046 73.636 79.740 0.728 LGA I 267 I 267 0.689 0 0.028 0.077 0.787 81.818 81.818 0.766 LGA R 268 R 268 0.412 0 0.000 0.960 2.585 95.455 75.041 2.318 LGA P 269 P 269 0.328 0 0.000 0.003 0.343 100.000 100.000 0.253 LGA E 270 E 270 0.400 0 0.006 0.882 3.201 100.000 74.545 2.463 LGA K 271 K 271 0.275 0 0.041 0.674 3.726 100.000 68.687 3.312 LGA E 272 E 272 0.153 0 0.062 0.180 1.177 95.455 88.081 0.914 LGA Q 273 Q 273 0.502 0 0.000 0.055 0.923 90.909 85.859 0.923 LGA I 274 I 274 0.567 0 0.062 0.076 0.764 81.818 81.818 0.764 LGA V 275 V 275 0.281 0 0.023 0.038 0.411 100.000 100.000 0.405 LGA V 276 V 276 0.427 0 0.000 0.029 0.564 100.000 94.805 0.564 LGA Q 277 Q 277 0.349 0 0.052 0.632 2.821 100.000 76.364 2.821 LGA D 278 D 278 0.261 0 0.030 0.234 0.920 100.000 97.727 0.920 LGA A 279 A 279 0.361 0 0.021 0.046 0.397 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.151 0 0.037 0.156 0.426 100.000 100.000 0.409 LGA A 281 A 281 0.203 0 0.000 0.000 0.324 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.254 0 0.002 0.018 0.533 100.000 97.403 0.533 LGA I 283 I 283 0.360 0 0.027 0.075 0.658 95.455 93.182 0.520 LGA I 284 I 284 0.467 0 0.000 0.055 0.568 90.909 95.455 0.335 LGA D 285 D 285 0.807 0 0.044 0.095 1.343 81.818 75.682 1.070 LGA K 286 K 286 0.843 0 0.018 0.274 1.111 81.818 78.182 1.111 LGA E 287 E 287 0.941 0 0.031 0.394 1.251 81.818 78.182 0.966 LGA Q 288 Q 288 0.656 0 0.000 0.527 1.697 90.909 75.354 1.282 LGA F 289 F 289 0.509 0 0.033 0.112 0.962 86.364 83.471 0.962 LGA Q 290 Q 290 0.717 0 0.000 0.807 2.949 81.818 67.475 2.949 LGA Q 291 Q 291 0.441 0 0.000 0.205 0.752 95.455 89.899 0.752 LGA S 292 S 292 0.365 0 0.070 0.695 2.519 100.000 87.879 2.519 LGA Q 293 Q 293 0.723 0 0.036 0.266 1.293 81.818 76.364 1.197 LGA V 294 V 294 0.659 0 0.020 0.048 0.746 81.818 84.416 0.491 LGA K 295 K 295 0.447 0 0.058 0.197 0.988 90.909 91.919 0.611 LGA I 296 I 296 0.878 0 0.025 0.071 1.447 73.636 75.682 0.729 LGA A 297 A 297 1.485 0 0.130 0.155 2.318 55.000 54.182 - LGA N 298 N 298 1.481 0 0.115 0.467 3.412 44.091 63.182 0.789 LGA K 299 K 299 3.965 0 0.335 1.014 13.639 20.909 9.293 13.639 LGA V 300 V 300 2.691 0 0.072 0.087 3.879 22.727 19.740 3.388 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.985 0.960 1.897 85.104 79.281 65.286 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.98 94.815 97.563 12.447 LGA_LOCAL RMSD: 0.985 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.985 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.985 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.740353 * X + 0.671063 * Y + -0.039379 * Z + 161.379700 Y_new = 0.625556 * X + 0.709224 * Y + 0.325085 * Z + 194.909393 Z_new = 0.246081 * X + 0.216044 * Y + -0.944865 * Z + 162.925034 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.440042 -0.248635 2.916806 [DEG: 139.8041 -14.2457 167.1207 ] ZXZ: -3.021045 2.807977 0.850305 [DEG: -173.0931 160.8853 48.7189 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS475_4-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS475_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.98 97.563 0.98 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS475_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 4 STOICH UNK PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.969 186.837 153.617 1.00 90.31 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.305 187.566 154.696 1.00 89.97 C ATOM 1347 C GLY 165 150.780 187.461 154.689 1.00 90.79 C ATOM 1348 O GLY 165 150.094 188.296 155.276 1.00 88.86 O ATOM 1349 N LYS 166 150.228 186.451 154.010 1.00 89.47 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.786 186.207 153.979 1.00 88.91 C ATOM 1351 C LYS 166 148.341 185.442 155.225 1.00 88.65 C ATOM 1352 O LYS 166 149.023 184.530 155.698 1.00 86.85 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.381 185.468 152.700 1.00 88.78 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.619 186.327 151.446 1.00 87.09 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.239 185.555 150.174 1.00 84.31 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.462 186.440 148.949 1.00 80.56 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.378 185.667 147.693 1.00 72.58 N ATOM 1358 N TRP 167 147.149 185.769 155.706 1.00 87.24 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.537 185.068 156.827 1.00 86.32 C ATOM 1360 C TRP 167 145.780 183.832 156.335 1.00 85.05 C ATOM 1361 O TRP 167 144.792 183.938 155.617 1.00 82.07 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.634 186.020 157.594 1.00 85.83 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.126 185.426 158.864 1.00 85.46 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 143.935 184.808 159.043 1.00 83.81 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.823 185.338 160.145 1.00 84.84 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 144.981 184.642 161.068 1.00 84.21 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 147.081 185.772 160.615 1.00 84.39 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 143.847 184.354 160.338 1.00 83.07 N ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.372 184.386 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PRO 173 142.896 188.025 165.648 1.00 88.71 C ATOM 1405 C PRO 173 141.970 189.205 165.969 1.00 89.80 C ATOM 1406 O PRO 173 141.627 189.981 165.083 1.00 89.27 O ATOM 1407 CB PRO 173 144.369 188.427 165.745 1.00 87.65 C ATOM 1408 CG PRO 173 145.018 187.684 164.585 1.00 84.22 C ATOM 1409 CD PRO 173 143.935 187.669 163.527 1.00 86.36 C ATOM 1410 N TYR 174 141.601 189.357 167.227 1.00 89.29 N ATOM 1411 CA TYR 174 140.790 190.484 167.674 1.00 90.21 C ATOM 1412 C TYR 174 141.444 191.826 167.298 1.00 91.13 C ATOM 1413 O TYR 174 142.647 191.970 167.452 1.00 90.67 O ATOM 1414 CB TYR 174 140.603 190.396 169.192 1.00 90.70 C ATOM 1415 CG TYR 174 139.643 191.425 169.744 1.00 91.09 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 140.119 192.477 170.556 1.00 87.02 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 138.276 191.326 169.451 1.00 86.97 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 139.211 193.416 171.093 1.00 86.23 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 137.368 192.262 169.978 1.00 86.80 C ATOM 1420 CZ TYR 174 137.835 193.306 170.810 1.00 91.26 C ATOM 1421 OH TYR 174 136.950 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ASN 204 151.017 204.416 180.148 1.00 82.97 C ATOM 1664 ND2 ASN 204 150.442 204.794 179.041 1.00 75.41 N ATOM 1665 OD1 ASN 204 152.219 204.237 180.167 1.00 76.81 O ATOM 1666 N GLY 205 149.090 201.788 183.674 1.00 83.92 N ATOM 1667 CA GLY 205 148.124 201.613 184.751 1.00 82.83 C ATOM 1668 C GLY 205 146.891 202.517 184.602 1.00 83.98 C ATOM 1669 O GLY 205 146.668 203.156 183.577 1.00 79.51 O ATOM 1670 N LEU 206 146.071 202.556 185.642 1.00 80.74 N ATOM 1671 CA LEU 206 144.953 203.488 185.782 1.00 80.33 C ATOM 1672 C LEU 206 144.977 204.091 187.192 1.00 79.12 C ATOM 1673 O LEU 206 145.183 203.370 188.168 1.00 72.89 O ATOM 1674 CB LEU 206 143.604 202.783 185.528 1.00 78.42 C ATOM 1675 CG LEU 206 143.311 202.400 184.068 1.00 74.09 C ATOM 1676 CD1 LEU 206 142.041 201.552 184.010 1.00 68.02 C ATOM 1677 CD2 LEU 206 143.075 203.621 183.184 1.00 68.33 C ATOM 1678 N ASN 207 144.748 205.390 187.288 1.00 76.57 N ATOM 1679 CA ASN 207 144.731 206.120 188.561 1.00 74.99 C ATOM 1680 C ASN 207 146.012 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VAL 300 156.609 192.824 192.078 1.00 42.99 C ATOM 2441 CG2 VAL 300 157.952 193.869 190.294 1.00 43.38 C TER END