####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS475_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS475_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.97 0.97 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.97 0.97 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.97 0.97 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 70 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 70 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 71 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 62 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 3 53 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 70 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 70 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 72 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 72 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 72 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 72 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 72 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 72 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 72 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 45 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 19 30 83 125 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 35 112 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 70 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 35 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 31 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 70 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 72 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 72 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 72 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 61 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 70 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 72 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 72 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 72 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 72 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 72 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 72 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 72 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 72 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 72 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 72 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 72 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 72 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 72 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 72 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 72 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 70 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 72 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 72 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 72 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 72 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 71 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 70 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 70 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 54 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 15 107 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 15 93 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 4 7 55 124 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 14 66 110 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 72 117 126 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 53.33 86.67 93.33 95.56 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.51 0.64 0.71 0.82 0.94 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 GDT RMS_ALL_AT 1.09 1.02 0.99 0.98 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 0.97 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.756 0 0.000 0.000 0.803 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.739 0 0.054 0.111 1.600 81.818 74.747 1.600 LGA W 167 W 167 0.503 0 0.078 0.127 0.771 81.818 87.013 0.579 LGA I 168 I 168 0.736 0 0.043 1.574 4.327 82.273 59.773 4.327 LGA S 169 S 169 1.463 0 0.171 0.265 4.360 66.818 48.485 4.360 LGA G 170 G 170 0.803 0 0.133 0.133 1.319 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.942 0 0.000 1.277 4.884 81.818 62.273 1.426 LGA A 172 A 172 0.818 0 0.035 0.034 0.924 86.364 85.455 - LGA P 173 P 173 0.436 0 0.000 0.058 0.842 95.455 89.610 0.842 LGA Y 174 Y 174 0.374 0 0.025 0.171 0.816 100.000 92.424 0.763 LGA G 175 G 175 0.417 0 0.069 0.069 0.417 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.472 0 0.022 0.134 0.561 95.455 98.485 0.186 LGA Q 177 Q 177 0.747 0 0.055 0.302 1.221 86.364 82.020 0.870 LGA L 178 L 178 0.654 0 0.082 0.124 0.854 81.818 81.818 0.761 LGA N 179 N 179 0.885 0 0.184 0.658 4.432 73.636 46.818 4.432 LGA K 180 K 180 3.596 0 0.296 0.965 13.437 27.727 12.323 13.437 LGA K 181 K 181 1.656 0 0.347 0.968 8.126 74.545 36.364 8.126 LGA T 182 T 182 0.517 0 0.063 1.115 3.250 86.364 70.649 3.250 LGA S 183 S 183 1.009 0 0.144 0.129 1.310 73.636 70.909 1.260 LGA K 184 K 184 0.967 0 0.054 0.869 2.870 73.636 68.485 2.870 LGA L 185 L 185 0.559 0 0.070 0.079 0.687 81.818 90.909 0.295 LGA D 186 D 186 0.264 0 0.063 0.105 0.684 95.455 97.727 0.131 LGA P 187 P 187 0.577 0 0.014 0.046 1.276 82.273 84.675 0.597 LGA V 188 V 188 0.891 0 0.023 0.032 0.960 81.818 81.818 0.960 LGA E 189 E 189 0.961 0 0.014 0.301 1.941 81.818 76.566 1.941 LGA D 190 D 190 0.990 0 0.032 0.052 1.471 81.818 73.636 1.471 LGA E 191 E 191 0.666 0 0.042 0.123 1.232 90.909 84.040 1.232 LGA A 192 A 192 0.377 0 0.000 0.000 0.458 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.480 0 0.036 0.632 2.921 100.000 77.778 2.643 LGA V 194 V 194 0.372 0 0.035 0.049 0.488 100.000 100.000 0.415 LGA V 195 V 195 0.106 0 0.000 0.000 0.251 100.000 100.000 0.136 LGA Q 196 Q 196 0.332 0 0.022 0.262 1.508 100.000 86.869 1.281 LGA L 197 L 197 0.319 0 0.020 0.034 0.418 100.000 100.000 0.418 LGA I 198 I 198 0.192 0 0.085 0.088 0.380 100.000 100.000 0.189 LGA F 199 F 199 0.358 0 0.048 0.087 0.459 100.000 100.000 0.162 LGA N 200 N 200 0.381 0 0.031 0.848 1.898 100.000 87.727 1.645 LGA I 201 I 201 0.266 0 0.036 0.054 0.357 100.000 100.000 0.215 LGA F 202 F 202 0.239 0 0.000 0.054 0.447 100.000 100.000 0.442 LGA L 203 L 203 0.435 0 0.000 0.105 0.947 100.000 90.909 0.907 LGA N 204 N 204 0.301 0 0.036 0.064 0.957 100.000 93.182 0.870 LGA G 205 G 205 0.158 0 0.047 0.047 0.158 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.189 0 0.000 0.047 0.525 95.455 97.727 0.426 LGA N 207 N 207 0.735 0 0.069 0.207 1.138 81.818 79.773 0.874 LGA G 208 G 208 0.944 0 0.031 0.031 1.275 73.636 73.636 - LGA K 209 K 209 1.067 0 0.035 0.207 2.258 77.727 63.030 2.258 LGA D 210 D 210 0.999 0 0.093 0.353 1.036 77.727 80.000 0.673 LGA Y 211 Y 211 1.441 0 0.095 0.401 1.594 65.455 63.030 1.230 LGA S 212 S 212 2.159 0 0.689 0.755 5.954 43.182 30.606 5.954 LGA Y 213 Y 213 2.895 0 0.157 1.640 14.880 38.636 13.030 14.880 LGA A 215 A 215 0.574 0 0.201 0.216 1.665 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.271 0 0.031 0.188 0.577 100.000 95.455 0.536 LGA A 217 A 217 0.209 0 0.032 0.045 0.321 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.244 0 0.046 0.071 0.854 100.000 96.970 0.854 LGA H 219 H 219 0.156 0 0.024 0.038 0.310 100.000 100.000 0.310 LGA L 220 L 220 0.230 0 0.021 0.084 0.317 100.000 100.000 0.317 LGA T 221 T 221 0.267 0 0.013 0.032 0.470 100.000 100.000 0.314 LGA N 222 N 222 0.488 0 0.033 0.032 0.710 90.909 95.455 0.447 LGA L 223 L 223 0.636 0 0.042 0.068 1.044 81.818 79.773 0.816 LGA Q 224 Q 224 0.641 0 0.031 0.846 4.313 81.818 61.414 4.313 LGA I 225 I 225 0.564 0 0.047 0.131 0.575 81.818 88.636 0.218 LGA P 226 P 226 0.548 0 0.052 0.059 0.728 86.364 84.416 0.687 LGA T 227 T 227 0.341 0 0.037 0.180 0.514 100.000 97.403 0.514 LGA P 228 P 228 0.783 0 0.104 0.106 0.859 81.818 81.818 0.859 LGA S 229 S 229 0.873 0 0.120 0.112 1.005 81.818 79.091 0.811 LGA G 230 G 230 0.560 0 0.035 0.035 0.623 86.364 86.364 - LGA K 231 K 231 0.458 0 0.121 0.692 2.435 86.818 81.212 2.435 LGA K 232 K 232 0.487 0 0.144 0.896 3.824 90.909 69.091 3.824 LGA R 233 R 233 0.512 0 0.025 0.949 4.740 90.909 57.686 4.484 LGA W 234 W 234 0.233 0 0.059 0.121 0.521 100.000 98.701 0.359 LGA N 235 N 235 0.497 0 0.017 0.754 1.657 90.909 85.000 1.657 LGA Q 236 Q 236 0.471 0 0.038 0.898 3.794 90.909 72.727 0.835 LGA Y 237 Y 237 0.977 0 0.040 0.390 2.415 77.727 62.576 2.415 LGA T 238 T 238 0.691 0 0.028 0.275 0.821 81.818 81.818 0.821 LGA I 239 I 239 0.412 0 0.017 0.073 0.570 95.455 97.727 0.182 LGA K 240 K 240 0.681 0 0.051 0.629 4.922 81.818 59.798 4.922 LGA A 241 A 241 0.669 0 0.048 0.053 0.770 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.389 0 0.049 0.056 0.934 95.455 88.636 0.934 LGA L 243 L 243 0.303 0 0.037 0.120 0.614 95.455 97.727 0.267 LGA Q 244 Q 244 0.369 0 0.048 0.305 1.271 90.909 86.263 1.271 LGA N 245 N 245 0.487 0 0.000 0.105 0.822 100.000 90.909 0.822 LGA E 246 E 246 0.375 0 0.000 0.640 1.963 100.000 87.071 1.634 LGA V 247 V 247 0.210 0 0.022 0.070 0.271 100.000 100.000 0.131 LGA Y 248 Y 248 0.380 0 0.000 0.136 0.912 100.000 93.939 0.912 LGA I 249 I 249 0.290 0 0.059 0.085 0.519 100.000 95.455 0.512 LGA G 250 G 250 0.185 0 0.035 0.035 0.381 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.416 0 0.047 0.057 0.605 95.455 92.208 0.512 LGA V 252 V 252 0.401 0 0.052 0.102 0.721 95.455 94.805 0.554 LGA K 253 K 253 0.369 0 0.017 0.144 0.568 95.455 95.960 0.401 LGA Y 254 Y 254 0.602 0 0.036 0.334 2.551 86.364 70.909 2.551 LGA K 255 K 255 0.780 0 0.047 0.175 0.978 81.818 81.818 0.826 LGA V 256 V 256 0.930 0 0.107 0.121 1.146 81.818 74.805 1.080 LGA R 257 R 257 1.110 0 0.072 1.100 6.056 65.455 42.975 4.087 LGA E 258 E 258 1.034 0 0.049 0.951 4.233 69.545 53.939 4.233 LGA K 259 K 259 1.518 0 0.018 0.142 2.522 58.182 47.273 2.522 LGA T 260 T 260 1.572 0 0.020 0.179 2.142 51.364 55.325 1.462 LGA K 261 K 261 2.836 0 0.024 0.873 9.575 27.727 15.556 9.575 LGA D 262 D 262 2.363 0 0.059 0.279 2.423 38.182 44.773 1.589 LGA G 263 G 263 2.052 0 0.088 0.088 2.052 41.364 41.364 - LGA K 264 K 264 1.096 0 0.000 0.295 1.314 65.455 74.545 0.878 LGA R 265 R 265 1.073 0 0.098 1.029 3.780 69.545 60.826 3.780 LGA T 266 T 266 0.657 0 0.014 0.121 0.841 81.818 89.610 0.499 LGA I 267 I 267 0.648 0 0.024 0.071 0.740 81.818 81.818 0.657 LGA R 268 R 268 0.420 0 0.000 0.959 2.513 90.909 75.041 2.415 LGA P 269 P 269 0.422 0 0.000 0.014 0.423 100.000 100.000 0.334 LGA E 270 E 270 0.451 0 0.026 0.885 3.140 100.000 73.333 2.655 LGA K 271 K 271 0.309 0 0.062 0.732 5.489 100.000 61.616 5.489 LGA E 272 E 272 0.119 0 0.071 0.153 0.931 95.455 91.919 0.907 LGA Q 273 Q 273 0.519 0 0.013 0.061 0.963 90.909 85.859 0.963 LGA I 274 I 274 0.575 0 0.056 0.074 0.726 81.818 81.818 0.726 LGA V 275 V 275 0.302 0 0.026 0.040 0.454 100.000 100.000 0.410 LGA V 276 V 276 0.421 0 0.000 0.032 0.550 100.000 94.805 0.535 LGA Q 277 Q 277 0.326 0 0.048 0.644 3.094 100.000 73.939 3.094 LGA D 278 D 278 0.223 0 0.037 0.227 0.920 100.000 97.727 0.920 LGA A 279 A 279 0.310 0 0.013 0.044 0.360 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.164 0 0.037 0.163 0.452 100.000 100.000 0.406 LGA A 281 A 281 0.241 0 0.000 0.000 0.351 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.250 0 0.000 0.019 0.514 95.455 94.805 0.514 LGA I 283 I 283 0.377 0 0.014 0.076 0.677 95.455 93.182 0.534 LGA I 284 I 284 0.511 0 0.010 0.070 0.625 86.364 93.182 0.416 LGA D 285 D 285 1.020 0 0.081 0.971 3.288 77.727 65.682 1.402 LGA K 286 K 286 0.938 0 0.031 0.275 1.225 81.818 74.545 1.225 LGA E 287 E 287 0.899 0 0.037 0.440 1.187 81.818 78.182 1.150 LGA Q 288 Q 288 0.649 0 0.000 0.518 1.758 86.364 73.333 1.297 LGA F 289 F 289 0.583 0 0.035 0.102 0.978 81.818 81.818 0.978 LGA Q 290 Q 290 0.738 0 0.000 0.545 3.168 81.818 67.879 1.725 LGA Q 291 Q 291 0.479 0 0.000 0.223 0.806 95.455 89.899 0.806 LGA S 292 S 292 0.383 0 0.059 0.070 0.443 100.000 100.000 0.374 LGA Q 293 Q 293 0.700 0 0.037 0.243 1.211 81.818 76.364 1.197 LGA V 294 V 294 0.622 0 0.020 0.041 0.756 81.818 84.416 0.485 LGA K 295 K 295 0.359 0 0.057 0.197 0.884 90.909 95.960 0.497 LGA I 296 I 296 0.793 0 0.026 0.074 1.344 73.636 77.955 0.732 LGA A 297 A 297 1.411 0 0.134 0.161 2.231 55.000 57.091 - LGA N 298 N 298 1.400 0 0.118 0.497 3.416 44.091 60.909 0.984 LGA K 299 K 299 3.982 0 0.337 1.012 13.432 20.909 9.293 13.432 LGA V 300 V 300 2.788 0 0.080 0.130 3.954 22.727 17.662 3.531 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.966 0.941 1.867 84.879 79.423 65.913 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.97 95.556 97.947 12.662 LGA_LOCAL RMSD: 0.966 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.966 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.966 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.368477 * X + -0.908221 * Y + -0.198393 * Z + 156.588028 Y_new = 0.918617 * X + -0.322959 * Y + -0.227684 * Z + 198.711487 Z_new = 0.142715 * X + -0.266143 * Y + 0.953310 * Z + 194.841751 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 1.952269 -0.143204 -0.272247 [DEG: 111.8568 -8.2050 -15.5986 ] ZXZ: -0.716760 0.306783 2.649381 [DEG: -41.0673 17.5773 151.7984 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS475_3-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS475_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.97 97.947 0.97 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS475_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 3 STOICH UNK PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.936 186.917 153.540 1.00 90.30 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.281 187.668 154.607 1.00 89.95 C ATOM 1347 C GLY 165 150.758 187.583 154.598 1.00 90.69 C ATOM 1348 O GLY 165 150.082 188.435 155.174 1.00 88.76 O ATOM 1349 N LYS 166 150.193 186.578 153.912 1.00 89.47 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.746 186.344 153.882 1.00 88.83 C ATOM 1351 C LYS 166 148.307 185.590 155.137 1.00 88.55 C ATOM 1352 O LYS 166 148.985 184.672 155.609 1.00 86.76 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.331 185.590 152.610 1.00 88.73 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.567 186.433 151.350 1.00 87.03 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.193 185.641 150.087 1.00 84.24 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.423 186.495 148.847 1.00 80.43 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.359 185.687 147.608 1.00 72.43 N ATOM 1358 N TRP 167 147.125 185.927 155.633 1.00 87.23 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.523 185.229 156.756 1.00 86.43 C ATOM 1360 C TRP 167 145.782 183.982 156.272 1.00 85.28 C ATOM 1361 O TRP 167 144.724 184.063 155.659 1.00 82.09 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.611 186.174 157.524 1.00 85.85 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.140 185.587 158.814 1.00 85.46 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 143.974 184.940 159.029 1.00 83.73 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.863 185.540 160.081 1.00 84.80 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 145.056 184.841 161.034 1.00 84.16 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 147.120 186.012 160.527 1.00 84.29 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 143.916 184.506 160.334 1.00 82.98 N ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.474 184.622 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PRO 173 142.883 188.109 165.631 1.00 88.81 C ATOM 1405 C PRO 173 141.957 189.285 165.955 1.00 90.01 C ATOM 1406 O PRO 173 141.625 190.070 165.075 1.00 89.42 O ATOM 1407 CB PRO 173 144.356 188.518 165.719 1.00 87.72 C ATOM 1408 CG PRO 173 145.001 187.755 164.568 1.00 84.29 C ATOM 1409 CD PRO 173 143.910 187.729 163.508 1.00 86.46 C ATOM 1410 N TYR 174 141.583 189.426 167.211 1.00 89.46 N ATOM 1411 CA TYR 174 140.774 190.557 167.667 1.00 90.40 C ATOM 1412 C TYR 174 141.434 191.894 167.304 1.00 91.43 C ATOM 1413 O TYR 174 142.631 192.036 167.477 1.00 91.01 O ATOM 1414 CB TYR 174 140.576 190.454 169.179 1.00 90.93 C ATOM 1415 CG TYR 174 139.624 191.485 169.736 1.00 91.31 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 140.109 192.533 170.547 1.00 87.23 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 138.256 191.397 169.435 1.00 87.15 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 139.206 193.482 171.081 1.00 86.44 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 137.357 192.343 169.960 1.00 86.94 C ATOM 1420 CZ TYR 174 137.827 193.384 170.795 1.00 91.43 C ATOM 1421 OH TYR 174 136.953 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