####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS475_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS475_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.95 0.95 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.95 0.95 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.95 0.95 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 76 113 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 72 113 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 76 113 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 69 113 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 6 113 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 76 113 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 76 113 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 76 113 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 76 113 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 76 113 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 76 113 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 76 113 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 76 113 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 76 113 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 29 113 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 37 52 69 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 58 113 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 73 113 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 24 113 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 24 113 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 72 113 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 76 113 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 76 113 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 76 113 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 72 113 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 69 113 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 76 113 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 76 113 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 76 113 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 76 113 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 76 113 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 76 113 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 76 113 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 76 113 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 76 113 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 76 113 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 76 113 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 45 113 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 65 113 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 73 113 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 53 113 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 21 102 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 26 113 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 5 7 63 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 42 102 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 76 113 125 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 56.30 83.70 92.59 95.56 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.48 0.62 0.71 0.79 0.88 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 GDT RMS_ALL_AT 1.04 1.00 0.97 0.96 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 0.95 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.654 0 0.011 0.011 0.706 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.613 0 0.060 0.115 1.495 81.818 76.364 1.495 LGA W 167 W 167 0.404 0 0.076 0.121 0.680 95.455 94.805 0.431 LGA I 168 I 168 0.594 0 0.071 1.576 4.261 82.273 59.773 4.261 LGA S 169 S 169 1.170 0 0.212 0.313 4.102 66.818 50.000 4.102 LGA G 170 G 170 0.659 0 0.138 0.138 1.113 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.747 0 0.000 1.290 4.706 81.818 64.318 1.267 LGA A 172 A 172 0.646 0 0.035 0.040 0.756 90.909 89.091 - LGA P 173 P 173 0.363 0 0.000 0.060 0.791 100.000 92.208 0.791 LGA Y 174 Y 174 0.306 0 0.024 0.183 0.764 100.000 93.939 0.713 LGA G 175 G 175 0.352 0 0.069 0.069 0.352 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.383 0 0.030 0.144 0.462 100.000 100.000 0.177 LGA Q 177 Q 177 0.660 0 0.047 0.270 1.113 86.364 82.020 0.806 LGA L 178 L 178 0.542 0 0.083 0.130 0.767 90.909 86.364 0.767 LGA N 179 N 179 0.814 0 0.193 0.642 4.336 70.909 45.455 4.336 LGA K 180 K 180 4.214 0 0.298 0.967 13.951 13.182 5.859 13.951 LGA K 181 K 181 1.014 0 0.344 0.973 7.217 82.273 43.838 7.217 LGA T 182 T 182 0.332 0 0.056 1.109 3.108 86.818 73.247 3.108 LGA S 183 S 183 1.097 0 0.145 0.129 1.432 73.636 70.909 1.406 LGA K 184 K 184 1.032 0 0.047 0.874 2.668 69.545 66.667 2.668 LGA L 185 L 185 0.522 0 0.075 0.083 0.650 81.818 90.909 0.359 LGA D 186 D 186 0.177 0 0.066 0.097 0.595 95.455 95.455 0.430 LGA P 187 P 187 0.458 0 0.000 0.047 1.110 86.818 87.273 0.518 LGA V 188 V 188 0.788 0 0.023 0.029 0.846 81.818 81.818 0.846 LGA E 189 E 189 0.880 0 0.000 0.708 2.791 81.818 58.788 2.791 LGA D 190 D 190 0.902 0 0.029 0.047 1.376 81.818 73.636 1.376 LGA E 191 E 191 0.630 0 0.044 0.119 1.124 90.909 84.040 1.124 LGA A 192 A 192 0.338 0 0.000 0.000 0.422 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.446 0 0.038 0.597 2.690 100.000 81.010 2.253 LGA V 194 V 194 0.381 0 0.034 0.045 0.480 100.000 100.000 0.434 LGA V 195 V 195 0.113 0 0.000 0.000 0.244 100.000 100.000 0.142 LGA Q 196 Q 196 0.293 0 0.026 0.265 1.491 100.000 88.485 1.315 LGA L 197 L 197 0.269 0 0.023 0.038 0.416 100.000 100.000 0.380 LGA I 198 I 198 0.237 0 0.087 0.089 0.299 100.000 100.000 0.245 LGA F 199 F 199 0.346 0 0.050 0.088 0.435 100.000 100.000 0.186 LGA N 200 N 200 0.357 0 0.033 1.123 3.813 100.000 75.000 3.813 LGA I 201 I 201 0.206 0 0.033 0.053 0.278 100.000 100.000 0.189 LGA F 202 F 202 0.216 0 0.000 0.062 0.438 100.000 100.000 0.438 LGA L 203 L 203 0.442 0 0.000 0.105 0.991 100.000 90.909 0.939 LGA N 204 N 204 0.277 0 0.043 0.096 0.874 100.000 93.182 0.696 LGA G 205 G 205 0.241 0 0.045 0.045 0.241 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.280 0 0.000 0.907 2.681 90.909 77.727 1.245 LGA N 207 N 207 0.972 0 0.067 0.230 1.263 73.636 69.545 1.115 LGA G 208 G 208 1.261 0 0.000 0.000 1.665 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.299 0 0.040 0.200 2.078 65.455 57.576 2.078 LGA D 210 D 210 1.243 0 0.112 0.431 1.332 69.545 73.636 0.668 LGA Y 211 Y 211 1.667 0 0.102 0.409 1.799 54.545 55.758 1.412 LGA S 212 S 212 2.222 0 0.690 0.760 5.950 36.364 26.061 5.950 LGA Y 213 Y 213 2.925 0 0.167 1.650 14.938 38.636 13.030 14.938 LGA A 215 A 215 0.770 0 0.200 0.215 1.779 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.302 0 0.023 0.183 0.472 100.000 100.000 0.445 LGA A 217 A 217 0.183 0 0.034 0.045 0.293 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.337 0 0.052 0.071 0.984 100.000 93.939 0.984 LGA H 219 H 219 0.213 0 0.021 0.040 0.369 100.000 100.000 0.369 LGA L 220 L 220 0.289 0 0.016 0.088 0.429 100.000 100.000 0.429 LGA T 221 T 221 0.194 0 0.000 0.025 0.350 100.000 100.000 0.173 LGA N 222 N 222 0.368 0 0.037 0.034 0.585 95.455 97.727 0.365 LGA L 223 L 223 0.595 0 0.049 0.069 0.993 86.364 84.091 0.871 LGA Q 224 Q 224 0.599 0 0.028 0.852 4.502 81.818 60.000 4.502 LGA I 225 I 225 0.583 0 0.049 0.132 0.589 81.818 88.636 0.170 LGA P 226 P 226 0.627 0 0.054 0.061 0.818 81.818 81.818 0.809 LGA T 227 T 227 0.307 0 0.037 0.179 0.471 100.000 100.000 0.454 LGA P 228 P 228 0.768 0 0.097 0.099 0.850 86.364 84.416 0.850 LGA S 229 S 229 0.790 0 0.118 0.111 0.790 81.818 81.818 0.639 LGA G 230 G 230 0.714 0 0.041 0.041 0.714 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.488 0 0.120 0.686 2.478 86.818 87.273 2.478 LGA K 232 K 232 0.501 0 0.146 0.894 3.826 86.364 63.838 3.826 LGA R 233 R 233 0.289 0 0.027 0.954 4.474 100.000 63.636 4.405 LGA W 234 W 234 0.229 0 0.055 0.123 0.581 100.000 97.403 0.384 LGA N 235 N 235 0.568 0 0.009 0.828 1.977 86.364 78.182 1.977 LGA Q 236 Q 236 0.460 0 0.033 0.882 3.523 90.909 76.162 0.688 LGA Y 237 Y 237 0.782 0 0.039 0.404 2.276 86.364 67.727 2.276 LGA T 238 T 238 0.589 0 0.024 0.280 0.885 86.364 84.416 0.885 LGA I 239 I 239 0.340 0 0.012 0.076 0.492 100.000 100.000 0.256 LGA K 240 K 240 0.565 0 0.052 0.644 4.843 86.364 62.828 4.843 LGA A 241 A 241 0.578 0 0.050 0.052 0.680 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.407 0 0.047 0.056 0.961 95.455 88.636 0.961 LGA L 243 L 243 0.297 0 0.033 0.118 0.586 95.455 97.727 0.185 LGA Q 244 Q 244 0.335 0 0.038 0.310 1.308 95.455 88.283 1.299 LGA N 245 N 245 0.475 0 0.000 0.102 0.826 100.000 90.909 0.826 LGA E 246 E 246 0.384 0 0.000 0.619 1.939 100.000 87.071 1.583 LGA V 247 V 247 0.238 0 0.023 0.076 0.295 100.000 100.000 0.101 LGA Y 248 Y 248 0.388 0 0.000 0.137 0.937 100.000 93.939 0.937 LGA I 249 I 249 0.296 0 0.072 0.094 0.524 100.000 97.727 0.494 LGA G 250 G 250 0.198 0 0.035 0.035 0.309 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.350 0 0.046 0.058 0.517 100.000 97.403 0.451 LGA V 252 V 252 0.346 0 0.053 0.103 0.745 95.455 97.403 0.461 LGA K 253 K 253 0.502 0 0.017 0.158 0.703 86.364 89.899 0.447 LGA Y 254 Y 254 0.793 0 0.039 0.330 2.640 81.818 68.030 2.640 LGA K 255 K 255 0.915 0 0.056 0.193 1.028 77.727 78.182 1.028 LGA V 256 V 256 0.942 0 0.117 0.134 1.124 81.818 74.805 1.070 LGA R 257 R 257 1.232 0 0.075 1.134 6.079 65.455 44.298 3.976 LGA E 258 E 258 1.276 0 0.055 0.952 4.504 58.182 43.838 4.504 LGA K 259 K 259 1.747 0 0.023 0.145 2.745 50.909 41.414 2.745 LGA T 260 T 260 1.542 0 0.010 0.111 2.132 51.364 57.403 1.239 LGA K 261 K 261 2.644 0 0.029 0.893 9.398 30.000 17.576 9.398 LGA D 262 D 262 2.024 0 0.083 0.884 3.405 44.545 36.591 3.195 LGA G 263 G 263 2.076 0 0.100 0.100 2.298 44.545 44.545 - LGA K 264 K 264 1.358 0 0.000 0.485 1.486 65.455 65.455 1.186 LGA R 265 R 265 1.385 0 0.102 1.030 3.736 65.455 56.860 3.736 LGA T 266 T 266 0.908 0 0.030 0.141 1.119 73.636 79.740 0.797 LGA I 267 I 267 0.714 0 0.013 0.075 0.841 81.818 81.818 0.727 LGA R 268 R 268 0.476 0 0.000 0.960 2.693 95.455 73.388 2.327 LGA P 269 P 269 0.322 0 0.000 0.013 0.351 100.000 100.000 0.309 LGA E 270 E 270 0.319 0 0.029 1.042 3.527 100.000 68.889 3.527 LGA K 271 K 271 0.235 0 0.061 0.731 5.246 100.000 64.040 5.246 LGA E 272 E 272 0.240 0 0.066 0.147 1.268 100.000 88.283 1.082 LGA Q 273 Q 273 0.517 0 0.008 0.061 0.847 90.909 85.859 0.847 LGA I 274 I 274 0.581 0 0.057 0.075 0.847 81.818 81.818 0.847 LGA V 275 V 275 0.247 0 0.023 0.034 0.351 100.000 100.000 0.299 LGA V 276 V 276 0.300 0 0.000 0.026 0.370 100.000 100.000 0.369 LGA Q 277 Q 277 0.230 0 0.047 0.642 3.159 100.000 75.960 3.159 LGA D 278 D 278 0.166 0 0.037 0.223 0.794 100.000 97.727 0.794 LGA A 279 A 279 0.210 0 0.017 0.045 0.251 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.137 0 0.037 0.150 0.383 100.000 100.000 0.379 LGA A 281 A 281 0.251 0 0.000 0.000 0.343 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.253 0 0.007 0.019 0.536 95.455 94.805 0.514 LGA I 283 I 283 0.366 0 0.025 0.075 0.657 95.455 93.182 0.513 LGA I 284 I 284 0.452 0 0.009 0.049 0.533 90.909 95.455 0.336 LGA D 285 D 285 0.741 0 0.039 0.095 1.218 81.818 77.727 0.951 LGA K 286 K 286 0.759 0 0.016 0.258 1.158 81.818 80.000 1.158 LGA E 287 E 287 0.822 0 0.031 0.399 1.091 81.818 78.182 1.072 LGA Q 288 Q 288 0.578 0 0.000 0.519 1.720 90.909 75.354 1.238 LGA F 289 F 289 0.508 0 0.034 0.112 0.998 86.364 83.471 0.998 LGA Q 290 Q 290 0.678 0 0.000 0.525 3.125 81.818 67.879 1.686 LGA Q 291 Q 291 0.444 0 0.000 0.210 0.837 95.455 91.919 0.837 LGA S 292 S 292 0.401 0 0.066 0.693 2.530 100.000 87.879 2.530 LGA Q 293 Q 293 0.722 0 0.035 0.256 1.255 81.818 76.364 1.216 LGA V 294 V 294 0.715 0 0.020 0.050 0.783 81.818 81.818 0.602 LGA K 295 K 295 0.448 0 0.060 0.188 0.932 90.909 93.939 0.632 LGA I 296 I 296 0.804 0 0.021 0.072 1.288 73.636 75.682 0.708 LGA A 297 A 297 1.410 0 0.136 0.163 2.240 55.000 57.091 - LGA N 298 N 298 1.330 0 0.111 0.519 3.022 46.818 66.591 0.851 LGA K 299 K 299 3.432 0 0.317 1.031 13.237 36.364 16.364 13.237 LGA V 300 V 300 2.216 0 0.121 0.139 3.972 38.636 27.792 3.649 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.948 0.926 1.868 85.098 79.073 64.461 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.95 94.815 97.658 12.876 LGA_LOCAL RMSD: 0.948 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.948 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.948 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.438440 * X + 0.872345 * Y + -0.216299 * Z + 151.683853 Y_new = 0.713106 * X + -0.484130 * Y + -0.507048 * Z + 191.877579 Z_new = -0.547037 * X + 0.068066 * Y + -0.834337 * Z + 161.312515 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 1.019543 0.578821 3.060192 [DEG: 58.4155 33.1640 175.3361 ] ZXZ: -0.403212 2.557724 -1.447006 [DEG: -23.1023 146.5468 -82.9073 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS475_2-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS475_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.95 97.658 0.95 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS475_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 2 STOICH UNK PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.054 187.059 153.572 1.00 91.10 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.377 187.768 154.659 1.00 90.57 C ATOM 1347 C GLY 165 150.850 187.646 154.636 1.00 91.19 C ATOM 1348 O GLY 165 150.152 188.485 155.205 1.00 89.19 O ATOM 1349 N LYS 166 150.312 186.622 153.970 1.00 89.67 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.874 186.356 153.943 1.00 88.93 C ATOM 1351 C LYS 166 148.452 185.581 155.189 1.00 88.45 C ATOM 1352 O LYS 166 149.141 184.664 155.645 1.00 86.67 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.479 185.604 152.669 1.00 88.82 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.671 186.472 151.412 1.00 87.21 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.327 185.679 150.145 1.00 84.57 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.468 186.580 148.922 1.00 80.84 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.460 185.802 147.662 1.00 73.10 N ATOM 1358 N TRP 167 147.270 185.900 155.701 1.00 87.53 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.664 185.166 156.803 1.00 86.53 C ATOM 1360 C TRP 167 145.906 183.952 156.274 1.00 85.35 C ATOM 1361 O TRP 167 144.846 184.062 155.665 1.00 82.50 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.761 186.096 157.610 1.00 85.66 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.285 185.475 158.873 1.00 85.10 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.098 184.835 159.057 1.00 83.39 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.985 185.379 160.150 1.00 84.30 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 145.158 184.663 161.068 1.00 83.53 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 147.242 185.825 160.616 1.00 83.66 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 144.022 184.362 160.346 1.00 82.45 N ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.559 184.393 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PRO 173 142.968 188.022 165.661 1.00 88.21 C ATOM 1405 C PRO 173 142.026 189.192 165.979 1.00 89.41 C ATOM 1406 O PRO 173 141.681 189.961 165.092 1.00 88.87 O ATOM 1407 CB PRO 173 144.431 188.447 165.736 1.00 86.99 C ATOM 1408 CG PRO 173 145.086 187.689 164.583 1.00 83.56 C ATOM 1409 CD PRO 173 143.995 187.648 163.535 1.00 85.65 C ATOM 1410 N TYR 174 141.660 189.347 167.243 1.00 88.89 N ATOM 1411 CA TYR 174 140.822 190.465 167.684 1.00 89.80 C ATOM 1412 C TYR 174 141.459 191.811 167.314 1.00 90.93 C ATOM 1413 O TYR 174 142.655 191.979 167.489 1.00 90.58 O ATOM 1414 CB TYR 174 140.622 190.369 169.201 1.00 90.28 C ATOM 1415 CG TYR 174 139.662 191.402 169.746 1.00 90.64 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 140.137 192.450 170.566 1.00 87.19 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 138.298 191.319 169.435 1.00 87.01 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 139.236 193.401 171.095 1.00 86.19 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 137.393 192.264 169.957 1.00 86.63 C ATOM 1420 CZ TYR 174 137.861 193.305 170.791 1.00 90.65 C ATOM 1421 OH TYR 174 136.981 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ASN 204 151.033 204.443 180.125 1.00 83.88 C ATOM 1664 ND2 ASN 204 150.453 204.829 179.018 1.00 76.19 N ATOM 1665 OD1 ASN 204 152.237 204.245 180.126 1.00 77.61 O ATOM 1666 N GLY 205 149.116 201.838 183.684 1.00 84.43 N ATOM 1667 CA GLY 205 148.126 201.673 184.739 1.00 83.24 C ATOM 1668 C GLY 205 146.880 202.540 184.518 1.00 84.08 C ATOM 1669 O GLY 205 146.659 203.113 183.453 1.00 79.75 O ATOM 1670 N LEU 206 146.043 202.616 185.549 1.00 81.81 N ATOM 1671 CA LEU 206 144.867 203.485 185.590 1.00 81.31 C ATOM 1672 C LEU 206 144.778 204.136 186.974 1.00 80.31 C ATOM 1673 O LEU 206 144.936 203.445 187.986 1.00 74.07 O ATOM 1674 CB LEU 206 143.597 202.677 185.247 1.00 79.25 C ATOM 1675 CG LEU 206 142.633 203.421 184.301 1.00 74.94 C ATOM 1676 CD1 LEU 206 142.605 202.740 182.931 1.00 68.55 C ATOM 1677 CD2 LEU 206 141.204 203.425 184.842 1.00 69.07 C ATOM 1678 N ASN 207 144.531 205.437 187.032 1.00 77.17 N ATOM 1679 CA ASN 207 144.441 206.200 188.285 1.00 75.69 C ATOM 1680 C ASN 207 145.683 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VAL 300 156.628 191.259 192.218 1.00 43.13 C ATOM 2441 CG2 VAL 300 158.214 192.209 190.535 1.00 43.63 C TER END