####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS465_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS465_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.37 1.37 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.37 1.37 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 91 165 - 256 0.98 1.52 LCS_AVERAGE: 58.78 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 91 135 135 39 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 91 135 135 10 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 91 135 135 54 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 91 135 135 28 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 91 135 135 4 8 91 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 91 135 135 53 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 91 135 135 54 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 91 135 135 54 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 91 135 135 54 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 91 135 135 54 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 91 135 135 54 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 91 135 135 54 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 91 135 135 54 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 91 135 135 54 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 91 135 135 33 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 91 135 135 3 3 43 76 124 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 91 135 135 47 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 91 135 135 54 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 91 135 135 28 92 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 91 135 135 12 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 91 135 135 54 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 91 135 135 54 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 91 135 135 54 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 91 135 135 54 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 91 135 135 52 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 91 135 135 52 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 91 135 135 54 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 91 135 135 54 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 91 135 135 54 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 91 135 135 54 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 91 135 135 54 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 91 135 135 54 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 91 135 135 54 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 91 135 135 54 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 91 135 135 54 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 91 135 135 54 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 91 135 135 54 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 91 135 135 54 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 91 135 135 54 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 91 135 135 54 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 91 135 135 54 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 91 135 135 54 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 91 135 135 47 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 91 135 135 34 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 91 135 135 6 91 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 91 135 135 6 59 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 91 135 135 3 69 107 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 91 135 135 3 26 36 111 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 91 135 135 3 15 39 112 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 91 135 135 54 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 91 135 135 54 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 217 A 217 91 135 135 54 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 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282 56 135 135 54 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 283 I 283 56 135 135 54 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 284 I 284 56 135 135 54 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 285 D 285 56 135 135 54 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 286 K 286 56 135 135 54 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 287 E 287 56 135 135 54 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 288 Q 288 56 135 135 54 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 56 135 135 54 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 56 135 135 54 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 56 135 135 54 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 56 135 135 54 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 56 135 135 54 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 56 135 135 50 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 56 135 135 51 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 56 135 135 34 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 55 135 135 21 86 107 120 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 34 135 135 5 91 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 26 135 135 3 4 46 74 94 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 25 135 135 3 3 3 114 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 86.26 ( 58.78 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 54 95 111 122 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 40.00 70.37 82.22 90.37 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.34 0.56 0.79 1.03 1.28 1.34 1.37 1.37 1.37 1.37 1.37 1.37 1.37 1.37 1.37 1.37 1.37 1.37 1.37 1.37 GDT RMS_ALL_AT 1.93 1.73 1.57 1.43 1.37 1.37 1.37 1.37 1.37 1.37 1.37 1.37 1.37 1.37 1.37 1.37 1.37 1.37 1.37 1.37 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: E 246 E 246 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 1.416 0 0.028 0.028 1.459 65.455 65.455 - LGA K 166 K 166 1.386 0 0.074 0.160 2.746 65.455 51.919 2.746 LGA W 167 W 167 0.895 0 0.048 0.145 1.219 73.636 75.974 0.921 LGA I 168 I 168 1.576 0 0.053 1.247 3.186 55.455 44.545 3.186 LGA S 169 S 169 2.018 0 0.673 0.778 5.828 49.091 35.758 5.828 LGA G 170 G 170 1.027 0 0.114 0.114 1.365 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 1.163 0 0.000 1.369 4.996 69.545 54.318 1.523 LGA A 172 A 172 1.196 0 0.043 0.054 1.371 73.636 72.000 - LGA P 173 P 173 0.745 0 0.050 0.114 1.165 81.818 77.143 1.067 LGA Y 174 Y 174 0.831 0 0.042 0.176 1.241 81.818 75.000 1.229 LGA G 175 G 175 0.923 0 0.083 0.083 0.923 81.818 81.818 - LGA Y 176 Y 176 0.781 0 0.067 0.126 0.924 81.818 87.879 0.219 LGA Q 177 Q 177 1.255 0 0.024 0.177 1.373 69.545 67.273 1.160 LGA L 178 L 178 1.069 0 0.077 0.120 1.318 73.636 71.591 1.176 LGA N 179 N 179 0.620 0 0.181 0.677 4.251 70.000 45.000 4.251 LGA K 180 K 180 3.615 0 0.293 0.945 13.472 23.636 10.505 13.472 LGA K 181 K 181 1.462 0 0.379 1.023 8.390 82.273 41.616 8.390 LGA T 182 T 182 0.383 0 0.051 1.098 3.046 82.273 70.649 3.046 LGA S 183 S 183 1.489 0 0.143 0.147 1.758 61.818 58.182 1.563 LGA K 184 K 184 1.280 0 0.048 0.821 2.304 61.818 61.010 2.304 LGA L 185 L 185 0.727 0 0.069 0.074 0.812 81.818 86.364 0.397 LGA D 186 D 186 0.487 0 0.062 0.091 0.983 86.364 93.182 0.329 LGA P 187 P 187 0.755 0 0.000 0.045 1.565 70.000 77.662 0.633 LGA V 188 V 188 1.424 0 0.007 0.017 1.646 65.455 61.299 1.646 LGA E 189 E 189 1.506 0 0.022 0.818 3.055 58.182 42.828 3.011 LGA D 190 D 190 1.676 0 0.000 0.048 2.266 58.182 49.773 2.266 LGA E 191 E 191 1.269 0 0.057 0.114 1.692 73.636 65.859 1.692 LGA A 192 A 192 0.761 0 0.000 0.000 0.938 81.818 81.818 - LGA K 193 K 193 0.984 0 0.033 0.650 3.890 81.818 58.990 3.828 LGA V 194 V 194 0.907 0 0.033 0.041 1.152 86.364 77.403 1.006 LGA V 195 V 195 0.415 0 0.000 0.015 0.568 95.455 94.805 0.298 LGA Q 196 Q 196 0.509 0 0.017 0.284 2.090 90.909 74.141 2.090 LGA L 197 L 197 0.547 0 0.024 0.165 0.917 90.909 86.364 0.917 LGA I 198 I 198 0.487 0 0.104 0.108 0.744 100.000 90.909 0.742 LGA F 199 F 199 0.348 0 0.050 0.078 0.504 95.455 98.347 0.184 LGA N 200 N 200 0.585 0 0.035 1.021 3.551 86.364 69.318 3.551 LGA I 201 I 201 0.346 0 0.038 0.067 0.445 100.000 100.000 0.439 LGA F 202 F 202 0.349 0 0.000 0.025 0.722 95.455 90.083 0.722 LGA L 203 L 203 0.600 0 0.000 0.060 1.060 81.818 79.773 0.991 LGA N 204 N 204 0.549 0 0.045 0.113 1.264 90.909 82.273 1.106 LGA G 205 G 205 0.418 0 0.048 0.048 0.418 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.331 0 0.058 0.697 3.065 95.455 78.636 0.583 LGA N 207 N 207 0.792 0 0.059 0.302 2.221 82.273 70.455 1.091 LGA G 208 G 208 0.827 0 0.000 0.000 0.889 81.818 81.818 - LGA K 209 K 209 1.278 0 0.057 0.180 2.832 65.455 51.919 2.832 LGA D 210 D 210 1.397 0 0.160 0.723 1.723 65.455 65.909 1.723 LGA Y 211 Y 211 1.730 0 0.072 0.417 1.950 50.909 50.909 1.556 LGA S 212 S 212 2.480 0 0.691 0.777 6.330 34.545 23.939 6.330 LGA Y 213 Y 213 2.601 0 0.206 1.349 14.588 45.455 15.606 14.588 LGA A 215 A 215 0.779 0 0.195 0.215 1.514 81.818 75.636 - LGA I 216 I 216 0.440 0 0.022 0.202 0.560 90.909 93.182 0.404 LGA A 217 A 217 0.638 0 0.056 0.066 0.685 81.818 81.818 - LGA S 218 S 218 0.639 0 0.062 0.465 2.078 81.818 74.545 2.078 LGA H 219 H 219 0.665 0 0.021 0.042 0.736 81.818 81.818 0.685 LGA L 220 L 220 0.735 0 0.019 0.149 0.760 81.818 81.818 0.648 LGA T 221 T 221 0.764 0 0.027 0.053 0.779 81.818 81.818 0.691 LGA N 222 N 222 0.792 0 0.030 0.059 0.971 81.818 81.818 0.971 LGA L 223 L 223 0.925 0 0.028 0.036 1.141 81.818 73.636 1.141 LGA Q 224 Q 224 0.745 0 0.027 0.789 4.909 86.364 56.768 4.909 LGA I 225 I 225 0.582 0 0.068 0.103 0.659 81.818 84.091 0.448 LGA P 226 P 226 0.957 0 0.042 0.059 1.469 77.727 72.468 1.469 LGA T 227 T 227 0.954 0 0.017 0.242 1.276 73.636 74.805 1.224 LGA P 228 P 228 1.740 0 0.148 0.181 1.869 58.182 57.143 1.625 LGA S 229 S 229 1.837 0 0.095 0.097 1.837 50.909 53.333 1.012 LGA G 230 G 230 1.630 0 0.029 0.029 1.684 58.182 58.182 - LGA K 231 K 231 0.895 0 0.160 0.699 1.511 77.727 74.747 0.792 LGA K 232 K 232 0.557 0 0.150 0.849 2.284 90.909 74.141 2.284 LGA R 233 R 233 0.444 0 0.029 1.297 7.763 90.909 48.926 7.763 LGA W 234 W 234 0.624 0 0.070 0.125 0.780 81.818 81.818 0.548 LGA N 235 N 235 0.784 0 0.095 0.960 3.497 81.818 64.091 1.564 LGA Q 236 Q 236 0.381 0 0.044 0.822 4.247 90.909 68.889 1.156 LGA Y 237 Y 237 1.609 0 0.031 0.370 3.497 54.545 42.273 3.497 LGA T 238 T 238 1.406 0 0.031 0.327 1.715 65.455 63.377 1.715 LGA I 239 I 239 0.868 0 0.000 0.112 1.076 77.727 79.773 0.707 LGA K 240 K 240 1.261 0 0.073 0.572 4.863 65.455 47.879 4.863 LGA A 241 A 241 1.438 0 0.074 0.078 1.639 65.455 62.545 - LGA I 242 I 242 0.656 0 0.048 0.064 1.348 90.909 82.273 1.348 LGA L 243 L 243 0.389 0 0.041 0.138 0.759 90.909 93.182 0.438 LGA Q 244 Q 244 0.957 0 0.073 0.356 1.523 70.000 76.768 1.136 LGA N 245 N 245 0.849 0 0.000 0.165 0.980 81.818 81.818 0.980 LGA E 246 E 246 0.784 0 0.000 0.740 2.104 81.818 73.333 1.274 LGA V 247 V 247 0.486 0 0.025 0.955 2.544 90.909 72.987 2.544 LGA Y 248 Y 248 0.510 0 0.000 0.133 1.047 81.818 88.030 1.047 LGA I 249 I 249 0.693 0 0.003 0.037 1.143 81.818 77.727 1.143 LGA G 250 G 250 0.582 0 0.043 0.043 0.771 81.818 81.818 - LGA T 251 T 251 0.712 0 0.054 0.085 0.726 81.818 81.818 0.711 LGA V 252 V 252 0.830 0 0.071 0.149 1.231 77.727 77.143 1.073 LGA K 253 K 253 1.017 0 0.069 0.155 1.541 65.909 67.475 1.095 LGA Y 254 Y 254 1.242 0 0.059 1.056 6.790 65.455 39.697 6.790 LGA K 255 K 255 1.299 0 0.169 0.506 1.967 61.818 57.374 1.920 LGA V 256 V 256 1.333 0 0.127 0.184 1.404 65.455 65.455 1.309 LGA R 257 R 257 1.793 0 0.109 1.062 3.496 50.909 44.628 3.496 LGA E 258 E 258 2.532 0 0.091 1.181 6.765 27.727 17.374 6.765 LGA K 259 K 259 2.498 0 0.033 0.228 2.701 30.000 33.333 2.363 LGA T 260 T 260 2.859 0 0.006 0.089 3.101 27.273 24.675 3.101 LGA K 261 K 261 3.287 0 0.056 0.914 8.999 18.182 10.505 8.999 LGA D 262 D 262 3.316 0 0.089 0.956 4.427 18.182 14.773 4.427 LGA G 263 G 263 2.486 0 0.097 0.097 2.660 35.455 35.455 - LGA K 264 K 264 2.332 0 0.046 0.567 4.057 35.455 33.333 4.057 LGA R 265 R 265 2.099 0 0.156 1.036 2.471 38.182 49.752 1.872 LGA T 266 T 266 2.348 0 0.075 0.259 2.776 35.455 35.065 2.121 LGA I 267 I 267 1.882 0 0.038 0.089 2.616 47.727 43.182 2.616 LGA R 268 R 268 1.651 0 0.017 1.026 3.115 50.909 41.322 2.185 LGA P 269 P 269 1.654 0 0.000 0.021 1.778 50.909 50.909 1.778 LGA E 270 E 270 1.555 0 0.023 0.891 4.252 54.545 39.394 3.535 LGA K 271 K 271 1.610 0 0.060 0.672 2.181 50.909 52.727 1.759 LGA E 272 E 272 1.367 0 0.112 0.115 2.573 65.455 51.919 2.573 LGA Q 273 Q 273 1.449 0 0.031 0.088 1.612 61.818 63.838 1.403 LGA I 274 I 274 1.156 0 0.075 0.088 1.249 65.455 65.455 1.221 LGA V 275 V 275 0.813 0 0.013 0.026 0.884 81.818 81.818 0.780 LGA V 276 V 276 0.913 0 0.000 0.041 1.065 81.818 77.143 1.065 LGA Q 277 Q 277 0.806 0 0.056 0.673 3.899 81.818 58.990 3.899 LGA D 278 D 278 0.806 0 0.054 0.127 1.291 81.818 79.773 1.291 LGA A 279 A 279 0.832 0 0.027 0.049 0.875 81.818 81.818 - LGA H 280 H 280 0.266 0 0.038 0.188 0.861 100.000 96.364 0.452 LGA A 281 A 281 0.292 0 0.000 0.000 0.492 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.411 0 0.000 0.010 0.837 95.455 89.610 0.837 LGA I 283 I 283 0.473 0 0.012 0.073 0.741 90.909 93.182 0.495 LGA I 284 I 284 0.565 0 0.000 0.059 0.772 86.364 93.182 0.484 LGA D 285 D 285 1.072 0 0.039 0.072 1.767 69.545 62.045 1.648 LGA K 286 K 286 1.254 0 0.021 0.609 3.742 65.455 46.869 3.070 LGA E 287 E 287 1.586 0 0.026 0.224 2.244 58.182 52.727 1.812 LGA Q 288 Q 288 1.039 0 0.000 0.175 1.426 73.636 70.909 1.426 LGA F 289 F 289 0.923 0 0.036 0.169 1.219 73.636 68.430 1.167 LGA Q 290 Q 290 1.427 0 0.025 1.119 2.284 65.455 61.616 2.284 LGA Q 291 Q 291 1.101 0 0.000 0.237 1.673 73.636 67.475 1.673 LGA S 292 S 292 0.740 0 0.042 0.679 2.556 81.818 72.727 2.556 LGA Q 293 Q 293 1.317 0 0.025 0.293 1.773 58.182 57.374 1.724 LGA V 294 V 294 1.573 0 0.011 0.060 1.846 58.182 55.065 1.697 LGA K 295 K 295 0.946 0 0.061 0.172 1.395 69.545 76.364 0.546 LGA I 296 I 296 1.425 0 0.040 0.101 1.982 58.182 60.000 1.148 LGA A 297 A 297 2.182 0 0.106 0.130 2.958 38.636 38.545 - LGA N 298 N 298 1.579 0 0.034 0.562 2.309 44.545 53.636 2.146 LGA K 299 K 299 3.696 0 0.305 0.775 14.993 31.818 14.141 14.993 LGA V 300 V 300 2.689 0 0.151 0.154 5.401 41.818 24.675 5.149 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.368 1.334 2.186 70.488 64.917 51.887 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.37 90.185 95.468 9.198 LGA_LOCAL RMSD: 1.368 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.368 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.368 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.095509 * X + -0.624800 * Y + -0.774921 * Z + 151.784912 Y_new = -0.651306 * X + -0.627940 * Y + 0.426019 * Z + 150.658920 Z_new = -0.752780 * X + 0.464022 * Y + -0.466910 * Z + 143.681351 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.425191 0.852275 2.359297 [DEG: -81.6574 48.8318 135.1777 ] ZXZ: -2.073453 2.056590 -1.018397 [DEG: -118.8001 117.8339 -58.3498 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS465_4-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS465_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.37 95.468 1.37 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS465_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 152.446 186.568 153.137 1.00 75.85 N ATOM 2719 CA GLY 165 151.800 187.399 154.162 1.00 75.85 C ATOM 2722 C GLY 165 150.270 187.276 154.204 1.00 75.85 C ATOM 2723 O GLY 165 149.609 188.098 154.832 1.00 75.85 O ATOM 2724 N LYS 166 149.678 186.267 153.545 1.00 76.19 N ATOM 2726 CA LYS 166 148.226 186.030 153.589 1.00 76.19 C ATOM 2728 C LYS 166 147.832 185.352 154.905 1.00 76.19 C ATOM 2729 CB LYS 166 147.738 185.224 152.372 1.00 76.19 C ATOM 2732 O LYS 166 148.493 184.421 155.369 1.00 76.19 O ATOM 2733 CG LYS 166 147.971 185.938 151.027 1.00 76.19 C ATOM 2736 CD LYS 166 147.491 185.094 149.832 1.00 76.19 C ATOM 2739 CE LYS 166 147.608 185.902 148.530 1.00 76.19 C ATOM 2742 NZ LYS 166 147.322 185.096 147.313 1.00 76.19 N ATOM 2746 N TRP 167 146.703 185.762 155.475 1.00 79.55 N ATOM 2748 CA TRP 167 146.123 185.173 156.676 1.00 79.55 C ATOM 2750 C TRP 167 145.283 183.935 156.349 1.00 79.55 C ATOM 2751 CB TRP 167 145.301 186.215 157.425 1.00 79.55 C ATOM 2754 O TRP 167 144.288 183.980 155.630 1.00 79.55 O ATOM 2755 CG TRP 167 144.798 185.737 158.751 1.00 79.55 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 143.584 185.199 159.017 1.00 79.55 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 145.524 185.722 160.012 1.00 79.55 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 144.654 185.225 161.029 1.00 79.55 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 146.835 186.078 160.392 1.00 79.55 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 143.486 184.915 160.367 1.00 79.55 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 146.367 185.489 162.717 1.00 79.55 C ATOM 2766 CZ2 TRP 167 145.057 185.117 162.367 1.00 79.55 C ATOM 2768 CZ3 TRP 167 147.253 185.959 161.730 1.00 79.55 C ATOM 2770 N ILE 168 145.684 182.799 156.915 1.00 65.81 N ATOM 2772 CA ILE 168 145.131 181.463 156.630 1.00 65.81 C ATOM 2774 C ILE 168 144.924 180.616 157.906 1.00 65.81 C ATOM 2775 CB ILE 168 146.018 180.691 155.606 1.00 65.81 C ATOM 2777 O ILE 168 144.649 179.417 157.829 1.00 65.81 O ATOM 2778 CG1 ILE 168 147.310 181.395 155.135 1.00 65.81 C ATOM 2781 CG2 ILE 168 145.169 180.314 154.381 1.00 65.81 C ATOM 2785 CD1 ILE 168 148.334 180.364 154.698 1.00 65.81 C ATOM 2789 N SER 169 145.159 181.183 159.095 1.00 61.47 N ATOM 2791 CA SER 169 145.374 180.462 160.368 1.00 61.47 C ATOM 2793 C SER 169 144.087 180.267 161.168 1.00 61.47 C ATOM 2794 CB SER 169 146.434 181.166 161.238 1.00 61.47 C ATOM 2797 O SER 169 144.111 179.561 162.176 1.00 61.47 O ATOM 2798 OG SER 169 146.200 182.548 161.164 1.00 61.47 O ATOM 2800 N GLY 170 142.962 180.816 160.709 1.00 59.43 N ATOM 2802 CA GLY 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