####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS465_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS465_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.06 1.06 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.06 1.06 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 132 165 - 297 1.00 1.07 LCS_AVERAGE: 96.82 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 132 135 135 44 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 132 135 135 16 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 132 135 135 67 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 132 135 135 20 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 132 135 135 3 37 66 129 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 132 135 135 66 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 132 135 135 67 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 132 135 135 67 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 132 135 135 67 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 132 135 135 67 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 132 135 135 67 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 132 135 135 67 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 132 135 135 67 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 132 135 135 67 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 132 135 135 38 99 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 132 135 135 3 33 54 105 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 132 135 135 26 89 119 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 132 135 135 59 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 132 135 135 28 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 132 135 135 28 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 132 135 135 63 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 132 135 135 67 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 132 135 135 67 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 132 135 135 67 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 132 135 135 67 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 132 135 135 67 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 132 135 135 67 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 132 135 135 67 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 132 135 135 67 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 132 135 135 67 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 132 135 135 67 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 132 135 135 67 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 132 135 135 67 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 132 135 135 67 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 132 135 135 67 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 132 135 135 67 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 132 135 135 67 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 132 135 135 67 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 132 135 135 67 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 132 135 135 66 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 132 135 135 64 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 132 135 135 64 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 132 135 135 39 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 132 135 135 30 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 132 135 135 7 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 132 135 135 8 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 132 135 135 21 99 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 132 135 135 3 33 88 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 132 135 135 3 16 27 122 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 132 135 135 40 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 132 135 135 67 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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LCS_GDT H 280 H 280 132 135 135 67 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 281 A 281 132 135 135 67 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 282 P 282 132 135 135 67 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 283 I 283 132 135 135 67 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 284 I 284 132 135 135 67 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 285 D 285 132 135 135 63 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 286 K 286 132 135 135 67 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 287 E 287 132 135 135 67 100 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 288 Q 288 132 135 135 67 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 132 135 135 67 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 132 135 135 67 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 132 135 135 67 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 132 135 135 67 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 132 135 135 67 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 132 135 135 67 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 132 135 135 64 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 132 135 135 62 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 132 135 135 22 99 115 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 131 135 135 30 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 64 135 135 3 3 7 91 126 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 27 135 135 3 3 108 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 98.94 ( 96.82 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 67 101 124 131 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 49.63 74.81 91.85 97.04 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.29 0.54 0.84 0.93 0.95 1.02 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 GDT RMS_ALL_AT 1.36 1.23 1.08 1.07 1.07 1.07 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 1.06 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 1.104 0 0.035 0.035 1.213 65.455 65.455 - LGA K 166 K 166 1.186 0 0.100 0.260 3.037 65.455 52.525 3.037 LGA W 167 W 167 0.605 0 0.104 0.174 1.333 77.727 83.377 0.583 LGA I 168 I 168 1.177 0 0.067 1.589 4.540 70.455 50.455 4.540 LGA S 169 S 169 2.177 0 0.682 0.575 5.065 51.818 36.364 5.065 LGA G 170 G 170 0.783 0 0.144 0.144 1.153 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.868 0 0.037 1.266 4.857 77.727 62.273 1.465 LGA A 172 A 172 0.792 0 0.050 0.065 0.948 90.909 89.091 - LGA P 173 P 173 0.367 0 0.041 0.098 0.605 100.000 97.403 0.434 LGA Y 174 Y 174 0.464 0 0.076 0.187 1.012 95.455 83.636 1.005 LGA G 175 G 175 0.502 0 0.055 0.055 0.502 95.455 95.455 - LGA Y 176 Y 176 0.552 0 0.085 0.155 0.640 86.364 90.909 0.402 LGA Q 177 Q 177 0.976 0 0.072 0.171 1.264 81.818 80.000 0.853 LGA L 178 L 178 0.789 0 0.088 0.110 1.083 77.727 77.727 1.046 LGA N 179 N 179 0.983 0 0.173 0.751 4.840 70.000 42.273 4.840 LGA K 180 K 180 3.180 0 0.238 0.930 12.547 29.545 13.131 12.547 LGA K 181 K 181 1.707 0 0.356 0.989 8.863 70.000 33.737 8.863 LGA T 182 T 182 0.558 0 0.056 1.117 3.363 77.727 68.052 3.363 LGA S 183 S 183 1.213 0 0.129 0.117 1.746 69.545 63.333 1.746 LGA K 184 K 184 1.018 0 0.062 0.884 3.302 69.545 63.838 3.302 LGA L 185 L 185 0.640 0 0.052 0.076 0.640 81.818 84.091 0.487 LGA D 186 D 186 0.286 0 0.057 0.179 0.655 95.455 95.455 0.344 LGA P 187 P 187 0.545 0 0.000 0.000 1.136 82.273 82.078 0.701 LGA V 188 V 188 0.916 0 0.000 0.050 1.031 81.818 77.143 1.031 LGA E 189 E 189 1.052 0 0.000 0.172 1.874 65.455 62.222 1.874 LGA D 190 D 190 1.182 0 0.039 0.065 2.061 73.636 60.682 2.061 LGA E 191 E 191 0.765 0 0.053 0.136 0.904 86.364 83.838 0.874 LGA A 192 A 192 0.486 0 0.000 0.000 0.576 95.455 96.364 - LGA K 193 K 193 0.600 0 0.021 0.555 2.646 81.818 70.909 2.115 LGA V 194 V 194 0.523 0 0.048 0.049 0.743 90.909 87.013 0.647 LGA V 195 V 195 0.204 0 0.000 0.035 0.286 100.000 100.000 0.202 LGA Q 196 Q 196 0.247 0 0.014 0.212 1.339 100.000 88.485 1.188 LGA L 197 L 197 0.231 0 0.026 0.063 0.550 100.000 97.727 0.403 LGA I 198 I 198 0.195 0 0.102 0.112 0.406 100.000 100.000 0.406 LGA F 199 F 199 0.241 0 0.043 0.079 0.491 100.000 100.000 0.334 LGA N 200 N 200 0.286 0 0.036 0.555 1.199 100.000 91.364 1.199 LGA I 201 I 201 0.219 0 0.052 0.058 0.424 100.000 100.000 0.250 LGA F 202 F 202 0.192 0 0.035 0.073 0.819 100.000 93.388 0.819 LGA L 203 L 203 0.383 0 0.008 0.099 0.790 100.000 95.455 0.610 LGA N 204 N 204 0.151 0 0.032 0.068 1.030 100.000 91.136 0.844 LGA G 205 G 205 0.289 0 0.080 0.080 0.608 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.340 0 0.028 0.251 1.126 90.909 91.136 0.383 LGA N 207 N 207 0.904 0 0.074 0.378 1.801 77.727 69.773 1.113 LGA G 208 G 208 1.056 0 0.000 0.000 1.192 69.545 69.545 - LGA K 209 K 209 1.207 0 0.073 0.293 2.061 65.455 57.576 2.061 LGA D 210 D 210 1.104 0 0.056 0.781 2.053 73.636 64.318 1.989 LGA Y 211 Y 211 1.434 0 0.104 0.320 1.623 65.455 63.030 1.474 LGA S 212 S 212 2.108 0 0.681 0.771 6.083 39.545 28.182 6.083 LGA Y 213 Y 213 2.852 0 0.212 1.453 14.576 42.273 14.242 14.576 LGA A 215 A 215 0.775 0 0.208 0.229 1.758 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.322 0 0.019 0.189 0.503 100.000 97.727 0.311 LGA A 217 A 217 0.330 0 0.045 0.058 0.367 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.567 0 0.074 0.104 1.208 95.455 88.182 1.208 LGA H 219 H 219 0.486 0 0.010 0.083 0.595 100.000 89.091 0.595 LGA L 220 L 220 0.474 0 0.037 0.104 0.546 100.000 97.727 0.546 LGA T 221 T 221 0.352 0 0.040 0.045 0.415 100.000 100.000 0.282 LGA N 222 N 222 0.424 0 0.037 0.077 0.548 100.000 97.727 0.296 LGA L 223 L 223 0.620 0 0.051 0.081 0.923 81.818 81.818 0.923 LGA Q 224 Q 224 0.518 0 0.072 0.737 4.261 86.364 61.818 4.076 LGA I 225 I 225 0.478 0 0.052 0.102 0.502 95.455 95.455 0.322 LGA P 226 P 226 0.700 0 0.036 0.041 0.941 81.818 81.818 0.941 LGA T 227 T 227 0.566 0 0.034 0.244 0.816 81.818 87.013 0.816 LGA P 228 P 228 0.931 0 0.264 0.285 1.198 86.364 79.740 1.198 LGA S 229 S 229 1.001 0 0.131 0.122 1.157 69.545 76.667 0.417 LGA G 230 G 230 1.032 0 0.000 0.000 1.032 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.587 0 0.164 0.695 2.116 77.727 83.232 2.116 LGA K 232 K 232 0.300 0 0.168 0.838 2.346 95.455 74.747 2.346 LGA R 233 R 233 0.175 0 0.015 1.188 6.621 100.000 57.190 6.621 LGA W 234 W 234 0.448 0 0.105 0.154 0.636 95.455 90.909 0.510 LGA N 235 N 235 0.731 0 0.014 0.853 2.155 81.818 74.318 2.155 LGA Q 236 Q 236 0.323 0 0.041 0.930 3.683 90.909 74.343 1.142 LGA Y 237 Y 237 1.135 0 0.051 0.446 2.400 69.545 59.697 2.400 LGA T 238 T 238 0.906 0 0.027 0.250 1.316 81.818 79.481 1.316 LGA I 239 I 239 0.547 0 0.016 0.096 0.692 81.818 90.909 0.476 LGA K 240 K 240 0.915 0 0.076 0.516 4.011 73.636 56.970 4.011 LGA A 241 A 241 1.127 0 0.147 0.155 1.617 61.818 62.545 - LGA I 242 I 242 0.235 0 0.061 0.077 0.959 100.000 93.182 0.959 LGA L 243 L 243 0.317 0 0.000 0.131 0.717 90.909 95.455 0.348 LGA Q 244 Q 244 0.807 0 0.139 0.414 1.708 70.000 72.929 1.395 LGA N 245 N 245 0.635 0 0.000 0.334 1.032 81.818 82.045 1.032 LGA E 246 E 246 0.603 0 0.000 0.577 1.708 81.818 74.747 1.708 LGA V 247 V 247 0.290 0 0.050 0.985 2.315 100.000 82.338 2.315 LGA Y 248 Y 248 0.446 0 0.042 0.110 1.055 100.000 91.061 1.055 LGA I 249 I 249 0.564 0 0.000 0.028 0.802 90.909 86.364 0.802 LGA G 250 G 250 0.344 0 0.066 0.066 0.652 95.455 95.455 - LGA T 251 T 251 0.505 0 0.048 0.102 0.634 86.364 87.013 0.503 LGA V 252 V 252 0.507 0 0.102 0.142 1.017 77.727 82.078 0.625 LGA K 253 K 253 0.756 0 0.053 0.165 1.375 77.727 72.727 1.375 LGA Y 254 Y 254 0.789 0 0.061 0.351 2.466 81.818 70.303 2.466 LGA K 255 K 255 1.153 0 0.249 0.276 1.934 61.818 63.838 1.059 LGA V 256 V 256 1.245 0 0.083 0.110 1.287 65.455 65.455 1.161 LGA R 257 R 257 1.280 0 0.115 1.102 4.549 65.455 47.438 4.549 LGA E 258 E 258 1.830 0 0.070 1.226 6.249 47.727 29.091 6.249 LGA K 259 K 259 1.591 0 0.018 0.272 1.817 50.909 54.141 1.817 LGA T 260 T 260 1.603 0 0.025 0.082 1.696 50.909 50.909 1.696 LGA K 261 K 261 1.842 0 0.077 0.896 7.554 50.909 30.101 7.554 LGA D 262 D 262 1.835 0 0.096 0.790 2.953 47.727 41.818 2.953 LGA G 263 G 263 1.202 0 0.150 0.150 1.726 61.818 61.818 - LGA K 264 K 264 1.163 0 0.000 0.533 2.458 65.455 67.879 2.458 LGA R 265 R 265 1.431 0 0.158 1.047 2.255 58.182 62.645 2.255 LGA T 266 T 266 1.647 0 0.060 0.199 1.952 50.909 52.987 1.471 LGA I 267 I 267 1.472 0 0.070 0.120 1.843 58.182 54.545 1.843 LGA R 268 R 268 1.463 0 0.000 0.973 3.213 61.818 49.587 1.896 LGA P 269 P 269 1.628 0 0.000 0.019 1.691 54.545 52.987 1.682 LGA E 270 E 270 1.627 0 0.035 0.983 4.113 50.909 39.596 3.025 LGA K 271 K 271 1.640 0 0.103 0.742 3.602 50.909 44.444 3.321 LGA E 272 E 272 1.353 0 0.090 0.218 2.234 65.455 57.576 1.917 LGA Q 273 Q 273 1.458 0 0.107 0.208 2.034 55.000 60.808 1.442 LGA I 274 I 274 1.017 0 0.065 0.104 1.254 69.545 67.500 1.254 LGA V 275 V 275 0.711 0 0.040 0.038 0.758 81.818 81.818 0.693 LGA V 276 V 276 0.582 0 0.000 0.045 0.706 86.364 84.416 0.676 LGA Q 277 Q 277 0.457 0 0.054 0.685 3.469 95.455 71.919 3.469 LGA D 278 D 278 0.399 0 0.048 0.122 0.855 100.000 93.182 0.855 LGA A 279 A 279 0.497 0 0.028 0.047 0.562 100.000 96.364 - LGA H 280 H 280 0.151 0 0.040 0.164 0.504 100.000 98.182 0.431 LGA A 281 A 281 0.249 0 0.000 0.000 0.400 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.307 0 0.025 0.038 0.636 100.000 92.208 0.636 LGA I 283 I 283 0.334 0 0.006 0.065 0.486 100.000 100.000 0.380 LGA I 284 I 284 0.439 0 0.013 0.066 0.687 90.909 95.455 0.208 LGA D 285 D 285 1.008 0 0.061 0.200 2.033 69.545 64.091 1.349 LGA K 286 K 286 1.127 0 0.019 0.305 1.231 65.455 70.909 0.863 LGA E 287 E 287 1.222 0 0.028 0.490 2.145 65.455 59.192 2.145 LGA Q 288 Q 288 0.748 0 0.000 0.305 2.182 81.818 73.333 1.284 LGA F 289 F 289 0.796 0 0.046 0.140 1.152 81.818 77.355 1.085 LGA Q 290 Q 290 1.119 0 0.000 0.605 1.772 73.636 65.859 1.564 LGA Q 291 Q 291 0.753 0 0.000 0.285 1.095 81.818 80.000 1.095 LGA S 292 S 292 0.541 0 0.071 0.686 2.458 81.818 74.545 2.458 LGA Q 293 Q 293 0.996 0 0.033 0.207 1.271 73.636 69.091 1.271 LGA V 294 V 294 1.102 0 0.000 0.043 1.339 69.545 67.792 1.092 LGA K 295 K 295 0.591 0 0.089 0.272 1.286 77.727 88.081 0.448 LGA I 296 I 296 0.977 0 0.037 0.074 1.544 70.000 73.864 0.665 LGA A 297 A 297 1.751 0 0.155 0.181 2.683 48.636 49.091 - LGA N 298 N 298 1.188 0 0.046 0.648 2.362 51.818 65.455 1.705 LGA K 299 K 299 3.806 0 0.284 0.739 14.769 28.636 12.727 14.769 LGA V 300 V 300 2.104 0 0.111 0.104 4.411 48.182 32.468 3.535 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.064 1.039 1.935 78.663 73.474 59.679 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.06 92.963 97.005 11.597 LGA_LOCAL RMSD: 1.064 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.064 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.064 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.619867 * X + 0.447807 * Y + 0.644386 * Z + 155.073334 Y_new = -0.667093 * X + -0.131711 * Y + 0.733239 * Z + 151.820999 Z_new = 0.413222 * X + -0.884376 * Y + 0.217086 * Z + 142.626297 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.822077 -0.425990 -1.330088 [DEG: -47.1016 -24.4074 -76.2084 ] ZXZ: 2.420602 1.351968 2.704489 [DEG: 138.6903 77.4621 154.9558 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS465_3-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS465_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.06 97.005 1.06 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS465_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 152.683 186.654 153.494 1.00 88.08 N ATOM 2719 CA GLY 165 151.977 187.338 154.582 1.00 88.08 C ATOM 2722 C GLY 165 150.447 187.205 154.541 1.00 88.08 C ATOM 2723 O GLY 165 149.766 187.918 155.273 1.00 88.08 O ATOM 2724 N LYS 166 149.875 186.309 153.714 1.00 88.88 N ATOM 2726 CA LYS 166 148.428 186.017 153.730 1.00 88.88 C ATOM 2728 C LYS 166 148.064 185.299 155.044 1.00 88.88 C ATOM 2729 CB LYS 166 147.986 185.182 152.503 1.00 88.88 C ATOM 2732 O LYS 166 148.695 184.305 155.415 1.00 88.88 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.146 185.836 151.109 1.00 88.88 C ATOM 2736 CD LYS 166 147.622 184.923 149.966 1.00 88.88 C ATOM 2739 CE LYS 166 147.646 185.607 148.582 1.00 88.88 C ATOM 2742 NZ LYS 166 147.094 184.772 147.466 1.00 88.88 N ATOM 2746 N TRP 167 147.013 185.745 155.733 1.00 91.22 N ATOM 2748 CA TRP 167 146.531 185.125 156.969 1.00 91.22 C ATOM 2750 C TRP 167 145.725 183.854 156.679 1.00 91.22 C ATOM 2751 CB TRP 167 145.731 186.118 157.813 1.00 91.22 C ATOM 2754 O TRP 167 144.568 183.889 156.268 1.00 91.22 O ATOM 2755 CG TRP 167 145.258 185.549 159.121 1.00 91.22 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 144.022 185.058 159.374 1.00 91.22 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 146.008 185.391 160.363 1.00 91.22 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 145.144 184.822 161.346 1.00 91.22 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 147.330 185.682 160.765 1.00 91.22 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 143.950 184.636 160.688 1.00 91.22 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 146.880 184.877 163.031 1.00 91.22 C ATOM 2766 CZ2 TRP 167 145.558 184.570 162.661 1.00 91.22 C ATOM 2768 CZ3 TRP 167 147.762 185.425 162.082 1.00 91.22 C ATOM 2770 N ILE 168 146.351 182.703 156.928 1.00 85.54 N ATOM 2772 CA ILE 168 145.781 181.368 156.669 1.00 85.54 C ATOM 2774 C ILE 168 145.573 180.525 157.940 1.00 85.54 C ATOM 2775 CB ILE 168 146.635 180.629 155.622 1.00 85.54 C ATOM 2777 O ILE 168 145.330 179.315 157.862 1.00 85.54 O ATOM 2778 CG1 ILE 168 148.088 180.446 156.117 1.00 85.54 C ATOM 2781 CG2 ILE 168 146.589 181.355 154.266 1.00 85.54 C ATOM 2785 CD1 ILE 168 148.771 179.284 155.404 1.00 85.54 C ATOM 2789 N SER 169 145.706 181.144 159.115 1.00 80.59 N ATOM 2791 CA SER 169 145.751 180.461 160.419 1.00 80.59 C ATOM 2793 C SER 169 144.374 180.166 161.031 1.00 80.59 C ATOM 2794 CB SER 169 146.621 181.267 161.388 1.00 80.59 C ATOM 2797 O SER 169 144.297 179.435 162.018 1.00 80.59 O ATOM 2798 OG SER 169 147.957 181.297 160.915 1.00 80.59 O ATOM 2800 N GLY 170 143.287 180.680 160.444 1.00 77.88 N ATOM 2802 CA GLY 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