####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS465_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS465_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.21 1.21 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.21 1.21 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 95 165 - 260 0.99 1.24 LCS_AVERAGE: 61.21 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 95 135 135 53 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 95 135 135 46 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 95 135 135 62 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 95 135 135 37 102 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 95 135 135 3 7 52 125 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 95 135 135 64 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 95 135 135 64 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 95 135 135 64 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 95 135 135 64 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 95 135 135 64 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 95 135 135 64 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 95 135 135 64 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 95 135 135 55 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 95 135 135 64 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 95 135 135 33 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 95 135 135 3 4 4 113 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 95 135 135 36 102 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 95 135 135 60 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 95 135 135 14 102 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 95 135 135 24 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 95 135 135 58 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 95 135 135 64 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 95 135 135 64 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 95 135 135 64 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 95 135 135 57 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 95 135 135 61 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 95 135 135 64 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 95 135 135 64 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 95 135 135 64 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 95 135 135 64 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 95 135 135 64 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 95 135 135 64 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 95 135 135 64 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 95 135 135 64 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 95 135 135 64 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 95 135 135 64 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 95 135 135 64 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 95 135 135 64 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 95 135 135 64 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 95 135 135 64 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 95 135 135 64 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 95 135 135 35 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 95 135 135 51 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 95 135 135 59 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 95 135 135 21 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 95 135 135 5 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 95 135 135 12 101 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 95 135 135 3 4 52 120 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 95 135 135 3 6 42 71 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 95 135 135 60 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 95 135 135 64 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 217 A 217 95 135 135 64 103 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281 A 281 55 135 135 64 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 282 P 282 55 135 135 64 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 283 I 283 55 135 135 64 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 284 I 284 55 135 135 64 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 285 D 285 55 135 135 45 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 286 K 286 55 135 135 61 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 287 E 287 55 135 135 64 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 288 Q 288 55 135 135 64 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 55 135 135 64 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 55 135 135 64 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 55 135 135 64 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 55 135 135 64 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 55 135 135 64 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 55 135 135 61 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 55 135 135 60 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 55 135 135 52 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 35 135 135 21 102 116 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 35 135 135 37 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 28 135 135 3 4 24 108 121 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 27 135 135 3 3 3 125 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 87.07 ( 61.21 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 64 103 118 126 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 47.41 76.30 87.41 93.33 97.04 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.54 0.76 0.93 1.10 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 GDT RMS_ALL_AT 1.57 1.45 1.31 1.24 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 1.136 0 0.033 0.033 1.182 65.455 65.455 - LGA K 166 K 166 1.191 0 0.089 0.168 2.231 65.455 59.192 2.231 LGA W 167 W 167 0.679 0 0.059 0.174 1.123 77.727 83.506 0.482 LGA I 168 I 168 1.329 0 0.078 1.556 4.205 62.273 45.227 4.205 LGA S 169 S 169 2.181 0 0.662 0.565 4.895 51.818 36.667 4.895 LGA G 170 G 170 1.039 0 0.151 0.151 1.195 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 1.046 0 0.022 1.331 4.956 69.545 58.182 1.363 LGA A 172 A 172 0.964 0 0.055 0.070 1.099 82.273 78.909 - LGA P 173 P 173 0.535 0 0.044 0.098 0.811 81.818 84.416 0.645 LGA Y 174 Y 174 0.608 0 0.073 0.188 1.187 81.818 76.364 1.147 LGA G 175 G 175 0.666 0 0.050 0.050 0.666 81.818 81.818 - LGA Y 176 Y 176 0.656 0 0.095 0.146 0.776 86.364 92.424 0.161 LGA Q 177 Q 177 1.181 0 0.058 0.169 1.313 69.545 67.273 1.058 LGA L 178 L 178 0.965 0 0.084 0.116 1.232 77.727 75.682 1.115 LGA N 179 N 179 1.022 0 0.178 0.741 4.823 69.545 42.045 4.823 LGA K 180 K 180 3.337 0 0.252 0.945 12.603 29.545 13.131 12.603 LGA K 181 K 181 1.605 0 0.390 1.244 10.306 78.636 37.172 10.306 LGA T 182 T 182 0.427 0 0.065 1.118 3.168 90.909 75.584 3.168 LGA S 183 S 183 1.206 0 0.123 0.113 1.640 69.545 63.333 1.607 LGA K 184 K 184 0.957 0 0.058 0.885 3.164 73.636 65.657 3.164 LGA L 185 L 185 0.617 0 0.057 0.068 0.661 81.818 88.636 0.346 LGA D 186 D 186 0.333 0 0.061 0.171 0.788 90.909 93.182 0.174 LGA P 187 P 187 0.576 0 0.000 0.347 1.499 78.182 82.338 0.657 LGA V 188 V 188 1.238 0 0.000 0.028 1.511 65.455 63.377 1.511 LGA E 189 E 189 1.318 0 0.023 0.263 2.354 65.455 60.808 2.354 LGA D 190 D 190 1.421 0 0.024 0.044 1.946 65.455 58.182 1.946 LGA E 191 E 191 1.055 0 0.057 0.129 1.304 73.636 69.091 1.304 LGA A 192 A 192 0.590 0 0.000 0.000 0.759 86.364 85.455 - LGA K 193 K 193 0.767 0 0.031 0.620 3.333 81.818 65.859 3.003 LGA V 194 V 194 0.670 0 0.044 0.049 0.884 90.909 87.013 0.748 LGA V 195 V 195 0.291 0 0.000 0.000 0.408 100.000 100.000 0.171 LGA Q 196 Q 196 0.382 0 0.026 0.210 1.487 100.000 86.465 1.386 LGA L 197 L 197 0.384 0 0.028 0.061 0.753 100.000 93.182 0.642 LGA I 198 I 198 0.226 0 0.104 0.106 0.437 100.000 100.000 0.437 LGA F 199 F 199 0.285 0 0.057 0.087 0.492 100.000 100.000 0.181 LGA N 200 N 200 0.425 0 0.038 1.139 3.878 100.000 76.591 3.878 LGA I 201 I 201 0.207 0 0.043 0.065 0.400 100.000 100.000 0.237 LGA F 202 F 202 0.268 0 0.000 0.030 0.824 95.455 90.083 0.824 LGA L 203 L 203 0.508 0 0.000 0.077 0.913 90.909 86.364 0.752 LGA N 204 N 204 0.443 0 0.048 0.191 1.096 100.000 88.864 0.832 LGA G 205 G 205 0.499 0 0.049 0.049 0.810 90.909 90.909 - LGA L 206 L 206 0.828 0 0.048 0.761 3.313 81.818 69.773 0.807 LGA N 207 N 207 0.428 0 0.073 0.373 1.388 95.455 91.136 0.739 LGA G 208 G 208 0.337 0 0.036 0.036 0.534 95.455 95.455 - LGA K 209 K 209 0.988 0 0.059 0.255 2.339 77.727 64.646 2.339 LGA D 210 D 210 1.048 0 0.185 0.862 2.411 69.545 62.273 2.411 LGA Y 211 Y 211 1.293 0 0.086 0.557 1.938 65.455 63.030 1.456 LGA S 212 S 212 2.231 0 0.686 0.762 6.228 43.182 29.697 6.228 LGA Y 213 Y 213 2.823 0 0.209 1.636 14.586 42.273 14.242 14.586 LGA A 215 A 215 0.494 0 0.189 0.205 1.494 100.000 93.091 - LGA I 216 I 216 0.195 0 0.026 0.200 0.582 100.000 97.727 0.339 LGA A 217 A 217 0.341 0 0.036 0.049 0.406 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.326 0 0.067 0.091 0.767 100.000 96.970 0.767 LGA H 219 H 219 0.405 0 0.015 0.056 0.476 100.000 100.000 0.454 LGA L 220 L 220 0.519 0 0.025 0.151 0.885 95.455 90.909 0.885 LGA T 221 T 221 0.280 0 0.018 0.030 0.369 100.000 100.000 0.230 LGA N 222 N 222 0.396 0 0.037 0.067 0.559 90.909 95.455 0.230 LGA L 223 L 223 0.697 0 0.043 0.074 1.132 81.818 77.727 1.109 LGA Q 224 Q 224 0.472 0 0.053 0.717 4.004 95.455 66.465 4.004 LGA I 225 I 225 0.545 0 0.053 0.103 0.633 86.364 86.364 0.473 LGA P 226 P 226 0.982 0 0.033 0.039 1.355 77.727 72.468 1.355 LGA T 227 T 227 1.091 0 0.030 0.202 1.241 65.455 67.792 1.194 LGA P 228 P 228 1.519 0 0.202 0.236 1.633 65.909 61.558 1.508 LGA S 229 S 229 1.514 0 0.130 0.123 1.597 58.182 63.333 0.774 LGA G 230 G 230 1.366 0 0.000 0.000 1.450 65.455 65.455 - LGA K 231 K 231 0.720 0 0.147 0.675 1.216 81.818 78.182 1.216 LGA K 232 K 232 0.422 0 0.181 0.815 2.235 95.455 76.364 2.235 LGA R 233 R 233 0.513 0 0.022 1.215 6.957 86.364 49.091 6.957 LGA W 234 W 234 0.761 0 0.091 0.169 0.874 81.818 81.818 0.643 LGA N 235 N 235 0.851 0 0.028 1.047 3.509 81.818 68.864 1.148 LGA Q 236 Q 236 0.416 0 0.040 0.673 3.793 86.364 65.859 1.783 LGA Y 237 Y 237 1.364 0 0.057 0.407 2.905 65.909 51.818 2.905 LGA T 238 T 238 1.149 0 0.045 0.273 1.459 73.636 70.130 1.459 LGA I 239 I 239 0.718 0 0.011 0.084 0.914 81.818 81.818 0.546 LGA K 240 K 240 1.080 0 0.074 0.532 4.455 69.545 51.111 4.455 LGA A 241 A 241 1.238 0 0.100 0.108 1.404 65.455 65.455 - LGA I 242 I 242 0.435 0 0.068 0.075 1.095 95.455 86.591 1.095 LGA L 243 L 243 0.321 0 0.033 0.147 0.671 90.909 95.455 0.353 LGA Q 244 Q 244 0.763 0 0.109 0.373 1.533 74.091 76.566 1.125 LGA N 245 N 245 0.689 0 0.000 0.289 1.063 81.818 79.773 1.063 LGA E 246 E 246 0.562 0 0.000 0.458 1.265 81.818 78.182 1.265 LGA V 247 V 247 0.315 0 0.022 0.960 2.419 100.000 82.338 2.419 LGA Y 248 Y 248 0.367 0 0.029 0.123 0.929 100.000 93.939 0.929 LGA I 249 I 249 0.557 0 0.000 0.027 0.877 90.909 86.364 0.877 LGA G 250 G 250 0.360 0 0.058 0.058 0.705 90.909 90.909 - LGA T 251 T 251 0.625 0 0.049 0.084 0.818 81.818 81.818 0.726 LGA V 252 V 252 0.602 0 0.083 0.125 1.208 77.727 79.481 0.814 LGA K 253 K 253 0.636 0 0.042 0.213 1.010 86.364 82.222 1.009 LGA Y 254 Y 254 0.920 0 0.054 0.328 2.666 81.818 61.970 2.666 LGA K 255 K 255 0.805 0 0.168 0.634 4.864 77.727 51.313 4.864 LGA V 256 V 256 0.957 0 0.089 0.119 1.047 81.818 79.481 1.047 LGA R 257 R 257 0.621 0 0.130 1.105 5.120 81.818 52.727 5.120 LGA E 258 E 258 1.342 0 0.089 1.190 5.557 62.273 42.424 5.557 LGA K 259 K 259 1.782 0 0.011 0.622 2.275 44.545 43.838 2.219 LGA T 260 T 260 2.647 0 0.013 0.109 2.850 30.000 28.831 2.724 LGA K 261 K 261 3.489 0 0.055 0.804 8.808 14.545 8.283 8.808 LGA D 262 D 262 3.669 0 0.086 0.756 4.120 12.727 11.136 4.120 LGA G 263 G 263 2.307 0 0.168 0.168 2.606 35.455 35.455 - LGA K 264 K 264 2.017 0 0.043 0.529 4.431 38.182 34.545 4.431 LGA R 265 R 265 1.464 0 0.125 0.951 3.160 54.545 52.066 2.205 LGA T 266 T 266 1.542 0 0.041 0.199 2.240 58.182 55.325 1.183 LGA I 267 I 267 1.364 0 0.079 0.130 1.942 65.455 58.182 1.942 LGA R 268 R 268 1.267 0 0.000 0.975 2.898 61.818 54.215 2.149 LGA P 269 P 269 1.691 0 0.000 0.022 1.746 54.545 55.065 1.614 LGA E 270 E 270 1.950 0 0.031 0.974 4.441 50.909 34.343 4.197 LGA K 271 K 271 2.069 0 0.067 0.680 2.225 41.364 55.354 0.683 LGA E 272 E 272 1.402 0 0.115 0.120 1.589 61.818 63.838 1.449 LGA Q 273 Q 273 1.460 0 0.051 0.131 1.880 54.545 60.606 1.444 LGA I 274 I 274 1.108 0 0.062 0.145 1.650 65.455 65.682 1.650 LGA V 275 V 275 0.723 0 0.024 0.049 0.729 81.818 81.818 0.725 LGA V 276 V 276 0.803 0 0.020 0.058 0.908 81.818 81.818 0.862 LGA Q 277 Q 277 0.648 0 0.053 0.611 3.096 81.818 63.838 2.986 LGA D 278 D 278 0.488 0 0.047 0.122 0.958 95.455 90.909 0.958 LGA A 279 A 279 0.560 0 0.026 0.045 0.632 95.455 92.727 - LGA H 280 H 280 0.220 0 0.030 0.138 0.585 100.000 96.364 0.361 LGA A 281 A 281 0.222 0 0.000 0.000 0.354 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.378 0 0.000 0.027 0.701 100.000 92.208 0.701 LGA I 283 I 283 0.374 0 0.017 0.047 0.624 95.455 95.455 0.376 LGA I 284 I 284 0.486 0 0.020 0.102 0.743 90.909 95.455 0.290 LGA D 285 D 285 1.243 0 0.098 0.969 3.297 69.545 56.136 1.726 LGA K 286 K 286 1.281 0 0.059 0.282 1.494 65.455 67.273 0.920 LGA E 287 E 287 1.320 0 0.042 0.165 2.126 65.455 56.162 2.126 LGA Q 288 Q 288 0.899 0 0.000 0.399 2.221 77.727 73.333 0.994 LGA F 289 F 289 0.850 0 0.035 0.106 1.040 81.818 78.843 1.022 LGA Q 290 Q 290 1.105 0 0.028 0.234 1.587 65.455 65.657 0.944 LGA Q 291 Q 291 0.947 0 0.000 0.256 1.255 77.727 72.727 1.255 LGA S 292 S 292 0.621 0 0.060 0.677 2.592 81.818 75.758 2.592 LGA Q 293 Q 293 1.065 0 0.031 0.222 1.367 69.545 67.273 1.367 LGA V 294 V 294 1.246 0 0.021 0.049 1.477 65.455 65.455 1.311 LGA K 295 K 295 0.724 0 0.058 0.193 1.165 77.727 90.101 0.444 LGA I 296 I 296 1.101 0 0.056 0.090 1.606 65.909 69.773 0.817 LGA A 297 A 297 1.781 0 0.136 0.161 2.607 45.000 46.182 - LGA N 298 N 298 1.067 0 0.083 0.661 2.136 58.182 64.773 2.136 LGA K 299 K 299 3.389 0 0.315 0.756 14.550 39.545 17.576 14.550 LGA V 300 V 300 2.335 0 0.172 0.191 5.058 55.909 33.766 4.739 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.206 1.167 2.061 76.135 70.442 57.403 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.21 92.407 96.527 10.337 LGA_LOCAL RMSD: 1.206 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.206 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.206 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.645992 * X + -0.737893 * Y + -0.195467 * Z + 153.672791 Y_new = -0.710165 * X + 0.487048 * Y + 0.508379 * Z + 150.258682 Z_new = -0.279928 * X + 0.467223 * Y + -0.838656 * Z + 145.263092 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.308910 0.283719 2.633307 [DEG: -132.2908 16.2559 150.8774 ] ZXZ: -2.774527 2.565607 -0.539780 [DEG: -158.9687 146.9984 -30.9271 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS465_2-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS465_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.21 96.527 1.21 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS465_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 152.617 186.618 153.392 1.00 86.84 N ATOM 2719 CA GLY 165 151.974 187.311 154.516 1.00 86.84 C ATOM 2722 C GLY 165 150.439 187.223 154.527 1.00 86.84 C ATOM 2723 O GLY 165 149.794 187.949 155.279 1.00 86.84 O ATOM 2724 N LYS 166 149.826 186.346 153.715 1.00 86.73 N ATOM 2726 CA LYS 166 148.367 186.130 153.713 1.00 86.73 C ATOM 2728 C LYS 166 147.956 185.380 154.994 1.00 86.73 C ATOM 2729 CB LYS 166 147.904 185.409 152.422 1.00 86.73 C ATOM 2732 O LYS 166 148.563 184.371 155.367 1.00 86.73 O ATOM 2733 CG LYS 166 148.169 186.182 151.107 1.00 86.73 C ATOM 2736 CD LYS 166 147.712 185.444 149.817 1.00 86.73 C ATOM 2739 CE LYS 166 148.078 186.252 148.547 1.00 86.73 C ATOM 2742 NZ LYS 166 147.785 185.571 147.242 1.00 86.73 N ATOM 2746 N TRP 167 146.893 185.827 155.662 1.00 85.29 N ATOM 2748 CA TRP 167 146.380 185.196 156.879 1.00 85.29 C ATOM 2750 C TRP 167 145.578 183.931 156.564 1.00 85.29 C ATOM 2751 CB TRP 167 145.558 186.178 157.710 1.00 85.29 C ATOM 2754 O TRP 167 144.517 183.955 155.944 1.00 85.29 O ATOM 2755 CG TRP 167 145.058 185.605 159.007 1.00 85.29 C ATOM 2756 CD1 TRP 167 143.811 185.139 159.254 1.00 85.29 C ATOM 2758 CD2 TRP 167 145.793 185.449 160.258 1.00 85.29 C ATOM 2759 CE2 TRP 167 144.911 184.905 161.239 1.00 85.29 C ATOM 2760 CE3 TRP 167 147.114 185.732 160.666 1.00 85.29 C ATOM 2762 NE1 TRP 167 143.720 184.725 160.571 1.00 85.29 N ATOM 2764 CH2 TRP 167 146.630 184.974 162.941 1.00 85.29 C ATOM 2766 CZ2 TRP 167 145.311 184.672 162.563 1.00 85.29 C ATOM 2768 CZ3 TRP 167 147.529 185.496 161.991 1.00 85.29 C ATOM 2770 N ILE 168 146.092 182.794 157.031 1.00 80.44 N ATOM 2772 CA ILE 168 145.562 181.450 156.729 1.00 80.44 C ATOM 2774 C ILE 168 145.336 180.588 157.983 1.00 80.44 C ATOM 2775 CB ILE 168 146.484 180.752 155.716 1.00 80.44 C ATOM 2777 O ILE 168 145.171 179.360 157.894 1.00 80.44 O ATOM 2778 CG1 ILE 168 147.905 180.583 156.300 1.00 80.44 C ATOM 2781 CG2 ILE 168 146.485 181.501 154.374 1.00 80.44 C ATOM 2785 CD1 ILE 168 148.793 179.754 155.387 1.00 80.44 C ATOM 2789 N SER 169 145.371 181.232 159.151 1.00 76.73 N ATOM 2791 CA SER 169 145.431 180.599 160.475 1.00 76.73 C ATOM 2793 C SER 169 144.062 180.402 161.142 1.00 76.73 C ATOM 2794 CB SER 169 146.409 181.373 161.367 1.00 76.73 C ATOM 2797 O SER 169 143.999 179.864 162.245 1.00 76.73 O ATOM 2798 OG SER 169 147.716 181.254 160.828 1.00 76.73 O ATOM 2800 N GLY 170 142.965 180.747 160.458 1.00 76.88 N ATOM 2802 CA GLY 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