####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS462_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS462_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.92 0.92 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 56 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 61 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 70 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 61 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 12 78 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 50 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 58 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 71 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 71 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 71 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 71 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 71 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 71 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 71 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 47 115 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 45 67 117 124 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 49 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 67 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 39 116 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 26 116 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 70 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 71 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 71 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 71 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 68 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 71 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 71 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 71 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 71 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 71 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 71 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 71 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 71 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 71 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 71 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 71 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 71 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 71 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 71 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 71 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 71 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 71 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 71 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 71 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 71 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 71 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 71 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 71 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 70 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 66 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 28 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 39 112 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 5 7 83 124 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 25 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 71 117 128 132 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 52.59 86.67 94.81 97.78 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.53 0.65 0.73 0.73 0.78 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 GDT RMS_ALL_AT 0.97 0.94 0.93 0.93 0.93 0.93 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 0.92 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.651 0 0.021 0.021 0.807 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.730 0 0.064 0.190 1.515 81.818 74.747 1.515 LGA W 167 W 167 0.544 0 0.060 0.089 0.801 81.818 88.312 0.570 LGA I 168 I 168 0.961 0 0.026 1.521 4.510 74.545 55.455 4.510 LGA S 169 S 169 1.436 0 0.153 0.231 4.163 66.818 48.485 4.163 LGA G 170 G 170 1.104 0 0.220 0.220 1.197 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 0.957 0 0.022 1.338 4.416 82.273 64.545 1.091 LGA A 172 A 172 0.509 0 0.043 0.051 0.643 90.909 89.091 - LGA P 173 P 173 0.297 0 0.037 0.340 1.559 100.000 90.390 1.559 LGA Y 174 Y 174 0.457 0 0.042 0.176 1.000 90.909 84.848 1.000 LGA G 175 G 175 0.318 0 0.059 0.059 0.318 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.285 0 0.036 0.151 0.429 100.000 100.000 0.199 LGA Q 177 Q 177 0.533 0 0.054 0.257 1.108 90.909 84.040 0.590 LGA L 178 L 178 0.444 0 0.079 0.106 0.879 90.909 88.636 0.879 LGA N 179 N 179 1.013 0 0.185 0.634 4.553 62.273 38.864 4.553 LGA K 180 K 180 4.127 0 0.286 0.967 13.834 15.909 7.071 13.834 LGA K 181 K 181 1.124 0 0.362 1.214 9.422 77.727 38.182 9.422 LGA T 182 T 182 0.590 0 0.053 1.111 3.377 77.727 68.052 3.377 LGA S 183 S 183 0.971 0 0.128 0.115 1.325 73.636 70.909 1.215 LGA K 184 K 184 1.001 0 0.060 0.835 2.630 69.545 66.667 2.630 LGA L 185 L 185 0.487 0 0.051 0.067 0.530 95.455 97.727 0.426 LGA D 186 D 186 0.102 0 0.057 0.100 0.535 100.000 97.727 0.473 LGA P 187 P 187 0.526 0 0.000 0.058 1.124 82.273 84.675 0.663 LGA V 188 V 188 0.762 0 0.000 0.027 0.871 81.818 81.818 0.871 LGA E 189 E 189 0.817 0 0.007 0.310 1.802 81.818 76.566 1.802 LGA D 190 D 190 0.786 0 0.038 0.061 1.053 81.818 79.773 1.053 LGA E 191 E 191 0.585 0 0.031 0.057 0.897 90.909 85.859 0.897 LGA A 192 A 192 0.372 0 0.000 0.000 0.459 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.368 0 0.031 0.659 2.874 100.000 81.818 2.610 LGA V 194 V 194 0.354 0 0.037 0.055 0.439 100.000 100.000 0.439 LGA V 195 V 195 0.120 0 0.000 0.008 0.273 100.000 100.000 0.151 LGA Q 196 Q 196 0.189 0 0.023 0.271 1.515 100.000 86.869 1.292 LGA L 197 L 197 0.187 0 0.027 0.050 0.345 100.000 100.000 0.289 LGA I 198 I 198 0.217 0 0.086 0.096 0.423 100.000 100.000 0.307 LGA F 199 F 199 0.239 0 0.039 0.071 0.361 100.000 100.000 0.049 LGA N 200 N 200 0.303 0 0.041 0.724 2.042 100.000 87.727 2.042 LGA I 201 I 201 0.211 0 0.030 0.053 0.318 100.000 100.000 0.180 LGA F 202 F 202 0.179 0 0.000 0.016 0.360 100.000 100.000 0.347 LGA L 203 L 203 0.412 0 0.000 0.050 0.758 95.455 90.909 0.709 LGA N 204 N 204 0.301 0 0.037 0.110 1.078 100.000 91.136 0.853 LGA G 205 G 205 0.233 0 0.054 0.054 0.233 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.207 0 0.017 0.242 0.998 95.455 95.455 0.366 LGA N 207 N 207 0.707 0 0.060 0.268 1.654 86.364 76.136 1.069 LGA G 208 G 208 0.722 0 0.000 0.000 1.073 77.727 77.727 - LGA K 209 K 209 0.910 0 0.043 0.304 1.652 81.818 74.747 1.652 LGA D 210 D 210 0.898 0 0.090 0.519 1.216 81.818 77.727 1.150 LGA Y 211 Y 211 1.430 0 0.111 0.426 1.729 65.455 63.030 1.281 LGA S 212 S 212 1.980 0 0.691 0.752 5.708 46.364 32.727 5.708 LGA Y 213 Y 213 3.055 0 0.160 1.619 14.969 33.636 11.364 14.969 LGA A 215 A 215 0.602 0 0.201 0.216 1.740 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.306 0 0.029 0.173 0.590 100.000 95.455 0.590 LGA A 217 A 217 0.230 0 0.021 0.039 0.341 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.368 0 0.052 0.081 1.015 100.000 91.212 1.015 LGA H 219 H 219 0.227 0 0.033 0.039 0.389 100.000 100.000 0.375 LGA L 220 L 220 0.308 0 0.021 0.092 0.397 100.000 100.000 0.332 LGA T 221 T 221 0.405 0 0.000 0.037 0.591 95.455 94.805 0.418 LGA N 222 N 222 0.580 0 0.037 0.052 0.764 81.818 86.364 0.536 LGA L 223 L 223 0.657 0 0.040 0.050 0.993 81.818 81.818 0.760 LGA Q 224 Q 224 0.679 0 0.035 0.812 4.181 81.818 62.222 4.181 LGA I 225 I 225 0.668 0 0.054 0.139 0.684 81.818 86.364 0.288 LGA P 226 P 226 0.729 0 0.064 0.070 0.930 81.818 81.818 0.898 LGA T 227 T 227 0.331 0 0.036 0.155 0.513 95.455 97.403 0.429 LGA P 228 P 228 0.931 0 0.088 0.089 1.053 81.818 77.143 1.021 LGA S 229 S 229 0.961 0 0.131 0.126 1.259 86.364 79.394 1.139 LGA G 230 G 230 0.458 0 0.078 0.078 0.787 90.909 90.909 - LGA K 231 K 231 0.540 0 0.101 0.668 2.610 82.273 75.960 2.610 LGA K 232 K 232 0.717 0 0.122 0.862 3.643 81.818 63.030 3.643 LGA R 233 R 233 0.715 0 0.026 1.194 6.320 81.818 48.926 6.320 LGA W 234 W 234 0.243 0 0.057 0.098 0.485 100.000 100.000 0.212 LGA N 235 N 235 0.465 0 0.023 0.845 1.827 95.455 83.182 1.655 LGA Q 236 Q 236 0.538 0 0.039 1.023 4.414 86.364 61.414 3.889 LGA Y 237 Y 237 0.906 0 0.031 1.682 10.520 81.818 35.758 10.520 LGA T 238 T 238 0.639 0 0.020 0.288 0.821 81.818 81.818 0.722 LGA I 239 I 239 0.453 0 0.000 0.088 0.588 95.455 97.727 0.251 LGA K 240 K 240 0.591 0 0.063 0.589 4.168 81.818 62.424 4.168 LGA A 241 A 241 0.607 0 0.055 0.057 0.693 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.449 0 0.048 0.063 0.888 100.000 90.909 0.888 LGA L 243 L 243 0.191 0 0.022 0.125 0.470 100.000 100.000 0.164 LGA Q 244 Q 244 0.184 0 0.000 0.302 1.357 100.000 90.303 1.357 LGA N 245 N 245 0.319 0 0.000 0.089 0.611 100.000 93.182 0.611 LGA E 246 E 246 0.291 0 0.000 0.621 1.977 100.000 88.687 1.486 LGA V 247 V 247 0.214 0 0.014 0.058 0.223 100.000 100.000 0.196 LGA Y 248 Y 248 0.273 0 0.000 0.107 1.037 100.000 91.061 1.037 LGA I 249 I 249 0.240 0 0.066 0.097 0.447 100.000 100.000 0.267 LGA G 250 G 250 0.206 0 0.034 0.034 0.263 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.154 0 0.039 0.051 0.321 100.000 100.000 0.258 LGA V 252 V 252 0.302 0 0.048 0.116 0.693 100.000 97.403 0.693 LGA K 253 K 253 0.440 0 0.000 0.157 0.620 95.455 91.919 0.606 LGA Y 254 Y 254 0.519 0 0.052 0.342 2.310 95.455 77.424 2.310 LGA K 255 K 255 0.626 0 0.054 0.143 0.996 81.818 83.838 0.996 LGA V 256 V 256 0.817 0 0.089 0.103 1.033 81.818 79.481 1.033 LGA R 257 R 257 1.186 0 0.087 1.027 6.001 65.455 42.314 3.695 LGA E 258 E 258 0.958 0 0.103 1.186 5.103 73.636 48.485 5.103 LGA K 259 K 259 1.555 0 0.036 0.143 2.542 61.818 47.475 2.542 LGA T 260 T 260 1.216 0 0.020 0.179 1.632 61.818 63.377 1.196 LGA K 261 K 261 1.961 0 0.019 0.888 8.092 47.727 28.485 8.092 LGA D 262 D 262 1.641 0 0.071 0.189 1.664 50.909 60.227 0.954 LGA G 263 G 263 1.840 0 0.102 0.102 2.179 47.727 47.727 - LGA K 264 K 264 1.422 0 0.000 0.308 1.667 65.455 65.657 0.550 LGA R 265 R 265 1.459 0 0.120 0.917 3.008 61.818 52.066 3.008 LGA T 266 T 266 1.097 0 0.000 0.120 1.199 65.455 70.130 1.031 LGA I 267 I 267 0.941 0 0.033 0.085 1.117 73.636 73.636 1.117 LGA R 268 R 268 0.503 0 0.000 0.970 2.585 81.818 77.355 2.585 LGA P 269 P 269 0.573 0 0.000 0.012 0.573 86.364 89.610 0.464 LGA E 270 E 270 0.711 0 0.000 0.843 3.182 81.818 64.646 2.210 LGA K 271 K 271 0.694 0 0.048 0.657 4.483 81.818 53.939 4.158 LGA E 272 E 272 0.347 0 0.058 0.089 1.139 100.000 88.283 1.139 LGA Q 273 Q 273 0.062 0 0.029 0.084 0.899 100.000 93.939 0.798 LGA I 274 I 274 0.077 0 0.048 0.070 0.292 100.000 100.000 0.292 LGA V 275 V 275 0.201 0 0.018 0.014 0.399 100.000 100.000 0.399 LGA V 276 V 276 0.212 0 0.000 0.044 0.518 100.000 97.403 0.431 LGA Q 277 Q 277 0.153 0 0.048 0.625 3.021 100.000 78.586 3.021 LGA D 278 D 278 0.212 0 0.032 0.192 0.501 100.000 97.727 0.501 LGA A 279 A 279 0.239 0 0.022 0.048 0.277 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.185 0 0.036 0.263 0.625 100.000 92.727 0.615 LGA A 281 A 281 0.303 0 0.000 0.000 0.393 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.301 0 0.013 0.028 0.467 100.000 100.000 0.454 LGA I 283 I 283 0.525 0 0.037 0.073 0.820 86.364 86.364 0.595 LGA I 284 I 284 0.495 0 0.000 0.076 0.503 95.455 97.727 0.389 LGA D 285 D 285 0.649 0 0.012 0.941 3.135 81.818 69.773 3.135 LGA K 286 K 286 0.569 0 0.024 0.279 1.435 86.364 82.020 1.435 LGA E 287 E 287 0.740 0 0.027 0.177 1.326 81.818 80.000 0.600 LGA Q 288 Q 288 0.624 0 0.000 0.379 1.027 90.909 84.040 1.027 LGA F 289 F 289 0.265 0 0.038 0.114 0.596 100.000 96.694 0.548 LGA Q 290 Q 290 0.338 0 0.000 0.913 3.150 100.000 83.030 3.150 LGA Q 291 Q 291 0.330 0 0.000 0.210 0.880 100.000 91.919 0.880 LGA S 292 S 292 0.214 0 0.051 0.043 0.289 100.000 100.000 0.289 LGA Q 293 Q 293 0.305 0 0.038 0.251 0.836 95.455 91.919 0.836 LGA V 294 V 294 0.289 0 0.014 0.038 0.476 100.000 100.000 0.277 LGA K 295 K 295 0.352 0 0.041 0.185 0.737 95.455 95.960 0.458 LGA I 296 I 296 0.669 0 0.028 0.076 1.081 82.273 86.591 0.453 LGA A 297 A 297 1.033 0 0.136 0.161 1.752 65.909 69.091 - LGA N 298 N 298 1.191 0 0.034 0.557 2.745 53.182 55.682 1.737 LGA K 299 K 299 4.142 0 0.366 0.927 14.112 24.545 10.909 14.112 LGA V 300 V 300 2.290 0 0.059 0.059 4.635 38.636 24.675 4.231 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.924 0.883 1.948 85.912 79.889 63.804 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.92 96.111 98.168 13.181 LGA_LOCAL RMSD: 0.924 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.924 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.924 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.654884 * X + 0.702879 * Y + 0.277649 * Z + 160.655457 Y_new = 0.160783 * X + -0.488566 * Y + 0.857585 * Z + 160.450455 Z_new = 0.738428 * X + -0.516977 * Y + -0.432965 * Z + 137.622238 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.240752 -0.830736 -2.267985 [DEG: 13.7941 -47.5977 -129.9460 ] ZXZ: 2.828485 2.018576 2.181592 [DEG: 162.0603 115.6559 124.9960 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS462_3-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS462_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.92 98.168 0.92 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS462_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.076 186.852 153.877 1.00 87.70 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.334 187.617 154.889 1.00 87.87 C ATOM 1347 C GLY 165 150.814 187.440 154.828 1.00 89.16 C ATOM 1348 O GLY 165 150.080 188.216 155.444 1.00 86.90 O ATOM 1349 N LYS 166 150.311 186.438 154.106 1.00 88.69 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.882 186.129 154.027 1.00 88.42 C ATOM 1351 C LYS 166 148.433 185.380 155.285 1.00 89.19 C ATOM 1352 O LYS 166 149.123 184.488 155.774 1.00 87.11 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.549 185.352 152.734 1.00 87.03 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.834 186.167 151.448 1.00 84.23 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.465 185.433 150.149 1.00 80.92 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.761 186.332 148.934 1.00 75.64 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.443 185.736 147.608 1.00 68.35 N ATOM 1358 N TRP 167 147.250 185.720 155.788 1.00 90.91 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.636 185.023 156.920 1.00 91.62 C ATOM 1360 C TRP 167 145.846 183.813 156.434 1.00 91.26 C ATOM 1361 O TRP 167 144.823 183.953 155.768 1.00 88.34 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.760 185.989 157.706 1.00 90.76 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.238 185.400 158.975 1.00 90.81 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.080 184.728 159.124 1.00 87.67 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.888 185.401 160.284 1.00 89.34 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 143.959 184.311 160.445 1.00 87.42 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.046 184.703 161.185 1.00 88.65 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.099 185.925 160.778 1.00 88.25 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.397 184.527 162.539 1.00 87.77 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.439 185.752 162.124 1.00 86.18 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.600 185.054 162.995 1.00 85.77 C ATOM 1372 N ILE 168 146.301 182.630 156.785 1.00 87.73 N ATOM 1373 CA ILE 168 145.748 181.349 156.322 1.00 85.77 C ATOM 1374 C ILE 168 145.275 180.439 157.465 1.00 84.44 C ATOM 1375 O ILE 168 144.863 179.301 157.242 1.00 77.77 O ATOM 1376 CB ILE 168 146.772 180.624 155.429 1.00 82.40 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.156 180.544 156.107 1.00 77.23 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.870 181.319 154.064 1.00 74.57 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.072 179.529 155.443 1.00 70.76 C ATOM 1380 N SER 169 145.339 180.928 158.683 1.00 85.01 N ATOM 1381 CA SER 169 144.803 180.262 159.872 1.00 83.49 C ATOM 1382 C SER 169 143.287 180.472 159.987 1.00 82.56 C ATOM 1383 O SER 169 142.657 180.981 159.068 1.00 76.40 O ATOM 1384 CB SER 169 145.565 180.745 161.105 1.00 80.08 C ATOM 1385 OG SER 169 146.897 180.303 161.053 1.00 74.99 O ATOM 1386 N GLY 170 142.692 180.052 161.098 1.00 81.17 N ATOM 1387 CA GLY 170 141.253 180.166 161.331 1.00 80.52 C ATOM 1388 C GLY 170 140.775 181.605 161.548 1.00 83.06 C ATOM 1389 O GLY 170 140.908 182.458 160.681 1.00 79.88 O ATOM 1390 N LEU 171 140.206 181.864 162.731 1.00 84.59 N ATOM 1391 CA LEU 171 139.720 183.197 163.098 1.00 84.45 C ATOM 1392 C LEU 171 140.861 184.215 163.082 1.00 85.42 C ATOM 1393 O LEU 171 141.948 183.943 163.598 1.00 83.46 O ATOM 1394 CB LEU 171 139.067 183.136 164.489 1.00 81.88 C ATOM 1395 CG LEU 171 137.720 182.396 164.502 1.00 78.02 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 137.374 181.944 165.913 1.00 71.37 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 136.587 183.294 163.993 1.00 70.46 C ATOM 1398 N ALA 172 140.576 185.390 162.521 1.00 87.33 N ATOM 1399 CA ALA 172 141.474 186.528 162.623 1.00 87.61 C ATOM 1400 C ALA 172 141.662 186.930 164.102 1.00 88.47 C ATOM 1401 O ALA 172 140.735 186.758 164.900 1.00 86.50 O ATOM 1402 CB ALA 172 140.907 187.679 161.782 1.00 85.55 C ATOM 1403 N PRO 173 142.833 187.447 164.491 1.00 88.96 N ATOM 1404 CA PRO 173 143.040 187.965 165.836 1.00 89.01 C ATOM 1405 C PRO 173 142.138 189.178 166.089 1.00 89.54 C ATOM 1406 O PRO 173 141.760 189.890 165.160 1.00 87.99 O ATOM 1407 CB PRO 173 144.525 188.319 165.905 1.00 87.52 C ATOM 1408 CG PRO 173 144.878 188.636 164.456 1.00 84.32 C ATOM 1409 CD PRO 173 144.001 187.677 163.659 1.00 87.23 C ATOM 1410 N TYR 174 141.804 189.412 167.351 1.00 91.16 N ATOM 1411 CA TYR 174 140.988 190.558 167.748 1.00 91.40 C ATOM 1412 C TYR 174 141.646 191.872 167.319 1.00 91.40 C ATOM 1413 O TYR 174 142.857 192.009 167.437 1.00 89.39 O ATOM 1414 CB TYR 174 140.774 190.506 169.259 1.00 90.97 C ATOM 1415 CG TYR 174 139.811 191.549 169.766 1.00 91.56 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 140.271 192.632 170.535 1.00 85.45 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 138.438 191.443 169.464 1.00 85.87 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 139.368 193.599 171.009 1.00 84.80 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 137.531 192.406 169.927 1.00 84.87 C ATOM 1420 CZ TYR 174 138.000 193.481 170.704 1.00 88.96 C ATOM 1421 OH TYR 174 137.110 194.420 171.158 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