####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS462_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS462_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 61 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 61 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 71 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 56 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 12 75 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 69 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 56 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 55 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 4 48 105 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 5 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 76 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 34 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 23 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 69 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 69 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 63 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 52 110 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 52 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 38 82 125 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 3 72 124 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 80 111 121 127 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 59.26 82.22 89.63 94.07 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.49 0.61 0.71 0.85 0.92 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 GDT RMS_ALL_AT 1.03 1.00 1.00 0.99 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.762 0 0.019 0.019 0.871 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.796 0 0.056 0.180 1.758 81.818 74.747 1.758 LGA W 167 W 167 0.610 0 0.046 0.100 0.858 81.818 85.714 0.603 LGA I 168 I 168 1.025 0 0.040 1.334 4.054 65.909 52.955 4.054 LGA S 169 S 169 1.524 0 0.164 0.247 4.223 59.091 43.333 4.223 LGA G 170 G 170 1.067 0 0.208 0.208 1.330 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 1.016 0 0.024 1.317 4.333 78.182 62.500 1.082 LGA A 172 A 172 0.523 0 0.045 0.049 0.662 90.909 89.091 - LGA P 173 P 173 0.304 0 0.030 0.327 1.506 100.000 90.390 1.506 LGA Y 174 Y 174 0.429 0 0.039 0.177 0.972 95.455 86.364 0.972 LGA G 175 G 175 0.282 0 0.061 0.061 0.291 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.259 0 0.028 0.143 0.389 100.000 100.000 0.167 LGA Q 177 Q 177 0.537 0 0.055 0.281 1.036 86.364 84.040 0.735 LGA L 178 L 178 0.487 0 0.077 0.098 0.902 90.909 86.364 0.902 LGA N 179 N 179 0.890 0 0.173 0.623 4.360 70.909 45.455 4.360 LGA K 180 K 180 3.902 0 0.294 0.970 13.732 20.455 9.091 13.732 LGA K 181 K 181 1.309 0 0.368 1.005 7.949 82.273 41.616 7.949 LGA T 182 T 182 0.558 0 0.057 1.112 3.416 77.727 65.714 3.416 LGA S 183 S 183 1.038 0 0.133 0.121 1.376 69.545 68.182 1.272 LGA K 184 K 184 1.064 0 0.057 0.817 2.514 69.545 66.667 2.514 LGA L 185 L 185 0.563 0 0.060 0.070 0.611 81.818 88.636 0.477 LGA D 186 D 186 0.128 0 0.057 0.089 0.498 100.000 100.000 0.430 LGA P 187 P 187 0.532 0 0.007 0.066 1.121 82.273 84.675 0.648 LGA V 188 V 188 0.761 0 0.000 0.028 0.873 81.818 81.818 0.873 LGA E 189 E 189 0.819 0 0.000 0.308 1.729 81.818 76.566 1.729 LGA D 190 D 190 0.785 0 0.029 0.053 1.052 81.818 79.773 1.052 LGA E 191 E 191 0.557 0 0.034 0.080 0.931 90.909 85.859 0.931 LGA A 192 A 192 0.349 0 0.000 0.000 0.440 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.368 0 0.029 0.655 2.910 100.000 81.818 2.666 LGA V 194 V 194 0.355 0 0.032 0.046 0.440 100.000 100.000 0.440 LGA V 195 V 195 0.093 0 0.000 0.000 0.201 100.000 100.000 0.104 LGA Q 196 Q 196 0.192 0 0.026 0.264 1.393 100.000 90.303 1.193 LGA L 197 L 197 0.187 0 0.027 0.042 0.412 100.000 100.000 0.364 LGA I 198 I 198 0.252 0 0.082 0.091 0.484 100.000 100.000 0.381 LGA F 199 F 199 0.246 0 0.047 0.079 0.394 100.000 100.000 0.192 LGA N 200 N 200 0.239 0 0.044 0.738 2.064 100.000 87.727 2.064 LGA I 201 I 201 0.111 0 0.035 0.055 0.220 100.000 100.000 0.152 LGA F 202 F 202 0.200 0 0.000 0.054 0.634 100.000 95.041 0.634 LGA L 203 L 203 0.413 0 0.000 0.062 0.927 100.000 90.909 0.862 LGA N 204 N 204 0.188 0 0.022 0.079 1.125 100.000 91.136 0.842 LGA G 205 G 205 0.538 0 0.049 0.049 0.600 86.364 86.364 - LGA L 206 L 206 0.761 0 0.018 0.066 1.226 73.636 84.545 0.263 LGA N 207 N 207 1.631 0 0.074 0.291 2.570 54.545 48.182 1.998 LGA G 208 G 208 1.624 0 0.000 0.000 1.674 50.909 50.909 - LGA K 209 K 209 1.648 0 0.035 0.657 1.964 58.182 66.263 1.022 LGA D 210 D 210 1.402 0 0.090 0.724 1.558 65.455 65.682 1.498 LGA Y 211 Y 211 1.888 0 0.114 0.427 2.091 50.909 48.788 1.599 LGA S 212 S 212 2.335 0 0.691 0.760 6.031 34.545 24.848 6.031 LGA Y 213 Y 213 2.840 0 0.148 1.626 14.688 41.818 14.091 14.688 LGA A 215 A 215 0.931 0 0.212 0.227 1.891 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.328 0 0.040 0.185 0.444 100.000 100.000 0.375 LGA A 217 A 217 0.182 0 0.040 0.054 0.271 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.435 0 0.047 0.127 1.271 100.000 91.212 1.271 LGA H 219 H 219 0.317 0 0.022 0.037 0.465 100.000 100.000 0.465 LGA L 220 L 220 0.292 0 0.020 0.086 0.412 100.000 100.000 0.412 LGA T 221 T 221 0.198 0 0.024 0.046 0.335 100.000 100.000 0.207 LGA N 222 N 222 0.293 0 0.026 0.050 0.451 100.000 100.000 0.430 LGA L 223 L 223 0.531 0 0.042 0.050 0.818 86.364 84.091 0.762 LGA Q 224 Q 224 0.547 0 0.037 0.790 4.354 81.818 60.404 4.354 LGA I 225 I 225 0.540 0 0.054 0.137 0.621 86.364 93.182 0.148 LGA P 226 P 226 0.733 0 0.068 0.078 0.902 81.818 81.818 0.878 LGA T 227 T 227 0.270 0 0.033 0.156 0.476 100.000 100.000 0.286 LGA P 228 P 228 0.810 0 0.084 0.087 0.953 81.818 81.818 0.953 LGA S 229 S 229 0.751 0 0.134 0.124 0.958 86.364 84.848 0.930 LGA G 230 G 230 0.465 0 0.056 0.056 0.714 95.455 95.455 - LGA K 231 K 231 0.497 0 0.118 0.682 2.807 86.818 80.000 2.807 LGA K 232 K 232 0.497 0 0.181 0.861 3.952 90.909 68.081 3.952 LGA R 233 R 233 0.108 0 0.038 1.411 8.943 100.000 49.917 8.943 LGA W 234 W 234 0.296 0 0.048 0.105 0.641 100.000 97.403 0.403 LGA N 235 N 235 0.482 0 0.025 0.884 2.209 90.909 78.864 2.209 LGA Q 236 Q 236 0.222 0 0.034 0.786 3.494 95.455 81.010 0.925 LGA Y 237 Y 237 0.697 0 0.038 0.367 1.881 86.364 75.303 1.881 LGA T 238 T 238 0.571 0 0.019 0.291 1.127 90.909 84.675 1.127 LGA I 239 I 239 0.379 0 0.008 0.081 0.485 100.000 100.000 0.436 LGA K 240 K 240 0.546 0 0.060 0.617 4.178 86.364 65.657 4.178 LGA A 241 A 241 0.583 0 0.049 0.052 0.684 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.233 0 0.041 0.060 0.908 100.000 90.909 0.908 LGA L 243 L 243 0.160 0 0.030 0.133 0.587 95.455 97.727 0.271 LGA Q 244 Q 244 0.363 0 0.000 0.328 1.229 95.455 88.283 1.229 LGA N 245 N 245 0.412 0 0.000 0.100 0.677 100.000 93.182 0.677 LGA E 246 E 246 0.400 0 0.000 0.597 1.752 100.000 88.687 1.282 LGA V 247 V 247 0.265 0 0.004 0.058 0.305 100.000 100.000 0.205 LGA Y 248 Y 248 0.310 0 0.000 0.098 1.098 100.000 88.030 1.098 LGA I 249 I 249 0.278 0 0.075 0.102 0.417 100.000 100.000 0.374 LGA G 250 G 250 0.204 0 0.040 0.040 0.264 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.223 0 0.040 0.051 0.412 100.000 100.000 0.319 LGA V 252 V 252 0.314 0 0.050 0.126 0.700 100.000 97.403 0.700 LGA K 253 K 253 0.412 0 0.013 0.133 0.540 95.455 93.939 0.470 LGA Y 254 Y 254 0.623 0 0.052 0.369 2.477 81.818 72.879 2.477 LGA K 255 K 255 0.829 0 0.052 0.138 1.097 81.818 80.000 1.097 LGA V 256 V 256 0.799 0 0.097 0.108 0.900 81.818 81.818 0.900 LGA R 257 R 257 1.126 0 0.083 1.074 5.569 65.455 45.455 3.476 LGA E 258 E 258 1.321 0 0.050 0.982 4.841 58.182 42.424 4.841 LGA K 259 K 259 1.904 0 0.005 0.115 3.338 50.909 37.980 3.338 LGA T 260 T 260 1.769 0 0.032 0.153 2.228 44.545 47.273 1.641 LGA K 261 K 261 2.565 0 0.020 0.894 8.445 30.000 18.384 8.445 LGA D 262 D 262 2.350 0 0.072 0.074 2.350 38.182 39.773 1.970 LGA G 263 G 263 2.308 0 0.114 0.114 2.472 38.182 38.182 - LGA K 264 K 264 1.581 0 0.000 0.481 1.731 50.909 60.808 0.892 LGA R 265 R 265 1.513 0 0.111 0.968 2.999 58.182 55.537 2.999 LGA T 266 T 266 1.147 0 0.000 0.104 1.320 65.455 65.455 1.105 LGA I 267 I 267 0.857 0 0.026 0.086 1.087 81.818 79.773 1.087 LGA R 268 R 268 0.518 0 0.000 0.967 2.458 90.909 74.215 2.314 LGA P 269 P 269 0.230 0 0.000 0.000 0.462 100.000 100.000 0.462 LGA E 270 E 270 0.189 0 0.000 0.845 3.248 100.000 76.566 2.295 LGA K 271 K 271 0.441 0 0.042 0.647 3.743 100.000 66.667 3.254 LGA E 272 E 272 0.421 0 0.043 0.059 1.489 100.000 84.444 1.489 LGA Q 273 Q 273 0.317 0 0.017 0.066 0.624 100.000 95.960 0.588 LGA I 274 I 274 0.264 0 0.058 0.071 0.451 100.000 100.000 0.451 LGA V 275 V 275 0.078 0 0.022 0.025 0.352 100.000 100.000 0.352 LGA V 276 V 276 0.272 0 0.000 0.035 0.558 100.000 94.805 0.509 LGA Q 277 Q 277 0.193 0 0.043 0.621 2.908 100.000 79.596 2.908 LGA D 278 D 278 0.139 0 0.026 0.190 0.492 100.000 100.000 0.492 LGA A 279 A 279 0.277 0 0.014 0.043 0.316 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.217 0 0.040 0.248 0.605 100.000 94.545 0.596 LGA A 281 A 281 0.245 0 0.000 0.000 0.344 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.236 0 0.012 0.025 0.439 100.000 100.000 0.439 LGA I 283 I 283 0.408 0 0.053 0.079 0.744 95.455 93.182 0.540 LGA I 284 I 284 0.408 0 0.017 0.091 0.451 100.000 100.000 0.307 LGA D 285 D 285 0.752 0 0.066 0.945 3.357 81.818 67.727 1.331 LGA K 286 K 286 0.644 0 0.020 0.283 1.251 81.818 80.000 1.251 LGA E 287 E 287 0.698 0 0.033 0.316 1.028 81.818 82.020 0.669 LGA Q 288 Q 288 0.491 0 0.000 0.488 1.381 95.455 84.242 0.865 LGA F 289 F 289 0.317 0 0.036 0.108 0.594 100.000 95.041 0.573 LGA Q 290 Q 290 0.573 0 0.000 0.810 2.171 90.909 72.323 1.913 LGA Q 291 Q 291 0.361 0 0.000 0.258 0.976 100.000 93.939 0.976 LGA S 292 S 292 0.220 0 0.057 0.052 0.439 100.000 100.000 0.141 LGA Q 293 Q 293 0.565 0 0.041 0.230 0.961 86.364 83.838 0.961 LGA V 294 V 294 0.712 0 0.000 0.043 0.786 81.818 81.818 0.678 LGA K 295 K 295 0.488 0 0.067 0.184 0.977 90.909 93.939 0.517 LGA I 296 I 296 0.815 0 0.030 0.069 1.235 73.636 75.682 0.719 LGA A 297 A 297 1.271 0 0.109 0.134 1.964 61.818 62.545 - LGA N 298 N 298 1.048 0 0.039 0.572 1.953 62.273 70.227 1.086 LGA K 299 K 299 2.491 0 0.399 0.749 13.414 63.182 28.687 13.414 LGA V 300 V 300 3.399 0 0.071 0.077 6.771 23.182 13.247 6.771 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.982 0.946 1.878 84.926 79.220 65.500 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.98 94.074 97.216 12.478 LGA_LOCAL RMSD: 0.982 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.982 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.982 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.635457 * X + 0.728723 * Y + 0.255259 * Z + 159.048325 Y_new = 0.045655 * X + -0.365471 * Y + 0.929703 * Z + 159.881042 Z_new = 0.770785 * X + -0.579132 * Y + -0.265511 * Z + 139.730774 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.071723 -0.880073 -2.000666 [DEG: 4.1094 -50.4245 -114.6297 ] ZXZ: 2.873636 1.839530 2.215163 [DEG: 164.6472 105.3973 126.9195 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS462_2-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS462_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.98 97.216 0.98 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS462_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.947 186.938 153.784 1.00 86.20 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.223 187.676 154.826 1.00 86.28 C ATOM 1347 C GLY 165 150.702 187.501 154.792 1.00 87.87 C ATOM 1348 O GLY 165 149.981 188.273 155.425 1.00 85.35 O ATOM 1349 N LYS 166 150.187 186.498 154.071 1.00 87.15 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.758 186.187 154.021 1.00 86.92 C ATOM 1351 C LYS 166 148.338 185.423 155.281 1.00 87.77 C ATOM 1352 O LYS 166 149.056 184.550 155.761 1.00 85.73 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.398 185.414 152.734 1.00 85.30 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.653 186.230 151.447 1.00 82.44 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.264 185.485 150.161 1.00 79.27 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.526 186.379 148.936 1.00 74.00 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.198 185.748 147.628 1.00 67.40 N ATOM 1358 N TRP 167 147.144 185.719 155.795 1.00 89.21 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.562 185.013 156.938 1.00 89.82 C ATOM 1360 C TRP 167 145.808 183.770 156.471 1.00 89.37 C ATOM 1361 O TRP 167 144.801 183.868 155.774 1.00 86.46 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.663 185.956 157.727 1.00 89.07 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.186 185.370 159.016 1.00 89.51 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.045 184.674 159.203 1.00 86.16 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.875 185.392 160.305 1.00 87.94 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 143.971 184.264 160.530 1.00 85.84 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.070 184.684 161.232 1.00 87.23 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.085 185.944 160.760 1.00 87.11 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.467 184.520 162.577 1.00 86.66 C ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.472 185.785 162.096 1.00 84.97 C ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.673 185.076 162.992 1.00 84.45 C ATOM 1372 N ILE 168 146.279 182.610 156.865 1.00 85.23 N ATOM 1373 CA ILE 168 145.786 181.295 156.424 1.00 83.27 C ATOM 1374 C ILE 168 145.354 180.386 157.583 1.00 81.94 C ATOM 1375 O ILE 168 145.043 179.211 157.387 1.00 75.38 O ATOM 1376 CB ILE 168 146.826 180.582 155.539 1.00 79.92 C ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.264 181.106 155.724 1.00 75.69 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.409 180.681 154.063 1.00 72.84 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.317 180.161 155.159 1.00 69.10 C ATOM 1380 N SER 169 145.327 180.914 158.783 1.00 82.61 N ATOM 1381 CA SER 169 144.832 180.238 159.981 1.00 80.66 C ATOM 1382 C SER 169 143.312 180.404 160.125 1.00 79.55 C ATOM 1383 O SER 169 142.641 180.837 159.191 1.00 73.29 O ATOM 1384 CB SER 169 145.609 180.740 161.196 1.00 77.16 C ATOM 1385 OG SER 169 146.936 180.281 161.139 1.00 72.52 O ATOM 1386 N GLY 170 142.754 180.019 161.271 1.00 77.38 N ATOM 1387 CA GLY 170 141.318 180.121 161.540 1.00 76.82 C ATOM 1388 C GLY 170 140.827 181.559 161.726 1.00 79.69 C ATOM 1389 O GLY 170 140.977 182.399 160.848 1.00 76.51 O ATOM 1390 N LEU 171 140.235 181.838 162.890 1.00 81.55 N ATOM 1391 CA LEU 171 139.738 183.173 163.227 1.00 81.28 C ATOM 1392 C LEU 171 140.866 184.205 163.188 1.00 82.72 C ATOM 1393 O LEU 171 141.955 183.961 163.715 1.00 80.50 O ATOM 1394 CB LEU 171 139.080 183.142 164.618 1.00 78.30 C ATOM 1395 CG LEU 171 137.753 182.362 164.662 1.00 74.27 C ATOM 1396 CD1 LEU 171 137.375 182.041 166.101 1.00 68.35 C ATOM 1397 CD2 LEU 171 136.608 183.168 164.033 1.00 67.15 C ATOM 1398 N ALA 172 140.575 185.362 162.594 1.00 85.33 N ATOM 1399 CA ALA 172 141.462 186.511 162.673 1.00 85.81 C ATOM 1400 C ALA 172 141.657 186.931 164.147 1.00 86.88 C ATOM 1401 O ALA 172 140.731 186.781 164.951 1.00 84.80 O ATOM 1402 CB ALA 172 140.877 187.646 161.827 1.00 83.62 C ATOM 1403 N PRO 173 142.835 187.441 164.526 1.00 87.65 N ATOM 1404 CA PRO 173 143.051 187.964 165.868 1.00 87.81 C ATOM 1405 C PRO 173 142.145 189.172 166.130 1.00 88.34 C ATOM 1406 O PRO 173 141.771 189.898 165.207 1.00 86.70 O ATOM 1407 CB PRO 173 144.537 188.318 165.929 1.00 86.28 C ATOM 1408 CG PRO 173 144.904 188.586 164.471 1.00 83.06 C ATOM 1409 CD PRO 173 144.008 187.636 163.689 1.00 86.10 C ATOM 1410 N TYR 174 141.799 189.392 167.387 1.00 90.49 N ATOM 1411 CA TYR 174 140.983 190.531 167.798 1.00 90.80 C ATOM 1412 C TYR 174 141.645 191.852 167.388 1.00 90.90 C ATOM 1413 O TYR 174 142.851 191.996 167.538 1.00 88.82 O ATOM 1414 CB TYR 174 140.758 190.462 169.305 1.00 90.46 C ATOM 1415 CG TYR 174 139.809 191.513 169.823 1.00 91.25 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 140.282 192.584 170.599 1.00 84.86 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 138.436 191.428 169.521 1.00 85.21 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 139.391 193.559 171.082 1.00 84.09 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 137.540 192.397 169.993 1.00 84.25 C ATOM 1420 CZ TYR 174 138.020 193.460 170.776 1.00 88.82 C ATOM 1421 OH TYR 174 137.140 194.405 171.237 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