####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS456_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS456_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.11 1.11 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.11 1.11 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 116 181 - 297 1.00 1.11 LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 116 182 - 298 1.00 1.11 LCS_AVERAGE: 83.54 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 95 135 135 69 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 95 135 135 69 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 95 135 135 66 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 95 135 135 14 101 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 95 135 135 3 5 36 121 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 95 135 135 69 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 95 135 135 69 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 95 135 135 69 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 95 135 135 69 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 95 135 135 69 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 95 135 135 69 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 95 135 135 69 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 95 135 135 69 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 95 135 135 69 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 95 135 135 38 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 95 135 135 3 3 3 92 112 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 116 135 135 39 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 116 135 135 58 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 116 135 135 25 101 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 116 135 135 25 101 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 116 135 135 45 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 116 135 135 69 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 116 135 135 69 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 116 135 135 69 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 116 135 135 69 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 116 135 135 66 105 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 116 135 135 69 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 116 135 135 69 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 116 135 135 69 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 116 135 135 69 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 116 135 135 69 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 116 135 135 69 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 116 135 135 69 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 116 135 135 69 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 116 135 135 69 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 116 135 135 69 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 116 135 135 69 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 116 135 135 69 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 116 135 135 69 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 116 135 135 69 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 116 135 135 69 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 116 135 135 58 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 116 135 135 28 102 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 116 135 135 37 102 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 116 135 135 40 102 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 116 135 135 7 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 116 135 135 3 95 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 116 135 135 3 20 74 124 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 116 135 135 3 12 22 29 118 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 116 135 135 41 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 116 135 135 69 106 122 127 130 133 135 135 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135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 116 135 135 69 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 116 135 135 69 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 116 135 135 69 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 116 135 135 69 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 116 135 135 66 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 116 135 135 66 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 116 135 135 69 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 116 135 135 37 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 116 135 135 24 92 120 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 116 135 135 17 104 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 70 135 135 5 7 71 121 128 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 63 135 135 3 3 44 92 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 94.51 ( 83.54 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 69 106 122 127 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 51.11 78.52 90.37 94.07 96.30 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.57 0.72 0.84 0.91 1.02 1.11 1.11 1.11 1.11 1.11 1.11 1.11 1.11 1.11 1.11 1.11 1.11 1.11 1.11 GDT RMS_ALL_AT 1.46 1.21 1.15 1.12 1.12 1.11 1.11 1.11 1.11 1.11 1.11 1.11 1.11 1.11 1.11 1.11 1.11 1.11 1.11 1.11 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: E 246 E 246 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.709 0 0.006 0.006 0.856 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.713 0 0.022 0.171 2.316 81.818 68.283 2.316 LGA W 167 W 167 0.466 0 0.040 0.222 1.082 86.364 83.247 0.777 LGA I 168 I 168 1.126 0 0.084 0.737 3.467 59.091 49.318 3.467 LGA S 169 S 169 2.356 0 0.004 0.105 5.221 44.545 30.606 5.221 LGA G 170 G 170 1.166 0 0.189 0.189 1.166 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 1.038 0 0.000 0.816 4.076 73.636 54.773 3.326 LGA A 172 A 172 1.057 0 0.029 0.023 1.144 73.636 72.000 - LGA P 173 P 173 0.527 0 0.032 0.067 0.876 86.364 84.416 0.876 LGA Y 174 Y 174 0.537 0 0.000 0.135 0.952 81.818 81.818 0.952 LGA G 175 G 175 0.627 0 0.103 0.103 0.627 86.364 86.364 - LGA Y 176 Y 176 0.683 0 0.014 0.143 0.946 81.818 86.364 0.531 LGA Q 177 Q 177 0.976 0 0.065 0.596 1.879 81.818 76.566 1.499 LGA L 178 L 178 0.806 0 0.036 0.065 1.065 77.727 79.773 0.980 LGA N 179 N 179 0.847 0 0.187 0.666 4.416 73.636 46.818 4.416 LGA K 180 K 180 3.754 0 0.331 0.985 13.605 20.455 9.091 13.605 LGA K 181 K 181 1.345 0 0.344 0.968 7.802 82.273 41.616 7.802 LGA T 182 T 182 0.427 0 0.038 1.130 3.181 86.818 73.247 3.181 LGA S 183 S 183 1.316 0 0.208 0.184 1.572 69.545 63.333 1.572 LGA K 184 K 184 1.193 0 0.043 0.752 2.229 65.455 64.242 2.229 LGA L 185 L 185 0.718 0 0.043 0.048 0.783 81.818 86.364 0.236 LGA D 186 D 186 0.488 0 0.085 0.109 1.044 82.273 91.136 0.297 LGA P 187 P 187 0.592 0 0.000 0.344 1.500 78.182 82.338 0.834 LGA V 188 V 188 1.056 0 0.044 0.038 1.339 69.545 67.792 1.339 LGA E 189 E 189 1.198 0 0.022 0.490 2.881 65.455 61.414 2.881 LGA D 190 D 190 1.373 0 0.000 0.047 1.839 65.455 58.182 1.839 LGA E 191 E 191 1.066 0 0.043 0.109 1.889 73.636 65.859 1.889 LGA A 192 A 192 0.482 0 0.017 0.027 0.687 95.455 92.727 - LGA K 193 K 193 0.707 0 0.054 0.677 3.687 81.818 64.242 3.687 LGA V 194 V 194 0.792 0 0.031 0.044 0.944 81.818 81.818 0.850 LGA V 195 V 195 0.234 0 0.000 0.034 0.482 100.000 100.000 0.176 LGA Q 196 Q 196 0.337 0 0.037 0.295 1.540 100.000 85.253 1.540 LGA L 197 L 197 0.440 0 0.010 0.038 0.718 100.000 93.182 0.700 LGA I 198 I 198 0.351 0 0.075 0.119 0.531 100.000 97.727 0.347 LGA F 199 F 199 0.269 0 0.038 0.068 0.394 100.000 100.000 0.121 LGA N 200 N 200 0.415 0 0.048 0.933 2.073 100.000 81.591 1.881 LGA I 201 I 201 0.208 0 0.042 0.088 0.291 100.000 100.000 0.170 LGA F 202 F 202 0.211 0 0.000 0.097 0.769 100.000 93.388 0.769 LGA L 203 L 203 0.530 0 0.016 0.131 1.281 95.455 84.545 1.098 LGA N 204 N 204 0.400 0 0.036 0.092 1.056 100.000 88.864 0.964 LGA G 205 G 205 0.209 0 0.042 0.042 0.323 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.410 0 0.066 1.318 2.982 90.909 74.318 2.286 LGA N 207 N 207 1.107 0 0.066 0.149 1.277 69.545 67.500 1.277 LGA G 208 G 208 1.030 0 0.042 0.042 1.232 69.545 69.545 - LGA K 209 K 209 1.095 0 0.073 0.136 2.049 77.727 61.616 2.041 LGA D 210 D 210 0.988 0 0.058 0.200 1.516 81.818 73.864 0.843 LGA Y 211 Y 211 1.596 0 0.058 0.317 1.863 58.182 59.394 1.480 LGA S 212 S 212 2.218 0 0.701 0.799 6.028 36.364 26.061 6.028 LGA Y 213 Y 213 2.822 0 0.116 1.641 14.610 45.455 15.303 14.610 LGA A 215 A 215 0.822 0 0.174 0.182 1.800 86.364 79.273 - LGA I 216 I 216 0.352 0 0.011 0.170 0.517 100.000 97.727 0.452 LGA A 217 A 217 0.485 0 0.016 0.043 0.544 90.909 92.727 - LGA S 218 S 218 0.486 0 0.046 0.059 0.925 95.455 90.909 0.925 LGA H 219 H 219 0.378 0 0.042 0.066 0.481 100.000 100.000 0.481 LGA L 220 L 220 0.470 0 0.028 0.101 0.552 95.455 93.182 0.552 LGA T 221 T 221 0.364 0 0.000 0.033 0.428 100.000 100.000 0.335 LGA N 222 N 222 0.285 0 0.037 0.124 0.545 100.000 97.727 0.545 LGA L 223 L 223 0.673 0 0.039 0.067 1.190 86.364 80.000 1.147 LGA Q 224 Q 224 0.374 0 0.103 0.938 5.014 95.455 65.859 5.014 LGA I 225 I 225 0.420 0 0.045 0.120 0.531 100.000 95.455 0.293 LGA P 226 P 226 0.861 0 0.046 0.092 1.313 81.818 77.143 1.313 LGA T 227 T 227 0.884 0 0.041 0.170 1.073 81.818 79.481 1.073 LGA P 228 P 228 1.074 0 0.052 0.078 1.271 73.636 70.130 1.271 LGA S 229 S 229 0.673 0 0.020 0.064 0.863 81.818 84.848 0.493 LGA G 230 G 230 0.806 0 0.046 0.046 1.135 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.772 0 0.074 0.702 3.633 73.636 68.485 3.633 LGA K 232 K 232 1.074 0 0.144 0.889 5.611 69.545 45.657 5.611 LGA R 233 R 233 0.350 0 0.105 1.469 8.402 90.909 46.942 8.402 LGA W 234 W 234 0.780 0 0.047 0.141 0.857 81.818 83.117 0.467 LGA N 235 N 235 0.774 0 0.045 0.728 1.801 81.818 75.909 1.801 LGA Q 236 Q 236 0.519 0 0.048 0.940 3.645 81.818 72.323 1.081 LGA Y 237 Y 237 1.200 0 0.031 0.391 2.451 69.545 58.485 2.451 LGA T 238 T 238 0.968 0 0.000 0.206 1.217 81.818 79.481 1.217 LGA I 239 I 239 0.686 0 0.024 0.067 0.810 81.818 86.364 0.476 LGA K 240 K 240 0.981 0 0.050 0.633 5.010 81.818 55.960 5.010 LGA A 241 A 241 1.015 0 0.028 0.037 1.232 73.636 72.000 - LGA I 242 I 242 0.424 0 0.018 0.066 1.213 95.455 86.591 1.213 LGA L 243 L 243 0.237 0 0.035 0.125 0.503 95.455 97.727 0.296 LGA Q 244 Q 244 0.536 0 0.000 0.228 0.955 81.818 83.838 0.955 LGA N 245 N 245 0.639 0 0.053 0.136 0.790 81.818 84.091 0.438 LGA E 246 E 246 0.501 0 0.023 0.605 2.227 90.909 83.030 0.386 LGA V 247 V 247 0.279 0 0.025 0.123 0.425 100.000 100.000 0.425 LGA Y 248 Y 248 0.390 0 0.045 0.195 1.202 100.000 92.576 1.202 LGA I 249 I 249 0.406 0 0.041 0.087 0.809 100.000 90.909 0.809 LGA G 250 G 250 0.312 0 0.067 0.067 0.439 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.542 0 0.087 0.106 0.744 86.364 84.416 0.608 LGA V 252 V 252 0.546 0 0.020 0.117 0.704 81.818 84.416 0.667 LGA K 253 K 253 0.560 0 0.024 0.249 0.799 86.364 87.879 0.581 LGA Y 254 Y 254 0.875 0 0.043 0.338 2.898 81.818 60.758 2.898 LGA K 255 K 255 0.561 0 0.048 0.948 5.720 81.818 53.333 5.720 LGA V 256 V 256 0.637 0 0.078 0.098 0.834 86.364 84.416 0.634 LGA R 257 R 257 0.790 0 0.035 1.150 5.289 81.818 58.182 3.682 LGA E 258 E 258 1.204 0 0.073 0.846 5.344 59.091 41.010 5.344 LGA K 259 K 259 1.689 0 0.000 0.222 2.538 51.364 42.828 2.538 LGA T 260 T 260 2.199 0 0.039 0.098 2.682 35.909 38.701 2.187 LGA K 261 K 261 3.482 0 0.028 0.866 10.044 16.818 8.889 10.044 LGA D 262 D 262 3.171 0 0.042 1.013 4.353 22.727 17.045 4.353 LGA G 263 G 263 2.440 0 0.054 0.054 2.621 35.455 35.455 - LGA K 264 K 264 1.643 0 0.000 0.531 2.462 47.727 56.364 2.462 LGA R 265 R 265 1.168 0 0.048 1.023 3.428 69.545 60.331 3.428 LGA T 266 T 266 1.000 0 0.042 0.126 1.434 65.455 65.455 1.025 LGA I 267 I 267 0.602 0 0.015 0.069 0.957 81.818 81.818 0.957 LGA R 268 R 268 0.591 0 0.000 0.992 2.817 81.818 68.430 2.171 LGA P 269 P 269 0.609 0 0.027 0.050 0.736 81.818 81.818 0.736 LGA E 270 E 270 0.497 0 0.015 0.838 3.500 86.364 66.061 3.008 LGA K 271 K 271 0.644 0 0.045 0.757 4.707 81.818 57.172 4.707 LGA E 272 E 272 0.610 0 0.088 0.080 1.782 86.364 73.333 1.782 LGA Q 273 Q 273 0.752 0 0.027 0.145 0.820 81.818 81.818 0.820 LGA I 274 I 274 0.596 0 0.066 0.067 0.837 81.818 81.818 0.837 LGA V 275 V 275 0.218 0 0.043 0.064 0.383 100.000 100.000 0.360 LGA V 276 V 276 0.468 0 0.000 0.013 0.564 100.000 92.208 0.559 LGA Q 277 Q 277 0.425 0 0.049 0.658 3.074 100.000 75.152 3.074 LGA D 278 D 278 0.401 0 0.096 0.187 0.696 100.000 95.455 0.696 LGA A 279 A 279 0.524 0 0.031 0.068 0.594 90.909 89.091 - LGA H 280 H 280 0.257 0 0.045 0.166 0.432 100.000 100.000 0.210 LGA A 281 A 281 0.207 0 0.000 0.000 0.351 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.222 0 0.000 0.048 0.604 95.455 92.208 0.582 LGA I 283 I 283 0.340 0 0.067 0.115 0.825 95.455 93.182 0.773 LGA I 284 I 284 0.510 0 0.000 0.054 0.654 86.364 90.909 0.543 LGA D 285 D 285 1.057 0 0.050 1.247 3.813 73.636 57.500 2.152 LGA K 286 K 286 1.116 0 0.020 0.228 1.461 65.455 65.455 1.461 LGA E 287 E 287 1.209 0 0.039 0.367 1.461 69.545 69.091 1.077 LGA Q 288 Q 288 0.840 0 0.000 0.257 1.760 77.727 69.495 1.760 LGA F 289 F 289 0.825 0 0.033 0.129 1.159 81.818 74.380 1.119 LGA Q 290 Q 290 1.195 0 0.035 1.195 2.808 65.455 61.414 2.808 LGA Q 291 Q 291 0.942 0 0.000 0.136 1.213 77.727 76.364 0.983 LGA S 292 S 292 0.758 0 0.076 0.678 2.837 81.818 72.727 2.837 LGA Q 293 Q 293 1.139 0 0.029 0.333 1.869 69.545 62.424 1.799 LGA V 294 V 294 1.262 0 0.035 0.067 1.369 65.455 65.455 1.338 LGA K 295 K 295 0.784 0 0.038 0.131 0.997 81.818 81.818 0.933 LGA I 296 I 296 1.166 0 0.028 0.091 1.611 65.909 67.727 1.166 LGA A 297 A 297 1.811 0 0.073 0.086 2.379 47.727 48.364 - LGA N 298 N 298 1.267 0 0.035 0.491 2.037 55.000 66.364 1.425 LGA K 299 K 299 2.906 0 0.424 0.886 13.897 57.727 25.859 13.897 LGA V 300 V 300 2.980 0 0.127 0.140 6.253 30.000 17.403 6.253 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.106 1.069 2.019 79.333 72.968 57.464 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.11 93.148 96.836 11.191 LGA_LOCAL RMSD: 1.106 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.106 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.106 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.065196 * X + -0.993121 * Y + -0.097266 * Z + 144.324799 Y_new = -0.017981 * X + 0.096289 * Y + -0.995191 * Z + 170.694443 Z_new = 0.997710 * X + 0.066631 * Y + -0.011580 * Z + 176.827118 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.269109 -1.503115 1.742864 [DEG: -15.4188 -86.1221 99.8588 ] ZXZ: -0.097427 1.582376 1.504111 [DEG: -5.5822 90.6635 86.1792 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS456_5-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS456_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.11 96.836 1.11 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS456_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 5 PARENT NA ATOM 1345 N GLY 165 152.874 186.754 153.568 1.00 97.77 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.325 187.546 154.657 1.00 97.77 C ATOM 1347 C GLY 165 150.811 187.484 154.736 1.00 97.77 C ATOM 1348 O GLY 165 150.178 188.367 155.318 1.00 97.77 O ATOM 1349 N LYS 166 150.209 186.560 153.961 1.00 98.13 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.763 186.372 154.015 1.00 98.13 C ATOM 1351 C LYS 166 148.352 185.629 155.283 1.00 98.13 C ATOM 1352 CB LYS 166 148.273 185.614 152.781 1.00 98.13 C ATOM 1353 O LYS 166 149.149 184.883 155.858 1.00 98.13 O ATOM 1354 CG LYS 166 148.498 186.353 151.471 1.00 98.13 C ATOM 1355 CD LYS 166 147.958 185.565 150.284 1.00 98.13 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.135 186.329 148.978 1.00 98.13 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.647 185.541 147.806 1.00 98.13 N ATOM 1358 N TRP 167 147.171 185.956 155.733 1.00 97.90 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.659 185.344 156.954 1.00 97.90 C ATOM 1360 C TRP 167 146.018 183.991 156.658 1.00 97.90 C ATOM 1361 CB TRP 167 145.642 186.266 157.632 1.00 97.90 C ATOM 1362 O TRP 167 145.049 183.910 155.899 1.00 97.90 O ATOM 1363 CG TRP 167 145.109 185.736 158.929 1.00 97.90 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 143.874 185.193 159.152 1.00 97.90 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.794 185.702 160.185 1.00 97.90 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 144.914 185.124 161.126 1.00 97.90 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 147.070 186.103 160.606 1.00 97.90 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 143.750 184.823 160.471 1.00 97.90 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 146.522 185.340 162.850 1.00 97.90 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 145.269 184.938 162.465 1.00 97.90 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 147.421 185.918 161.938 1.00 97.90 C ATOM 1372 N ILE 168 146.586 182.945 157.150 1.00 95.90 N ATOM 1373 CA ILE 168 146.141 181.593 156.830 1.00 95.90 C ATOM 1374 C ILE 168 145.495 180.958 158.059 1.00 95.90 C ATOM 1375 CB ILE 168 147.310 180.717 156.328 1.00 95.90 C ATOM 1376 O ILE 168 144.809 179.939 157.951 1.00 95.90 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 147.980 181.367 155.111 1.00 95.90 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.823 179.304 155.994 1.00 95.90 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.300 180.722 154.712 1.00 95.90 C ATOM 1380 N SER 169 145.553 181.749 159.109 1.00 86.00 N ATOM 1381 CA SER 169 145.103 181.177 160.374 1.00 86.00 C ATOM 1382 C SER 169 143.620 181.445 160.606 1.00 86.00 C ATOM 1383 CB SER 169 145.920 181.740 161.538 1.00 86.00 C ATOM 1384 O SER 169 143.086 182.455 160.141 1.00 86.00 O ATOM 1385 OG SER 169 147.280 181.359 161.430 1.00 86.00 O ATOM 1386 N GLY 170 142.732 180.378 160.663 1.00 92.35 N ATOM 1387 CA GLY 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