####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS456_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS456_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.07 1.07 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.07 1.07 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 116 170 - 286 1.00 1.09 LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 116 182 - 298 0.99 1.08 LCS_AVERAGE: 85.05 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 96 135 135 48 105 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 96 135 135 53 105 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 96 135 135 65 105 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 96 135 135 46 104 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 96 135 135 3 10 97 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 116 135 135 71 105 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 116 135 135 71 105 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 116 135 135 71 105 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 116 135 135 71 105 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 116 135 135 71 105 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 116 135 135 71 105 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 116 135 135 71 105 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 116 135 135 71 105 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 116 135 135 71 105 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 116 135 135 34 105 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 116 135 135 3 3 4 108 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 116 135 135 26 87 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 116 135 135 53 105 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 116 135 135 15 91 118 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 116 135 135 27 104 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 116 135 135 59 105 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 116 135 135 71 105 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 116 135 135 71 105 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 116 135 135 71 105 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 116 135 135 65 105 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 116 135 135 71 105 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 116 135 135 71 105 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 116 135 135 71 105 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 116 135 135 71 105 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 116 135 135 71 105 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 116 135 135 71 105 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 116 135 135 71 105 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 116 135 135 71 105 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 116 135 135 71 105 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 116 135 135 71 105 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 116 135 135 71 105 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 116 135 135 71 105 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 116 135 135 71 105 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 116 135 135 71 105 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 116 135 135 63 105 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 116 135 135 58 105 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 116 135 135 47 105 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 116 135 135 10 95 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 116 135 135 19 91 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 116 135 135 8 94 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 116 135 135 23 94 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 116 135 135 3 85 118 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 116 135 135 3 35 106 126 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 116 135 135 3 10 16 42 126 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 116 135 135 38 104 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 116 135 135 71 105 119 129 133 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135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 116 135 135 71 105 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 116 135 135 71 105 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 116 135 135 71 105 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 116 135 135 71 105 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 116 135 135 71 105 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 116 135 135 66 105 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 116 135 135 71 105 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 116 135 135 55 105 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 116 135 135 34 92 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 116 135 135 53 105 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 86 135 135 4 5 6 118 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 86 135 135 3 57 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 95.02 ( 85.05 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 71 105 119 129 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 52.59 77.78 88.15 95.56 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.33 0.55 0.70 0.88 1.01 1.04 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 GDT RMS_ALL_AT 1.33 1.18 1.14 1.09 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 1.07 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: E 246 E 246 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 1.019 0 0.015 0.015 1.136 69.545 69.545 - LGA K 166 K 166 0.996 0 0.023 0.177 2.679 81.818 65.253 2.679 LGA W 167 W 167 0.703 0 0.061 0.160 1.219 77.727 78.442 0.878 LGA I 168 I 168 1.118 0 0.028 1.351 4.223 59.091 48.182 4.223 LGA S 169 S 169 2.101 0 0.079 0.126 4.532 58.636 41.212 4.532 LGA G 170 G 170 0.738 0 0.129 0.129 0.944 81.818 81.818 - LGA L 171 L 171 0.805 0 0.000 1.410 4.865 81.818 62.500 1.602 LGA A 172 A 172 0.832 0 0.033 0.026 0.971 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.309 0 0.039 0.075 0.796 100.000 94.805 0.796 LGA Y 174 Y 174 0.300 0 0.000 0.133 0.855 100.000 89.394 0.855 LGA G 175 G 175 0.434 0 0.078 0.078 0.452 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.551 0 0.013 0.125 0.760 86.364 90.909 0.487 LGA Q 177 Q 177 0.944 0 0.059 0.557 1.712 81.818 76.566 1.394 LGA L 178 L 178 0.965 0 0.034 0.123 1.364 77.727 77.727 1.364 LGA N 179 N 179 0.947 0 0.164 0.651 4.385 73.636 45.000 4.385 LGA K 180 K 180 3.257 0 0.313 0.977 12.986 29.545 13.131 12.986 LGA K 181 K 181 1.741 0 0.342 0.991 8.760 74.545 35.758 8.760 LGA T 182 T 182 0.604 0 0.052 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0.586 100.000 95.455 0.466 LGA F 199 F 199 0.329 0 0.044 0.057 0.416 100.000 100.000 0.289 LGA N 200 N 200 0.427 0 0.047 0.721 1.873 100.000 85.000 1.873 LGA I 201 I 201 0.256 0 0.034 0.066 0.324 100.000 100.000 0.256 LGA F 202 F 202 0.327 0 0.000 0.093 0.761 100.000 93.388 0.761 LGA L 203 L 203 0.518 0 0.028 0.117 1.212 95.455 84.545 1.019 LGA N 204 N 204 0.222 0 0.033 0.068 1.003 100.000 91.136 0.894 LGA G 205 G 205 0.497 0 0.042 0.042 0.539 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.605 0 0.015 0.493 1.658 81.818 80.227 0.765 LGA N 207 N 207 1.373 0 0.078 0.227 1.554 61.818 61.818 1.443 LGA G 208 G 208 1.533 0 0.017 0.017 1.824 54.545 54.545 - LGA K 209 K 209 1.406 0 0.075 0.133 1.806 65.455 58.990 1.792 LGA D 210 D 210 1.330 0 0.069 0.190 1.547 65.455 65.682 0.763 LGA Y 211 Y 211 1.811 0 0.058 0.437 2.084 50.909 50.000 1.513 LGA S 212 S 212 2.197 0 0.701 0.791 5.830 34.545 24.848 5.830 LGA Y 213 Y 213 2.953 0 0.117 1.623 14.637 38.636 13.030 14.637 LGA A 215 A 215 1.027 0 0.172 0.180 2.018 77.727 69.818 - LGA I 216 I 216 0.449 0 0.019 0.176 0.659 100.000 97.727 0.334 LGA A 217 A 217 0.471 0 0.020 0.046 0.542 95.455 96.364 - LGA S 218 S 218 0.613 0 0.043 0.055 1.108 86.364 82.121 1.108 LGA H 219 H 219 0.454 0 0.041 0.055 0.632 100.000 89.091 0.632 LGA L 220 L 220 0.399 0 0.027 0.139 0.540 100.000 97.727 0.540 LGA T 221 T 221 0.211 0 0.005 0.034 0.289 100.000 100.000 0.178 LGA N 222 N 222 0.233 0 0.032 0.110 0.609 100.000 95.455 0.609 LGA L 223 L 223 0.548 0 0.036 0.067 1.049 86.364 80.000 1.049 LGA Q 224 Q 224 0.293 0 0.089 0.853 4.667 100.000 68.081 4.667 LGA I 225 I 225 0.258 0 0.058 0.122 0.410 100.000 100.000 0.278 LGA P 226 P 226 0.463 0 0.069 0.090 0.950 95.455 89.610 0.950 LGA T 227 T 227 0.476 0 0.057 0.181 0.754 90.909 92.208 0.509 LGA P 228 P 228 0.971 0 0.042 0.067 0.971 81.818 81.818 0.881 LGA S 229 S 229 0.977 0 0.042 0.079 0.982 81.818 81.818 0.765 LGA G 230 G 230 0.701 0 0.000 0.000 0.742 86.364 86.364 - LGA K 231 K 231 0.057 0 0.085 0.706 2.513 95.455 89.899 2.513 LGA K 232 K 232 0.182 0 0.148 0.899 2.989 100.000 79.596 2.989 LGA R 233 R 233 0.368 0 0.059 1.113 5.507 95.455 58.843 5.507 LGA W 234 W 234 0.392 0 0.056 0.082 0.586 100.000 97.403 0.290 LGA N 235 N 235 0.769 0 0.110 0.851 2.820 81.818 67.500 2.283 LGA Q 236 Q 236 0.387 0 0.052 0.902 3.605 95.455 78.182 0.861 LGA Y 237 Y 237 0.874 0 0.021 0.331 2.561 86.364 65.606 2.561 LGA T 238 T 238 0.611 0 0.000 0.246 1.013 81.818 79.481 1.013 LGA I 239 I 239 0.437 0 0.022 0.095 0.493 100.000 100.000 0.342 LGA K 240 K 240 0.749 0 0.059 0.667 4.922 81.818 59.798 4.922 LGA A 241 A 241 0.745 0 0.040 0.045 0.950 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.269 0 0.028 0.068 1.081 100.000 88.864 1.081 LGA L 243 L 243 0.211 0 0.038 0.126 0.492 100.000 100.000 0.390 LGA Q 244 Q 244 0.362 0 0.000 0.250 1.055 90.909 88.081 1.055 LGA N 245 N 245 0.681 0 0.041 0.081 0.726 81.818 81.818 0.653 LGA E 246 E 246 0.576 0 0.030 0.748 2.498 81.818 76.970 0.613 LGA V 247 V 247 0.335 0 0.026 0.083 0.404 100.000 100.000 0.276 LGA Y 248 Y 248 0.443 0 0.042 0.174 1.306 95.455 88.182 1.306 LGA I 249 I 249 0.460 0 0.082 0.115 0.888 100.000 90.909 0.888 LGA G 250 G 250 0.406 0 0.035 0.035 0.517 95.455 95.455 - LGA T 251 T 251 0.551 0 0.089 0.112 0.730 86.364 84.416 0.631 LGA V 252 V 252 0.548 0 0.028 0.128 0.846 81.818 81.818 0.846 LGA K 253 K 253 0.518 0 0.012 0.251 0.816 86.364 89.899 0.298 LGA Y 254 Y 254 0.659 0 0.039 0.367 2.581 81.818 69.394 2.581 LGA K 255 K 255 0.902 0 0.050 0.188 1.671 77.727 71.111 1.355 LGA V 256 V 256 1.135 0 0.061 0.107 1.267 69.545 67.792 1.112 LGA R 257 R 257 1.191 0 0.036 1.094 4.701 65.455 48.595 3.346 LGA E 258 E 258 1.656 0 0.087 0.865 5.424 45.455 32.323 5.424 LGA K 259 K 259 1.992 0 0.015 0.638 2.557 44.545 41.212 2.137 LGA T 260 T 260 2.136 0 0.026 0.202 2.456 41.364 40.000 2.243 LGA K 261 K 261 3.074 0 0.029 0.774 9.170 22.727 13.333 9.170 LGA D 262 D 262 2.748 0 0.091 0.975 3.752 30.000 23.409 3.752 LGA G 263 G 263 1.965 0 0.059 0.059 2.112 47.727 47.727 - LGA K 264 K 264 1.456 0 0.000 0.527 2.567 51.364 64.444 2.567 LGA R 265 R 265 1.660 0 0.045 1.019 3.045 54.545 58.017 3.045 LGA T 266 T 266 1.512 0 0.051 0.159 1.951 50.909 50.909 1.501 LGA I 267 I 267 1.017 0 0.016 0.081 1.172 65.455 67.500 1.171 LGA R 268 R 268 0.913 0 0.017 1.025 2.738 81.818 65.950 2.628 LGA P 269 P 269 1.016 0 0.036 0.064 1.292 73.636 70.130 1.292 LGA E 270 E 270 0.893 0 0.000 0.913 3.658 81.818 60.202 3.022 LGA K 271 K 271 0.922 0 0.046 0.672 2.233 81.818 71.919 1.695 LGA E 272 E 272 0.780 0 0.071 0.077 1.912 81.818 69.697 1.912 LGA Q 273 Q 273 0.902 0 0.021 0.051 1.074 81.818 80.000 0.914 LGA I 274 I 274 0.710 0 0.078 0.077 0.809 81.818 81.818 0.803 LGA V 275 V 275 0.456 0 0.029 0.056 0.604 100.000 94.805 0.557 LGA V 276 V 276 0.518 0 0.000 0.028 0.689 90.909 87.013 0.658 LGA Q 277 Q 277 0.519 0 0.041 0.669 3.478 90.909 69.899 3.478 LGA D 278 D 278 0.435 0 0.104 0.169 0.733 95.455 93.182 0.733 LGA A 279 A 279 0.487 0 0.025 0.060 0.590 100.000 96.364 - LGA H 280 H 280 0.269 0 0.042 0.178 0.485 100.000 100.000 0.276 LGA A 281 A 281 0.237 0 0.000 0.000 0.433 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.277 0 0.028 0.055 0.716 95.455 92.208 0.716 LGA I 283 I 283 0.368 0 0.049 0.099 0.724 95.455 93.182 0.703 LGA I 284 I 284 0.451 0 0.016 0.038 0.574 90.909 95.455 0.379 LGA D 285 D 285 0.795 0 0.050 0.187 1.827 81.818 73.864 1.353 LGA K 286 K 286 0.911 0 0.023 0.250 1.419 81.818 76.364 1.373 LGA E 287 E 287 1.084 0 0.030 0.254 1.691 69.545 62.424 1.365 LGA Q 288 Q 288 0.769 0 0.000 0.248 1.466 81.818 76.364 1.466 LGA F 289 F 289 0.797 0 0.041 0.141 1.124 81.818 77.355 1.060 LGA Q 290 Q 290 1.180 0 0.051 0.990 2.262 65.455 62.626 2.262 LGA Q 291 Q 291 1.017 0 0.000 0.176 1.360 73.636 70.909 1.360 LGA S 292 S 292 0.765 0 0.071 0.698 2.825 81.818 72.727 2.825 LGA Q 293 Q 293 1.100 0 0.031 0.234 1.392 69.545 69.091 1.392 LGA V 294 V 294 1.379 0 0.030 0.066 1.524 65.455 61.299 1.524 LGA K 295 K 295 0.850 0 0.041 0.129 1.063 73.636 78.182 0.701 LGA I 296 I 296 1.147 0 0.025 0.097 1.599 65.909 69.773 0.983 LGA A 297 A 297 1.756 0 0.080 0.093 2.402 51.364 51.273 - LGA N 298 N 298 1.114 0 0.100 0.598 2.088 55.000 62.955 2.083 LGA K 299 K 299 3.039 0 0.412 0.694 13.287 46.364 20.808 13.287 LGA V 300 V 300 1.734 0 0.199 0.231 3.454 62.273 44.675 3.444 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.072 1.039 1.903 80.428 74.531 59.160 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.07 93.333 96.907 11.517 LGA_LOCAL RMSD: 1.072 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.072 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.072 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.796276 * X + -0.580652 * Y + -0.169670 * Z + 156.869492 Y_new = 0.584714 * X + 0.666859 * Y + 0.461962 * Z + 155.091583 Z_new = -0.155093 * X + -0.467057 * Y + 0.870519 * Z + 143.711136 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.633384 0.155722 -0.492441 [DEG: 36.2902 8.9222 -28.2148 ] ZXZ: -2.789606 0.514540 -2.820985 [DEG: -159.8326 29.4810 -161.6305 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS456_4-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS456_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.07 96.907 1.07 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS456_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 4 PARENT NA ATOM 1345 N GLY 165 152.579 186.822 153.543 1.00 85.90 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.003 187.621 154.612 1.00 85.90 C ATOM 1347 C GLY 165 150.498 187.471 154.726 1.00 85.90 C ATOM 1348 O GLY 165 149.836 188.274 155.388 1.00 85.90 O ATOM 1349 N LYS 166 149.942 186.533 154.035 1.00 86.16 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.506 186.285 154.121 1.00 86.16 C ATOM 1351 C LYS 166 148.149 185.566 155.417 1.00 86.16 C ATOM 1352 CB LYS 166 148.029 185.469 152.919 1.00 86.16 C ATOM 1353 O LYS 166 148.984 184.868 155.997 1.00 86.16 O ATOM 1354 CG LYS 166 148.220 186.167 151.581 1.00 86.16 C ATOM 1355 CD LYS 166 147.680 185.326 150.431 1.00 86.16 C ATOM 1356 CE LYS 166 147.874 186.023 149.089 1.00 86.16 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.341 185.205 147.959 1.00 86.16 N ATOM 1358 N TRP 167 146.944 185.854 155.869 1.00 88.07 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.464 185.185 157.074 1.00 88.07 C ATOM 1360 C TRP 167 145.715 183.904 156.724 1.00 88.07 C ATOM 1361 CB TRP 167 145.556 186.117 157.882 1.00 88.07 C ATOM 1362 O TRP 167 144.622 183.953 156.155 1.00 88.07 O ATOM 1363 CG TRP 167 145.163 185.573 159.222 1.00 88.07 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 143.980 184.971 159.552 1.00 88.07 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.953 185.585 160.415 1.00 88.07 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 145.186 184.974 161.431 1.00 88.07 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 147.237 186.055 160.723 1.00 88.07 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 143.988 184.608 160.879 1.00 88.07 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 146.921 185.287 163.010 1.00 88.07 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 145.663 184.819 162.735 1.00 88.07 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 147.709 185.900 162.022 1.00 88.07 C ATOM 1372 N ILE 168 146.380 182.858 157.050 1.00 79.55 N ATOM 1373 CA ILE 168 145.804 181.572 156.672 1.00 79.55 C ATOM 1374 C ILE 168 145.399 180.800 157.925 1.00 79.55 C ATOM 1375 CB ILE 168 146.790 180.738 155.824 1.00 79.55 C ATOM 1376 O ILE 168 144.875 179.687 157.835 1.00 79.55 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.232 181.181 156.093 1.00 79.55 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.451 180.850 154.335 1.00 79.55 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.286 180.234 155.532 1.00 79.55 C ATOM 1380 N SER 169 145.708 181.381 159.051 1.00 71.11 N ATOM 1381 CA SER 169 145.488 180.689 160.317 1.00 71.11 C ATOM 1382 C SER 169 144.095 180.977 160.868 1.00 71.11 C ATOM 1383 CB SER 169 146.545 181.099 161.343 1.00 71.11 C ATOM 1384 O SER 169 143.705 182.137 161.013 1.00 71.11 O ATOM 1385 OG SER 169 147.749 180.380 161.139 1.00 71.11 O ATOM 1386 N GLY 170 143.033 180.316 160.682 1.00 72.83 N ATOM 1387 CA GLY 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