####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS456_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS456_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.02 1.02 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.02 1.02 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 134 165 - 299 0.99 1.02 LCS_AVERAGE: 99.18 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 134 135 135 31 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 134 135 135 66 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 134 135 135 68 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 134 135 135 39 103 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 134 135 135 3 10 45 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 134 135 135 68 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 134 135 135 68 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 134 135 135 68 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 134 135 135 68 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 134 135 135 68 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 134 135 135 68 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 134 135 135 68 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 134 135 135 65 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 134 135 135 68 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 134 135 135 43 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 134 135 135 3 3 9 116 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 134 135 135 24 80 117 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 134 135 135 66 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 134 135 135 25 100 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 134 135 135 45 103 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 134 135 135 68 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 134 135 135 68 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 134 135 135 68 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 134 135 135 65 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 134 135 135 63 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 134 135 135 65 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 134 135 135 66 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 134 135 135 68 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 134 135 135 68 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 134 135 135 68 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 134 135 135 68 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 134 135 135 68 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 134 135 135 68 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 134 135 135 68 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 134 135 135 68 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 134 135 135 68 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 134 135 135 68 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 134 135 135 68 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 134 135 135 68 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 134 135 135 68 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 134 135 135 58 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 134 135 135 58 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 134 135 135 27 98 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 134 135 135 21 98 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 134 135 135 6 93 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 134 135 135 24 93 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 134 135 135 3 70 122 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 134 135 135 6 31 55 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 134 135 135 3 5 19 77 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 134 135 135 46 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 134 135 135 68 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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LCS_GDT H 280 H 280 134 135 135 68 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 281 A 281 134 135 135 68 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 282 P 282 134 135 135 68 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 283 I 283 134 135 135 68 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 284 I 284 134 135 135 68 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 285 D 285 134 135 135 68 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 286 K 286 134 135 135 68 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 287 E 287 134 135 135 68 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 288 Q 288 134 135 135 68 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 134 135 135 68 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 134 135 135 68 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 134 135 135 68 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 134 135 135 68 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 134 135 135 65 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 134 135 135 65 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 134 135 135 68 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 134 135 135 58 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 134 135 135 42 85 119 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 134 135 135 58 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 134 135 135 3 3 81 123 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 119 135 135 3 3 3 117 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 99.73 ( 99.18 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 68 104 124 128 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 50.37 77.04 91.85 94.81 97.78 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.32 0.55 0.75 0.82 0.92 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 GDT RMS_ALL_AT 1.25 1.12 1.03 1.03 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: E 246 E 246 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.983 0 0.039 0.039 1.100 77.727 77.727 - LGA K 166 K 166 0.804 0 0.025 0.172 2.505 81.818 67.071 2.505 LGA W 167 W 167 0.449 0 0.069 0.132 1.137 86.364 82.208 1.117 LGA I 168 I 168 0.983 0 0.033 1.504 4.513 74.545 55.455 4.513 LGA S 169 S 169 2.217 0 0.515 0.498 4.978 55.000 38.788 4.978 LGA G 170 G 170 0.932 0 0.134 0.134 1.091 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.896 0 0.000 1.332 5.122 81.818 60.909 1.895 LGA A 172 A 172 1.005 0 0.038 0.033 1.088 77.727 75.273 - LGA P 173 P 173 0.486 0 0.046 0.099 1.047 95.455 87.273 1.047 LGA Y 174 Y 174 0.303 0 0.000 0.151 0.940 100.000 90.909 0.940 LGA G 175 G 175 0.485 0 0.070 0.070 0.505 95.455 95.455 - LGA Y 176 Y 176 0.634 0 0.016 0.125 0.858 81.818 86.364 0.523 LGA Q 177 Q 177 1.011 0 0.055 0.490 1.902 73.636 69.293 1.166 LGA L 178 L 178 0.951 0 0.035 0.087 1.158 73.636 75.682 1.021 LGA N 179 N 179 1.064 0 0.168 0.681 4.569 73.636 44.091 4.569 LGA K 180 K 180 3.243 0 0.310 0.979 13.137 29.545 13.131 13.137 LGA K 181 K 181 1.925 0 0.351 0.977 8.671 65.909 31.111 8.671 LGA T 182 T 182 0.550 0 0.040 1.128 3.096 86.364 70.649 3.096 LGA S 183 S 183 1.264 0 0.186 0.165 1.507 69.545 65.758 1.507 LGA K 184 K 184 0.995 0 0.052 0.756 1.937 77.727 74.747 1.937 LGA L 185 L 185 0.485 0 0.028 0.041 0.512 86.364 93.182 0.193 LGA D 186 D 186 0.349 0 0.081 0.091 0.869 90.909 95.455 0.136 LGA P 187 P 187 0.636 0 0.000 0.109 1.619 70.000 75.065 0.709 LGA V 188 V 188 1.139 0 0.038 0.034 1.445 69.545 67.792 1.445 LGA E 189 E 189 1.146 0 0.055 0.500 2.632 69.545 63.232 2.632 LGA D 190 D 190 1.076 0 0.000 0.084 1.317 73.636 69.545 1.317 LGA E 191 E 191 0.836 0 0.061 0.129 1.522 86.364 78.586 1.522 LGA A 192 A 192 0.358 0 0.027 0.037 0.543 95.455 96.364 - LGA K 193 K 193 0.421 0 0.055 0.677 3.312 100.000 75.758 3.312 LGA V 194 V 194 0.505 0 0.037 0.056 0.604 95.455 89.610 0.568 LGA V 195 V 195 0.181 0 0.000 0.034 0.404 100.000 100.000 0.194 LGA Q 196 Q 196 0.252 0 0.046 0.274 1.476 100.000 88.485 1.476 LGA L 197 L 197 0.256 0 0.026 0.061 0.507 100.000 97.727 0.507 LGA I 198 I 198 0.284 0 0.073 0.115 0.491 100.000 100.000 0.315 LGA F 199 F 199 0.265 0 0.038 0.077 0.401 100.000 100.000 0.146 LGA N 200 N 200 0.361 0 0.055 1.106 3.825 100.000 75.000 3.825 LGA I 201 I 201 0.147 0 0.035 0.080 0.296 100.000 100.000 0.296 LGA F 202 F 202 0.352 0 0.000 0.097 0.873 95.455 88.430 0.873 LGA L 203 L 203 0.570 0 0.027 0.135 1.389 90.909 82.273 1.098 LGA N 204 N 204 0.221 0 0.038 0.072 0.988 100.000 93.182 0.947 LGA G 205 G 205 0.341 0 0.043 0.043 0.396 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.467 0 0.026 0.840 2.508 90.909 77.727 1.108 LGA N 207 N 207 1.222 0 0.076 0.257 1.853 69.545 62.045 1.543 LGA G 208 G 208 1.187 0 0.000 0.000 1.491 69.545 69.545 - LGA K 209 K 209 1.343 0 0.078 0.134 1.936 65.455 58.990 1.936 LGA D 210 D 210 1.299 0 0.066 0.518 1.327 65.455 69.545 0.911 LGA Y 211 Y 211 1.822 0 0.075 0.367 2.047 50.909 48.788 1.586 LGA S 212 S 212 2.248 0 0.701 0.788 5.896 34.545 24.848 5.896 LGA Y 213 Y 213 2.895 0 0.121 1.614 14.742 41.818 14.091 14.742 LGA A 215 A 215 0.974 0 0.164 0.172 1.976 86.364 79.273 - LGA I 216 I 216 0.321 0 0.000 0.178 0.553 100.000 97.727 0.279 LGA A 217 A 217 0.294 0 0.018 0.045 0.366 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.510 0 0.041 0.070 1.167 90.909 85.152 1.167 LGA H 219 H 219 0.312 0 0.041 0.058 0.548 100.000 98.182 0.548 LGA L 220 L 220 0.362 0 0.031 0.142 0.497 100.000 100.000 0.497 LGA T 221 T 221 0.099 0 0.017 0.040 0.241 100.000 100.000 0.118 LGA N 222 N 222 0.222 0 0.041 0.088 0.413 100.000 100.000 0.328 LGA L 223 L 223 0.571 0 0.031 0.053 1.006 86.364 82.045 0.903 LGA Q 224 Q 224 0.441 0 0.082 0.836 4.444 100.000 68.485 4.444 LGA I 225 I 225 0.450 0 0.069 0.116 0.450 100.000 100.000 0.336 LGA P 226 P 226 0.707 0 0.078 0.088 1.068 86.364 82.078 1.068 LGA T 227 T 227 0.149 0 0.051 0.170 0.460 100.000 100.000 0.154 LGA P 228 P 228 0.867 0 0.053 0.072 0.961 81.818 81.818 0.886 LGA S 229 S 229 0.657 0 0.038 0.118 0.893 90.909 87.879 0.893 LGA G 230 G 230 0.577 0 0.000 0.000 0.690 86.364 86.364 - LGA K 231 K 231 0.501 0 0.087 0.707 3.067 82.273 74.949 3.067 LGA K 232 K 232 0.490 0 0.126 0.896 3.495 95.455 71.111 3.495 LGA R 233 R 233 0.316 0 0.059 1.048 4.879 100.000 62.314 4.879 LGA W 234 W 234 0.218 0 0.059 0.076 0.414 100.000 100.000 0.205 LGA N 235 N 235 0.716 0 0.107 0.862 2.597 86.364 67.727 2.013 LGA Q 236 Q 236 0.412 0 0.045 0.792 3.411 95.455 78.990 0.663 LGA Y 237 Y 237 0.802 0 0.027 0.388 2.546 86.364 66.818 2.546 LGA T 238 T 238 0.561 0 0.010 0.240 0.968 81.818 81.818 0.968 LGA I 239 I 239 0.457 0 0.028 0.084 0.491 100.000 100.000 0.295 LGA K 240 K 240 0.731 0 0.058 0.646 4.593 81.818 62.020 4.593 LGA A 241 A 241 0.758 0 0.041 0.047 0.947 81.818 81.818 - LGA I 242 I 242 0.237 0 0.017 0.071 0.932 100.000 93.182 0.932 LGA L 243 L 243 0.198 0 0.047 0.139 0.501 95.455 97.727 0.332 LGA Q 244 Q 244 0.381 0 0.000 0.244 0.934 90.909 89.899 0.934 LGA N 245 N 245 0.572 0 0.055 0.098 0.609 86.364 84.091 0.601 LGA E 246 E 246 0.531 0 0.027 0.778 2.591 90.909 79.798 0.579 LGA V 247 V 247 0.313 0 0.008 0.103 0.390 100.000 100.000 0.359 LGA Y 248 Y 248 0.332 0 0.042 0.162 1.243 100.000 91.061 1.243 LGA I 249 I 249 0.401 0 0.065 0.111 0.907 100.000 90.909 0.907 LGA G 250 G 250 0.347 0 0.042 0.042 0.468 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.524 0 0.093 0.117 0.776 86.364 84.416 0.646 LGA V 252 V 252 0.452 0 0.028 0.117 0.772 90.909 92.208 0.535 LGA K 253 K 253 0.471 0 0.000 0.226 0.675 90.909 91.919 0.412 LGA Y 254 Y 254 0.755 0 0.059 0.326 2.745 81.818 65.758 2.745 LGA K 255 K 255 0.633 0 0.057 0.938 6.184 81.818 51.919 6.184 LGA V 256 V 256 0.795 0 0.091 0.117 0.965 86.364 84.416 0.965 LGA R 257 R 257 0.670 0 0.031 1.101 4.675 81.818 56.860 4.120 LGA E 258 E 258 0.958 0 0.091 0.850 4.914 70.000 50.303 4.914 LGA K 259 K 259 1.005 0 0.000 0.250 1.519 65.909 65.657 1.132 LGA T 260 T 260 1.552 0 0.033 0.136 1.862 54.545 52.987 1.862 LGA K 261 K 261 2.410 0 0.033 0.753 8.040 38.182 22.020 8.040 LGA D 262 D 262 2.383 0 0.052 0.964 3.124 38.182 31.818 3.068 LGA G 263 G 263 1.389 0 0.070 0.070 1.651 61.818 61.818 - LGA K 264 K 264 1.158 0 0.000 0.521 3.100 61.818 60.404 3.100 LGA R 265 R 265 0.950 0 0.058 0.959 2.525 69.545 66.612 1.909 LGA T 266 T 266 1.125 0 0.056 0.128 1.533 61.818 63.377 1.013 LGA I 267 I 267 0.962 0 0.016 0.087 1.596 77.727 69.773 1.596 LGA R 268 R 268 0.879 0 0.028 0.980 2.699 73.636 68.430 2.699 LGA P 269 P 269 1.349 0 0.016 0.048 1.552 65.455 63.377 1.552 LGA E 270 E 270 1.336 0 0.000 0.868 4.281 65.455 45.859 3.649 LGA K 271 K 271 1.465 0 0.067 0.676 1.732 65.455 71.313 0.997 LGA E 272 E 272 1.009 0 0.111 0.091 1.849 73.636 65.859 1.849 LGA Q 273 Q 273 1.015 0 0.022 0.053 1.204 73.636 70.909 1.067 LGA I 274 I 274 0.724 0 0.067 0.068 0.940 81.818 81.818 0.940 LGA V 275 V 275 0.348 0 0.039 0.071 0.548 100.000 97.403 0.471 LGA V 276 V 276 0.450 0 0.000 0.024 0.517 100.000 94.805 0.504 LGA Q 277 Q 277 0.475 0 0.048 0.680 3.279 95.455 71.919 3.279 LGA D 278 D 278 0.374 0 0.097 0.187 0.757 100.000 90.909 0.757 LGA A 279 A 279 0.452 0 0.026 0.060 0.548 100.000 96.364 - LGA H 280 H 280 0.225 0 0.041 0.185 0.501 100.000 98.182 0.181 LGA A 281 A 281 0.272 0 0.000 0.000 0.527 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.372 0 0.009 0.049 0.798 90.909 87.013 0.798 LGA I 283 I 283 0.452 0 0.052 0.107 0.833 90.909 90.909 0.598 LGA I 284 I 284 0.458 0 0.020 0.041 0.587 90.909 95.455 0.382 LGA D 285 D 285 0.847 0 0.051 1.090 4.216 81.818 60.909 1.705 LGA K 286 K 286 0.943 0 0.017 0.229 1.340 81.818 74.545 1.340 LGA E 287 E 287 1.068 0 0.035 0.311 1.264 69.545 69.091 1.136 LGA Q 288 Q 288 0.781 0 0.000 0.224 1.304 81.818 76.364 1.193 LGA F 289 F 289 0.766 0 0.043 0.140 1.033 81.818 78.843 0.961 LGA Q 290 Q 290 1.144 0 0.046 1.182 2.862 65.455 61.414 2.862 LGA Q 291 Q 291 1.025 0 0.018 0.158 1.318 73.636 70.909 1.318 LGA S 292 S 292 0.816 0 0.070 0.698 2.876 77.727 70.000 2.876 LGA Q 293 Q 293 1.135 0 0.027 0.229 1.479 65.455 67.273 1.479 LGA V 294 V 294 1.390 0 0.037 0.063 1.516 65.455 61.299 1.516 LGA K 295 K 295 0.902 0 0.046 0.144 1.075 73.636 76.364 1.017 LGA I 296 I 296 1.206 0 0.011 0.096 1.605 61.818 63.864 1.122 LGA A 297 A 297 1.811 0 0.065 0.078 2.318 47.727 48.364 - LGA N 298 N 298 1.157 0 0.052 0.541 2.206 58.182 62.500 2.206 LGA K 299 K 299 2.860 0 0.450 0.848 14.103 56.364 25.253 14.103 LGA V 300 V 300 2.681 0 0.112 0.123 5.566 38.636 23.117 5.566 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.015 0.969 1.915 81.919 75.314 58.518 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.02 92.963 97.070 12.104 LGA_LOCAL RMSD: 1.015 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.015 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.015 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.774637 * X + -0.456335 * Y + 0.437832 * Z + 153.473175 Y_new = -0.583595 * X + -0.249110 * Y + 0.772891 * Z + 152.102417 Z_new = -0.243629 * X + -0.854226 * Y + -0.459284 * Z + 143.652512 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.645660 0.246106 -2.064117 [DEG: -36.9936 14.1008 -118.2652 ] ZXZ: 2.626181 2.047986 -2.863764 [DEG: 150.4691 117.3409 -164.0816 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS456_3-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS456_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.02 97.070 1.02 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS456_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 3 PARENT NA ATOM 1345 N GLY 165 152.727 186.934 153.303 1.00 90.95 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.161 187.762 154.355 1.00 90.95 C ATOM 1347 C GLY 165 150.651 187.649 154.455 1.00 90.95 C ATOM 1348 O GLY 165 150.010 188.434 155.158 1.00 90.95 O ATOM 1349 N LYS 166 150.095 186.689 153.726 1.00 90.81 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.656 186.464 153.817 1.00 90.81 C ATOM 1351 C LYS 166 148.296 185.730 155.106 1.00 90.81 C ATOM 1352 CB LYS 166 148.159 185.672 152.607 1.00 90.81 C ATOM 1353 O LYS 166 149.122 185.010 155.670 1.00 90.81 O ATOM 1354 CG LYS 166 148.354 186.384 151.277 1.00 90.81 C ATOM 1355 CD LYS 166 147.805 185.565 150.116 1.00 90.81 C ATOM 1356 CE LYS 166 147.990 186.283 148.787 1.00 90.81 C ATOM 1357 NZ LYS 166 147.465 185.477 147.644 1.00 90.81 N ATOM 1358 N TRP 167 147.066 186.023 155.638 1.00 92.27 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.614 185.362 156.857 1.00 92.27 C ATOM 1360 C TRP 167 145.886 184.061 156.533 1.00 92.27 C ATOM 1361 CB TRP 167 145.699 186.286 157.664 1.00 92.27 C ATOM 1362 O TRP 167 144.777 184.080 155.994 1.00 92.27 O ATOM 1363 CG TRP 167 145.299 185.734 159.000 1.00 92.27 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.145 185.068 159.304 1.00 92.27 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 146.054 185.804 160.213 1.00 92.27 C ATOM 1366 CE2 TRP 167 145.296 185.159 161.214 1.00 92.27 C ATOM 1367 CE3 TRP 167 147.300 186.349 160.551 1.00 92.27 C ATOM 1368 NE1 TRP 167 144.136 184.720 160.635 1.00 92.27 N ATOM 1369 CH2 TRP 167 146.965 185.588 162.837 1.00 92.27 C ATOM 1370 CZ2 TRP 167 145.743 185.045 162.533 1.00 92.27 C ATOM 1371 CZ3 TRP 167 147.744 186.235 161.864 1.00 92.27 C ATOM 1372 N ILE 168 146.521 182.904 156.961 1.00 87.46 N ATOM 1373 CA ILE 168 145.971 181.597 156.615 1.00 87.46 C ATOM 1374 C ILE 168 145.655 180.816 157.890 1.00 87.46 C ATOM 1375 CB ILE 168 146.940 180.794 155.719 1.00 87.46 C ATOM 1376 O ILE 168 145.257 179.651 157.828 1.00 87.46 O ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.366 180.867 156.277 1.00 87.46 C ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.889 181.303 154.277 1.00 87.46 C ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.335 179.887 155.629 1.00 87.46 C ATOM 1380 N SER 169 145.815 181.361 159.102 1.00 75.62 N ATOM 1381 CA SER 169 145.746 180.653 160.376 1.00 75.62 C ATOM 1382 C SER 169 144.338 180.706 160.962 1.00 75.62 C ATOM 1383 CB SER 169 146.744 181.243 161.373 1.00 75.62 C ATOM 1384 O SER 169 144.170 180.759 162.182 1.00 75.62 O ATOM 1385 OG SER 169 148.068 181.138 160.879 1.00 75.62 O ATOM 1386 N GLY 170 143.347 180.668 160.180 1.00 78.34 N ATOM 1387 CA GLY 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