####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS425_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS425_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 79 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 73 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 79 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 64 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 6 69 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 68 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 54 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 79 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 79 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 79 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 79 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 79 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 79 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 79 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 108 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 39 62 117 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 26 111 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 66 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 43 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 41 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 79 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 79 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 79 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 75 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 70 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 75 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 79 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 79 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 79 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 79 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 79 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 79 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 79 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 79 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 79 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 79 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 79 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 79 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 79 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 79 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 79 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 79 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 75 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 73 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 6 116 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 13 116 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 3 101 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 13 40 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 14 20 46 130 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 74 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 79 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 79 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 79 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 79 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 79 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 79 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 79 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 75 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 53 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 15 116 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 18 98 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 3 3 61 117 129 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 0 3 40 110 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 79 120 130 131 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 58.52 88.89 96.30 97.04 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.52 0.62 0.65 0.71 0.75 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 GDT RMS_ALL_AT 0.93 0.93 0.92 0.92 0.92 0.92 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.564 0 0.007 0.007 0.630 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.597 0 0.050 0.127 1.236 81.818 80.000 1.236 LGA W 167 W 167 0.397 0 0.049 0.106 0.634 95.455 94.805 0.528 LGA I 168 I 168 0.769 0 0.015 0.990 3.614 82.273 63.409 3.614 LGA S 169 S 169 1.441 0 0.152 0.239 4.309 66.818 48.485 4.309 LGA G 170 G 170 0.844 0 0.204 0.204 1.176 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.810 0 0.000 1.345 4.579 86.364 68.182 1.083 LGA A 172 A 172 0.444 0 0.041 0.050 0.560 95.455 92.727 - LGA P 173 P 173 0.428 0 0.013 0.067 0.919 100.000 92.208 0.919 LGA Y 174 Y 174 0.397 0 0.030 0.170 0.849 100.000 89.394 0.849 LGA G 175 G 175 0.217 0 0.057 0.057 0.229 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.212 0 0.036 0.148 0.343 100.000 100.000 0.093 LGA Q 177 Q 177 0.428 0 0.057 0.251 0.982 100.000 95.960 0.584 LGA L 178 L 178 0.345 0 0.075 0.094 0.825 90.909 93.182 0.825 LGA N 179 N 179 1.149 0 0.186 0.619 4.653 62.273 37.500 4.653 LGA K 180 K 180 4.000 0 0.296 0.971 13.693 20.455 9.091 13.693 LGA K 181 K 181 1.417 0 0.346 0.984 7.853 77.727 39.596 7.853 LGA T 182 T 182 0.665 0 0.049 1.104 3.314 81.818 70.390 3.314 LGA S 183 S 183 0.811 0 0.136 0.122 1.135 86.364 79.394 1.006 LGA K 184 K 184 0.888 0 0.055 0.845 2.698 77.727 70.303 2.698 LGA L 185 L 185 0.392 0 0.054 0.066 0.483 100.000 100.000 0.444 LGA D 186 D 186 0.130 0 0.052 0.087 0.474 100.000 100.000 0.474 LGA P 187 P 187 0.510 0 0.000 0.366 1.186 82.273 84.675 0.657 LGA V 188 V 188 0.736 0 0.000 0.031 0.835 81.818 81.818 0.835 LGA E 189 E 189 0.733 0 0.000 0.335 1.809 81.818 76.566 1.809 LGA D 190 D 190 0.689 0 0.037 0.060 0.925 86.364 84.091 0.925 LGA E 191 E 191 0.493 0 0.033 0.065 0.847 95.455 87.879 0.847 LGA A 192 A 192 0.272 0 0.000 0.000 0.387 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.244 0 0.035 0.658 2.744 100.000 85.051 2.497 LGA V 194 V 194 0.194 0 0.030 0.056 0.277 100.000 100.000 0.277 LGA V 195 V 195 0.022 0 0.000 0.000 0.166 100.000 100.000 0.085 LGA Q 196 Q 196 0.188 0 0.009 0.267 1.414 100.000 90.303 1.136 LGA L 197 L 197 0.178 0 0.000 0.026 0.206 100.000 100.000 0.156 LGA I 198 I 198 0.199 0 0.090 0.100 0.413 100.000 100.000 0.249 LGA F 199 F 199 0.265 0 0.040 0.070 0.408 100.000 100.000 0.136 LGA N 200 N 200 0.363 0 0.047 1.117 3.610 100.000 76.591 3.610 LGA I 201 I 201 0.299 0 0.026 0.044 0.375 100.000 100.000 0.318 LGA F 202 F 202 0.230 0 0.000 0.026 0.401 100.000 100.000 0.401 LGA L 203 L 203 0.419 0 0.000 0.054 0.716 95.455 90.909 0.672 LGA N 204 N 204 0.328 0 0.032 0.129 1.013 100.000 91.136 0.719 LGA G 205 G 205 0.229 0 0.053 0.053 0.240 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.208 0 0.033 0.250 1.191 100.000 93.409 0.586 LGA N 207 N 207 0.619 0 0.061 0.270 1.690 86.364 80.227 0.951 LGA G 208 G 208 0.682 0 0.000 0.000 0.979 81.818 81.818 - LGA K 209 K 209 1.012 0 0.038 0.722 2.639 77.727 67.273 2.639 LGA D 210 D 210 1.000 0 0.100 0.539 1.573 77.727 73.864 1.573 LGA Y 211 Y 211 1.425 0 0.113 0.407 1.570 65.455 63.030 1.258 LGA S 212 S 212 2.156 0 0.690 0.754 5.895 43.182 30.606 5.895 LGA Y 213 Y 213 2.895 0 0.163 1.621 14.887 38.636 13.030 14.887 LGA A 215 A 215 0.576 0 0.199 0.214 1.663 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.267 0 0.020 0.176 0.670 100.000 95.455 0.638 LGA A 217 A 217 0.267 0 0.025 0.044 0.408 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.449 0 0.050 0.081 1.041 95.455 88.182 1.041 LGA H 219 H 219 0.337 0 0.021 0.032 0.413 100.000 100.000 0.413 LGA L 220 L 220 0.418 0 0.019 0.087 0.510 95.455 97.727 0.454 LGA T 221 T 221 0.534 0 0.017 0.040 0.701 86.364 84.416 0.557 LGA N 222 N 222 0.671 0 0.037 0.049 0.841 81.818 84.091 0.616 LGA L 223 L 223 0.701 0 0.044 0.055 1.030 81.818 79.773 0.738 LGA Q 224 Q 224 0.747 0 0.028 0.822 4.109 77.727 58.384 4.109 LGA I 225 I 225 0.769 0 0.053 0.141 0.782 81.818 84.091 0.461 LGA P 226 P 226 0.771 0 0.060 0.067 0.918 81.818 81.818 0.851 LGA T 227 T 227 0.310 0 0.032 0.140 0.579 95.455 94.805 0.438 LGA P 228 P 228 0.695 0 0.085 0.088 0.883 90.909 87.013 0.883 LGA S 229 S 229 0.604 0 0.126 0.120 1.049 90.909 85.152 1.049 LGA G 230 G 230 0.376 0 0.072 0.072 1.028 86.818 86.818 - LGA K 231 K 231 0.770 0 0.095 0.673 2.902 78.182 74.141 2.902 LGA K 232 K 232 0.898 0 0.162 0.861 3.830 77.727 60.000 3.830 LGA R 233 R 233 0.804 0 0.030 1.397 8.427 81.818 44.959 8.427 LGA W 234 W 234 0.308 0 0.061 0.105 0.478 100.000 100.000 0.284 LGA N 235 N 235 0.508 0 0.025 0.793 1.911 95.455 82.727 1.911 LGA Q 236 Q 236 0.576 0 0.039 1.053 4.372 86.364 61.414 3.836 LGA Y 237 Y 237 0.736 0 0.033 1.681 10.304 86.364 37.273 10.304 LGA T 238 T 238 0.409 0 0.023 0.287 0.708 100.000 94.805 0.676 LGA I 239 I 239 0.280 0 0.000 0.083 0.392 100.000 100.000 0.127 LGA K 240 K 240 0.440 0 0.064 0.574 3.977 100.000 74.343 3.977 LGA A 241 A 241 0.408 0 0.066 0.069 0.535 95.455 96.364 - LGA I 242 I 242 0.424 0 0.049 0.062 0.861 95.455 88.636 0.861 LGA L 243 L 243 0.289 0 0.032 0.130 0.627 95.455 97.727 0.247 LGA Q 244 Q 244 0.278 0 0.016 0.292 1.464 100.000 88.485 1.464 LGA N 245 N 245 0.367 0 0.000 0.091 0.646 100.000 93.182 0.646 LGA E 246 E 246 0.351 0 0.005 0.626 2.063 100.000 87.273 1.490 LGA V 247 V 247 0.258 0 0.018 0.067 0.280 100.000 100.000 0.105 LGA Y 248 Y 248 0.286 0 0.000 0.102 0.989 100.000 92.424 0.989 LGA I 249 I 249 0.228 0 0.076 0.097 0.458 100.000 100.000 0.272 LGA G 250 G 250 0.235 0 0.039 0.039 0.280 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.177 0 0.041 0.049 0.325 100.000 100.000 0.325 LGA V 252 V 252 0.194 0 0.050 0.119 0.485 100.000 100.000 0.485 LGA K 253 K 253 0.469 0 0.016 0.155 0.625 90.909 89.899 0.625 LGA Y 254 Y 254 0.630 0 0.042 0.340 2.584 86.364 70.909 2.584 LGA K 255 K 255 0.688 0 0.077 0.141 0.895 81.818 83.838 0.814 LGA V 256 V 256 0.772 0 0.082 0.095 1.035 77.727 79.481 0.841 LGA R 257 R 257 1.232 0 0.115 1.160 7.930 61.818 37.355 5.519 LGA E 258 E 258 0.692 0 0.101 1.145 4.529 77.727 53.333 4.529 LGA K 259 K 259 1.157 0 0.024 0.209 1.335 69.545 70.909 0.858 LGA T 260 T 260 0.967 0 0.017 0.106 1.141 73.636 74.805 0.909 LGA K 261 K 261 1.115 0 0.022 0.714 5.070 65.455 46.869 5.070 LGA D 262 D 262 1.067 0 0.073 0.794 3.139 65.455 51.364 2.895 LGA G 263 G 263 1.382 0 0.096 0.096 1.586 61.818 61.818 - LGA K 264 K 264 1.243 0 0.025 0.472 1.744 69.545 65.859 0.535 LGA R 265 R 265 1.167 0 0.103 0.960 2.764 65.455 54.380 1.986 LGA T 266 T 266 1.148 0 0.011 0.104 1.346 65.455 67.792 1.346 LGA I 267 I 267 1.003 0 0.042 0.089 1.202 69.545 69.545 1.060 LGA R 268 R 268 0.648 0 0.000 0.974 2.828 81.818 72.562 2.828 LGA P 269 P 269 0.589 0 0.000 0.011 0.647 90.909 87.013 0.647 LGA E 270 E 270 0.500 0 0.000 0.852 3.265 95.455 72.525 2.229 LGA K 271 K 271 0.302 0 0.042 0.650 3.783 100.000 68.687 3.454 LGA E 272 E 272 0.206 0 0.052 0.071 0.903 100.000 93.939 0.755 LGA Q 273 Q 273 0.269 0 0.033 0.083 0.826 100.000 93.939 0.587 LGA I 274 I 274 0.255 0 0.051 0.071 0.522 100.000 97.727 0.522 LGA V 275 V 275 0.106 0 0.014 0.021 0.289 100.000 100.000 0.240 LGA V 276 V 276 0.159 0 0.000 0.040 0.356 100.000 100.000 0.304 LGA Q 277 Q 277 0.180 0 0.046 0.641 3.206 100.000 75.960 3.206 LGA D 278 D 278 0.240 0 0.036 0.178 0.476 100.000 100.000 0.476 LGA A 279 A 279 0.194 0 0.022 0.047 0.252 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.164 0 0.039 0.257 0.739 100.000 92.727 0.739 LGA A 281 A 281 0.284 0 0.000 0.000 0.344 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.290 0 0.013 0.027 0.405 100.000 100.000 0.405 LGA I 283 I 283 0.407 0 0.045 0.065 0.731 95.455 95.455 0.461 LGA I 284 I 284 0.364 0 0.000 0.062 0.379 100.000 100.000 0.306 LGA D 285 D 285 0.475 0 0.030 0.214 1.012 100.000 91.136 1.012 LGA K 286 K 286 0.441 0 0.012 0.257 1.473 100.000 90.101 1.473 LGA E 287 E 287 0.578 0 0.030 0.200 0.991 86.364 85.859 0.221 LGA Q 288 Q 288 0.549 0 0.000 0.494 1.176 90.909 80.404 1.013 LGA F 289 F 289 0.254 0 0.036 0.123 0.684 100.000 93.388 0.674 LGA Q 290 Q 290 0.231 0 0.000 0.400 1.995 100.000 90.505 0.617 LGA Q 291 Q 291 0.272 0 0.000 0.223 0.749 100.000 95.960 0.749 LGA S 292 S 292 0.244 0 0.059 0.052 0.290 100.000 100.000 0.290 LGA Q 293 Q 293 0.293 0 0.042 0.237 0.822 95.455 91.919 0.822 LGA V 294 V 294 0.277 0 0.017 0.042 0.564 95.455 97.403 0.176 LGA K 295 K 295 0.562 0 0.051 0.200 0.975 86.364 83.838 0.601 LGA I 296 I 296 0.802 0 0.019 0.074 1.316 73.636 80.227 0.468 LGA A 297 A 297 1.239 0 0.146 0.174 2.067 62.727 63.273 - LGA N 298 N 298 1.615 0 0.069 0.628 3.606 38.636 46.591 1.609 LGA K 299 K 299 4.590 0 0.370 1.003 13.643 12.273 5.455 13.643 LGA V 300 V 300 3.059 0 0.047 0.046 4.475 18.636 14.545 3.639 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.912 0.885 1.923 87.404 81.065 65.852 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.91 96.481 98.402 13.334 LGA_LOCAL RMSD: 0.912 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.913 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.912 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.259177 * X + -0.672521 * Y + 0.693212 * Z + 156.609299 Y_new = -0.814214 * X + -0.538197 * Y + -0.217715 * Z + 152.251526 Z_new = 0.519503 * X + -0.507997 * Y + -0.687064 * Z + 138.491318 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -1.262622 -0.546269 -2.504927 [DEG: -72.3429 -31.2989 -143.5218 ] ZXZ: 1.266484 2.328237 2.344997 [DEG: 72.5642 133.3981 134.3584 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS425_4-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS425_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.91 98.402 0.91 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS425_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.193 186.946 153.647 1.00 85.10 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.461 187.699 154.676 1.00 85.07 C ATOM 1347 C GLY 165 150.939 187.527 154.633 1.00 86.56 C ATOM 1348 O GLY 165 150.213 188.322 155.226 1.00 83.85 O ATOM 1349 N LYS 166 150.433 186.503 153.938 1.00 86.99 N ATOM 1350 CA LYS 166 149.002 186.196 153.879 1.00 86.82 C ATOM 1351 C LYS 166 148.567 185.429 155.133 1.00 87.39 C ATOM 1352 O LYS 166 149.286 184.566 155.630 1.00 85.30 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.657 185.420 152.595 1.00 85.31 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.926 186.230 151.311 1.00 82.42 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.607 185.430 150.043 1.00 79.45 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.878 186.278 148.793 1.00 73.83 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.760 185.508 147.531 1.00 66.72 N ATOM 1358 N TRP 167 147.365 185.722 155.620 1.00 88.21 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.772 185.009 156.755 1.00 88.62 C ATOM 1360 C TRP 167 146.051 183.748 156.283 1.00 88.16 C ATOM 1361 O TRP 167 145.051 183.825 155.578 1.00 85.30 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.840 185.940 157.519 1.00 87.75 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.353 185.350 158.801 1.00 87.81 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.210 184.651 158.974 1.00 84.14 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 146.034 185.355 160.096 1.00 86.14 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 144.125 184.230 160.293 1.00 84.20 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.220 184.638 161.010 1.00 85.38 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.245 185.896 160.563 1.00 84.80 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.610 184.455 162.355 1.00 84.55 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