####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS419_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS419_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.02 1.02 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.02 1.02 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 133 165 - 298 0.94 1.03 LCS_AVERAGE: 98.41 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 133 135 135 82 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 133 135 135 73 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 133 135 135 72 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 133 135 135 17 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 133 135 135 12 37 118 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 133 135 135 4 81 115 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 133 135 135 82 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 133 135 135 82 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 133 135 135 82 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 133 135 135 82 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 133 135 135 82 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 133 135 135 82 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 133 135 135 82 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 133 135 135 82 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 133 135 135 27 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 133 135 135 3 4 23 78 119 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 133 135 135 67 106 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 133 135 135 57 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 133 135 135 16 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 133 135 135 40 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 133 135 135 81 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 133 135 135 82 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 133 135 135 82 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 133 135 135 82 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 133 135 135 82 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 133 135 135 82 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 133 135 135 82 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 133 135 135 82 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 133 135 135 82 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 133 135 135 82 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 133 135 135 82 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 133 135 135 82 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 133 135 135 82 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 133 135 135 82 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 133 135 135 82 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 133 135 135 82 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 133 135 135 82 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 133 135 135 82 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 133 135 135 82 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 133 135 135 82 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 133 135 135 75 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 133 135 135 75 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 133 135 135 34 108 121 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 133 135 135 12 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 133 135 135 15 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 133 135 135 13 107 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 133 135 135 34 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 133 135 135 3 37 78 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 133 135 135 3 7 25 42 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 133 135 135 61 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 133 135 135 79 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 133 135 135 82 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 133 135 135 82 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 133 135 135 82 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 133 135 135 82 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 133 135 135 82 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 133 135 135 75 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 133 135 135 82 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 133 135 135 36 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 133 135 135 8 107 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 133 135 135 55 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 128 135 135 4 4 7 107 121 126 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 119 135 135 0 3 58 121 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 99.47 ( 98.41 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 82 108 121 128 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 60.74 80.00 89.63 94.81 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.32 0.49 0.62 0.80 0.86 0.90 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 GDT RMS_ALL_AT 1.05 1.04 1.03 1.03 1.03 1.03 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 1.02 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.477 0 0.023 0.023 0.612 95.455 95.455 - LGA K 166 K 166 0.631 0 0.033 0.167 1.624 86.364 76.768 1.624 LGA W 167 W 167 0.622 0 0.071 0.285 1.817 81.818 72.987 1.817 LGA I 168 I 168 1.301 0 0.137 0.184 2.236 65.909 53.636 2.043 LGA S 169 S 169 1.768 0 0.052 0.718 5.956 55.000 39.697 5.956 LGA G 170 G 170 1.846 0 0.598 0.598 2.661 52.727 52.727 - LGA L 171 L 171 0.552 0 0.000 1.201 3.926 77.727 67.045 0.884 LGA A 172 A 172 0.684 0 0.068 0.070 0.857 90.909 89.091 - LGA P 173 P 173 0.130 0 0.054 0.328 1.340 100.000 92.468 1.340 LGA Y 174 Y 174 0.398 0 0.020 0.155 0.970 100.000 87.879 0.970 LGA G 175 G 175 0.205 0 0.045 0.045 0.270 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.220 0 0.000 0.137 0.452 100.000 100.000 0.452 LGA Q 177 Q 177 0.481 0 0.076 0.262 0.775 100.000 95.960 0.775 LGA L 178 L 178 0.521 0 0.047 0.070 1.113 90.909 84.318 1.113 LGA N 179 N 179 1.190 0 0.179 0.796 5.073 59.091 36.591 5.073 LGA K 180 K 180 4.061 0 0.246 0.941 13.497 15.909 7.071 13.497 LGA K 181 K 181 0.938 0 0.268 0.959 7.280 81.818 43.636 7.280 LGA T 182 T 182 0.910 0 0.053 1.138 3.433 74.545 63.896 3.433 LGA S 183 S 183 1.194 0 0.131 0.120 1.654 69.545 63.333 1.654 LGA K 184 K 184 1.039 0 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0.360 0 0.069 0.887 2.022 100.000 86.136 2.022 LGA I 201 I 201 0.186 0 0.056 0.046 0.438 100.000 100.000 0.438 LGA F 202 F 202 0.309 0 0.000 0.044 0.580 95.455 93.388 0.523 LGA L 203 L 203 0.606 0 0.084 0.145 1.500 95.455 80.682 1.461 LGA N 204 N 204 0.187 0 0.039 0.194 1.226 100.000 89.091 1.192 LGA G 205 G 205 0.628 0 0.045 0.045 0.647 81.818 81.818 - LGA L 206 L 206 0.660 0 0.067 0.115 1.238 77.727 86.591 0.328 LGA N 207 N 207 1.364 0 0.058 0.138 1.924 61.818 56.364 1.702 LGA G 208 G 208 1.434 0 0.000 0.000 1.608 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.469 0 0.076 0.189 1.827 65.455 57.374 1.790 LGA D 210 D 210 1.435 0 0.056 0.862 2.623 65.455 60.909 2.623 LGA Y 211 Y 211 1.389 0 0.091 0.326 1.489 65.455 65.455 1.011 LGA S 212 S 212 2.075 0 0.721 0.787 5.907 39.545 28.182 5.907 LGA Y 213 Y 213 2.957 0 0.150 1.626 14.765 38.636 13.030 14.765 LGA A 215 A 215 0.938 0 0.162 0.170 2.009 86.364 76.727 - LGA I 216 I 216 0.509 0 0.013 0.152 0.699 90.909 86.364 0.640 LGA A 217 A 217 0.483 0 0.034 0.052 0.532 90.909 92.727 - LGA S 218 S 218 0.694 0 0.055 0.093 1.529 90.909 80.000 1.529 LGA H 219 H 219 0.439 0 0.037 0.060 0.556 100.000 89.091 0.531 LGA L 220 L 220 0.354 0 0.019 0.083 0.355 100.000 100.000 0.343 LGA T 221 T 221 0.259 0 0.000 0.036 0.372 100.000 100.000 0.372 LGA N 222 N 222 0.258 0 0.036 0.122 0.638 100.000 95.455 0.638 LGA L 223 L 223 0.515 0 0.043 0.083 0.771 90.909 86.364 0.757 LGA Q 224 Q 224 0.273 0 0.083 0.805 4.171 100.000 68.485 4.171 LGA I 225 I 225 0.576 0 0.057 0.082 0.647 86.364 86.364 0.445 LGA P 226 P 226 0.420 0 0.071 0.067 0.671 95.455 92.208 0.614 LGA T 227 T 227 0.204 0 0.069 0.168 0.506 100.000 97.403 0.200 LGA P 228 P 228 0.628 0 0.138 0.154 0.654 86.364 87.013 0.535 LGA S 229 S 229 0.655 0 0.068 0.070 0.931 90.909 87.879 0.931 LGA G 230 G 230 0.468 0 0.093 0.093 0.808 95.455 95.455 - LGA K 231 K 231 0.463 0 0.087 0.718 3.315 86.818 78.990 3.315 LGA K 232 K 232 0.369 0 0.157 0.923 4.176 95.455 69.293 4.176 LGA R 233 R 233 0.242 0 0.085 1.442 8.446 100.000 50.248 8.446 LGA W 234 W 234 0.288 0 0.041 0.113 0.593 100.000 97.403 0.457 LGA N 235 N 235 0.455 0 0.015 0.718 1.741 90.909 82.727 1.741 LGA Q 236 Q 236 0.409 0 0.067 0.967 2.814 100.000 84.040 1.421 LGA Y 237 Y 237 0.596 0 0.082 0.423 1.924 86.364 75.303 1.924 LGA T 238 T 238 0.578 0 0.047 0.203 0.826 90.909 89.610 0.826 LGA I 239 I 239 0.338 0 0.044 0.082 0.486 100.000 100.000 0.486 LGA K 240 K 240 0.439 0 0.062 0.637 4.318 100.000 72.525 4.318 LGA A 241 A 241 0.596 0 0.050 0.059 0.842 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.625 0 0.020 0.060 1.173 86.364 77.955 1.173 LGA L 243 L 243 0.301 0 0.007 0.129 0.455 100.000 100.000 0.376 LGA Q 244 Q 244 0.279 0 0.089 0.303 1.785 100.000 81.212 1.536 LGA N 245 N 245 0.203 0 0.000 0.121 0.941 100.000 95.455 0.376 LGA E 246 E 246 0.159 0 0.000 0.668 2.382 100.000 82.424 2.154 LGA V 247 V 247 0.234 0 0.035 0.089 0.335 100.000 100.000 0.270 LGA Y 248 Y 248 0.212 0 0.018 0.119 1.124 100.000 88.030 1.124 LGA I 249 I 249 0.232 0 0.072 0.089 0.778 95.455 97.727 0.162 LGA G 250 G 250 0.184 0 0.029 0.029 0.184 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.315 0 0.070 0.099 0.552 95.455 97.403 0.309 LGA V 252 V 252 0.206 0 0.038 0.116 0.716 95.455 94.805 0.548 LGA K 253 K 253 0.433 0 0.049 0.248 0.708 100.000 93.939 0.459 LGA Y 254 Y 254 0.602 0 0.045 0.362 2.455 81.818 70.303 2.455 LGA K 255 K 255 1.146 0 0.036 0.095 1.379 69.545 67.273 1.379 LGA V 256 V 256 1.153 0 0.115 0.121 1.294 69.545 67.792 1.294 LGA R 257 R 257 1.370 0 0.030 1.044 4.809 61.818 47.273 3.448 LGA E 258 E 258 1.371 0 0.115 0.920 4.775 55.000 42.424 4.775 LGA K 259 K 259 1.918 0 0.009 0.099 3.162 50.909 37.980 3.162 LGA T 260 T 260 1.671 0 0.008 0.081 2.099 47.727 49.091 1.669 LGA K 261 K 261 2.438 0 0.082 0.935 7.885 30.455 19.596 7.885 LGA D 262 D 262 2.579 0 0.042 0.972 4.159 30.000 24.091 4.159 LGA G 263 G 263 2.493 0 0.112 0.112 2.539 35.455 35.455 - LGA K 264 K 264 1.992 0 0.000 0.504 2.079 47.727 50.101 0.831 LGA R 265 R 265 1.916 0 0.023 1.052 4.585 54.545 47.769 4.585 LGA T 266 T 266 1.348 0 0.034 0.080 1.535 61.818 65.714 1.126 LGA I 267 I 267 1.164 0 0.018 0.104 1.714 73.636 67.727 1.714 LGA R 268 R 268 0.658 0 0.000 0.968 2.556 81.818 68.430 2.419 LGA P 269 P 269 0.455 0 0.026 0.033 0.559 100.000 94.805 0.559 LGA E 270 E 270 0.378 0 0.020 0.865 3.363 100.000 74.545 2.414 LGA K 271 K 271 0.387 0 0.064 0.642 4.122 100.000 65.859 3.910 LGA E 272 E 272 0.239 0 0.117 0.170 0.655 100.000 97.980 0.360 LGA Q 273 Q 273 0.482 0 0.029 0.105 0.937 100.000 91.919 0.729 LGA I 274 I 274 0.274 0 0.054 0.070 0.388 100.000 100.000 0.218 LGA V 275 V 275 0.080 0 0.044 0.103 0.515 95.455 97.403 0.231 LGA V 276 V 276 0.206 0 0.000 0.043 0.414 100.000 100.000 0.414 LGA Q 277 Q 277 0.206 0 0.056 0.734 3.700 100.000 77.778 3.700 LGA D 278 D 278 0.478 0 0.082 0.100 0.818 95.455 88.636 0.684 LGA A 279 A 279 0.039 0 0.057 0.063 0.231 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.318 0 0.046 0.194 0.628 100.000 96.364 0.533 LGA A 281 A 281 0.498 0 0.000 0.000 0.649 95.455 92.727 - LGA P 282 P 282 0.351 0 0.033 0.038 0.439 100.000 100.000 0.423 LGA I 283 I 283 0.326 0 0.083 0.115 0.669 95.455 93.182 0.669 LGA I 284 I 284 0.199 0 0.000 0.055 0.330 100.000 100.000 0.200 LGA D 285 D 285 0.300 0 0.050 0.914 3.178 100.000 74.545 3.178 LGA K 286 K 286 0.319 0 0.017 0.285 1.696 100.000 90.505 1.696 LGA E 287 E 287 0.492 0 0.048 0.353 1.278 100.000 92.121 1.278 LGA Q 288 Q 288 0.367 0 0.000 0.531 1.893 100.000 81.414 1.159 LGA F 289 F 289 0.245 0 0.038 0.139 0.584 100.000 95.041 0.532 LGA Q 290 Q 290 0.509 0 0.050 1.199 3.417 95.455 69.091 3.417 LGA Q 291 Q 291 0.323 0 0.035 0.133 0.515 100.000 97.980 0.515 LGA S 292 S 292 0.423 0 0.112 0.687 2.202 95.455 83.636 2.202 LGA Q 293 Q 293 0.535 0 0.044 0.268 0.928 86.364 85.859 0.928 LGA V 294 V 294 0.722 0 0.024 0.065 1.149 86.364 79.740 1.029 LGA K 295 K 295 0.267 0 0.042 0.245 0.756 90.909 93.939 0.515 LGA I 296 I 296 1.115 0 0.036 0.081 1.887 65.909 65.909 1.282 LGA A 297 A 297 1.421 0 0.088 0.100 2.007 58.636 60.000 - LGA N 298 N 298 1.074 0 0.093 0.575 2.938 53.182 63.636 1.521 LGA K 299 K 299 4.135 0 0.446 0.983 14.853 24.545 10.909 14.853 LGA V 300 V 300 2.433 0 0.148 0.140 4.537 30.455 19.221 4.385 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.023 1.001 1.931 85.222 78.309 61.665 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.02 93.704 97.047 12.017 LGA_LOCAL RMSD: 1.023 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.023 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.023 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.345633 * X + -0.900031 * Y + -0.265484 * Z + 160.362015 Y_new = -0.225547 * X + -0.354309 * Y + 0.907521 * Z + 146.385620 Z_new = -0.910860 * X + -0.253790 * Y + -0.325460 * Z + 144.017151 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -0.578175 1.145363 -2.479299 [DEG: -33.1270 65.6245 -142.0533 ] ZXZ: -2.856996 1.902295 -1.842531 [DEG: -163.6938 108.9935 -105.5693 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS419_5-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS419_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.02 97.047 1.02 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS419_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 153.220 186.988 153.860 1.00 86.78 N ATOM 2718 CA GLY 165 152.521 187.794 154.844 1.00 86.78 C ATOM 2719 C GLY 165 151.027 187.513 154.906 1.00 86.78 C ATOM 2720 O GLY 165 150.277 188.300 155.488 1.00 86.78 O ATOM 2724 N LYS 166 150.554 186.444 154.250 1.00 88.44 N ATOM 2725 CA LYS 166 149.135 186.148 154.276 1.00 88.44 C ATOM 2726 C LYS 166 148.753 185.461 155.568 1.00 88.44 C ATOM 2727 O LYS 166 149.530 184.689 156.137 1.00 88.44 O ATOM 2728 CB LYS 166 148.757 185.320 153.055 1.00 88.44 C ATOM 2729 CG LYS 166 148.912 186.116 151.762 1.00 88.44 C ATOM 2730 CD LYS 166 148.581 185.321 150.503 1.00 88.44 C ATOM 2731 CE LYS 166 148.709 186.215 149.273 1.00 88.44 C ATOM 2732 NZ LYS 166 148.370 185.506 148.005 1.00 88.44 N ATOM 2746 N TRP 167 147.555 185.758 156.041 1.00 91.01 N ATOM 2747 CA TRP 167 147.054 185.141 157.242 1.00 91.01 C ATOM 2748 C TRP 167 146.442 183.827 156.812 1.00 91.01 C ATOM 2749 O TRP 167 145.595 183.791 155.919 1.00 91.01 O ATOM 2750 CB TRP 167 146.022 186.035 157.893 1.00 91.01 C ATOM 2751 CG TRP 167 145.659 185.623 159.260 1.00 91.01 C ATOM 2752 CD1 TRP 167 144.535 184.997 159.720 1.00 91.01 C ATOM 2753 CD2 TRP 167 146.494 185.846 160.402 1.00 91.01 C ATOM 2754 NE1 TRP 167 144.632 184.822 161.077 1.00 91.01 N ATOM 2755 CE2 TRP 167 145.833 185.331 161.502 1.00 91.01 C ATOM 2756 CE3 TRP 167 147.736 186.441 160.569 1.00 91.01 C ATOM 2757 CZ2 TRP 167 146.389 185.383 162.773 1.00 91.01 C ATOM 2758 CZ3 TRP 167 148.291 186.504 161.829 1.00 91.01 C ATOM 2759 CH2 TRP 167 147.637 185.988 162.905 1.00 91.01 C ATOM 2770 N ILE 168 146.903 182.746 157.408 1.00 86.77 N ATOM 2771 CA ILE 168 146.467 181.421 157.003 1.00 86.77 C ATOM 2772 C ILE 168 145.438 180.763 157.922 1.00 86.77 C ATOM 2773 O ILE 168 144.656 179.926 157.463 1.00 86.77 O ATOM 2774 CB ILE 168 147.688 180.536 156.747 1.00 86.77 C ATOM 2775 CG1 ILE 168 148.634 181.236 155.686 1.00 86.77 C ATOM 2776 CG2 ILE 168 147.288 179.154 156.280 1.00 86.77 C ATOM 2777 CD1 ILE 168 148.038 181.617 154.328 1.00 86.77 C ATOM 2789 N SER 169 145.500 181.041 159.220 1.00 84.35 N ATOM 2790 CA SER 169 144.618 180.371 160.164 1.00 84.35 C ATOM 2791 C SER 169 143.161 180.783 159.943 1.00 84.35 C ATOM 2792 O SER 169 142.863 181.806 159.326 1.00 84.35 O ATOM 2793 CB SER 169 145.067 180.665 161.583 1.00 84.35 C ATOM 2794 OG SER 169 144.888 182.009 161.891 1.00 84.35 O ATOM 2800 N GLY 170 142.235 179.969 160.459 1.00 80.81 N ATOM 2801 CA 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