####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS419_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS419_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.98 0.98 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 79 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 71 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 78 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 67 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 11 110 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 48 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 48 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 69 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 79 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 79 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 79 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 79 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 79 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 79 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 4 108 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 28 48 61 121 129 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 7 102 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 54 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 63 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 32 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 72 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 79 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 79 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 79 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 79 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 79 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 79 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 79 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 79 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 79 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 79 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 79 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 79 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 79 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 79 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 79 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 79 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 79 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 79 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 79 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 79 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 79 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 57 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 42 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 42 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 8 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 30 110 123 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 28 111 127 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 6 20 42 111 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 22 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 77 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 79 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 79 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 79 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 79 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 79 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 79 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 79 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 52 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 50 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 69 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 25 52 97 123 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 0 3 48 99 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 79 111 124 130 132 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 58.52 82.22 91.85 96.30 97.78 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.50 0.66 0.78 0.82 0.86 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 GDT RMS_ALL_AT 0.99 1.01 0.99 0.99 0.99 0.99 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 0.98 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.500 0 0.000 0.000 0.961 90.909 90.909 - LGA K 166 K 166 0.876 0 0.039 0.242 1.367 81.818 80.000 1.367 LGA W 167 W 167 0.647 0 0.059 0.185 0.943 81.818 81.818 0.568 LGA I 168 I 168 1.061 0 0.017 0.651 3.495 69.545 56.136 3.495 LGA S 169 S 169 1.337 0 0.252 0.643 4.801 64.091 47.576 4.801 LGA G 170 G 170 1.008 0 0.147 0.147 1.438 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 1.087 0 0.000 1.238 4.773 73.636 56.364 1.585 LGA A 172 A 172 0.666 0 0.037 0.030 0.854 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.407 0 0.059 0.317 0.929 95.455 94.805 0.929 LGA Y 174 Y 174 0.467 0 0.000 0.159 0.896 95.455 86.364 0.881 LGA G 175 G 175 0.120 0 0.040 0.040 0.192 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.279 0 0.022 0.152 0.708 100.000 90.909 0.556 LGA Q 177 Q 177 0.329 0 0.063 0.089 0.438 100.000 100.000 0.432 LGA L 178 L 178 0.353 0 0.067 0.130 0.574 90.909 93.182 0.557 LGA N 179 N 179 1.339 0 0.186 0.744 5.191 59.091 35.682 5.191 LGA K 180 K 180 4.065 0 0.241 0.935 13.507 16.364 7.273 13.507 LGA K 181 K 181 1.509 0 0.225 0.962 7.593 65.909 34.343 7.593 LGA T 182 T 182 0.976 0 0.044 1.123 3.550 77.727 64.935 3.550 LGA S 183 S 183 0.942 0 0.213 0.186 1.243 77.727 73.636 1.190 LGA K 184 K 184 1.315 0 0.042 0.770 2.521 65.455 59.596 2.521 LGA L 185 L 185 0.727 0 0.039 0.080 0.990 81.818 81.818 0.959 LGA D 186 D 186 0.458 0 0.062 0.090 0.775 95.455 90.909 0.565 LGA P 187 P 187 0.415 0 0.000 0.360 0.691 95.455 92.208 0.660 LGA V 188 V 188 0.427 0 0.000 0.045 0.788 95.455 89.610 0.548 LGA E 189 E 189 0.326 0 0.000 0.380 0.996 100.000 91.919 0.996 LGA D 190 D 190 0.184 0 0.067 0.124 0.320 100.000 100.000 0.320 LGA E 191 E 191 0.103 0 0.076 0.112 0.307 100.000 100.000 0.077 LGA A 192 A 192 0.175 0 0.011 0.015 0.249 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.119 0 0.034 0.695 2.609 100.000 83.838 2.609 LGA V 194 V 194 0.123 0 0.047 0.057 0.285 100.000 100.000 0.285 LGA V 195 V 195 0.196 0 0.001 0.060 0.227 100.000 100.000 0.113 LGA Q 196 Q 196 0.226 0 0.031 0.242 0.957 100.000 93.939 0.817 LGA L 197 L 197 0.318 0 0.021 0.080 0.387 100.000 100.000 0.310 LGA I 198 I 198 0.169 0 0.100 0.115 0.454 100.000 100.000 0.318 LGA F 199 F 199 0.239 0 0.037 0.131 0.507 100.000 98.347 0.263 LGA N 200 N 200 0.191 0 0.079 0.974 2.180 100.000 86.136 1.800 LGA I 201 I 201 0.197 0 0.054 0.043 0.507 100.000 97.727 0.507 LGA F 202 F 202 0.164 0 0.000 0.056 0.349 100.000 100.000 0.307 LGA L 203 L 203 0.122 0 0.061 0.150 0.411 100.000 100.000 0.218 LGA N 204 N 204 0.087 0 0.052 0.184 1.038 100.000 91.136 0.913 LGA G 205 G 205 0.480 0 0.046 0.046 0.533 90.909 90.909 - LGA L 206 L 206 0.426 0 0.062 0.125 0.915 86.364 88.636 0.576 LGA N 207 N 207 1.088 0 0.055 0.137 1.620 69.545 65.682 1.455 LGA G 208 G 208 1.050 0 0.000 0.000 1.211 69.545 69.545 - LGA K 209 K 209 1.145 0 0.093 0.263 1.798 69.545 64.040 1.798 LGA D 210 D 210 1.217 0 0.167 0.880 2.151 73.636 62.500 1.959 LGA Y 211 Y 211 1.499 0 0.116 0.281 1.593 65.455 64.242 1.243 LGA S 212 S 212 2.020 0 0.717 0.784 5.764 39.545 28.182 5.764 LGA Y 213 Y 213 3.082 0 0.143 1.653 15.001 33.636 11.364 15.001 LGA A 215 A 215 0.970 0 0.155 0.163 2.032 86.364 76.727 - LGA I 216 I 216 0.554 0 0.029 0.167 0.794 81.818 81.818 0.794 LGA A 217 A 217 0.518 0 0.039 0.056 0.570 86.364 89.091 - LGA S 218 S 218 0.775 0 0.054 0.095 1.632 81.818 73.939 1.632 LGA H 219 H 219 0.476 0 0.042 0.076 0.580 95.455 89.091 0.503 LGA L 220 L 220 0.390 0 0.018 0.077 0.438 100.000 100.000 0.330 LGA T 221 T 221 0.354 0 0.016 0.040 0.453 100.000 100.000 0.453 LGA N 222 N 222 0.366 0 0.036 0.120 0.730 100.000 93.182 0.730 LGA L 223 L 223 0.502 0 0.036 0.086 0.743 90.909 86.364 0.697 LGA Q 224 Q 224 0.353 0 0.083 0.807 4.160 100.000 68.485 4.160 LGA I 225 I 225 0.681 0 0.055 0.080 0.723 81.818 81.818 0.503 LGA P 226 P 226 0.536 0 0.074 0.073 0.789 90.909 87.013 0.731 LGA T 227 T 227 0.136 0 0.071 0.170 0.476 100.000 100.000 0.192 LGA P 228 P 228 0.598 0 0.139 0.159 0.633 86.364 89.610 0.495 LGA S 229 S 229 0.618 0 0.066 0.070 0.890 90.909 87.879 0.890 LGA G 230 G 230 0.514 0 0.090 0.090 0.878 86.364 86.364 - LGA K 231 K 231 0.509 0 0.091 0.712 3.293 82.273 76.970 3.293 LGA K 232 K 232 0.345 0 0.170 0.927 3.984 95.455 71.111 3.984 LGA R 233 R 233 0.260 0 0.090 1.458 8.622 100.000 50.248 8.622 LGA W 234 W 234 0.324 0 0.036 0.111 0.579 100.000 97.403 0.441 LGA N 235 N 235 0.462 0 0.023 0.712 1.847 90.909 80.455 1.847 LGA Q 236 Q 236 0.453 0 0.064 0.945 2.734 100.000 82.020 1.483 LGA Y 237 Y 237 0.630 0 0.076 0.443 2.001 86.364 74.242 2.001 LGA T 238 T 238 0.564 0 0.046 0.207 0.863 90.909 89.610 0.863 LGA I 239 I 239 0.295 0 0.049 0.090 0.462 100.000 100.000 0.462 LGA K 240 K 240 0.495 0 0.051 0.649 4.925 100.000 67.879 4.925 LGA A 241 A 241 0.618 0 0.047 0.058 0.869 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.560 0 0.026 0.062 1.097 95.455 86.591 1.097 LGA L 243 L 243 0.251 0 0.023 0.145 0.481 100.000 100.000 0.358 LGA Q 244 Q 244 0.245 0 0.087 0.303 1.684 100.000 82.828 1.464 LGA N 245 N 245 0.227 0 0.000 0.124 1.016 100.000 93.409 0.375 LGA E 246 E 246 0.157 0 0.011 0.597 2.183 100.000 82.424 2.126 LGA V 247 V 247 0.266 0 0.019 0.077 0.392 100.000 100.000 0.344 LGA Y 248 Y 248 0.222 0 0.017 0.117 1.147 100.000 88.030 1.147 LGA I 249 I 249 0.283 0 0.073 0.097 0.787 95.455 97.727 0.272 LGA G 250 G 250 0.125 0 0.034 0.034 0.125 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.495 0 0.072 0.100 0.783 90.909 89.610 0.495 LGA V 252 V 252 0.439 0 0.037 0.145 0.960 90.909 89.610 0.945 LGA K 253 K 253 0.428 0 0.056 0.242 0.796 90.909 89.899 0.625 LGA Y 254 Y 254 0.755 0 0.045 0.357 2.742 81.818 65.758 2.742 LGA K 255 K 255 1.126 0 0.027 0.100 1.891 73.636 67.475 1.891 LGA V 256 V 256 1.020 0 0.105 0.113 1.301 69.545 67.792 1.301 LGA R 257 R 257 1.261 0 0.035 1.052 5.231 65.455 44.793 3.692 LGA E 258 E 258 1.222 0 0.166 1.036 4.853 55.000 38.586 4.853 LGA K 259 K 259 1.974 0 0.022 0.105 3.157 50.909 36.970 3.157 LGA T 260 T 260 1.837 0 0.021 0.072 2.200 47.727 49.091 1.831 LGA K 261 K 261 2.195 0 0.030 0.902 7.553 38.636 24.646 7.553 LGA D 262 D 262 2.233 0 0.083 0.356 2.507 38.182 41.818 2.507 LGA G 263 G 263 2.245 0 0.032 0.032 2.283 38.182 38.182 - LGA K 264 K 264 2.100 0 0.014 0.490 2.927 44.545 41.616 1.241 LGA R 265 R 265 1.685 0 0.066 1.061 4.659 58.182 48.430 4.659 LGA T 266 T 266 1.226 0 0.034 0.083 1.378 65.455 67.792 1.023 LGA I 267 I 267 0.994 0 0.012 0.103 1.941 77.727 67.955 1.941 LGA R 268 R 268 0.304 0 0.000 0.972 3.483 90.909 73.719 1.527 LGA P 269 P 269 1.013 0 0.043 0.039 1.126 77.727 74.805 1.031 LGA E 270 E 270 0.873 0 0.009 0.861 3.112 81.818 60.202 2.772 LGA K 271 K 271 1.114 0 0.076 0.706 5.438 69.545 44.242 5.438 LGA E 272 E 272 0.878 0 0.115 0.152 2.150 81.818 66.465 2.150 LGA Q 273 Q 273 0.293 0 0.042 0.116 1.112 100.000 92.121 0.861 LGA I 274 I 274 0.277 0 0.055 0.064 0.578 100.000 97.727 0.578 LGA V 275 V 275 0.081 0 0.047 0.110 0.658 95.455 97.403 0.444 LGA V 276 V 276 0.203 0 0.000 0.063 0.362 100.000 100.000 0.362 LGA Q 277 Q 277 0.138 0 0.055 0.712 3.451 100.000 80.000 3.451 LGA D 278 D 278 0.393 0 0.081 0.097 0.782 95.455 88.636 0.604 LGA A 279 A 279 0.091 0 0.060 0.066 0.189 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.262 0 0.046 0.202 0.602 100.000 98.182 0.473 LGA A 281 A 281 0.474 0 0.000 0.000 0.648 100.000 96.364 - LGA P 282 P 282 0.334 0 0.031 0.037 0.408 100.000 100.000 0.392 LGA I 283 I 283 0.294 0 0.079 0.118 0.637 95.455 95.455 0.637 LGA I 284 I 284 0.154 0 0.016 0.057 0.206 100.000 100.000 0.058 LGA D 285 D 285 0.168 0 0.065 0.425 1.249 100.000 93.409 1.249 LGA K 286 K 286 0.259 0 0.028 0.281 1.671 100.000 90.505 1.671 LGA E 287 E 287 0.332 0 0.048 0.360 1.429 100.000 94.141 1.429 LGA Q 288 Q 288 0.323 0 0.000 0.342 2.232 100.000 80.202 2.232 LGA F 289 F 289 0.227 0 0.039 0.115 0.504 100.000 98.347 0.455 LGA Q 290 Q 290 0.407 0 0.046 1.192 3.483 100.000 73.131 3.483 LGA Q 291 Q 291 0.233 0 0.044 0.149 0.547 100.000 97.980 0.547 LGA S 292 S 292 0.359 0 0.110 0.691 2.269 100.000 86.667 2.269 LGA Q 293 Q 293 0.440 0 0.052 0.258 0.915 90.909 89.899 0.915 LGA V 294 V 294 0.499 0 0.009 0.067 0.772 95.455 89.610 0.686 LGA K 295 K 295 0.292 0 0.038 0.296 1.071 95.455 92.121 1.071 LGA I 296 I 296 0.930 0 0.029 0.076 1.649 73.636 69.773 1.200 LGA A 297 A 297 1.011 0 0.091 0.103 1.449 69.545 68.727 - LGA N 298 N 298 0.961 0 0.119 0.391 2.849 57.273 63.409 1.223 LGA K 299 K 299 3.706 0 0.437 0.962 13.689 28.636 12.727 13.689 LGA V 300 V 300 2.531 0 0.141 0.162 4.638 30.000 18.961 4.438 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.983 0.953 1.913 85.249 78.491 62.002 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.98 94.630 97.492 12.471 LGA_LOCAL RMSD: 0.983 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.983 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.983 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.767863 * X + -0.068376 * Y + 0.636954 * Z + 155.880753 Y_new = 0.633379 * X + -0.230038 * Y + 0.738859 * Z + 152.669037 Z_new = 0.096004 * X + 0.970777 * Y + 0.219946 * Z + 140.947311 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.451876 -0.096152 1.347991 [DEG: 140.4821 -5.5091 77.2342 ] ZXZ: 2.430128 1.349037 0.098573 [DEG: 139.2361 77.2941 5.6478 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS419_3-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS419_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.98 97.492 0.98 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS419_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 153.422 186.701 154.042 1.00 85.58 N ATOM 2718 CA GLY 165 152.657 187.355 155.089 1.00 85.58 C ATOM 2719 C GLY 165 151.165 187.069 155.036 1.00 85.58 C ATOM 2720 O GLY 165 150.379 187.783 155.660 1.00 85.58 O ATOM 2724 N LYS 166 150.740 186.049 154.286 1.00 86.31 N ATOM 2725 CA LYS 166 149.318 185.767 154.203 1.00 86.31 C ATOM 2726 C LYS 166 148.791 185.068 155.449 1.00 86.31 C ATOM 2727 O LYS 166 149.500 184.297 156.106 1.00 86.31 O ATOM 2728 CB LYS 166 149.016 184.998 152.917 1.00 86.31 C ATOM 2729 CG LYS 166 149.227 185.880 151.654 1.00 86.31 C ATOM 2730 CD LYS 166 148.917 185.163 150.333 1.00 86.31 C ATOM 2731 CE LYS 166 148.970 186.163 149.153 1.00 86.31 C ATOM 2732 NZ LYS 166 148.607 185.541 147.838 1.00 86.31 N ATOM 2746 N TRP 167 147.535 185.357 155.776 1.00 88.10 N ATOM 2747 CA TRP 167 146.858 184.733 156.897 1.00 88.10 C ATOM 2748 C TRP 167 146.226 183.441 156.427 1.00 88.10 C ATOM 2749 O TRP 167 145.269 183.434 155.653 1.00 88.10 O ATOM 2750 CB TRP 167 145.794 185.657 157.456 1.00 88.10 C ATOM 2751 CG TRP 167 145.094 185.088 158.624 1.00 88.10 C ATOM 2752 CD1 TRP 167 143.870 184.492 158.650 1.00 88.10 C ATOM 2753 CD2 TRP 167 145.585 185.039 159.965 1.00 88.10 C ATOM 2754 NE1 TRP 167 143.573 184.091 159.910 1.00 88.10 N ATOM 2755 CE2 TRP 167 144.601 184.413 160.732 1.00 88.10 C ATOM 2756 CE3 TRP 167 146.767 185.469 160.574 1.00 88.10 C ATOM 2757 CZ2 TRP 167 144.752 184.204 162.072 1.00 88.10 C ATOM 2758 CZ3 TRP 167 146.927 185.256 161.923 1.00 88.10 C ATOM 2759 CH2 TRP 167 145.945 184.638 162.656 1.00 88.10 C ATOM 2770 N ILE 168 146.780 182.346 156.919 1.00 83.47 N ATOM 2771 CA ILE 168 146.420 181.001 156.497 1.00 83.47 C ATOM 2772 C ILE 168 145.674 180.198 157.561 1.00 83.47 C ATOM 2773 O ILE 168 145.280 179.056 157.330 1.00 83.47 O ATOM 2774 CB ILE 168 147.736 180.334 156.059 1.00 83.47 C ATOM 2775 CG1 ILE 168 148.229 181.092 154.819 1.00 83.47 C ATOM 2776 CG2 ILE 168 147.587 178.830 155.762 1.00 83.47 C ATOM 2777 CD1 ILE 168 149.598 180.809 154.466 1.00 83.47 C ATOM 2789 N SER 169 145.501 180.787 158.729 1.00 80.76 N ATOM 2790 CA SER 169 144.897 180.076 159.842 1.00 80.76 C ATOM 2791 C SER 169 143.395 180.292 160.004 1.00 80.76 C ATOM 2792 O SER 169 142.636 180.340 159.031 1.00 80.76 O ATOM 2793 CB SER 169 145.623 180.453 161.120 1.00 80.76 C ATOM 2794 OG SER 169 145.156 179.699 162.210 1.00 80.76 O ATOM 2800 N GLY 170 142.960 180.393 161.250 1.00 76.40 N ATOM 2801 CA 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