####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS419_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS419_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.00 1.00 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.00 1.00 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.00 1.00 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 75 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 66 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 71 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 60 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 11 25 118 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 49 93 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 33 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 64 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 66 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 64 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 75 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 75 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 75 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 75 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 17 90 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 33 58 78 122 130 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 44 99 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 48 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 50 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 32 105 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 60 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 71 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 71 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 75 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 75 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 75 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 75 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 75 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 75 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 75 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 75 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 75 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 75 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 75 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 75 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 75 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 75 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 75 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 75 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 75 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 63 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 60 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 75 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 73 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 75 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 72 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 65 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 65 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 75 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 51 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 63 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 75 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 8 86 115 126 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 9 51 98 117 131 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 75 106 122 128 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 55.56 78.52 90.37 94.81 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.33 0.48 0.68 0.79 0.87 0.94 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 GDT RMS_ALL_AT 1.01 1.01 1.03 1.01 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.382 0 0.008 0.008 0.874 90.909 90.909 - LGA K 166 K 166 0.810 0 0.037 0.213 1.291 81.818 80.000 1.291 LGA W 167 W 167 0.636 0 0.045 0.212 0.941 81.818 87.013 0.501 LGA I 168 I 168 1.085 0 0.053 0.680 3.889 65.909 51.818 3.889 LGA S 169 S 169 1.588 0 0.137 0.210 4.515 63.182 45.455 4.515 LGA G 170 G 170 1.235 0 0.248 0.248 1.246 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 0.957 0 0.015 1.248 4.373 86.364 66.591 1.225 LGA A 172 A 172 0.738 0 0.062 0.067 0.878 81.818 81.818 - LGA P 173 P 173 0.669 0 0.060 0.322 0.850 81.818 84.416 0.850 LGA Y 174 Y 174 0.663 0 0.031 0.164 0.995 90.909 84.848 0.921 LGA G 175 G 175 0.307 0 0.033 0.033 0.366 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.448 0 0.026 0.156 0.765 100.000 89.394 0.612 LGA Q 177 Q 177 0.457 0 0.061 0.088 0.723 95.455 89.899 0.723 LGA L 178 L 178 0.493 0 0.061 0.116 0.746 90.909 90.909 0.746 LGA N 179 N 179 1.295 0 0.186 0.752 5.086 59.091 35.682 5.086 LGA K 180 K 180 3.941 0 0.204 0.925 13.400 20.455 9.091 13.400 LGA K 181 K 181 1.377 0 0.246 0.951 7.304 69.545 35.960 7.304 LGA T 182 T 182 0.912 0 0.043 1.124 3.546 77.727 67.013 3.546 LGA S 183 S 183 0.867 0 0.212 0.188 1.168 77.727 73.636 1.154 LGA K 184 K 184 1.250 0 0.041 0.765 2.580 65.455 57.980 2.580 LGA L 185 L 185 0.808 0 0.038 0.075 1.117 77.727 77.727 1.034 LGA D 186 D 186 0.577 0 0.060 0.088 0.705 81.818 81.818 0.612 LGA P 187 P 187 0.585 0 0.000 0.363 0.832 81.818 87.013 0.396 LGA V 188 V 188 0.504 0 0.000 0.044 0.963 86.364 84.416 0.641 LGA E 189 E 189 0.274 0 0.000 0.382 0.998 100.000 91.919 0.958 LGA D 190 D 190 0.169 0 0.064 0.124 0.355 100.000 100.000 0.355 LGA E 191 E 191 0.106 0 0.073 0.120 0.506 100.000 97.980 0.231 LGA A 192 A 192 0.239 0 0.012 0.016 0.288 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.135 0 0.034 0.694 2.585 100.000 83.838 2.585 LGA V 194 V 194 0.177 0 0.046 0.061 0.354 100.000 100.000 0.354 LGA V 195 V 195 0.233 0 0.023 0.066 0.250 100.000 100.000 0.197 LGA Q 196 Q 196 0.248 0 0.041 0.252 0.983 100.000 93.939 0.819 LGA L 197 L 197 0.299 0 0.029 0.088 0.365 100.000 100.000 0.204 LGA I 198 I 198 0.213 0 0.097 0.118 0.439 100.000 100.000 0.412 LGA F 199 F 199 0.278 0 0.038 0.128 0.588 100.000 96.694 0.344 LGA N 200 N 200 0.175 0 0.078 0.964 2.004 100.000 86.136 2.004 LGA I 201 I 201 0.074 0 0.047 0.043 0.238 100.000 100.000 0.238 LGA F 202 F 202 0.193 0 0.000 0.079 0.608 100.000 95.041 0.604 LGA L 203 L 203 0.230 0 0.058 0.160 0.588 100.000 97.727 0.388 LGA N 204 N 204 0.158 0 0.057 0.195 1.103 95.455 88.864 0.975 LGA G 205 G 205 0.835 0 0.043 0.043 0.857 81.818 81.818 - LGA L 206 L 206 0.948 0 0.070 0.148 1.532 65.909 78.409 0.407 LGA N 207 N 207 1.771 0 0.051 0.162 2.228 51.364 49.545 1.938 LGA G 208 G 208 2.135 0 0.039 0.039 2.271 41.364 41.364 - LGA K 209 K 209 1.840 0 0.084 0.161 1.881 50.909 52.525 1.338 LGA D 210 D 210 1.817 0 0.065 0.742 2.189 50.909 49.318 1.998 LGA Y 211 Y 211 1.984 0 0.085 0.269 1.984 50.909 50.909 1.620 LGA S 212 S 212 2.150 0 0.686 0.782 5.949 36.364 26.061 5.949 LGA Y 213 Y 213 2.971 0 0.141 1.620 14.720 38.636 13.030 14.720 LGA A 215 A 215 1.007 0 0.149 0.160 1.944 82.273 76.000 - LGA I 216 I 216 0.480 0 0.013 0.159 0.669 100.000 95.455 0.508 LGA A 217 A 217 0.472 0 0.028 0.049 0.524 90.909 92.727 - LGA S 218 S 218 0.704 0 0.057 0.094 1.516 86.364 76.970 1.516 LGA H 219 H 219 0.460 0 0.038 0.057 0.576 100.000 89.091 0.568 LGA L 220 L 220 0.419 0 0.025 0.079 0.423 100.000 100.000 0.409 LGA T 221 T 221 0.289 0 0.018 0.041 0.389 100.000 100.000 0.366 LGA N 222 N 222 0.334 0 0.036 0.124 0.687 95.455 95.455 0.687 LGA L 223 L 223 0.614 0 0.038 0.087 0.856 86.364 84.091 0.816 LGA Q 224 Q 224 0.345 0 0.088 0.451 1.992 100.000 86.667 1.992 LGA I 225 I 225 0.665 0 0.058 0.082 0.709 81.818 84.091 0.499 LGA P 226 P 226 0.561 0 0.075 0.071 0.770 86.364 84.416 0.704 LGA T 227 T 227 0.103 0 0.075 0.173 0.431 100.000 100.000 0.181 LGA P 228 P 228 0.537 0 0.128 0.152 0.564 95.455 94.805 0.405 LGA S 229 S 229 0.571 0 0.066 0.071 0.867 90.909 87.879 0.867 LGA G 230 G 230 0.521 0 0.090 0.090 0.884 86.364 86.364 - LGA K 231 K 231 0.529 0 0.086 0.710 3.249 77.727 74.949 3.249 LGA K 232 K 232 0.344 0 0.167 0.929 3.908 95.455 73.131 3.908 LGA R 233 R 233 0.165 0 0.084 1.453 8.771 100.000 51.901 8.771 LGA W 234 W 234 0.336 0 0.046 0.110 0.602 100.000 97.403 0.485 LGA N 235 N 235 0.453 0 0.023 0.717 2.049 90.909 80.909 2.049 LGA Q 236 Q 236 0.422 0 0.065 0.973 2.730 95.455 86.061 1.461 LGA Y 237 Y 237 0.459 0 0.077 0.441 1.658 95.455 82.576 1.658 LGA T 238 T 238 0.492 0 0.052 0.206 0.954 95.455 92.208 0.954 LGA I 239 I 239 0.345 0 0.038 0.088 0.531 100.000 97.727 0.531 LGA K 240 K 240 0.423 0 0.068 0.636 3.927 100.000 77.778 3.927 LGA A 241 A 241 0.485 0 0.048 0.058 0.686 95.455 92.727 - LGA I 242 I 242 0.505 0 0.019 0.060 1.084 95.455 86.591 1.084 LGA L 243 L 243 0.279 0 0.017 0.127 0.483 100.000 100.000 0.356 LGA Q 244 Q 244 0.278 0 0.081 0.323 1.561 95.455 84.848 1.367 LGA N 245 N 245 0.271 0 0.000 0.126 1.014 100.000 93.409 0.396 LGA E 246 E 246 0.193 0 0.000 0.642 2.101 100.000 83.838 1.880 LGA V 247 V 247 0.308 0 0.037 0.082 0.406 100.000 100.000 0.385 LGA Y 248 Y 248 0.366 0 0.000 0.124 1.329 100.000 83.788 1.329 LGA I 249 I 249 0.241 0 0.073 0.096 0.739 95.455 97.727 0.197 LGA G 250 G 250 0.235 0 0.036 0.036 0.235 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.427 0 0.076 0.103 0.745 95.455 94.805 0.485 LGA V 252 V 252 0.383 0 0.044 0.147 0.992 90.909 89.610 0.865 LGA K 253 K 253 0.566 0 0.052 0.249 0.778 86.364 87.879 0.437 LGA Y 254 Y 254 0.942 0 0.041 0.341 2.954 77.727 59.394 2.954 LGA K 255 K 255 1.395 0 0.031 0.089 1.643 65.455 62.222 1.643 LGA V 256 V 256 1.228 0 0.112 0.123 1.304 69.545 67.792 1.299 LGA R 257 R 257 1.418 0 0.014 1.041 4.781 61.818 45.950 3.414 LGA E 258 E 258 1.426 0 0.100 0.916 4.883 55.000 42.424 4.883 LGA K 259 K 259 1.918 0 0.013 0.128 2.772 50.909 38.990 2.772 LGA T 260 T 260 1.565 0 0.044 0.044 1.877 50.909 55.065 1.538 LGA K 261 K 261 1.838 0 0.154 0.865 6.023 41.818 28.889 6.023 LGA D 262 D 262 2.027 0 0.044 0.974 3.992 41.364 32.045 3.992 LGA G 263 G 263 2.070 0 0.121 0.121 2.229 41.364 41.364 - LGA K 264 K 264 1.882 0 0.008 0.524 2.170 50.909 51.515 0.921 LGA R 265 R 265 1.873 0 0.025 1.060 4.063 50.909 50.579 4.063 LGA T 266 T 266 1.357 0 0.023 0.069 1.529 61.818 63.377 1.202 LGA I 267 I 267 1.146 0 0.018 0.102 1.516 73.636 67.727 1.516 LGA R 268 R 268 0.788 0 0.000 0.972 2.668 81.818 67.438 2.668 LGA P 269 P 269 0.454 0 0.021 0.033 0.761 95.455 89.610 0.761 LGA E 270 E 270 0.148 0 0.010 0.863 3.526 100.000 75.152 2.623 LGA K 271 K 271 0.353 0 0.080 0.629 3.782 95.455 64.646 3.384 LGA E 272 E 272 0.594 0 0.122 0.131 1.550 90.909 76.970 1.550 LGA Q 273 Q 273 0.716 0 0.040 0.092 0.861 81.818 81.818 0.835 LGA I 274 I 274 0.535 0 0.063 0.069 0.885 81.818 81.818 0.885 LGA V 275 V 275 0.175 0 0.044 0.110 0.556 95.455 94.805 0.423 LGA V 276 V 276 0.177 0 0.000 0.057 0.258 100.000 100.000 0.258 LGA Q 277 Q 277 0.146 0 0.079 0.726 3.498 100.000 77.980 3.498 LGA D 278 D 278 0.385 0 0.081 0.095 0.758 95.455 88.636 0.644 LGA A 279 A 279 0.092 0 0.057 0.064 0.294 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.385 0 0.043 0.204 0.745 100.000 96.364 0.595 LGA A 281 A 281 0.544 0 0.000 0.000 0.707 90.909 89.091 - LGA P 282 P 282 0.351 0 0.013 0.025 0.424 100.000 100.000 0.405 LGA I 283 I 283 0.380 0 0.082 0.122 0.784 95.455 88.636 0.784 LGA I 284 I 284 0.308 0 0.000 0.067 0.318 100.000 100.000 0.102 LGA D 285 D 285 0.295 0 0.077 0.257 1.076 100.000 91.136 1.076 LGA K 286 K 286 0.291 0 0.011 0.282 1.548 100.000 90.505 1.548 LGA E 287 E 287 0.406 0 0.050 0.351 1.675 100.000 88.485 1.675 LGA Q 288 Q 288 0.338 0 0.000 0.365 2.209 100.000 80.202 2.209 LGA F 289 F 289 0.374 0 0.031 0.128 0.718 100.000 91.736 0.646 LGA Q 290 Q 290 0.598 0 0.046 1.197 3.404 90.909 67.071 3.404 LGA Q 291 Q 291 0.441 0 0.000 0.119 0.817 95.455 93.939 0.817 LGA S 292 S 292 0.646 0 0.084 0.689 2.424 81.818 74.545 2.424 LGA Q 293 Q 293 0.680 0 0.042 0.243 0.952 81.818 81.818 0.952 LGA V 294 V 294 0.799 0 0.042 0.080 0.994 81.818 81.818 0.994 LGA K 295 K 295 0.526 0 0.043 0.141 0.724 81.818 87.879 0.607 LGA I 296 I 296 1.037 0 0.025 0.154 1.786 69.545 67.727 1.234 LGA A 297 A 297 0.913 0 0.092 0.100 1.115 77.727 78.545 - LGA N 298 N 298 0.431 0 0.103 0.530 1.845 79.091 72.500 1.845 LGA K 299 K 299 2.183 0 0.000 0.479 5.796 35.455 21.212 5.796 LGA V 300 V 300 3.038 0 0.158 0.177 3.938 23.636 21.558 3.938 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.997 0.989 1.767 83.865 77.843 62.567 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.00 93.333 97.031 12.305 LGA_LOCAL RMSD: 0.997 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.997 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.997 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.065232 * X + 0.601131 * Y + -0.796483 * Z + 156.544418 Y_new = 0.881586 * X + 0.339225 * Y + 0.328226 * Z + 151.736588 Z_new = 0.467494 * X + -0.723580 * Y + -0.507821 * Z + 140.161880 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 1.496937 -0.486454 -2.182741 [DEG: 85.7682 -27.8717 -125.0618 ] ZXZ: -1.961685 2.103449 2.567975 [DEG: -112.3963 120.5188 147.1341 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS419_2-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS419_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.00 97.031 1.00 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS419_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 2 PARENT N/A ATOM 2717 N GLY 165 153.475 186.762 153.916 1.00 85.28 N ATOM 2718 CA GLY 165 152.741 187.401 154.996 1.00 85.28 C ATOM 2719 C GLY 165 151.247 187.115 154.974 1.00 85.28 C ATOM 2720 O GLY 165 150.476 187.824 155.622 1.00 85.28 O ATOM 2724 N LYS 166 150.808 186.101 154.221 1.00 86.31 N ATOM 2725 CA LYS 166 149.386 185.817 154.157 1.00 86.31 C ATOM 2726 C LYS 166 148.891 185.083 155.395 1.00 86.31 C ATOM 2727 O LYS 166 149.617 184.309 156.026 1.00 86.31 O ATOM 2728 CB LYS 166 149.059 185.059 152.870 1.00 86.31 C ATOM 2729 CG LYS 166 149.268 185.933 151.604 1.00 86.31 C ATOM 2730 CD LYS 166 148.926 185.206 150.293 1.00 86.31 C ATOM 2731 CE LYS 166 149.061 186.159 149.093 1.00 86.31 C ATOM 2732 NZ LYS 166 148.688 185.508 147.790 1.00 86.31 N ATOM 2746 N TRP 167 147.639 185.351 155.741 1.00 87.70 N ATOM 2747 CA TRP 167 146.978 184.711 156.857 1.00 87.70 C ATOM 2748 C TRP 167 146.369 183.406 156.372 1.00 87.70 C ATOM 2749 O TRP 167 145.469 183.396 155.533 1.00 87.70 O ATOM 2750 CB TRP 167 145.892 185.637 157.393 1.00 87.70 C ATOM 2751 CG TRP 167 145.198 185.148 158.615 1.00 87.70 C ATOM 2752 CD1 TRP 167 143.954 184.596 158.710 1.00 87.70 C ATOM 2753 CD2 TRP 167 145.724 185.173 159.944 1.00 87.70 C ATOM 2754 NE1 TRP 167 143.674 184.287 160.002 1.00 87.70 N ATOM 2755 CE2 TRP 167 144.742 184.633 160.778 1.00 87.70 C ATOM 2756 CE3 TRP 167 146.938 185.602 160.489 1.00 87.70 C ATOM 2757 CZ2 TRP 167 144.933 184.508 162.129 1.00 87.70 C ATOM 2758 CZ3 TRP 167 147.137 185.473 161.845 1.00 87.70 C ATOM 2759 CH2 TRP 167 146.163 184.939 162.645 1.00 87.70 C ATOM 2770 N ILE 168 146.877 182.299 156.907 1.00 83.17 N ATOM 2771 CA ILE 168 146.460 180.962 156.490 1.00 83.17 C ATOM 2772 C ILE 168 145.665 180.273 157.595 1.00 83.17 C ATOM 2773 O ILE 168 145.080 179.204 157.408 1.00 83.17 O ATOM 2774 CB ILE 168 147.728 180.180 156.125 1.00 83.17 C ATOM 2775 CG1 ILE 168 148.356 180.852 154.914 1.00 83.17 C ATOM 2776 CG2 ILE 168 147.428 178.685 155.826 1.00 83.17 C ATOM 2777 CD1 ILE 168 149.718 180.415 154.670 1.00 83.17 C ATOM 2789 N SER 169 145.665 180.912 158.746 1.00 80.36 N ATOM 2790 CA SER 169 145.010 180.449 159.950 1.00 80.36 C ATOM 2791 C SER 169 143.528 180.791 159.897 1.00 80.36 C ATOM 2792 O SER 169 143.040 181.324 158.899 1.00 80.36 O ATOM 2793 CB SER 169 145.691 181.020 161.178 1.00 80.36 C ATOM 2794 OG SER 169 147.013 180.548 161.285 1.00 80.36 O ATOM 2800 N GLY 170 142.786 180.391 160.924 1.00 74.90 N ATOM 2801 CA GLY 170 141.343 180.590 160.933 1.00 74.90 C ATOM 2802 C GLY 170 140.921 181.940 161.500 1.00 74.90 C ATOM 2803 O GLY 170 141.165 182.994 160.902 1.00 74.90 O ATOM 2807 N LEU 171 140.283 181.935 162.659 1.00 79.38 N ATOM 2808 CA LEU 171 139.785 183.198 163.171 1.00 79.38 C ATOM 2809 C LEU 171 140.914 184.175 163.419 1.00 79.38 C ATOM 2810 O LEU 171 141.951 183.825 163.986 1.00 79.38 O ATOM 2811 CB LEU 171 139.021 182.985 164.482 1.00 79.38 C ATOM 2812 CG LEU 171 137.694 182.176 164.412 1.00 79.38 C ATOM 2813 CD1 LEU 171 137.191 181.949 165.833 1.00 79.38 C ATOM 2814 CD2 LEU 171 136.643 182.933 163.590 1.00 79.38 C ATOM 2826 N ALA 172 140.685 185.410 162.985 1.00 84.64 N ATOM 2827 CA ALA 172 141.628 186.493 163.156 1.00 84.64 C ATOM 2828 C ALA 172 141.720 186.815 164.643 1.00 84.64 C ATOM 2829 O ALA 172 140.746 186.594 165.368 1.00 84.64 O ATOM 2830 CB ALA 172 141.180 187.716 162.362 1.00 84.64 C ATOM 2836 N PRO 173 142.868 187.296 165.131 1.00 87.41 N ATOM 2837 CA PRO 173 143.077 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