####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS388_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS388_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.21 1.21 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.21 1.21 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 95 165 - 260 0.99 1.25 LCS_AVERAGE: 61.98 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 95 135 135 66 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 95 135 135 62 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 95 135 135 62 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 95 135 135 41 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 95 135 135 10 80 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 95 135 135 43 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 95 135 135 66 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 95 135 135 66 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 95 135 135 66 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 95 135 135 66 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 95 135 135 66 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 95 135 135 66 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 95 135 135 66 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 95 135 135 66 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 95 135 135 43 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 95 135 135 3 3 3 103 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 95 135 135 37 91 118 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 95 135 135 50 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 95 135 135 42 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 95 135 135 34 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 95 135 135 38 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 95 135 135 66 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 95 135 135 66 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 95 135 135 66 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 95 135 135 64 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 95 135 135 66 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 95 135 135 66 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 95 135 135 66 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 95 135 135 66 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 95 135 135 66 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 95 135 135 66 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 95 135 135 66 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 95 135 135 66 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 95 135 135 66 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 95 135 135 66 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 95 135 135 66 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 95 135 135 66 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 95 135 135 66 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 95 135 135 66 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 95 135 135 66 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 95 135 135 58 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 95 135 135 33 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 95 135 135 19 82 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 95 135 135 26 80 119 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 95 135 135 32 92 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 95 135 135 25 96 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 95 135 135 23 88 117 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 95 135 135 4 18 37 122 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 95 135 135 3 15 46 95 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 95 135 135 26 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 95 135 135 63 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 217 A 217 95 135 135 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281 A 281 58 135 135 66 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 282 P 282 58 135 135 66 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 283 I 283 58 135 135 66 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 284 I 284 58 135 135 66 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 285 D 285 58 135 135 44 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 286 K 286 58 135 135 64 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 287 E 287 58 135 135 66 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 288 Q 288 58 135 135 66 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 58 135 135 66 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 58 135 135 66 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 58 135 135 66 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 58 135 135 66 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 58 135 135 34 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 58 135 135 58 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 58 135 135 65 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 58 135 135 32 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 58 135 135 21 99 117 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 58 135 135 53 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 37 135 135 5 20 97 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 30 135 135 4 19 83 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 87.33 ( 61.98 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 66 101 120 127 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 48.89 74.81 88.89 94.07 97.78 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.53 0.79 0.90 1.06 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 GDT RMS_ALL_AT 1.68 1.48 1.29 1.27 1.23 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 1.21 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.834 0 0.000 0.000 0.912 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.936 0 0.045 0.103 1.982 81.818 67.879 1.982 LGA W 167 W 167 0.822 0 0.075 0.178 1.140 77.727 78.312 0.754 LGA I 168 I 168 0.856 0 0.023 1.542 5.318 78.182 56.818 5.318 LGA S 169 S 169 1.334 0 0.139 0.587 3.449 65.455 55.152 3.449 LGA G 170 G 170 1.244 0 0.023 0.023 1.244 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 1.334 0 0.020 1.266 5.214 65.455 50.682 1.881 LGA A 172 A 172 1.172 0 0.039 0.045 1.299 73.636 72.000 - LGA P 173 P 173 0.639 0 0.027 0.078 1.044 81.818 79.481 0.976 LGA Y 174 Y 174 0.643 0 0.059 0.163 0.848 81.818 81.818 0.750 LGA G 175 G 175 0.735 0 0.078 0.078 0.735 81.818 81.818 - LGA Y 176 Y 176 0.781 0 0.050 0.133 0.888 81.818 87.879 0.432 LGA Q 177 Q 177 1.102 0 0.051 0.437 1.636 69.545 65.657 1.342 LGA L 178 L 178 0.962 0 0.085 0.127 1.201 77.727 77.727 0.977 LGA N 179 N 179 0.902 0 0.195 0.670 4.508 73.636 45.455 4.508 LGA K 180 K 180 3.422 0 0.296 0.964 13.298 29.545 13.131 13.298 LGA K 181 K 181 1.747 0 0.337 0.967 8.259 70.455 34.545 8.259 LGA T 182 T 182 0.563 0 0.063 1.112 3.209 86.364 70.649 3.209 LGA S 183 S 183 1.155 0 0.156 0.139 1.488 69.545 68.182 1.441 LGA K 184 K 184 1.138 0 0.050 0.885 3.269 65.455 60.404 3.269 LGA L 185 L 185 0.828 0 0.059 0.073 0.831 81.818 84.091 0.474 LGA D 186 D 186 0.544 0 0.069 0.096 0.989 81.818 90.909 0.272 LGA P 187 P 187 0.726 0 0.000 0.035 1.487 73.636 77.143 0.656 LGA V 188 V 188 1.156 0 0.026 0.050 1.303 65.455 65.455 1.303 LGA E 189 E 189 1.255 0 0.027 0.925 3.557 65.455 49.899 3.359 LGA D 190 D 190 1.307 0 0.020 0.051 1.840 69.545 60.227 1.840 LGA E 191 E 191 0.920 0 0.054 0.148 1.513 82.273 73.131 1.513 LGA A 192 A 192 0.521 0 0.000 0.000 0.659 86.364 85.455 - LGA K 193 K 193 0.728 0 0.042 0.677 3.633 81.818 63.232 3.465 LGA V 194 V 194 0.583 0 0.031 0.039 0.728 90.909 87.013 0.587 LGA V 195 V 195 0.197 0 0.000 0.000 0.311 100.000 100.000 0.110 LGA Q 196 Q 196 0.440 0 0.023 0.232 1.512 100.000 84.848 1.398 LGA L 197 L 197 0.489 0 0.022 0.046 0.768 100.000 90.909 0.728 LGA I 198 I 198 0.229 0 0.091 0.093 0.423 100.000 100.000 0.341 LGA F 199 F 199 0.402 0 0.053 0.080 0.589 95.455 96.694 0.188 LGA N 200 N 200 0.609 0 0.027 0.905 2.191 81.818 72.500 1.850 LGA I 201 I 201 0.381 0 0.036 0.062 0.524 95.455 97.727 0.323 LGA F 202 F 202 0.421 0 0.000 0.062 0.966 90.909 86.777 0.966 LGA L 203 L 203 0.820 0 0.000 0.109 1.531 81.818 71.818 1.273 LGA N 204 N 204 0.703 0 0.040 0.042 1.668 90.909 74.545 1.534 LGA G 205 G 205 0.159 0 0.049 0.049 0.501 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.735 0 0.000 1.337 2.787 86.364 69.773 2.787 LGA N 207 N 207 1.421 0 0.071 0.190 1.745 61.818 56.364 1.745 LGA G 208 G 208 1.563 0 0.054 0.054 1.886 54.545 54.545 - LGA K 209 K 209 1.411 0 0.050 0.202 2.438 65.455 53.131 2.369 LGA D 210 D 210 1.165 0 0.073 0.210 1.277 65.455 73.864 0.715 LGA Y 211 Y 211 1.726 0 0.103 0.425 2.159 54.545 50.000 1.671 LGA S 212 S 212 2.388 0 0.690 0.754 6.307 34.545 23.939 6.307 LGA Y 213 Y 213 2.681 0 0.176 1.654 14.390 45.455 15.606 14.390 LGA A 215 A 215 1.008 0 0.212 0.226 1.817 77.727 72.364 - LGA I 216 I 216 0.506 0 0.028 0.205 0.549 90.909 93.182 0.483 LGA A 217 A 217 0.513 0 0.026 0.039 0.540 81.818 81.818 - LGA S 218 S 218 0.583 0 0.051 0.068 0.911 86.364 84.848 0.911 LGA H 219 H 219 0.560 0 0.022 0.064 0.631 81.818 81.818 0.631 LGA L 220 L 220 0.534 0 0.019 0.078 0.565 90.909 86.364 0.528 LGA T 221 T 221 0.448 0 0.020 0.027 0.478 100.000 100.000 0.395 LGA N 222 N 222 0.528 0 0.035 0.052 0.683 81.818 81.818 0.667 LGA L 223 L 223 0.705 0 0.047 0.076 1.094 81.818 79.773 1.094 LGA Q 224 Q 224 0.554 0 0.029 0.849 5.033 90.909 58.586 5.033 LGA I 225 I 225 0.262 0 0.066 0.096 0.346 100.000 100.000 0.257 LGA P 226 P 226 0.502 0 0.036 0.335 1.739 81.818 77.403 1.739 LGA T 227 T 227 0.619 0 0.029 0.213 0.749 81.818 81.818 0.713 LGA P 228 P 228 0.955 0 0.141 0.157 1.042 81.818 77.143 1.031 LGA S 229 S 229 0.945 0 0.112 0.109 0.955 81.818 81.818 0.589 LGA G 230 G 230 0.774 0 0.000 0.000 0.842 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.311 0 0.144 0.685 2.271 90.909 89.091 2.271 LGA K 232 K 232 0.508 0 0.219 0.873 3.048 81.818 66.869 3.048 LGA R 233 R 233 0.583 0 0.024 0.942 4.625 81.818 55.041 4.330 LGA W 234 W 234 0.739 0 0.063 0.115 0.806 81.818 81.818 0.560 LGA N 235 N 235 0.953 0 0.019 0.800 2.434 81.818 72.273 2.434 LGA Q 236 Q 236 0.435 0 0.040 0.877 3.610 95.455 80.202 0.744 LGA Y 237 Y 237 1.122 0 0.054 0.397 2.216 69.545 60.909 2.216 LGA T 238 T 238 1.029 0 0.037 0.285 1.496 73.636 70.130 1.496 LGA I 239 I 239 0.606 0 0.009 0.084 0.811 81.818 88.636 0.565 LGA K 240 K 240 0.921 0 0.065 0.619 4.898 81.818 56.162 4.898 LGA A 241 A 241 1.100 0 0.071 0.075 1.271 69.545 68.727 - LGA I 242 I 242 0.306 0 0.043 0.041 1.128 100.000 88.864 1.128 LGA L 243 L 243 0.293 0 0.066 0.136 0.803 90.909 95.455 0.326 LGA Q 244 Q 244 0.693 0 0.024 0.340 1.159 77.727 76.364 1.159 LGA N 245 N 245 0.689 0 0.000 0.080 0.782 81.818 81.818 0.782 LGA E 246 E 246 0.512 0 0.000 0.712 1.803 90.909 78.990 1.710 LGA V 247 V 247 0.362 0 0.054 0.124 0.561 95.455 97.403 0.485 LGA Y 248 Y 248 0.440 0 0.013 0.154 1.009 100.000 92.576 1.009 LGA I 249 I 249 0.396 0 0.053 0.061 0.728 100.000 90.909 0.660 LGA G 250 G 250 0.309 0 0.030 0.030 0.506 95.455 95.455 - LGA T 251 T 251 0.634 0 0.045 0.056 0.760 81.818 81.818 0.607 LGA V 252 V 252 0.801 0 0.000 1.211 2.731 81.818 67.273 2.731 LGA K 253 K 253 0.637 0 0.019 0.247 1.014 81.818 86.061 0.233 LGA Y 254 Y 254 0.895 0 0.038 0.454 2.777 81.818 60.758 2.777 LGA K 255 K 255 0.725 0 0.036 0.967 5.242 81.818 53.333 5.242 LGA V 256 V 256 0.692 0 0.118 0.141 0.853 86.364 84.416 0.661 LGA R 257 R 257 1.038 0 0.066 1.082 3.952 65.455 54.380 3.233 LGA E 258 E 258 1.356 0 0.037 0.953 5.616 55.000 38.182 5.616 LGA K 259 K 259 2.122 0 0.016 0.147 3.535 38.636 28.485 3.535 LGA T 260 T 260 2.845 0 0.015 0.062 3.386 25.455 26.234 2.976 LGA K 261 K 261 4.306 0 0.043 0.892 11.032 5.909 2.828 11.032 LGA D 262 D 262 3.992 0 0.072 0.979 4.962 9.545 7.273 4.962 LGA G 263 G 263 3.066 0 0.081 0.081 3.262 22.727 22.727 - LGA K 264 K 264 1.933 0 0.000 0.485 2.963 44.545 47.071 2.963 LGA R 265 R 265 1.402 0 0.100 1.024 3.254 61.818 61.488 3.254 LGA T 266 T 266 1.245 0 0.032 0.167 1.683 65.455 63.377 1.194 LGA I 267 I 267 0.965 0 0.045 0.114 1.256 73.636 69.545 1.256 LGA R 268 R 268 0.980 0 0.000 0.927 3.209 73.636 61.653 1.980 LGA P 269 P 269 1.223 0 0.000 0.012 1.349 65.455 65.455 1.349 LGA E 270 E 270 1.211 0 0.021 0.857 3.645 65.455 51.111 3.037 LGA K 271 K 271 1.425 0 0.064 0.734 4.363 65.455 47.273 4.363 LGA E 272 E 272 1.030 0 0.098 0.158 1.733 73.636 64.242 1.709 LGA Q 273 Q 273 0.990 0 0.027 0.089 1.052 77.727 80.000 0.975 LGA I 274 I 274 0.850 0 0.064 0.096 1.147 81.818 77.727 1.147 LGA V 275 V 275 0.388 0 0.044 0.061 0.580 100.000 94.805 0.573 LGA V 276 V 276 0.624 0 0.000 0.047 0.754 81.818 81.818 0.754 LGA Q 277 Q 277 0.547 0 0.051 0.643 2.718 86.364 69.495 2.718 LGA D 278 D 278 0.342 0 0.050 0.207 1.046 100.000 95.682 1.046 LGA A 279 A 279 0.617 0 0.028 0.046 0.706 86.364 85.455 - LGA H 280 H 280 0.373 0 0.038 0.174 0.547 100.000 96.364 0.140 LGA A 281 A 281 0.310 0 0.000 0.000 0.415 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.112 0 0.008 0.019 0.552 95.455 97.403 0.452 LGA I 283 I 283 0.322 0 0.024 0.072 0.637 95.455 93.182 0.637 LGA I 284 I 284 0.462 0 0.000 0.081 0.642 90.909 95.455 0.325 LGA D 285 D 285 1.198 0 0.091 0.872 3.247 69.545 56.364 2.240 LGA K 286 K 286 1.328 0 0.054 0.268 1.453 65.455 67.273 0.851 LGA E 287 E 287 1.452 0 0.038 0.443 1.762 65.455 62.222 1.762 LGA Q 288 Q 288 1.186 0 0.000 0.297 1.685 65.455 63.838 1.266 LGA F 289 F 289 1.195 0 0.072 0.154 1.423 65.455 65.455 1.378 LGA Q 290 Q 290 1.463 0 0.000 1.204 2.617 65.455 59.798 2.617 LGA Q 291 Q 291 1.276 0 0.000 0.200 1.428 65.455 65.455 1.428 LGA S 292 S 292 1.178 0 0.046 0.669 3.112 65.455 57.576 3.112 LGA Q 293 Q 293 1.465 0 0.035 0.247 1.989 58.182 54.141 1.989 LGA V 294 V 294 1.555 0 0.021 0.032 1.752 58.182 55.065 1.522 LGA K 295 K 295 1.118 0 0.047 0.118 1.273 65.455 74.545 0.720 LGA I 296 I 296 1.355 0 0.024 0.086 1.680 58.182 60.000 1.427 LGA A 297 A 297 1.904 0 0.137 0.160 2.507 45.000 43.636 - LGA N 298 N 298 0.909 0 0.100 0.537 2.093 69.545 70.455 2.093 LGA K 299 K 299 2.185 0 0.089 0.656 7.910 38.636 22.424 7.910 LGA V 300 V 300 2.143 0 0.077 0.088 2.465 38.182 38.182 2.372 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.215 1.197 1.957 75.525 69.903 55.722 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.21 92.222 96.621 10.270 LGA_LOCAL RMSD: 1.215 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.215 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.215 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.562685 * X + 0.819317 * Y + -0.110021 * Z + 147.076294 Y_new = -0.783353 * X + -0.570974 * Y + -0.245656 * Z + 181.059921 Z_new = -0.264090 * X + -0.052042 * Y + 0.963093 * Z + 174.585709 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.193702 0.267260 -0.053983 [DEG: -125.6898 15.3129 -3.0930 ] ZXZ: -0.421079 0.272530 -1.765364 [DEG: -24.1260 15.6148 -101.1479 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS388_5-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS388_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.21 96.621 1.21 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS388_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 5 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.770 186.930 153.808 1.00 94.45 ATOM 1346 CA GLY 165 152.153 187.606 154.950 1.00 94.45 ATOM 1347 C GLY 165 150.621 187.543 154.958 1.00 94.45 ATOM 1348 O GLY 165 149.969 188.346 155.619 1.00 94.45 ATOM 1349 N LYS 166 150.009 186.615 154.210 1.00 94.91 ATOM 1350 CA LYS 166 148.550 186.439 154.210 1.00 94.91 ATOM 1351 C LYS 166 148.101 185.672 155.448 1.00 94.91 ATOM 1352 O LYS 166 148.774 184.759 155.930 1.00 94.91 ATOM 1353 CB LYS 166 148.065 185.763 152.923 1.00 94.91 ATOM 1354 CG LYS 166 148.266 186.661 151.698 1.00 94.91 ATOM 1355 CD LYS 166 147.985 185.878 150.413 1.00 94.91 ATOM 1356 CE LYS 166 147.964 186.826 149.217 1.00 94.91 ATOM 1357 NZ LYS 166 148.005 186.070 147.946 1.00 94.91 ATOM 1358 N TRP 167 146.908 185.997 155.928 1.00 93.56 ATOM 1359 CA TRP 167 146.292 185.307 157.049 1.00 93.56 ATOM 1360 C TRP 167 145.662 183.990 156.587 1.00 93.56 ATOM 1361 O TRP 167 144.640 183.966 155.903 1.00 93.56 ATOM 1362 CB TRP 167 145.281 186.222 157.724 1.00 93.56 ATOM 1363 CG TRP 167 144.753 185.655 159.000 1.00 93.56 ATOM 1364 CD1 TRP 167 143.566 185.029 159.173 1.00 93.56 ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.428 185.608 160.289 1.00 93.56 ATOM 1366 NE1 TRP 167 143.457 184.612 160.486 1.00 93.56 ATOM 1367 CE2 TRP 167 144.577 184.942 161.217 1.00 93.56 ATOM 1368 CE3 TRP 167 146.683 186.054 160.759 1.00 93.56 ATOM 1369 CZ2 TRP 167 144.950 184.731 162.551 1.00 93.56 ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.062 185.857 162.101 1.00 93.56 ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.200 185.197 162.995 1.00 93.56 ATOM 1372 N ILE 168 146.294 182.874 156.948 1.00 87.62 ATOM 1373 CA ILE 168 145.947 181.536 156.438 1.00 87.62 ATOM 1374 C ILE 168 145.225 180.635 157.445 1.00 87.62 ATOM 1375 O ILE 168 144.867 179.506 157.099 1.00 87.62 ATOM 1376 CB ILE 168 147.207 180.831 155.908 1.00 87.62 ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.304 180.776 156.985 1.00 87.62 ATOM 1378 CG2 ILE 168 147.723 181.527 154.642 1.00 87.62 ATOM 1379 CD1 ILE 168 149.324 179.698 156.663 1.00 87.62 ATOM 1380 N SER 169 145.064 181.059 158.704 1.00 78.53 ATOM 1381 CA SER 169 144.601 180.163 159.767 1.00 78.53 ATOM 1382 C SER 169 143.610 180.812 160.726 1.00 78.53 ATOM 1383 O SER 169 143.944 181.752 161.434 1.00 78.53 ATOM 1384 CB SER 169 145.798 179.605 160.544 1.00 78.53 ATOM 1385 OG SER 169 145.410 178.435 161.243 1.00 78.53 ATOM 1386 N GLY 170 142.418 180.217 160.812 1.00 83.24 ATOM 1387 CA GLY 170 141.417 180.548 161.823 1.00 83.24 ATOM 1388 C GLY 170 140.735 181.899 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194.265 164.774 1.00 96.99 ATOM 1425 O GLY 175 141.554 195.281 164.169 1.00 96.99 ATOM 1426 N TYR 176 141.051 193.094 164.155 1.00 97.41 ATOM 1427 CA TYR 176 141.267 192.883 162.728 1.00 97.41 ATOM 1428 C TYR 176 140.119 192.131 162.062 1.00 97.41 ATOM 1429 O TYR 176 139.498 191.233 162.628 1.00 97.41 ATOM 1430 CB TYR 176 142.568 192.110 162.487 1.00 97.41 ATOM 1431 CG TYR 176 143.837 192.848 162.849 1.00 97.41 ATOM 1432 CD1 TYR 176 144.337 193.831 161.978 1.00 97.41 ATOM 1433 CD2 TYR 176 144.531 192.534 164.032 1.00 97.41 ATOM 1434 CE1 TYR 176 145.538 194.493 162.281 1.00 97.41 ATOM 1435 CE2 TYR 176 145.756 193.165 164.317 1.00 97.41 ATOM 1436 CZ TYR 176 146.262 194.148 163.439 1.00 97.41 ATOM 1437 OH TYR 176 147.456 194.739 163.702 1.00 97.41 ATOM 1438 N GLN 177 139.932 192.417 160.778 1.00 95.63 ATOM 1439 CA GLN 177 139.097 191.642 159.873 1.00 95.63 ATOM 1440 C GLN 177 139.916 191.094 158.703 1.00 95.63 ATOM 1441 O GLN 177 140.912 191.680 158.281 1.00 95.63 ATOM 1442 CB GLN 177 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