####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS388_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS388_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.46 1.46 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.46 1.46 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 93 165 - 258 0.99 1.58 LCS_AVERAGE: 59.23 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 93 135 135 31 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 93 135 135 54 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 93 135 135 47 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 93 135 135 19 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 93 135 135 3 13 54 114 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 93 135 135 56 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 93 135 135 57 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 93 135 135 57 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 93 135 135 57 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 93 135 135 57 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 93 135 135 57 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 93 135 135 57 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 93 135 135 49 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 93 135 135 54 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 93 135 135 52 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 93 135 135 3 3 3 66 120 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 93 135 135 16 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 93 135 135 4 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 93 135 135 36 95 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 93 135 135 22 95 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 93 135 135 34 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 93 135 135 54 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 93 135 135 57 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 93 135 135 57 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 93 135 135 57 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 93 135 135 57 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 93 135 135 57 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 93 135 135 57 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 93 135 135 57 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 93 135 135 57 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 93 135 135 57 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 93 135 135 57 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 93 135 135 57 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 93 135 135 57 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 93 135 135 57 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 93 135 135 57 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 93 135 135 57 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 93 135 135 57 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 93 135 135 57 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 93 135 135 56 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 93 135 135 48 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 93 135 135 18 91 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 93 135 135 6 71 110 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 93 135 135 26 70 110 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 93 135 135 20 87 110 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 93 135 135 22 92 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 93 135 135 18 77 110 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 93 135 135 4 17 44 115 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 93 135 135 3 9 45 78 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 93 135 135 26 94 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 93 135 135 44 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 217 A 217 93 135 135 57 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 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282 53 135 135 57 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 283 I 283 53 135 135 57 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 284 I 284 53 135 135 57 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 285 D 285 53 135 135 49 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 286 K 286 53 135 135 57 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 287 E 287 53 135 135 57 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 288 Q 288 53 135 135 57 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 53 135 135 57 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 53 135 135 57 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 53 135 135 57 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 53 135 135 57 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 53 135 135 57 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 53 135 135 57 96 110 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 53 135 135 57 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 36 135 135 46 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 36 135 135 11 87 107 121 126 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 36 135 135 5 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 28 135 135 5 7 82 110 125 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 24 135 135 3 3 45 106 119 131 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 86.41 ( 59.23 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 57 96 112 122 127 133 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 42.22 71.11 82.96 90.37 94.07 98.52 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.31 0.52 0.79 0.97 1.11 1.36 1.46 1.46 1.46 1.46 1.46 1.46 1.46 1.46 1.46 1.46 1.46 1.46 1.46 1.46 GDT RMS_ALL_AT 1.99 1.80 1.61 1.53 1.50 1.46 1.46 1.46 1.46 1.46 1.46 1.46 1.46 1.46 1.46 1.46 1.46 1.46 1.46 1.46 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 1.050 0 0.000 0.000 1.186 65.455 65.455 - LGA K 166 K 166 1.142 0 0.058 0.120 2.332 65.455 56.162 2.332 LGA W 167 W 167 0.987 0 0.072 0.178 1.420 69.545 73.766 0.793 LGA I 168 I 168 1.473 0 0.038 1.565 4.733 59.091 44.773 4.733 LGA S 169 S 169 2.390 0 0.598 0.534 4.978 41.818 30.000 4.978 LGA G 170 G 170 1.075 0 0.155 0.155 1.102 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 1.023 0 0.000 0.846 4.155 73.636 53.409 3.473 LGA A 172 A 172 1.043 0 0.037 0.042 1.222 73.636 72.000 - LGA P 173 P 173 0.537 0 0.012 0.079 0.879 81.818 84.416 0.737 LGA Y 174 Y 174 0.570 0 0.041 0.157 0.951 81.818 81.818 0.901 LGA G 175 G 175 0.649 0 0.062 0.062 0.649 86.364 86.364 - LGA Y 176 Y 176 0.762 0 0.058 0.134 0.889 81.818 84.848 0.658 LGA Q 177 Q 177 1.159 0 0.028 0.431 1.465 69.545 70.909 1.465 LGA L 178 L 178 0.985 0 0.095 0.137 1.178 82.273 77.955 1.143 LGA N 179 N 179 0.491 0 0.195 0.660 3.965 78.182 53.636 3.965 LGA K 180 K 180 3.714 0 0.305 0.968 13.619 20.455 9.091 13.619 LGA K 181 K 181 1.519 0 0.346 0.969 7.752 70.455 34.545 7.752 LGA T 182 T 182 0.815 0 0.065 1.115 3.538 77.727 62.597 3.538 LGA S 183 S 183 1.435 0 0.151 0.134 1.748 65.909 60.909 1.714 LGA K 184 K 184 1.441 0 0.048 0.873 3.409 58.182 53.737 3.409 LGA L 185 L 185 1.151 0 0.090 0.095 1.319 65.455 73.636 0.729 LGA D 186 D 186 0.690 0 0.080 0.112 1.107 77.727 82.045 0.577 LGA P 187 P 187 0.730 0 0.053 0.078 1.599 70.000 75.065 0.745 LGA V 188 V 188 0.997 0 0.047 0.070 1.226 77.727 72.468 1.226 LGA E 189 E 189 1.177 0 0.025 0.935 3.842 65.455 49.091 3.562 LGA D 190 D 190 1.321 0 0.000 0.023 1.932 69.545 60.227 1.932 LGA E 191 E 191 0.899 0 0.065 0.156 1.478 82.273 76.566 1.478 LGA A 192 A 192 0.397 0 0.011 0.010 0.582 95.455 96.364 - LGA K 193 K 193 0.735 0 0.049 0.673 3.707 81.818 62.424 3.601 LGA V 194 V 194 0.604 0 0.026 0.044 0.794 90.909 87.013 0.673 LGA V 195 V 195 0.131 0 0.000 0.009 0.256 100.000 100.000 0.092 LGA Q 196 Q 196 0.414 0 0.029 0.233 1.354 95.455 86.465 1.277 LGA L 197 L 197 0.508 0 0.027 0.056 0.954 95.455 88.636 0.892 LGA I 198 I 198 0.209 0 0.085 0.094 0.359 100.000 100.000 0.324 LGA F 199 F 199 0.417 0 0.058 0.082 0.620 95.455 93.388 0.420 LGA N 200 N 200 0.587 0 0.021 0.905 1.991 90.909 78.636 1.991 LGA I 201 I 201 0.276 0 0.041 0.065 0.414 100.000 100.000 0.414 LGA F 202 F 202 0.301 0 0.000 0.062 1.187 95.455 83.967 1.187 LGA L 203 L 203 0.743 0 0.027 0.113 1.563 81.818 73.864 1.310 LGA N 204 N 204 0.728 0 0.048 0.049 1.779 81.818 70.000 1.505 LGA G 205 G 205 0.525 0 0.052 0.052 0.885 86.364 86.364 - LGA L 206 L 206 1.211 0 0.000 1.342 3.258 69.545 59.773 3.258 LGA N 207 N 207 1.878 0 0.078 0.106 2.190 50.909 47.727 2.190 LGA G 208 G 208 1.895 0 0.072 0.072 2.069 47.727 47.727 - LGA K 209 K 209 1.705 0 0.056 0.144 3.056 58.182 44.040 3.056 LGA D 210 D 210 1.312 0 0.080 0.219 1.453 65.455 73.864 0.767 LGA Y 211 Y 211 1.922 0 0.087 0.429 2.610 54.545 47.121 2.065 LGA S 212 S 212 2.492 0 0.695 0.772 6.480 31.364 21.818 6.480 LGA Y 213 Y 213 2.725 0 0.157 1.629 14.115 48.636 16.667 14.115 LGA A 215 A 215 1.479 0 0.207 0.221 2.188 65.455 60.000 - LGA I 216 I 216 0.875 0 0.044 0.214 0.953 81.818 86.364 0.493 LGA A 217 A 217 0.898 0 0.020 0.035 0.975 81.818 81.818 - LGA S 218 S 218 1.080 0 0.048 0.070 1.371 65.455 65.455 1.371 LGA H 219 H 219 1.021 0 0.023 0.053 1.159 73.636 72.000 1.070 LGA L 220 L 220 0.891 0 0.023 0.072 0.934 81.818 81.818 0.687 LGA T 221 T 221 0.898 0 0.015 0.025 0.925 81.818 81.818 0.839 LGA N 222 N 222 1.028 0 0.032 0.039 1.331 73.636 69.545 1.194 LGA L 223 L 223 1.067 0 0.047 0.080 1.377 65.455 65.455 1.377 LGA Q 224 Q 224 0.859 0 0.027 0.863 5.571 82.273 50.303 5.571 LGA I 225 I 225 0.379 0 0.064 0.086 0.544 95.455 95.455 0.542 LGA P 226 P 226 0.563 0 0.054 0.061 0.723 81.818 81.818 0.720 LGA T 227 T 227 0.735 0 0.029 0.142 0.848 81.818 81.818 0.587 LGA P 228 P 228 0.996 0 0.121 0.153 1.042 81.818 79.481 0.969 LGA S 229 S 229 0.997 0 0.155 0.159 0.997 81.818 81.818 0.526 LGA G 230 G 230 0.879 0 0.079 0.079 0.928 81.818 81.818 - LGA K 231 K 231 0.544 0 0.139 0.679 2.364 81.818 76.970 2.364 LGA K 232 K 232 0.926 0 0.236 0.875 2.881 77.727 62.424 2.881 LGA R 233 R 233 1.002 0 0.026 0.934 4.630 69.545 50.579 4.249 LGA W 234 W 234 1.096 0 0.056 0.126 1.142 65.455 73.636 0.705 LGA N 235 N 235 1.255 0 0.024 0.861 2.917 65.455 58.864 2.917 LGA Q 236 Q 236 0.697 0 0.043 0.885 3.565 82.273 72.525 1.000 LGA Y 237 Y 237 1.249 0 0.041 0.423 1.927 69.545 60.758 1.927 LGA T 238 T 238 1.122 0 0.025 0.258 1.619 73.636 68.052 1.619 LGA I 239 I 239 0.702 0 0.000 0.082 0.908 81.818 84.091 0.729 LGA K 240 K 240 0.996 0 0.052 0.608 4.694 73.636 52.525 4.694 LGA A 241 A 241 1.148 0 0.053 0.057 1.315 69.545 68.727 - LGA I 242 I 242 0.237 0 0.037 0.033 1.068 95.455 88.864 1.068 LGA L 243 L 243 0.404 0 0.045 0.126 0.911 90.909 93.182 0.468 LGA Q 244 Q 244 0.908 0 0.038 0.331 1.378 73.636 76.364 1.176 LGA N 245 N 245 0.936 0 0.000 0.059 0.967 81.818 81.818 0.960 LGA E 246 E 246 0.870 0 0.000 0.694 1.626 81.818 78.586 1.485 LGA V 247 V 247 0.611 0 0.069 0.133 0.813 81.818 84.416 0.637 LGA Y 248 Y 248 0.772 0 0.024 0.166 0.952 81.818 81.818 0.952 LGA I 249 I 249 0.726 0 0.042 0.056 1.046 86.364 82.045 0.967 LGA G 250 G 250 0.561 0 0.027 0.027 0.685 81.818 81.818 - LGA T 251 T 251 0.815 0 0.048 0.063 1.001 81.818 79.481 0.821 LGA V 252 V 252 0.816 0 0.039 0.124 1.246 81.818 74.805 1.246 LGA K 253 K 253 0.557 0 0.032 0.259 1.023 81.818 86.061 0.251 LGA Y 254 Y 254 0.772 0 0.037 0.373 2.805 81.818 65.758 2.805 LGA K 255 K 255 0.931 0 0.109 0.691 2.201 73.636 61.616 2.179 LGA V 256 V 256 0.938 0 0.146 0.160 0.999 81.818 81.818 0.885 LGA R 257 R 257 1.356 0 0.056 1.109 3.865 65.455 51.405 3.070 LGA E 258 E 258 1.865 0 0.052 1.000 6.298 41.818 28.889 6.298 LGA K 259 K 259 2.731 0 0.026 0.113 4.876 27.727 16.970 4.876 LGA T 260 T 260 3.524 0 0.022 0.077 4.154 10.000 11.429 3.605 LGA K 261 K 261 5.126 0 0.053 0.925 12.106 0.455 0.202 12.106 LGA D 262 D 262 4.749 0 0.072 0.936 5.705 3.636 2.045 5.705 LGA G 263 G 263 3.857 0 0.082 0.082 4.055 13.182 13.182 - LGA K 264 K 264 2.646 0 0.000 0.482 3.161 25.000 30.101 3.161 LGA R 265 R 265 1.943 0 0.109 1.020 3.384 47.727 52.397 3.384 LGA T 266 T 266 1.709 0 0.044 0.174 2.148 50.909 49.091 1.695 LGA I 267 I 267 1.164 0 0.051 0.084 1.387 65.455 65.455 1.387 LGA R 268 R 268 1.152 0 0.000 0.963 3.418 65.455 54.711 2.023 LGA P 269 P 269 1.451 0 0.000 0.002 1.628 65.455 61.299 1.628 LGA E 270 E 270 1.272 0 0.017 0.859 3.764 65.455 49.899 3.109 LGA K 271 K 271 1.527 0 0.066 0.721 4.309 61.818 45.657 4.309 LGA E 272 E 272 1.133 0 0.104 0.170 1.854 73.636 64.242 1.833 LGA Q 273 Q 273 1.008 0 0.021 0.077 1.109 73.636 74.545 0.954 LGA I 274 I 274 0.829 0 0.070 0.077 1.080 81.818 79.773 1.080 LGA V 275 V 275 0.363 0 0.064 0.088 0.664 95.455 89.610 0.664 LGA V 276 V 276 0.636 0 0.000 0.032 0.827 81.818 81.818 0.827 LGA Q 277 Q 277 0.649 0 0.050 0.622 2.327 81.818 68.687 2.327 LGA D 278 D 278 0.522 0 0.036 0.203 1.155 86.364 84.318 1.155 LGA A 279 A 279 0.775 0 0.027 0.043 0.876 81.818 81.818 - LGA H 280 H 280 0.498 0 0.039 0.199 0.690 95.455 92.727 0.345 LGA A 281 A 281 0.374 0 0.000 0.000 0.461 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.408 0 0.018 0.028 0.794 95.455 89.610 0.789 LGA I 283 I 283 0.397 0 0.020 0.093 0.791 95.455 90.909 0.791 LGA I 284 I 284 0.566 0 0.000 0.083 0.845 86.364 90.909 0.347 LGA D 285 D 285 1.266 0 0.085 0.901 3.403 69.545 56.364 2.224 LGA K 286 K 286 1.454 0 0.031 0.265 1.584 58.182 60.808 0.826 LGA E 287 E 287 1.594 0 0.034 0.453 2.017 50.909 49.495 2.017 LGA Q 288 Q 288 1.270 0 0.000 0.290 1.713 65.455 63.838 1.392 LGA F 289 F 289 1.332 0 0.057 0.126 1.547 65.455 62.810 1.527 LGA Q 290 Q 290 1.640 0 0.000 1.201 2.454 50.909 53.131 2.454 LGA Q 291 Q 291 1.399 0 0.000 0.204 1.523 65.455 63.838 1.523 LGA S 292 S 292 1.220 0 0.037 0.702 3.240 65.455 57.576 3.240 LGA Q 293 Q 293 1.644 0 0.044 0.267 2.082 50.909 49.495 2.082 LGA V 294 V 294 1.806 0 0.020 0.043 2.050 50.909 49.091 1.828 LGA K 295 K 295 1.219 0 0.071 0.135 1.568 61.818 72.929 0.501 LGA I 296 I 296 1.555 0 0.020 0.072 2.051 51.364 54.773 1.429 LGA A 297 A 297 2.337 0 0.126 0.152 3.105 33.182 34.182 - LGA N 298 N 298 1.613 0 0.038 0.584 2.200 47.727 56.818 1.962 LGA K 299 K 299 2.940 0 0.223 0.574 14.015 45.455 20.202 14.015 LGA V 300 V 300 3.471 0 0.151 0.196 7.123 27.727 15.844 7.123 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.457 1.420 2.190 70.367 65.660 53.018 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.46 90.370 95.292 8.673 LGA_LOCAL RMSD: 1.457 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.457 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.457 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.882073 * X + -0.170332 * Y + -0.439243 * Z + 147.259552 Y_new = 0.102870 * X + -0.979490 * Y + 0.173253 * Z + 169.137604 Z_new = -0.459744 * X + 0.107637 * Y + 0.881504 * Z + 171.542892 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 3.025494 0.477707 0.121505 [DEG: 173.3481 27.3706 6.9617 ] ZXZ: -1.946498 0.491758 -1.340814 [DEG: -111.5261 28.1757 -76.8230 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS388_4-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS388_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.46 95.292 1.46 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS388_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 4 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.589 187.098 153.987 1.00 98.28 ATOM 1346 CA GLY 165 151.967 187.731 155.152 1.00 98.28 ATOM 1347 C GLY 165 150.436 187.632 155.165 1.00 98.28 ATOM 1348 O GLY 165 149.772 188.388 155.870 1.00 98.28 ATOM 1349 N LYS 166 149.841 186.724 154.380 1.00 98.46 ATOM 1350 CA LYS 166 148.391 186.493 154.402 1.00 98.46 ATOM 1351 C LYS 166 148.002 185.674 155.626 1.00 98.46 ATOM 1352 O LYS 166 148.693 184.736 156.033 1.00 98.46 ATOM 1353 CB LYS 166 147.897 185.821 153.117 1.00 98.46 ATOM 1354 CG LYS 166 148.051 186.718 151.885 1.00 98.46 ATOM 1355 CD LYS 166 147.763 185.916 150.613 1.00 98.46 ATOM 1356 CE LYS 166 147.624 186.853 149.415 1.00 98.46 ATOM 1357 NZ LYS 166 147.680 186.093 148.146 1.00 98.46 ATOM 1358 N TRP 167 146.843 185.989 156.184 1.00 98.18 ATOM 1359 CA TRP 167 146.323 185.305 157.357 1.00 98.18 ATOM 1360 C TRP 167 145.604 184.009 156.966 1.00 98.18 ATOM 1361 O TRP 167 144.521 184.030 156.386 1.00 98.18 ATOM 1362 CB TRP 167 145.425 186.257 158.135 1.00 98.18 ATOM 1363 CG TRP 167 144.930 185.678 159.418 1.00 98.18 ATOM 1364 CD1 TRP 167 143.711 185.135 159.638 1.00 98.18 ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.659 185.552 160.672 1.00 98.18 ATOM 1366 NE1 TRP 167 143.631 184.695 160.946 1.00 98.18 ATOM 1367 CE2 TRP 167 144.806 184.926 161.628 1.00 98.18 ATOM 1368 CE3 TRP 167 146.959 185.905 161.091 1.00 98.18 ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.218 184.673 162.942 1.00 98.18 ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.383 185.656 162.410 1.00 98.18 ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.516 185.046 163.335 1.00 98.18 ATOM 1372 N ILE 168 146.203 182.864 157.308 1.00 96.16 ATOM 1373 CA ILE 168 145.669 181.520 157.002 1.00 96.16 ATOM 1374 C ILE 168 145.326 180.690 158.248 1.00 96.16 ATOM 1375 O ILE 168 144.997 179.507 158.147 1.00 96.16 ATOM 1376 CB ILE 168 146.614 180.758 156.053 1.00 96.16 ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.001 180.519 156.690 1.00 96.16 ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.728 181.503 154.709 1.00 96.16 ATOM 1379 CD1 ILE 168 148.792 179.467 155.914 1.00 96.16 ATOM 1380 N SER 169 145.411 181.296 159.432 1.00 91.48 ATOM 1381 CA SER 169 145.365 180.599 160.725 1.00 91.48 ATOM 1382 C SER 169 143.956 180.468 161.323 1.00 91.48 ATOM 1383 O SER 169 143.811 180.197 162.512 1.00 91.48 ATOM 1384 CB SER 169 146.359 181.242 161.697 1.00 91.48 ATOM 1385 OG SER 169 147.675 181.066 161.196 1.00 91.48 ATOM 1386 N GLY 170 142.910 180.618 160.509 1.00 93.06 ATOM 1387 CA GLY 170 141.516 180.551 160.947 1.00 93.06 ATOM 1388 C GLY 170 140.931 181.935 161.219 1.00 93.06 ATOM 1389 O GLY 170 141.115 182.847 160.416 1.00 93.06 ATOM 1390 N LEU 171 140.195 182.079 162.324 1.00 96.34 ATOM 1391 CA LEU 171 139.536 183.337 162.688 1.00 96.34 ATOM 1392 C LEU 171 140.567 184.469 162.861 1.00 96.34 ATOM 1393 O LEU 171 141.665 184.234 163.368 1.00 96.34 ATOM 1394 CB LEU 171 138.690 183.111 163.956 1.00 96.34 ATOM 1395 CG LEU 171 137.800 184.303 164.369 1.00 96.34 ATOM 1396 CD1 LEU 171 136.744 184.627 163.311 1.00 96.34 ATOM 1397 CD2 LEU 171 137.085 183.976 165.679 1.00 96.34 ATOM 1398 N ALA 172 140.217 185.677 162.415 1.00 97.80 ATOM 1399 CA ALA 172 141.045 186.860 162.618 1.00 97.80 ATOM 1400 C ALA 172 141.196 187.165 164.126 1.00 97.80 ATOM 1401 O ALA 172 140.257 186.930 164.895 1.00 97.80 ATOM 1402 CB ALA 172 140.437 188.042 161.854 1.00 97.80 ATOM 1403 N PRO 173 142.361 187.652 164.584 1.00 98.15 ATOM 1404 CA PRO 173 142.517 188.139 165.951 1.00 98.15 ATOM 1405 C PRO 173 141.611 189.349 166.209 1.00 98.15 ATOM 1406 O PRO 173 141.335 190.119 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137.737 192.348 159.639 1.00 98.24 ATOM 1443 CG GLN 177 138.119 193.615 158.854 1.00 98.24 ATOM 1444 CD GLN 177 136.906 194.409 158.393 1.00 98.24 ATOM 1445 OE1 GLN 177 135.790 194.243 158.854 1.00 98.24 ATOM 1446 NE2 GLN 177 137.071 195.287 157.431 1.00 98.24 ATOM 1447 N LEU 178 139.441 189.770 158.487 1.00 98.40 ATOM 1448 CA LEU 178 140.081 189.198 157.305 1.00 98.40 ATOM 1449 C LEU 178 139.505 189.849 156.045 1.00 98.40 ATOM 1450 O LEU 178 138.358 189.586 155.667 1.00 98.40 ATOM 1451 CB LEU 178 139.908 187.670 157.299 1.00 98.40 ATOM 1452 CG LEU 178 140.571 186.981 156.087 1.00 98.40 ATOM 1453 CD1 LEU 178 142.090 187.130 156.116 1.00 98.40 ATOM 1454 CD2 LEU 178 140.238 185.490 156.100 1.00 98.40 ATOM 1455 N ASN 179 140.316 190.635 155.345 1.00 98.25 ATOM 1456 CA ASN 179 139.961 191.145 154.032 1.00 98.25 ATOM 1457 C ASN 179 139.971 189.996 153.020 1.00 98.25 ATOM 1458 O ASN 179 141.023 189.495 152.631 1.00 98.25 ATOM 1459 CB ASN 179 140.931 192.265 153.671 1.00 98.25 ATOM 1460 CG 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