####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS388_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS388_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.28 1.28 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 1.28 1.28 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 94 165 - 259 0.95 1.35 LCS_AVERAGE: 60.62 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 94 135 135 69 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 94 135 135 64 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 94 135 135 56 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 94 135 135 16 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 94 135 135 3 14 30 106 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 94 135 135 70 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 94 135 135 70 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 94 135 135 70 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 94 135 135 70 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 94 135 135 70 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 94 135 135 70 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 94 135 135 70 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 94 135 135 69 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 94 135 135 70 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 94 135 135 45 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 94 135 135 3 3 3 88 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 94 135 135 54 103 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 94 135 135 56 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 94 135 135 27 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 94 135 135 27 102 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 94 135 135 45 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 94 135 135 70 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 94 135 135 70 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 94 135 135 70 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 94 135 135 68 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 94 135 135 68 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 94 135 135 69 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 94 135 135 70 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 94 135 135 70 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 94 135 135 70 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 94 135 135 70 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 94 135 135 70 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 94 135 135 70 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 94 135 135 70 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 94 135 135 70 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 94 135 135 70 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 94 135 135 70 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 94 135 135 70 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 94 135 135 70 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 94 135 135 70 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 94 135 135 67 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 94 135 135 33 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 94 135 135 20 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 94 135 135 30 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 94 135 135 29 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 94 135 135 25 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 94 135 135 8 102 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 94 135 135 3 16 33 121 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 94 135 135 3 16 50 94 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 94 135 135 39 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 94 135 135 69 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 217 A 217 94 135 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290 Q 290 55 135 135 70 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 55 135 135 70 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 55 135 135 70 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 55 135 135 68 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 55 135 135 68 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 55 135 135 70 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 55 135 135 54 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 36 135 135 20 101 118 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 36 135 135 38 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 36 135 135 4 23 94 121 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 34 135 135 3 3 3 75 120 132 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 86.87 ( 60.62 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 70 104 121 125 130 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 51.85 77.04 89.63 92.59 96.30 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.32 0.57 0.78 0.87 1.01 1.24 1.28 1.28 1.28 1.28 1.28 1.28 1.28 1.28 1.28 1.28 1.28 1.28 1.28 1.28 GDT RMS_ALL_AT 1.63 1.54 1.36 1.33 1.31 1.28 1.28 1.28 1.28 1.28 1.28 1.28 1.28 1.28 1.28 1.28 1.28 1.28 1.28 1.28 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.903 0 0.000 0.000 0.967 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 1.009 0 0.059 0.121 2.140 73.636 62.828 2.140 LGA W 167 W 167 0.824 0 0.082 0.186 1.344 77.727 78.571 0.809 LGA I 168 I 168 1.419 0 0.033 1.565 4.764 59.091 44.773 4.764 LGA S 169 S 169 2.467 0 0.605 0.537 5.128 44.545 31.515 5.128 LGA G 170 G 170 1.136 0 0.154 0.154 1.251 65.455 65.455 - LGA L 171 L 171 1.097 0 0.000 0.847 4.315 69.545 50.455 3.734 LGA A 172 A 172 1.152 0 0.034 0.040 1.294 73.636 72.000 - LGA P 173 P 173 0.709 0 0.017 0.076 1.068 81.818 79.481 0.993 LGA Y 174 Y 174 0.748 0 0.032 0.172 1.178 81.818 77.727 1.098 LGA G 175 G 175 0.765 0 0.072 0.072 0.765 81.818 81.818 - LGA Y 176 Y 176 0.823 0 0.052 0.097 0.942 81.818 87.879 0.344 LGA Q 177 Q 177 1.157 0 0.037 0.479 1.809 69.545 65.657 1.428 LGA L 178 L 178 0.908 0 0.090 0.132 1.176 77.727 79.773 0.974 LGA N 179 N 179 0.800 0 0.192 0.670 4.431 73.636 46.818 4.431 LGA K 180 K 180 3.606 0 0.307 0.968 13.391 26.364 11.717 13.391 LGA K 181 K 181 1.553 0 0.342 0.968 7.990 78.636 38.182 7.990 LGA T 182 T 182 0.498 0 0.068 1.112 3.206 90.909 73.247 3.206 LGA S 183 S 183 1.192 0 0.164 0.146 1.546 69.545 65.758 1.491 LGA K 184 K 184 1.203 0 0.049 0.865 3.048 65.455 62.020 3.048 LGA L 185 L 185 0.884 0 0.079 0.085 0.960 81.818 84.091 0.480 LGA D 186 D 186 0.590 0 0.063 0.089 1.046 77.727 86.591 0.303 LGA P 187 P 187 0.686 0 0.010 0.350 1.690 70.000 77.662 0.849 LGA V 188 V 188 1.177 0 0.038 0.063 1.377 65.455 65.455 1.377 LGA E 189 E 189 1.315 0 0.021 0.938 3.817 65.455 49.091 3.646 LGA D 190 D 190 1.462 0 0.021 0.042 2.104 65.455 56.591 2.104 LGA E 191 E 191 1.052 0 0.056 0.136 1.679 78.182 69.495 1.679 LGA A 192 A 192 0.527 0 0.000 0.000 0.713 90.909 89.091 - LGA K 193 K 193 0.768 0 0.050 0.662 3.693 81.818 62.424 3.573 LGA V 194 V 194 0.663 0 0.032 0.041 0.875 90.909 87.013 0.750 LGA V 195 V 195 0.182 0 0.000 0.000 0.322 100.000 100.000 0.096 LGA Q 196 Q 196 0.362 0 0.031 0.227 1.410 100.000 88.485 1.317 LGA L 197 L 197 0.452 0 0.026 0.042 0.820 100.000 90.909 0.750 LGA I 198 I 198 0.208 0 0.085 0.092 0.373 100.000 100.000 0.366 LGA F 199 F 199 0.351 0 0.056 0.085 0.550 95.455 98.347 0.262 LGA N 200 N 200 0.533 0 0.026 0.910 2.252 90.909 77.045 1.733 LGA I 201 I 201 0.340 0 0.045 0.055 0.525 95.455 97.727 0.253 LGA F 202 F 202 0.395 0 0.000 0.040 1.072 90.909 85.289 1.072 LGA L 203 L 203 0.765 0 0.015 0.111 1.492 81.818 75.682 1.212 LGA N 204 N 204 0.613 0 0.046 0.049 1.542 90.909 78.409 1.364 LGA G 205 G 205 0.198 0 0.044 0.044 0.545 95.455 95.455 - LGA L 206 L 206 0.665 0 0.005 1.358 2.720 86.364 69.773 2.720 LGA N 207 N 207 1.170 0 0.078 0.156 1.515 69.545 65.682 1.515 LGA G 208 G 208 1.218 0 0.068 0.068 1.585 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.148 0 0.059 0.148 2.207 73.636 59.798 2.207 LGA D 210 D 210 1.031 0 0.079 0.221 1.140 69.545 73.636 0.676 LGA Y 211 Y 211 1.525 0 0.097 0.410 2.001 58.182 59.545 1.460 LGA S 212 S 212 2.293 0 0.694 0.764 6.242 34.545 23.939 6.242 LGA Y 213 Y 213 2.719 0 0.170 1.646 14.414 45.455 15.303 14.414 LGA A 215 A 215 0.972 0 0.204 0.218 1.834 81.818 75.636 - LGA I 216 I 216 0.524 0 0.037 0.207 0.587 81.818 86.364 0.583 LGA A 217 A 217 0.564 0 0.024 0.037 0.590 81.818 81.818 - LGA S 218 S 218 0.626 0 0.049 0.050 0.907 81.818 81.818 0.907 LGA H 219 H 219 0.588 0 0.017 0.060 0.646 81.818 81.818 0.646 LGA L 220 L 220 0.613 0 0.025 0.085 0.613 81.818 81.818 0.555 LGA T 221 T 221 0.531 0 0.022 0.027 0.562 86.364 89.610 0.484 LGA N 222 N 222 0.572 0 0.035 0.036 0.728 81.818 81.818 0.649 LGA L 223 L 223 0.756 0 0.045 0.085 1.166 81.818 77.727 1.166 LGA Q 224 Q 224 0.597 0 0.027 0.861 5.227 90.909 58.586 5.227 LGA I 225 I 225 0.345 0 0.064 0.099 0.446 100.000 100.000 0.422 LGA P 226 P 226 0.583 0 0.045 0.051 0.844 81.818 81.818 0.844 LGA T 227 T 227 0.739 0 0.030 0.195 0.919 81.818 81.818 0.793 LGA P 228 P 228 1.168 0 0.131 0.154 1.243 73.636 72.468 1.188 LGA S 229 S 229 1.125 0 0.116 0.112 1.142 73.636 73.636 0.673 LGA G 230 G 230 0.963 0 0.000 0.000 1.026 77.727 77.727 - LGA K 231 K 231 0.414 0 0.157 0.696 2.425 86.364 85.051 2.425 LGA K 232 K 232 0.651 0 0.216 0.883 2.901 81.818 67.879 2.901 LGA R 233 R 233 0.674 0 0.030 0.941 4.757 81.818 55.041 4.403 LGA W 234 W 234 0.827 0 0.057 0.120 0.875 81.818 81.818 0.673 LGA N 235 N 235 0.969 0 0.021 0.873 2.585 81.818 70.909 2.585 LGA Q 236 Q 236 0.462 0 0.039 0.833 3.594 95.455 78.384 1.089 LGA Y 237 Y 237 1.175 0 0.040 0.387 2.163 69.545 59.697 2.163 LGA T 238 T 238 1.044 0 0.027 0.255 1.427 73.636 70.130 1.427 LGA I 239 I 239 0.654 0 0.004 0.082 0.846 81.818 86.364 0.598 LGA K 240 K 240 0.962 0 0.057 0.602 4.661 81.818 56.162 4.661 LGA A 241 A 241 1.111 0 0.046 0.051 1.283 69.545 68.727 - LGA I 242 I 242 0.317 0 0.038 0.043 1.088 95.455 86.591 1.088 LGA L 243 L 243 0.332 0 0.053 0.152 0.813 90.909 93.182 0.347 LGA Q 244 Q 244 0.777 0 0.042 0.324 1.203 77.727 76.364 1.089 LGA N 245 N 245 0.722 0 0.000 0.065 0.766 81.818 81.818 0.765 LGA E 246 E 246 0.611 0 0.000 0.694 1.637 81.818 74.949 1.637 LGA V 247 V 247 0.391 0 0.039 0.114 0.511 100.000 97.403 0.511 LGA Y 248 Y 248 0.473 0 0.000 0.152 0.934 100.000 92.424 0.934 LGA I 249 I 249 0.459 0 0.029 0.041 0.773 100.000 90.909 0.713 LGA G 250 G 250 0.323 0 0.025 0.025 0.406 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.604 0 0.044 0.071 0.722 81.818 81.818 0.544 LGA V 252 V 252 0.657 0 0.040 0.120 1.104 81.818 79.481 1.104 LGA K 253 K 253 0.496 0 0.020 0.199 0.837 90.909 91.919 0.207 LGA Y 254 Y 254 0.694 0 0.034 0.374 2.725 81.818 69.394 2.725 LGA K 255 K 255 0.635 0 0.042 0.812 4.828 81.818 54.141 4.828 LGA V 256 V 256 0.617 0 0.144 0.162 0.900 86.364 84.416 0.573 LGA R 257 R 257 0.942 0 0.056 1.102 4.221 73.636 56.529 3.533 LGA E 258 E 258 1.382 0 0.044 0.952 5.684 55.000 38.586 5.684 LGA K 259 K 259 2.204 0 0.025 0.102 4.228 35.909 24.848 4.228 LGA T 260 T 260 3.100 0 0.019 0.117 3.621 16.818 18.701 3.016 LGA K 261 K 261 4.711 0 0.063 0.927 11.940 2.727 1.212 11.940 LGA D 262 D 262 4.282 0 0.079 0.912 5.007 8.182 5.682 5.007 LGA G 263 G 263 3.208 0 0.092 0.092 3.450 22.727 22.727 - LGA K 264 K 264 2.016 0 0.021 0.466 3.205 35.455 40.404 3.205 LGA R 265 R 265 1.375 0 0.097 1.022 3.259 61.818 60.165 3.259 LGA T 266 T 266 1.192 0 0.035 0.174 1.782 65.455 63.377 1.169 LGA I 267 I 267 0.808 0 0.046 0.078 1.119 81.818 79.773 1.119 LGA R 268 R 268 0.811 0 0.000 0.939 3.263 81.818 64.793 1.976 LGA P 269 P 269 1.084 0 0.000 0.000 1.185 73.636 72.468 1.163 LGA E 270 E 270 1.094 0 0.010 0.856 3.691 65.455 49.899 3.107 LGA K 271 K 271 1.279 0 0.066 0.720 4.604 65.455 48.485 4.604 LGA E 272 E 272 0.881 0 0.095 0.117 1.444 77.727 72.727 1.444 LGA Q 273 Q 273 0.877 0 0.021 0.073 0.926 81.818 81.818 0.865 LGA I 274 I 274 0.788 0 0.067 0.084 1.039 81.818 79.773 1.039 LGA V 275 V 275 0.384 0 0.057 0.074 0.570 100.000 94.805 0.567 LGA V 276 V 276 0.651 0 0.000 0.036 0.788 81.818 81.818 0.788 LGA Q 277 Q 277 0.532 0 0.048 0.633 2.705 86.364 69.495 2.705 LGA D 278 D 278 0.363 0 0.040 0.176 0.912 100.000 97.727 0.912 LGA A 279 A 279 0.627 0 0.021 0.044 0.702 81.818 81.818 - LGA H 280 H 280 0.346 0 0.038 0.170 0.568 100.000 98.182 0.103 LGA A 281 A 281 0.245 0 0.000 0.000 0.371 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.212 0 0.020 0.024 0.613 95.455 94.805 0.563 LGA I 283 I 283 0.290 0 0.025 0.072 0.642 95.455 93.182 0.642 LGA I 284 I 284 0.418 0 0.000 0.081 0.629 90.909 95.455 0.262 LGA D 285 D 285 1.114 0 0.091 0.890 3.206 69.545 56.364 2.032 LGA K 286 K 286 1.222 0 0.038 0.267 1.335 65.455 70.909 0.906 LGA E 287 E 287 1.336 0 0.040 0.451 1.814 65.455 62.222 1.814 LGA Q 288 Q 288 1.054 0 0.000 0.292 1.744 65.455 65.657 1.410 LGA F 289 F 289 1.075 0 0.034 0.135 1.326 65.455 65.455 1.280 LGA Q 290 Q 290 1.366 0 0.000 1.199 2.680 65.455 59.798 2.680 LGA Q 291 Q 291 1.188 0 0.000 0.192 1.333 65.455 65.455 1.333 LGA S 292 S 292 1.065 0 0.045 0.681 3.082 65.455 60.303 3.082 LGA Q 293 Q 293 1.399 0 0.041 0.256 1.937 58.182 57.374 1.937 LGA V 294 V 294 1.541 0 0.015 0.045 1.735 58.182 55.065 1.571 LGA K 295 K 295 1.064 0 0.071 0.146 1.348 65.455 74.545 0.642 LGA I 296 I 296 1.295 0 0.023 0.075 1.682 58.182 60.000 1.300 LGA A 297 A 297 1.933 0 0.122 0.148 2.625 45.000 43.636 - LGA N 298 N 298 1.251 0 0.040 0.584 1.783 58.182 66.136 1.783 LGA K 299 K 299 2.449 0 0.264 0.620 13.698 59.091 26.465 13.698 LGA V 300 V 300 3.806 0 0.116 0.142 7.501 19.545 11.169 7.501 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 1.278 1.238 2.088 75.104 69.712 54.775 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 1.28 92.407 96.605 9.798 LGA_LOCAL RMSD: 1.278 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 1.278 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 1.278 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.432299 * X + 0.823615 * Y + -0.367119 * Z + 148.413498 Y_new = 0.847477 * X + 0.232005 * Y + -0.477448 * Z + 165.247498 Z_new = -0.308060 * X + -0.517524 * Y + -0.798290 * Z + 176.350647 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 2.042492 0.313153 -2.566420 [DEG: 117.0262 17.9423 -147.0450 ] ZXZ: -0.655500 2.495248 -2.604668 [DEG: -37.5574 142.9671 -149.2365 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS388_3-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS388_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 1.28 96.605 1.28 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS388_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 3 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.714 186.792 153.781 1.00 98.32 ATOM 1346 CA GLY 165 152.096 187.503 154.904 1.00 98.32 ATOM 1347 C GLY 165 150.564 187.438 154.906 1.00 98.32 ATOM 1348 O GLY 165 149.911 188.257 155.547 1.00 98.32 ATOM 1349 N LYS 166 149.961 186.487 154.178 1.00 98.51 ATOM 1350 CA LYS 166 148.506 186.290 154.196 1.00 98.51 ATOM 1351 C LYS 166 148.087 185.555 155.459 1.00 98.51 ATOM 1352 O LYS 166 148.745 184.619 155.921 1.00 98.51 ATOM 1353 CB LYS 166 148.009 185.557 152.948 1.00 98.51 ATOM 1354 CG LYS 166 148.193 186.392 151.679 1.00 98.51 ATOM 1355 CD LYS 166 147.875 185.546 150.444 1.00 98.51 ATOM 1356 CE LYS 166 147.796 186.452 149.217 1.00 98.51 ATOM 1357 NZ LYS 166 147.828 185.652 147.975 1.00 98.51 ATOM 1358 N TRP 167 146.934 185.937 155.990 1.00 98.21 ATOM 1359 CA TRP 167 146.382 185.319 157.181 1.00 98.21 ATOM 1360 C TRP 167 145.654 184.016 156.835 1.00 98.21 ATOM 1361 O TRP 167 144.566 184.024 156.261 1.00 98.21 ATOM 1362 CB TRP 167 145.482 186.317 157.898 1.00 98.21 ATOM 1363 CG TRP 167 144.960 185.794 159.195 1.00 98.21 ATOM 1364 CD1 TRP 167 143.732 185.275 159.417 1.00 98.21 ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.674 185.696 160.460 1.00 98.21 ATOM 1366 NE1 TRP 167 143.631 184.875 160.735 1.00 98.21 ATOM 1367 CE2 TRP 167 144.802 185.111 161.424 1.00 98.21 ATOM 1368 CE3 TRP 167 146.976 186.038 160.883 1.00 98.21 ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.198 184.887 162.749 1.00 98.21 ATOM 1370 CZ3 TRP 167 147.384 185.821 162.212 1.00 98.21 ATOM 1371 CH2 TRP 167 146.497 185.251 163.145 1.00 98.21 ATOM 1372 N ILE 168 146.251 182.879 157.205 1.00 96.30 ATOM 1373 CA ILE 168 145.700 181.531 156.959 1.00 96.30 ATOM 1374 C ILE 168 145.375 180.753 158.241 1.00 96.30 ATOM 1375 O ILE 168 145.024 179.573 158.194 1.00 96.30 ATOM 1376 CB ILE 168 146.624 180.722 156.030 1.00 96.30 ATOM 1377 CG1 ILE 168 148.010 180.485 156.671 1.00 96.30 ATOM 1378 CG2 ILE 168 146.736 181.413 154.660 1.00 96.30 ATOM 1379 CD1 ILE 168 148.787 179.414 155.911 1.00 96.30 ATOM 1380 N SER 169 145.502 181.402 159.397 1.00 92.48 ATOM 1381 CA SER 169 145.459 180.758 160.717 1.00 92.48 ATOM 1382 C SER 169 144.048 180.644 161.312 1.00 92.48 ATOM 1383 O SER 169 143.898 180.383 162.504 1.00 92.48 ATOM 1384 CB SER 169 146.445 181.452 161.660 1.00 92.48 ATOM 1385 OG SER 169 147.762 181.267 161.168 1.00 92.48 ATOM 1386 N GLY 170 143.007 180.796 160.491 1.00 93.76 ATOM 1387 CA GLY 170 141.608 180.725 160.911 1.00 93.76 ATOM 1388 C GLY 170 141.002 182.108 161.128 1.00 93.76 ATOM 1389 O GLY 170 141.186 182.999 160.303 1.00 93.76 ATOM 1390 N LEU 171 140.246 182.271 162.217 1.00 96.36 ATOM 1391 CA LEU 171 139.574 183.532 162.540 1.00 96.36 ATOM 1392 C LEU 171 140.597 184.670 162.703 1.00 96.36 ATOM 1393 O LEU 171 141.691 184.450 163.227 1.00 96.36 ATOM 1394 CB LEU 171 138.709 183.330 163.800 1.00 96.36 ATOM 1395 CG LEU 171 137.811 184.527 164.172 1.00 96.36 ATOM 1396 CD1 LEU 171 136.770 184.827 163.090 1.00 96.36 ATOM 1397 CD2 LEU 171 137.075 184.225 165.476 1.00 96.36 ATOM 1398 N ALA 172 140.245 185.868 162.234 1.00 97.83 ATOM 1399 CA ALA 172 141.064 187.057 162.429 1.00 97.83 ATOM 1400 C ALA 172 141.205 187.375 163.935 1.00 97.83 ATOM 1401 O ALA 172 140.263 187.146 164.700 1.00 97.83 ATOM 1402 CB ALA 172 140.454 188.227 161.650 1.00 97.83 ATOM 1403 N PRO 173 142.367 187.865 164.397 1.00 98.17 ATOM 1404 CA PRO 173 142.518 188.353 165.764 1.00 98.17 ATOM 1405 C PRO 173 141.596 189.548 166.030 1.00 98.17 ATOM 1406 O PRO 173 141.300 190.314 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194.288 164.724 1.00 98.62 ATOM 1425 O GLY 175 141.525 195.301 164.114 1.00 98.62 ATOM 1426 N TYR 176 141.010 193.117 164.107 1.00 98.78 ATOM 1427 CA TYR 176 141.225 192.897 162.679 1.00 98.78 ATOM 1428 C TYR 176 140.068 192.154 162.007 1.00 98.78 ATOM 1429 O TYR 176 139.443 191.263 162.578 1.00 98.78 ATOM 1430 CB TYR 176 142.525 192.114 162.451 1.00 98.78 ATOM 1431 CG TYR 176 143.803 192.861 162.778 1.00 98.78 ATOM 1432 CD1 TYR 176 144.237 193.881 161.914 1.00 98.78 ATOM 1433 CD2 TYR 176 144.571 192.523 163.908 1.00 98.78 ATOM 1434 CE1 TYR 176 145.436 194.565 162.169 1.00 98.78 ATOM 1435 CE2 TYR 176 145.792 193.186 164.152 1.00 98.78 ATOM 1436 CZ TYR 176 146.226 194.209 163.282 1.00 98.78 ATOM 1437 OH TYR 176 147.408 194.842 163.500 1.00 98.78 ATOM 1438 N GLN 177 139.873 192.437 160.721 1.00 98.26 ATOM 1439 CA GLN 177 139.035 191.660 159.812 1.00 98.26 ATOM 1440 C GLN 177 139.867 191.098 158.653 1.00 98.26 ATOM 1441 O GLN 177 140.833 191.710 158.203 1.00 98.26 ATOM 1442 CB GLN 177 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