####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS375_5-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS375_5-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 77 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 76 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 83 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 73 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 6 95 126 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 83 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 83 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 83 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 83 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 83 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 83 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 83 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 83 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 83 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 48 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 41 54 103 125 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 65 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 73 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 29 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 23 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 80 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 83 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 83 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 83 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 75 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 83 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 83 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 83 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 83 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 83 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 83 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 83 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 83 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 83 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 83 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 83 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 83 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 83 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 83 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 83 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 83 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 83 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 83 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 83 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 83 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 83 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 83 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 65 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 73 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 57 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 24 102 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 4 99 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 7 9 90 111 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 85 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 83 114 127 131 132 134 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 61.48 84.44 94.07 97.04 97.78 99.26 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.32 0.48 0.63 0.69 0.72 0.82 0.82 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 GDT RMS_ALL_AT 0.92 0.91 0.91 0.91 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.612 0 0.014 0.014 0.641 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.625 0 0.058 0.158 1.533 81.818 74.747 1.533 LGA W 167 W 167 0.387 0 0.046 0.098 0.636 95.455 93.506 0.611 LGA I 168 I 168 0.724 0 0.074 0.831 3.017 82.273 66.136 3.017 LGA S 169 S 169 1.394 0 0.052 0.083 3.697 73.636 55.455 3.697 LGA G 170 G 170 0.489 0 0.211 0.211 1.112 82.273 82.273 - LGA L 171 L 171 0.567 0 0.000 1.319 4.224 90.909 70.909 1.076 LGA A 172 A 172 0.347 0 0.037 0.043 0.525 100.000 96.364 - LGA P 173 P 173 0.330 0 0.026 0.116 0.957 100.000 92.208 0.957 LGA Y 174 Y 174 0.362 0 0.043 0.188 0.945 100.000 89.394 0.945 LGA G 175 G 175 0.168 0 0.056 0.056 0.193 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.172 0 0.029 0.144 0.355 100.000 100.000 0.140 LGA Q 177 Q 177 0.477 0 0.055 0.269 0.993 100.000 95.960 0.744 LGA L 178 L 178 0.451 0 0.079 0.103 0.936 95.455 90.909 0.936 LGA N 179 N 179 0.971 0 0.184 0.626 4.456 67.727 42.955 4.456 LGA K 180 K 180 4.317 0 0.291 0.970 13.970 13.182 5.859 13.970 LGA K 181 K 181 0.864 0 0.370 0.997 7.322 90.909 47.677 7.322 LGA T 182 T 182 0.636 0 0.058 1.102 3.349 82.273 70.649 3.349 LGA S 183 S 183 1.105 0 0.148 0.132 1.521 69.545 63.333 1.508 LGA K 184 K 184 1.063 0 0.053 0.836 2.510 69.545 64.848 2.510 LGA L 185 L 185 0.544 0 0.060 0.069 0.607 86.364 90.909 0.496 LGA D 186 D 186 0.087 0 0.068 0.105 0.643 100.000 95.455 0.643 LGA P 187 P 187 0.450 0 0.000 0.361 1.183 86.818 87.273 0.534 LGA V 188 V 188 0.713 0 0.000 0.033 0.831 81.818 81.818 0.831 LGA E 189 E 189 0.743 0 0.031 0.319 1.522 81.818 78.384 1.522 LGA D 190 D 190 0.663 0 0.023 0.046 0.890 86.364 84.091 0.890 LGA E 191 E 191 0.492 0 0.030 0.054 0.835 95.455 87.879 0.835 LGA A 192 A 192 0.319 0 0.000 0.000 0.406 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.309 0 0.015 0.647 2.740 100.000 85.051 2.459 LGA V 194 V 194 0.297 0 0.030 0.045 0.359 100.000 100.000 0.359 LGA V 195 V 195 0.084 0 0.000 0.000 0.198 100.000 100.000 0.114 LGA Q 196 Q 196 0.161 0 0.021 0.271 1.377 100.000 90.303 1.192 LGA L 197 L 197 0.170 0 0.012 0.050 0.409 100.000 100.000 0.379 LGA I 198 I 198 0.248 0 0.089 0.099 0.437 100.000 100.000 0.333 LGA F 199 F 199 0.214 0 0.044 0.082 0.320 100.000 100.000 0.100 LGA N 200 N 200 0.272 0 0.044 1.028 3.498 100.000 77.500 3.498 LGA I 201 I 201 0.126 0 0.031 0.051 0.213 100.000 100.000 0.085 LGA F 202 F 202 0.168 0 0.000 0.037 0.576 100.000 95.041 0.576 LGA L 203 L 203 0.355 0 0.004 0.058 0.785 100.000 93.182 0.718 LGA N 204 N 204 0.214 0 0.022 0.109 0.968 100.000 93.182 0.650 LGA G 205 G 205 0.228 0 0.043 0.043 0.275 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.296 0 0.000 0.072 0.657 90.909 95.455 0.299 LGA N 207 N 207 0.846 0 0.054 0.270 1.657 81.818 73.864 1.092 LGA G 208 G 208 1.032 0 0.019 0.019 1.311 69.545 69.545 - LGA K 209 K 209 1.113 0 0.057 0.337 2.054 69.545 62.626 2.054 LGA D 210 D 210 1.048 0 0.131 0.853 2.297 73.636 64.318 2.297 LGA Y 211 Y 211 1.676 0 0.119 0.429 1.875 54.545 54.545 1.346 LGA S 212 S 212 2.243 0 0.690 0.757 5.914 36.364 26.061 5.914 LGA Y 213 Y 213 2.901 0 0.163 1.609 14.779 41.818 14.091 14.779 LGA A 215 A 215 0.921 0 0.209 0.224 1.929 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.284 0 0.032 0.172 0.460 100.000 100.000 0.438 LGA A 217 A 217 0.189 0 0.032 0.047 0.284 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.488 0 0.055 0.097 1.240 100.000 91.212 1.240 LGA H 219 H 219 0.262 0 0.025 0.036 0.364 100.000 100.000 0.364 LGA L 220 L 220 0.287 0 0.028 0.090 0.474 100.000 100.000 0.474 LGA T 221 T 221 0.274 0 0.017 0.048 0.396 100.000 100.000 0.333 LGA N 222 N 222 0.317 0 0.026 0.036 0.464 100.000 100.000 0.406 LGA L 223 L 223 0.460 0 0.033 0.055 0.793 100.000 90.909 0.698 LGA Q 224 Q 224 0.525 0 0.021 0.827 4.370 86.364 62.424 4.370 LGA I 225 I 225 0.621 0 0.053 0.144 0.668 81.818 88.636 0.224 LGA P 226 P 226 0.727 0 0.065 0.070 0.893 81.818 81.818 0.870 LGA T 227 T 227 0.176 0 0.036 0.160 0.446 100.000 100.000 0.239 LGA P 228 P 228 0.753 0 0.086 0.088 0.927 81.818 81.818 0.927 LGA S 229 S 229 0.671 0 0.134 0.126 1.041 86.364 82.121 1.041 LGA G 230 G 230 0.424 0 0.067 0.067 0.912 95.455 95.455 - LGA K 231 K 231 0.644 0 0.111 0.678 3.030 82.273 74.949 3.030 LGA K 232 K 232 0.622 0 0.144 0.876 3.925 86.364 65.051 3.925 LGA R 233 R 233 0.334 0 0.021 1.019 4.984 100.000 63.967 4.984 LGA W 234 W 234 0.198 0 0.053 0.109 0.684 100.000 97.403 0.461 LGA N 235 N 235 0.582 0 0.028 0.850 2.411 86.364 78.636 2.411 LGA Q 236 Q 236 0.422 0 0.041 0.859 3.539 90.909 76.162 0.520 LGA Y 237 Y 237 0.746 0 0.040 1.695 10.577 86.364 36.667 10.577 LGA T 238 T 238 0.541 0 0.012 0.298 1.090 90.909 84.675 1.090 LGA I 239 I 239 0.340 0 0.007 0.082 0.450 100.000 100.000 0.391 LGA K 240 K 240 0.491 0 0.062 0.601 4.002 100.000 73.737 4.002 LGA A 241 A 241 0.538 0 0.064 0.068 0.648 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.301 0 0.044 0.059 0.884 100.000 90.909 0.884 LGA L 243 L 243 0.151 0 0.014 0.129 0.510 95.455 97.727 0.196 LGA Q 244 Q 244 0.296 0 0.023 0.304 1.231 95.455 88.283 1.231 LGA N 245 N 245 0.340 0 0.000 0.099 0.627 100.000 97.727 0.627 LGA E 246 E 246 0.350 0 0.000 0.631 1.901 100.000 88.687 1.356 LGA V 247 V 247 0.227 0 0.021 0.060 0.261 100.000 100.000 0.133 LGA Y 248 Y 248 0.280 0 0.000 0.099 1.045 100.000 91.061 1.045 LGA I 249 I 249 0.263 0 0.078 0.101 0.407 100.000 100.000 0.362 LGA G 250 G 250 0.239 0 0.036 0.036 0.291 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.198 0 0.042 0.047 0.340 100.000 100.000 0.340 LGA V 252 V 252 0.218 0 0.052 0.122 0.577 100.000 97.403 0.577 LGA K 253 K 253 0.474 0 0.020 0.147 0.605 90.909 89.899 0.554 LGA Y 254 Y 254 0.746 0 0.040 0.346 2.786 81.818 65.758 2.786 LGA K 255 K 255 0.859 0 0.059 0.117 0.946 81.818 81.818 0.746 LGA V 256 V 256 0.802 0 0.077 0.090 0.879 81.818 81.818 0.859 LGA R 257 R 257 1.055 0 0.106 1.109 6.571 65.455 41.488 4.385 LGA E 258 E 258 1.007 0 0.061 0.968 4.404 69.545 52.323 4.404 LGA K 259 K 259 1.465 0 0.023 0.157 2.078 65.455 54.545 2.078 LGA T 260 T 260 1.304 0 0.019 0.095 1.627 58.182 61.299 1.195 LGA K 261 K 261 1.864 0 0.018 0.724 6.378 47.727 31.515 6.378 LGA D 262 D 262 1.721 0 0.072 0.701 3.014 50.909 42.273 3.014 LGA G 263 G 263 1.789 0 0.113 0.113 2.064 47.727 47.727 - LGA K 264 K 264 1.393 0 0.000 0.456 1.607 65.455 67.677 0.451 LGA R 265 R 265 1.325 0 0.087 1.000 3.451 65.455 57.190 3.451 LGA T 266 T 266 1.006 0 0.000 0.106 1.125 69.545 74.805 0.963 LGA I 267 I 267 0.834 0 0.035 0.091 1.037 77.727 79.773 0.834 LGA R 268 R 268 0.572 0 0.000 0.971 2.652 90.909 74.711 2.652 LGA P 269 P 269 0.395 0 0.000 0.015 0.491 100.000 100.000 0.491 LGA E 270 E 270 0.289 0 0.000 0.857 3.271 100.000 76.566 2.308 LGA K 271 K 271 0.099 0 0.045 0.622 3.638 100.000 68.687 3.240 LGA E 272 E 272 0.268 0 0.073 0.118 1.671 100.000 82.828 1.671 LGA Q 273 Q 273 0.386 0 0.016 0.063 0.705 100.000 95.960 0.497 LGA I 274 I 274 0.415 0 0.051 0.074 0.740 95.455 88.636 0.740 LGA V 275 V 275 0.056 0 0.018 0.020 0.293 100.000 100.000 0.272 LGA V 276 V 276 0.273 0 0.000 0.062 0.518 100.000 97.403 0.440 LGA Q 277 Q 277 0.318 0 0.048 0.643 3.237 100.000 75.960 3.237 LGA D 278 D 278 0.317 0 0.040 0.137 0.471 100.000 100.000 0.471 LGA A 279 A 279 0.302 0 0.022 0.048 0.335 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.203 0 0.037 0.236 0.647 100.000 94.545 0.647 LGA A 281 A 281 0.244 0 0.000 0.000 0.306 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.300 0 0.000 0.021 0.510 100.000 97.403 0.510 LGA I 283 I 283 0.460 0 0.054 0.081 0.830 90.909 90.909 0.531 LGA I 284 I 284 0.402 0 0.006 0.065 0.428 100.000 100.000 0.309 LGA D 285 D 285 0.533 0 0.022 0.165 0.935 95.455 90.909 0.935 LGA K 286 K 286 0.504 0 0.016 0.267 1.345 81.818 80.000 1.345 LGA E 287 E 287 0.675 0 0.028 0.219 1.127 81.818 82.020 0.363 LGA Q 288 Q 288 0.520 0 0.000 0.515 1.215 90.909 80.404 1.034 LGA F 289 F 289 0.262 0 0.036 0.120 0.587 100.000 96.694 0.556 LGA Q 290 Q 290 0.464 0 0.000 0.818 2.266 100.000 77.980 1.777 LGA Q 291 Q 291 0.251 0 0.000 0.227 0.941 100.000 93.939 0.941 LGA S 292 S 292 0.153 0 0.073 0.691 2.219 100.000 89.697 2.219 LGA Q 293 Q 293 0.506 0 0.039 0.245 0.849 86.364 85.859 0.810 LGA V 294 V 294 0.689 0 0.016 0.061 0.821 81.818 81.818 0.648 LGA K 295 K 295 0.589 0 0.043 0.167 1.076 82.273 82.020 0.610 LGA I 296 I 296 0.914 0 0.025 0.076 1.436 73.636 75.682 0.565 LGA A 297 A 297 1.493 0 0.117 0.142 2.395 55.000 54.182 - LGA N 298 N 298 1.535 0 0.034 0.515 2.825 45.455 61.818 1.008 LGA K 299 K 299 3.599 0 0.304 1.138 14.660 31.818 14.141 14.660 LGA V 300 V 300 1.986 0 0.145 0.161 4.527 51.364 31.948 4.527 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.900 0.864 1.898 87.209 80.622 64.400 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.90 95.370 97.888 13.498 LGA_LOCAL RMSD: 0.900 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.900 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.900 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.896737 * X + 0.440475 * Y + 0.042956 * Z + 154.528732 Y_new = 0.226588 * X + -0.540327 * Y + 0.810373 * Z + 151.487701 Z_new = 0.380160 * X + -0.716958 * Y + -0.584337 * Z + 144.151764 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.247500 -0.389969 -2.254631 [DEG: 14.1807 -22.3436 -129.1808 ] ZXZ: 3.088634 2.194859 2.654047 [DEG: 176.9657 125.7562 152.0657 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS375_5-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS375_5-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.90 97.888 0.90 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS375_5-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 5 STOICH A1 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.140 186.921 153.565 1.00 79.11 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.440 187.684 154.607 1.00 78.88 C ATOM 1347 C GLY 165 150.917 187.519 154.602 1.00 81.07 C ATOM 1348 O GLY 165 150.207 188.306 155.230 1.00 78.04 O ATOM 1349 N LYS 166 150.387 186.510 153.900 1.00 80.75 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.954 186.208 153.875 1.00 80.50 C ATOM 1351 C LYS 166 148.553 185.444 155.141 1.00 81.68 C ATOM 1352 O LYS 166 149.272 184.564 155.609 1.00 79.53 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.575 185.445 152.589 1.00 79.04 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.813 186.268 151.300 1.00 76.41 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.447 185.510 150.014 1.00 74.22 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.702 186.401 148.785 1.00 68.41 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.442 185.744 147.475 1.00 62.53 N ATOM 1358 N TRP 167 147.375 185.751 155.677 1.00 82.60 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.812 185.025 156.819 1.00 82.80 C ATOM 1360 C TRP 167 146.088 183.768 156.341 1.00 82.26 C ATOM 1361 O TRP 167 145.086 183.851 155.641 1.00 79.38 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.887 185.939 157.608 1.00 82.82 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.419 185.331 158.887 1.00 83.80 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.293 184.612 159.061 1.00 79.70 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 146.099 185.350 160.182 1.00 82.34 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 144.218 184.188 160.385 1.00 80.20 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.305 184.619 161.097 1.00 81.83 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.300 185.918 160.651 1.00 80.93 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.694 184.452 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PRO 173 143.124 187.917 165.797 1.00 84.03 C ATOM 1405 C PRO 173 142.136 189.051 166.091 1.00 84.83 C ATOM 1406 O PRO 173 141.697 189.752 165.181 1.00 83.65 O ATOM 1407 CB PRO 173 144.566 188.414 165.868 1.00 82.40 C ATOM 1408 CG PRO 173 145.217 187.963 164.576 1.00 79.30 C ATOM 1409 CD PRO 173 144.082 187.666 163.621 1.00 82.69 C ATOM 1410 N TYR 174 141.816 189.260 167.361 1.00 86.35 N ATOM 1411 CA TYR 174 141.000 190.396 167.777 1.00 86.40 C ATOM 1412 C TYR 174 141.659 191.718 167.372 1.00 86.40 C ATOM 1413 O TYR 174 142.873 191.849 167.481 1.00 83.93 O ATOM 1414 CB TYR 174 140.783 190.321 169.286 1.00 85.95 C ATOM 1415 CG TYR 174 139.845 191.377 169.811 1.00 87.36 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 140.328 192.439 170.592 1.00 80.07 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 138.473 191.313 169.501 1.00 80.90 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 139.448 193.423 171.070 1.00 79.45 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 137.590 192.293 169.970 1.00 79.92 C ATOM 1420 CZ TYR 174 138.080 193.344 170.756 1.00 84.87 C ATOM 1421 OH TYR 174 137.212 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ATOM 1646 CD2 PHE 202 149.841 194.571 181.479 1.00 75.89 C ATOM 1647 CE1 PHE 202 152.363 194.454 180.277 1.00 74.44 C ATOM 1648 CE2 PHE 202 150.808 193.693 181.980 1.00 75.41 C ATOM 1649 CZ PHE 202 152.070 193.635 181.377 1.00 78.78 C ATOM 1650 N LEU 203 150.622 199.188 180.244 1.00 83.68 N ATOM 1651 CA LEU 203 151.870 199.947 180.372 1.00 82.33 C ATOM 1652 C LEU 203 151.789 201.015 181.466 1.00 81.66 C ATOM 1653 O LEU 203 152.584 200.989 182.405 1.00 77.30 O ATOM 1654 CB LEU 203 152.236 200.556 179.008 1.00 80.71 C ATOM 1655 CG LEU 203 152.746 199.517 177.994 1.00 77.51 C ATOM 1656 CD1 LEU 203 152.850 200.154 176.625 1.00 71.43 C ATOM 1657 CD2 LEU 203 154.128 198.975 178.379 1.00 71.41 C ATOM 1658 N ASN 204 150.800 201.898 181.378 1.00 80.05 N ATOM 1659 CA ASN 204 150.702 203.106 182.201 1.00 77.39 C ATOM 1660 C ASN 204 149.834 202.916 183.451 1.00 75.20 C ATOM 1661 O ASN 204 149.874 203.736 184.365 1.00 68.56 O ATOM 1662 CB ASN 204 150.158 204.240 181.315 1.00 76.00 C ATOM 1663 CG 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