####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS375_4-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS375_4-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.93 0.93 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 57 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 73 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 76 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 63 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 6 41 123 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 73 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 73 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 77 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 77 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 77 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 77 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 77 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 77 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 77 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 44 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 3 4 102 129 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 48 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 75 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 39 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 30 112 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 73 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 77 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 77 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 77 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 76 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 77 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 77 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 77 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 77 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 77 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 77 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 77 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 77 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 77 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 77 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 77 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 77 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 77 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 72 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 75 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 48 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 24 108 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 31 110 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 4 6 73 103 125 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 121 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 77 113 124 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 57.04 83.70 91.85 96.30 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.48 0.61 0.72 0.77 0.86 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 GDT RMS_ALL_AT 0.97 0.97 0.94 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 0.93 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.709 0 0.019 0.019 0.734 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.679 0 0.055 0.177 1.711 81.818 74.747 1.711 LGA W 167 W 167 0.467 0 0.040 0.107 0.717 86.364 89.610 0.612 LGA I 168 I 168 0.917 0 0.079 0.795 3.007 74.545 62.273 3.007 LGA S 169 S 169 1.628 0 0.138 0.222 4.400 62.273 45.455 4.400 LGA G 170 G 170 0.706 0 0.220 0.220 1.343 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.808 0 0.000 1.320 4.167 90.909 68.864 1.108 LGA A 172 A 172 0.432 0 0.035 0.044 0.593 95.455 92.727 - LGA P 173 P 173 0.328 0 0.000 0.064 0.685 100.000 94.805 0.685 LGA Y 174 Y 174 0.368 0 0.040 0.178 0.874 100.000 89.394 0.874 LGA G 175 G 175 0.205 0 0.057 0.057 0.205 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.163 0 0.037 0.146 0.360 100.000 100.000 0.153 LGA Q 177 Q 177 0.513 0 0.047 0.210 0.806 90.909 87.879 0.733 LGA L 178 L 178 0.455 0 0.080 0.100 0.902 95.455 93.182 0.902 LGA N 179 N 179 0.881 0 0.176 0.605 4.310 70.909 45.455 4.310 LGA K 180 K 180 4.101 0 0.292 0.972 13.962 19.091 8.485 13.962 LGA K 181 K 181 1.152 0 0.373 0.994 7.675 86.818 43.636 7.675 LGA T 182 T 182 0.490 0 0.057 1.102 3.309 86.818 70.909 3.309 LGA S 183 S 183 1.069 0 0.133 0.121 1.422 69.545 68.182 1.331 LGA K 184 K 184 1.053 0 0.058 0.819 2.488 69.545 67.879 2.488 LGA L 185 L 185 0.550 0 0.061 0.073 0.626 86.364 93.182 0.459 LGA D 186 D 186 0.085 0 0.062 0.090 0.536 100.000 97.727 0.536 LGA P 187 P 187 0.444 0 0.011 0.066 1.083 86.818 87.273 0.631 LGA V 188 V 188 0.680 0 0.000 0.027 0.791 81.818 81.818 0.791 LGA E 189 E 189 0.743 0 0.028 0.322 1.607 81.818 78.384 1.607 LGA D 190 D 190 0.697 0 0.026 0.047 0.941 86.364 84.091 0.941 LGA E 191 E 191 0.486 0 0.041 0.058 0.774 95.455 87.879 0.774 LGA A 192 A 192 0.307 0 0.000 0.000 0.397 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.338 0 0.026 0.654 2.855 100.000 83.838 2.597 LGA V 194 V 194 0.318 0 0.036 0.047 0.381 100.000 100.000 0.381 LGA V 195 V 195 0.065 0 0.000 0.000 0.140 100.000 100.000 0.064 LGA Q 196 Q 196 0.220 0 0.027 0.272 1.398 100.000 90.303 1.199 LGA L 197 L 197 0.251 0 0.022 0.047 0.507 100.000 97.727 0.473 LGA I 198 I 198 0.235 0 0.087 0.098 0.463 100.000 100.000 0.376 LGA F 199 F 199 0.257 0 0.047 0.079 0.407 100.000 100.000 0.194 LGA N 200 N 200 0.300 0 0.040 0.769 2.008 100.000 85.682 2.008 LGA I 201 I 201 0.105 0 0.035 0.055 0.179 100.000 100.000 0.118 LGA F 202 F 202 0.154 0 0.000 0.035 0.702 100.000 95.041 0.702 LGA L 203 L 203 0.408 0 0.000 0.060 0.898 100.000 90.909 0.839 LGA N 204 N 204 0.275 0 0.026 0.095 1.201 100.000 88.864 0.923 LGA G 205 G 205 0.300 0 0.050 0.050 0.361 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.444 0 0.032 0.126 0.878 90.909 93.182 0.276 LGA N 207 N 207 1.241 0 0.063 0.287 2.117 69.545 60.455 1.601 LGA G 208 G 208 1.278 0 0.000 0.000 1.426 65.455 65.455 - LGA K 209 K 209 1.354 0 0.036 0.757 2.616 65.455 62.222 2.616 LGA D 210 D 210 1.183 0 0.078 0.846 2.544 69.545 60.909 2.544 LGA Y 211 Y 211 1.703 0 0.126 0.441 1.944 54.545 54.545 1.446 LGA S 212 S 212 2.239 0 0.690 0.754 5.934 36.364 26.061 5.934 LGA Y 213 Y 213 2.855 0 0.160 1.622 14.760 41.818 14.091 14.760 LGA A 215 A 215 0.875 0 0.204 0.220 1.874 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.278 0 0.020 0.176 0.444 100.000 100.000 0.444 LGA A 217 A 217 0.161 0 0.033 0.045 0.250 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.437 0 0.045 0.084 1.117 100.000 91.212 1.117 LGA H 219 H 219 0.287 0 0.022 0.038 0.358 100.000 100.000 0.358 LGA L 220 L 220 0.283 0 0.012 0.092 0.447 100.000 100.000 0.447 LGA T 221 T 221 0.210 0 0.007 0.046 0.301 100.000 100.000 0.239 LGA N 222 N 222 0.272 0 0.016 0.040 0.423 100.000 100.000 0.423 LGA L 223 L 223 0.449 0 0.046 0.051 0.753 100.000 90.909 0.707 LGA Q 224 Q 224 0.478 0 0.032 0.827 4.559 90.909 64.040 4.559 LGA I 225 I 225 0.521 0 0.048 0.140 0.585 86.364 93.182 0.121 LGA P 226 P 226 0.663 0 0.064 0.073 0.808 81.818 81.818 0.798 LGA T 227 T 227 0.259 0 0.032 0.163 0.441 100.000 100.000 0.316 LGA P 228 P 228 0.756 0 0.081 0.084 0.895 81.818 81.818 0.895 LGA S 229 S 229 0.677 0 0.129 0.120 0.869 86.364 84.848 0.869 LGA G 230 G 230 0.445 0 0.083 0.083 0.775 95.455 95.455 - LGA K 231 K 231 0.460 0 0.102 0.674 2.699 86.818 82.020 2.699 LGA K 232 K 232 0.466 0 0.168 0.864 3.656 90.909 69.091 3.656 LGA R 233 R 233 0.223 0 0.022 1.407 8.812 100.000 51.240 8.812 LGA W 234 W 234 0.289 0 0.061 0.111 0.619 100.000 97.403 0.375 LGA N 235 N 235 0.602 0 0.017 0.828 2.395 86.364 78.636 2.395 LGA Q 236 Q 236 0.294 0 0.033 0.835 3.632 95.455 80.202 0.591 LGA Y 237 Y 237 0.763 0 0.032 0.389 2.122 86.364 69.091 2.122 LGA T 238 T 238 0.569 0 0.020 0.292 1.178 90.909 84.675 1.178 LGA I 239 I 239 0.359 0 0.019 0.089 0.465 100.000 100.000 0.386 LGA K 240 K 240 0.564 0 0.064 0.598 4.150 86.364 64.444 4.150 LGA A 241 A 241 0.597 0 0.061 0.065 0.697 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.191 0 0.039 0.058 0.842 100.000 93.182 0.842 LGA L 243 L 243 0.217 0 0.021 0.131 0.624 95.455 97.727 0.260 LGA Q 244 Q 244 0.438 0 0.025 0.310 1.290 90.909 86.263 1.290 LGA N 245 N 245 0.457 0 0.000 0.095 0.705 95.455 88.636 0.705 LGA E 246 E 246 0.414 0 0.000 0.633 1.890 100.000 88.687 1.338 LGA V 247 V 247 0.247 0 0.025 0.062 0.300 100.000 100.000 0.137 LGA Y 248 Y 248 0.311 0 0.000 0.104 1.060 100.000 91.061 1.060 LGA I 249 I 249 0.281 0 0.074 0.095 0.444 100.000 100.000 0.408 LGA G 250 G 250 0.228 0 0.033 0.033 0.279 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.219 0 0.037 0.040 0.362 100.000 100.000 0.317 LGA V 252 V 252 0.256 0 0.053 0.133 0.615 100.000 97.403 0.615 LGA K 253 K 253 0.419 0 0.018 0.154 0.554 95.455 91.919 0.507 LGA Y 254 Y 254 0.666 0 0.040 0.331 2.657 86.364 68.333 2.657 LGA K 255 K 255 0.878 0 0.057 0.128 0.943 81.818 81.818 0.795 LGA V 256 V 256 0.841 0 0.078 0.090 0.916 81.818 81.818 0.878 LGA R 257 R 257 1.083 0 0.109 1.102 6.622 65.455 41.488 4.337 LGA E 258 E 258 1.084 0 0.103 1.163 5.375 65.909 43.434 5.375 LGA K 259 K 259 1.627 0 0.023 0.158 2.515 54.545 44.242 2.515 LGA T 260 T 260 1.547 0 0.016 0.096 1.996 54.545 59.221 1.418 LGA K 261 K 261 2.407 0 0.027 0.958 9.009 35.455 20.808 9.009 LGA D 262 D 262 2.034 0 0.083 0.780 3.139 44.545 36.591 3.139 LGA G 263 G 263 1.971 0 0.107 0.107 2.213 47.727 47.727 - LGA K 264 K 264 1.349 0 0.000 0.474 1.478 65.455 67.273 0.816 LGA R 265 R 265 1.334 0 0.099 0.989 3.384 65.455 58.843 3.384 LGA T 266 T 266 0.954 0 0.000 0.114 1.094 73.636 77.143 0.887 LGA I 267 I 267 0.814 0 0.033 0.091 0.984 81.818 81.818 0.752 LGA R 268 R 268 0.592 0 0.000 0.969 2.520 90.909 73.223 2.520 LGA P 269 P 269 0.375 0 0.000 0.009 0.476 100.000 100.000 0.476 LGA E 270 E 270 0.232 0 0.000 0.864 3.413 100.000 78.586 2.457 LGA K 271 K 271 0.157 0 0.065 0.728 5.374 100.000 64.040 5.374 LGA E 272 E 272 0.317 0 0.065 0.104 1.822 100.000 82.828 1.822 LGA Q 273 Q 273 0.413 0 0.032 0.083 0.636 95.455 91.919 0.511 LGA I 274 I 274 0.372 0 0.055 0.069 0.613 100.000 97.727 0.613 LGA V 275 V 275 0.027 0 0.024 0.022 0.381 100.000 100.000 0.381 LGA V 276 V 276 0.201 0 0.000 0.051 0.450 100.000 100.000 0.416 LGA Q 277 Q 277 0.226 0 0.051 0.661 3.159 100.000 78.586 3.159 LGA D 278 D 278 0.220 0 0.028 0.161 0.433 100.000 100.000 0.425 LGA A 279 A 279 0.294 0 0.016 0.045 0.337 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.233 0 0.039 0.244 0.623 100.000 94.545 0.623 LGA A 281 A 281 0.258 0 0.000 0.000 0.345 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.293 0 0.000 0.020 0.484 100.000 100.000 0.472 LGA I 283 I 283 0.463 0 0.036 0.079 0.744 90.909 90.909 0.564 LGA I 284 I 284 0.463 0 0.017 0.068 0.515 90.909 95.455 0.330 LGA D 285 D 285 0.713 0 0.002 0.950 3.036 81.818 67.955 3.036 LGA K 286 K 286 0.701 0 0.000 0.282 1.294 81.818 80.000 1.294 LGA E 287 E 287 0.792 0 0.030 0.223 1.162 81.818 82.020 0.338 LGA Q 288 Q 288 0.566 0 0.000 0.492 1.338 90.909 82.222 0.998 LGA F 289 F 289 0.397 0 0.038 0.130 0.709 100.000 91.736 0.663 LGA Q 290 Q 290 0.622 0 0.000 1.176 3.402 81.818 69.293 3.402 LGA Q 291 Q 291 0.426 0 0.000 0.212 1.002 100.000 90.101 1.002 LGA S 292 S 292 0.222 0 0.070 0.688 2.348 95.455 86.667 2.348 LGA Q 293 Q 293 0.614 0 0.038 0.264 1.003 86.364 82.020 1.003 LGA V 294 V 294 0.808 0 0.007 0.056 0.885 81.818 81.818 0.824 LGA K 295 K 295 0.565 0 0.042 0.185 1.008 77.727 86.061 0.597 LGA I 296 I 296 0.907 0 0.023 0.072 1.404 73.636 75.682 0.682 LGA A 297 A 297 1.485 0 0.124 0.151 2.329 55.000 54.182 - LGA N 298 N 298 1.227 0 0.027 0.511 2.339 55.000 68.636 1.285 LGA K 299 K 299 3.413 0 0.263 1.022 14.353 39.545 17.576 14.353 LGA V 300 V 300 1.867 0 0.131 0.243 4.846 54.545 33.766 4.846 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.926 0.887 1.902 86.424 80.131 63.438 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.93 95.000 97.654 13.160 LGA_LOCAL RMSD: 0.926 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.926 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.926 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.897297 * X + 0.203989 * Y + 0.391467 * Z + 155.122833 Y_new = 0.328609 * X + 0.283460 * Y + -0.900925 * Z + 152.317474 Z_new = -0.294744 * X + 0.937037 * Y + 0.187315 * Z + 143.018356 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.351052 0.299188 1.373496 [DEG: 20.1138 17.1422 78.6955 ] ZXZ: 0.409904 1.382368 -0.304751 [DEG: 23.4858 79.2039 -17.4609 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS375_4-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS375_4-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.93 97.654 0.93 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS375_4-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 4 STOICH A1 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.022 187.021 153.630 1.00 79.61 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.315 187.780 154.672 1.00 79.49 C ATOM 1347 C GLY 165 150.793 187.601 154.675 1.00 81.56 C ATOM 1348 O GLY 165 150.080 188.381 155.306 1.00 78.65 O ATOM 1349 N LYS 166 150.272 186.591 153.976 1.00 81.37 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.838 186.277 153.946 1.00 81.10 C ATOM 1351 C LYS 166 148.441 185.493 155.204 1.00 82.15 C ATOM 1352 O LYS 166 149.173 184.623 155.669 1.00 80.04 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.465 185.531 152.646 1.00 79.65 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.712 186.372 151.369 1.00 77.06 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.328 185.655 150.063 1.00 74.81 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.588 186.580 148.858 1.00 69.10 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.270 185.994 147.523 1.00 63.10 N ATOM 1358 N TRP 167 147.255 185.775 155.744 1.00 83.00 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.709 185.048 156.892 1.00 83.30 C ATOM 1360 C TRP 167 145.996 183.775 156.437 1.00 82.76 C ATOM 1361 O TRP 167 145.018 183.834 155.693 1.00 79.90 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.783 185.954 157.691 1.00 83.32 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.338 185.344 158.977 1.00 84.27 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.209 184.627 159.169 1.00 80.34 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 146.044 185.352 160.259 1.00 82.85 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 144.159 184.198 160.491 1.00 80.75 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.263 184.617 161.185 1.00 82.34 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.257 185.911 160.706 1.00 81.50 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.683 184.436 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PRO 173 143.100 187.951 165.856 1.00 84.43 C ATOM 1405 C PRO 173 142.117 189.090 166.135 1.00 85.23 C ATOM 1406 O PRO 173 141.677 189.781 165.216 1.00 84.02 O ATOM 1407 CB PRO 173 144.546 188.449 165.877 1.00 82.75 C ATOM 1408 CG PRO 173 145.211 187.710 164.728 1.00 79.57 C ATOM 1409 CD PRO 173 144.088 187.523 163.722 1.00 82.93 C ATOM 1410 N TYR 174 141.789 189.309 167.403 1.00 86.47 N ATOM 1411 CA TYR 174 140.974 190.449 167.812 1.00 86.60 C ATOM 1412 C TYR 174 141.631 191.766 167.379 1.00 86.50 C ATOM 1413 O TYR 174 142.845 191.904 167.492 1.00 84.14 O ATOM 1414 CB TYR 174 140.773 190.395 169.323 1.00 86.14 C ATOM 1415 CG TYR 174 139.804 191.432 169.837 1.00 87.48 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 140.256 192.520 170.603 1.00 80.21 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 138.433 191.324 169.530 1.00 81.04 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 139.346 193.483 171.073 1.00 79.56 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 137.520 192.282 169.990 1.00 80.05 C ATOM 1420 CZ TYR 174 137.982 193.361 170.765 1.00 85.00 C ATOM 1421 OH TYR 174 137.086 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VAL 300 157.437 188.474 191.271 1.00 44.87 C ATOM 2441 CG2 VAL 300 158.471 190.399 190.082 1.00 44.03 C TER END