####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS375_3-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS375_3-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.90 0.90 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 58 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 63 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 80 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 57 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 6 68 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 80 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 78 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 81 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 81 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 81 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 81 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 81 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 81 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 81 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 56 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 4 111 126 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 54 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 80 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 31 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 22 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 78 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 81 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 81 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 81 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 80 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 80 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 81 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 81 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 81 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 81 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 81 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 81 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 81 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 198 I 198 135 135 135 81 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 199 F 199 135 135 135 81 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 200 N 200 135 135 135 81 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 201 I 201 135 135 135 81 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT F 202 F 202 135 135 135 81 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 203 L 203 135 135 135 81 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 204 N 204 135 135 135 81 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 205 G 205 135 135 135 76 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 206 L 206 135 135 135 70 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 207 N 207 135 135 135 25 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 208 G 208 135 135 135 25 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 209 K 209 135 135 135 7 110 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 210 D 210 135 135 135 6 112 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 211 Y 211 135 135 135 13 95 123 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 212 S 212 135 135 135 3 18 67 130 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 213 Y 213 135 135 135 3 10 18 29 129 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 215 A 215 135 135 135 55 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 216 I 216 135 135 135 81 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 81 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 81 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 81 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 81 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 81 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 81 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 80 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 66 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 49 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 69 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 5 35 109 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 5 49 110 126 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 81 115 126 131 133 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 60.00 85.19 93.33 97.04 98.52 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.48 0.62 0.72 0.79 0.83 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 GDT RMS_ALL_AT 0.96 0.93 0.91 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 0.90 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.727 0 0.010 0.010 0.733 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.659 0 0.057 0.155 1.628 81.818 74.747 1.628 LGA W 167 W 167 0.445 0 0.037 0.107 0.780 90.909 90.909 0.709 LGA I 168 I 168 0.853 0 0.070 0.799 2.796 74.545 63.409 2.796 LGA S 169 S 169 1.490 0 0.107 0.243 3.586 73.636 55.455 3.586 LGA G 170 G 170 0.630 0 0.125 0.125 0.866 81.818 81.818 - LGA L 171 L 171 0.642 0 0.000 1.326 4.222 90.909 72.955 0.940 LGA A 172 A 172 0.408 0 0.035 0.036 0.579 100.000 96.364 - LGA P 173 P 173 0.298 0 0.039 0.335 1.425 100.000 92.468 1.425 LGA Y 174 Y 174 0.411 0 0.043 0.178 0.851 95.455 87.879 0.851 LGA G 175 G 175 0.186 0 0.054 0.054 0.230 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.217 0 0.033 0.144 0.344 100.000 100.000 0.141 LGA Q 177 Q 177 0.551 0 0.050 0.260 0.865 86.364 87.879 0.779 LGA L 178 L 178 0.522 0 0.078 0.098 0.981 90.909 86.364 0.981 LGA N 179 N 179 0.871 0 0.184 0.621 4.297 66.364 43.182 4.297 LGA K 180 K 180 4.025 0 0.291 0.973 13.846 19.091 8.485 13.846 LGA K 181 K 181 1.223 0 0.356 1.225 9.419 82.273 40.202 9.419 LGA T 182 T 182 0.482 0 0.054 1.106 3.345 86.364 70.649 3.345 LGA S 183 S 183 1.033 0 0.133 0.120 1.389 73.636 70.909 1.350 LGA K 184 K 184 0.990 0 0.058 0.821 2.525 73.636 68.485 2.525 LGA L 185 L 185 0.565 0 0.059 0.068 0.629 81.818 88.636 0.460 LGA D 186 D 186 0.131 0 0.063 0.097 0.458 100.000 100.000 0.458 LGA P 187 P 187 0.511 0 0.005 0.370 1.276 82.273 84.675 0.549 LGA V 188 V 188 0.717 0 0.014 0.031 0.837 81.818 81.818 0.837 LGA E 189 E 189 0.773 0 0.000 0.320 1.743 81.818 76.566 1.743 LGA D 190 D 190 0.721 0 0.030 0.057 1.008 86.364 82.045 1.008 LGA E 191 E 191 0.488 0 0.037 0.080 0.849 95.455 89.899 0.849 LGA A 192 A 192 0.315 0 0.000 0.000 0.420 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.317 0 0.022 0.652 2.828 100.000 83.838 2.564 LGA V 194 V 194 0.272 0 0.026 0.044 0.330 100.000 100.000 0.327 LGA V 195 V 195 0.051 0 0.000 0.013 0.135 100.000 100.000 0.078 LGA Q 196 Q 196 0.219 0 0.024 0.270 1.384 100.000 90.303 1.167 LGA L 197 L 197 0.206 0 0.024 0.044 0.367 100.000 100.000 0.345 LGA I 198 I 198 0.189 0 0.081 0.093 0.427 100.000 100.000 0.301 LGA F 199 F 199 0.274 0 0.040 0.074 0.442 100.000 100.000 0.231 LGA N 200 N 200 0.267 0 0.050 0.800 2.102 100.000 85.682 2.102 LGA I 201 I 201 0.085 0 0.032 0.056 0.175 100.000 100.000 0.037 LGA F 202 F 202 0.178 0 0.000 0.039 0.540 100.000 96.694 0.540 LGA L 203 L 203 0.392 0 0.009 0.056 0.812 100.000 93.182 0.745 LGA N 204 N 204 0.171 0 0.028 0.088 1.099 100.000 91.136 0.826 LGA G 205 G 205 0.444 0 0.051 0.051 0.483 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.606 0 0.000 0.116 1.015 77.727 86.591 0.206 LGA N 207 N 207 1.389 0 0.058 0.271 2.158 61.818 54.773 1.714 LGA G 208 G 208 1.423 0 0.000 0.000 1.603 61.818 61.818 - LGA K 209 K 209 1.458 0 0.053 0.241 1.890 65.455 57.374 1.610 LGA D 210 D 210 1.286 0 0.064 0.777 2.199 65.455 60.227 1.821 LGA Y 211 Y 211 1.785 0 0.126 0.415 2.096 50.909 48.788 1.617 LGA S 212 S 212 2.229 0 0.688 0.755 5.966 36.364 26.061 5.966 LGA Y 213 Y 213 2.894 0 0.161 1.625 14.762 41.818 14.091 14.762 LGA A 215 A 215 0.831 0 0.220 0.236 1.858 95.455 86.545 - LGA I 216 I 216 0.309 0 0.030 0.179 0.427 100.000 100.000 0.427 LGA A 217 A 217 0.119 0 0.036 0.051 0.262 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.318 0 0.054 0.117 1.149 100.000 91.212 1.149 LGA H 219 H 219 0.184 0 0.022 0.032 0.399 100.000 100.000 0.399 LGA L 220 L 220 0.197 0 0.017 0.089 0.376 100.000 100.000 0.376 LGA T 221 T 221 0.218 0 0.000 0.038 0.390 100.000 100.000 0.249 LGA N 222 N 222 0.313 0 0.033 0.043 0.524 95.455 97.727 0.270 LGA L 223 L 223 0.491 0 0.050 0.055 0.809 100.000 90.909 0.691 LGA Q 224 Q 224 0.541 0 0.013 0.803 4.226 81.818 61.414 4.226 LGA I 225 I 225 0.598 0 0.050 0.145 0.649 81.818 88.636 0.325 LGA P 226 P 226 0.701 0 0.065 0.071 0.811 81.818 81.818 0.778 LGA T 227 T 227 0.214 0 0.023 0.159 0.503 95.455 97.403 0.334 LGA P 228 P 228 0.615 0 0.088 0.090 0.804 95.455 89.610 0.804 LGA S 229 S 229 0.549 0 0.132 0.124 1.047 86.364 82.121 1.047 LGA G 230 G 230 0.331 0 0.079 0.079 0.948 95.455 95.455 - LGA K 231 K 231 0.681 0 0.102 0.674 2.907 82.273 75.960 2.907 LGA K 232 K 232 0.689 0 0.179 0.839 3.700 77.727 61.212 3.700 LGA R 233 R 233 0.424 0 0.032 1.364 8.220 95.455 49.917 8.220 LGA W 234 W 234 0.119 0 0.059 0.104 0.549 100.000 97.403 0.327 LGA N 235 N 235 0.549 0 0.029 0.833 2.347 86.364 76.591 2.347 LGA Q 236 Q 236 0.401 0 0.038 0.934 3.690 90.909 76.162 0.572 LGA Y 237 Y 237 0.652 0 0.038 0.391 2.060 86.364 71.818 2.060 LGA T 238 T 238 0.463 0 0.015 0.283 1.060 100.000 92.468 1.060 LGA I 239 I 239 0.302 0 0.013 0.081 0.396 100.000 100.000 0.287 LGA K 240 K 240 0.479 0 0.066 0.583 3.919 95.455 72.323 3.919 LGA A 241 A 241 0.497 0 0.059 0.063 0.603 90.909 89.091 - LGA I 242 I 242 0.261 0 0.046 0.063 0.876 95.455 88.636 0.876 LGA L 243 L 243 0.278 0 0.032 0.142 0.716 95.455 97.727 0.283 LGA Q 244 Q 244 0.424 0 0.024 0.306 1.347 90.909 86.263 1.347 LGA N 245 N 245 0.437 0 0.000 0.094 0.659 100.000 95.455 0.659 LGA E 246 E 246 0.444 0 0.000 0.622 1.838 100.000 88.687 1.348 LGA V 247 V 247 0.271 0 0.024 0.065 0.314 100.000 100.000 0.114 LGA Y 248 Y 248 0.359 0 0.000 0.101 1.027 100.000 89.545 1.027 LGA I 249 I 249 0.346 0 0.070 0.096 0.491 100.000 100.000 0.444 LGA G 250 G 250 0.278 0 0.038 0.038 0.335 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.220 0 0.043 0.046 0.390 100.000 100.000 0.361 LGA V 252 V 252 0.233 0 0.053 0.125 0.584 100.000 97.403 0.584 LGA K 253 K 253 0.400 0 0.019 0.133 0.528 95.455 95.960 0.443 LGA Y 254 Y 254 0.651 0 0.041 0.342 2.724 86.364 68.333 2.724 LGA K 255 K 255 0.812 0 0.072 0.119 0.888 81.818 81.818 0.649 LGA V 256 V 256 0.806 0 0.086 0.098 0.890 81.818 81.818 0.886 LGA R 257 R 257 1.078 0 0.100 1.086 5.995 65.455 44.959 3.992 LGA E 258 E 258 1.041 0 0.057 0.964 4.481 69.545 48.687 4.481 LGA K 259 K 259 1.503 0 0.013 0.163 2.068 61.818 52.929 2.068 LGA T 260 T 260 1.360 0 0.014 0.090 1.714 58.182 61.299 1.286 LGA K 261 K 261 1.934 0 0.014 0.870 7.318 47.727 29.899 7.318 LGA D 262 D 262 1.801 0 0.076 0.784 3.255 50.909 39.773 3.255 LGA G 263 G 263 1.811 0 0.108 0.108 2.059 47.727 47.727 - LGA K 264 K 264 1.363 0 0.000 0.482 1.457 65.455 67.273 0.700 LGA R 265 R 265 1.305 0 0.085 0.986 3.237 65.455 58.512 3.237 LGA T 266 T 266 1.038 0 0.017 0.119 1.138 69.545 72.468 1.050 LGA I 267 I 267 0.845 0 0.034 0.093 1.064 77.727 79.773 0.859 LGA R 268 R 268 0.610 0 0.000 0.970 2.704 81.818 72.562 2.704 LGA P 269 P 269 0.485 0 0.000 0.021 0.649 95.455 89.610 0.649 LGA E 270 E 270 0.434 0 0.013 0.845 3.097 100.000 74.545 2.030 LGA K 271 K 271 0.221 0 0.052 0.628 3.798 100.000 68.687 3.274 LGA E 272 E 272 0.190 0 0.079 0.247 1.926 100.000 84.848 1.926 LGA Q 273 Q 273 0.368 0 0.018 0.067 0.743 100.000 93.939 0.638 LGA I 274 I 274 0.376 0 0.057 0.078 0.651 100.000 97.727 0.651 LGA V 275 V 275 0.022 0 0.022 0.022 0.263 100.000 100.000 0.263 LGA V 276 V 276 0.242 0 0.000 0.050 0.570 100.000 94.805 0.529 LGA Q 277 Q 277 0.249 0 0.050 0.579 2.562 100.000 79.596 2.562 LGA D 278 D 278 0.219 0 0.032 0.159 0.554 100.000 97.727 0.554 LGA A 279 A 279 0.271 0 0.011 0.043 0.312 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.265 0 0.035 0.245 0.625 100.000 94.545 0.625 LGA A 281 A 281 0.319 0 0.000 0.000 0.412 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.317 0 0.021 0.029 0.542 95.455 94.805 0.542 LGA I 283 I 283 0.475 0 0.042 0.071 0.762 90.909 88.636 0.597 LGA I 284 I 284 0.448 0 0.000 0.067 0.481 100.000 100.000 0.263 LGA D 285 D 285 0.631 0 0.026 0.404 1.241 81.818 79.773 1.241 LGA K 286 K 286 0.626 0 0.016 0.273 1.224 81.818 80.000 1.224 LGA E 287 E 287 0.693 0 0.034 0.459 1.875 81.818 72.929 1.472 LGA Q 288 Q 288 0.487 0 0.000 0.222 1.538 95.455 82.828 1.027 LGA F 289 F 289 0.520 0 0.034 0.109 0.849 81.818 81.818 0.807 LGA Q 290 Q 290 0.628 0 0.000 0.370 1.314 81.818 80.000 0.827 LGA Q 291 Q 291 0.520 0 0.000 0.192 1.074 90.909 84.040 1.074 LGA S 292 S 292 0.395 0 0.055 0.055 0.526 95.455 96.970 0.340 LGA Q 293 Q 293 0.666 0 0.035 0.237 1.173 81.818 78.182 1.173 LGA V 294 V 294 0.786 0 0.000 0.039 0.877 81.818 81.818 0.755 LGA K 295 K 295 0.517 0 0.042 0.170 0.845 81.818 89.899 0.593 LGA I 296 I 296 0.878 0 0.027 0.064 1.206 73.636 75.682 0.861 LGA A 297 A 297 1.188 0 0.131 0.156 1.786 61.818 62.545 - LGA N 298 N 298 0.651 0 0.031 0.595 1.522 70.000 74.091 1.170 LGA K 299 K 299 2.243 0 0.000 0.546 6.524 37.273 22.222 6.524 LGA V 300 V 300 2.968 0 0.167 0.176 3.581 27.727 25.195 3.581 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.896 0.884 1.747 86.017 80.214 64.614 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.90 95.556 97.982 13.549 LGA_LOCAL RMSD: 0.896 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.896 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.896 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = -0.561844 * X + -0.393961 * Y + 0.727411 * Z + 154.730621 Y_new = -0.675692 * X + -0.288748 * Y + -0.678281 * Z + 153.207336 Z_new = 0.477254 * X + -0.872594 * Y + -0.103966 * Z + 142.608704 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: -2.264456 -0.497528 -1.689383 [DEG: -129.7438 -28.5062 -96.7945 ] ZXZ: 0.820335 1.674950 2.641104 [DEG: 47.0017 95.9676 151.3241 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS375_3-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS375_3-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.90 97.982 0.90 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS375_3-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 3 STOICH A1 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 153.008 187.092 153.660 1.00 79.24 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.299 187.845 154.703 1.00 78.96 C ATOM 1347 C GLY 165 150.779 187.674 154.698 1.00 81.18 C ATOM 1348 O GLY 165 150.067 188.450 155.332 1.00 78.20 O ATOM 1349 N LYS 166 150.255 186.664 153.992 1.00 80.98 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.825 186.353 153.969 1.00 80.71 C ATOM 1351 C LYS 166 148.434 185.570 155.227 1.00 81.78 C ATOM 1352 O LYS 166 149.160 184.687 155.679 1.00 79.62 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.445 185.605 152.673 1.00 79.29 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.681 186.451 151.399 1.00 76.75 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.325 185.724 150.092 1.00 74.57 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.584 186.657 148.897 1.00 68.79 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.359 186.048 147.557 1.00 62.79 N ATOM 1358 N TRP 167 147.260 185.866 155.779 1.00 82.70 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.710 185.127 156.920 1.00 83.02 C ATOM 1360 C TRP 167 145.963 183.885 156.445 1.00 82.46 C ATOM 1361 O TRP 167 144.982 183.982 155.710 1.00 79.62 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.806 186.037 157.741 1.00 82.96 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.369 185.417 159.027 1.00 83.96 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.244 184.702 159.224 1.00 79.88 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 146.085 185.420 160.303 1.00 82.52 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 144.200 184.270 160.547 1.00 80.38 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.308 184.690 161.235 1.00 81.98 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.298 185.976 160.743 1.00 81.12 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.731 184.512 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PRO 173 143.120 187.866 165.870 1.00 84.13 C ATOM 1405 C PRO 173 142.218 189.075 166.143 1.00 84.82 C ATOM 1406 O PRO 173 141.847 189.807 165.225 1.00 83.65 O ATOM 1407 CB PRO 173 144.605 188.201 165.985 1.00 82.46 C ATOM 1408 CG PRO 173 144.998 188.553 164.553 1.00 79.34 C ATOM 1409 CD PRO 173 144.128 187.631 163.704 1.00 82.74 C ATOM 1410 N TYR 174 141.868 189.284 167.407 1.00 86.26 N ATOM 1411 CA TYR 174 141.045 190.419 167.820 1.00 86.40 C ATOM 1412 C TYR 174 141.695 191.744 167.417 1.00 86.42 C ATOM 1413 O TYR 174 142.906 191.885 167.540 1.00 84.05 O ATOM 1414 CB TYR 174 140.822 190.341 169.326 1.00 85.95 C ATOM 1415 CG TYR 174 139.853 191.376 169.842 1.00 87.33 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 140.306 192.453 170.620 1.00 80.06 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 138.483 191.272 169.532 1.00 80.87 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 139.401 193.416 171.094 1.00 79.39 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 137.571 192.231 169.995 1.00 79.86 C ATOM 1420 CZ TYR 174 138.036 193.302 170.778 1.00 84.81 C ATOM 1421 OH TYR 174 137.140 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ATOM 1715 CE1 TYR 211 142.179 198.816 186.111 1.00 64.33 C ATOM 1716 CE2 TYR 211 143.869 200.172 187.217 1.00 65.87 C ATOM 1717 CZ TYR 211 142.520 199.899 186.930 1.00 67.46 C ATOM 1718 OH TYR 211 141.537 200.694 187.462 1.00 61.87 O ATOM 1719 N SER 212 146.786 194.433 186.680 1.00 73.63 N ATOM 1720 CA SER 212 147.021 193.035 186.321 1.00 74.28 C ATOM 1721 C SER 212 146.138 192.592 185.148 1.00 76.17 C ATOM 1722 O SER 212 145.115 193.212 184.849 1.00 74.92 O ATOM 1723 CB SER 212 146.783 192.139 187.532 1.00 71.48 C ATOM 1724 OG SER 212 145.412 192.021 187.837 1.00 65.92 O ATOM 1725 N TYR 213 146.471 191.454 184.531 1.00 77.93 N ATOM 1726 CA TYR 213 145.622 190.880 183.476 1.00 78.76 C ATOM 1727 C TYR 213 144.177 190.675 183.950 1.00 79.71 C ATOM 1728 O TYR 213 143.237 190.884 183.191 1.00 79.20 O ATOM 1729 CB TYR 213 146.188 189.532 183.012 1.00 77.74 C ATOM 1730 CG TYR 213 147.658 189.501 182.671 1.00 77.06 C ATOM 1731 CD1 TYR 213 148.218 190.456 181.810 1.00 71.67 C ATOM 1732 CD2 TYR 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