####################################################### # # # LGA # # --------------- # # # # Local-Global Alignment # # A Method for Finding 3-D Similarities # # in Protein Structures # # # # ------------ 09/2019 # # # # Adam Zemla (zemla1@llnl.gov) # # Lawrence Livermore National Laboratory, CA # # # ####################################################### # Molecule1: number of CA atoms 136 ( 1097), selected 135 , name T1228v1TS375_2-D2 # Molecule2: number of CA atoms 135 ( 2219), selected 135 , name T1228v1-D2.pdb # PARAMETERS: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS375_2-D2.lga # FIXED Atom-Atom correspondence # GDT and LCS analysis LCS - RMSD CUTOFF 5.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 2.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS - RMSD CUTOFF 1.00 length segment l_RMS g_RMS LONGEST_CONTINUOUS_SEGMENT: 135 165 - 300 0.91 0.91 LCS_AVERAGE: 100.00 LCS_GDT MOLECULE-1 MOLECULE-2 LCS_DETAILS GDT_DETAILS TOTAL NUMBER OF RESIDUE PAIRS: 135 LCS_GDT RESIDUE RESIDUE SEGMENT_SIZE GLOBAL DISTANCE TEST COLUMNS: number of residues under the threshold assigned to each residue pair LCS_GDT NAME NUMBER NAME NUMBER 1.0 2.0 5.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 LCS_GDT G 165 G 165 135 135 135 59 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 166 K 166 135 135 135 59 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT W 167 W 167 135 135 135 76 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 168 I 168 135 135 135 56 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 169 S 169 135 135 135 7 58 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 170 G 170 135 135 135 70 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 171 L 171 135 135 135 56 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 172 A 172 135 135 135 78 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 173 P 173 135 135 135 78 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 174 Y 174 135 135 135 78 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT G 175 G 175 135 135 135 78 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Y 176 Y 176 135 135 135 78 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 177 Q 177 135 135 135 78 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 178 L 178 135 135 135 78 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 179 N 179 135 135 135 55 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 180 K 180 135 135 135 3 3 4 46 106 127 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 181 K 181 135 135 135 74 115 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT T 182 T 182 135 135 135 75 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 183 S 183 135 135 135 32 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 184 K 184 135 135 135 20 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 185 L 185 135 135 135 70 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 186 D 186 135 135 135 78 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT P 187 P 187 135 135 135 78 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 188 V 188 135 135 135 78 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 189 E 189 135 135 135 78 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT D 190 D 190 135 135 135 78 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT E 191 E 191 135 135 135 78 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 192 A 192 135 135 135 78 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 193 K 193 135 135 135 78 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 194 V 194 135 135 135 78 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 195 V 195 135 135 135 78 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 196 Q 196 135 135 135 78 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT L 197 L 197 135 135 135 78 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 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135 135 135 LCS_GDT F 289 F 289 135 135 135 78 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 290 Q 290 135 135 135 78 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 291 Q 291 135 135 135 78 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT S 292 S 292 135 135 135 78 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT Q 293 Q 293 135 135 135 78 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 294 V 294 135 135 135 78 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 295 K 295 135 135 135 78 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT I 296 I 296 135 135 135 58 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT A 297 A 297 135 135 135 18 107 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT N 298 N 298 135 135 135 3 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT K 299 K 299 135 135 135 3 5 63 95 126 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_GDT V 300 V 300 135 135 135 3 3 113 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 LCS_AVERAGE LCS_A: 100.00 ( 100.00 100.00 100.00 ) GLOBAL_DISTANCE_TEST (summary information about detected largest sets of residues (represented by selected AToms) that can fit under specified thresholds) GDT DIST_CUTOFF 0.50 1.00 1.50 2.00 2.50 3.00 3.50 4.00 4.50 5.00 5.50 6.00 6.50 7.00 7.50 8.00 8.50 9.00 9.50 10.00 GDT NUMBER_AT 78 116 125 130 132 134 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 135 GDT PERCENT_AT 57.78 85.93 92.59 96.30 97.78 99.26 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 100.00 GDT RMS_LOCAL 0.30 0.51 0.59 0.72 0.75 0.84 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 GDT RMS_ALL_AT 0.99 0.93 0.92 0.92 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 0.91 # Checking swapping # possible swapping detected: Y 174 Y 174 # possible swapping detected: E 189 E 189 # possible swapping detected: E 191 E 191 # possible swapping detected: F 199 F 199 # possible swapping detected: F 202 F 202 # possible swapping detected: Y 211 Y 211 # possible swapping detected: Y 213 Y 213 # possible swapping detected: Y 237 Y 237 # possible swapping detected: Y 254 Y 254 # possible swapping detected: E 258 E 258 # possible swapping detected: E 270 E 270 # possible swapping detected: E 272 E 272 # possible swapping detected: D 285 D 285 # possible swapping detected: E 287 E 287 # possible swapping detected: F 289 F 289 # Molecule1 Molecule2 DISTANCE Mis MC All Dist_max GDC_mc GDC_all Dist_at LGA G 165 G 165 0.737 0 0.015 0.015 0.828 81.818 81.818 - LGA K 166 K 166 0.762 0 0.052 0.175 1.705 81.818 74.747 1.705 LGA W 167 W 167 0.550 0 0.052 0.104 0.833 81.818 85.714 0.573 LGA I 168 I 168 0.914 0 0.032 0.870 3.205 74.545 62.273 3.205 LGA S 169 S 169 1.557 0 0.166 0.503 4.751 63.182 45.455 4.751 LGA G 170 G 170 0.857 0 0.188 0.188 1.390 77.727 77.727 - LGA L 171 L 171 0.940 0 0.017 1.342 4.379 86.364 66.591 1.086 LGA A 172 A 172 0.525 0 0.041 0.047 0.680 90.909 89.091 - LGA P 173 P 173 0.362 0 0.026 0.083 0.829 100.000 92.208 0.829 LGA Y 174 Y 174 0.409 0 0.040 0.173 0.910 95.455 87.879 0.910 LGA G 175 G 175 0.262 0 0.060 0.060 0.262 100.000 100.000 - LGA Y 176 Y 176 0.213 0 0.039 0.142 0.373 100.000 100.000 0.157 LGA Q 177 Q 177 0.548 0 0.053 0.280 0.976 86.364 87.879 0.792 LGA L 178 L 178 0.513 0 0.076 0.095 0.983 90.909 86.364 0.983 LGA N 179 N 179 0.865 0 0.175 0.626 4.349 70.909 45.455 4.349 LGA K 180 K 180 4.024 0 0.292 0.971 13.745 19.091 8.485 13.745 LGA K 181 K 181 1.142 0 0.367 1.253 9.725 86.818 42.222 9.725 LGA T 182 T 182 0.509 0 0.054 1.104 3.379 82.273 68.312 3.379 LGA S 183 S 183 1.122 0 0.128 0.117 1.485 69.545 68.182 1.383 LGA K 184 K 184 1.091 0 0.065 0.821 2.454 69.545 64.444 2.454 LGA L 185 L 185 0.553 0 0.058 0.071 0.580 86.364 90.909 0.462 LGA D 186 D 186 0.069 0 0.058 0.097 0.553 100.000 95.455 0.534 LGA P 187 P 187 0.479 0 0.019 0.071 1.099 86.818 87.273 0.656 LGA V 188 V 188 0.715 0 0.000 0.025 0.841 81.818 81.818 0.841 LGA E 189 E 189 0.821 0 0.010 0.320 1.839 81.818 76.566 1.839 LGA D 190 D 190 0.829 0 0.036 0.052 1.113 81.818 75.682 1.113 LGA E 191 E 191 0.589 0 0.036 0.067 0.922 90.909 85.859 0.922 LGA A 192 A 192 0.366 0 0.000 0.000 0.443 100.000 100.000 - LGA K 193 K 193 0.405 0 0.006 0.657 2.991 100.000 77.778 2.754 LGA V 194 V 194 0.402 0 0.032 0.042 0.499 100.000 100.000 0.488 LGA V 195 V 195 0.116 0 0.000 0.000 0.229 100.000 100.000 0.104 LGA Q 196 Q 196 0.211 0 0.026 0.275 1.489 100.000 88.485 1.253 LGA L 197 L 197 0.228 0 0.027 0.057 0.484 100.000 100.000 0.471 LGA I 198 I 198 0.240 0 0.088 0.100 0.418 100.000 100.000 0.327 LGA F 199 F 199 0.214 0 0.042 0.075 0.321 100.000 100.000 0.096 LGA N 200 N 200 0.290 0 0.045 1.120 3.871 100.000 76.591 3.871 LGA I 201 I 201 0.093 0 0.027 0.040 0.196 100.000 100.000 0.056 LGA F 202 F 202 0.118 0 0.000 0.045 0.562 100.000 96.694 0.562 LGA L 203 L 203 0.333 0 0.025 0.065 0.740 100.000 93.182 0.699 LGA N 204 N 204 0.221 0 0.030 0.098 1.110 100.000 91.136 0.795 LGA G 205 G 205 0.280 0 0.040 0.040 0.317 100.000 100.000 - LGA L 206 L 206 0.338 0 0.000 0.524 1.710 90.909 84.773 0.670 LGA N 207 N 207 0.938 0 0.054 0.263 1.524 73.636 69.773 1.113 LGA G 208 G 208 1.150 0 0.000 0.000 1.373 65.455 65.455 - LGA K 209 K 209 1.116 0 0.051 0.357 2.218 69.545 62.626 2.218 LGA D 210 D 210 1.018 0 0.104 0.824 2.099 77.727 66.364 2.099 LGA Y 211 Y 211 1.650 0 0.116 0.465 1.921 54.545 58.182 1.306 LGA S 212 S 212 2.031 0 0.690 0.763 5.700 39.545 28.182 5.700 LGA Y 213 Y 213 3.079 0 0.162 1.610 14.869 36.364 12.273 14.869 LGA A 215 A 215 0.896 0 0.214 0.230 1.980 90.909 82.909 - LGA I 216 I 216 0.389 0 0.031 0.173 0.524 100.000 97.727 0.524 LGA A 217 A 217 0.222 0 0.032 0.047 0.356 100.000 100.000 - LGA S 218 S 218 0.410 0 0.054 0.102 1.208 100.000 91.212 1.208 LGA H 219 H 219 0.174 0 0.019 0.040 0.319 100.000 100.000 0.319 LGA L 220 L 220 0.177 0 0.024 0.092 0.405 100.000 100.000 0.405 LGA T 221 T 221 0.149 0 0.012 0.042 0.297 100.000 100.000 0.199 LGA N 222 N 222 0.230 0 0.033 0.050 0.406 100.000 100.000 0.308 LGA L 223 L 223 0.411 0 0.043 0.056 0.719 100.000 93.182 0.650 LGA Q 224 Q 224 0.474 0 0.022 0.831 4.413 90.909 64.444 4.413 LGA I 225 I 225 0.526 0 0.051 0.140 0.580 86.364 93.182 0.178 LGA P 226 P 226 0.651 0 0.064 0.072 0.808 81.818 81.818 0.786 LGA T 227 T 227 0.236 0 0.034 0.159 0.424 100.000 100.000 0.295 LGA P 228 P 228 0.815 0 0.082 0.083 0.974 81.818 81.818 0.974 LGA S 229 S 229 0.728 0 0.132 0.124 1.004 86.364 82.121 1.004 LGA G 230 G 230 0.418 0 0.069 0.069 0.794 95.455 95.455 - LGA K 231 K 231 0.544 0 0.105 0.679 2.939 82.273 75.960 2.939 LGA K 232 K 232 0.578 0 0.181 0.863 3.943 86.364 64.040 3.943 LGA R 233 R 233 0.306 0 0.039 1.370 8.184 100.000 53.554 8.184 LGA W 234 W 234 0.239 0 0.058 0.108 0.537 100.000 97.403 0.320 LGA N 235 N 235 0.574 0 0.019 0.830 2.105 86.364 76.591 2.105 LGA Q 236 Q 236 0.436 0 0.033 0.861 3.517 90.909 76.162 0.624 LGA Y 237 Y 237 0.752 0 0.036 0.382 2.157 86.364 69.091 2.157 LGA T 238 T 238 0.564 0 0.021 0.293 0.955 86.364 84.416 0.955 LGA I 239 I 239 0.413 0 0.000 0.084 0.525 95.455 97.727 0.373 LGA K 240 K 240 0.537 0 0.065 0.588 3.948 86.364 66.263 3.948 LGA A 241 A 241 0.583 0 0.056 0.059 0.678 86.364 85.455 - LGA I 242 I 242 0.343 0 0.044 0.061 0.906 100.000 90.909 0.906 LGA L 243 L 243 0.170 0 0.027 0.132 0.516 95.455 97.727 0.177 LGA Q 244 Q 244 0.287 0 0.014 0.331 1.291 95.455 88.283 1.218 LGA N 245 N 245 0.371 0 0.000 0.100 0.642 100.000 95.455 0.642 LGA E 246 E 246 0.375 0 0.000 0.612 1.774 100.000 88.687 1.361 LGA V 247 V 247 0.198 0 0.012 0.057 0.245 100.000 100.000 0.146 LGA Y 248 Y 248 0.305 0 0.004 0.108 1.070 100.000 91.061 1.070 LGA I 249 I 249 0.303 0 0.065 0.091 0.453 100.000 100.000 0.423 LGA G 250 G 250 0.231 0 0.036 0.036 0.288 100.000 100.000 - LGA T 251 T 251 0.212 0 0.042 0.049 0.391 100.000 100.000 0.347 LGA V 252 V 252 0.263 0 0.052 0.128 0.657 100.000 97.403 0.657 LGA K 253 K 253 0.384 0 0.013 0.125 0.497 100.000 100.000 0.469 LGA Y 254 Y 254 0.564 0 0.041 0.340 2.564 90.909 72.424 2.564 LGA K 255 K 255 0.690 0 0.067 0.133 0.805 81.818 83.838 0.696 LGA V 256 V 256 0.723 0 0.086 0.097 0.822 81.818 81.818 0.822 LGA R 257 R 257 0.979 0 0.091 1.093 6.371 73.636 45.620 4.370 LGA E 258 E 258 0.879 0 0.053 0.963 4.424 73.636 54.141 4.424 LGA K 259 K 259 1.419 0 0.000 0.176 2.107 65.455 54.545 2.107 LGA T 260 T 260 1.463 0 0.012 0.169 1.889 58.182 59.221 1.420 LGA K 261 K 261 2.358 0 0.014 0.941 8.503 38.636 22.222 8.503 LGA D 262 D 262 2.199 0 0.086 0.081 2.199 38.182 42.955 1.824 LGA G 263 G 263 1.952 0 0.108 0.108 2.060 47.727 47.727 - LGA K 264 K 264 1.257 0 0.000 0.356 1.407 65.455 70.909 0.600 LGA R 265 R 265 1.176 0 0.084 1.005 3.525 69.545 60.826 3.525 LGA T 266 T 266 0.857 0 0.000 0.111 0.979 81.818 81.818 0.820 LGA I 267 I 267 0.717 0 0.037 0.090 0.860 81.818 81.818 0.787 LGA R 268 R 268 0.424 0 0.005 0.974 2.609 95.455 80.661 2.609 LGA P 269 P 269 0.273 0 0.000 0.012 0.355 100.000 100.000 0.355 LGA E 270 E 270 0.309 0 0.008 0.844 3.110 100.000 76.566 2.244 LGA K 271 K 271 0.313 0 0.045 0.654 3.688 100.000 68.687 3.272 LGA E 272 E 272 0.236 0 0.055 0.096 1.464 100.000 86.465 1.464 LGA Q 273 Q 273 0.301 0 0.014 0.061 0.733 100.000 93.939 0.611 LGA I 274 I 274 0.293 0 0.055 0.076 0.522 100.000 97.727 0.522 LGA V 275 V 275 0.073 0 0.015 0.018 0.387 100.000 100.000 0.387 LGA V 276 V 276 0.265 0 0.000 0.054 0.542 100.000 97.403 0.454 LGA Q 277 Q 277 0.238 0 0.048 0.649 3.241 100.000 77.172 3.241 LGA D 278 D 278 0.194 0 0.032 0.160 0.453 100.000 100.000 0.453 LGA A 279 A 279 0.279 0 0.014 0.044 0.330 100.000 100.000 - LGA H 280 H 280 0.216 0 0.043 0.248 0.612 100.000 94.545 0.604 LGA A 281 A 281 0.295 0 0.000 0.000 0.399 100.000 100.000 - LGA P 282 P 282 0.315 0 0.000 0.014 0.529 95.455 94.805 0.529 LGA I 283 I 283 0.465 0 0.051 0.084 0.775 90.909 90.909 0.548 LGA I 284 I 284 0.421 0 0.008 0.066 0.454 100.000 100.000 0.282 LGA D 285 D 285 0.618 0 0.029 0.731 1.863 81.818 75.909 1.863 LGA K 286 K 286 0.620 0 0.017 0.271 1.327 81.818 80.000 1.327 LGA E 287 E 287 0.635 0 0.028 0.194 1.242 81.818 74.545 1.199 LGA Q 288 Q 288 0.483 0 0.000 0.184 1.316 95.455 86.263 1.035 LGA F 289 F 289 0.444 0 0.028 0.113 0.675 100.000 91.736 0.631 LGA Q 290 Q 290 0.606 0 0.000 0.835 2.172 81.818 71.717 2.172 LGA Q 291 Q 291 0.460 0 0.000 0.208 1.079 95.455 88.081 1.079 LGA S 292 S 292 0.268 0 0.054 0.056 0.488 100.000 100.000 0.188 LGA Q 293 Q 293 0.596 0 0.043 0.235 1.028 86.364 82.020 1.028 LGA V 294 V 294 0.780 0 0.021 0.048 0.907 81.818 81.818 0.789 LGA K 295 K 295 0.500 0 0.045 0.153 0.928 81.818 91.919 0.484 LGA I 296 I 296 0.877 0 0.024 0.070 1.359 73.636 75.682 0.676 LGA A 297 A 297 1.429 0 0.113 0.138 2.193 55.000 57.091 - LGA N 298 N 298 1.144 0 0.037 0.535 2.238 55.000 68.636 1.156 LGA K 299 K 299 3.303 0 0.376 0.925 14.439 43.182 19.192 14.439 LGA V 300 V 300 2.264 0 0.070 0.080 5.400 47.727 28.312 5.400 # RMSD_GDC results: CA MC common percent ALL common percent GDC_mc GDC_all GDC_at NUMBER_OF_ATOMS_AA: 135 540 540 100.00 1090 1090 100.00 135 119 SUMMARY(RMSD_GDC): 0.910 0.868 1.887 86.599 80.382 64.416 #CA N1 N2 DIST N RMSD GDT_TS LGA_S3 LGA_Q SUMMARY(GDT) 136 135 4.0 135 0.91 95.556 97.885 13.363 LGA_LOCAL RMSD: 0.910 Number of atoms: 135 under DIST: 4.00 LGA_ASGN_ATOMS RMSD: 0.910 Number of assigned atoms: 135 Std_ASGN_ATOMS RMSD: 0.910 Standard rmsd on all 135 assigned CA atoms Unitary ROTATION matrix and the SHIFT vector superimpose molecules (1=>2) X_new = 0.627509 * X + 0.465814 * Y + 0.623899 * Z + 154.235474 Y_new = 0.776902 * X + -0.321562 * Y + -0.541314 * Z + 151.875900 Z_new = -0.051529 * X + 0.824388 * Y + -0.563675 * Z + 143.804382 Euler angles from the ROTATION matrix. Conventions XYZ and ZXZ: Phi Theta Psi [DEG: Phi Theta Psi ] XYZ: 0.891374 0.051552 2.170533 [DEG: 51.0720 2.9537 124.3624 ] ZXZ: 0.856156 2.169625 -0.062424 [DEG: 49.0541 124.3103 -3.5766 ] # END of job REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Citing LGA: REMARK Zemla A., LGA - a Method for Finding 3D Similarities in REMARK Protein Structures, Nucleic Acids Research, 2003, V. 31, REMARK No. 13, pp. 3370-3374. REMARK ---------------------------------------------------------- REMARK Superimposed MOLECULES (1=>2) Output: 1 molecule REMARK 1: T1228v1TS375_2-D2 REMARK 2: T1228v1-D2.pdb REMARK GDT and LCS analysis REMARK FIXED Atom-Atom correspondence REMARK LGA parameters: -3 -ie -o1 -sda -d:4 -gdc_sc -swap T1228v1TS375_2-D2.lga REMARK #CA N1 N2 DIST N RMSD LGA_S3 RMSD_global REMARK SUMMARY: 136 135 4.0 135 0.91 97.885 0.91 REMARK ---------------------------------------------------------- MOLECULE T1228v1TS375_2-D2 PFRMAT TS TARGET T1228v1 MODEL 2 STOICH A1 PARENT N/A ATOM 1345 N GLY 165 152.969 186.942 153.720 1.00 80.43 N ATOM 1346 CA GLY 165 152.256 187.684 154.767 1.00 80.16 C ATOM 1347 C GLY 165 150.735 187.512 154.748 1.00 82.36 C ATOM 1348 O GLY 165 150.016 188.287 155.380 1.00 79.42 O ATOM 1349 N LYS 166 150.217 186.514 154.034 1.00 81.58 N ATOM 1350 CA LYS 166 148.785 186.205 154.001 1.00 81.24 C ATOM 1351 C LYS 166 148.383 185.437 155.266 1.00 82.18 C ATOM 1352 O LYS 166 149.110 184.562 155.734 1.00 79.99 O ATOM 1353 CB LYS 166 148.413 185.443 152.709 1.00 79.79 C ATOM 1354 CG LYS 166 148.663 186.269 151.424 1.00 77.13 C ATOM 1355 CD LYS 166 148.284 185.541 150.124 1.00 74.87 C ATOM 1356 CE LYS 166 148.564 186.456 148.916 1.00 69.10 C ATOM 1357 NZ LYS 166 148.258 185.865 147.583 1.00 63.10 N ATOM 1358 N TRP 167 147.207 185.742 155.801 1.00 83.22 N ATOM 1359 CA TRP 167 146.651 185.025 156.953 1.00 83.43 C ATOM 1360 C TRP 167 145.938 183.756 156.492 1.00 82.66 C ATOM 1361 O TRP 167 144.922 183.817 155.803 1.00 79.73 O ATOM 1362 CB TRP 167 145.720 185.941 157.735 1.00 83.26 C ATOM 1363 CG TRP 167 145.252 185.341 159.019 1.00 84.14 C ATOM 1364 CD1 TRP 167 144.113 184.640 159.203 1.00 80.14 C ATOM 1365 CD2 TRP 167 145.943 185.348 160.309 1.00 82.70 C ATOM 1366 NE1 TRP 167 144.042 184.218 160.525 1.00 80.56 N ATOM 1367 CE2 TRP 167 145.143 184.630 161.229 1.00 82.15 C ATOM 1368 CE3 TRP 167 147.156 185.896 160.768 1.00 81.30 C ATOM 1369 CZ2 TRP 167 145.541 184.453 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PRO 173 143.080 188.017 165.846 1.00 83.93 C ATOM 1405 C PRO 173 142.105 189.158 166.133 1.00 84.63 C ATOM 1406 O PRO 173 141.664 189.855 165.216 1.00 83.50 O ATOM 1407 CB PRO 173 144.527 188.511 165.863 1.00 82.30 C ATOM 1408 CG PRO 173 145.171 187.860 164.650 1.00 79.17 C ATOM 1409 CD PRO 173 144.023 187.646 163.683 1.00 82.54 C ATOM 1410 N TYR 174 141.785 189.373 167.399 1.00 86.27 N ATOM 1411 CA TYR 174 140.971 190.515 167.805 1.00 86.32 C ATOM 1412 C TYR 174 141.631 191.827 167.376 1.00 86.32 C ATOM 1413 O TYR 174 142.845 191.961 167.487 1.00 83.83 O ATOM 1414 CB TYR 174 140.758 190.458 169.314 1.00 85.90 C ATOM 1415 CG TYR 174 139.783 191.495 169.818 1.00 87.31 C ATOM 1416 CD1 TYR 174 140.233 192.586 170.579 1.00 80.08 C ATOM 1417 CD2 TYR 174 138.414 191.381 169.507 1.00 80.93 C ATOM 1418 CE1 TYR 174 139.320 193.548 171.044 1.00 79.44 C ATOM 1419 CE2 TYR 174 137.498 192.338 169.963 1.00 79.93 C ATOM 1420 CZ TYR 174 137.955 193.418 170.736 1.00 84.85 C ATOM 1421 OH TYR 174 137.054 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